猪瘟病毒Thiverval株3'非编码区插入片段对病毒拯救的影响

猪瘟病毒(CSFV)疫苗株Thiverval株与亲本病毒Alfort株相比,最明显的区别就是其3'-UTR含有一定长度的插入序列.本研究通过反向遗传学操作,构建了3'-UTR含有19 nt、32 nt以及插入片段完全缺失的CSFVThiverval株全长cDNA感染性克隆,将突变病毒基因组进行体外转录,利用BHK-21细胞转染、PK-15细胞传代增殖的方式成功的从3种重组突变感染性克隆中拯救出活病毒粒子,表明CSFV疫苗株3'-UTR插入片段并不影响病毒的拯救.通过3'-UTR二级结构模拟,发现疫苗株的插入片段导致3'-UTR空间构型发生改变、自由能升高、影响二级结构的稳定性,可能是导致疫苗株毒力减弱的原因之一.     

两株传染性法氏囊病病毒5′和3′非编码区结构分析

采用快速扩增cDNA末端 (RACE)方法测定了我国超强毒株Harbin 1和经典弱毒株CJ80 1的非编码区。在两株病毒基因组A节段中 ,Harbin 1的 5′非编码区包括 10 0个核苷酸 ,CJ80 1包括 96个核苷酸 ;两个毒株B节段的 5′非编码区均含有 111个核苷酸。Harbin 1毒株A节段的 3′非编码区含 95个核苷酸 ,CJ80 1含 94个核苷酸。Harbin 1毒株B片段的 3′非编码区含 79个核苷酸 ,CJ80 1含 82个核苷酸。结构分析表明 :超强毒株Harbin 1与细胞适应株CJ80 1的 5′和 3′端非编码区在一级和二级结构上均存在差异。Harbin 1与欧洲超强毒株的关系最近 ,CJ80 1与欧洲细胞适应株同源性最高。IBDV非编码区结构特征的研究为进一步研究IBDV非编码区的功能 ,阐明其与病毒复制调控和毒力的关系奠定了基础。     

蛋鸡J亚群禽白血病病毒3′非编码区序列特征分析

蛋用型鸡虽在试验条件下可以感染ALV-J,但自然感染时很少引起发病.然而,近年来在中国蛋鸡群中ALV-J发病严重,本研究对2008年以来ALV-J蛋鸡分离株的3′非编码区(3′UTR)进行了系统的分析.结果表明,89.5％(17/19)的ALV-J蛋鸡分离株的3′UTR出现了205 bp的缺失,94.7％(16/17)ALV-J蛋鸡分离株保留了完整的E元件.84.2％(16/19)的ALV-J蛋鸡分离株的U3区序列与肉鸡分离株的相似性低于92.5％,所有转录调控元件高度保守.ALV-J蛋鸡分离株的E元件和U3区均出现了多个碱基的突变.这些结果表明,ALV-J蛋鸡分离株的E元件和U3区正在迅速的演化,明显不同于肉鸡分离株的序列特征.这些发现有助于更好地了解ALV-J引起蛋鸡群发病的致病机理.     

猪瘟病毒低温诱变疫苗Thiverval株感染性克隆的构建及病毒拯救

采用高保真DNA聚合酶,分7个片段扩增猪瘟病毒(CSFV)Thiverval株全基因组序列,克隆至pMD18-T载体并测序.经适当的连接策略将各片段连接克隆至低拷贝载体质粒pAC/F101,同时对病毒基因组5'和3'末端进行修饰,构建出含有T7启动子、榔头状(HH)核酶基因、CSFV Thiverval全基因组、丁型肝炎病毒(HDV)核酶基因和T7终止子的重组质粒pAC/F101/T1-7.利用T7 RNA聚合酶将线性化重组质粒pAC/F101/T1-7体外转录成基因组RNA,再使用脂质体转染将体外转录RNA转染PK-15细胞.通过传代、RT-PCR、免疫过氧化物酶细胞单层试验鉴定,表明成功的从感染性克隆拯救出活病毒粒子.猪瘟病毒低温诱变疫苗"Thiverval"株感染性克隆的构建及病毒的成功拯救,为进一步研究CSFV疫苗株的致弱机制提供了重要工具.     

单股正链RNA病毒3′非编码区的结构与功能研究进展

单股正链RNA病毒基因组中的3′非编码区(3′UTR)可以形成二级或者高级结构,这些结构对维持病毒RNA的稳定性以及病毒的复制调控具有至关重要的作用.它不仅可以单独发挥作用,也可以与RNA或者蛋白相互作用调控病毒的复制、转录、翻译和包装等各个过程.本文对RNA结构和功能研究的一般方法,以及一些单股正链RNA病毒代表种属的3′UTR的结构和功能进行了综述,并且就研究前景和一些存在的问题进行了探讨.     

转录靶向猪瘟病毒3′-UTR shRNA细胞株干扰猪瘟病毒增殖的检测

对筛选的转录猪瘟病毒石门株3-′UTR shRNA的PK-15细胞株P-1（114-132位）、P-2（136-154位）和P-3（209-227位）分别接种猪瘟病毒（CSFV）,在接毒后第72和96小时用半定量反转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）检测CSFVNS3基因及-βactin基因,以研究构建细胞株在转录水平上对CSFV增殖干扰的效果;接毒后第72、96和148小时以酶联免疫吸附试验（ELISA）方法检测细胞NS3蛋白表达量,通过OD490值分析构建细胞株在病毒蛋白表达水平上对CSFV增殖的影响。检测结果表明：（1）接毒后第72和96小时P-1、P-2和P-3细胞株中NS3基因的量明显减少,与接毒的空白PK-15细胞比较差异显著（P〈0.05）,说明P-1、P-2和P-3细胞株转录的shRNA能干扰CSFV RNA的转录;（2）接毒后第72和96小时P-1、P-2、P-3细胞株中NS3蛋白的表达量明显少于接毒的PK-15细胞（P〈0.05）,说明转录的shRNA在病毒蛋白水平上能干扰CSFVNS3基因的表达,但接毒后第148小时干扰效果有所降低。     

单股正链RNA病毒基因组3＇非编码区功能

单股正链RNA病毒数量众多,对人、动物和植物造成很大的危害。病毒基因组3＇末端都具有一段非编码区,基因组3＇非编码区在病毒的复制过程中发挥着重要的作用。本文简单介绍了单股正链RNA病毒基因组3＇非编码区结构的预测、测定和功能的研究方法,并重点概括了不同单股正链RNA病毒3＇非编码区一级序列、茎-环结构、假结体、TLS等结构在病毒基因组的复制、转录和翻译中的调控作用以及目前存在的问题。     

两株传染性法氏囊病病毒5‘和3’非编码区结构分析

采用快速扩增cDNA末端（RACE）方法测定了我国超强毒株Harbin-1和经典弱毒株CJ801的非编码区。在两株病毒基因组A节段中，Harbin-1的5‘非编码区包括100个核苷酸，CJ801包括96个核苷酸；两个毒株B节段的5‘非编码区均含有111个核苷酸。Harbin-1毒株A节段的3‘非编码区含95个核苷酸，CJ801含94个核苷酸。Harbin-1毒株B片段的3‘非编码区含79个核苷酸，CJ801含82个核苷酸。结构分析表明：超强毒株Harbin-1与细胞适应株CJ801的5‘和3‘端非编码区在一级和二级结构上均存在差异。Harbin-1与欧洲超强毒株的关系最近，CJ801与欧洲细胞适应株同源性最高。IBDV非编码区结构特征的研究为进一步研究IBDV非编码区的功能，阐明其与病毒复制调控和毒力的关系奠定了基础。     

猪瘟病毒囊膜蛋白Erns研究现状

猪瘟病毒（Classical swine fever virus, CSFV）与牛病毒性腹泻病毒、羊边界病病毒、长颈鹿瘟病毒均为黄病毒科,瘟病毒属的成员,其基因组为单股正链RNA,大小约12300个核苷酸,其5^＋端非编码区由373个核苷酸组成,3^＋端非编码区约由229～244个核苷酸组成。开放阅读框编码一个大约3900氨基酸残基的多聚蛋白,该多聚蛋白在翻译过程中和（或）翻译后,在病毒编码的蛋白酶和宿主细胞酶的作用下,分解成为结构蛋白和非结构蛋白。[第一段]     

猪瘟病毒辽宁株E2蛋白部分基因片段的序列分析

应用RT-PCR方法对辽宁地区8份猪瘟临床病料进行了E2蛋白部分基因片段扩增，其中有5份病料扩增产物经2%的琼脂糖凝胶电泳获得大小约为210bp的目的基因片段。经对目的基因片段回收纯化后进行核苷酸序列测定，并与国内外发表的18株猪瘟病毒株的核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比较表明，所分离的5株猪瘟病毒株核苷酸序列及氨基酸序列与C1W、C2W等8个毒株的同源性较高，而与国内的疫苗株和强毒株的同源性则较低，基因型差异比较明显，并不归属于同一个基因亚群。本研究通过对E2基因片段扩增以及相应的核苷酸序列的氨基酸序列分析，揭示了本地区猪瘟病毒的分子流行病学背景。     

用3′RACE方法扩增并克隆口蹄疫病毒基因组3′末端序列

应用 3′RACE方法扩增并克隆了口蹄疫病毒 ( FMDV) OH99株基因组 3′端真实序列。测序结果表明 ,所扩增的目的基因片段长 15 0 0 nt,包括 3D基因部分序列、3′端非编码区 ( Non- Coding Region,NCR)和 Poly( A)尾巴 ,其中 3′NCR位于终止密码子 TAA之后 ,长 93nt,Poly( A)尾序列至少含有 5 6个 A。与参考毒株进行序列比较 ,结果显示 ,OH99株与 OTY TW/ 97株的核苷酸同源性较高 ,为 91.4 % ,而与 O1K、CHINA99、A12等毒株的核苷酸同源性较低 ,其同源性分别为 6 8.1%、71.0 %、70 .2 %。 3′NCR的末端存在保守性较高的基序 :CCCTCAGATG,TTTTCCC-CGCTTCCT。本研究为进一步研究 FMDV基因组的功能、构建 OH99株的反向遗传操作系统奠定了基础。     

猪瘟病毒C-株(脾淋毒)3′-UTR的克隆和二级结构分析

根据已发表的CSFVC—株序列，设计合成了3′—UTR特异性PCR引物对F—R及半套式上游引物F′。从兔脾组织中提取总RNA，应用RT—PCR及Half—nested PCR，成功地扩增出了C-株3′—UTR，克隆到pMD-18T载体后进行了序列测定。与AID株、Alfort/187株、Brescia株、F114株、Eystrup株、Riems株和Shimen株的相应区段进行了序列比较分析，同源性分别为98．7％、98．2％、98．2％、98．7％、97．8％、97．8％和98．7％。C—株3′—UTR中存在一富含T的插入序列，可能是C—株在兔化致弱时产生的变异标记，对其二级结构具有较大影响。在其它疫苗株的3′—UTR不同位置，亦存在相似的插入序列，该序列可能与病毒的毒力有直接关系。     

猪瘟病毒辽宁株E2蛋白部分基因片段的序列分析

应用RT-PCR方法对辽宁地区8份猪瘟临床病料进行了E2蛋白部分基因片段扩增,其中有5份病料扩增产物经2%的琼脂糖凝胶电泳获得大小约为210bp的目的基因片段.经对目的基因片段回收纯化后进行核苷酸序列测定,并与国内外发表的18株猪瘟病毒株的核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比较表明,所分离的5株猪瘟病毒株核苷酸序列及氨基酸序列与C1W、C2W等8个毒株的同源性较高,而与国内的疫苗株和强毒株的同源性则较低,基因型差异比较明显,并不归属于同一个基因亚群.本研究通过对E2基因片段扩增以及相应的核苷酸序列和氨基酸序列分析,揭示了本地区猪瘟病毒的分子流行病学背景.     

猪传染性胃肠炎病毒TS株非编码区的克隆及其一二级结构的分析

参照GenBank中Purdue株全序列对5′和3′非编码区各设计一对特异性引物,经RT-PCR分别获得了2 957 bp和516 bp大小的片段,与预期结果大小相符。猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)TS株与Puedue株、TH-98和FS772/70株的5′UTR核苷酸序列同源性分别为99.4%,99.3%,99.0%,TGEV TS株的3′UTR与Miller、Purdue、Niigata、h-5株的核苷酸同源性均为100.0%,与Aomori和Ogawa的同源性为99.3%。对非编码区的二级结构进行分析发现其具有复杂的二级结构。     

非典型性猪瘟病毒云南株/石门株嵌合病毒的构建和拯救

为研究猪瘟病毒(CSFV)云南株(YN株)突变位点在致非典型性猪瘟中的作用,本研究在CSFV石门株全长感染性克隆的基础上,利用分子克隆技术,将CSFV YN株的1 510位～1 532位、2 471位～2 658位、3 152位～3 176位和11 785位～11 816位突变位点基因序列替换CSFV石门株的相应基因序列,构建出嵌合的CSFV感染性克隆质粒pAC-SM-YN。全基因测序鉴定后,体外转录得到病毒RNA,经脂质体转染PK-15细胞方法拯救出了嵌合病毒vSM-YN。经直接荧光染色、对突变位点RT-PCR以及ELISA检测表明拯救嵌合病毒vSM-YN传代稳定。本研究为研究CSFV结构蛋白、病毒致病机理、新型疫苗,尤其是非典型猪瘟的致病机理奠定了基础。     

利用电穿孔法对狂犬病病毒SRV9 Ψ区缺失株病毒的拯救及鉴定

探讨电穿孔转染法对SRV9Ψ区缺失株重组病毒的拯救及鉴定。利用电穿孔细胞转染法,将纯化的Ψ区缺失株pcDNA-NPMG-L全长质粒和pcDNA-N、pcDNA-P、pcDNA-M、pcDNA-G和pcDNA-L辅助表达质粒共转染至BHK-21细胞中,并进行盲传,借助RT-PCR、间接免疫荧光试验、Western-blot及透射电子显微镜对重组病毒进行鉴定。结果显示,重组病毒能够产生绿色荧光,透射电子显微镜观察可见典型的弹状病毒,对重组毒株与亲本毒株G蛋白进行Western-blot验证,可获得相应目的条带。结果表明,通过电穿孔细胞转染法,能成功拯救出重组病毒SRV9Ψ区缺失株,为病毒的拯救提供新的转染方法,并能有效提高转染效率,为研发新型狂犬病疫苗提供参考。     

内含猪繁殖与呼吸综合征病毒保守基因序列假病毒粒子的构建及应用

为构建内含猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)保守基因序列的假病毒粒子,将MS2噬菌体基因组中5′非编码区、成熟酶蛋白基因、衣壳蛋白基因、包装位点和复制酶基因部分起始位点的cDNA序列克隆于原核表达载体pET32a,在其下游插入PRRSV ORF7和3′非编码区保守序列,获得重组表达载体pET-MS2-PRRSV。将重组质粒pET-MS2-PRRSV转化表达菌株BL21(DE3),经诱导表达、纯化,获得高纯度的病毒样颗粒。病毒样颗粒经RT-PCR和PCR鉴定含有PRRSV ORF7和3′非编码区RNA且没有质粒DNA残留,并能耐受RNase降解。采用荧光定量RT-PCR对病毒样颗粒定值后,制备了用于PRRSV核酸检测的标准品,该标准品模拟了真实病毒粒子的结构,无生物传染性,经检测均匀性和稳定性良好,可作为PRRSV核酸检测的阳性标准质控品,实现对核酸检测的全程监控。     

单股正链RNA病毒基因组非编码区结构与功能研究进展

单股正链RNA病毒基因组末端的非编码区(non-coding region,NCR)不仅参与RNA-RNA间相互作用,还可以通过与反式作用因子(trans-acting factor)结合,发挥对病毒基因组的复制、转录和组装等过程的调控作用.本文对近年来一些关于单股正链RNA病毒基因组非编码区的结构与功能研究进展情况进行综述.     

系列功能区缺失的猪内源反转录病毒5′非编码区的构建及序列分析

为构建缺失不同功能区的猪内源性反转录病毒(PERV)5′非编码区(5′UTR)克隆,分析5′UTR的转录调控规律,以质粒WZSP-293-5′UTR为模板,应用重组PCR方法分别扩增5′UTR与缺失引物结合区及前导序列(PBS-Leader),即5′UTR(5′长末端重复区)、U3区、R区、U3区中重复序列的5′UTR等5种PCR片段,并分别将其克隆至T载体上,挑取阳性克隆,酶切鉴定插入方向,选择正确方向插入的克隆,测序并进行序列分析。结果表明,构建了系列功能区缺失的5种5′UTR克隆,分别命名为UTR-PMD、LTR-PMD、UTR-U3-PMD、UTR-R-PMD、UTR-U-PMD以备后用。结论:在PERV 5′UTR的不同功能区中含有一系列可能的转录因子结合位点;中国五指山猪内源性反转录病毒(WZSP-PERV)在293细胞中传代时,不仅U3重复区数目增加,重复亚型也发生了一定的改变。     

禽脑脊髓炎病毒内蒙古分离株3′端序列的克隆及序列分析

应用反转录PCR，扩增国内禽脑脊髓炎病毒株（AEV-NH937)3′端706bp的片段，然后将该片段克隆并进行序列分析。结果表明，该部分序列与国外株Van Roekel同源率达98.1%。与Calnek1143的一致性为94%。