鸡痘病毒282E_4株基因组2.9kbBamHI片段的序列测定与分析

对我国鸡痘病毒 ( FPV) 2 82 E4株基因组 2 .9kb Bam HI片段进行了序列测定与分析。结果表明 ,该片段全长 2 92 3 bp,A T含量为 72 .0 8%,含 6个完整的开放读码框架 ( ORF)和 2个不完整的 ORF,最大的ORF所编码多肽的相对分子质量为 2 4 60 0。在 2个 ORF的上游存在痘苗病毒晚期启动子的保守序列TAAAT,在 6个 ORF的下游和 2个 ORF的编码区内存在痘苗病毒早期转录终止信号 T5NT。把该片段的核苷酸序列和每个 ORF所编码的氨基酸序列分别对 EMBL核酸序列库和 SWISS-PROT蛋白质序列库进行了同源性搜索 ,未发现同源性片段     

牛病毒性腹泻病毒基因Ⅱ型HLJ-10分离株全基因组克隆及其序列特征分析

为研究牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的分子特征,本研究参考GenBank中登录的BVDV基因Ⅱ型病毒株全基因组序列,设计多对引物,通过RT-PCR方法,对一株分离自某商品化血清中的BVDV分离株HLJ-10全基因组进行分段克隆及序列测定,获得了该分离株的全基因组序列。生物信息学分析表明,该分离株为BVDV基因Ⅱ型,全长12 284 nt,编码区为11 694 nt,共编码3 897个氨基酸,5’和3’非编码区分别为385 nt和205 nt。与其它BVDV参考株序列比对分析表明,HLJ-10与SH-28和KZ91CP进化关系较密切,预测该分离株含有22个潜在糖基化位点,氨基酸差异性分析表明E2蛋白的氨基酸序列在瘟病毒属中变异性较大。     

犬瘟热病毒贵州分离株H基因的克隆及其序列分析

根据GenBank中犬瘟热病毒Onderstepoort株序列设计特异性引物,以犬瘟热病毒贵州分离株(CDV-GZ1)RNA为模板,应用RT-PCR对病毒H蛋白编码基因进行了扩增、克隆及序列分析.测序结果表明,CDV-GZ1 H基因ORF由1 824 bp组成,可编码607个氨基酸;与已发表23株其它CDV H基因核苷...     

猪繁殖与呼吸综合征、猪2型圆环病毒病二联基因疫苗的构建

将猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)长春分离株的ORF5基因克隆至真核表达载体pIRES的CMV的启动子下游,并用猪二型圆环病毒的内蒙古分离株的ORF2基因替代pIRES的neo基因,构建真核表达质粒。通过West-ernblot以及IFA检测方法鉴定,所构建的重组质粒能在BHK细胞内进行有效的转录,并表达了目的蛋白。     

伪狂犬病病毒Min-A株gD基因的克隆及其真核表达质粒的构建

参考GeneBank收录的伪狂犬病病毒gD基因的序列设计了一对引物,对PRV Min-A株进行了PCR扩增,扩增产物克隆于pGEM-T Easy载体.对重组质粒PGTE-gD进行限制性内切酶分析和基因测序,证实了克隆片段的可靠性.测序结果表明目的片段包含一个1203bp的开放性阅读框(ORF),编码400个氨基酸组成的多肽.将gD基因亚克隆至真核表达载体pcDVA3.1-的CMV启动子下游,构建了真核表达质粒pcDNA-gD,为下一步基因免疫奠定了基础.     

从云南蚕区分离BmCPV病毒株的全基因组克隆与系统发育分析

家蚕质型多角体病毒(BmCPV)是家蚕中肠型脓病的病原物。从云南蚕区的病蚕样品中分离到一株BmCPV病毒分离株,提取纯化该病毒粒子的总RNA并合成cDNA,克隆病毒全基因组序列,研究该病毒分离株的基因组结构与系统进化。克隆得到该病毒10条dsRNA序列(S1~S10)并提交至NCBI数据库中。序列分析表明该病毒基因组序列全长24810bp,S1~S10片段序列都具有完整的ORF。BLAST比对发现克隆的该病毒基因组各片段编码区序列与已报道的1型BmCPV片段的相似度达88%以上,氨基酸序列相似度达90%以上;10条dsRNA基因组片段末端均有保守帽子结构5'-AGUAA……GUUAGCC-3'。基于S2片段RdRp基因的系统进化分析发现,该病毒与其他3个1型BmCPV分离株BmCPV1-Suzhou、BmCPV1-China、BmCPV1-Ⅰ聚为一支,基于S10片段polh基因的系统进化分析也表明该病毒为1型BmCPV新的分离株系。根据上述研究结果将该病毒定名为BmCPV1-Yunnan。     

基因Ⅱ型鹅星状病毒ORF2蛋白原核表达及多克隆抗体的制备与鉴定

旨在利用原核表达系统表达基因Ⅱ型鹅星状病毒(goose astrovirus, GoAstV)ORF2蛋白,制备兔源多克隆抗体,并对制备的多抗进行效价检测及鉴定。根据GoAstV-GDZJ37株ORF2基因序列设计特异性表达引物,利用RT-PCR方法进行目的基因扩增,将其连接至原核表达载体pET-32a(+);经酶切鉴定和测序正确后,转化至表达感受态细胞,并进行诱导表达及SDS-PAGE分析。以无His标签的ORF2蛋白作为免疫原免疫新西兰大白兔,制备兔源多克隆抗体。将含His标签的ORF2蛋白经Ni-NTA亲和层析法进行纯化,并以纯化后的蛋白作为检测原,通过I-ELISA方法检测兔源多克隆抗体的效价,并通过Western blot及IFA检测方法鉴定其特异性。结果显示,克隆获得GoAstV-GDZJ37株ORF2基因,并利用原核表达系统分别表达2种重组蛋白,大小分别为77、95 kDa,且均为不可溶性表达。I-ELISA结果显示,多克隆抗体的效价为1∶102 400,表明无His标签的ORF2蛋白具有良好的免疫原性;Western blot及IFA结果显示,多克隆抗体可与含His标签...     

家蚕杆状病毒半胱氨酸蛋白酶基因的序列分析及表达

通过PCR扩增技术克隆了家蚕核型多角体病毒 (BombyxmoriNuclearPolyhedrosisVirus ,BmNPV)ZJ8株的半胱氨酸蛋白酶 (cysteineproteinase ,CP)基因 (BmNPVZJ8 CP)。序列分析表明 ,该蛋白酶基因的ORF为 972个核苷酸 ,编码 32 3个氨基酸。同源性分析表明 ,BmNPVZJ8 CP在DNA水平上与其它来源的CP具有较高的同源性 ,根据已知的杆状病毒半胱氨酸蛋白酶序列构建了该基因的进化树 ,发现BmNPVZJ8 CP与人的木瓜蛋白酶超家族的CP在同一进化分支上 ,与BmNPV T3株、AcNPV的半胱氨酸蛋白酶基因的核苷酸同源性最高。该基因在大肠杆菌中表达的产物对大肠杆菌具有生理毒性 ,从而限制了该基因的表达。     

鸡痘病毒282E4株基因组3.6kb Bam HI片段序列测定与分析

本实验将我国FPV282E4 株基因组3 .6kb BamHID片段利用DNA测序仪进行了序列测定。经DNASISV3.0 分析,该片段A T含量为60.77 % ,内含有8 个主要的ORFS。用Goldkey V3.0 软件比较了VVP7.5 早期启动子,FPV4b 晚期启动子、L2R早/晚期启动子和一个早/ 晚期双向启动子与各个ORF上游100bp 区域的同源性,没有发现有意义的同源序列;该片段的核苷酸序列和每个ORF所编码的氨基酸序列在EMBL核酸序列库和蛋白质序列库(Swiss_PROT) 中没有找到有意义的同源序列。初步认为该片段可能是基因组中一段非必需区或非编码区     

猪繁殖与呼吸综合征病毒贵州分离株ORF5基因的克隆及其表达载体的构建

为了研究猪繁殖与呼吸综合征病毒贵州分离株ORF5基因的表达,研究参照GenBank上发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒贵州分离株(PRRSV Guizhou-1)的核苷酸序列,利用DNASTAR、Oligo6.0和Primer Premier 5.0软件设计1对ORF5基因的特异性引物,同时将贵州大学动物科学学院分子生物学实验室分离、保存的PRRSV Guizhou-1接种于Marc-145细胞,产生明显细胞病变后收集病毒,用Trizol法提取总RNA进行RT-PCR扩增后获得目的基因,并将其克隆于质粒pMD18-T载体后转入大肠杆菌Top10细胞中,然后分别克隆于原核表达载体pET-32a(+)和真核表达载体pcD-NA3.1(+)中,再进行抗性筛选、酶切鉴定和序列测定.结果表明:得到含有目的基因的阳性克隆,成功构建了猪繁殖与呼吸综合征病毒贵州分离株ORF5基因原核表达载体pET-ORF5及真核表达载体pcDNA-ORF5.     

2株猪圆环病毒2型ORF2的克隆及序列分析

根据GenBank中猪圆环病毒2型(PCV-2)的核酸序列,设计一对引物,采用PCR方法从疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的死亡仔猪组织病料中扩增出ORF2基因,将其克隆到pMD18-T载体上,筛选获得重组质粒pMD18T-ORF2。序列分析表明,克隆的ORF2基因与其他PCV-2ORF2的分离株的同源性在91.5%～99.4%,与杭州分离株的同源性达到99.4%,表明我国各地区之间PCV-2的分离株存在较大的差异。     

猪繁殖与呼吸综合征重组病毒非必需基因区的鉴定

为鉴定猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)复制的非必需基因区,本研究在高致病性PRRSV细胞致弱株感染性克隆Hu N4-F112的基础上,在其基因组ORF1b和ORF2a之间插入增强型绿色荧光蛋白(EGFP)基因,并在外源基因3'端下游插入该病毒的转录调控序列6(TRS6),构建PRRSV-EGFP感染性克隆。将其体外转录制备的病毒全长RNA转染Marc-145细胞后,拯救获得了表达EGFP的重组病毒(r Hu N4-F112-EGFP)。将r Hu N4-F112-EGFP在Marc-145细胞中进行连续传代至20代,其外源gfp基因仍能够持续表达,表明该重组病毒具有良好的遗传稳定性。与亲本病毒Hu N4-F112相比,重组病毒在病毒滴度、空斑形态等方面差异不显著;病毒生长曲线的结果显示,重组病毒具有良好的增殖能力。本研究结果表明,在PRRSV的ORF1b和ORF2a基因区中插入外源基因并未影响该病毒体外复制,该非必需基因区的鉴定为进一步研究以PRRSV疫苗为活病毒载体多价重组疫苗的研发奠定基础。     

鸡传染性贫血病毒广西株全基因组的克隆与序列分析

为了解鸡传染性贫血病毒(CIAV)广西分离株全基因变异情况,设计3对特异性引物,对CIAV广西分离株(GXC060821)的全基因进行PCR扩增、克隆和序列分析.结果显示,广西分离株的全基因为2 292个核苷酸,含有3个互相重叠的开放阅读框(ORF).序列分析表明,本CIAV分离株与国内外其他31个CIAV毒株比较核苷...     

诱导表达极早期基因ie-1反义序列抑制杆状病毒复制的试验

在昆虫杆状病毒的级联复制中,极早期基因ie-1所编码的IE-1蛋白具有重要功能,其中极晚期多角体蛋白基因启动子polh受其调控激活。通过建立具有启动子polh及ie-1长194 bp的反义序列(ie-1-r)的转录载体,使杆状病毒在宿主细胞进行自身复制时受到抑制。试验结果表明,当转入重组转录载体polh/ie-1-r的宿主细胞受携带荧光素酶(luciferase)基因的杆状病毒感染时,能够被诱导激活细胞内多角体蛋白基因启动子转录其携带的ie-1的反义序列RNA,从而部分抑制病毒本身的复制,宿主细胞在病毒感染第4～5天,其荧光素含量与对照RLU(relative light unit)相比下降约1×108个单位,抑制病毒的效果在时间上呈现一定的滞后性。试验结果提示:构建类似的病毒诱导表达系统,通过早期基因激活晚期基因,晚期基因转录抑制早期基因表达的策略,可以对病毒复制进行抑制。     

猪圆环病毒2型SD2分离株ORF3基因转录分析

对PCV2 SD2株(DQ478947)进行了序列分析发现,其含有11个开放阅读框,与以往分离株开放阅读框有较大差异.根据GenBank发表的PCV2序列设计特异性引物,扩增ORF3基因,预计扩增片段大小为209 bp.分别在接毒后12、24、36、48 h,用Trizol法自病毒细胞裂解液提取总RNA,然后用DNase I处理,除去残留的病毒DNA,利用醋酸纤维素分离mR-NA,用上述引物进行RT-PCR扩增.在接毒24 h后扩增出的目的片段大小与预计扩增片段大小相符合,测序结果表明扩增片段与PCV2 SD2(DQ478947)ORF3基因序列相符.由此证实,PCV2山东分离株ORF3基因可在接毒24 h后于转录水平表达,为ORF3基因的深入研究打下了基础.     

猪Ⅱ型圆环病毒ORF1基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达

根据GenBank中猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)0RF1基因序列,设计合成了一对引物,对PCV2广东株(GD)ORF1基因进行PCR扩增,将扩增出的ORF1基因(942 bp)克隆入pMD18-T载体,筛选获得重组质粒,命名为pMD-ORF1。将ORF1的KpnⅠ和XbaⅠ双酶切产物插入原核表达载体pBAD／gⅢC,得到重组子,命名为pBAD／gⅢ-ORF1。测序分析表明克隆的ORF1与德国分离株AF201897核苷酸序列同源性高达99.5％。与其它PCV2核苷酸序列同源性为92.1％-99.9％,推导的氨基酸序列同源性为90.2％-99.5％。同时,测序结果表明所克隆的ORF1准确插入pBAD／gⅢC的多克隆位点,未改变读码框架。用L-Arabi-nose进行诱导表达,收集茵液进行SDS-PAGE和Western blotting分析,显示PCV2 ORF1在pBAD／gⅢC中获得了高效融合表达,其表达蛋白分子量约为4.1万。     

2株猪圆环病毒ORF2基因的克隆测序

对分离到的2株猪圆环病毒PCV-2型的ORF2基因进行了扩增,将获得的PCR产物分别与T载体连接,获得了2个毒株的ORF2基因阳性克隆。序列分析表明,这2个分离株与其他中国分离株同源性高达99%以上,同处于一个基因簇,但和中国BF分离株同源性却只有92.3%。而荷兰分离的NL-PMWS-2株与中国分离株的同源性却在99%以上,表明中国流行的PCV-2和国外分离株有密切关系。     

猪圆环病毒2型GZ-RH1株基因组遗传特征分析

为对猪圆环病毒iDNA新型疫苗、基因组遗传变异以及基因组结构与功能等研究提供科学依据,运用相关生物信息学软件对猪圆环病毒2型(PCV2)贵州仁怀分离株(GZ-RH1)的基因组遗传特征进行了分析。结果表明,PCV2GZ-RH1株基因组结构与pmws(AF027217)株相比存在较大差异,其ORF2基因的第696位因碱基T的缺失而导致移码突变,致使其缺失了ORF8和ORF11,ORF5和ORF10终止密码子提前,其他ORF相对较为保守。PCV2GZRH1株各编码蛋白中除了ORF4和ORF9外,其余都属于亲水性蛋白,且ORF9含有1段信号肽序列。在ORF1和ORF2编码蛋白的磷酸化位点中,ORF1相对较为保守,而ORF2变异较大。ORF1~3所编码的蛋白除均具有各自的蛋白质家族域外,还预测到一些可能具有特殊功能的结构域,如ORF1编码蛋白的NACHT结构域和ORF2编码蛋白的精氨酸富集区。ORF2编码氨基酸位点熵值分析表明,ORF2蛋白氨基酸序列中包含2个高变区,即第53~91位和185~215位。通过构建进化树显示,GZ-RH1分离株系PCV2b亚型。对GZ-RH1株的密码子偏爱性分析表明,相对于大肠杆菌和酵母而言,昆虫细胞更适合于PCV2ORF2基因的体外表达。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒河北地方株ORF6基因的克隆及原核表达

从河北沧州分离到一株疑似猪繁殖与呼吸综合征病毒,接种Marc-145细胞,经4代盲传,出现细胞病变,经鉴定为PRRSV,命名为HB-3(cz)株。根据GenBank公布的PRRSV JXA1株ORF6基因的核苷酸序列,设计并合成一对特异性引物(P1/P2),用RT-PCR方法扩增完整ORF6基因,将扩增产物连接到pGM-T载体并转化克隆菌,阳性重组质粒PGM-M进行序列测定与分析。后将克隆质粒PGM-M双酶切后连接原核表达载体pET-32a(+),在Rosseta-DE3中成功获得表达,经Western-blotting分析表明,表达蛋白与阳性血清发生特异性反应。     

家蚕核型多角体病毒(BmNPV)lef-11基因在病毒感染宿主细胞中的表达特征

杆状病毒晚期表达因子(late expression factor,LEF)是参与病毒基因组DNA复制和病毒基因转录调控的一个重要家族,该家族成员LEF-11为13 k D的小分子蛋白质。通过比对目前已经测序的63种杆状病毒基因组序列,发现LEF-11的编码基因lef-11在除宿主为双翅目昆虫的Cuni NPV外的所有杆状病毒基因组中都存在,暗示lef-11基因可能在包括家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,Bm NPV)在内的杆状病毒复制过程中行使重要功能。通过RT-PCR检测和Western blotting分析lef-11基因及其编码蛋白质在Bm NPV侵染的家蚕卵巢培养细胞Bm N中的转录与表达时相,其转录本从侵染后6h开始持续表达,蛋白质从侵染后12 h开始持续表达。当利用DNA聚合酶特异抑制剂阿非迪霉素(aphidicolin)阻断Bm NPV病毒基因组DNA复制之后检测LEF-11的表达受到抑制,暗示LEF-11的表达起始于病毒DNA复制之后。以上结果表明:BmNPV lef-11基因在杆状病毒中非常保守,是一个晚期表达基因,可能不直接参与病毒的起始复制,而是参与病毒的大规模复制过程。