一株芽孢杆菌16S rRNA的基因序列测定和系统进化分析

从河南黄河稻区土壤中分离出一株具有较强稻瘟病菌拮抗活性的芽孢杆菌菌株BS501,经过形态观察、生理生化特性检测和电镜技术,确定其为芽孢杆菌属细菌,为进一步确定其分类学地位,扩增了 BS501基因组的16S rDNA.并将测序结果提交GenBank数据库(登录号:FJ755787).利用BLAST软件将该序列与枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等芽孢菌属细曲及大肠杆菌16S rDNA序列进行同源性比对.系统进化树表明,BS501与芽孢菌属细菌存进化关系上组成一个大的分支,与枯草芽孢杆菌最为接近,与大肠杆菌较远.同源性分析表明该序列与枯草芽孢杆菌PRE23同源性达99%,证实该菌株的分类学地位为枯草芽孢杆菌.     

猪乙脑病毒河南分离株CSF.ZMD-3的分离鉴定及分子进化分析

采集河南省规模化猪场流产母猪死胎脑脊液作为样本,通过细胞盲传培养分离乙型脑炎病毒流行毒株,对新分离的病毒进行分子生物学鉴定,获得1株分离株并命名为CSF.ZMD-3。DNA序列测定及比对分析该分离株与已报道毒株基因的序列同源性,确定该分离毒株为乙脑病毒。使用MEGA3.1软件对CSF.ZMD-3毒株主要结构蛋白E蛋白的基因序列进行分子进化分析,确定CSF.ZMD-3为基因Ⅲ型乙脑病毒。     

鸡有益乳杆菌的分离鉴定

用乳杆菌选择培养基（ＬＳＣＭ）从鸡直肠内容物中分离出五株革兰氏阳性杆菌,分别是嗜酸乳杆菌２株（ＬＢ１、ＬＢ２）、唾液乳杆菌液亚种１株（ＬＢ３）、短乳杆菌１株（ＬＢ４）、发酵乳杆菌１株（ＬＢ５）。五株菌对雏鸡安全,对小白鼠无致病性。     

鹅源多杀性巴氏杆菌分离鉴定及系统进化分析

试验从重庆市荣昌县盘龙镇鹅场发病的雏鹅肝脏中分离出一种细菌,进行了形态学、理化特性鉴定和16S rRNA基因的系统进化分析,并进行药物筛选试验.结果表明,所分离的细菌在鲜血培养基和马丁琼脂培养基上生长良好,革兰氏染色为阴性的球杆菌.该分离菌株16SrRNA基因序列与Genbank公布的多杀性巴氏杆菌DQ228979.1,HM746978.1,JX975446.1菌株同源性均为99.9%,表明所分离的细菌为多杀性巴氏杆菌.药物筛选试验结果显示该分离菌株对菌必治、复达欣、氨苄青霉素等药物敏感.     

副鸡嗜血杆菌的分离鉴定

副鸡嗜血杆菌(Haemophilus paragallinarum,HPG)是鸡传染性鼻炎的病原菌.近年来,北京、陕西、四川等地证明了该病的发生.为了了解该病在山东省的流行状况,从山东德州地区5个鸡场的20只疑似鸡传染性鼻炎鸡体内共分离到6株细菌,经细菌分离培养、生化试验、鸡胚接种试验和16s rDNA 基因序列分析等方法鉴定为副鸡嗜血杆菌.并经玻片凝集试验、Dot-ELISA、血凝试验分型研究,证实6株分离菌株均为副猪嗜血杆菌A型.从而为以后鸡传染性鼻炎的免疫治疗提供理论依据.     

一株牛源黄腐短杆菌的分离鉴定

从犊牛腐烂的牛蹄上分离病原菌,通过菌株培养、BD phoenix~(TM) 100生化鉴定、致病性试验、遗传进化树分析等方法,对该菌进行鉴定.结果表明,所分离菌株16S rRNA基因序列与GenBank已经上传的黄腐短杆菌同源性达99%,并最终确定该病原菌为黄腐短杆菌(Brevibacterium luteolum),编号为LG-01.药敏试验结果显示,该病原菌对对氟苯尼考、庆大霉素、氧氟沙星等9种抗生素敏感,对卡那霉素、丁胺卡那、红霉素产生了耐药性.     

鸡传染性鼻炎河南株分离鉴定及防治

[目的]为了进行鸡传染性鼻炎河南株分离鉴定及防治的试验。[方法]从25个怀疑发生鸡传染性鼻炎的鸡场病料中分离到11株副鸡嗜血杆菌,经血清型鉴定A型8株,C型3株,对该鸡场进行病原分离鉴定、药敏试验、防治试验。[结果]用分离株研制的二价油乳剂灭活苗用于该病的预防和用分离株筛选的敏感药物用于治疗,效果均良好;用敏感药物给发病鸡饮水配合研制的二价油乳剂灭活苗给发病鸡紧急免疫接种,治疗鸡传染性鼻炎,效果更佳。[结论]该研究为制定鸡传染性鼻炎的防治措施提供了试验依据。     

副鸡嗜血杆菌的分离与鉴定

[目的]对1例鸡传染性鼻炎疑似病例进行病原菌的分离与鉴定。[方法]从安徽省某鸡场发生的以脸面肿胀、流泪和产蛋下降为临床特征的病鸡上呼吸道分泌物中分离细菌,并进行染色、镜检、菌落形态观察,并利用"卫星现象"和PCR等方法进行鉴定。[结果]成功分离到1株副鸡嗜血杆菌,经鉴定为C型副鸡嗜血杆菌。动物回归试验表明,该分离株能引起典型的鸡传染性鼻炎,对鸡具有较强的致病力。[结论]该研究可为鸡传染性鼻炎的预防与控制提供依据。     

山西省鸡传染性鼻炎病原株的分离鉴定

从山西省某鸡场疑似鸡传染性鼻炎的病鸡眶下窦分离到2株革兰氏阴性小杆菌,通过PCR扩增其16S rDNA序列,测序结果经过比对鉴定为副鸡嗜血杆菌。玻板凝集试验结果确定分离株血清型为A型;抗生素药物敏感试验结果表明,分离菌株对磺胺甲恶唑、磷霉素高敏,对头孢哌酮、头孢噻肟、氯霉素、卡那霉素中敏,对庆大霉素、氧氟沙星耐药。     

东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A蛋白的分子特性及系统进化分析

为明确KRAB-A的分子特性并进行东方蜜蜂微孢子虫与其他物种KRAB-A蛋白的系统进化分析,以期丰富KRAB-A的基本信息,使用NCBI数据库中的ORF工具预测KRAB-A蛋白的氨基酸序列。利用ExPASy网站上的相关软件预测和分析KRAB-A蛋白的亲水性、信号肽、磷酸化位点、二级结构及三级结构。通过Mega11.0软件采用邻接法构建基于KRAB-A蛋白的系统进化树。结果显示,KRAB-A基因可编码1 018个氨基酸;KRAB-A蛋白的分子式为C₅₃₁₄H₈₅₂₆N₁₅₂₂O₁₅₅₆S₄₃,分子量约为120.00 kDa,等电点为9.33,脂溶系数为79.20,亲水性为-0.75;KRAB-A含有41个丝氨酸、21个酪氨酸和16个苏氨酸磷酸化位点,1个H2C2模体,但不含有信号肽;KRAB-A含44.40%的α-螺旋,5.40%的β-转角,16.50%的延伸及33.69%的无规卷曲;蜜蜂微孢子虫的1个KRAB-A蛋白（NAPIS_ORF00138）与明球囊霉的2个KRAB-A蛋白（RCL2_000589200和RCL2_003114000）中存在与东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A蛋白中相同的H2C2模体;东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A（AAJ76_2380003054）与其姐妹种蜜蜂微孢子虫KRAB-A（NAPIS_ORF01514）聚为一支。研究结果明确了东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A基因的分子特性,揭示KRAB-A可能是一种亲水性蛋白和胞内蛋白,东方蜜蜂微孢子虫KRAB-A（AAJ76_2380003054）与蜜蜂微孢子虫KRAB-A（NAPIS_ORF01514）间具有很高的保守性,为进一步的功能研究提供依据。     

大鲵虹彩病毒的分离纯化及其MCP基因序列分

【目的】确定陕西省略阳县某大鲵养殖场高致死性疾病的病原,分析其主要衣壳蛋白(MCP)的基因特征。【方法】采集患病大鲵,观察其临床症状,取其脏器组织,处理后分别分离细菌和接种鲤鱼上皮瘤(EPC)细胞,观察细胞病变,分离病毒;对病原进行增殖,采用蔗糖密度梯度(20%,30%,40%,50%,60%)离心法进行纯化,电镜观察纯化样品。克隆分离病毒的MCP基因,测定其序列并进行系统进化树分析。【结果】患病大鲵背部有溃疡、头部胀大且有出血点,尾部有轻微的溃烂。取病鲵内脏组织样品分离病原,未分离到细菌;处理的内脏组织感染EPC细胞,出现细胞病变。电镜观察证实,在蔗糖密度梯度为50%~60%的样品中,病毒粒子的纯度最高,且结构较为完整;病毒粒子的直径约150nm,与虹彩病毒相似。MCPPCR扩增得到了预期长度(1 392bp)的特异性产物。NCBI BLAST结果显示,扩增的MCP序列与蛙病毒属的感染性造血器官坏死病毒(EHNV)、食用蛙病毒(RSV)、普通产婆蟾病毒(CMTV)以及梭鲈虹彩病毒(PPIV)的MCP全长的同源性最高,达到99%;与中华鳖虹彩病毒(STIV)、蛙病毒3型(FV3)、虎纹蛙虹彩病毒(RTV)等MCP全长的同源性为98%。系统发育分析结果显示,导致该例大鲵发病的病毒为蛙病毒属的虹彩病毒。【结论】造成陕西省略阳县某大鲵养殖场大鲵大量死亡的病原为蛙病毒属的虹彩病毒,将该株病毒命名为大鲵虹彩病毒略阳分离株(CGSIV-LY1112)。     

四川省食品动物源大肠杆菌mcr-1与ESBLs基因共转移分析

为了解四川省食品动物源大肠杆菌mcr-1耐药基因流行情况,及其与超广谱β-内酰胺酶基因(ESBLs)共存和共转移的特征,采用微量肉汤稀释法检测菌株对不同抗菌药物的敏感性;采用PCR检测菌株mcr-1,以及mcr-1阳性菌株中ESBLs基因类型;采用质粒接合转移试验分析了mcr-1与ESBLs基因共转移的耐药机制。结果显示:190株大肠杆菌的mcr-1检出率为36.84%,75.71% mcr-1阳性菌株中同时检出ESBLs基因,主要以blaTEM-1、blaCTX-M-55和blaCTX-M-14为优势基因;mcr-1阳性菌对氨曲南(ATM)、头孢噻肟(CTX)和多黏菌素E(COL)耐药率极显著高于mcr-1阴性菌(P<0.01);质粒转移率为47.14%,其中获得mcr-1和ESBLs基因共转移的接合子表现出与供体菌相同的耐药表型及耐药基因。综上,在四川省食品动物源大肠杆菌中,mcr-1与ESBLs基因共存现象广泛存在,且耐药基因易发生水平传播,对菌株多重耐药性的产生具有重要意义。     

基于线粒体COX1基因的蚕蛾类系统发育分析

基于生物信息学的方法,以16种蚕蛾类昆虫作为研究对象,利用线粒体基因COX1的碱基序列作为分子标记对其系统发育信息进行分析。结果表明,COX1基因序列具有明显的AT偏倚性,编码氨基酸的密码子有26个具有明显的使用偏好性,种群间的校正遗传距离在0.003～0.177之间,表明蚕蛾类昆虫的亲缘关系近。利用MEGA6软件,分别采用邻接法（NJ）和最大似然法( ML)构建系统发育树,其发育树的分支明显,大部分的节点支持率都很高,进一步说明了蚕蛾类昆虫的亲缘关系较近。本研究补充了对蚕蛾类传统分类的认识,也为蚕蛾类昆虫的分类提供依据。     

绵羊肺炎支原体贵州株P113基因的克隆与生物信息学分析

为获得绵羊肺炎支原体贵州株P113基因生物信息学特征,应用DNAStar、Mega 5.0、Protparam、Protscale、IEBD等工具对其(GZ-QX1株)P113蛋白特性、结构和功能进行预测分析。结果显示,绵羊肺炎支原体GZ-QX1株P113基因序列大小为3 240bp,编码1 079个氨基酸,与绵羊肺炎支原体Y98标准株、四川SC01株、猪肺炎支原体P97、丝状支原体山羊亚种、山羊支原体山羊亚种的核苷酸序列同源性分别为99.9%、81.9%、60.4%、3.9%和5.2%。P113蛋白是分子质量约119ku的碱性蛋白,具有较多优势抗原表位;蛋白结构分析显示,P113蛋白无跨膜结构,有9个N糖基化位点,59个丝氨酸、16个苏氨酸的磷酸化位点,14种保守的特异性蛋白质激酶的结合位点;蛋白功能分析认为,P113可能是某信号传导通路的信号分子,也是一种具有良好抗原性的结构蛋白。     

苋菜AtGAI基因密码子偏好性与进化分析

为明确苋菜AtGAI基因密码子的使用特性,采用CodonW、SPSS软件及EMBOSS在线程序分析苋菜AtGAI基因密码子的偏好性,通过中性绘图、ENc绘图和偏倚分析GAI基因密码子偏好性形成的可能原因。结果表明:1)苋菜AtGAI基因的有效密码子数(ENc)、密码子适应指数(CAI)和GC含量分别为50.75、0.195和41.91%,表明其密码子偏好性较弱,偏好使用A/T结尾的密码子;2)CDS序列及RSCU聚类分析表明,苋菜AtGAI基因与双子叶植物中石竹目含甜菜色素的植物偏好性最相近;3)密码子碱基成分和相关性分析发现,GAI基因的密码子偏好性主要受碱基突变的影响;4)密码子使用频率比较分析发现,酵母真核表达系统更适合苋菜AtGAI异源表达,模式植物拟南芥、烟草、番茄和甜菜均可做为苋菜AtGAI基因的遗传转化受体,其中甜菜是其最理想的遗传转化受体。突变压力是GAI基因密码子偏好性形成的主要因素,苋菜AtGAI基因外源表达和遗传转化时需要根据宿主基因偏好性进行密码子优化和改造。     

西藏牦牛源肠出血性大肠杆菌毒力基因检测与进化分析

为调查西藏地区牦牛源肠出血性大肠杆菌的流行情况,利用PCR检测和生物进化分析方法,对西藏林芝、拉萨不同地、市149株牦牛源大肠杆菌的肠出血性大肠杆菌相关毒力基因进行了研究。结果表明:牦牛源肠出血性大肠杆菌6对毒力基因中,只检出ehxA基因,检出率为9.40%;对检测到的14株牦牛源肠出血性大肠杆菌进行克隆测序,经系统发育分析发现牦牛源肠出血性大肠杆菌菌株内同源性达到99.9%左右,与GenBank中所录其他菌株的同源性达到99%。因此,西藏牦牛源肠出血性大肠杆菌基因确实存在,其毒力基因主要为ehxA基因;西藏林芝、阿里、日喀则、昌都均有分布,拉萨、山南和那曲地区未检出,应引起重视。西藏地区要根据各地实际情况需要加强监测肠出血性大肠杆菌引起的腹泻,建立流行毒株预警机制并合理用药。     

甜荞花同源异型基因FeMADS1的克隆和序列结构分析

采用同源克隆方法,并结合RACE技术,从甜荞花芽分离得到1个A类MADS-box基因FeMADS1的cDNA全长,GenBank登录号为KM386627,其cDNA全长1 107bp,包括1个编码234个氨基酸、长为705bp的开放阅读框。序列同源比对和分子系统发生分析表明,其蛋白与拟南芥AGL8(FUL)的相似性最高,属A类MADS-box基因亚家族中的euFUL进化系,含MADS、I、K和C末端4个明显的结构域,并且K结构域包含K1、K2和K3共3个保守的富含疏水氨基酸残基的亚结构域,C末端结构域含FUL型基因2个特有的模体:FUL motif和paleoAP1motfi。     

日本白鲫BMP15和GDF9基因片段的克隆及组织表达分析

根据斑马鱼GDF9、BMP15基因的保守序列设计引物,采用RT PCR方法扩增获得日本白鲫GDF9、BMP15基因片段。日本白鲫GDF9基因片段长778 bp,编码145个氨基酸;BMP15基因片段长811 bp,编码270个氨基酸。氨基酸序列分析表明日本白鲫GDF9与斑马鱼的同源性最高,为78%,与其他物种的同源性在58%~78%之间;日本白鲫BMP15与斑马鱼同源性最高,为80%,与其他物种的同源性在30%~80%之间。系统进化树分析显示,鱼类的GDF9基因独立聚成一支,其中日本白鲫的GDF9基因与斑马鱼的GDF9基因聚成一支;鱼类的BMP15基因独立聚成一支,其中日本白鲫的BMP15基因与斑马鱼的BMP15基因聚成一支。半定量PCR结果显示,BMP15 mRNA在脾脏、肝脏、鳃、脑、心脏、肌肉、肾脏、卵巢中均有表达,其中卵巢中表达量最高;GDF9 mRNA在肝脏、脑、心脏、肌肉、卵巢中均有表达,而在脾脏、鳃、肾脏中表达量极低或不表达,在卵巢中表达量最高,为进一步研究日本白鲫GDF9与BMP15基因的结构与功能奠定了基础。     

梭梭VHA B基因克隆及序列分析

采用RT PCR和RACE法从超旱生、耐盐植物梭梭（Haloxylon ammodendron）中扩增出VHA B基因cDNA序列,其开放阅读框为1 413 bp,推测编码全长为471个氨基酸残基的氨基酸序列,该蛋白分子量约为52.304 ku,等电点为5.08。运用SMART、DNAMAN、GOR4、TMPred等生物信息学软件对梭梭VHA B功能域、跨膜结构进行分析显示,梭梭VHA B含有3个ATP synt_ab_N 、ATP synt_ab、ATP synt_ab_C结构域,但是不含跨膜结构域和信号肽。氨基酸序列同源性结果显示,HaVHA B与盐爪爪、盐穗木、碱蓬等同源性高达89.68%。说明VHA B基因是一个高度保守基因。