4个绵羊品种Leptin基因部分片段的SNPs分析

利用PCR-SSCP技术对萨福克、道塞特、特克塞尔及滩羊4个绵羊品种358个个体Leptin基因2、3外显子进行多态性分析,共检测到7个SNPs,其中新发现5个SNPs。测序结果表明,在外显子2上无突变。内含子2上存在99位碱基由A突变为G;115位碱基由G突变为A;150位碱基由C突变为T;171位碱基由C突变为T。外显子3上,存在271位碱基由G突变为A,使编码的Arg转变为Gln;316位碱基由C突变为A,使编码的Pro转变为Gln;387位碱基由G突变为T,使编码的Val转变为Leu。     

3个绵羊品种MSTN基因多态性的比较分析

对杜泊绵羊、小尾寒羊和晋中绵羊3个品种的MSTN基因编码序列进行克隆测序,并比较分析该基因编码区的SNPs。结果表明：在引物P1、P2、P3扩增的MSTN基因片段中存在10个SNPs,其中4个SNPs位于非编码区,6个SNPs位于编码区;编码区中有2个SNPs为无义突变,其他4个为错义突变。因此,绵羊MSTN基因在进化过程中保守性不强,可能存在较多的变异位点,为进一步群体遗传分析提供了基础。     

猪Leptin基因多态性及其与产仔性状的相关性分析

试验旨在探究Leptin基因对猪产仔性状的影响,为其新品种持续选育提供遗传学依据。参考GenBank发布的猪Leptin基因DNA序列（登录号:U66254、AF026976）设计3对引物,采用PCR-SSCP技术分析Leptin基因在苏姜猪和姜曲海猪中的单核苷酸多态性（SNP）,并用统计学方法分析基因座多态性与产仔性状的相关性。结果发现,Leptin基因在苏姜猪、姜曲海猪群体中均具有多态性,检测到3种基因型:AA、AB和BB;测序结果发现,编码区第3 469位碱基处发生单碱基突变（T3469C）,为同义突变。χ²适合性检验显示,2个猪种Leptin基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。多态信息含量（PIC）分析显示,苏姜猪为中度多态,姜曲海猪为低度多态。Leptin基因型与产仔性状关联分析显示,不同基因型间产仔性状差异不显著（P>0.05）,但T3469C位点AB基因型平均产仔数较AA和BB基因型高,初步推断Leptin基因T3469C位点可能是影响猪产仔性状潜在的遗传标记,建议做进一步的研究。     

不同绵羊品种GHSR基因多态性与生长性状的关联分析

以GHSR基因为候选基因,随机选取滩羊、小尾寒羊和兰州大尾羊3个品种共计1 249个个体为试验材料,利用DNA池测序结合琼脂糖凝胶电泳方法,检测突变多态性,分析其与体重、生长性状的相关性。试验结果表明,在GHSR基因的第一内含子上存在24 bp的插入/缺失突变,3个绵羊品种中均存在AA、AB、BB 3种基因型。该位点的多态性与3种绵羊8个生长性状指标关联分析显示,兰州大尾羊BB基因型的个体体重显著高于其他基因型;AB基因型的个体体高、十字部高显著高于其他基因型;小尾寒羊AB基因型的个体胸宽显著高于其他基因型;AA基因型的个体体高、十字部高显著高于BB基因型;滩羊AB基因型的个体体斜长、体重显著高于AA基因型,BB基因型的个体体高显著低于其他基因型。研究表明:GHSR基因可以作为3种绵羊生长性状的候选基因,为绵羊育种选育提供新思路。     

4个绵羊品种LHCGR基因单核苷酸多态性分析

为探究绵羊LHCGR基因在4个绵羊品种之间的多态性与基因功能,本研究以杜泊羊、滩羊、小尾寒羊、滩羊和小尾寒羊杂交羊4个绵羊品种为研究对象,利用Sequenom MassARRAYSNP技术对4个绵羊品种LHCGR基因g.75747421A>C、g.75748200T>A 2个位点进行检测,并利用相关生物信息学软件预测分析2个位点突变前后mRNA二级结构与其编码蛋白的理化性质、结构和蛋白互作等。结果表明,LHCGR基因g.75747421A>C位点在4个品种中存在3种基因型,分别是CC、CA和AA;g.75748200T>A位点在4个品种中存在AA、AT和TT 3种基因型;χ²适合性检验表明,g.75747421A>C、g.75748200T>A 2个位点在4个绵羊品种中均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。生物信息学分析表明,该基因编码蛋白的相对分子质量为73 599.70,理论等电点为8.30,脂肪系数为98.90,总平均亲水性为0.191,推测该蛋白为疏水性蛋白;突变前后LHCGR基因的mRNA二级结构、编码蛋白二级结构及三级结构均发生了变化;蛋白互作的结果表明,与LHCGR蛋白相互作用的蛋白质主要包括骨形态发生蛋白15（BMP15）、嗜铬粒蛋白A （CGA）、甲羟戊酸激酶（MVK）、胆固醇侧链裂解酶（CYP11A1）、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白α亚基（GNAS）等。本研究成功筛选出4个绵羊品种LHCGR基因多态位点,为绵羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供一定的理论依据。     

DLK1基因的单核苷酸多态性与绵羊生长发育性状的相关性分析

对宁夏滩羊、得克塞尔、萨福克3个绵羊群体DLK1-GTL2印记化结构域的DLK1基因部分片段进行PCR-SSCP检测,结果表明:共检测到5个突变位点,分别为54507处的G→C突变、54553处的T→C突变、54592处的C→T突变、54620处的C→T突变、54638处的T→G突变,表现为5种单倍型D-1、D-2、D-3、D-4、D-5。对DLK1基因各SNP位点进行统计学分析表明,D1和D2、D3、D4、D5位点,D2和D3、D4、D5位点,D3和D5位点间存在强的连锁不平衡(P<0.01)。DLK1基因不同单倍型之间对宁夏滩羊、得克塞尔和萨福克群体的生长发育性状影响不显著(P>0.05)。     

大通牦牛MyoD1基因3'UTR SNPs多态性及其与生长性状相关性的研究

利用PCR-SSCP对296头成年大通牦牛MyoD1基因(GenBank登录号:NC_007313)外显子3全序列及3'UTR部分序列进行SNPs筛选,并将筛选到的突变位点与牦牛五项体尺指标进行相关性分析。结果发现,在3'UTR 1976 bp处检测到1个新突变,突变由C→T的转换造成,由此产生3种基因型:CC、CT、TT。利用最小二乘分析研究了该位点不同基因型对大通牦牛体尺性状的影响。结果表明,CC基因型个体的胸围、体重显著高于CT、TT基因型个体(P＜0.05),CC、CT基因型个体的体斜长显著高于TT基因型个体(P＜0.05),3种基因型对体高及管围的影响差异不显著(P＞0.05)。     

藏鸡IGF—I基因的SNPs检测及与生长性状的关联分析

通过PCR-RFLP技术对藏鸡和隐性白羽鸡类胰岛素生长因子-I（IGF-I）基因的5’非翻译区（UTR）的2个位点进行了多态性检测。检测结果显示，该基因具有HinfI和PstI多态现象.测序结果表明，HinfI识别位点发生了A→C突变，PstI识别位点发生了C→T突变，从而在2群体中分别产生了3种基因型，而出现了8种单倍型组合。单倍型组合的x^2检验结果表明，2个品种间存在极显著差异（P〈0．01）。方差分析结果显示，品种对所分析的17个生长发育性状都有显著影响（P〈0．05或P〈0．01），性别对6个生长发育性状有显著影响（P〈0．05或P〈0．01），而基因型或单倍型组合对5个生长发育性状（初生重、2周龄体重和胫围、7周龄体斜长以及16周龄胫围）有显著影响（P〈0．05或P〈0．01）。同时，基因型或单倍型组合与品种之间的互作对鸡的部分生长发育性状也有一定的影响。另外，基因型CT在鸡初生重和7周龄体斜长上显著（P〈0．05）或极显著地（P〈0．01）高于基因型CC和TT，而单倍型组合A＋T／C＋T在鸡初生重、2周龄体重和胫围以及16周龄胫围上显著（P〈0．05）或极显著地（P〈0．01）高于其它6种单倍型组合。     

牦牛FASN基因多态性及其与肉质性状的相关性研究

利用PCR-SSCP技术,对甘南牦牛、大通牦牛和天祝白牦牛的FASN基因第3内含子进行SNPs筛选,并将筛选到的突变位点与牦牛部分肉质性状进行相关性分析.结果发现,3个牦牛群体在第3内含子检测到g.5477 C→T的突变,由此产生3种基因型：HH、HG、GG.相关性分析表明,HH基因型和HG基因型个体的脂肪含量显著高于GG基因型个体（P＜0.05）.HH、HG、GG 3种基因型对失水率、熟肉率、pH24值和剪切力的影响差异不显著（P＞0.05）.     

贵州黑白花奶牛Leptin基因启动子区多态性与产奶性状关联分析

为了探讨贵州黑白花奶牛的产奶性状与Leptin基因的关联性,试验采用PCR-SSCP和DNA测序技术,对190头贵州荷斯坦奶牛Leptin基因进行单核苷酸多态性分析,分析不同基因型与产奶性状的相关关系。结果表明:Leptin基因启动子区在617 bp碱基处发生A→G的转换,表现出AA、AB、BB 3种基因型,AA基因型频率最高为0.468,A为优势等位基因,基因频率为0.65;基因型与产奶性状的关联性分析显示,AA基因型的产奶量及乳脂率均优于AB和BB基因型,但3种基因型对乳脂率的影响差异均不显著(P>0.05)。说明Leptin基因可以作为贵州黑白花奶牛产奶性状的标记辅助基因。     

牛PON1基因对生长和胴体性状的影响

克隆了牛PON1基因,检测其外显子上的SNPs,对EcoR Ⅴ和Alu Ⅰ2种限制性内切酶酶切PON1基因后的等位基因频率和所产生的基因型频率进行估计,并对EcoR Ⅴ和Alu Ⅰ2种酶酶切后所产生的多态性对生长和胴体性状的影响进行分析。实验动物为30头安格斯、30头海福特和28头西门塔尔牛。关联分析应用SAS9．1的GLM过程中最小二乘均数Tukey’s检验进行分析。结果表明,PON1基因克隆获得1205bp的cDNA序列,其编码区为1068bp,编码355个氨基酸;外显子SNPs检测表明,仅在其第6外显子区域存在2个突变位点,且没有引起氨基酸变异,但可分别被EcoR Ⅴ和Alu Ⅰ2种酶酶切。EcoR Ⅴ位点,AG基因型的个体有着较高的试验前体质量（329．97土6．08）kg,宰前质量（577．56&#177;8．32）kg,净肉质量（275．89&#177;4．05）kg和较为适宜的嫩度（3．10&#177;0．19）kg（P〈0．05）;Alu Ⅰ位点,AA基因型的个体也有着较高的试验前体质量（333．37&#177;8．93）kg,宰前质量（576．82&#177;13．18）kg,净肉质量（275．49&#177;6．43）kg和平均日增质量（0．68&#177;0．02）kg&#183;d^-1（P〈0．05）;并在此位点不同的基因型个体间肉色评分有着显著的差异（P〈0．05）。在品种和基因型之间除了全骨质量、眼肉质量、大理石花纹评分、眼肌面积和肉色评分外,其它性状均存在显著的差异（P〈0．05）。连锁分析表明,作为一个新陈代谢功能基因,PON1基因的单核苷酸多态性可能直接影响肉牛的背膘厚,如AeAeGaGa基因型。     

藏羊脂联素基因多态性及其与产肉性能的相关性分析

利用高分辨率熔解曲线技术对176头2周岁的甘肃藏羊（欧拉型、甘加型、乔科型）脂联素基因SNPs位点进行检测,运用GLM模型将检测到的SNPs位点与部分胴体及肉质性状的相关性进行了分析.结果表明：在脂联素第2外显子发现＋67G＞C突变使编码氨基酸由谷氨酸突变为谷氨酰胺;GG、GC基因型个体的宰前活重、胴体重均显著高于CC型（P＜0.05）.说明脂联素基因该位点可能是影响藏羊胴体及肉质性状的主效QTL或与之紧密连锁,可作为藏羊高档羊肉生产的候选分子标记.     

3品种鹅Myostatin基因3''''-调控区SNPs群体遗传学分析

利用已测得的鹅Myostatin基因3'-调控区核苷酸序列设计5对PCR-SSCP引物,对扬州鹅、皖西白鹅以及五龙鹅3品种家鹅该区域内单核苷酸多态性进行了分析,并探索了单核苷酸多态性与生产性能之间的关系.结果表明,检测到A→G(88位)和G→T(353位)2个单碱基突变位点.88位处,E等位基因为优势等位基因,具有EE、EF两种基因型,以扬州鹅杂合子频率最高(0.550),皖西白鹅30个个体仅有一例EF型;353位处,G为优势等位基因,具有GG、GH和HH 3种基因型,3品种均具有较高的GG基因型频率、较低的HH基因型频率.屠体性能分析发现,EF基因型家鹅具有更高的屠体性能;扬州鹅、皖西白鹅GG型个体的腿肌重和腿肌率显著高于HH型个体(P＜0.05),五龙鹅腿肌重、腿肌率具有GG型＞GH型＞HH型的趋势,但差异不显著(P＞0.05).     

江苏地方山羊品种H-FABP基因的SNPs检测及群体遗传学分析

采用PCR-SSCP和DNA测序技术对2个江苏地方山羊品种的心脏型脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid binding protein,H-FABP)基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测和群体遗传学分析。结果表明,在所扩增的片段中,仅在H-FABP基因外显子2的第132位检测到G/C碱基突变,形成GG和GC基因型,2个山羊群体均是纯合GG基因型占主导优势,且该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态;黄淮山羊群体的杂合度、有效等位基因数和多态信息含量指标均高于长江三角洲白山羊群体,表明其群体内的遗传变异程度相对较大、遗传多样性也更为丰富。     

甘南牦牛GH基因的SNPs分析

[目的]甘南牦牛是分布在甘南境内的牦牛类群,是当地优势畜种之一.为了揭示甘南牦牛GH基因的结构特征,[方法]采用PCR-SSCP技术,对202头甘南牦牛生长激素基因(GH)5个外显子及部分内含子序列进行SNPs分析.[结果]表明:甘南牦牛GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子及第5外显子表现遗传多态性,其中第3内含子有AA、AB、BB 3种基因型,第5外显子有CC和CD 2种基因型,未发现DD基因型.序列分析发现,第3内含子1 694 bp处发生T→C单碱基转化;第5外显子2 154 bp处发现G→A单碱基突变,导致由甘氨酸(Gly)变为丝氨酸(Ser).甘南牦牛在2个基因位点上均表现为低度多态(PIC<0.25),χ2检验表明其处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05).结论 初步推测甘南牦牛GH基因的多态性相对贫乏.     

贵州地方猪脂肪特异蛋白27基因SNPs筛查与生物信息学分析

以3个贵州地方猪种(可乐猪、贵州白香猪、黔北黑猪)为试验素材构建品种DNA池,采用直接测序技术对猪脂肪特异蛋白27(fat-specific protein 27,Fsp27)基因的第4~5外显子区域进行SNPs快速筛查,共检测出4个SNPs位点:intron3-T2169C,exon4-G5A,intron4-G21C和exon5-C5G,其中exon4-G5A和exon5-C5G使编码氨基酸发生Arg→Gln,Thr→Ser的改变。进一步的生物信息学分析显示,exon4-G5A位点的变异导致mRNA的二级结构改变,exon5-C5G多态位点使蛋白质的二级结构发生变化,且当exon4-G5A和exon5-C5G位点的碱基分别为A和G时蛋白质三级结构与其它3种碱基组合(G与G,G与C,A与C)的三级结构明显不同。     

家兔GHSR基因遗传多态性研究

GHSR基因编码促生长激素分泌素受体,被认为是生长性状的候选基因,但其在家兔上的研究甚少。本试验采用PCR产物直接测序法寻找GHSR基因遗传变异,应用HRM分型技术对新西兰兔、加利福尼亚兔和天府黑兔3个肉兔品种共176个个体进行基因型分析。结果表明:在GHSR基因外显子2中存在一个SNP多态位点,位于编码区918bp处(c.918C>T),该SNP为同义突变。c.918C和c.918T在3个品种中平均基因频率分别为0.704 5和0.295 5,3种基因型CC、CT和TT的频率分别为0.557、0.295和0.148。该位点在3个兔群体中均表现为中度多态(0.25相似文献