鸭新城疫病毒分离株抗原表位和遗传演化分析

从规模化养殖场鸭群气管和泄殖腔试子分离到新城疫病毒(NDV)27株,用2株针对NDV HN单抗进行抗原表位分析,并选择4个分离株进行F基因高变区(374bp)和HN基因全长序列分析。抗原表位分析结果显示,27个鸭分离株均能与其中一株单抗C3-B7反应,而与另外一株单抗1E5反应为阴性。F基因(374bp)序列分析结果显示,4个鸭分离株均属于NDV ClassⅠ分支,分离株之间核苷酸同源性为99.2%～100%;分离株与NDV ClassⅡ毒株遗传距离为0.9%～9.9%,与NDV ClassⅠ毒株遗传距离为38.5%～41.7%。根据核苷酸序列推导的氨基酸序列表明,4个鸭NDV分离株F蛋白裂解位点氨基酸模式为:112-EROERL-117。HN基因序列分析结果显示,4个鸭NDV分离株HN基因全长1851bp,编码585个氨基酸;同源性比较发现4个鸭NDV分离株之间核苷酸同源性为99.7%～99.8%,与NDV ClassⅡ毒株核苷酸同源性为68.4%～70.5%,与NDV ClassⅠ毒株核苷酸同源性为95.8%～98.0%。本研究结果显示,鸭分离毒均属于NDV ClassⅠ弱毒,在抗原表位和基因序列上与广泛应用的NDV弱毒疫苗株(LaSota)不同,这些毒株的来源有待进一步深入研究。     

10株广西野鸟源新城疫病毒HN基因的遗传进化分析

对分离自广西4种鸟类的10株新城疫病毒(NDV)分离株,进行HN基因的RT-PCR扩增、序列测定和分析,旨在探讨广西野鸟源NDV HN基因的分子进化特征,为科学防控新城疫提供依据。结果显示,10株广西野鸟源NDV分离株HN基因的ORF全长均为1 716 bp,编码571个氨基酸,符合强毒株的基因长度特征。核苷酸同源性比较显示,2株鹧鸪源NDV分离株与NDV基因XII型同源性高达98.0%～98.1%, 5株斑鸠源和3株鸽子源NDV病毒与NDV基因VI型的同源性高达90.0%～91.9%。遗传进化分析显示,10株广西野鸟NDV分离株与我国经典强毒株F48E9、弱毒疫苗株LaSota和基因VII型NDV(我国目前应用最广的疫苗株基因型)遗传距离较远。     

野生水禽源ClassⅠ新城疫病毒对SPF鸡的致病性研究

为了科学地了解新城疫病毒(NDV)的遗传进化规律,本研究对从鹭科候鸟分离的NDV毒株SD22/13的生物学特性和致病特性进行了研究。通过致病性指数测定和交叉血凝抑制试验测定分离株SD22/13的毒力及与LaSota疫苗株、基因Ⅶ型NDV毒株的抗原相关性,同时设计引物对F基因进行克隆测序和遗传进化分析,并对其在SPF鸡上的致病性进行评价。生物学特性和遗传进化分析显示SD22/13属于ClassⅠ分支基因3型,与LaSota疫苗株的抗原相关性为56.1%,与基因Ⅶ型强毒株的抗原相关性低于50%。致病性试验结果表明该毒株可在鸡体内较好复制,并刺激机体产生较高水平血清抗体,鸡的免疫器官和肾虽均有轻微的病理损伤,但无发病死亡,对试验鸡致病性较低;SD22/13感染后30d,再以基因Ⅶ型强毒株攻毒,在10d观察期内SD22/13感染组鸡均健康,无发病死亡,而对照组鸡至第5天时全部死亡。本研究结果表明分离株SD22/13在生物学特性、抗原性和对SPF鸡致病性方面与基因Ⅶ型NDV存在明显差异;虽然SD22/13与基因Ⅶ强毒株抗原相关性较低,不能阻止其排毒,却能完全保护鸡抵抗强毒株的攻击。     

鸭新城疫病毒山东分离株的生物学特性与F基因遗传进化分析

从山东规模化鸭场采集棉拭子样品并接种SPF鸡胚分离鉴定NDV,通过测定鸡胚平均致死时间(MDT)和1日龄雏鸡脑内接种致死指数(ICPI)来确定分离株的毒力,采用RT-PCR方法对分离株F基因进行测序并进行遗传进化分析。结果显示,从正常鸭群棉拭子中分离到4株NDV,F蛋白裂解位点的氨基酸序列表明4个分离株中2株氨基酸序列为112 ERQERL117,1株为112 GKQGRL117,符合弱毒株序列特征;1个分离株为112 RRQKRL117,符合强毒株序列特征。系统进化分析表明,其中2株属于ClassⅠ分支、2株属于ClassⅡ分支,ClassⅡ分支中的2个分离株1个为基因Ⅶ型强毒株,1个属于基因Ⅰ型弱毒株,与Queensland V4等毒株的同源性较高。     

野生鸟类新城疫病毒分离株的生物学特性和系统发育分析

为了掌握野鸟新城疫病毒(NDV)的流行情况,2016年对山东东营黄河口湿地野鸟NDV进行了流行病学调查,共采集了352份健康野鸟的泄殖腔拭子,在鸡胚上进行病毒的分离鉴定,然后对分离株进行了生物学特性和遗传进化分析。结果显示,共分离到9株NDV,其中8个毒株MDT和ICPI分别为>96 h和≤0.5,为低毒力株;1个毒株MDT和ICPI分别为79 h和1.62,为中等毒力株。对F基因测序及序列分析显示9个分离株F蛋白裂解位点处氨基酸序列为¹¹²E-R-QE-R-L¹¹⁷或¹¹²G-R-Q-G-R-L¹¹⁷,具有典型的弱毒株特征。F基因系统发育分析将9个分离株分为ClassⅠ和ClassⅡ两类,其中6个分离株属于ClassⅠ,3株属于ClassⅡ,进一步分析显示6株ClassⅠ毒株中2株属于基因1.2型,4株属于基因1.1.1型,3株ClassⅡ毒株中1株属于基因Ⅰ型,2株属于基因Ⅱ型。结果表明,野鸟携带NDV非常普遍且基因型较广泛,Ⅰ类NDV仍是野鸟中的优势基因型。分离到2株与疫苗株LaSota...     

4株新城疫病毒株的分离与鉴定

对近三年采集的213份临床样品进行了新城疫病毒的分离与鉴定,得到4株NDV分离株,其中3株来源于鸡,1株来源于鸭。通过RT-PCR方法对毒株的F和HN基因进行了扩增与序列测定,与Gen Bank中的NDV序列进行了同源性和遗传进化分析,并测定了其致病指数。结果显示:HB0601和HB0804株为强毒株,属于基因Ⅶb亚型,其F基因与Chicken-Jiangxi-07-2009同源性最高,为99.5%和99.7%,与La Sota株的同源性为82%。SC1805和HB1906为弱毒株,属于基因Ⅰ型,其F基因与Chicken-Colombia-1326-14475-2009同源性最高,分别为99.8%和99.9%,与La Sota株的同源性为89%。4株NDV分离株与传统疫苗株的遗传进化关系较远。研究为ND的防控及分子流行病学研究提供了数据支撑。     

新城疫病毒Class Ⅰ与Class Ⅱ毒株交叉血凝抑制试验速分类

Class Ⅰ新城疫病毒(NDV)分离自健康家禽泄殖腔棉拭子,其基因序列与class Ⅱ NDV存在很大差异,为了建立简单快速的NDV分类方法,用SPF鸡制备Class Ⅰ和Class Ⅱ毒株多价抗血清分别与选取的Class Ⅰ和Class Ⅱ代表毒株进行交叉血凝抑制反应.结果表明所有Class Ⅰ毒株比同Class Ⅱ毒株的交叉血凝抑制值高8-64(3-61og2)倍;而Class Ⅱ毒株与Class Ⅱ抗血清的HI效价比同Class Ⅰ毒株的交叉血凝抑制值高2-8(1-31og2)倍,结果与基因分型高度一致,说明可以用交又血凝抑制试验进行初步分类.本研究结果显示,NDV Class Ⅰ弱毒株血凝性与广泛应用的NDV弱毒疫苗株不同,基因序列分析可以部分解释这种差异,另外可能HN蛋白的空间结构也会影响其与血凝素结合的特性.     

一株Class Ⅰ新城疫病毒中国分离株分子特性的研究

摘要：对从健康家鸭中分离到的一株Class Ⅰ新城疫病毒分离株Duck／China／08—004／2008进行了遗传进化特性研究。利用RT-PCR扩增了该分离株F基因的主要功能区片段。并进行了克隆与序列分析。序列测定结果已经登录到GenBank,登录号为EU589149。该分离株F蛋白裂解位点的组成为112E—Q—Q—E—R—L117,具有典型新城疫弱毒株的分子特征。同源性分析表明其与国内普遍使用的弱毒疫苗株LaSota和V4核苷酸的同源性较低（分别为55．4％和57．7％）。通过构建F基因的遗传进化树,结果表明该分离株在分类地位上属于Class Ⅰ,与我国目前普遍使用的弱毒疫苗株LaSota（Class Ⅱ中的基因Ⅱ型）和V4（ClassⅡ中的基因Ⅰ型）处在不同的进化分支。通过构建57株ClassⅠ新城疫病毒的遗传进化树．表明本分离株与近年来香港活禽市场分离株较为类似．同属于基因3型。     

新城疫病毒ClassⅠ与ClassⅡ毒株交叉血凝抑制试验快速分类

ClassⅠ新城疫病毒(NDV)分离自健康家禽泄殖腔棉拭子,其基因序列与ClassⅡNDV存在很大差异,为了建立简单快速的NDV分类方法,用SPF鸡制备ClassⅠ和ClassⅡ毒株多价抗血清分别与选取的ClassⅠ和ClassⅡ代表毒株进行交叉血凝抑制反应。结果表明所有ClassⅠ毒株比同ClassⅡ毒株的交叉血凝抑制值高8～64(3～6log2)倍;而ClassⅡ毒株与ClassⅡ抗血清的HI效价比同ClassⅠ毒株的交叉血凝抑制值高2～8(1～3log2)倍,结果与基因分型高度一致,说明可以用交叉血凝抑制试验进行初步分类。本研究结果显示,NDVClassⅠ弱毒株血凝性与广泛应用的NDV弱毒疫苗株不同,基因序列分析可以部分解释这种差异,另外可能HN蛋白的空间结构也会影响其与血凝素结合的特性。     

六株鸽源新城疫病毒的分离、鉴定及生物信息学分析

新城疫是严重危害世界养禽业的一种禽类传染病。近年来,鸽新城疫的流行越来越严重,引起了养殖户和兽医工作者的广泛关注。本研究在4批发病鸽组织病料中分离到了4株鸽源新城疫强毒株和2株鸽源弱毒株。病毒分离株经鸡胚有限稀释法纯化5次后,新鲜尿囊液用于提取病毒RNA。经RT-PCR扩增、测序得到分离株的F基因和HN基因序列。通过对F基因的遗传进化分析发现,4株鸽源强毒株属于ClassⅡ基因Ⅵb亚型,2株鸽源弱毒株与Class II基因II型疫苗株La Sota高度同源。进一步遗传进化分析结果显示,4株鸽源新城疫病毒强毒株与目前国内流行株属于同一遗传分支,这些毒株与欧洲流行株亲缘关系十分相近,而与中国20世纪90年代鸽源分离株遗传距离稍远,因此推测当前鸽源流行强毒株可能源自欧洲。生物信息学分析显示鸽源毒株HN蛋白345~353位的一个线性抗原表位发生了改变,而血清学实验显示La Sota疫苗株和鸽源毒株的交叉血凝抑制存在明显差异,暗示鸽源毒株已经发生了抗原性变异。因此,使用鸡疫苗株La Sota免疫鸽存在免疫失败的风险,需要研发鸽专用新城疫病毒疫苗用于鸽新城疫的防疫工作。     

一株鸡新城疫病毒的分离鉴定及HN基因的序列分析

为了检测引发昆明地区某鸡场鸡群疑似新城疫(ND)的毒株基因型,试验将采集到的疑似ND病料接种至9日龄鸡胚尿囊腔,对鸡胚尿囊液进行血凝(HA)试验、血凝抑制(HI)试验和RT-PCR鉴定,对RT-PCR扩增产物进行克隆、测序,然后分析HN基因编码区序列同源性及绘制遗传进化树。结果表明:HA试验凝集价为1∶2~8,HI试验凝集价为1∶2~5,禽流感病毒(AIV)的HI试验均为阴性,初步鉴定分离株为新城疫病毒(NDV),将其命名为KM-16;RT-PCR扩增出的目的条带大小为1 759 bp;KM-16分离株与China-Guangxi14-2002和Japan-SG106-1999的HN基因的同源性为98.6%和98.7%,与经典毒株F48E9和La Sota C5的HN基因的同源性为84.7%和81.9%,与其他参考毒株的HN基因的同源性在95.2%～96.4%之间;KM-16毒株与China-Guangxi14-2002和Japan-SG106-1999等基因Ⅶ型毒株处于同一进化分支上。说明KM-16分离株为基因Ⅶ型NDV毒株。     

一株蛋鸡新城疫病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

为研究云南新城疫病毒(NDV)分子流行特性和致病性,对云南省1个蛋鸡场的组织样品进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测分离毒株,证明为NDV。通过病毒最小致死量(MLD)、鸡胚半数感染量(EID_(50))、鸡胚平均死亡时间(MDT)、脑内接种致病指数(ICPI)和静脉接种致病指数(IVPI)测定病毒毒力,结果EID_(50)为10~(-4.4),MLD为10~(-4),MDT为97.5 h,ICPI为0,IVPI为0,显示分离株为弱毒株。高通量测序及遗传进化分析发现,分离毒株基因组全长为15 198 bp,从3′端到5′端有6个结构基因依次为NP-P-M-F-HN-L,各基因之间有1～48个核苷酸间隔。全基因组、F和HN基因遗传进化分析证明分离毒株属于ClassⅠ分支,F基因ORF全长为1 662 bp,编码553个氨基酸,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-ERQERL-117,符合NDV弱毒裂解位点特征,HN基因ORF全长为1 851 bp,编码616个氨基酸,在HN基因保守区域234-NRKSCS-239位氨基酸序列没有发生变异。F蛋白有6个糖基化位点比较保守,HN蛋白有6个潜在的糖基化位点,但与LaSota相比存在缺失的和多出的糖基化位点。F蛋白半胱氨酸残基分布在76、199、338、347、362、370、394、399、401、424、514、523位氨基酸,F蛋白中性抗原位点在72、75、79和170位氨基酸发生了变异,HN蛋白受体结合部位和NA活性位点氨基酸为174R、401E、416R、526Y,未发生变异。本研究首次报道了云南省蛋鸡新城疫ClassⅠ毒株的全基因序列特征,为新城疫病毒ClassⅠ毒株研究奠定了基础。     

一株基因Ⅵ型鸭新城疫病毒F基因的克隆及序列分析

以一株鸭新城疫病毒NDV-SS分离株基因组RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增其F基因,并进行克隆和序列测定。通过序列分析软件将该毒株F基因氨基酸推导序列与GenBank上已发表的新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)F基因相关代表序列进行同源性及遗传进化关系分析。测序结果表明,NDV-SS株F基因全长1662bp,编码553个氨基酸,其蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特有的序列结构特征。同源性及遗传进化关系分析结果表明,NDV-SS株为基因Ⅵ型毒株,与鸽源新城疫IT-227、Italy-2736分离株具有较高同源性和较近的亲缘关系,推测其可能是由鸽源新城疫病毒变异所产生的。     

一株新疆野鸟源新城疫病毒的分离鉴定、F基因克隆及遗传进化分析

为了解新疆野鸟新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）感染情况,分析其分子特征和基因变异特点,防止新城疫的暴发和蔓延,本试验用9日龄SPF鸡胚进行病毒的分离传代,HA、HI试验和RT-PCR方法对位于"东非-西亚迁徙线"福海县的野鸟进行了NDV检测,分离到1株野鸟源NDV,并命名为NDV/Pintail/CH（XJ）/01/2016。结果表明,该NDV分离株F基因ORF长1 662 bp,编码553个氨基酸,F基因碱性裂解位点序列为¹¹²G-R-Q-G-R-L¹¹⁷,符合弱毒株特征;遗传进化分析显示,NDV/Pintail/CH（XJ）/01/2016与乌克兰鸽源分离株Doneck/3/968、比利时鸭源分离株Simeonovgrad核苷酸同源性均为99.7%,属于NDV ClassⅡ基因Ⅱ型。而上述3株病毒均与疫苗毒La Sota具有较高同源性（99.5%~99.8%）。本研究结果为家禽NDV外流进入自然环境提供了论据。     

一株基因Ⅵ型鸭新城疫病毒F基因的克隆及序列分析

以一株鸭新城疫病毒NDV-SS分离株基因组RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增其F基因,并进行克隆和序列测定。通过序列分析软件将该毒株F基因氨基酸推导序列与GenBank上已发表的新城疫病毒（Newcastle disease virus, NDV）F基因相关代表序列进行同源性及遗传进化关系分析。测序结果表明,NDV-SS株F基因全长1662 bp,编码553个氨基酸,其蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特有的序列结构特征。同源性及遗传进化关系分析结果表明,NDV-SS株为基因Ⅵ型毒株,与鸽源新城疫IT-227、Italy-2736分离株具有较高同源性和较近的亲缘关系,推测其可能是由鸽源新城疫病毒变异所产生的。     

新城疫病毒西藏分离株的生物学特性鉴定及遗传进化分析

从西藏病死藏鸡中分离到具有血凝活性的病毒、经血凝抑制试验、电镜观察、PCR扩增和测序鉴定为新城疫病病毒(NDV),通过动物致病性试验证明该病毒对鸡具有致病性;分离毒株毒力测定结果显示,MDT为120h,EID50为10-8.44、IVPI为0.5、ICPI为0.6,均符合NDV弱毒株特征。血凝解脱及血凝素热稳定性试验显示:各分离株的血凝解脱时间短,血凝素热稳定性较差,符合NDV弱毒株的特征。F基因的序列测定遗传进化分析表明,西藏分离毒株之间的核苷酸序列具有99%的同源性,与疫苗株LaSota的同源性为90%;与国内标准强毒株F48E8同源性为81%。推导其氨基酸序列分析表明,各分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸112 G-K-Q-G-R-L117,具有NDV弱毒株特征,与毒力测定结果相符。本研究首次报道了NDV西藏分离毒株遗传进化情况和生物学特性情况,为进一步研究高海拔、缺氧环境下NDV生物学特性变化研究奠定了基础。     

1株乌鸡新城疫病毒强毒株的分离鉴定与F基因的遗传进化分析

从山西省吕梁市郊区某养禽场送检的病死乌鸡中分离到1株新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)。经血凝(HA)和血凝抑制(HI)试验鉴定,该分离株具有血凝性,血凝效价为2~9,且可被NDV阳性血清抑制,而不能被禽流感(H5、H9亚型)阳性血清所抑制。试验通过RT-PCR扩增了分离毒株F基因高度变异区362 bp的核苷酸序列。序列分析表明,该毒株含有1个开放阅读框(ORF),编码88个氨基酸;F蛋白裂解位点的氨基酸序列为~(112)R-R-Q-K-R-F~(117),符合强毒株裂解位点特征;同源性分析表明,分离毒株与典型毒株—LaSota、Clone30、F_(48)E_9、V_4及云南分离株KMLY-YM的核苷酸同源性为83.7%~86.5%,与山东分离株P914039S101同源性最高,达96.8%;遗传进化分析表明:分离毒株与山东分离株P914039S101处于同一进化分支内,属基因Ⅶd亚型。     

Ⅰ类新城疫病毒分离株NDV08-046的基因组特性

对1株Ⅰ类新城疫病毒分离株NDV08-046进行了全基因组序列测定和遗传进化分析.结果表明,该分离株基因组长度为15 198 nt,符合"六碱基原则".与Ⅱ类新城疫病毒的基因组序列相比,该分离株在基因组P基因的2 381～2 382 nt的位置(根据La Sota株的基因组序列,包含15 186 nt)有12 nt的插入(TGGGAGACGGGG).NDV08-046株F蛋白裂解位点的序列为112-ERQERL-117,具有典型的新城疫弱毒株特征.全基因组的遗传进化分析显示,所有的新城疫毒株能够被分为2个明显不同的分支,即Ⅰ类和Ⅱ类,NDV08-046分离株在分类地位上属于Ⅰ类新城疫病毒基因2型.     

华东某活禽市场新城疫病毒和低致病性禽流感病毒的初步分离与鉴定

为了解春季活禽市场新城疫病毒(NDV)和低致病性禽流感病毒(LPAIV)的携带情况,2016年3~4月采集华东某活禽市场健康家禽的泄殖腔新鲜棉拭样品100份(鸡源样品40份,鸭源28份,鹅源32份)。以鸡胚接种方法分离病毒,接种后5 d收集鸡胚尿囊液用于血凝试验,共获得7株具有HA活性的病毒,均来源于水禽。采用双重RT-PCR对分离毒株进行鉴定,同时对NDV的F基因和AIV的M基因进行扩增,并对扩增的测序进行分析。结果显示:从样品中分离到NDV 4株,为ClassⅠ系列毒株;分离到AIV 3株,M基因遗传演化分析显示,其中2株病毒与国内流行的H6亚型AIV遗传关系较近,另外1株病毒与国内流行的H9亚型AIV毒株遗传关系较近。     

1株鸭源Ⅰ类新城疫病毒分离株F和HN基因的分子特性分析

采用RT-PCR技术对Ⅰ类新城疫病毒(NDV)09-014分离株完整的融合蛋白(F)基因和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因进行了扩增和遗传进化分析。F基因的序列测定结果表明:该分离株F基因全长为1 792 bp,可编码553个氨基酸,裂解位点的氨基酸组成为112E-R-Q-E-R-L117,具有典型的新城疫弱毒株特征。同源性分析表明本分离株的F基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93%～95.2%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于70.6%～72.4%。HN基因的序列测定结果表明:HN基因全长2 001 bp,可编码616个氨基酸,同源性分析表明本分离株的HN基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性在92.7%～94.7%之间,而与Ⅱ类新城疫病毒同源性较低,为70.7%～71.5%。根据完整的F基因和HN基因构建的遗传进化树均表明:本分离株在分类地位上属于Ⅰ类新城疫病毒基因3型,因此Ⅰ类新城疫病毒的F基因和HN基因具有相似的进化速率。