水蛭来源荧光假单胞菌的分离鉴定及系统发育树分析

为调查山东某水蛭养殖场病情暴发原因,从该场患病水蛭中分离得到优势菌株SZ-1,对其进行生理生化特性及分子生物学分析。形态学、生理生化分析显示,菌株SZ-1为革兰氏阴性菌,杆状,两端钝圆,有鞭毛;Biolog GenIII分析表明,该菌株生长代谢利用情况与假单胞菌属吻合,与荧光假单胞菌B特征相似。基于16S rRNA基因序列分析同源性,该菌株16S rRNA基因序列与荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)相聚类,聚合置信度可达99%。综合生物学及分子特征,判定SZ-1为荧光假单胞菌。     

黑鲷肠炎病原恶臭假单胞菌的分离和鉴定

2008年3月,浙江省象山港养殖黑鲷暴发了严重的肠炎病情,病鱼肠道肿胀,充满黄色黏液。以ZoBell2216E平板自病鱼肠道黏液分离到4株菌BB01、BB02、BB03和BB04。通过人工感染试验验证了前3株为病原菌,其中BB01菌株96h的半数致死浓度LD50为4.61×104CFU/g鱼体重。3株分离菌革兰氏染色阴性,短杆状,氧化酶试验阳性,氧化葡萄糖,不产气,4℃生长,精氨酸双水解酶阳性,利用麦芽糖、柠檬酸盐,硝酸盐降解阳性,DNA酶、乙酰胺酶阴性;与已发表的恶臭假单胞菌16SrRNA序列的同源性达99%以上;经形态和理化特性鉴定及16SrDNA序列测定,此3株菌同属于恶臭假单胞菌。药敏试验结果表明,菌株BB01对头孢类等多数抗生素种类敏感,而对氧氟沙星耐药。     

红假单胞菌培养噬菌蛭弧菌的研究

为探索环保型的噬菌蛭弧菌宿主菌菌种,本文用红假单胞菌作为宿主菌进行了培养噬菌蛭弧菌的研究,系统地探索了pH值、缓冲系及温度等环境因子对培养效果的影响。实验表明用红假单胞菌培养噬菌蛭弧菌,其环境影响因子、出斑时间、出斑数量、培养收获浓度等方面均与大肠杆菌无差异,最佳培养条件为25℃～30℃、pH值7．0～8．0、PBS缓冲系、并添加一定量的钙、镁离子,光合细菌中红假单胞菌可完全取代污染菌大肠杆菌培养噬菌蛭弧菌,生产环保型的蛭弧菌制剂,并简化了生产程序。并建立了蛭弧菌的培养采收标准,同时初步提出了一种简易的蛭弧菌浓度的计算方法——裂解系数计算法。     

一株草鱼源荧光假单胞菌的分离鉴定及其耐药特性分析

为探究临沂市某草鱼养殖场发生病害的原因,从患病的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肝脏和肾脏混合组织中分离得到一株优势致病菌G-13,通过细菌形态学观察、革兰氏染色、生理生化特征、16S rRNA基因测序,以及系统发育分析等完成菌株鉴定,并测定其耐药特性。形态特征显示G-13是一种短杆状的革兰氏阴性菌,在LB固体平板上形成乳白色、圆形、整体呈隆起状、边缘较为整齐、表面光滑湿润的菌落;16S rRNA系统发育进化分析发现G-13与荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)聚在一支,序列同源性高达100%;生理生化试验显示葡萄糖、精氨酸双水解酶、鸟氨酸脱羧酶、赖氨酸脱羧酶、氧化酶、无盐和3%NaCl胰胨水等7项指标为阳性,与假单胞菌属特征相近,确定分离株G-13为P.fluorescens。药敏试验结果显示菌株G-13对丁胺卡那、多西环素、四环素、新霉素、环丙沙星、氧氟沙星等13种抗生素敏感,对氨苄西林、头孢拉定、克林霉素、呋喃唑酮等7种抗生素耐药。     

蒙脱石对水相中沼泽红假单胞菌的吸附研究

通过测定吸附条件对吸附率及吸附菌量的影响,研究了蒙脱石对水相中沼泽红假单胞菌（Rhodopseudomonas palustris）的吸附特性。结果表明,当蒙脱石重量为0．5g时,吸附菌量和吸附百分率均达到较恒定的状态,且受到菌液起始浓度和体积的影响。不同pH条件下,蒙脱石对菌的吸附率随着pH值的升高而逐渐降低,当pH=9时,有效吸附率为72．67％。蒙脱石对菌的吸附率与离子强度成反比。不同温度条件下,蒙脱石对菌的吸附率呈现出先升高、后降低的趋势,温度30℃时吸附率最高,为86．55％。表明蒙脱石对水相中菌的吸附不仅依赖于生物体的化学属性和表面属性,也受到环境温度等条件的影响。     

黄鳝产碱假单胞菌的分离与鉴定

近年来 ,我们在黄鳝人工繁殖及苗种培育过程中 ,出现黄鳝苗种大批发病死亡 ,主要表现为口腔充血 ,腹部肿胀 ,鳝苗在水中侧身作间隙窜游 ,最后无力游动而下沉死亡。为了给该病的防治提供依据 ,我们对该病的病原菌进行了分离培养、生理生化反应测定、人工感染试验及药敏试验 ,以期为该病的防治提供参考依据。1　材料与方法1 1　材料来源发病黄鳝苗种来源于杭州某黄鳝养殖场 ,体长 4～ 7ｃｍ。昆明种小白鼠购自浙江中医学院动物中心 ,体重 2 0ｇ左右。细菌生化反应微量鉴定管、成套药物敏感试纸等购自浙江省军区后勤部卫生防疫检验所。1 2　…     

分光光度法测定铜绿假单胞菌浓度的初步研究

以铜绿假单胞菌为例,用分光光度法测定不同浓度梯度的致病菌在特定波长的吸收峰值(OD值),发现两者具有良好的线性关系。可用OD值来表示水产养殖常见致病菌的菌量,以简化致病菌菌量的测定方法和操作时的工作量,并有利于药敏试验的简化。     

恶臭假单胞菌引起的欧洲鳗鲡烂鳃病

从患烂鳃病的病鳗分离到多株细菌,其中三株经人工感染证实为病原菌、经重理、生化等测试鉴定为恶臭假单胞菌。其主要特征为革兰氏阴性、具动力的短杆菌;氧化酶、过氧化氢酶、枸橼酸盐利用、精氨酸双水解酶阳性;硝酸盐还原,鸟氨酸脱羧酶、赖氨酸脱羧酶、明胶酶、尿素酶、V－P反应、吲哚反应阴性。对氟哌酸、妥布霉素、卡那霉素、庆大霉素敏感。     

血鹦鹉铜绿假单胞菌病原菌鉴定和药敏试验

对从患病血鹦鹉(Cichlasoma var.)肝、眼部脓肿处分离到2株细菌,对该分离菌进行人工感染实验、鉴定和药敏实验。结果显示:通过人工感染实验证明其对血鹦鹉有较强的致病性。分离菌革兰氏阴性杆状,氧化酶阳性、接触酶阳性、甲基红阴性,能够利用枸橼酸盐、丙二酸盐,发酵葡萄糖。综合分离菌的表型特征及分子生物学结果,鉴定分离菌为假单胞菌属(Pseudomonas)的铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)。药敏试验结果显示头孢哌酮、头孢他啶、壮观霉素、阿米卡星、阿奇霉素、氨噻酸单胺菌素和阿洛西林抑菌效果显著。     

鲫鱼恶臭假单胞菌的分离鉴定及药敏分析

为了探究从鲫鱼中分离菌株SY4的基本特征,采用细菌形态学观察、理化特性、16SrDNA基因扩增及药敏试验对其进行鉴定和分析。结果表明:SY4菌株在硝酸盐还原、丙二酸盐试验中显示为阳性,葡萄糖、甘露醇、枸橼酸盐等试验为阴性,即SY4菌株理化特性与恶臭假单胞菌基本一致。得到16SrDNA序列1424bp(序列登录号为:MH142393),与恶臭假单胞菌序列相似性为99%,系统进化树中亲缘关系最近,从而判定SY4菌株为恶臭假单胞菌。药敏试验:SY4菌株对米诺环素、庆大霉素、卡那霉素和诺氟沙星等4种抗生素高度敏感;对多粘霉素B、头孢曲松等2种抗生素中度敏感;对磺胺甲基异恶唑、氨苄西林、甲氧苄定、复方新诺明、舒巴坦等5种抗生素耐药。     

斑点叉尾鮰源嗜麦芽寡养单胞菌的全基因组测序及比较基因组学

嗜麦芽寡养单胞菌是近年来引起斑点叉尾鮰暴发高致死性传染病的主要病原之一。为了对防治该病提供技术储备,本研究对嗜麦芽寡养单胞菌XH.SM.1菌株进行全基因组测序与比较基因组学分析,同时用扫描电镜观察其超微形态特征。电镜观察显示,XH.SM.1为两端钝圆的短杆状细菌,菌体平均长度(1.73±0.35)μm,平均直径(0.43±0.04)μm。全基因组测序得到XH.SM.1基因组大小为4.56 Mb,GC含量为66.60%,编码4087个基因。将基因组序列上传NCBI,得到登录号:PYBO01000001.1。通过与VFDB数据库比对,预测得到3个可信度较高的毒力基因。共线性分析结果显示XH.SM.1与10株完成图水平的嗜麦芽寡养单胞菌有较好的共线性。ARDB数据库预测和基因组岛分析,共同发现XH.SM.1基因组中含有许多耐药基因。泛基因组分析显示XH.SM.1呈现开放性(open)结果,这与嗜麦芽寡养单胞菌为环境常在的条件致病菌的表型相吻合,说明其适应环境和与外界进行遗传物质交流的能力较好。     

一株虹鳟源嗜冷黄杆菌CH06的基因组进化及毒力相关基因分析

为了深入揭示我国鱼类病原菌嗜冷黄杆菌的基因组进化及其致病机制,本实验对嗜冷黄杆菌毒力菌株CH06进行全基因组测序,比较基因组分析并挖掘其毒力相关基因.基因组测序结果显示,CH06的基因组大小为2836981 bp,GC含量为32.56％,注释出2437个编码基因.通过平均核苷酸一致性(ANI)分析结果显示,CH06与1...     

斑点叉尾鮰源嗜麦芽寡养单胞菌的全基因组测序及比较基因组学

嗜麦芽寡养单胞菌是近年来引起斑点叉尾鮰暴发高致死性传染病的主要病原之一。为了对防治该病提供技术储备,本研究对嗜麦芽寡养单胞菌 XH.SM.1菌株进行全基因组测序与比较基因组学分析,同时用扫描电镜观察其超微形态特征。电镜观察显示,XH.SM.1为两端钝圆的短杆状细菌,菌体平均长度(1.73±0.35)μm,平均直径(0.43±0.04)μm。全基因组测序得到XH.SM.1基因组大小为4.56 Mb,GC含量为66.60%,编码4087个基因。将基因组序列上传NCBI,得到登录号:PYBO01000001.1。通过与VFDB数据库比对,预测得到3个可信度较高的毒力基因。共线性分析结果显示XH.SM.1与10株完成图水平的嗜麦芽寡养单胞菌有较好的共线性。ARDB数据库预测和基因组岛分析,共同发现XH.SM.1基因组中含有许多耐药基因。泛基因组分析显示XH.SM.1呈现开放性(open)结果,这与嗜麦芽寡养单胞菌为环境常在的条件致病菌的表型相吻合,说明其适应环境和与外界进行遗传物质交流的能力较好。     

采用Illumina MiSeq测序技术比较日本鲭和大黄鱼冷藏期间的腐败特性

为比较日本鲭和大黄鱼肌肉中微生物和代谢功能的变化及其与鱼肉腐败特性之间的关系,本研究检测了2种鱼在冷藏过程中的理化指标和菌落总数的变化,利用Illumina Miseq测序技术分析细菌群落变化,并利用皮尔森相关性分析检验微生物与鱼肉腐败及组胺产生相关性,结合功能预测分析细菌群落组成与代谢功能之间的关系。结果显示,冷藏期间日本鲭和大黄鱼的pH、挥发性盐基氮、组胺、菌落总数等均呈上升趋势,且日本鲭上升较快;冷藏末期2种鱼TVB-N值和组胺含量分别达到76.34、59.98和59.92、3.11 mg/100 g;日本鲭肌肉中细菌丰富度和多样性先增加后减少,大黄鱼则整体呈下降趋势;2种鱼肌肉中的优势腐败菌均为希瓦氏菌属;日本鲭体内与TVB-N产生相关的菌共12种,其中10种与组胺产生具有显著相关性;大黄鱼体内与TVB-N产生相关的菌共7种,但未检测出与组胺产生具有相关性的细菌;冷藏过程中氨基酸代谢和碳水化合物代谢为最主要的代谢通路,日本鲭样品组氨酸、精氨酸、脯氨酸等氨基酸代谢相关基因和丁酸丁酯代谢、丙酸酯代谢及丙酮酸代谢丰度均显著高于同一时期的大黄鱼,本实验从微生物代谢水平解释了日本鲭比大黄鱼更易腐败的原因,为不同水产品腐败特性的研究提供新思路。     

鱼源致病菌皮特不动杆菌Ap-W20的全基因组序列及其毒力特征分析

皮特不动杆菌是一种新兴的鱼源致病菌,为了对该菌的致病机理进行研究并为该菌引起的鱼类疾病防治提供技术储备,实验选取皮特不动杆菌菌株Ap-W20进行了全基因组测序,并对其毒力特征进行了分析。结果发现,Ap-W20全基因组序列总长为4 399 705 bp,GC含量为38.78%,共预测到4 230个编码序列(CDS),存在4个质粒,GenBank数据库登录号为CP027658～CP027662。ANI分析结果证实,Ap-W20属于皮特不动杆菌,且ApW20与已知人源皮特不动杆菌AP₈82(96.69%)和环境源皮特不动杆菌PHEA-2(96.55%)相似度较高。Ap-W20与AP₈82、PHEA-2的比较基因组学分析发现,Ap-W20中的基因岛、前噬菌体和质粒数量最多,这很可能与它们各自的分离环境和致病力有关。通过与毒力因子数据库(VFDB)比对,在Ap-W20全基因组中预测到286个毒力基因,主要与黏附和抗吞噬等有关。Ap-W20中还存在Ⅰ、Ⅱ和Ⅵ型分泌系统、多套双组分调控系统以及细菌素合成基因簇等,表明鱼源皮特不动杆菌可能存在复杂的致病机制。...     

凡纳滨对虾内源优势腐败菌的分离和鉴定

为了确定凡纳滨对虾在冷藏条件下内源优势腐败菌的种类,实验采用了细菌分离纯化法,将分离得到的内源腐败菌菌株进行分解蛋白质对比实验,筛选出分解蛋白质能力较强的菌株,进一步采用细菌自动生化系统鉴定法以及16S rRNA序列测定法进行鉴定,实验结果显示凡纳滨对虾在冷藏条件下的内源优势腐败菌是短杆菌属细菌,可以通过控制短杆菌属细菌的方法进行研究对虾内源保鲜技术。细菌自动生化系统鉴定结果的相似度为98.8%,16S rRNA序列鉴定结果的相似度为99.065%。     

大黄鱼源气单胞菌的分离鉴定及致腐表型

为鉴别大黄鱼腐败菌气单胞菌的致腐能力,采用生理生化和分子方法(16S r RNA)鉴定冷藏大黄鱼货架期终点不产H2S的菌株。分析菌株在体外培养条件下的生长、胞外酶活性、三甲胺(TMA)和生物胺形成的腐败表型,将菌株接种在灭菌鱼汁中测定其致腐能力。结果显示,分离株AE03和AE04在0~37°C及0~60的盐度下生长良好,在4和25°C条件下AE03菌株的生长速率显著高于AE04菌株。2株细菌不产H2S,能还原氧化三甲胺(TMAO),分解尿素和液化明胶,氧化酶、赖氨酸、鸟氨酸脱羧酶、精氨酸水解酶等都呈阳性,能利用葡萄糖。结合16S r RNA鉴定发现分离株AE03为杀鲑气单胞菌,AE04为软体动物气单胞菌。在体外培养中,2种气单胞菌均能产生蛋白酶、形成TMA和生物被膜,其中AE03菌株生成各指标的能力高于AE04菌株,同时AE03菌株还具有脂酶活性,产生生物胺,其中尸胺含量较高。气单胞菌AE03在灭菌鱼汁中产生的挥发性盐基氮(TVB-N)显著高于AE04。通过紫色杆菌CV026和根癌农杆菌A136 2种报告菌检测发现,2株气单胞菌是高丝氨酸内酯(AHLs)产生菌,其中AE03菌株产生的AHLs含量显著高于AE04菌株。研究表明,杀鲑气单胞菌AE03为冷藏大黄鱼的强致腐菌,且能分泌高含量的AHLs,研究为从群体感应角度阐明气单胞菌的致腐机理奠定了良好的基础。     

冷藏罗非鱼特定腐败菌的鉴定和生长动力学

对0、5和10℃冷藏养殖罗非鱼货架期终点的特定腐败菌进行定性和定量研究,并建立特定腐败菌的生长动力学模型。实验结果表明,0、5和10℃冷藏养殖罗非鱼货架期终点时,假单胞菌占总茵数比例分别为80．7％、68．1％和57．5％。该类菌在营养琼脂和胰酶解大豆胨琼脂培养基上茵落圆状隆起,边缘整齐,透明,无色;菌体为革兰氏阴性杆菌,极生单鞭毛,具有运动性,大小为（0．5～0．7）μm×（1．6～3．2）μm;氧化酶反应为阳性,不能利用海藻糖、棉子醇和甘露醇等;直链、支链、环丙基和羟基脂肪酸等被检出,富含单不饱和脂肪酸（50．18％）,主要脂肪酸有16：10J7c、iso-15：0、16：0和17：Ic08c,比例分别为26．16％、14．83％、7．96％和3．94％;Riboprinter测试其核糖体型为56-S-7。采用修正的Gompertz方程拟合假单胞菌生长模型表明,0、5和10℃冷藏过程延滞时间分别为（59．63±61．88）、（7．25±24．06）和（3．95±9．83）h;最大比生长速率分别为（0．02±0．00）、（0．04±0．00）和（0．08±0．01）／h。     

波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌致腐性及TorA还原酶差异比较

为了研究冷藏海产品中腐败菌希瓦氏菌和气单胞菌的致腐性差异,本实验比较分析了大黄鱼源波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌在28℃和4℃下的生长及三甲胺（TMA）、生物胺和挥发性盐基氮（TVB-N）的生成;通过PCR技术扩增2种腐败菌的氧化三甲胺还原酶基因（torA）,利用生物信息学比较TorA蛋白的相似性、理化特性和蛋白空间结构。结果显示,杀鲑气单胞菌在28℃生长较快,而波罗的海希瓦氏菌在4℃生长更快。相对于杀鲑气单胞菌形成较高的尸胺,波罗的海希瓦氏菌产生更多TMA和腐胺,在冷藏鱼汁中积累更高TVB-N。同时在波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌中分别扩增出2 490和1 959 bp的torA基因,2种TorA蛋白与同属菌相似性高于97%,而二者相似性仅为36.90%。波罗的海希瓦氏菌TorA蛋白的分子量和等电点分别为92.3 ku和6.52,甘氨酸含量最高,而杀鲑气单胞菌中TorA蛋白的分子量和等电点分别为90.6 ku和6.74,丙氨酸含量最高,蛋白结构差异明显。且希瓦氏菌中torA 和鸟氨酸脱羧酶（DOC）基因表达量分别为气单胞菌的1.26和19.04倍。可见,波罗的海希瓦氏菌和杀鲑气单胞菌为海产品嗜冷腐败菌,其中希瓦氏菌胺类代谢能力更强,与其TorA特定理化特性和高表达量相关。本研究为揭示海产品微生物的致腐机制提供理论支持。     

一株保护草鱼肠道和改善水质的枯草芽孢杆菌的分离鉴定及全基因组分析

为研制可降解污染物的高效微生物制剂,本研究从污水中分离到多株可高效降解化学耗氧量(COD)的菌株。通过16S rDNA测序及生理生化分析,鉴定出其中一株为枯草芽孢杆菌,命名为Bacillus subtilis H2。对其进行进化树构建,发现该菌株与B. subtilis strain SCUT09的同源性高达98.8%。细菌最适生长条件探究发现,该菌株的最适生长条件,温度为42°C、pH值为6.5、盐度为1。耐受性实验发现,该菌具有较强的盐度代谢能力和温度及酸碱度胁迫耐受性,可以适应不同的温度和盐度环境。为了探究该菌在水产养殖中的作用,将该菌株进行灌胃草鱼处理后,再利用嗜水气单胞菌攻毒,H.E染色观察草鱼的肠道组织变化。结果显示,灌胃枯草芽孢杆菌处理后,草鱼肠道的完整性得到显著的保护。为了进一步探究该菌株的作用机理,本研究测定了B. subtilis H2的全基因组,结果显示,基因组全长为4 111 243 bp,GC含量为43.46%,编码4 213个基因,其中包含31个核糖体rRNA和87个tRNA基因,编码序列占整个基因组序列的87.67%。比较基因组学分析显示,该菌株和B. s...