草鱼线粒体细胞色素b基因的克隆与序列分析

用DNAExtractionKit提取草鱼(Ctenopharyngodonidella)肝脏的总DNA,合成特异引物,进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem的T载体上,筛选转化子,提取质粒,酶切鉴定。重组质粒序列测定的结果显示克隆了草鱼线粒体细胞色素b(cytb)基因1140个碱基及两侧部分序列共1254bp。用DNA分析软件VectorNTI6.0比较草鱼与GenBank中18种鱼类cytb的序列,显示草鱼与它们的cytb基因具有较高的同源性;根据草鱼与这18种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。     

舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cyt b基因全序列克隆分析

克隆测序了分布于舟山海域的真鲷（Pagrus pagrus）、黑鲷（Sparus macrocephalus）、黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）和二长棘鲷（Parargyrops edita）4种鲷科鱼类的线粒体Cyt b基因1 141 bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cyt b基因序列的比对分析,发现了292个核苷酸变异位点,其中存在186个信息位点,序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明,4种鲷科鱼类的遗传差异在0.096 7~0.227 5之间,其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小,为0.096 7,黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大,为0.227 5;序列变异的转换/颠换比值在2.293 0~7.358 7之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。     

驼背鲈线粒体细胞色素b基因的序列分析

采用PCR—DNA测序技术,对驼背鲈线粒体DNA细胞色素b（Cytb）基因全序列进行分析。获得长度为1141bp的Cytb基因片段,序列碱基组成平均是T为29．1％,C为32．3％,A为23．2％,G为14．0％,A＋T的碱基百分比总体上略大于C＋G,平均值分别是52．3％和46．3％。与其它鱼类相同基因片段碱基序列含量相似。在由核苷酸推导的氨基酸中,亮氨酸（Leu）所占的比例最高,为16．03％。     

二倍体泥鳅线粒体细胞色素b基因的序列分析

对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断,长度为1140bp,A、T、G、C含量分别为313（28％）、358（31％）、170（15％）、300（26％）,A＋T〉C＋G,与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似,该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡;第2位核苷酸中T的使用率较高,为33．4％,G的使用率较低,为17．1％;密码子第3位A的使用率高,为34．2％,而G的使用率较低,仅为7．9％;由泥鳅细胞色素b基因片断推导出对应的氨基酸序列,在氨基酸序列中Leu占11．％,远高于其他氨基酸。     

4种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列及分子系统学分析

从鲷科鱼类中黄猪鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalusM)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargus sarba)的线粒体DNA扩增出约430bp的细胞色素b(Cytb)基因，经Clastal X同源排序后得408bp序列，对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius turnifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较，共发现126个核苷酸位点存在变异(30．7％)，序列中的转换大于颠换，碱基替换多发生在密码子的第3位点。黑鲷和灰鳍鲷亲缘关系最近，序列差异为3.8％；而黄鲷和平鲷的亲缘关系最远，序列差异为21．7％。用MEGA2．1软件中的NJ法构建的分子系统树，将上述8种类分为4组，其中黄鲷属、平鲷属和鲷属分类的结果与形态分类学的观点一致；而传统分类上把犁齿鲷、真鲷和高背四长棘鲷归为3个不同属，在本研究分子系统树中，这3个属却聚成一支。本研究目的在于从分子水平上阐明鲷科鱼类的分类与系统进化关系。     

钱塘江粗唇鱼危细胞色素b基因片段序列分析及系统发生研究

为研究钱塘江粗唇(鮠)与其他鲿科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了粗唇(鮠)的细胞色素b基因片段序列.用Blastn分析所获序列与其他鲿科鱼类细胞色素b基因的同源性,用Mega4软件构建系统发生树.     

舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cytb基因全序列克隆分析

摘要：克隆测序了分布于舟山海域的真鲷（Pagrus pagrus）、黑鲷（Sparus macrocephalus）、黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）和二长棘鲷（Parargyrops edita）4种鲷科鱼类的线粒体Cytb基因1141bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cytb基因序列的比对分析,发现了292个核苷酸变异位点,其中存在186个信息位点,序列中的转换大于颠换,碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明,4种鲷科鱼类的遗传差异在0．0967～0．2275之间,其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小,为0．0967,黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大,为0．2275;序列变异的转换／颠换比值在2．2930～7．3587之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。     

2种虾虎鱼染色体的核型分析

采用鱼鳍细胞空气干燥法制片,Giemsa染色,对生活于厦门和海南近海沿岸的2种虾虎鱼染色体核型进行分析研究。其中纹缟虾虎鱼（Tridentiger trigonocephalus）2n=44,有2对中部着丝点染色体（M）,13对亚中部着丝点染色体（SM）,2对亚端部着丝点染色体（ST）和5对端部着丝点染色体（T）,NF=78;拟丝虾虎鱼（Cryptocentroides insignis）2n=50,有9对中部着丝点染色体（M）,13对亚中部着丝点染色体（SM）,2对亚端部着丝点染色体（ST）和1对端部着丝点染色体（T）,NF=98。未发现随体、性染色体和异形染色体。     

中国文昌鱼系统分类的线粒体COI和cytb基因片段分析

白氏文昌鱼Branchiostoma belcheri(Gray)在我国和日本沿海均有分布,一般认为分布于青岛和日本沿海的文昌鱼为白氏文昌鱼的一个亚种(B.belcheri tsingtauense),分布于厦门地区的文昌鱼为白氏文昌鱼。该文测定了厦门海域和青岛海域的文昌鱼mtDNA COI和Cyt b基因的部分序列,并与日本产的文昌鱼以及产于大西洋的几种文昌鱼进行了比较。基于COI和Cyt b基因序列的分析结果表明,厦门文昌鱼和青岛文昌鱼之间的平均遗传距离是18.8%和20.3%,远远超过了在其他物种中观察到的种内差异,已达到种间差异水平,而日本文昌鱼和青岛文昌鱼的遗传距离分别为1.3%和0.9%,应属于种内差异。该文研究结果支持厦门文昌鱼和青岛文昌鱼为不同种的观点。     

江豚线粒体Cyt b和D-loop片段序列分析及其分子系统学研究

对江豚（Neophocaena phocaenoides）mtDNA的Cyt b（377bp）和D—loop（343bp）片段进行了测序和分析,并与GenBank中鼠豚类及一角鲸类同源序列进行了比较。研究结果表明,Cytb基因片段的碱基组成平均为T：29．0％,C：28．8％,A：27．2％,G：15．0％;D—loop片段的碱基组成平均为T：35．9％,C：21．8％,A：32．4％,G：9．9％。Cytb基因片段共出现109个变异位点,简约信息位点107个,序列变异度为28．9％,碱基替代主要发生在密码子第3位点上,转换／颠换为13．3;D—loop片段共有109个变异位点,简约信息位点100个,序列变异度为31．8％,转换／颠换为2．4。构建的系统发育树显示,江豚是鼠豚科中较早分化出来的一个类群,与一角鲸科的亲缘关系最近。2个片段序列的分析结果一致,棘鳍鼠海豚Phocoena spinipinnis、太平洋鼠海豚P．sinus和黑眶鼠海豚Australophocaena dioptria聚为一支。     

西施舌Cyt b基因核苷酸差异分析

从线粒体DNA水平对我国沿海西施舌进行了遗传差异和系统发育研究,为其保护和可持续利用提供理论依据.对4个不同地理群体西施舌Cyt b基因片段进行了扩增、测序,利用MEGA4.1进行序列比对分析,以文蛤和中华文蛤为外类群,构建系统进化树.结果获得394 bp的Cyt b基因片段,其T、C、A、G含量分别为38.4%、16.9%、23.6%、21.1%,A+T含量明显高于G+C含量.在394 bp比对位点中,有318个保守碱基,76个变异位点.其中,70个简约信息位点.长乐与其他3个群体之间的遗传距离为0.194～0.209.氨基酸序列比对结果显示长乐群体与3个非长乐群体有7个位点的氨基酸差异,遗传距离为0.053.由此可见长乐群体是一个具有明显分子遗传特征的独立群体.     

凤鲚ITS1与Cyt b基因序列的比较研究

比较分析了分子标记核DNA ITS1序列和Cyt b基因序列在凤鲚遗传多样性分析和凤鲚与其他鲚属鱼类（以刀鲚为例）间亲缘关系研究中的特征。研究发现凤鲚其 ITS1序列的 GC 含量（71．19％）显著高于Cyt b基因序列（42．96％）,ITS1序列的单倍型多样性（0．900）和核苷酸多样性（0．00997±0．01116）也显著高于Cyt b基因序列（0．400/0．000369±0．000469）。基于ITS1序列所得的凤鲚与刀鲚间的MCL和K2P遗传距离可明确区两种鲚属鱼类,与Cyt b基因序列的结果相一致。通过ML和UPGMA系统树的构建发现,凤鲚和刀鲚分别形成独立的分支。本研究显示ITS1序列与Cyt b基因序列所得结果一致性较好,可考虑将ITS1序列作为凤鲚的遗传多样性分析及其与其他鲚属鱼类间亲缘关系研究中有效的分子标记。     

暗纹东方鲀线粒体细胞色素b及其侧翼tRNA基因的克隆与序列分析

以暗纹东方纯（Takifugu fasciatus）肝脏的线粒体DNA为模板，按照红鳍东方豚（Takifugu rubripes）线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增，克隆并测定线粒体细胞色素b（Cyt b）及其侧翼tRNA基因的全序列，结果显示，克隆的暗纹东方纯Cyt b基因（1137bp）及其5’端上游的tRNA^Glu基因和3’端下游的tRNA^Thr基因序列共1327 bp。用DNA分析软件对暗纹东方纯与GenBank中10个目13种鱼类的Cyt b序列进行比较分析，显示暗纹东方纯与这些鱼类的Cyt b基因具有较高的同源性，与同属红鳍东方纯的同源性最高，为96．1％；与同目不同科的矛尾翻车纯（Masturus lanceolatus）和翻车纯（Mola mola）的同源性分别为74．1％和74．8％。tRNA^Glu基因由69个碱基组成，tRNA^Thr基因由72个碱基组成，与红鳍东方纯相应tRNA的碱基组成完全相同。推定的这两种tRNA的二级结构都具有典型的三叶草型结构，各臂的碱基配对率高，稳定性好。根据暗纹东方纯与其他13种鱼的Cyt b基因序列同源性所建立的进化树比较，结果与传统的分类地位基本吻合。     

基于线粒体 Cyt b 和 ITS1 部分序列分析鲭科鱼类分子系统进化关系

鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644～692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为13.5%、G为31.3%、C为38.7%、T为16.5%。基于Cyt b计算的鲭科鱼类种间遗传距离为0.0065～0.3335,平均遗传距离为0.1689;基于ITS1计算的金枪鱼族鱼类种间遗传距离为0.0032～0.2668,平均遗传距离为0.2025。Cyt b和ITS1序列的转换/颠换比分别为1.8和0.9。以竹荚鱼(Trachurus trachurus)和花鲈(Lateolabrax japonicus)为外群,并结合GenBank上鲭科24种鱼类的同源序列,构建NJ、ML和ME系统树。研究结果确认了金枪鱼属处于系统进化树的顶端,代表着最新演化的种类,是鲭科中最繁盛的一属,也是目前系统发育的高峰。所有分子系统树都表明鲣属、鲔属和舵鲣属显示与金枪鱼属很近的亲缘关系,它们均归入金枪鱼族。然而,研究结果与形态学上将金枪鱼属分为2个亚属的分类结果存在分歧。同时,本研究关于狐鲣属、平鲣属、刺鲅属和双线鲅属进化地位上的结果也不同于形态学的结果。故鲭科鱼类客观、科学的分类地位还需通过形态学、生态学和分子生物学的深入研究加以确认。     

广东沿海3个斜带石斑鱼养殖群体的RAPD和线粒体Cyt b基因序列变异分析

斜带石斑鱼（Epinephelus coioides）为中国南方重要的海水增养殖经济鱼类,但过度捕捞和人工养殖的快速扩张导致了其自然资源衰退和遗传多样性降低。文章采用随机扩增多态DNA（RAPD）和线粒体细胞色素b（Cyt b）基因序列分析方法,对惠州、深圳和湛江3个斜带石斑鱼养殖群体进行了遗传多样性状况和遗传差异的研究。结果表明：1）相比较于线粒体Cyt b基因序列分析,RAPD技术在研究斜带石斑鱼种内遗传变异方面具有更高的灵敏性和多态性;2）相比较于其他已经报道的石斑鱼类,斜带石斑鱼的遗传多样性较低,RAPD检测到的多态位点百分率（P）为40.57%,究其原因,可能是受过度捕捞和人工养殖的影响;3）RAPD检测到的群体间遗传相似度（Ⅰ）高达0.967 1～0.980 8,而Cyt b的核苷酸多样性仅为0.003 8;斜带石斑鱼养殖群体间的遗传差异显然很小,具有相似的遗传背景。文章还探讨了斜带石斑鱼线粒体Cyt b基因的特点,并针对目前斜带石斑鱼的养殖现状提出了相应保护遗传多样性的对策与建议。