猫杯状病毒全基因组的克隆及序列分析

采用RT-PCR和重组PCR扩增了猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV)CH-GD株的全基因,并进行了序列测定,用DNAStar软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行比较分析。结果表明,首次分离于中国广东的CH-GD株与各参考毒株有较大的差异。CH-GD株与各参考毒株之间的同源性仅为75.4%~77.1%,明显低于各参考毒株之间的同源性(78.9%~99.9%)。同时遗传进化树显示,14个分离株形成两大分支,CH-GD株独自在一分支,各分离株无明显的地域性差异。对FCV衣壳蛋白6个区(A~F)的分析结果发现,CH-GD株中A~F区的特点与报道的相符。此外还发现,CH-GD株有3个区域的3个连续的氨基酸发生了变异,与参考毒株相比,CH-GD株在这3个区域的抗原性和亲水性也都发生了相应的变化。     

虎源猫杯状病毒的分离及其基因组遗传变异分析

从贵州省某动物园因发热、呼吸道等症状死亡的东北虎脾脏组织中分离得到1株猫杯状病毒(FCV),命名为FCV-YH/16。采用RT-PCR的方法扩增了该病毒的全基因组,序列测定显示,FCV全基因组长7 687 nt(GenBank序列登录号为KX815169),该基因组包含3个开放阅读框。基因组核苷酸序列分析显示,该毒株与12Q087-1、 GD、SH和FB-NJ-13在一个大的分支上,而与疫苗株F4、F9和F65等不在一个分支上;其中与12Q087-1基因组同源性最高为80.5%,与疫苗株F9同源性最低为76.3%;衣壳蛋白氨基酸进化分析显示,与21株国内外代表株相比,该毒株的VP1氨基酸序列发生了9处新的单个氨基酸变异,5个区域的3个连续的氨基酸发生了变异,这些变异是否影响病毒毒力还需进一步研究。     

广西猫杯状病毒全基因组序列测定及其遗传进化分析

为了掌握广西猫杯状病毒(FCV)的流行情况及其变异规律。本研究于2018年3月至2019年9月采集疑似FCV鼻拭子59份,其中阳性检出率49.2%(29/59)。将阳性病料接种CRFK细胞,成功分离获得一株FCV毒株,命名为NN01-19。为深入了解其遗传进化规律和分子特征,本研究通过RT-PCR方法扩增获得该毒株的全基因组序列,并对其ORF2基因进行了遗传进化和序列分析。结果表明,NN01-19毒株基因组全长7709 bp,其中ORF2基因全长2010 bp。遗传进化分析发现该毒株与广西早期分离株GX01-13同属基因I群,但核苷酸和氨基酸同源性仅为77.9%和86.5%。其中,超变区(E区)抗原线性表位新增T448A、T450G、G451Q和T454S四个突变位点。重要的是,该区域还发生了V430T的突变,符合VS-FCV致病性氨基酸突变特点。本研究为深入了解FCV的流行特点及其变异规律提供了参考依据,同时也为今后防控FCV提供了重要的理论基础。     

华东地区猫杯状病毒的分离鉴定及遗传进化分析

为了解猫杯状病毒(FCV)在中国华东地区的流行状况及其遗传变异和演化特征,本研究采集30份疑似感染FCV的猫眼鼻拭子,通过常规方法分离鉴定出9株FCV,经RT-PCR和测序获得了 FCV VP1的基因序列,与文献报道的流行株、高致病力FCV(VS-FCV)株和疫苗株VP1基因同源性进行比对及遗传进化分析.结果显示,9株...     

猪轮状病毒的分离鉴定和全基因组序列分析

为了解广东省规模化猪场中猪轮状病毒(PoRV)流行毒株的基因特征,本试验在广东省某猪场采集腹泻仔猪肠道组织样品,经实时荧光定量PCR(qPCR)进行病毒初步鉴定;分离获得病毒后,通过间接免疫荧光、电镜观察进一步鉴定,并对分离毒株进行全基因组高通量测序和遗传进化分析。结果显示,qPCR初步鉴定该腹泻仔猪病料为PoRV感染,从阳性病料中分离获得1株能引起典型细胞病变的毒株,在电镜下可观察到似车轮状的病毒颗粒,在倒置荧光显微镜下观察有绿色荧光,将该PoRV分离毒株命名为GD2022,其完整基因型为G9-P[23]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1;基因遗传进化分析结果显示,GD2022为人轮状病毒、猪轮状病毒和狗轮状病毒基因组重组后的毒株。本试验结果丰富了PoRV基因组学和分子流行病学相关的研究资料,为轮状病毒防控提供了数据支持。     

一株Clade1.3 ALV-J分离鉴定及其全基因组序列分析

为了解地方品种鸡禽白血病病毒(ALV)感染情况,本试验用从广西某养殖公司地方品种鸡采集的血浆样品接种DF-1细胞进行ALV的培养分离,然后用ALV-p27抗原检测试剂盒对其细胞培养上清进行ELISA检测,并进一步对细胞培养物进行病毒亚群的PCR鉴定和病毒分离株的全基因组序列测定与分析。结果显示：从鸡血浆样品中获得一株ALV,分离毒株经分子鉴定及测序分析确定其为J亚群(ALV-J),命名为GX22YL01;通过对毒株GX22YL01的全病毒基因组与参考毒株序列进行比对分析,发现其与课题组建立的ALV-J分类方法“Pilot tree”中的参考株GX14HG04相似性最高,且同处于Clade 1.3分支。     

猫杯状病毒分离鉴定及其VP1基因序列分析

为了解我国猫杯状病毒(FCV)流行情况,于2019年1月～3月从京津地区4家宠物医院收集并检测眼鼻肛拭子297份,FCV、猫疱疹病毒1型和猫泛白细胞减少症病毒阳性率分别为15.49%、30.98%、30.64%。病原学调查结果显示,未免疫的小于1岁幼猫对FCV更易感。将FCV单纯阳性病料接种于F81细胞进行病毒分离,通过间接免疫荧光和测序分析等进行鉴定,分离的5株FCV分别命名为F2019TJ1株、F2019TJ2株、F2019TJ3株、F2019BJ1株和F2019BJ2株。研究显示,FCV对温度敏感,37℃存放4 d病毒含量下降1个滴度。对5株FCV的VP1基因进行测序分析,结果显示5株FCV核苷酸和氨基酸同源性分别为74.3%～87.3%和82.2%～92.2%,归属于2个不同毒株群,F2019BJ1株、F2019BJ2株和F2019TJ1株属于GI株群,与美国的UTCVM-H2株遗传距离较近;F2019TJ2株和F2019TJ3株属于GII株群,与国内的FCV-GD株遗传距离最近。研究结果为了解国内FCV流行及变异特点提供参考依据。     

猫杯状病毒的分离鉴定及超变区基因序列分析

为了解猫杯状病毒(FCV)的生物学特性,本研究对猫体内分离到的一株FCV HRB-SS株进行了病毒学、分子生物学鉴定和遗传学分析。结果显示该分离株能够在猫肾细胞系(CRFK)中产生明显的细胞病变,形成蚀斑。FCV的VP1基因超变区核苷酸序列分析结果显示,HRB-SS分离株与疫苗株CVXPOLYCAP同源性最高,为78.2%,而与中国分离株CH-JL和GD的同源性最低,仅为67.9%和68.8%;推导氨基酸序列分析结果显示,HRB-SS分离株与12Q087-5、UTCVM-NH12和FCLF4的同源性最高,为86.7%,而与中国分离株的同源性仅为73.9%。系统发育树分析结果显示,HRB-SS分离株与中国分离株亲缘关系较远。本研究结果表明,FCV HRB-SS与我国FCV具有不同的遗传起源。     

犬细小病毒北京分离株的鉴定及其全基因组序列分析

首先对疑似犬细小病毒(CPV)感染的病犬粪便进行特异性PCR扩增,经目的片段测序分析,初步证明为CPV感染。将该病犬粪便处理物接种F81细胞,自第3代起,细胞出现典型CPE。对该株病毒进行电镜观察、理化特性试验、HA-HI及基因型等方面鉴定,证明该分离株为CPV,命名为CPV/BJ-L1株。该分离株的血凝效价为1∶512,其血凝性能被特异性抗体抑制;Reed-Muench法测定分离株病毒TCID_(50)为10-5.15/0.1 mL;电镜观察可见25nm左右的病毒颗粒;动物回归试验显示,攻毒犬能复制出CPV的典型临床症状和病理变化;对分离株的全基因组(包含两端完整的发夹结构序列)进行克隆、测序与分析。结果表明,BJ-L1为CPV-2a亚型,与GenBank中的21株CPV全基因序列核苷酸同源性为98.8%~99.8%,且与国内近期分离毒株高度同源。对2006-2014年北京市CPV分离株VP2基因进行序列分析,结果显示,CPV流行株的变异具有某种时间相关性。     

1株猫杯状病毒的分离鉴定及其ORF2序列的遗传演化分析

为了解猫杯状病毒形态特征及遗传演化情况,采用F81细胞从患病宠物猫的鼻拭子样品中分离获得1株猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV),命名为SH1.经电镜观察,病毒粒子呈球形,无囊膜,符合FCV的形态特征.采用RT-PCR方法扩增了该毒株的全基因组,并进行了序列测定和衣壳蛋白基因(ORF2)序列的分析...     

鹅星状病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

2017年10月—2019年5月,本实验室从广东、四川、河北、山东、安徽、辽宁等广大养鹅地区采集了67份典型雏鹅痛风样品进行了实验室检测以及病原的分离鉴定,检测结果表明：所有样品中均检测到了鹅星状病毒,并且约有94.03%的样品为两个不同种的鹅星状病毒混合感染。病原分离结果表明：鹅星状病毒FLX株的变异株病毒（命名为SCCD）可以在鹅胚上稳定增殖,并且能稳定致死10日龄鹅胚,致病力较鹅星状病毒FLX增强;新型鹅星状病毒株（命名为SDPD）不能在鹅胚和SPF鸡胚上稳定增殖。病毒的基因组测序结果表明：鹅星状病毒FLX株与鹅星状病毒FLX的变异株病毒SCCD株、新型鹅星状病毒SDPD株全基因组核苷酸相似性分别为89.7%、58.1%,ORF1b基因氨基酸相似性分别为98.4%、61.0%,ORF2基因氨基酸相似性分别为81.0%、42.5%。将新分离的鹅星状病毒株接种1日龄健康雏鹅,结果表明,鹅星状病毒SCCD株和鹅星状病毒SDPD株虽然能使雏鹅发生死亡,引起肝炎、肾肿胀和增重减少等变化,但雏鹅均无典型痛风（脏器尿酸盐沉积）表现,而两种鹅星状病毒株混合攻毒能使44%的雏鹅发生典型痛风,并与临床发病症状一致。因此,临床上引起雏鹅痛风的病原可能是两种鹅星状病毒,即新型鹅星状病毒和鹅星状病毒FLX的变异株病毒。     

竹鼠源细小病毒分离鉴定及全基因组序列分析

【目的】了解并掌握广西地区竹鼠细小病毒(Bamboo rat parvovirus, BRPV)的生物学特性及遗传变异情况,为BRPV的防控提供理论依据和技术支撑。【方法】用养殖场患病死亡的竹鼠病料制备组织上清液,采用Vero细胞同步接毒法进行病毒分离,通过细胞病变观察、PCR、透射电镜观察及血凝试验等方法鉴定,设计合成特异性扩增引物对BRPV全基因组序列进行测序分析。【结果】分离获得的病毒可在Vero细胞上稳定生长增殖,感染细胞变长、变梭或成拉丝状;病毒纯化后经电镜观察可见呈立体对称、无囊膜、直径20～25 nm的病毒粒子;经PCR鉴定、凝集试验及全基因组测序表明,分离株为BRPV。本研究共获得3株BRPV(GenBank登录号：MF497824、MF497825、MF497826),毒株基因组全长约4 758 bp,全基因组序列比对发现,其与蝙蝠源细小病毒关系较近。BRPV基因编码氨基酸遗传特征与其宿主特异性有很强的相关性,NS1基因编码氨基酸变异与蝙蝠及大鼠源细小病毒更接近,与其处于同一分支,核苷酸相似性为96.9%～97.6%,氨基酸相似性为97.5%～98.4%。其中第257...     

鸭坦布苏病毒分离鉴定及全基因组序列分析

本文采集2015年浙江省2个鸭养殖场中疑似鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)感染的雌麻鸭卵巢病料,经组织研磨处理,DF-1细胞纯化,成功分离了2株鸭坦布苏病毒(DTMUV),分别命名为ZJ201501和ZJ201504。利用9对两两相互重叠的PCR引物,对这2株病毒的全基因进行分段PCR扩增,经序列测定和拼接,得到病毒的全基因组序列。核苷酸序列和E蛋白氨基酸序列比对分析发现:ZJ201501和ZJ201504的核苷酸同源性高达99.9%,全长氨基酸仅有2个位点差异;与选取的19株DTMUV参考序列相比,在核苷酸水平和E蛋白氨基酸水平上,其同源性分别大于97.1%和98.4%,而ZJ201501和ZJ201504与早期分离的DTMUV FX2010遗传距离最远,这表明DTMUV在鸭群中发生了一定的变异。本研究为进一步了解DTMUV的遗传进化提供了理论依据。     

杭州地区猫杯状病毒的分离鉴定及VP1基因序列分析

猫杯状病毒(feline calicivims, FCV)是引起猫呼吸道疾病的一种常见病原,呈世界性分布,常在猫群中爆发流行。为了解我国FCV的流行情况及分子生态学特征,本研究对杭州地区收集的48份疑似FCV感染病料,进行了PCR鉴定、病毒分离培养,以及基于VP1基因序列的系统发育树分析。RT-PCR鉴定的结果显示,有32份病料可判为阳性;这32份病料接种的F81细胞,均出现明显的细胞病变。VP1基因序列分析显示,32株分离毒间的核苷酸同源性为69.2%～99%,氨基酸同源性为82.1%～99.9%。与国外分离株相比,32株分离株同国内分离株的同源性更高。系统发育树分析显示,32株分离株有12株与国内分离株遗传关系较近,15株与英国株遗传关系较近,别外4株与多国分离株形成独立分支。对VP1 D-E区的B细胞线性表位分析发现,D区和conE区的2个表位比较保守,而5′HRV区的表位存在较大变异。尽管32个毒株分离于同一地区和相近的时间段,主要抗原VP1基因差异仍然较大,多数达20%～30%不等。以上结果表明,FCV在杭州地区广泛流行,且呈现明显的遗传多样性,给病毒的分子流行病学监测和疫苗防控带来巨大挑战。     

一株猪蓝耳病毒的分离鉴定及其全基因组序列的比较分析

从湖北省某猪场分离了一株猪蓝耳病毒(CH-WH-19),其基因组全长是14993 bp。同源性分析结果显示CH-WH-19与NADC30、JXA1、CH-1a、VR-2332和GM2的相似性分别为91.9%、84.3%、83.9%、83.3%和80.5%,但是与欧洲型的毒株Lelystad virus相似性仅有58.9%。GP5基因和全基因组的进化树分析显示,CH-WH-19与NADC30毒株处于同一分支。Nsp2基因氨基酸比对结果发现,CH-WH-19和NADC30毒株与VR2332毒株相比具有不连续的131个氨基酸缺失的特征。同源性和进化树的结果都显示了CH-WH-19属于新变异的类NADC30毒株。GP5序列比对结果表明,CH-WH-19有一些氨基酸的突变,A137是疫苗株VR2332的标志,但CH-WH-19毒株突变成了S,N34是四个潜在的N-糖基化位点之一,突变成了D。试验表明,本研究分离了一株变异的NADC30毒株,生物学特性分析也表明属于类NADC30毒株。     

地方品种鸡ALV-J的分离鉴定及全基因组序列分析

为研究扬州地方品种苏禽绿壳蛋鸡中禽白血病病毒(ALV)的来源及其变异趋势,本研究从扬州某规模化种鸡场病鸡中分离到多株病毒,并测定了1株ALV-J(JS18YZ09)的全基因组序列,对该全基因组序列进行比对分析,结果显示,分离株全基因组序列与2009年江苏地区蛋鸡分离株JS09GY3同源性最高,为93.7%,但其5'LTR和3'UTR区变异较大。其env基因则与2013年广东肉鸡分离株GD13GZ同源性最高。JS18YZ09株5'LTR序列含有多至6个潜在转录因子结合位点C/EBPalp,同时U3区有11 bp的缺失,在其3'UTR的rTM区存在175 bp的缺失。综合5'LTR,env和3'UTR区序列特征,推测引起本次地方品种苏禽绿壳蛋种鸡禽白血病的ALV-J很可能来源于江苏地区蛋鸡分离株JS09GY3,但其可能已经与广东地区株GD13GZ株发生了重组,且有新的变异趋势。本实验对苏禽绿壳蛋鸡ALV分子流行病学的分析研究丰富了ALV的生物信息数据库。     

猫杯状病毒分离鉴定及其VP兽医临床1基因序列分析

为了解我国猫杯状病毒(FCV)流行情况,于2019年1月～3月从京津地区4家宠物医院收集并检测眼鼻肛拭子297份,FCV、猫疱疹病毒1型和猫泛白细胞减少症病毒阳性率分别为15.49％、30.98％、30.64％.病原学调查结果显示,未免疫的小于1岁幼猫对FCV更易感.将FCV单纯阳性病料接种于F81细胞进行病毒分离,通...     

猫杯状病毒自然弱毒株的分离鉴定及对猫的免疫试验

在进行猫狂犬病流行病学调查时,从猫的唾液中发现了杯状病毒.通过对病毒进行分离和形态学、理化学、动物感染试验和分子生物学等鉴定,证明该病毒为猫杯状病毒(FCV)自然弱毒株.免疫试验证明,该毒株可以诱导猫产生较高水平的中和抗体,且能持续50周以上,并能抵抗FCV强毒株攻击而不发病.     

1株林麝源绿脓杆菌的分离鉴定及全基因组序列分析

旨在确定甘肃省天水市某林麝养殖场致死林麝的病原菌,并开展其致病性和耐药性研究及全基因组序列分析。采集病死林麝肺,通过细菌的分离纯化、生化鉴定和16S rRNA基因序列分析,对分离菌进行鉴定;随后对其致病性和药物敏感性进行分析,并在分离菌全基因组测序的基础上,对分离菌全基因组序列进行组装和注释,对毒力基因toxA和exoT进行遗传进化分析。结果表明,从病死林麝肺中分离到一株绿脓杆菌,命名为TS2019。致病性试验测得分离菌对小鼠的LD₅₀为2.82×10⁷CFU·mL^-1;药敏试验结果表明,TS2019具有多重耐药性,但对环丙沙星、洛美沙星等药物敏感。基因组测序表明,TS2019基因组全长为6 308 327 bp,编码5 929个基因,其中有1 035个编码产物参与新陈代谢途径;全基因组中有毒力因子编码基因875个,产物有黏附蛋白、调控因子、毒性蛋白等;有四环素类、氨基糖苷类等抗生素耐药相关基因5 288个。遗传进化分析表明,TS2019毒力基因toxA、exoT与GenBank中绿脓杆菌众多菌株相应基因序列相似性均高于99%,其中eoxT基因与中国杭州人源分离株P33的遗传关系最近,但处于独立分支。本研究从病死林麝肺分离鉴定到一株绿脓杆菌,并证实该菌有较强致病性和多重耐药性,其毒力基因toxA和exoT与GenBank中绿脓杆菌相应基因序列具有高度相似性。研究结果为林麝绿脓杆菌感染相关疾病的防治提供了理论支持,也为绿脓杆菌致病机制和耐药机制的深入研究奠定了基础。     

一株蛋鸡新城疫病毒的分离鉴定及全基因组序列分析

为研究云南新城疫病毒（NDV）分子流行特性和致病性,对云南省1个蛋鸡场的组织样品进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测分离毒株,证明为NDV。通过病毒最小致死量（MLD）、鸡胚半数感染量（EID₅₀）、鸡胚平均死亡时间（MDT）、脑内接种致病指数（ICPI）和静脉接种致病指数（IVPI）测定病毒毒力,结果EID₅₀为10^-4.4,MLD为10^-4,MDT为97.5 h,ICPI为0,IVPI为0,显示分离株为弱毒株。高通量测序及遗传进化分析发现,分离毒株基因组全长为15 198 bp,从3'端到5'端有6个结构基因依次为NP-P-M-F-HN-L,各基因之间有1~48个核苷酸间隔。全基因组、F和HN基因遗传进化分析证明分离毒株属于Class Ⅰ分支,F基因ORF全长为1 662 bp,编码553个氨基酸,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-ERQERL-117,符合NDV弱毒裂解位点特征,HN基因ORF全长为1 851 bp,编码616个氨基酸,在HN基因保守区域234-NRKSCS-239位氨基酸序列没有发生变异。F蛋白有6个糖基化位点比较保守,HN蛋白有6个潜在的糖基化位点,但与LaSota相比存在缺失的和多出的糖基化位点。F蛋白半胱氨酸残基分布在76、199、338、347、362、370、394、399、401、424、514、523位氨基酸,F蛋白中性抗原位点在72、75、79和170位氨基酸发生了变异,HN蛋白受体结合部位和NA活性位点氨基酸为174R、401E、416R、526Y,未发生变异。本研究首次报道了云南省蛋鸡新城疫ClassⅠ毒株的全基因序列特征,为新城疫病毒ClassⅠ毒株研究奠定了基础。