ITS序列作为DNA条形码在虫草鉴定及系统发育关系中的研究与应用

冬虫夏草具有重要的药用价值,随着天然虫草资源的日益紧张,急需开发虫草尤其是冬虫夏草资源,首要任务便是准确快速地鉴别虫草及无性型菌种、确认虫草的系统发育地位及与其他种属的亲缘关系。由于虫草复性生活史复杂,运用传统的分类学方法并不能很好地对它进行鉴定[1]。DNA指纹技术为探讨真菌的系统发育及其进化地位提供了新的途径,近年来已成为分类研究领域的热点[2]。它是通     

基于ITS2序列的藏当归及易混植物DNA分子鉴定

笔者所在实验室长期从事藏药基源鉴定与药物开发,为了确保试验药材的质量及临床安全用药,运用ITS2条形码技术对采自西藏的藏当归及相似植物进行分子鉴定.首先,利用试剂盒提取植物叶片的DNA,对ITS2序列进行PCR扩增,双向测序后运用SeqMan组装.而后,基于ITS2 Database中的Annotate注释方法去掉两端...     

基于ITS2序列探讨不同果翅颜色梭梭的系统发育关系

[目的]利用DNA条形码技术对新疆北部梭梭进行鉴定,从分子系统学角度探讨不同果翅颜色梭梭的亲缘关系.[方法]用通用引物ITS2对梭梭样品进行PCR扩增,得到的ITS2序列构建NJ系统进化树和遗传距离分析.[结果]ITS2引物的PCR扩增得到了500 bp左右的片段,最大K2P遗传距离为0.057,系统进化树结果显示,相同果翅颜色的梭梭能够聚为一支.[结论]ITS2序列能够很好的将不同果翅颜色的梭梭样品区分开,为梭梭的遗传多样性研究提供了一定基础.     

基于ITS2条形码序列鉴定中药材续断及其混伪品

【目的】利用ITS2序列对中药材续断及其混伪品进行DNA条形码鉴定,从而确保用药安全。【方法】对续断及其混伪品ITS2进行扩增并双向测序,经CodonCode Aligner V3.7.1拼接比对后,用MEGA 5.0计算种内种间K2P遗传距离,并构建NJ系统聚类树进行鉴定分析。【结果】续断药材ITS2序列比对后长度为218bp;种内K2P遗传距离分布于0~0.009 4,种间K2P遗传距离分布于0.033~0.188 2,NJ树显示续断药材及混伪品可明显区分,表现较好的单系性。【结论】ITS2序列作为DNA条形码能准确鉴别续断药材。     

ITS2序列作为DNA条形码在苍耳属中的应用

[目的]苍耳(属)(非中国种)植物为检疫性有害生物,该试验尝试以ITS2序列作为DNA条形码对从国外截获的7种苍耳属植物进行物种区分鉴定研究。[方法]试验应用通用引物对其ITS2基因进行扩增,测序得到7种苍耳属植物的ITS2序列,利用MEGA 5.1软件得到的ITS2序列进行比对和分析,并构建系统树。[结果]共发现变异位点242个,其中单突变位点12个。[结论]ITS2序列能从基因位点层面对苍耳属植物进行区分鉴定。     

基于ITS序列的薄荷种质资源遗传关系鉴定研究

为分析薄荷的遗传关系及对薄荷优良品种进行开发利用,对收集的11个薄荷种质进行了DNA提取、PCR扩增和测序,获得了ITS全序列,再利用软件MEGA 5.0计算了物种种内种间K2P遗传距离,并应用最近距离法、构建NJ(邻接)系统聚类树方法,对薄荷种质进行了遗传关系分析。结果表明,11个薄荷种质的遗传距离为0.001～1.365,平均值为0.456 6,系统发育树可将11个薄荷种质分成三大类,体现了较好的遗传多样性。     

不同产地黄芩ITS2和psbA-trnH条形码序列分析

为吉林省野生黄芩种质鉴定提供参考,为建立黄芩鉴定标准化体系提供依据。使用中药DNA条形码鉴定技术,对目的片段进行扩增并分析,比较不同产地黄芩样本ITS2和psbA-trnH条形码片段的差异,寻找鉴别位点。10个不同产地野生黄芩药材的ITS2和psbA-trnH序列比对结果显示,在232 bp(ITS2)+318 bp(psbA-trnH),共550 bp的序列比对中,仅检测到1个"G"位点的插入/缺失,该位点位于ITS2矩阵的第53 bp处。在吉林省长春、向海、前郭、镇赉、洮南5个地区的野生样品中检测到1个"G"位点的插入/缺失,其他5个省份的样品中无此位点。     

ITS2序列作为青风藤DNA条形码的研究

采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明:产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列长度分别为380~437、429~436、434~438 bp,GC含量在54.2%~55.7%,平均GC含量约为55%。青风藤及其类似植物的ITS2序列存在较大差异,且平均K2P遗传距离明显大于青风藤的种内平均K2P遗传距离。这说明内转录间隔区2(ITS2)作为DNA条形码可准确地鉴别青风藤与其他类似植物,为中药材的鉴别提供了新途径。     

基于ITS2条形码的人参属物种鉴定研究

人参属植物种类繁多,多数具有重要的生物学及药用价值。采用植物DNA条形码候选序列之一的ITS2片段鉴定人参属药用植物。结果表明,ITS2基因区通用性强,序列在人参属物种间差异较大,属内变异位点为41个,保守位点189个,种内遗传距离为0~0.004,种间遗传距离为0.006~0.098,平均遗传距离为0.044。基于K2P模型构建的系统发育树(NJ树)显示,同一物种均聚为一类。因此,ITS2作为DNA条形码能够有效地区别人参属物种,为人参属药材及其伪混品的鉴定提供基础。     

基于ITS2和matK序列的红景天属植物条形码鉴定研究

本研究旨在开发一种准确快速鉴别红景天属植物的方法。选用14种红景天属植物进行ITS2和matK序列的测定,并对其进行序列特征和系统发育分析。ITS2和matK条形码序列的扩增成功率均为100%。ITS2序列测序成功率为94.7%,matK序列的测序成功率为100%。系统发育分析表明ITS2序列能够区分大花红景天、西藏红景天和长鞭红景天,但是不能把柴胡红景天和狭叶红景天区分开;matK序列能够区分大花红景天和柴胡红景天,但是不能把西藏红景天和长鞭红景天区分开,也不能把异鳞红景天、长毛圣地红景天与互生红景天区分开。基于ITS2和matK序列联合构建的系统发育树能够区分14种红景天属植物。以ITS2和matK序列组成联合序列的DNA条形码鉴定方法能够对14种红景天植物进行快速准确的鉴定。     

利用ITS序列探讨谷精草属5个种的系统发育

以谷精草属(Eriocaulon)的尼泊尔谷精草（Eriocaulon nepalense）、白药谷精草（E. cinereum）、高山谷精草（E. alperstre）、华南谷精草（E. sexangulare）、南亚谷精草（E. oryzetorum）等5个种为研究对象，通过PCR扩增技术获得了谷精草属5个种的内转录间隔区序列，并对ITS序列进行分析. 结果发现，供试谷精草属植物的ITS区长度并不完全一致，其ITS1的长度范围为171～306 bp，G+C含量为38.24%～55.04%；ITS2的长度范围为184～288 bp，G+C含量为 36.46%～57.02%. 在此基础上，采用Clustal W version 1.7对所得的ITS序列进行排序与分析，以灯心草属（Juncus）的一个种J. dregeanus为外类群，并使用PAUP 4.0 10 b软件采用最大简约法分析获得最简约的系统发育树. 结果表明，在检测的ITS序列的738个位点中稳定位点174个、变异位点564个 (包括276个信息位点). 另外，从发育树上平行分出两个大的总分支，其中E. nepalense、E. oryzetorum、E. alpestre和E. cinereum（云南宣威）为一支；E. sexangulare为一支. 上述二个分支与外类群聚在一起，bootstrap值为100％.      

DNA条形码基因ITS·ITS2及rbcL在苍耳属可采用相同的PCR条件（英文）

[目的]为植物DNA条形码标准基因筛选研究提供参考,减少植物DNA条形码研究中的工作量。[方法]对7种苍耳属植物ITS、ITS2及rbcL基因采用相同的扩增条件（95℃4 min;[35 cycles：94℃30 s;52℃45 s;72℃45 s];72℃10 min;4℃保存）。[结果]3种DNA条形码基因同时成功扩增。[结论]这说明植物DNA条形码基因中ITS、ITS2及rbcL的PCR条件存在合并可能性。     

DNA条形码基因ITS·ITS2及rbcL在苍耳属可采用相同的PCR条件

[目的]为植物DNA条形码标准基因筛选研究提供参考,减少植物DNA条形码研究中的工作量。[方法]对7种苍耳属植物ITS、ITS2及rbcL基因采用相同的扩增条件(95℃4 min;94℃30 s,52℃45 s,72℃45 s,35个循环;72℃10 min,4℃保存)。[结果]3种DNA条形码基因同时成功扩增。[结论]这说明植物DNA条形码基因中ITS、ITS2及rbcL的PCR条件存在合并可能性。     

明党参和川明参种间遗传分化和系统关系的分子标记和ITS序列分析

    为了阐明明党参(Changium smyrnioides)和川明参(Chuanminshen violaceum)种间遗传分化和系统关系,利用RAPD、ISSR和ITS序列分析方法对明党参和川明参不同居群,以及芹亚科(Apioideae)6个族的一些代表种进行研究.RAPD和ISSR分析表明,明党参与川明参种间在全基因组水平出现明显的遗传分化.ITS序列分析则表明,明党参的6个居群在ITS序列上稍有差异,ITS-1的GC含量为58.3%～59.2%,ITS-2的GC含量为54.3%～56.6%.ITS-1的长度范围为215～219 bp,ITS-2的长度范围为224～227 bp.川明参与明党参种间的ITS序列也出现明显分化.芹亚科6个族一些代表种的ITS序列系统发育分析结果支持明党参置于美味芹族(Smyrnieae Koch)的分类地位.在ITS系统树上,川明参与明党参为姐妹类群的置信度为100%,因此,提出将川明参置于美味芹族的分类学处理.     

基于ITS2序列的12种苔藓植物亲缘关系分析

以尖叶薄鳞苔为外类群,利用ClustalX 2.0和MEGA 4.1软件对12种苔藓植物的ITS2序列进行比对和分析,构建分子系统树.结果表明,12种苔藓植物的ITS2序列长度在432-493bp之间,排序后总长度为540 bp,其中变异位点305个,信息位点200个.12种苔藓植物的遗传距离在0.016～0.472之间,平均遗传距离为0.309.利用MP法建立的系统树显示,12种苔藓植物分为3组,其中7个丛藓科物种聚为一组,3个青藓科物种聚为一组,2种灰藓科植物聚为一组,序列分析结果与形态学分类结果一致,表明ITS2可用于苔藓植物的亲缘关系分析.     

基于核糖体28S rRNA对叶螨的鉴定及其系统发育分析

通过研究核糖体28SrRNA的D1～D2部分序列来阐述蜱螨亚纲叶螨科6个属11个物种的系统发生关系。研究结果证实了形态学上定义的叶螨属(Tetranychus)、全爪螨属(Panonychus)、双叶螨属(Amphitetranychus)、裂爪螨属(Schizotetranychus)、缺爪螨属(Aponychus)和岩螨属(Petrobia)等6个属分别形成一个单系,然而在叶螨属内截形叶螨(T.truncatus)、土耳其斯坦叶螨(T.turkestani)、神泽叶螨(T.kanzawai)、朱砂叶螨(T.cinnabarinus)和二斑叶螨(T.urticae),及全爪螨属内苹果全爪螨(Pa.ulmi)和柑橘全爪螨(Pa.citri)各物种的系统发生地位并没有被很好地确定。因此,基于核糖体28SrRNA序列无法将叶螨鉴定到种水平,但却为属水平上的鉴定提供了重要的参考。     

基于ITS2和SNP技术鉴定浙江铁皮石斛的初步研究

铁皮石斛以营养价值和保健功效备受消费者青睐,但不同品种和不同品质铁皮石斛的区分和鉴别存在困难,急需建立一种快捷、准确、高效的鉴定方法.以浙江省12个铁皮石斛和其他省的10个石斛为材料,选取DNA条形码ITS2,优化扩增体系,对扩增产物进行测序,经序列比对与分析,获取浙江铁皮石斛DNA条形码ITS2中的特异性SNP位点;...     

紫芝栽培新品种武芝2号基于rDNA-ITS和ITS2的分子鉴定与分析

[目的]探讨利用rDNA-ITS及其ITS2二级结构进行紫芝栽培新品种武芝2号(原名紫芝S2)的分子鉴定.[方法]通过第一代和第三代测序技术分别获得武芝2号的ITS序列,针对灵芝属(Ganoderma spp.)相关种类的ITS序列构建系统进化树进行分子分类鉴定,采用rDNA-ITS及相关引物序列进行BLAST比对分析...     

铁皮石斛种质资源研究中的DNA条形码初探

为了规范铁皮石斛种质资源及相关产品鉴定,开展条形码基因的初步筛选,通过对铁皮石斛叶绿体相关基因(rbcL、trnH-psbA、rbl16)进行扩增、测序、序列对比、聚类分析发现:rbcL基因可将市场上常易混淆的石斛种苗有效区分,但rbcL基因作为石斛属条形码基因需要扩大范围进一步深入研究.