高密度草鱼和乌鳢养殖围隔沉积物中微生物群落结构分析

为了探讨不同鱼种的养殖模式对养殖池塘沉积物微生物结构的影响, 利用聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳( PCR-DGGE) 技术分析了珠三角地区2 种常见养殖鱼种草鱼( Ctenopharyngodon idellus) 和乌鳢( Channa maculate ♀ Channa arguss♂) 养殖池塘围隔中沉积物的微生物。结果显示, 2 种养殖模式PCR-DGGE 电泳样品共获得72 个条带, 草鱼模式有67 个条带, 乌鳢模式有70 个条带。克隆测序了37 个条带, 共获得48 条序列, 其中变形菌门为优势类群, 占总序列的52.80%。微生物群落结构分析结果表明草鱼和乌鳢2 种养殖模式间差异显著, 2 种养殖模式微生物的Shannon-Weiner 指数和Simpson指数存在显著性差异, 乌鳢模式的微生物多样性指数高于草鱼模式, 说明微生物群落结构的差异可能受不同营养成分的饲料及鱼种的生活方式的影响。每种养殖模式月间差异性分析得出2 种养殖模式差异均不显著, 说明微生物群落结构在养殖过程中变化不大。     

杂交鳢养殖围隔上覆水—泥水界面—沉积物离子垂直分布特征及其界面交换通量

利用Peeper透析装置(dialysis peepers)的沉积物间隙水采集技术结合微量分光光度法,测定高密度杂交鳢养殖围隔中原位上覆水及沉积物间隙水中主要离子的浓度,分析各离子在上覆水–泥水界面–沉积物整个垂直剖面上的分布特征,并估算其在上覆水–沉积物界面处的扩散通量。结果显示,1NH4+-N、NO3–-N、NO2–-N、PO43–-P、SO42–-S和Fe2+都具有较强的垂直分布规律。NH4+-N在沉积物0~18 cm中随深度增加而迅速增加,18 cm后相对稳定;NO2–-N和PO43–-P在沉积物表层2~4 cm出现峰值,而在上覆水和深层沉积物中都相对较低;NO3–-N和SO42–-S在上覆水中远大于沉积物中浓度,并且进入沉积物4 cm内浓度迅速降低。2水样根据不同深度测定的理化性质,分别聚类为3组差异显著的类群:上覆水组、表层沉积物组(上覆水–沉积物界面组)和下层沉积物组。3通过Fick第一定律估算离子在上覆水—沉积物界面的扩散通量得出,NH4+-N、NO2–-N、PO43–-P和Fe2+为沉积物扩散至上覆水中;NO3–-N和SO42–-S为上覆水扩散至沉积物中。NH4+-N和SO42–-S在上覆水–沉积物界面具有相对较大扩散通量,其余离子则相对较小。NH4+-N在3个实验围隔中的扩散通量分别为76.432、111.631和209.835 mg/(m2·d),为主要的沉积物内源释放离子。     

沿海滩涂异育银鲫养殖池塘真核浮游生物群落DNA指纹结构与理化因子的关系

为研究沿海滩涂异育银鲫养殖池塘浮游生物群落周年变化及其与理化因子的关系,2011年每月采集养殖池塘水样,测定相关理化因子。采用18s rDNA PCR-DGGE技术对真核浮游生物群落多样性进行了分析。运用CCA方法分析了真核浮游生物与理化因子的关系。结果表明:TP含量为0.17~1.12 mg/L,7月出现峰值。PO4-P含量为0.04~0.30 mg/L,7月和8月较高。NO2-N含量为0.02~0.57 mg/L,12月最高。NH+4-N含量为0.20~2.37 mg/L,5月出现峰值。NO3-N含量为0.04~10.47 mg/L,11月出现峰值。DGGE结果显示,1—12月共有73条谱带,平均每月谱带数为24.67。5月、6月、8月和9月份多样性指数较高。谱带匹配后聚类分析表明:除3月、7月和11月份外,真核浮游生物变化具有季节性,其中8月、9月和10月聚为一支,4月、5月和6月聚为一支,1月、2月和12月聚为一支。CCA分析表明,温度、TP和NH+4-N与真核浮游生物群落结构组成显著相关,为养殖生态调控和养殖模式优化提供理论依据。     

不同月份养殖草鱼幼鱼消化道微生物群落动态变化研究

为了评估草鱼消化道微生物群落结构在草鱼食性转化后的变动情况,实验对食性转换完成后的草鱼消化道微生物群落结构进行了PCR-DGGE分析。结果显示,不同月份采集草鱼消化道微生物群落结构存在明显差异(Monte Carlo检验,A:F=3.41,P=0.002;B:F=3.58,P=0.002),而被广泛认为影响宿主消化道微生物群落结构的宿主大小、丰满度等因素则在短期内并没有发现会对草鱼消化道微生物群落结构产生影响。实验表明,短期内环境因素可能是造成草鱼消化道微生物群落结构变动的主要因素。本实验结果将为深入阐述草鱼消化道微生物群落结构的变化规律、消化道益生菌的作用机理、消化道微生物群落结构变动与草鱼疾病的关系等问题积累基础材料。     

尼龙筛绢基质对对虾养殖水体细菌群落结构演替的影响

采用基于16S rDNA的PCR-DGGE（变性梯度凝胶电泳）技术,比较分析了添加尼龙筛绢网基质对凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）精养系统中水体细菌群落结构演替的影响。结果表明：1）基质组水体菌群结构丰富度稍低于对照组;2）基质组水体菌群结构相似性始终高于对照组;随着时间的推移,基质组的相似性系数不断升高,而对照组出现了先升高后下降的波动;3）对照组水体养殖前期优势菌主要为变形菌门和未培养细菌,在养殖后期则以厚壁菌门芽孢杆菌属（Bacillus spp.）细菌为主,基质组水体菌群则在整个养殖周期中均以厚壁菌门芽孢杆菌属细菌和未培养细菌为主。该研究结果可为进一步阐明人工基质养殖系统中微生物的生态调控功能和作用机制提供参考。     

养殖池塘水质理化因子与微生物群落碳代谢的定量关系

应用Biolog Eco微板技术和统计学方法,分析了循环水养殖池塘水质理化因子与微生物群落碳代谢特性的关系。结果显示:水质理化因子主成分分析表明循环塘与对照塘具有不同的水质理化特征;池塘水体总氮TN、总磷TP、细菌总数BN与微生物代谢活性正相关,TN、BN与微生物代谢多样性Shannon指数、Simpson指数、McIntosh指数正相关;冗余分析表明,循环塘的微生物群落代谢活性与对照塘具有明显的差异,且TN、化学需氧量COD Mn、总溶解固体TDS、TP等环境因子对养殖池塘微生物群落代谢的差异性贡献最大。     

精养团头鲂池塘沉积物微生物群落的结构特征及组成多样性分析

为了研究精养团头鲂池塘冬季不投饵期间沉积物不同层次细菌群落结构的特征,实验分层次采集池塘沉积物,采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳技术)及基因测序技术,对池塘沉积物垂向空间分布的微生物群落特征及多样性的组成进行分析。结果显示:精养团头鲂池塘的整个停饵期间沉积物微生物群落的丰富度(平均为38)和多样性指数(平均为3.18)均较高,说明精养池塘沉积物中微生物数量多、种类丰富。上层(0~10 cm)和中层(10~20 cm)沉积物的微生物群落Shannon指数(3.29、3.27)略高于下层(20~30 cm)的Shannon指数(3.17),底层沉积物样品的指数最小(2.96),说明在底层沉积物中微生物群落结构趋于稳定,菌群多样性变化较小。精养团头鲂池塘的整个停饵期间沉积物样品中上层(0~10 cm和10~20 cm)微生物的群落结构相似性较高(80%以上),而底下层(20~30 cm和30~40 cm)与中上层微生物的群落结构相似性较低(63%以上),说明通过微生物群落结构的相似性程度可以大致看出样品的空间顺序。微生物群落组成多样性的结果显示:精养团头鲂池塘沉积物在整个停饵期间包含的菌群分属于8个门:变形菌门(β-、γ-、δ-亚群)(33.33%)、绿弯菌门(19.05%)、拟杆菌门(14.29%)、蓝细菌门(9.52%)、螺旋体门(9.52%)、硝化螺旋菌门(4.76%)、酸杆菌门(4.76%)、厚壁菌门(4.76%);结果表明变形菌门为精养团头鲂池塘沉积物在停饵期间的优势菌群,δ-变形菌亚群(14.29%)是变形菌门中的优势菌群。本实验以期得到不同种类微生物的分子信息从而为以后筛选有益菌群奠定基础,并为团头鲂精养池塘微生态环境的人工调控提供依据,从而为适时监测养殖生态环境运营状况建立快速的分子生物学分析方法。     

莱州湾头足类的群落结构及其与环境因子的关系

为了掌握莱州湾头足类的资源现状,根据2011—2012年进行的9个月份的底拖网调查数据,研究了莱州湾头足类的群落结构及其与环境因子的关系。结果显示,148网次共捕获头足类6种,隶属于3目、3科、4属。头足类生物量及个体数均以10月最高、3月最低,周年平均值分别为3 111.39 g/h和723.54个/h。枪乌贼为莱州湾头足类的绝对优势种,其周年的相对重要性指数为13 097。头足类个体数的空间分布随月份变化,6—7月以莱州湾中南部密度较高,8—11月以莱州湾中北部密度较高,3—5月头足类的密度整体较低。CLUSTER和MDS分析将9个调查月份分为4个群组,ANOSIM分析显示群组两两间的群落结构均呈显著性差异,SIMPER分析表明枪乌贼对群组区分的贡献最大。头足类的个体数分布与浮游动物密度的相关性最高。生殖洄游和越冬洄游是影响莱州湾头足类空间分布季节变化的首要因素。研究结果可为莱州湾头足类资源的可持续利用和保护提供科学依据。     

长江中游江段浮游生物群落结构及其与环境因子的关系

为了解长江中游江段浮游生物群落结构及其与环境因子之间的关系,于2019年7、10月,2020年1、5月进行4次采样调查.结果显示:共鉴定出浮游植物6门76属117种,其中硅藻门种类数最多(43.59％),其次是绿藻门(29.91％);浮游动物44属74种,以轮虫(48.65％)和原生动物(20.27％)为主.浮游生物优...     

象山港南沙岛不同养殖模式沉积物微生物群落结构分析

通过构建16S rDNA克隆文库对象山港南沙岛不同养殖模式(贝类养殖、藻类养殖及网箱养殖)表层沉积物微生物多样性和群落结构特征进行了比较和分析,共获取136个OUT。其中,贝类养殖区、藻类养殖区和网箱养殖区OTU分别为58、48和57个。各站位OTU分布差异明显,表现出高度的多样性。基于16S rDNA序列的生物多样性和丰富度分析表明,网箱养殖区丰富度指数ACE为739,香浓指数H?为3.8,均为最高值,丰富度指数Chao为245,略低于于贝类养殖区。贝类养殖区丰富度指数Chao为303,在各养殖区中最高。藻类养殖区丰富度指数ACE为174、Chao为89,香浓指数H?为3.6,均为最低值。系统发育分析表明,南沙岛各养殖区的优势种群均为变形菌门(Proteobacteria),但是藻类养殖区微生物群落结构与其他养殖区域相比,16S rDNA克隆文库差异显著,其中根瘤菌属(Rhizobium)及其他光合细菌在藻类养殖区分布较多。网箱养殖区沉积物表层微生物群落中出现了与环境污染密切相关的菌群,如志贺氏菌属(Shigella)、埃希氏菌属(Escherichia)和ε-变形菌纲的微生物种群,揭示网箱养殖对底质沉积物环境的影响较大。     

雷州湾附近海域鱼类群落结构及其与环境因子的关系

为了解雷州湾及其附近海域渔业生物的群落结构及其物理影响因素,于2016—2017年开展了4个季度的底拖网渔业资源与生态环境调查。运用聚类分析、相似性百分比分析以及冗余分析研究了该海域鱼类群落结构及其与环境因子之间的关系。结果表明,雷州湾附近海域共捕获鱼类256种,以底层鱼类和暖水性鱼类为主;各季节均可划分为两个亚群落(Anosim test:R=0.28～0.77, P<0.01),群落Ⅰ的平均相似性为38.48%～47.44%,相似性的主要贡献种为斑头舌鳎(Cynoglossus puncticeps)、中华海鲇(Tachysurus sinensis)和线纹鳗鲇(Plotosus lineatus)等;群落Ⅱ的平均相似性为41.38%～52.59%,主要贡献种为多齿蛇鲻(Saurida tumbil)、斑头舌鳎和花斑蛇鲻(Saurida undosquamis)等。两个亚群落的平均相异性为57.74%～76.25%;水深是4个季度显著影响鱼类分布的重要生态因子,溶解氧是3个季度显著影响鱼类分布的重要环境因子。综上所述,雷州湾及其附近海域鱼类种类数丰富,高于海州湾、大亚湾等海域;本研究揭示了该海域鱼类群落结构特征及其与环境因子的关系,为该海域鱼类资源的养护及利用提供参考依据。     

斑点叉尾鮰养殖池塘底泥微生物群落结构特征及其影响因素

微生物群落在水产养殖环境中起着重要作用,深入了解微生物群落组成及其构建机制对了解池塘生态功能具有重要意义。本研究通过高通量测序技术研究斑点叉尾鮰（）养殖池塘底泥中细菌群落机构特征,并分析了细菌群落的主要影响因素。结果显示,斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构呈现出季节性变化,冬春季样品相似性较高。斑点叉尾鮰养殖池塘底泥优势菌群主要为变形菌门（Proteobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria）,与池塘水体细菌群落间有明显的差别。线性判别分析显示,冬、春和秋季的特异性优势菌群较为丰富,冬季和春季分布较为集中,分别集中于浮霉菌、拟杆菌门、绿弯菌门和厚壁菌门、拟杆菌门,秋季特异性优势菌群分布特别分散,而夏季优势细菌类群最少,只有绿弯菌门厌氧绳菌属1个属具有显著优势。环境因子中,透明度和总溶解性悬浮物与斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构有显著相关（<0.05）,对细菌群落结构的影响也最大。本研究旨为斑点叉尾鮰池塘微生物群落的变化和调控提供借鉴。     

养殖模式对草鱼池塘底泥微生物群落结构影响的分析

为了解养殖模式对主养草鱼(Ctenopharyngodon idellus)池塘底泥微生物群落结构的影响,使用高通量测序方法分析了山塘、精养和鱼菜共生三种模式下草鱼池塘底泥微生物的结构特征.结果显示:(1)精养池塘水体CODMn、总氮(TN)和总磷(TP)[(35.67～108.34)mg/L、(3.40～7.93)m...     

莆田近海孔烂病海带微生物群落结构及其与环境因子的关系

为探究莆田近海孔烂病海带微生物群落结构及其与环境因子的关系,本研究采用16S rRNA扩增子测序技术对健康海带(HT)、孔烂病海带(DT)、健康海带养殖区海水(HS)和孔烂病海带养殖区海水(DS)样本进行测序分析,利用冗余分析研究了海水微生物群落与环境因子的关系。结果显示,HT和DT样本的丰富度指数(ace)、香农指数(shannon)和均匀度指数(heip)均具有显著性差异,HS和DS样本的丰富度指数和香农指数有显著性差异,均匀度指数则无显著性差异,各样本的微生物群落分区明显。微生物群落组成分析显示,HT和DT样本群落组成的差异主要由盐单胞菌科产生,而HS和DS样本群落组成的差异主要由蓝细菌门和假交替单胞菌科决定。环境因子关联分析显示,盐度和温度与微生物群落的关联在HS和DS样本中具有显著性差异,对海水微生物群落分布影响较大。海水微生物中的优势菌蓝细菌与盐度,与温度呈负相关;优势菌科黄杆菌科、红杆菌科、假交替单胞菌科和弧菌科与盐度呈负相关,与温度呈正相关。研究表明,孔烂病的发生可能与海带微生物中的盐单胞菌和海水微生物中的蓝细菌和假交替单胞菌有密切的联系,盐度和温度可能是导致海水微生物群落发生变化的关键环境因子。     

白洋淀水域夏季细菌群落结构及与环境因子的关系

为了解白洋淀水域细菌多样性,于夏季采集水样进行水质和微生物群落结构分析。水质分析显示,白洋淀平均酸碱值(pH)为7.95,溶解氧(DO)为16.67 mg/L,属于偏碱性湖泊且含氧量丰富。通过Illumina NovaSeq6000高通量测序分析微生物群落结构表明:白洋淀不同采样点Chao1指数、Ace指数均较高,Shannon指数为7.151~8.443,Simpson指数为0.986~0.992,反映出白洋淀各采样点微生物群落多样性丰富、稳定性好,且细菌丰富度和多样性均以光淀(GD)最高。变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)是湖水的优势菌门,丰度之和能达到90%,且以变形菌门(Proteobacteria)为绝对优势菌门,丰度为44.15%~60.18%;在属水平上烧车淀(SCD)和枣林庄(ZLZ)以多核杆属(Polynucleobacter)为第一优势菌属,其余采样点优势菌属为unidentified_Cyanobacteria。CCA(canonial correspondence analysis)分析表明,pH和DO是影响白洋淀细菌群落结构的主要环境因子。     

胶州湾及其邻近海域鱼类群落结构及与环境因子的关系

 为了进一步研究胶州湾及其邻近水域鱼类群落结构及与环境因子的关系, 本文根据2011年冬季(2月)、春季(5月)、夏季(8月)和秋季(11月)在胶州湾及其邻近海域进行的渔业资源和环境调查数据, 应用相对重要性指数、生态多样性指数和多元分析方法等研究了胶州湾鱼类群落结构及其季节变化, 并分析了胶州湾鱼类群落结构与主要环境因子的关系。结果表明: 本次调查共捕获鱼类57种, 隶属于2纲10目31科46属, 种类组成以暖温性和暖水性鱼类为主。主要优势种有方氏云鳚(Pholis fangi)和六丝钝尾虾虎鱼(Amblychaeturichthys hexanema)等。胶州湾鱼类群落物种丰富度指数D的季节变化范围为1.02~1.65, 多样性指数H’变化范围为1.36~1.73, 均匀度指数J′变化范围为0.61~0.76。方差分析表明, 丰富度指数的季节变化显著, 而均匀度指数J′和多样性指数H′无显著性季节变化。单因子相似性(ANOSIM)分析表明, 胶州湾鱼类群落结构和种类组成存在明显的季节更替现象。相似性百分比分析(SIMPER)表明, 方氏云鳚、六丝钝尾虾虎鱼、细纹狮子鱼、斑、赤鼻棱鳀和皮氏叫姑鱼等是造成群落结构季节变化的主要分歧种。典范对应分析表明, 影响胶州湾及其邻近海域鱼类群落结构的主要环境因子为水温、盐度和pH, 其次是底质类型, 条件效应分别为0.310、0.084、0.176和0.256。本研究旨在通过分析胶州湾鱼类群落结构和多样性特征及其与环境因子的关系, 为胶州湾渔业资源的保护和可持续利用提供科学依据。

     

黄岛近海岸贝类养殖区细菌群落结构多样性及与环境因子响应

为了研究近海贝类开放养殖水域中细菌种群分布规律以及微生物群落多样性对环境因子的响应及与水产动物发病的关系,本实验于2019年7—11月采集黄岛某开放养殖水域不同样点海水样本,分析不同水质因子(水温、盐度、pH、DO、叶绿素、氨氮、磷酸盐、硝酸盐和亚硝酸盐)的动态变化,并利用高通量测序的方法分析了不同月份水样和栉孔扇贝组织样本中微生物群落结构和多样性的差异,探讨了环境因子与微生物群落结构的相关性。结果显示,水样本中细菌群落结构共检测到42个门,94个纲。由变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、放线菌门及厚壁菌门等组成,其中变形菌门为优势菌门,主要包括γ-变形菌纲和α-变形菌纲。不同月份,细菌OTU水平多样性分析结果为11月>9月>7月>10月>8月;弧菌OTU水平多样性分析结果显示,弧菌的多样性呈现先升高后降低的变化,与水温的变化趋势一致,8月养殖区多样性高于对照区。RDA分析表明,叶绿素含量(μg/L)和亚硝酸盐的浓度(mg/L)对门水平的物种组成和群落结构具有显著的影响。磷酸盐含量(mg/L)和DO (mg/L)对弧菌属水平的群落结构具有显著影响。扇贝组织样本细菌群落...     

乐清湾甲壳类群落结构特征及其影响因素

根据2016年5月份、8月份、11月份和2017年2月份在乐清湾海域的渔业资源调查数据,利用聚类分析、多元统计分析和冗余分析等方法,对该海域甲壳类的种类组成、生物多样性、群落结构特征及其与环境因子的关系进行了分析。结果显示,该海域共鉴定出甲壳类43种,隶属于2个目、18个科、28个属,全年优势种为三疣梭子蟹、日本蟳和哈氏仿对虾。甲壳类群落结构季节间变化差异显著,夏季甲壳类种类数最多,冬季最少,优势种种类季节变化较小。对不同水深带的甲壳类群落结构分析发现,5～10 m种类数最多,小于5 m和大于10 m种类数较少。单因素方差分析显示,不同水深甲壳类群落的丰富度指数(D)存在显著差异,均匀度指数(J')和多样性指数(H')均无显著差异。冗余分析结果显示,温度、水深和浑浊度是影响乐清湾甲壳类群落结构季节变化的重要环境因子,其中水深对甲壳类分布的影响较大。