盐城地方鸡MSTN基因外显子1多态性及其与生产性能的相关性分析

本研究以MSTN基因作为影响鸡生长性状和繁殖性状的候选基因,采用DNA测序和PCR-SSCP技术分析MSTN基因单核苷酸多态性,并与鸡的生产性能进行相关性分析。结果显示,共发现2个SNP位点(G2100A和G2283A),其中G2283A位点DD基因型16周龄的体质量极显著高于CC基因型(P0.01),并显著高于CD基因型(P0.05),CC基因型300日龄产蛋数极显著的高于DD基因型(P0.05)。G2100A位点AA和AB基因型的开产日龄显著早于BB基因型(P0.05)。对基因型组合进行分析,发现AA×DD基因型组合16周龄体质量、20周龄体质量、300日龄体质量最高,可作为影响鸡生长性状的优秀基因型组合。     

百宜黑鸡PRLR基因多态性对产蛋性能的影响

以催乳素受体(PRLR)基因作为候选基因,对95羽相同饲养管理水平的百宜黑鸡PRLR基因外显子3和外显子6序列进行PCR扩增,采用PCR扩增产物直接测序方法对该基因的SNP位点进行筛选,同时对不同基因型与产蛋性能进行关联分析。结果表明,在百宜黑鸡PRLR基因的序列中只发现1个SNP位点,位于第3外显子36 bp位置发生了C/T突变,将该突变位点所对应的纯合子和杂合子分别定义为CC型和CT型,其中CC型为优势基因型个体,等位基因C为优势等位基因,该基因座不处于Hardy-Weinberg平衡状态,遗传参数分析发现该位点属于低度多态;36C/T位点与百宜黑鸡产蛋性能关联分析结果表明,任何一种基因型与产蛋性能间均不显著(P 0. 05)。     

皖南花母猪血清Am多态性及其与繁殖性能关系的研究

本研究采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳法对１１３头皖南花母猪血清淀粉酶（Ａｍ）多态性进行检测,并用二因素有互作的最小二乘模型对不同Ａｍ基因型与母猪繁殖力的关系进行分析。结果表明,皖南花猪Ａｍ位点受三个等位基因控制（Ａｍ＾Ａ、Ａｍ＾Ｂ、Ａｍ＾Ｃ）,Ａｍ位点基因的遗传多样性指数为０．４６８０,Ｓｈａｎｎｏｎ信息指数为１．２６９３。不同淀粉酶类型的皖南花母猪繁殖性能存在一定差异,其中Ａｍ＾ＡＢ型母猪繁殖性能     

猪IGF2、MC4R、JHDM1A及TEF-1多基因标记遗传效应研究

  【目的】在大白猪群体中检测和分析猪生长和背膘厚性状候选基因（IGF2、MC4R、JHDM1A和TEF-1）的多态性,并进行多基因标记效应分析,为分子标记辅助选择在育种中的应用提供理论基础。【方法】采用PCR-RFLP方法对候选基因多态性进行检测,并运用SPSS软件对单基因标记和多基因标记与生长和背膘厚性状之间的关联性进行分析。【结果】在试验群体中检测了IGF2、MC4R、TEF-1和JHDM1A 4个基因的单核苷酸多态位点。单基因标记分析结果显示,IGF2基因与100 kg腰荐结合处背膘厚显著关联（P＜0.05）,AA型为优势基因型,分别比AG和GG基因型薄0.541 cm和0.629 cm;MC4R基因与生长和背膘厚性状无显著关联;JHDM1A基因与100 kg腰荐结合处背膘厚呈显著关联（P＜0.05）,CC型为优势基因型,分别比GG和GC基因型背膘薄0.520 cm和0.489 cm;TEF-1基因与100 kg腰荐结合处背膘厚趋于显著关联（0.05＜P＜0.1）,GG基因型背膘厚分别比AA和AG基因型薄0.973 cm和0.379 cm;与达100 kg体重呈显著关联（P＜0.05）,AG为优势基因型,分别比AA和GG基因型缩短了0.445 d和2.258 d。【结论】对4个候选基因的多基因标记效应进行分析发现,多基因标记效应与单基因标记效应一致。IGF2、TEF-1和JHDM1A基因多态位点合并基因型AGCCGG和AACCGG对于100 kg腰荐结合处背膘厚性状为优势基因型组合,可以作为分子标记在育种中应用。     

榕江小香羊GnRH基因多态性及其与繁殖性状关联性分析

为了探讨Gn RH基因SNP与榕江小香羊繁殖性状关联性,试验以榕江小香羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测Gn RH基因单核苷酸多态性。结果表明,榕江小香羊Gn RH基因内含子3检测到1个SNP位点T-68G,该位点表现为3种基因型,分别命名为TT、TG和GG。基因型与繁殖性状关联分析显示,榕江小香羊GG基因型个体的产羔数显著高于TT和TG基因型个体(P0.05)。研究结果提示Gn RH基因可能是影响山羊产羔数的主效基因或与主效基因连锁,T-68G位点可望作为提高山羊个体繁殖性能的分子遗传标记。     

秦川牛TNFSF11基因多态性及与体尺性状的相关性

为研究秦川牛TNFSF11基因多态性及其与秦川牛体尺性状的相关性,以399头同等饲养条件下的18～24月龄健康秦川母牛为研究对象,采用PCR-RFLP技术结合DNA测序技术检测TNFSF11基因的SNPs位点,并将其与秦川牛体尺性状进行关联分析。结果表明,DNA测序发现在TNFSF11基因第3内含子即34 080bp处(C331区域)和第3内含子34 096bp处(C332区域)分别发生C→T突变和T→C突变;PCR-RFLP分析发现,秦川牛TNFSF11基因C331区域经创造酶切位点后可以被限制性内切酶HincⅡ特异切割为有GG、GH和HH 3种基因型,C332区域可以被内切酶BseLⅠ特异切割为MM、MN和NN 3种基因型;与测序结果比对显示,秦川牛TNFSF11基因C331、C332各酶切基因型与测序结果显示相一致。卡方检验显示,C331位点在所检测牛群中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),而C332位点则处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P0.01);且C331处GH基因型为优势基因型,G等位基因为优势等位基因,处于中度多态状态;C332处基因型MM为优势基因型,M等位基因为优势基因,处于中度多态状态;关联分析表明,C331位点不同基因型个体间在腰高、腰角宽和胸围方面差异显著(P0.05),C332位点在体斜长和腰高方面差异显著(P0.05)。经连锁不平衡检测发现,两位点存在一定的连锁特性(r2=0.213),将两突变位点进行单倍型分析可知,HHMM基因型各性状均显著高于其他基因型组合,且多标记位点的组合效应值高于单标记位点。说明TNFSF11基因对秦川牛体尺性状有显著的影响,可以作为秦川肉牛新品系培育早期选择的候选基因,其中组合HHMM可能是影响秦川牛体尺胴体性状的最佳基因型组合,在选育中应加大其选择力度。     

早胜牛UCP3和FOXO1基因多态性与生长发育的聚合分析

【目的】本文旨在分析偶联蛋白3(uncoupling protein 3, UCP3)和叉头转录因子1(Forkhead box O 1, FOXO1)基因的多态性及其合并基因型与早胜牛生长发育的相关性。【方法】采用DNA测序技术,检测419头早胜牛UCP3和FOXO1基因的多态位点,同时分析了单个多态位点不同基因型及合并基因型与早胜牛生长发育性状的关联性。【结果】在UCP3上检测到3个多态位点,分别命名为g.4439GA,g.4899GA和g.5575GA,在FOXO1的3’侧翼区检测到1个突变,命名为g.92209CT。关联性分析表明,g.4899GA和g.92209CT能够显著影响早胜牛的体重和胸围(P0.01或P0.05),优势基因型分别为GG和CC。通过合并基因型发现,组合基因型GG-GG-GG-CT的体重和胸围表现最佳,显著高于组合基因型GG-GA-GA-CC(P0.01或P0.05)。【结论】UCP3和FOXO1可能直接或间接影响早胜牛的生长发育,可尝试作为早胜牛分子标记辅助选择的候选基因。     

大白母猪LIF基因多态性及其对繁殖性状的影响

【目的】为揭示白血病抑制因子(leukemia inhibitory factor,LIF)基因变异位点与母猪繁殖性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法检测了405头大白母猪LIF基因C4950G和C6988T位点的多态性,结合1 716窝母猪繁殖性能记录,分析了单个位点基因型及两位点合并基因型对5个繁殖性状的影响。【结果】大白猪C4950G和C6988T位点分别以等位基因G和T的频率最高,且均处于Hardy-Weinberg平衡状态,杂合度较高。C4950G位点GG基因型母猪的总产仔数、产活仔数、仔猪初生窝重及21日龄成活数显著高于其余两种基因型(P0.05或P0.01),C6988T位点CT基因型母猪上述4个性状显著高于TT基因型(P0.05)。两个位点对母猪繁殖性能的影响呈现了明显的协同作用,合并基因型为GGCT的母猪,可较其他基因型显著提高总产仔数0.90~1.05头(P0.05或P0.01)、产活仔数0.54~0.88头(P0.05或P0.01)、仔猪21日龄成活数1.02~1.95头(P0.05或P0.01),仔猪初生窝重与21日龄窝重也更大(P0.05或P0.01)。【结论】进一步证实LIF基因与母猪繁殖性状间存在显著关联,但在不同品种(猪群)中,该基因的具体效应可能会有所不同。     

Prepro-orexin基因多样性与猪产仔数的相关性

为了研究Prepro-orexin基因多样性与繁殖性能的关系,确立其在分子标记育种中的应用价值。采用PCR-RFLP法分析猪Prepro-orexin基因第62位多态性位点在二花脸、香猪、淮猪和姜曲海猪4个品种中的多样性,并分析其不同基因型对二花脸猪产仔数的影响。结果表明,二花脸和香猪分别检出三种基因型,姜曲海猪有两种基因型,而淮猪只有一种基因型。各等位基因频率和基因型频率在不同品种间存在显著差异;二花脸猪不同基因型群体间产仔数差异不显著,说明该基因多样性对产仔数的影响不显著。     

BMP7基因单核苷酸多态性与猪繁殖性状的关联分析

为探讨 BMP7基因遗传变异对杜洛克猪、豫南黑猪繁殖性状的影响。采用PCR RFLP方法检测猪 BMP7基因在杜洛克猪和豫南黑猪中的多态性分布,并分析位点基因型与猪繁殖性能的关联。检测结果表明,杜洛克猪和豫南黑猪群体 BMP7外显子2上T98C和T143C均由碱基T突变为C,属同义突变。多态位点均以A 为优势等位基因,T98C位点AA基因型占总基因型的50.5%,优于AB基因型（38.1%）与BB基因型（11.4%）（呈AA>AB>BB趋势）。该位点AA型个体的总产仔数、产活仔数、出生窝质量、21日龄窝质量显著高于AB型（P<0.05）;T143C位点AA基因型占总基因型的38.8%,优于AB基因型（38.0%）与BB基因型（23.1%）（呈AA>AB>BB趋势）。该位点不同基因型个体的总产仔数,产活仔数和初生质量在不同基因型之间均差异显著（P<0.05）。研究结果说明, BMP7基因多态位点与母猪繁殖性能显著相关,可以用于猪分子遗传育种的候选基因。     

甜瓜叶绿素含量全基因组关联分析及候选基因预测

【目的】挖掘与叶绿素含量显著关联的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点和候选基因，为甜瓜叶绿素含量改良提供分子靶点和基因资源。【方法】以118份具有广泛变异的甜瓜种质为自然群体，采用2 531 449个高质量SNP标记对叶片叶绿素含量进行全基因组关联分析，挖掘优异等位变异，并预测候选基因。【结果】甜瓜自然群体叶绿素含量趋向正态分布，包含5个明显的亚群。利用Q模型对2次试验的叶绿素含量及其最佳线性无偏预测(best linear unbiased prediction, BLUP)值进行关联分析，共检测到15个显著位点，分布在甜瓜第1、2、4、8、11、12号染色体上，表型贡献解释率为5.62%～6.69%。其中，8个位点的不同基因型之间存在显著表型差异。结合关联位点的候选区域和转录组数据，共鉴定到28个差异表达基因，其中MELO3C018513.2和MELO3C003666.2是改良甜瓜叶绿素含量的潜在候选基因。【结论】通过高质量SNP标记Q模型的全基因组关联分析，共检测到15个与叶绿素含量显著关联的位点，筛选出2个可能与叶绿素含...     

MyoG基因多态性与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的关联分析

【目的】探究肌细胞生成素基因（MyoG）多态性与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的关联性,从分子标记角度对瑶山鸡进行选育,更好地保护和开发利用瑶山鸡,同时为家禽MyoG基因研究提供参考依据。【方法】以150日龄出栏的健康瑶山鸡为研究对象,通过PCR扩增产物直接测序对瑶山鸡MyoG基因多态性进行检测,利用DNAStar对测序结果进行比对分析以确定MyoG基因SNP位点,通过RNAfold对瑶山鸡MyoG基因突变前后的mRNA二级结构进行预测,并以SPSS 18.0分析SNP位点与瑶山鸡体尺、屠宰性能及肉质性状的相关性。【结果】在瑶山鸡MyoG基因第3外显子上发现1个SNP位点（T17C位点）,属于同义突变,存在3种基因型（CC型、CT型和TT型）;T为优势等位基因,CT为优势基因型;有效等位基因数（Ne）接近2.00;多态信息含量（PIC）为0.35,呈中度多态（0.25P>0.05）。MyoG基因T17C位点突变致使其mRNA二级结构发生改变,进而导致其最小自由能由-452.60 kcal/mol降至-465.24 kcal/mol。不同基因型瑶山鸡生长、屠宰性能及肉质性状间的相关分析结果显示,3种基因型瑶山鸡在体尺、屠宰性能及肉质性状间的相关性大部分呈现相同规律,其中胸宽与胸深在不同基因型瑶山鸡中均呈极显著正相关（P<0.01）。【结论】瑶山鸡MyoG基因T17C位点存在3种基因型,属于同义突变,并未引起氨基酸及其蛋白结构和功能的明显变化,但其多态性对瑶山鸡体尺性状、屠宰性能和肉质性状有一定影响,因此可作为瑶山鸡分子选育的候选遗传标记。     

Prepro-orexin基因多样性与猪产仔数的相关性

为了研究Prepro-orexin基因多样性与繁殖性能的关系，确立其在分子标记育种中的应用价值。本研究采用PCR-RFLP法分析猪Prepro-orexin基因第62位多态性位点在二花脸、香猪、淮猪和姜曲海猪4个品种中的多样性，并分析其不同基因型对二花脸猪产仔数的影响。结果表明，二花脸和香猪分别检出三种基因型，姜曲海猪有两种基因型，而淮猪只有一种基因型。各等位基因频率和基因型频率在不同品种间存在显著差异；二花脸猪不同基因型群体间产仔数差异不显著，说明该基因多样性对产仔数的影响不显著     

中国美利奴羊IGFBP-5基因外显子区的PCR-SSCP多态性分析

[目的]以IGFBP-5作为候选基因,寻找与绵羊生产性能有关的SNP位点.[方法]利用PCR-SSCP和DNA测序快速筛查SNP位点;分析该位点在中国美利奴羊中的基因型和等位基因分布情况;并通过多重比较分析不同基因型与中国美利奴羊部分生产性能的关联性.[结果与结论]在绵羊IGFBP-5基因外显子1区发现一个新的SNP位点(C136G),并建立了PCR-SSCP的基因分型方法.对212只中国美利奴羊的检测结果显示有CC、CG和GG 3种基因型,基因型频率分别为0.50、0.41和0.09,C等位基因频率为0.70,G等位基因频率为0.30.不同基因型与中国美利奴羊早期生长和羊毛生产性能具有一定的影响:GG基因型个体的初生重、剪毛后体重以及剪毛量显著高于CC基因型(P<0.05);CC基因型个体的毛丛长度明显长于CG基因型个体 (P<0.05).     

文昌鸡FSHR基因多态性及其对繁殖性状的遗传效应

【目的】寻找与文昌鸡繁殖性能相关的遗传标记。【方法】以促卵泡素受体(FSHR)基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序分析,对FSHR基因所有外显子及部分内含子区域进行单核苷酸多态性(SNPs)检测,收集文昌鸡繁殖性能指标,分析FSHR基因多态性与繁殖性状的关系。【结果】共发现4个区域存在SNPs位点,分别为:区域4中exon 4编码区43bp处的T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变;区域2中exon 2编码区5′端-49bp处的C→T突变;区域6中exon 6编码区3′端+12bp处的A→G突变;区域9中exon 8编码区3′端+38bp处的G→T突变。对以上4个区域不同基因型与繁殖性状的相关性分析表明,文昌鸡FSHR基因第4外显子呈现的3种基因型(CC/CD/DD)多态性,与文昌鸡300日龄产蛋数及平均联产天数显著相关(P<0.05)),而且CD杂合基因型的300日龄产蛋数及平均联产天数显著高于其他基因型(P<0.05)。【结论】FSHR基因可作为影响文昌鸡产蛋数的候选基因。     

大白母猪PTGS2基因内含子3的SNP检测及其与繁殖性状的关联分析

【目的】为揭示PTGS2基因多态性与母猪繁殖性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法对401头大白母猪PTGS2基因第3内含子的SNP位点进行检测,结合1 786窝母猪繁殖性能记录,采用最小二乘模型分析了各多态位点基因型及其单倍型组合对5个繁殖性状的影响。【结果】大白猪PTGS2基因第3内含子区域存在3个紧密连锁的SNP位点:G227A、A392C和T409C,分别以等位基因G、A、T及其纯合子(GG、AA和TT)、GAT单倍型及GAT/GAT组合的频率最高,各位点杂合度在0.320 9～0.353 6之间,遗传多样性较为丰富;G227A位点的GA基因型、A392C位点的AC基因型、T409C位点的TC基因型及GAT单倍型具有显著提高母猪总产仔数、产活仔数和仔猪21日龄成活数的效应(P0.05或P0.01),AA、CC和CC基因型及GCC/GCC单倍型组合具有显著提高仔猪21日龄窝重的效应(P0.05或P0.01)。【结论】研究结果丰富了猪PTGS2基因的SNP标记,初步证实PTGS2基因对母猪繁殖性状有显著影响,但其具体效应可能会因品种(或猪群)及具体性状的不同而有一定差异。     

开产前和产蛋高峰期泰州鹅卵巢转录组SNP分析

为探究泰州鹅繁殖相关差异基因SNP位点,研究开产前和产蛋高峰期泰州鹅卵巢组织转录组水平基因表达变化。通过Illumina HiSeq2500高通量测序分析3只开产前(10周龄)和3只产蛋高峰期(40周龄)泰州鹅卵巢组织转录组表达差异;结合参考基因组对所获得的序列比对、基因注释和差异表达等分析,筛选与泰州鹅产蛋性能相关基因SNP位点;通过氨基酸序列比对,进一步筛选引起氨基酸改变的SNP位点。结果表明：共获得1 743个差异表达基因,其中上调表达基因898个,下调表达基因845个。这些差异基因在6只泰州鹅卵巢中分别检测出73 776～804 748个SNP位点,这些位点分布在内含子区域的最多,且转换类型总数(A-G和C-T)发生频率最高。结合文献报道,筛选出与繁殖性能相关的7个候选差异表达基因,包括SLIT2、GDF9、RAPGEF6、GATA3、FSHR、AMH和GGA2,这些基因在开产前和产蛋高峰期泰州鹅卵巢组织中共检测出20个SNP位点引起了氨基酸的改变。这一研究为泰州鹅繁殖性能相关候选基因筛选提供了理论依据。     

鸡IGF1R、IGFBP-3基因SNP位点之间互作效应分析

以IGF1R、IGFBP-3基因作为影响鸡生产性能的候选基因,采用DNA测序和PCR-SSCP技术分析了单核苷酸多态性(SNP),并对两基因SNP位点之间的互作效应进行相关分析。结果表明,在IGF1R和IGFBP-3基因中分别发现2个SNP位点(IGF1R基因的G26333A和G26336A,IGFBP-3基因的T160G和C1087T),其中IGF1R基因G26336A位点对鸡的生长性状具有显著的影响(P0.05);G26336A位点DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型(P0.05),DD基因型个体12周龄体质量显著高于CC和CD基因型(P0.05);IGFBP-3基因C1087T位点GH基因型个体的开产日龄显著低于HH基因型(P0.05)。IGF1R基因G26336A位点与IGFBP-3基因C1087T位点之间对12周龄体质量有互作效应。可见,IGF1R和IGFBP-3基因可能是影响鸡生产性状的主效基因。     

F3代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联分析

【目的】明确F₃代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联性,筛选出优异基因为后期培育新品系提供理论依据。【方法】以F₃代波杂山羊为研究对象,通过血液DNA混池测序鉴定XKR4基因SNP位点,统计SNP位点的等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、期望杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）等,以卡方（χ2）检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并利用SPSS 25.0分析不同基因型与F₃代波杂山羊生长性状的关联性。【结果】 F₃代波杂山羊XKR4基因Intron-1区域存在2个SNPs位点,分别是C194069A和T194091A。C194069A位点的等位基因频率中C>A,优势基因型为CC型; T194091A位点的等位基因频率中T>A,优势基因型为TT型;C194069A和T194091A位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明:在初生群体中,T194091A位点AA基因型与其他基因型的体斜长存在显著差异（P<0.05,下同）;在3月龄群体中,C194069A和T194091A位点各基因型的生长性状指标间均无显著差异（P>0.05,下同）;在6月龄群体中,C194069A和T194091A位点AA基因型的体重分别与相应位点的CC基因型和TT基因型存在显著差异;在12月龄群体中,C194069A位点AA基因型在体重和胸围方面均极显著优于CC基因型（P<0.01,下同）,在体高方面与CC基因型存在显著差异,T194091A位点AA基因型的体重、体斜长分别与TT基因型呈显著或极显著差异。此外,在0~6月龄和0~12月龄,C194069A和T194091A位点AA基因型的日增重与CC基因型和TT基因型分别存在呈显著或极显著差异。【结论】 F3代波杂山羊XKR4基因存在2个SNPs位点（C194069A和T194091A）,且均表现为AA基因型个体的生长性能优于其他基因型个体,即XKR4基因可作为F₃代波杂山羊生长性状的候选基因。     

影响牛生长发育性状的GH基因遗传效应分析

 【目的】研究牛GH基因的遗传多态以及各多态位点对肉牛生长发育性状的影响，以期找到可用于标记辅助选择的分子标记，为下一步分子育种提供依据。【方法】利用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法分析了牛GH基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3′非翻译区和5′侧翼区的位点遗传多态，并分析了5个多态位点不同基因型对肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数的基因型效应，以及GH基因的第5外显子、3′非翻译区位点的不同基因型组合基因型效应。【结果】GH基因的第5外显子、3′非翻译区的基因型效应在肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数性状上存在显著差异（P＜0.05），且这2个位点等位基因B为优势等位基因；第5外显子和3′非翻译区的组合基因型ABBB（即组合5）的基因型效应（极）显著(P＜0.05或P＜0.01)高于其它6个组合，且多标记位点的组合效应值极显著高于单标记位点效应。【结论】GH基因第5外显子位点突变等位基因B为体重、体高、体斜长、胸围的优势等位基因。