2006-2007年云南流行H9N2禽流感病毒血凝素全基因序列分析

为调查云南省H9N2亚型禽流感病毒的分子流行病学情况,对2006年6月至2007年4月从云南省16地州随机采集了各种家禽、家猪的5 728份喉气管和口腔棉拭子样品进行RT-PCR检测,276份样品呈H9N2阳性.将具有代表性的17份阳性样品的HA全长基因序列测定和分析.结果表明:株间HA基因同源性为91%～100%,推导氨基酸同源性95%～100%,所测序列与云南1999年分离H9N2毒株ackynkenxie-1-99的同源性仅为93%.根据HA基因同源性,可将17个毒株可分为2个亚群,一个亚群的12株HA基因同源性高达97%以上,与Qa/ST3143/05和C/Bei1/94同源性是97%和93%,其中的11株毒株HA基因全长1 671,编码556aa,存在第6～9位4 aa缺失,只有AC/Yndq/06株HA基因1 683.编码560 aa.另外一个亚群的其余5株,同源性98%以上,HA基因全长1683 bp,编码560 aa.17个毒株中3个存在218～220 aa糖基化位点变异,1个毒株551～553 as糖基化位点发生变异.所有毒株在HA裂解位点处没有连续性碱性氨基酸插入,受体结合位点处的氨基酸没有变异.     

IBV安徽分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。     

2011年猪流行性腹泻病毒的遗传变异分析

为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本研究设计合成2对扩增S1基因的引物,利用套式RT-PCR方法,对2011年分离的17个PEDV S1基因进行扩增、克隆和序列测定;并将其进行比对和遗传演化分析。结果表明:17个PEDV S1基因序列与参考病毒株S1基因核苷酸序列同源性为90.54%～99.96%,与经典病毒株CV777相比,其中有6个S1基因在453 bp～454 bp处存在3个核苷酸的缺失;一个在453 bp～454 bp处缺失6个核苷酸;其它10个S1基因在173 bp～186 bp之间存在12个核苷酸的插入,413 bp～417 bp之间有3个核苷酸的插入,467 bp～468 bp处缺失6个核苷酸,插入和缺失位点与韩国病毒株KNU-0901、KNU-0905、KNU-0801相似。S1基因系统进化树分析表明,PEDV S1基因分为3群,其中7个S1基因属于PEDVⅠ群,另外10个属于PEDVⅢ群。     

11个猪品种生长激素(pGH)基因多态性及其遗传分化研究

利用PCR和测序技术,检测了11个猪品种共65个个体的生长激素(pGH)基因全序列多态性,发现43个SNPs和1个位于内含子3的7 bp缺失片段。分析结果表明,pGH基因DNA序列不同功能区变异程度各不相同,外显子区、内含子区、5′和3′端非编码区SNPs位点各占SNPs位点总数的18.60%、74.42%、6.98%;外显子区8个SNPs位点导致4个氨基酸位点变异,外显子2是编码区的高变域;各SNPs的变异属典型的中性突变;不同品种有其独特的单倍型。分子方差分析(AMOVA)结果表明,pGH基因DNA序列品种内的变异(方差比率73.45%)大于品种间的变异(方差比率26.55%),品种间差异极显著(P<0.01),存在较明显的遗传分化;pGH基因自身进化及品种进化主要体现在内含子区,品种间的遗传分化与地理分布和基因交流有关。     

2006年至2010年山东省鸡传染性支气管炎病毒分子变异的研究

为研究山东省鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的遗传变异规律,本研究2006年～2010年从山东省发病的商品鸡中分离鉴定了17株IBV,并对其S1基因、N基因和M基因分别进行RT-PCR扩增、测序及遗传进化分析.序列分析结果表明:与疫苗株H120相比,17个分离株S1蛋白的变异程度较大,存在广泛的基因突变和氨基酸替代,多数病毒株还存在氨基酸的插入;N蛋白无碱基的缺失和插入,仅存在核苷酸的突变和氨基酸的替代;M蛋白除病毒株CK/CH/SD09/005插入3个碱基外,其它16个分离株仅存在少数的碱基突变和氨基酸替代.S1基因、N基因和M基因的系统进化分析结果表明多数分离株的3个基因在进化上相对平行,与国内分离株LX4同属一个进化分支,同源性较高;分离株SDYT0605的3个基因与疫苗株H120同源性较高,可能是免疫压力下变异的疫苗株;分离株SDTA06111、SDWF0608和CK/CH/SD09/005的S1基因、N基因和M基因分属于不同的进化分支,可能发生了基因重组.本研究结果显示基因突变、插入和不同基因之间的重组是免疫压力下IBV变异的主要方式.     

沈阳地区1株猪流行性腹泻病毒S1基因序列测定与分析

利用PEDV的S1基因的特异性引物,克隆了沈阳地区1株PEDV流行毒株(LNSY-2017)的S1基因,并通过S1基因序列比对,分析了此病毒株与其他相关毒株的亲缘关系。结果显示:LNSY-2017株S1基因(2 372 bp)与我国疫苗株CV777(2 364 bp)相比,存在16个核苷酸的插入和8个核苷酸的缺失,导致推导的氨基酸序列存在6个氨基酸的插入(⁵⁶G、⁵⁹QGVN⁶²和⁶⁹G)和6个氨基酸的缺失(⁷³N、¹⁵⁷FA¹⁵⁸、³⁸⁰YL³⁸¹和⁵²¹G),且在2个主要中和抗体表位(aa499～637和aa763～770)有11处氨基酸的突变。遗传进化分析结果显示,LNSY-2017与主要的疫苗株同源性较低(91.4%～92.5%),而与2012年韩国毒株、美国2013年毒株以及中国近年来流行毒株同源性最高(97.0%～98.7%),属于基因G2b型。结果表明,沈阳地区的PEDV流行株已经发生很大变异,因此很有必要加强对PEDV变异的监测。     

放养型和野生型柞蚕的核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)的克隆与序列比较

核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传差异。放养型和野生型柞蚕的rDNA ITS-2全长分别为1 111、1 112 bp,2个序列的GC含量达到61%,相似性高达98%。序列比对后得到1 117 bp的对齐序列,共鉴定变异位点19个,其中转换位点8个,无颠换,有11处发生核苷酸的插入/缺失。基于K2P模型计算的2条rDNA ITS-2序列的遗传距离为0.007,这一数值与估算的鳞翅目昆虫rDNA ITS-2序列种内平均遗传距离(0.009)基本一致。     

4株猪流行性腹泻病毒S蛋白序列特征和遗传进化分析

为了解目前国内猪流行性腹泻病毒流行毒株与疫苗毒株的S蛋白差异情况,从2013年采自北京、河南、陕西、广东四个省市的疑似猪流行性腹泻病料中抽提RNA,用设计的针对结构基因S的特异性引物进行RT-PCR扩增、克隆及测序,并对其序列变化、遗传进化情况和抗原位点进行分析。结果显示:4个样品株的S基因(4161 bp)与国内疫苗株CV777(4152 bp)相比,存在15个核苷酸的插入和6个核苷酸的缺失,导致推导的氨基酸序列存在5个氨基酸的插入(~(59)QGVN~(62)and~(140)N)和2个氨基酸的缺失(~(163)NI~(164)),且在主要突变区S1区的2个中和表位(499~638aa和764~771aa)有7处氨基酸突变。遗传进化分析结果显示,4个样品株与主要疫苗株同源性较低(93.8%~94.7%),而与2007~2009年韩国毒株、2011年日本毒株以及中国近年流行毒株同源性高(96.0%~99.6%),表明近年来国内猪流行性腹泻病毒呈现较大变异,可能需要研制更有效的疫苗用于猪流行性腹泻的防控。     

鸡传染性支气管炎病毒广西株M基因的克隆与序列分析

参照GenBank中鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的核苷酸序列设计1对引物,利用 PCR 扩增IBV广西株的M基因片段,将其克隆到pMD18-T载体中.序列分析结果表明,M基因全长为678 bp,编码225个氨基酸,近N端含有2个潜在的N-糖基化位点,3个跨膜区位于23—98肽段区,亲水区较疏水区更易变异.IBV广西株与国内外IBV参考毒株相比,核苷酸序列同源性为83.6%~92.5%,氨基酸序列同源性为82.7%~95.1%.系统进化分析结果显示IBV广西株与SAIB20和LX4两参考株位于同一个分支上,它们的亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远.结果表明IBV广西株是1株新的IBV变异株.     

咸阳地区猪瘟病毒 E2基因扩增与序列分析

为了解陕西咸阳地区猪瘟流行毒株 E2基因变异情况,采用套式 PCR 方法,扩增了17个流行毒株和2个市售疫苗毒株 E2基因主要抗原区,并进行了序列比对分析。结果表明,17个流行毒株和兔化弱毒株（HCLV）株相比,E2基因主要抗原区核苷酸同源性在79．0％～80．9％,氨基酸同源性在80．0％～84．4％。市售疫苗和 HCLV 株核苷酸同源性为93．4％,氨基酸同源性为90．0％。系统发育树分析发现17个流行毒株同属基因Ⅱ群。流行毒株与 HCLV 相应氨基酸位点相比,总体变异氨基酸位点占26．4％,呈现出典型的变异特征。17个流行毒株在2个氨基酸关键位点出现了705（T→I）、729（L→A）变异现象,可能导致抗原性发生改变。发现 E2蛋白高保守序列 RYLASLH（713～719）变异现象,即 XYSY01株719位发生了 H→R 变异。结果提示,近年陕西咸阳地区猪瘟病毒流行毒株变异较为一致,E2基因核苷酸与编码氨基酸有较明显的变异。     

不同桑品种与现行原蚕品种饲育的对比试验

为了优化原蚕饲养的营养条件,提高蚕种繁育质量,对几个实用桑品种饲养的原蚕饲育成绩进行了初步调查与分析。用几个实用桑品种分别饲养原蚕,其发育经过及幼虫生命率、虫蛹统一生命率等无明显差异;但死笼率有育151号较高,新一之较低的倾向。综合原蚕饲养的茧质和卵质成绩初步认为,春期原蚕繁育用桑适宜选择的桑品种依次为育71-1、湖桑32号、育151号、新一之濑;秋期原蚕繁育用桑适宜选择的桑品种依次为新一之、育71-1、湖桑32号。     

桑树Ca~(2+)/H~+反向转运体基因MCAX-1的克隆及序列与表达分析

植物体内的Ca2+/H+反向转运体在Ca2+介导的营养和信号转导中发挥着重要作用。选择桑树幼叶cDNA文库中功能注释为Ca2+/H+反向转运体基因(CAX)的一条EST序列设计引物,通过cDNA末端快速扩增(RACE)与反转录PCR(RT-PCR)在桑品种育71-1的幼叶中克隆获得该基因的全长cDNA序列,命名为MCAX-1(GenBank登录号:JN716318)。序列分析显示:MCAX-1全长1 784 bp,包括197 bp的5'端非翻译序列和243 bp的3'端非翻译序列,含有一个1 344 bp的完整ORF,编码447个氨基酸残基,预测蛋白质分子质量为47.93 kD,等电点为5.67。构建的桑树和其它植物基于CAX蛋白氨基酸序列的系统进化树显示:桑树与盐地碱蓬(Suaeda salsa)、毛果杨(Populus trichocarpa)、蓖麻(Ricinus communis)等有较近的亲缘关系。半定量RT-PCR分析表明:MCAX-1在桑树幼芽、嫩叶、根和幼花中的表达量较高,在韧皮部、木质部和成熟果实中的表达量较低;MCAX-1在低温胁迫下的表达量减少,-1℃时几乎无表达,在干旱胁迫下的表达量随着胁迫时间延长逐渐达到最大值之后又迅速降低,在盐分胁迫初期的表达量无变化,但胁迫18 d时表达量明显降低。初步推测MCAX-1与桑树的抗逆性能有一定关联。     

春季桑树叶片生长模型探讨

自春季桑树发育的雀口期连续测量桑叶面积,结果表明:随着气温、地温的升高,春季后期桑树叶片的生长量显著大于春季前期生长量,且3个供试现行栽培品种间存在明显差异,两阶段均以农桑14号的生长较好,鲁桑7946与育71-1间无统计学意义。分析认为叶面积与有效气温积温、10 cm有效地温积温间的回归关系宜采用Richards或Gompertz模型,与生长日顺的回归关系可用Richards或Logistic模型。由模型解析结果知,农桑14号品种出现第1拐点时间最早,但快速生长持续时间较短,只有8.13~8.63 d;育71-1品种快速生长持续时间最长,达10.33 d。依据以上研究结果还建立了叶面积与叶片鲜质量间的回归模型,其中农桑14号单独建模。     

Examination of the 16S-23S rRNA intergenic spacer sequences of 'Candidatus Mycoplasma haemobos' and Mycoplasma haemofelis

The intergenic spacer region between the 16S and 23S rRNA genes of mycoplasmas has been used for a genetic marker for identification of the species. Here we show the intergenic spacer regions of two hemotropic mycoplasmas, Mycoplasma haemofelis and 'Candidatus Mycoplasma haemobos (synonym: 'C. M. haemobovis')' are also useful for classification of this particular group of mycoplasms. The spacer region of M. haemofelis and `C. M. haemobos' consisted of 209 and 210 base pairs, respectively, and both lacked the spacer tRNA genes. Phylogenetic analysis suggested a monophyletic relationship among hemoplasmas and M. fastidiosum. A hypothetical secondary structure predicted in the spacer regions tentatively assigned the boxA and boxB motifs peculiar to the members of the genus Mycoplasma. M. haemofelis and 'C. M. haemobos' possessed a stem-loop structure in common, despite the presence of a palindromic nucleotide substitution in the stem region.     

新一代桑品种产质量比较试验

为了增加单位面积桑园的经济效益，提高蚕桑产业的竞争能力，桐乡市于1998年引进近年新育成桑品种22个，经3年种植初选，将8个品种的成林桑，于2001—2002年连续2年作产质量、抗性和农艺性状的比较签定试验，筛选出了新一代4个桑树优良品种：丰田2号、农桑14号、农桑12号和育71—1，与荷叶白相比，单位面积桑园产叶量增加22.3％—34．9%，万头蚕收茧量增加5．3%—10．1％，万头蚕产茧层量增加10.5％—14.0%，抗逆性强，农艺性状好，适宜于杭加湖和相应蚕桑地区种植及推广。     

桑属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对桑属的 9个种 3个变种共 13份桑种质和构属构树的ITS序列进行了测定。结果表明 :桑属植物ITS1长度平均约为 189bp;桑属 5 8SrRNA为 15 2bp ;ITS2长度平均为 2 12bp ;桑属植物ITS序列G +C含量为 6 0 %左右。用DNASTAR软件构建了桑属植物ITS序列的系统发育树 ,并探讨了参试桑种质的亲缘关系。     

培养基碳源对桑茎尖愈伤组织诱导的影响

培养基中的碳源是植物离体培养的重要养分之一。为逐渐完善桑树愈伤组织培养与植株再生试验体系,以桑品种育71-1的茎尖为材料,采用MS培养基为基础培养基,分别添加不同浓度的葡萄糖、蔗糖、麦芽糖作为碳源,研究不同种类及不同浓度碳源对桑茎尖愈伤组织诱导的影响。试验结果表明:对桑茎尖愈伤组织诱导效果最佳的碳源是葡萄糖,其次是蔗糖和麦芽糖;葡萄糖和蔗糖的浓度对于愈伤组织的诱导有显著影响,而麦芽糖的浓度影响不显著,3种碳源的添加量为4%(质量分数)时,愈伤组织的形成率和生长量最大。依据试验结果认为,用育71-1桑树茎尖为外植体诱导愈伤组织,以质量分数为4%的葡萄糖作为培养基碳源的效果最佳。     

桑叶中γ-氨基丁酸含量的测定及其影响因素的研究

γ-氨基丁酸(γ-Aminobutyric acid,GABA)是动物中枢神经系统中的一种主要的抑制性神经递质,也是广泛存在于植物体内的一种与逆境胁迫有关的非蛋白氨基酸。研究表明,用AlCl3有效地去除桑叶中的水溶性色素后,采用分光光度法可以准确测定桑叶中GABA的含量。探讨了影响桑树叶片中GABA含量的主要因素:不同品种中GABA的含量不同,陕桑305最高,育71-1次之,湖桑32号和农桑14号含量稍低;相同叶位桑叶中GABA的含量为早期叶片高于后期叶片;同一时期不同叶位桑叶中GABA的含量随叶龄的增加逐渐降低,桑叶中GABA的含量在一天中以5:30时含量最低,17:00时含量最高。     

朱砂叶螨在桑品种育71-1上的实验种群生命参数研究

应用Jackknife技术,研究了朱砂叶螨在桑树品种育71-1上的种群动态,并用Weibull模型对种群存活特征进行了分析。结果表明:在(26±1)℃,RH85%,L∶D=16∶8的光照条件下,朱砂叶螨内禀增长率为0.3442±0.0041,净增殖率为40.5015±2.5840,周限增长率为1.4108±0.0058,世代平均周期为10.7598±0.1182,种群倍增时间为2.0135±0.0241,存活率曲线表现为DeeveyⅠ型。