利用mtDNA d-loop分析石迁野生鸳鸯在系统发育中的定位

采用PCR产物直接测序主法测定鸳鸯线粒体DNA(mtDNA)控制区的全序列,测定其与GenBank上已知雁形目28个物种的遗传距离,并构建系统发育树 结果表明,试验样品鸳鸯(采白贵州石阡县)mtDNA d-loop序列全长为1 035 bp,与欧洲鸳鸯(GenBank登录号AY112953)的遗传距离最近、为0.002,NJ分子系统树也显示两者同属一个分支,即鸳鸯为雁形目鸭科柄鸭族鸳鸯属,这与传统分类学方法一致.     

基于线粒体COI基因序列分析家鸭系统发育关系

根据北京鸭线粒体DNA( mtDNA)序列设计引物,对中国9个地方鸭和1个番鸭品种线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(CO Ⅰ)基因序列进行PCR反应和测序,并从起始密码子开始分析了1 520 bp的序列.结果显示:所有家鸭个体在1 517位点出现1个T碱基缺失,番鸭与家鸭的mtDNA COI基因碱基组成相似;9个鸭品种个体共检出11种单倍型,单倍型的多样度为0.856.聚类分析结果显示,所有家鸭品种间的遗传距离为0.001～0.002,种内平均值为0.001;番鸭与家鸭遗传距离为0.003 ～0.006.基于Kimura-2模型构建的系统发育进化树进行分析,发现所测定的鸭科物种个体大体分为3类:家鸭与栖鸭属的番鸭聚为第1类,应属于鸭亚科;雁属的白额雁、灰雁与天鹅属的黑天鹅聚为第2类,应属于雁亚科;鹊雁与中国骛一起聚为第3类,应属于鹊雁亚科.上述结果表明,基于COⅠ基因条形码,在亚科阶元上,所有鸭科物种分类与以往分类结果是一致的.因此,使用DNA条形码鉴定物种系统发育关系时,需考虑阶元划分标准.     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

泰山螭霖鱼线粒体16S rRNA基因片段序列及分子系统发育分析

以泰山螭霖鱼(Varicorhinus macrolepis)30个个体为材料,对其线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列对比,检测了泰山螭霖鱼的遗传多样性;结合从GenBank中下载的同源性较高的鲤科7属部分鱼类的同源序列,利用MGEA软件计算遗传距离,采用聚类分析方法,构建了NJ和UPGMA系统进化树。结果显示:30个体泰山螭霖鱼线粒体16SrRNA基因片段长度为468bp,无碱基的插入和缺失,共检测到1个多态位点,存在2种单倍型,其单倍型多样性(Hd)为0.067,核苷酸多样性(Pi)为0.00015,平均核苷酸差异数(K)0.067。遗传距离和NJ、UPGMA系统进化树表明,泰山螭霖鱼与多鳞白甲鱼的16SrRNA序列一致,泰山螭霖鱼所在的突吻鱼属与光唇鱼属的亲缘关系最近,与扁吻鱼属遗传距离最远。     

泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

[目的]通过克隆泰山螭霖鱼的COⅠ基因序列,研究其与鲤科几属鱼类的进化关系,确定泰山螭霖鱼的分类地位。[方法]以泰山螭霖鱼30个个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的部分序列进行PCR扩增和序列对比,检测泰山螭霖鱼的遗传多样性;计算泰山螭霖鱼不同单倍型与Gen Bank中鲤科5个属鱼类的遗传距离,采用聚类分析方法,构建NJ和UPGMA系统进化树。[结果]30个个体泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因片段长度约1 600 bp,无碱基的插入和缺失,纯化并去除引物序列后获得约1 493 bp的核苷酸序列,存在6种单倍型,共检测到6个多态位点,包括4个转化、2个颠换,其单倍型多样性(Hd)为0.460,核苷酸多样性(Pi)为0.000 78,平均核苷酸差异数(K)1.163。遗传距离和NJ和UPGMA系统进化树表明,泰山螭霖鱼与多鳞白甲鱼的COⅠ序列一致,泰山螭霖鱼所在的突吻鱼属与光唇鱼属的亲缘关系最近,与金线鲃属、倒刺鲃属、华鲮属的亲缘关系较远。[结论]该研究为其种质资源的管理与保护及遗传育种提供分子生物学依据。     

和田羊线粒体DNA D-loop区序列研究

[目的]利用线粒体DNA D-loop区序列分析和田羊遗传多样性.[方法]采用测序法获得和田羊线粒体DNA D-loop区核苷酸序列,比对分析和田羊与Genbank中收录的藏绵羊、蒙古羊、哈萨克羊、巴什拜羊的绵羊线粒体DNA D-loop区序列.[结果]和田羊mtDNA D-loop区序列为1 184 bp,均含有4个75 bp重复序列,A+T含量62.50;,G+C含量37.50;.和田羊与藏绵羊遗传距离最近为0.001,与哈萨克羊遗传距离最远为0.004,同源性分析结果与遗传距离分析结果相同.[结论]和田羊与藏绵羊遗传距离近、同源性高的结果与两个品种在地理分布上可能存在一定关系.     

我国沿海裸胸鳝属鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

为探讨COⅠ基因作为DNA条形码在裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类物种鉴定的有效性,本研究通过PCR扩增及测序获得了我国沿海分布的10种裸胸鳝鱼类线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,结合GenBank下载的3种裸胸鳝共13种31个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA5.0计算种内与种间遗传距离,基于邻接法与最大似然法构建了分子系统进化树.结果显示:13种裸胸鳝种内遗传距离0.000～0.007之间,平均遗传距离为0.003;种间遗传距离在0.005～0.243之间,除了淡网纹裸胸鳝(Gymnothorax pesudothyrsoideus)与匀斑裸胸鳝(Gymnothorax reevesii)为0.005,其他裸胸鳝种间遗传距离均大于2%,平均遗传距离为0.187,表明COⅠ基因可作为裸胸鳝鱼类物种鉴定条形码基因,但也存在一定局限性.进化树上,13种裸胸鳝属鱼类主要形成4个分支,其中密点裸胸鳝(Gymnothorax thyrsoideus)位于进化树基部,进化地位最为原始.淡网纹裸胸鳝与匀斑裸胸鳝相互聚集在一起,没有形成各自单系分支.但形态上两者差异较大,排除同种异名可能性,揭示其可能存在自然杂交引起基因渗透.另外,本研究采集的美丽裸胸鳝(Gymnothorax formosus)与NCBI上公布的美丽裸胸鳝COⅠ序列差异达5.5%,进化树上也能明显区分,有可能揭示其为新的隐存种.     

基于COI条形码的根口水母科Rhizostomatidae水母分子系统进化研究

为探讨DNA条形码基因COI序列在根口水母科Rhizostomatidae水母物种鉴定中的有效性,分析了根口水母科3属6种水母及口冠水母科1属1种共计265条线粒体COI基因同源序列,利用MEGA 3.0计算根口水母科种内与种间的遗传距离,并基于邻接法(Neibour-Joining,NJ)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian,BI)构建了其分子系统进化树。结果表明:4个属7种水母种类COI基因同源序列长度为482 bp,种间遗传距离为0.065~0.235,平均遗传距离为0.198,种内遗传距离为0~0.032,平均为0.006,其中种间平均遗传距离(0.198)显著大于种内平均遗传距离(0.006),种间遗传距离是种内遗传距离的33倍;根口水母科水母种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离(0.02);采用NJ法、ML法和BI法构建的分子系统树拓扑结构基本一致,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系群,表明COI基因可作为根口水母科水母种类准确鉴定的有效条形码基因;系统进化树显示,海蜇属为单系群,系统进化分析结果与形态分类学的观点并不十分一致。研究表明,COI基因序列在根口水母科不同阶元间变异较大,适合于根口水母科水母种类鉴定及群体水平的分子标记。     

太湖流域河川沙塘鳢线粒体12S和16S rRNA基因序列分析

作为东南亚所特有的小型经济鱼类之一的太湖流域河川沙塘(Odontobutis potamophila)长期被归为河川沙塘鳢.为明确太湖流域河川沙塘鳢在沙塘鳢属中的分类地位,克隆测定了其线粒体12S和16S rRNA基因部分序列.在同源的658 bp长的12S rRNA基因序列中,有变异位点187个,简约信息位点133个;在同源的528 bp 的16SrRNA基因同源序列中,有变异位点98个,简约信息位点45个.通过与其他沙塘鳢属鱼类的12S rRNA基因 列比较发现,太湖流域河川沙塘鳢与福建河川沙塘鳢的种内遗传距离为0.114,大于种内的遗传距离(0.00 ～0.024),且在16S rRNA基因序列分析中发现,太湖流域河川沙塘鳢与中国河川沙塘鳢的种内遗传距离为0.123,大于种内的遗传距离(0.00～0.016).12S和16S rRNA系统发育分析也表明,太湖流域河川沙塘鳢有别于其他类别的沙塘鳢,且与已知的河川沙塘鳢存在分子遗传进化差异.     

基于COⅠ基因序列的裸颊鲷属鱼类进化关系探讨

为从分子水平分析我国裸颊鲷属(Lethrinus)鱼类系统分类关系，同时探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因作为分子标记在裸颊鲷属鱼类物种鉴定和亲缘关系的可信性.本研究通过PCR扩增及测序获得了我国南海10种裸颊鲷COⅠ基因部分序列，结合GenBank下载的2种裸颊鲷最后共12种37个个体线粒体COⅠ基因序列，利用MEGA5.0计算序列的系统进化位点，基于最大似然法构建分子系统进化树．结果表明：12种裸颊鲷种内遗传距离为0.000~0.005，平均遗传距离为0.002，远低于物种鉴定最小种间遗传距离0.020(2%)；种间遗传距离为0.074~0.210，平均遗传距离为0.155，种间遗传距离是种内遗传距离77.5倍，表明COⅠ基因可作为裸颊鲷鱼类物种鉴定条形码基因．构建的进化树上，12种裸颊鲷属鱼类主要形成4个分支，长吻裸颊鲷最先分化，单独形成一支(分支Ⅳ)，位于进化树基部. 其次是红鳍裸颊鲷也单独形成一支(分支Ⅲ). 剩下的裸颊鲷主要聚为两支：分支I包含5种裸颊鲷，该分支裸颊鲷大部分体型较低，牙齿为犬牙状齿；分支II包含5种裸颊鲷，该分支裸颊鲷体型较高，牙齿为臼状齿，与前人研究将裸颊鲷基本分为高体型臼状齿，低体型犬牙状齿两个类群结果一致.也支持前人推断认为裸颊鲷祖先先形成高体型犬牙状齿特征，后期进化过程中逐渐分化出高体型臼状齿及低体型圆锥状齿的类群的观点.     

不同品种鸭生长及屠宰性能的比较研究

[目的]研究3个品种鸭的生长及屠宰性能,为进一步选育优良鸭品种提供参考依据。[方法]以樱桃谷鸭、白羽番鸭和荆江鸭为研究对象,相同条件下饲养至8周龄进行屠宰,测定体重与相关的肉用性能指标。[结果]在整个饲养期,3个品种鸭生长性能存在显著差异（P〈0.05）,其中樱桃谷鸭生长发育最快,荆江鸭生长最慢,而白羽番鸭从4周龄开始生长迅速;樱桃谷鸭的屠体重、全净膛重、瘦肉率、腿肌率、皮脂率和腹脂率均高于白羽番鸭和荆江鸭,差异显著（P〈0.05）,而荆江鸭腹脂率为0;樱桃谷鸭的全净膛率、胸肌率、屠宰率显著小于荆江鸭（P〈0.05）;3个鸭品种不同性别的屠宰指标存在差异,且樱桃谷鸭和白羽番鸭均为公鸭显著高于母鸭（P〈0.05）,荆江鸭公母间差异不显著。[结论]不同品种鸭的生长和屠宰性能之间存在差异。     

胰腺型、经典型1型甲肝病毒对雏鸭的致病性差异

为明确胰腺型鸭1型甲肝病毒（DHAV-1）和经典型DHAV-1对不同品种雏鸭的致病性,以胰腺型DHAV-1和经典型DHAV-1分别感染7、14、21、28、35 d番鸭、半番鸭、樱桃谷鸭和麻鸭,结果表明番鸭对胰腺型DHAV-1最易感,半番鸭和樱桃谷鸭次之,麻鸭最不易感;而樱桃谷鸭对经典型DHAV-1最易感,番鸭次之;感染胰腺型DHAV-1的番鸭、半番鸭胰腺出血、明显发黄,肝脏未见出血。表明胰腺型鸭1型甲肝病毒、经典DHAV-1在易感宿主、组织嗜性和特征肉眼病变上均存在明显差异。     

11个鸭种(群)遗传变异的微卫星标记分析

利用9个微卫星标记对高邮鸭、金定鸭、荆江麻鸭、山麻鸭、白羽番鸭、黑羽番鸭（纯黑）、黑羽番鸭（白头）、苏牧麻鸭、苏牧白羽鸭、苏牧黑鸭及龙白鸭11个鸭种（群）的平均基因杂合度、平均多态信息含量进行了分析。结果表明：11个鸭种（群）在9个微卫星座位上的基因频率存在一定差异．其平均基因杂合度为0．6599.平均多态信息含量为0．5966。其中．黑羽番鸭（白头）平均基因杂合度最高．为0．6948．遗传多样性最丰富;荆江麻鸭平均遗传杂合度最低,为0．5757。     

中国部分家鸭和野鸭遗传多样性及亲缘关系的微卫星分析

利用前期双重抑制PCR技术分离得到的10个鸭微卫星标记,分析了13个鸭品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的Nei氏遗传距离(DA)等遗传参数,并用类平均法进行了聚类分析。结果表明:10个微卫星座位中有7个具有多态,可作为有效的遗传标记用于各品种的遗传多样性和系统发生关系分析。7个微卫星座位在13个品种中共检测到51个等位基因;每个座位的等位基因数为5～12个,平均多态信息含量为0.402 3～0.601 5;各群体平均杂合度为0.407 0～0.707 0,说明各群体的遗传多样性较为丰富。采用DA/UPGMA法聚类分析,13个鸭群体聚为3类:Ⅰ类为8个家鸭品种和樱桃谷鸭;Ⅱ类为野鸭类;Ⅲ类为番鸭独成一类。结果提示:各类鸭群体间的聚类关系与其来源、分化、地理分布基本一致,而且绿头野鸭和斑嘴鸭在家鸭品种形成过程中均作出了贡献。     

番鸭、樱桃谷鸭及高邮鸭产肉性能及肉质特性研究

以番鸭、樱桃谷鸭、高邮鸭为研究对象,分别测定70日龄产肉性能及胸、腿肌肉品质,探讨3个品种鸭产肉性能和肉质特征.结果表明: 番鸭是肉用性能最好的优质肉鸭,樱桃谷鸭腿肌比例偏小,高邮鸭未达到优质肉鸭的要求;除高邮鸭与番鸭腿肌蒸煮损失差异显著外,肉色、pH值、系水力、蒸煮损失等理化特性在品种间差异不显著;番鸭、樱桃谷鸭胸肌pH值、系水力与腿肌差异显著;高邮鸭、樱桃谷鸭胸肌蒸煮损失与腿肌差异显著.肌纤维直径和肌束膜厚度可客观反映肌肉的嫩度, 3个品种鸭肌肉嫩度差异不显著,品种内鸭的胸肌嫩度高于腿肌.     

番鸭呼肠孤病毒的分离与鉴定

从番鸭肝“白点病”患鸭的肝脾匀浆中分离到 7个病毒分离株 .在电镜下观察到病毒粒子呈球形 ,无囊膜 ,有可见的双层衣壳结构 ,外壳直径 75nm,内核直径 50 nm;病毒核酸型为 RNA;不凝集鸡、鸭、兔、豚鼠红细胞 ,与禽呼肠孤病毒有一定的抗原相关性 ;对番鸭胚和鸡胚成纤维细胞可致感染细胞圆缩、融合 ,出现多核细胞和巨细胞 ,胞浆内有近核包涵体 ;试验感染 1日龄敏感雏番鸭死亡率达 10 0 % ,临床及病理变化与自然感染发病的番鸭基本一致 ,并可回收到该病毒 .结果表明 ,目前国内流行的番鸭肝“白点病”病原为呼肠孤病毒科正呼肠孤病毒属番鸭呼肠孤病毒     

番鸭呼肠孤病毒弱毒株选育研究

应用番鸭胚成纤维细胞和鸡胚成纤维细胞(CEF)交替传代选育出适应CEF繁殖的番鸭呼肠孤病毒弱毒疫苗株。该弱毒株已失去对1日龄雏番鸭的致病性,对CEF的TCID50稳定在10-5~10-5.5;在雏番鸭体内连续盲传5代,未见毒力返强现象;1日龄雏番鸭免疫不同代次弱毒后7 d攻击番鸭呼肠孤病毒强毒,保护率均在88%以上,且不同代次弱毒的外源病毒检验结果均为阴性。上述结果表明该弱毒株无外源病毒污染、安全性好、遗传性稳定、免疫原性强,可用于制备番鸭呼肠孤病毒病活疫苗。     

不同日龄黑番鸭屠宰性能与肉质特性的研究

以黑番鸭为试验材料,通过测定公、母鸭在70日龄与120日龄的屠宰性能、常规肉品质及胸肌营养成分,初步明确黑番鸭屠体的经济价值。结果显示:①屠宰性能:120日龄公鸭的活重、屠体重、屠体率、全净膛重、半净膛重、腿肌重高于70日龄,差异显著(P<0.05);母鸭2个日龄屠宰性能各项指标均差异不显著(P>0.05)。表明屠宰性能公鸭以120日龄为佳,母鸭以70日龄为佳;②肉质性状:70日龄公、母黑番鸭在胸、腿肌的pH、滴水损失均差异不显著(P>0.05);③胸肌常规营养成分:70日龄、120日龄公母黑番鸭,胸肌中水分、干物质、粗蛋白、粗纤维、粗脂肪的含量均差异不显著(P>0.05);④胸肌氨基酸含量:70日龄母黑番鸭胸肌中苏氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、酪氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸、组氨酸、精氨酸和必需氨基酸的含量显著高于公鸭(P<0.05);120日龄公黑番鸭胸肌中苏氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、酪氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸、组氨酸、精氨酸和必须氨基酸的含量显著高于70日龄(P<0.05)。表明氨基酸的含量公鸭120日龄较高,母鸭70日龄较高。     

种番鸭源禽坦布苏病毒分离鉴定及基因组序列分析

种番鸭是否感染禽坦布苏病毒颇受国内学者关注。本研究于国内外首次自表现产蛋下降的种番鸭卵巢中分离获得1株病毒（命名为WYZLJ-1359株）,经RT-PCR方法鉴定为禽坦布苏病毒。经比较分析该病毒与我国其他禽源分离株全基因组序列表明,种番鸭源分离株WYZLJ-1359主要分子特征未出现变异,与2010年以来我国分离的其他禽源分离毒株的核苷酸序列同源性均在98.4％以上,且亲缘关系非常近,遗传距离均在1.8％以下,远低于与2000年以前分离的坦布苏病毒分离株之间的遗传距离。以上结果表明,我国禽坦布苏病毒感染的宿主在不断增加,但病毒在不同品种家禽的传播过程中遗传较为稳定,基因组未出现基因的缺失或插入等变异现象。     

甘草残渣、关苍术茎叶对番鸭生产性能和免疫性能的影响

甘草残渣、关苍术茎叶等中药生产副产物粉碎后作为饲料添加剂饲喂番鸭,观察对番鸭生产性能和免疫性能的影响。结果表明：甘草残渣作为饲料添加剂,在添加剂量为12．0％、6．0％、3．0％时,能显著提高番鸭的生产性能,对免疫器官的生长有促进作用,显著提高外周血总蛋白、白蛋白的含量,各项指标各剂量组与空白组比较在P〈0．05水平上差异显著,但各剂量组之间差异不显著。关苍术茎叶添加剂量为6．0％、3．0％、1．5％时,能显著提高番鸭的生产性能,对免疫器官的生长有促进作用,显著提高外周血总蛋白、白蛋白的含量,并且随添加剂量的增加促进作用增强。