应用PCR方法向基因内部引入序列的策略研究

应用PCR方法,利用3条引物与2个模板,分别采用一步PCR、两步PCR、三步PCR扩增策略,向cte基因内部引入一段内含子序列,以达到基因改造的目的.结果表明,利用一步PCR的策略,难以扩增得到目的基因,利用二步PCR的策略,虽然可以得到目的条带,但存在非特异扩增;通过三步PCR的策略,即第一步PCR扩增产物作为第二步...     

聚丙烯酰胺电泳条带中微量DNA片段的回收与再扩增方法的改进

【目的】研究聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)条带中微量DNA片段的回收和再扩增.【方法】比较了4种方法溶解聚丙烯酰胺凝胶的效果和回收微量核酸的效率.【结果和结论】Bioteke溶胶/结合液能获得极高的DNA片段回收率,可从仅含1.0~7.5 ng核酸的PAGE胶中有效回收到足量的片段;再扩增的效果与回收效率呈正相关;将液态混合液与杂质分离是成功进行再扩增的关键.本研究构建的一套快速、高效的PAGE多态性条带回收及再扩增的方法为分析生物遗传多样性成因提供了新途径.     

洋葱细胞质雄性不育基因分子标记的开发

根据细香葱orf A501开发的特异引物,以洋葱细胞质雄性不育系为试材进行PCR扩增,对获得的片段进行回收测序,根据测序结果设计引物进行染色体步移,获得部分侧翼序列,开发了鉴定洋葱细胞质基因型的SCAR标记,命名为OC2175。该标记在洋葱不育系中扩增出一条2 175 bp的特异条带和1 053 bp的条带,而保持系中仅扩增出1 053 bp的条带。对17组不同遗传背景的不育系及其相应的保持系进行验证,该SCAR标记的鉴定结果与田间表型判断结果完全吻合。     

枸杞品种SRAP分析

应用相关序列扩增多态性(SRAP)标记,对15个枸杞品种进行了遗传多样性分析。从36对引物组合中筛选8对引物组合用于PCR扩增,共获得39条谱带,多态性条带为37条,平均多态性百分率为94.8%,每对引物组合扩增出条带数3~9条不等,平均每对引物组合得到4.8条。15份材料之间遗传相似系数范围介于0.13~1.00之间,说明供试枸杞品种间存在丰富的遗传多样性。     

3种楠木DNA提取及其ISSR标记鉴别

【目的】采用ISSR分子标记鉴别楠属3个树种。【方法】以紫楠、浙江楠和桢楠木材为对象,比对改良CTABSDS法、CTAB法和试剂盒法3种方法提取的木材基因组DNA质量,采用ISSR-PCR技术对3个树种24个样本基因组DNA进行扩增。【结果】改良CTAB-SDS法和CTAB法较适合这3种木材的DNA提取。序列扩增筛选出7条稳定、条带清晰且多态性好的引物,确定其最佳退火温度。7条引物共扩增出67条大小为100~2 000 bp的条带,其中多态性条带43条,多态率64.2%。【结论】这7条引物扩增的多态性条带都可用于鉴别与区分这3种楠木。     

樟科16个树种木材的RAPD与ISSR分子鉴别

采用随机扩增多态性(RAPD)和简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)技术鉴别樟科Lauraceae16个树种。用改良十六烷基三甲基溴化铵-十二烷基硫酸钠(CTAB-SDS)法提取樟科16个树种192株(12株·种-1)木质部基因组DNA,用RAPD与ISSR技术对它们进行聚合酶链式反应(PCR)扩增。共筛选出8条RAPD引物与6条ISSR引物,8条RAPD引物共扩增出165条大小为100~2 000 bp的条带,其中多态性条带为153条,多态率为92.7%;6条ISSR引物共扩增出96条大小为100~2 000 bp的条带,其中多态性条带为86条,多态率为89.6%。通过1~2个引物扩增的多态性条带就可鉴别与区分参试的16个树种,为树种鉴定提供技术支持。     

利用AFLP方法筛选中华绒螯蟹性别相关标记

利用AFLP(amplified fragment length polymorphism)技术筛选中华绒螯蟹性别相关标记,共使用192对引物组合检测中华绒螯蟹雌、雄和雌雄混合3个基因组池的多态性,共扩增出5 376条多态性条带,平均每对引物组合扩增出28条多态性条带,获得88条雌雄差异条带。利用雌雄各10个个体再次进行AFLP验证,共62条差异条带具有性别差异,包括两种情况:(1)有49条条带在雌性的4～6个个体中存在,在雄性全部个体中缺失;(2)有13条条带在雄性4～6个个体中存在,在所有的雌性个体中缺失;其余的26条没有性别差异性。差异条带经回收、克隆、测序,结果发现有些条带包含多个序列,共得到77条DNA序列,其中31条序列与鸟类、两栖类和哺乳类等脊椎动物性染色体DNA部分片段具有同源性,相似区间在22～212 bp不等,其中6条DNA序列与命中序列之间具有生物学相关性。设计特异性的引物在基因组中检测,没有获得性别特异SCAR标记。     

利用ISSR和AFLP标记分析石斛种质资源的遗传多样性

本研究利用ISSR和AFLP两种分子标记对51个药用石斛材料(包括35个铁皮石斛种质资源)进行遗传多样性研究。利用ISSR标记筛选出6条引物,共扩增出79条带,平均每条引物扩增条带数约为13.17条,多态条带比率都达到100%。利用AFLP标记筛选出5对引物,共扩增207条带,其中206条具多态性,多态性比率高达99.52%。两标记分析获得的群体种系间关系与变异基本一致,且群体内的分化较小,群体间的分化较大,群体间的基因流动较小。所得到的聚类图表明:ISSR和AFLP标记技术能有效地将研究材料分开,且基本反映了它们之间的亲缘关系,说明两种标记均适合用于石斛植物的遗传多样性研究。     

美洲南瓜种质资源遗传多样性的ISSR分析

【目的】解决武威地区美洲南瓜品种归类不明确的问题.【方法】利用ISSR标记对28份美洲南瓜材料进行了遗传多样性的研究.【结果】从48条ISSR引物中共筛选出7条重复性高和扩增条带清晰的引物,PCR扩增共获得56条条带,平均每条引物扩增条带数为8条,多态性条带54条,多态性比率为96.43%,材料间遗传相似系数为0.60~0.93,表现出丰富的遗传多样性,并通过UPGMA分子系统聚类法,将28份美洲南瓜材料分为5个大类群.【结论】本研究为拓展美洲南瓜种质资源和发掘新种质提供了理论基础.     

mRNA差异显示中特异条带回收方法的改进

聚丙烯酰胺凝胶电泳的银染显色具有灵敏度高、显色速度快、无放射性等优点,在mRNA差异显示中应用广泛。由于银染过程中要经过酸、碱的处理,从中回收DNA条带有一定困难。本研究对回收方法进行了改进,回收后的条带经PCR重扩增得到了清晰的特异条带。     

建立胡杨抗逆研究的cDNA-AFLP反应体系

以胡杨为研究材料,建立适用于胡杨抗逆研究的cDNA-AFLP反应体系,对影响反应体系的关键因素(RNA提取、内切酶组合、预扩增体系、选择性扩增体系)进行了探索和优化。结果表明:通过改进后的CTAB法能成功获得高质量的RNA;EcoRⅠ/MseⅠ的组合4.5h内将ds-cDNA酶切完全,与相应接头连接过夜后产物直接用于预扩增;稀释10倍的预扩增产物作为模板用于选择性扩增;通过优化体系得到的选择性扩增产物,银染检测后条带清晰稳定,经RT-PCR检测,证明优化后的cDNA-AFLP技术差异显示的结果可以准确反映基因在植物体中差异表达的真实情况,并利用该技术成功筛选出42对可以获得带型丰富且重复性好的引物组合。     

小麦抗白粉病分子基础研究进展

白粉病是小麦重要的叶部病害.应用差异显示、兼并引物PCR、快速扩增cDNA末端和cDNA文库筛选等技术,克隆、研究了一些与抗白粉病相关的基因.Pm3b已经被成功克隆.作者对小麦抗白粉病分子基础研究进行了探讨.     

拟南芥感染灰霉病菌后差异表达基因分析

利用SSH(抑制性消减杂交)技术,对接种灰霉病菌后不同拟南芥生态型差异表达的基因进行了分析,对SSH产物条带进行回收和二次扩增,得到6个差异表达条带。经反式NORTHERN杂交检测均为阳性片段。对其进行克隆、序列测定,获得了7个差异表达的序列。同源性分析表明,它们与转录、膜内外物质转移、蛋白合成、信号传递等生命活动相关的基因有一定的同源性,其中1个片段的序列与拟南芥乙烯信号传递途径有关,推测其可能关联到拟南芥对病菌的抗性。对这些基因片段进行深入的分析和功能研究,将会对拟南芥与灰霉病菌互作的分子机理有更进一步的认识。     

棉花银染mRNA差异显示分析体系的建立及优化

mRNA差异显示(mRNA differential display)技术是筛选差异表达基因的有效方法。本研究优化了棉花mRNA的银染差异显示体系,以陆地棉苏棉12为材料,分别提取叶片和开花期后10 d左右的纤维中的总RNA,利用差显技术筛选出了在棉花纤维中差异表达的cDNA片段。     

水杨酸诱导的甜瓜DDRT-PCR分析及其基因差异表达片段的分离

利用DDRT-PCR技术,比较了1 mmol/L SA诱导第4天与未经SA诱导的甜瓜感白粉病品种卡拉克赛的基因表达差异.共获得差别条带19条,在SA诱导后出现差异带15条,在未诱导的对照中出现差异带4条.对其中的8条差异片段回收、克隆,用EcoRI/HindIII双酶切和PCR扩增.对其中的cDNA3-4-1测序,在BLAST上比较同源性,发现其与拟南芥热激转录因子hsf8基因具有83%的核苷酸同源性.说明1 mmol/L SA处理的甜瓜叶片在mRNA水平上发生了明显的变化,SA诱导了热激转录因子hsf8基因的大量表达,从而可能影响热激蛋白hsp70的表达,对维持蛋白质结构,稳定胞内环境具有积极作用.     

百合辐射突变体的ISSR鉴定技术研究

用60Co～γ射线辐射麝香百合WhiteFox的鳞片获得变异后代,从分子水平上检测60Co～γ射线对WhiteFox遗传物质的影响。运用ISSR分子标记方法对12株变异株和对照进行分析研究,从20条引物中筛选出5条具有多态性的引物进行PCR扩增,共检测到29个位点,其中多态位点18个,占62.1%。结果表明:经过60Co～γ射线辐射获得的变异百合在DNA水平上存在多态性差异。     

山核桃AFLP实验技术体系的建立

以充分展开的山核桃Carya cathayensis嫩叶为材料、利用改良CTAB（十六烷基三甲基溴化铵）法与CTAB裂解一硅珠吸附法提取山核桃总DNA,对适合于山核桃叶片的AFLP（扩增片段长度多态性）分析体系进行了摸索。结果表明：①改良CTAB法适用于从山核桃叶中提取高质量的DNA,提取的DNA可用于AFLP的分析;②采用EcoR I/Mse I 酶切组合,酶切连接一步法与两步法的效果没有明显的差异,但一步法操作更为简便;③适合于山核桃叶AFLP分析的引物组合为E-ACT＋M-CAT,E-ACT＋M-CTG,E-ACG＋M-CAT,E-ACG＋M-CTG。扩增产物经60g·L^-1变性聚丙烯酰胺凝胶电泳后进行银染,条带信号强度一致性好,条带分布均匀、清晰,分辨率较高。     

利用mRNA差异显示技术寻找甘蓝型油菜黄籽基因

 以两组不同来源的甘蓝型黄籽油菜近等基因系为材料,利用mRNA差异显示技术对90对随机引物和锚定引物组合进行筛选,获得1个能稳定重复出现的差异cDNA片段。以该差异片段为探针经Northern杂交验证了上述结果,推测该差异片段可能和种皮色泽差异形成有关。对该差异片段进行了克隆、测序,并根据此序列设计了2个嵌套特异引物,利用PCR-Walking技术延伸该差异片段,对该延伸序列进行克隆、测序及序列同源性分析。同时对mRNA差异显示技术应用过程中的相关问题进行了探讨。     

Isolation, Cloning, and Identification of Expressed Sequence Tags from the Backfat Tissue in Duroc and Tongcheng Pigs by mRNA Differential Display

mRNA differential display technique was performed to discuss the differential expression of genes in fat tissue between introduced European and Chinese indigenous pigs. Four anchor primers in combination with five arbitrary primers （20 sets in total） were used and nearly 300 bands were observed in polyacrylamide gel, among which 29 differential display bands were obtained. Twelve of 29 cDNA fragments were identified using reverse Northern dot blot, and subsequently cloned and sequenced. Eight of 12 cDNAs had no matches in GenBank and were submitted to GenBank, and the other 4 showed similarity to identified genes from GenBank. Three among 8 novel ESTs were selected to be further identified by semiquantitative RT-PCR. In our experiment, silver staining DDRT-PCR and DIG primer DNA labeling reverse Northern dot blot were used to avoid radioactive pollution. The result showed that the expressions of 5 among 8 novel ESTs were stronger in the backfat of Tongcheng pigs and the others were weaker than that in Duroc pigs. These novel ESTs were prepared for selecting genes related to adipose cells.