柑橘脉突病毒基因组全长cDNA克隆及其侵染性鉴定

【目的】构建柑橘脉突病毒(citrus vein enation virus,CVEV)侵染性克隆,为从分子水平解析其致病机理打下基础。【方法】利用SMARTer^?RACE(rapid amplification of cDNA ends)试剂盒对CVEV的5′序列进行RACE,并依据序列分析结果及CVEV分离株VE-1保守序列,设计CVEV基因组全长cDNA扩增引物。以CVEV毒源植株的总RNA为模板,通过EV25-F/EV5983-R引物扩增CVEV基因组全长cDNA。利用In-Fusion重组连接线性化pXT1和CVEV全长cDNA。通过菌液PCR及测序分析鉴定CVEV基因组全长cDNA克隆。通过农杆菌介导的真空浸润接种摩洛哥酸橙(Citrus aurantium)、邓肯葡萄柚(C. paradisi)、尤力克柠檬(C.limon)、枳柚(C. paradisi×Poncirus trifoliata)、Rusk枳橙(P. trifoliata×C. sinensis)、枣阳小叶枳(P. trifoliata),进一步通过RT-PCR检测、症状观察鉴定所构建...     

狂犬病病毒SRV_9株修饰全长基因组cDNA克隆的构建

为获得狂犬病病毒(rabies virus,RV)SRV9株的基因组全长cDNA克隆并对其进行基因修饰,深入研究狂犬病病毒的基因组特性及构建新型病毒载体,本研究根据GenBank中公布的SRV9基因组序列设计数对引物,以SRV9病毒为材料,从病毒总RNA中将全长基因组11 928 bp分5段扩增,克隆至载体测序鉴定。测序正确后,设计引物缺失基因组Ψ区并在缺失位置插入人细胞色素C基因,又设计引物删除糖蛋白(G)胞质区(CD区)。利用引物在病毒基因组起始处添加锤头状核酶序列,在病毒序列结尾处添加了丁型肝炎核酶序列。再次测序后克隆至pcDNA3.1(+)载体,利用扩增片段自身内切酶位点顺次进行修饰后全长连接,从而获得含修饰SRV9全长基因组的质粒pcDNA3.1-SRV9,为RV感染性克隆的建立奠定了基础。     

果蝇小翅·残翅基因作用探究

[目的]探究果蝇小翅与残翅基因间的作用关系。[方法]利用果蝇2种不同翅型的突变体进行杂交,找出小翅、残翅基因同时存在个体,观察其翅的表型,同时对翅的分离比进行推测,研究果蝇小翅与残翅基因间的作用关系。[结果]正反交果蝇的表现型不相同。果蝇的小翅品系和残翅品系的正交组合的杂交后代F1雌、雄全部为长翅,而反交组合的雌蝇为长翅,雄蝇为小翅。F2的翅型有长翅、小翅、残翅3种,小翅、残翅基因同时存在的个体表型为残翅,并且翅型分离比均为长翅：小翅：残翅=3：3：2。[结论]残翅基因对小翅基因具有遮盖作用。     

新城疫病毒Lasota株基因组全长cDNA的构建与序列分析

将Lasota病毒RNA反转录为cDNA,按照GenBank上公布的Lasota基因组序列(AF 077761)设计了5对引物进行全基因组的扩增(RT-PCR),并将各个片段连于克隆载体pMD_(18)-T,获得高拷贝的基因序列,然后通过酶切连接将测序正确的各个片段连接到pET-30a载体。PCR分片段扩增、酶切鉴定及测序结果表明,所构建的Lasota全基因组cDNA基因序列正确,连入载体的位置与预期完全一致。     

一种实用的双链RNA病毒基因组克隆方法

以克隆水稻矮缩病毒(Rice dwarf virts,RDV)基因组片段S11、S12为例,报道一种克隆植物dsRNA病毒基因组的方法.具体过程为:利用T4 RNA连接酶将5′-磷酸、3′-氨基修饰的引物Primer 1连接到RDV病毒基因组第11、12片段dsRNA的3′-OH端,经逆转录、退火、补齐形成全长双链cD-NA,使用单一的互补引物Primer 2进行PCR扩增,扩增产物克隆在pMD 18-T载体上,对重组子进行两次限制性内切酶分析,结合序列测定分离鉴定S11、S12.结果表明,这种方法能同时克隆RDV基因片段S11、S12,是一种有效实用的dsRNA病毒基因组克隆方法.     

猪乙脑病毒HW株的全基因组克隆及分析

流行性乙型脑炎(Japanese encephalitis virus,JEV)是一种中枢系统人畜共患急性传染病,由蚊为媒介传播,以高热和狂暴或沉郁等神经症状为特征[1],猪患乙型脑炎的主要症状表现为怀孕母猪流产,产死胎或弱仔,公猪则患睾丸炎,仔猪呈神经症状,使养猪业遭受巨大损失。1988年我国学者方     

果蝇小翅·残翅基因作用探究

[目的]探究果蝇小翅与残翅基因间的作用关系。[方法]利用果蝇2种不同翅型的突变体进行杂交,找出小翅、残翅基因同时存在个体,观察其翅的表型,同时对翅的分离比进行推测,研究果蝇小翅与残翅基因间的作用关系。[结果]正反交果蝇的表现型不相同。果蝇的小翅品系和残翅品系的正交组合的杂交后代F1雌、雄全部为长翅,而反交组合的雌蝇为长翅,雄蝇为小翅。F2的翅型有长翅、小翅、残翅3种,小翅、残翅基因同时存在的个体表型为残翅,并且翅型分离比均为长翅：小翅：残翅=3：3：2。[结论]残翅基因对小翅基因具有遮盖作用。     

传染性法氏囊病病毒河北分离株(HB-bp)基因组A节段全长cDNA的克隆和序列分析

采用RT-PCR技术,以传染性法氏囊病病毒河北分离株(HB-bp)基因组RNA为模板,扩增并克隆了IBDVHB-bp株基因组A节段全长cDNA。结果表明:克隆的A节段全长共3142个核苷酸,包括5′、3′端非编码区(NCRs)和2个部分重叠的开放阅读框(ORF1和ORF2),与其它血清Ⅰ型毒株相比,HB-bp株在核苷酸水平上有32～146个核苷酸的差异,同源性为95 4%～98 8%;在氨基酸水平上有5～35个氨基酸的替代,同源性为96 9%～99 5%,与血清Ⅱ型毒株同源性为89 8%～90 8%。与其他超强毒株的同源性最高,具有超强毒株的特征性氨基酸,因此HB-bp株为中国的一个超强毒株。     

猪细小病毒河南分离株全基因组克隆及序列分析

[目的]进一步了解河南地区猪细小病毒(PPV)的变异特点.[方法]利用PCR方法,对河南郑州、周口、济源等地采集的疑似PPV感染的病料进行检测.PCR检测为阳性的病料经处理后,同步接种猪睾丸细胞盲传6代,对4株PPV全基因组进行分段克隆及测序,并与GenBank登录的国内外PPV流行株全基因组进行比较.[结果]获得的4株PPV全基因组序列全长均为4679 bp.4个毒株之间的核苷酸同源性介于99.6％ ～99.8％,与其他毒株间核苷酸同源性为98％～100％,遗传进化较为稳定.[结论]为PPV在河南地区分子流行病学调查及遗传变异分析奠定了基础.     

猪圆环病毒2型HBZX株的全基因组克隆及序列分析

参照GenBank发表的猪圆环病毒2型(Porcine Circovirus type 2,PCV2)序列,设计合成了1对用于扩增PCV2全长基因组的特异性引物,从患断奶后仔猪多系统衰弱综合征(PMWS)的病料中,采用PCR方法克隆了PCV2 HBZX株的全长基因组序列,并进行了序列测定与分析.结果显示,PCV2 HBZX株的基因组全长为1 767nt:同源性比较发现,HBZX株与其他PCV2株的核苷酸同源性为95.0%～98.9%;遗传进化树分析表明,根据PCV2全基因组序列和ORF2编码蛋白的氨基酸序列所绘制的遗传进化树相似度较高;PCV2可分为两个亚型,以中国株为代表的亚洲株和以加拿大株为代表的美洲株分布在亚型1中,以法国株为代表的欧洲株分布在亚型2中.说明PCV2各分离株之间存在较为明显的地理位置上的相关性.     

猪圆环病毒2型北京株全基因组的克隆与序列分析

为探索近年来北京地区猪圆环病毒2型（PCV2）的流行病学和变异规律,用PCR技术从北京不同猪场的临床发病猪和死亡猪病变组织中分别扩增和克隆获得4株PCV2分离株全基因组序列,并进行测定和分析。结果显示,4株PCV2基因组全长均为1767nt,其核苷酸同源性高达99％,与其他北京分离株的同源性也达98％以上,与国内外其他地区PCV2的核苷酸同源性也在95％以上。由此表明,各个PCV2分离株在进化方面存在地域相关性。     

猪圆环病毒1型北京株全基因组克隆及序列分析

参照GenBank上猪圆环病毒1型（PCV1）全基因组序列设计1对引物,用PCR技术从北京一猪场的临床发病猪病变组织中扩增和克隆获得1株PCV1全基因组序列,并进行序列测定和分析。全基因组序列结果显示,该株PCV1基因组全长为1759bp,与国内外其他各株PCV1的核苷酸同源性为99．4％。主要开放阅读框（ORF）序列结果显示,该分离株与国内外其他PCV1毒株间的ORF1与ORF2的核苷酸同源性分别在97．5％～99．8％和92．7％～100％。虽然各个PCV1分离株之间的全基因组与主要ORF的核苷酸同源性均很高,但仍然呈现出一定的地域相关性。     

猪圆环病毒Ⅱ型新疆分离株全基因组及ORF2基因的克隆与测序

根据GenBank中已发表的猪Ⅱ型圆环病毒(PCV2)全基因组序列,设计合成了2对特异性引物。将PCV2新疆分离株(PCV2-XJ)用PK15细胞培养数代,从细胞培养物中提取病毒总DNA,并取其作为模板,PCR扩增出病毒全基因和结构基因(ORF2)。将PCR回收产物克隆到pMD18-T载体,成功构建了重组质粒pMD18-TPCV2和pMD18-T-ORF2,并对筛选出的阳性质粒进行测序。应用序列分析软件对测序结果分析可知,克隆得到的PCV2-XJ基因组全长1 768 bp。通过序列分析结果显示,PCV2-XJ与国内外PCV1、PCV2参考毒株的核苷酸同源性分别为99.5%～99.7%和68.7%;与HuB08(FJ041151)参考株核苷酸同源性最高(99.7%)。PCV2-XJ株ORF2基因与参考株核苷酸和氨基酸同源性分别高达99.3%和98.8%。     

基于纳米孔全长转录组数据完善东方蜜蜂微孢子虫的基因组注释

[目的]利用已获得的纳米孔全长转录组数据对现有的东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)参考基因组的基因序列和功能注释进行完善.[方法]采用TransDecoder软件预测东方蜜蜂微孢子虫基因的开放阅读框(open reading frame,ORF)及相应的氨基酸.利用gffcompare软件将全长转录本与参...     

EB病毒基因组结构及其基因体外转染研究现状

EB病毒（EPstein－liarsVirus，EBV）是一种与多种肿瘤有关的l疮疹病毒，与人类两种恶性肿瘤伯基特淋巴瘤（BL）和鼻咽癌（NPC）的关系尤为密切。大量研究表明，人群EBV的感染较普遍，EBV核酸不仅存在于NPC细胞中，且在鼻咽正常上皮中亦可检出，但NPC的发病率却相对较低。在不同细胞中EBV基因产物表达类型也不同【‘·’。。究竟EBV在肿瘤的发生发展中的作用如何，目前仍未清楚、随着分子生物学技术的发展，EBV的基因结构已完全明了，其某些基因被用于大量体外转染细胞实验。现对这些研究作一简要综述。IEBV基因组结构及其…     

塞内卡病毒GD05/2017株全基因组序列测定及其感染性克隆构建

为测定塞内卡病毒(SVA) GD05/2017株的全基因组序列,并构建其感染性克隆,根据GenBank公布的塞内卡病毒全基因序列设计引物,将分离的塞内卡病毒毒株GD05/2017全基因组划分为4个片段进行PCR扩增,并进行序列测定与分析。利用酶切连接和同源重组的方法,将基因片段依次克隆至pEGFP-C3载体中,构建该毒株的全长cDNA克隆pC3-SVA-GD05。将pC3-SVA-GD05转染BHK-21细胞,拯救病毒。结果表明:该毒株基因组全长7 251 bp,开放阅读框为6 543 bp,编码2 181个氨基酸, 5′和3′非编码区分别为650和58 bp。VP1核苷酸序列的遗传进化树分析表明,该毒株与China/HN16处于同一分支。将pC3-SVA-GD05转染BHK-21细胞, 72 h后收集细胞培养上清,然后将上清接种ST-R细胞,可观察到明显的细胞病变。拯救病毒的间接免疫荧光结果表明成功拯救出具有感染性的SVA。拯救病毒与亲本病毒的生长动力学曲线及空斑试验表明两者具有相似的复制能力和生长特性。这一研究构建了塞内卡病毒的感染性克隆并成功拯救出病毒,为深入研究SVA的致病机制及开发疫苗提供了有效的反向遗传操作平台。     

猪瘟病毒C株全长cDNA感染性克隆的构建及病毒拯救

 【目的】建立猪瘟病毒研究技术平台,为进一步研究猪瘟病毒C株在细胞中的增殖机制及猪瘟病毒标记疫苗奠定基础。【方法】本试验以猪瘟病毒C株为研究材料,经RT-PCR扩增获得涵盖全长的6个片段,用合适的酶切位点连接,成功构建了C株全长感染性克隆pAC-CS。体外转录得到RNA,然后将其分别转染BHK-21和SK6细胞。拯救的病毒通过上清传代(常规病毒传代)和带毒细胞传毒繁殖。【结果】通过RT-PCR、免疫过氧化酶单层细胞试验和兔体发热试验检测,表明病毒拯救成功。经比较以电转的方式转染SK6的效果较好。通过带毒细胞传代,至12代时病毒滴度稳定达104TCID50?mL-1,而上清传代至第3代时用免疫过氧化酶单层细胞试验(IPMA)不能检测出病毒。【结论】成功构建了猪瘟病毒C株感染性克隆;拯救C株时以SK6细胞电转较好;带毒细胞传代培养C株有利于获得较高滴度的病毒。