绵羊ESR基因生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对绵羊雌激素受体（estrogenreceptor,ESR）基因进行生物信息学分析。结果表明,绵羊ESR基因含有1个1413bp的开放阅读框,编码470个氨基酸;ESR蛋白分子质量为53393．85D。ESR基因主要位于细胞核中,参与机体转录调控过程。     

绵羊LHβ基因生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对绵羊促黄体生成都（Luteinizinghormonebeta,￡邵）基因进行生物信息学分析。结果表明,绵羊LHβ基因含有1个426bp的开放阅读框,编码141个氨基酸;LHβ蛋白分子质量为15．2KD,理论等电点为7．47;工邵编码产物的二级结构主要以β折叠和无规则卷曲为主,主要位于细胞质中,作为一种激素参与机体的生殖调控。     

不同物种Mitf基因编码区生物信息学分析

[目的]对不同物种Mitf基因编码区（CDS）进行生物信息学分析。[方法]采用生物信息学方法分析了小家鼠、褐家鼠、人、黑猩猩、狨、毛猩猩、猕猴、家马、大熊猫、野猪、原鸡和非洲爪蟾Mitf基因编码区的遗传多样性,并对Mitf氨基酸序列、组成成分、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级结构和结构域进行预测和推断。[结果]在12个物种的37条Mitf基因CDS序列中,共检测到466个多态位点,生成16种单倍型,Mitf基因序列编码区在种内及种间存在丰富的遗传多样性;Mitf蛋白理论等电点均低于7,呈酸性,N端无信号肽,无跨膜结构域,肽链表现为亲水性;蛋白质二级结构的主要元件为α-螺旋和无规则卷曲,有2个保守结构域。[结论]该研究为探明Mitf基因在不同种间和种内的遗传分化,进而为相关黑色素基因的遗传学和进化分析奠定了基础。     

催乳素受体基因(PRLR)与产仔数关系的研究

采用PCR-SSCP方法,分析了东北民猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪共313头个体PRLR基因位点的多态性与产仔性能的关系,同时分析了这4个群体是否为平衡群体。结果表明:除东北民猪外,大白猪、长白猪和杜洛克氏猪均处于遗传基础极度不平衡状态;多态性检测共检测到6种基因型AA、BB、CC、AB、AC、BC,推测PRLR位点的不同基因型对产仔性能的影响是:AA>AC>AB>CC。     

14个物种RPSA基因编码区生物信息学分析

采用生物信息学方法比较分析了大熊猫、牛、家犬、马、原鸡、人、猕猴、小家鼠、兔、绵羊、黑猩猩、毛猩猩、褐家鼠和野猪RPSA基因编码区(CDS)的遗传多样性,并对该基因编码的氨基酸序列、蛋白质二级结构和结构功能域进行预测和分析。结果表明,在来自14个物种的84条基因序列中检测到338个多态位点,共发现42种单倍型,物种间及物种内RPSA基因编码区存在较丰富的遗传多样性。RPSA基因编码蛋白质等电点均低于6,呈酸性;蛋白质二级结构的主要结构元件是α-螺旋和无规则卷曲,有一个保守结构域。     

梅花鹿GHR基因完整编码区序列生物信息学分析

为了研究梅花鹿生长激素受体基因的结构和功能,从GenBank中下载梅花鹿、牛、山羊、猪、北极狐、大熊猫、人、猕猴、小鼠、大鼠、鸡、家鹅、绿头野鸭及金鱼的生长激素受体基因完整编码区及氨基酸序列,对梅花鹿与其他13个物种生长激素受体基因的完整编码区及其编码氨基酸序列进行相似性比对,并基于氨基酸序列构建系统进化树,利用BioEdit 7.0等软件对梅花鹿生长激素受体基因的碱基组成及其编码蛋白的理化性质和结构特征进行生物信息学分析。结果表明,梅花鹿与山羊、牛的生长激素受体基因氨基酸序列相似性较高,亲缘关系最近;梅花鹿生长激素受体基因完整编码区长度为1 905bp,编码634个氨基酸,A+T含量高于G+C;其编码的蛋白是一种分子质量为70.927 8ku、等电点为4.56的疏水性不稳定酸性蛋白;该蛋白含有1个信号肽,属于一种分泌型蛋白;存在1个强跨膜区、36个广泛磷酸化位点,二级结构元件以无规则卷曲为主。研究结果可为梅花鹿生长激素受体基因的进一步分析提供详细的生物信息学基础资料。     

鹅PRLR基因外显子10单核苷酸多态性分析

运用PCR-SSCP法,检测了皖西白鹅和莱茵鹅PRLR基因外显子10的单核苷酸多态性。结果表明：在皖西白鹅群体中存在多态性,10-2位点的A-181G和10-3位点的-/22A缺失突变;而在莱茵鹅群体中则不存在多态性。     

猪PRLR基因AluⅠ多态与繁殖性状相关性的研究

采用PCR-Alu Ⅰ-RFLP技术检测长白猪、大白猪以及长大杂种的PRLR基因位点多态性,并分析了PRLR各基因型与繁殖性状的相关性。结果表明,3个猪群中均有A和B两个等位基因存在,其中B等位基因频率占有优势。利用最小二乘分析研究了该多态位点对初产、经产和所有胎次母猪的繁殖性状的影响,结果表明不同基因型母猪的总产仔数、产活仔数和初生窝重的差异均未达显著水平,但呈BB相似文献   

猪MSTN基因生物信息学分析(英文)

[目的]对猪MSTN基因其进行生物信息学分析。[方法]以从GenBank中检索到的猪、大鼠、小鼠、狗、绵羊、山羊、牛、黑猩猩、人、马、鸡和斑马鱼的MSTN基因CDS序列为材料,将该12个物种的MSTN蛋白序列调入DNAStar软件的Megalign程序,进行系统进化分析;并对猪MSTN基因的基本信息、内切酶图谱、编码蛋白二级结构、信号肽、跨膜结构以及蛋白质亚细胞定位进行分析。[结果]猪MSTN基因与大鼠、小鼠、狗、绵羊、山羊、牛、黑猩猩、人、马亲缘关系很近;该基因包含多个酶切位点;其编码的蛋白是一个疏水性不稳定蛋白,分子量为42791.3u,等电点为6.98,包含375个氨基酸残基;蛋白二级结构上,含有20.53%的α-螺旋(Helix)、4%β-转角(Turn)、53.07%无规则卷曲(Coil)、22.4%伸展条(extendenstrand)和1个跨膜结构区域;该蛋白定位于细胞外,作为信号肽的可能性很大。[结论]该研究为猪MSTN基因的进一步分析研究提供了参考依据。     

FSH-β和PRLR基因多态性对长白猪繁殖性能的影响

[目的]调查麟和FSH-β基因与长白猪繁殖性状的关系。[方法]采用PCR—RFLP技术分析了长白猪FSH-β基因和PRLR基因的多态性及其与繁殖性状的相关性。[结果]FSH-β基因3个基因型从、AB、BB在长白猪中的频率分别为0．035、0．075、0．890;PRLR基因3个基因型AA、AB、BB在长白猪中的频率分别为0．154、0．585、0．251。FSH-β基因对长白母猪的各项繁殖性状影响不显著;PRLR基因对长白母猪的总产仔数、产活仔数、初生窝重和断奶窝重影响显著,并呈现出AB〉AA〉BB的趋势。[结论]该研究为PRLR和FSH-β2个基因的应用提供基础数据。     

母猪的二个基因位点的多态性及其与产仔数连锁关系研究

试验采用PCR -RFLPs方法分析了长大、二花脸和大白猪的ESR、PRLR位点的多态性 ,并分析了多态性与母猪产仔性能和仔猪生长性能的相关性。结果表明 :ESR和PRLR 2个位点在 2个品种和长大母猪中存在多态性 ;PRLR位点的不同基因型对产仔数影响呈现出AA >AB >BB的趋势 ;ESR位点对产仔数影响的趋势为BB >AB >AA。 2个位点对母猪乳头数、仔猪生长性能均不产生显著的影响     

大白母猪的ESR和PRLR二个基因位点多态性及共与产仔数相关性初探

采用PCR－RFLPs方法，分析了88头大白母猪ESR、PRLR二个基因位点的多态性及其与产仔性能、仔猪生长性能、乳头数的相关性。结果表明：二个位点在大白母猪中存在多态性；该试验中，PRLR位点不同基因型对产仔性能影响是AB＞BB；ESR位点的不同基因型对产仔性能影响是BB＞AB＞AA；二个基因位对仔猪生长性能和乳头数不产生显著的影响。     

山羊子宫中LHR基因片段的克隆及半定量RT—PCR检测方法的建立

【目的】进一步研究处于发情周期不同阶段的济宁青山羊子宫中黄体生成素受体(LHR)mRNA表达量的变化,为探讨其对山羊生殖内分泌机制的作用规律提供理论依据。【方法】以GAPDH为内参照基因,从济宁青山羊的子宫组织中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增目的基因,进行克隆测序,并对半定量RT-PCR反应体系进行了优化。【结果】获得了济宁青山羊LHR mRNA的部分序列,长度约为286 bp,与已报道的GenBank中羊的LHRmRNA(序列号为AF379199)41~326 bp序列同源性为100%。以此基因片段的阳性克隆为基础优化的半定量RT-PCR体系为:LHR基因的适宜循环数为30个,内参照GAPDH基因的循环数为26个,Mg2+浓度均为1.5 mmol/L。【结论】克隆了山羊LHR mRNA的部分序列,并建立了优化的半定量RT-PCR体系。     

8种植物CHI基因的生物信息学分析

根据GenBank上已登录的拟南芥、苹果杂交种、草莓、桃、沙梨的栽培种美人酥、葡萄、柑橘和玉米的查尔酮异构酶基因蛋白质氨基酸残基序列,应用生物软件对其组成成分、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性与亲水性、蛋白质二级和三级结构以及功能域进行预测和分析。结果表明：8种植物的CHI不具有导肽,不存在信号肽,不具有跨膜结构,推测CHI可能定位于细胞质基质中发挥功能,多肽链总体表现为亲水性;有α-螺旋、β-转折、无规则卷曲和延伸链4种二级结构,除了无规则卷曲是桃的最主要二级元件外;其余7种植物均是α-螺旋为最主要的结构元件;8种植物可能均有1个查尔酮异构酶活性部位。     

太湖鸡PRL、PRLR和FSHβ基因多态与前期产蛋性状关系研究

采用PCR-SSCP法对太湖鸡催乳素(PRL)、催乳素受体(PRLR)和促卵泡激素β亚基(FSHβ)基因进行多态性检测,并分析其与开产50%后20周产蛋性状的关系。结果表明:PRL和FSHβpro2的基因型频率都是AA型最高,BB型最低,等位基因频率也是A高于B,FSHβ基因exon3位点没有多态;PRLR只有两种基因型,外显子3是AA型频率高于BB型,外显子6是CC型频率高于DD型,且等位基因A和C的频率分别高于等位基因B和D的频率。太湖鸡PRL、PRLR和FSHβ基因开产50%后20周产蛋性状的不同基因型间差异均不显著(P>0.05),但是PRLR基因外显子3的开产50%后9~11周蛋重平均数基因型间差异接近显著(P=0.08)。基因间交互作用分析发现,催乳素受体基因外显子3和外显子6有极显著的交互作用(P<0.01),产蛋量较高的合并基因型AADD可以作为太湖鸡选育的参考。     

水稻2个F-box基因的生物信息学分析

对水稻中2个新的F-box蛋白基因Os5h和Os7h进行生物信息学预测分析。试验结果表明,基因序列分析确定Os5h和Os7h是F-box家族的两个基因;启动子预测分析结果表明,这两个基因含有大量的与光反应应答相关的元件,并且也都含有非生物逆境应答元件;对这两个基因进行了转录表达分析和共表达基因的分析,Os5h基因在花中表达最高,胚芽中最低,Os7h基因在根中表达相对其他组织较低,但整体表达相对比较均匀。