籽鹅GH基因内含子3多态性及其与体重和屠体性状的关联分析

根据鸭生长激素基因内含子3的序列设计引物，利用PCR—SSCP方法对籽鹅进行了单核苷酸多态性分析，并检测其多态性。结果表明，籽鹅生长激素基因内含子3长约364bp，共发现了7个突变位点，分别为A160G、C167G、T264C突变，以及AA型个体在176、177位点G、A碱基缺失和BB型个体在231、232位点C、T碱基缺失。产生AA、AB和BB3种基因型，其中BB基因型为优势基因型，且基因型频率表现为BB〉AB〉AA；卡方检验结果表明，基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡（P〉0．05）。不同基因型与体重和屠体性状的关联分析结果表明：BB基因型个体的7周龄体重、9周龄体重、10周龄体重、胸肌重、胸肌率及心脏重显著高于AA型个体（P〈0．05）；BB基因型个体8周龄体重显著高于AB型个体（P〈0O．05）；在所分析的性状中，BB基因型个体的均值最大，AB型次之，AA型最小。     

民猪、长白猪及其杂种母猪催乳素受体（PRLR）基因的NaeⅠ多态性与繁殖性状的相关分析

采用测序，结合PCR—RFLPs的方法在民猪、长白猪及其杂种母猪的催乳素受体（Prolactin Receptor，PRLR）cDNA序列（＋1628～＋1878）中首次发现一处NaeⅠ多态位点。该位点的多态性是由于第1789位点的碱基发生了A→G的突变，并导致氨基酸的变化（S→G），即由丝氨酸→甘氨酸的变化。分析结果表明，NaeⅠ酶切位点的基因型频率和等位基因频率在3个母猪群体间有显著差异（P〈0．01）。最小二乘分析结果显示，在民猪群体中，只存在AA和AB两种基因型，AB型母猪的初生窝重和21日龄仔猪均匀度显著高于AA型（P〈0．05）；在长白猪群体中，AA型母猪的21日龄窝重显著高于BB型（P〈0．05）；在F1代长民杂种猪群体中，BB基因型母猪的21日龄仔猪均匀度显著高于AB和AA型（P〈0．05）。     

鸡GDF-5基因外显子1多态性与鸡骨骼发育性状的相关研究

根据GenBank发表的鸡GDF-5基因的mRNA序列设计引物，以白耳鸡和东北农业大学选育的肉鸡高、低腹脂系第8世代鸡群为试验材料，通过测序和PCR-SSCP的方法进行SNP检测和基因型分析，探讨GDF5基因多态性与鸡生长和骨骼发育性状之间的关系。结果发现在GDF-5基因外显子1的84bp处存在1个C／T的突变位点，对该突变位点在研究群体中进行基因型分析，结果产生3种基因型，AA型个体的基因序列和GenBank（Accession No：AF123389）中的一致为C，而BB型个体的基因序列在84bp处突变为T。基因型与鸡体组成性状的统计分析结果表明，AA基因型个体的跖骨围显著高于AB基因型个体（P〈0．05）；AA基因型和AB基因型个体的跖爪重和跖爪率显著高于BB基因型个体（P〈0．05）；AB基因型个体的股骨长和股骨重显著高于BB基因型个体（P＜0．05）；表明该基因对鸡的骨骼性状有较大的影响或与控制骨骼发育性状的主效基因相连锁。     

高邮鸭PRL基因内含子1的SNP检测及其与产蛋性状的相关分析

利用PCR—RFLP技术对高邮鸭催乳素（Prolactin，PRL）基因内含子1进行了SNP检测和测序分析，并对该基因与高邮鸭产蛋性状的相关性进行了研究。结果表明：PRL基因内含子1存在两个Dra Ⅰ酶切位点，其中1个位点具有DraⅠ多态性。该位点由于在1326位点发生了T→C的碱基突变，产生了AA、AB和BB3种基因型。基因型BB和等位基因B的频率最高；BB基因型个体30周龄蛋重极显著高于AB基因型个体（P〈0．01）；AB基因型个体的双黄率显著高于BB基因型个体（P〈0．05）；3种基因型间产蛋数、最长连产天数和开产体重无显著差异。     

PRLR基因外显子10多态性与西农萨能奶山羊产奶性能的相关分析

设计4对引物,采用PCR—SSCP技术检测催乳素受体（PRLR）基因外显子10在西农萨能奶山羊群上的单核苷酸多态性,同时研究该基因对其产奶性能的影响。结果表明：引物P2、P3与P4扩增片段具有多态性,P1的扩增片段不存在多态性。应用P2扩增片段,在西农萨能奶山羊中仅检测到AA和AB基因型,纯化测序表明AA与AB基因型相比有2处突变,C27T的突变没有导致氨基酸变化,第189处的碱基缺失导致氨基酸由组氨酸变为酪氨酸和苏氨酸。AA和AB基因型之间产奶量的最小二乘均值差异显著（P〈0．05）,AA基因型在各胎次产奶量和平均产奶量等指标上均高于AB基因型,其中第3胎的产奶量达到显著水平（P〈0．05）;应用R扩增片段,在西农萨能奶山羊中检测到3种基因型（CC、CD、DD）,纯化测序表明CC与DD基因型相比有2处突变（C103A和T106C）,分别导致氨基酸由赖氨酸变为苏氨酸、苏氨酸变为异亮氨酸;3种基因型之间产奶量的最小二乘均值差异不显著（P〉0．05）。应用P。扩增片段,在西农萨能奶山羊中也只检测到EE和EF基因型,纯化测序表明EE与EF基因型相比有1处突变（A114G）,该突变导致氨基酸由蛋氨酸变为缬氨酸;EE和EF基因型之间产奶量差异显著（P〈0．05）。EE基因型的个体各胎次产奶量均比EF型高,其中在第3、4胎产奶量和前4胎平均产奶量3项指标上都达到显著水平（P〈0．05）。研究结果提示：PRLR基因对奶山羊产奶量有显著影响,因此认为PRLR基因外显子10位点可作为奶山羊高产奶量的标记辅助选择的有效分子标记。     

京海黄鸡IGF-Ⅱ基因SNPs及其与生产性能关系研究

以京海黄鸡为材料,采用PCR—SSCP技术测定IGF-Ⅱ基因3个SNPs位点,同时分析它们对不同周龄体重及产蛋性状的遗传效应。结果显示,3个位点分别发生C—G、G—C、G—A的单碱基突变,各检测到3种基因型,P1位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0．05）。最小二乘方差分析表明,AA与BB基因型个体300日龄产蛋数存在显著差异（P〈0．05）,A为增效等位基因,B为减效等位基因;CD基因型个体12周龄体质量显著高于CC型（P〈O．05）;EE、EF基因型个体300日龄平均蛋质量显著高于FF型（P〈0．05）,E为增效等位基因,F为减效等位基因。联合基因型AA／CC／EF平均蛋质量显著高于AB／cD／EE与AB／CD／EF（P〈0．05）;AB／CD／EF基因型个体300日龄体质量显著高于AA／CC／EF、BB／DD／EE型（P〈0．05）。     

Apo-AI基因多态性与鸡生长和体组成性状的相关研究

以明星肉鸡和丝毛乌骨鸡杂交产生的F2资源群体为试验材料，根据鸡载脂蛋白AI（Apo-AI）基因的5’端序列设计引物，采用测序和PCR—SSCP方法进行SNP检测和基因型分析，探讨Apo-AI基因多态性与鸡生长和体组成性状之间的关系。研究发现在Apo-AI基因序列起始密码子ATG上游163bp处存在一个A／T突变。该突变产生的不同基因型与鸡生长和体组成性状进行的统计分析结果表明，BB基因型个体的1、2周龄体质量显著高于AA和AB基因型个体的相应体质量（P〈0．05）；BB基因型个体腹脂质量显著高于AA基因型个体的腹脂质量（P〈0．05）；BB和AB基因型个体的腹脂率显著高：于AA基因型个体的腹脂率（P〈0．05）。可以尝试将Apo-AI基因应用于鸡生长和腹脂性状的分子标记辅助选择育种方案中。     

牛类胰岛素生长因子IGF-I基因研究

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了类胰岛素生长因子1（IGF-I）基因5’侧翼区、第5外显子、第2外显子在南阳牛、鲁西牛、中国西门塔尔牛3个牛品种中的遗传多态。结果表明在IGF-I基因的5’侧翼区、第5外显子上未发现PCR-SSCP或PCR-RFLP遗传多态；在第2外显子中发现PCR-SSCP多态，有3种基因型AA型、AB型、BB型。对第2外显子的多态片段测序分析表明；在35bp处有碱基A→G的突变，248bp处有碱基C→T的突变，256bp处有碱基A→G的突变；35bp、248bp的碱基突变都是无义突变，而256bp处碱基A→G的突变为有义突变，使谷氨酸变为甘氨酸。     

STAT1基因单核苷酸多态性与中国荷斯坦奶牛产奶性状的相关性研究

采用PCR-SSCP方法检测199头中国荷斯坦奶牛STAT1基因内含子11、19、25及3-′UTR 4个位点的单核苷酸多态性,并将其与3个胎次的产奶性状进行相关性分析。结果在内含子11和3-′UTR 2个位点发现多态性,在内含子11中发现2个单核苷酸连锁突变,分别为28739碱基处发生的G→A转换,28873碱基处发生的G→C颠换;在3-′UTR 141930碱基处发现C→T突变。利用最小二乘分析研究3个位点不同基因型对中国荷斯坦奶牛3个胎次305天产奶量,乳脂率及乳蛋白率的影响。结果表明,在内含子11中,BB基因型个体第一、二胎次乳蛋白率均显著高于AA和AB基因型个体（P〈0.05）;3种基因型对各胎次产奶量及乳脂率的影响均未达到显著水平（P〉0.05）,但呈现出BB〉AB〉AA的趋势。在3-′UTR中,CC、CT基因型个体的第一、二胎次产奶量均显著高于TT基因型个体（P〈0.05）;CC基因型个体的第一、三胎次乳蛋白率均显著高于TT基因型个体（P〈0.05）,3种基因型对3个胎次乳脂率的影响差异均不显著（P〉0.05）,但呈现出CC〉CT〉TT的趋势。     

秦川牛及其杂种牛UCP3基因SNPs检测及其与胴体、肉质性状的相关性

采用PCR-SSCP技术对秦川牛(QQ)及其杂种牛西秦(XQ)、安秦(AQ)、德秦(DQ)4个群体共计229头个体UCP3基因进行SNPs多态性检测,发现了AA、AB、AC、AD 4种基因型.测序结果表明,AA基因型为纯合型;AB摹因型在第820位发生C→T突变;AC基因型在第775位发生G→A突变;AD基因型在951位发生G→T突变.方差分析结果表明,4个群体中AA基因型个体在宰前活体质量、胴体质量、胴体长、眼肌面积、系水力、大理石花纹中显著高于AB、AC、AD基因型个体(P<0.05);AB基因型个体的背膘厚显著高于AA、AC、AD基因型个体(P<0.05).初步推断,AA基因型为优势基因型,A为优势等位基因,对选择有正向效应.     

宁夏西门塔尔杂种牛UCP2基因多态性及其与生长性状的关联性分析

本研究利用PCR-SSCP技术结合DNA测序确定UCP2基因SNP位点,检测其在宁夏西门塔尔杂种牛群体中的多态性,并分析其与生长性状的关联性。结果表明,UCP2基因第1外显子存在3个SNPs位点,分别为T632C、A655G和A689C,结合PCR-SSCP结果分析后,分为AA、BB、AB 3种基因型。不同月龄体高、体重、胸围、体斜长,总体呈AA>AB>BB。AA基因型个体在不同月龄体高、胸围显著或极显著高于BB基因型（P < 0.05;P < 0.01）,与AB基因型之间存在差异,但差异不显著（P > 0.05）。可以确定,T632C位点发生的碱基突变对宁夏西门塔尔杂种牛的体重性状选育存在显著意义,AA基因型个体可作为后期选育方向。     

西农萨能奶山羊INHA基因启动子区多态性与产羔数和产奶量的相关分析

采用PCR-SSCP技术分析了INHA基因的启动子区2个基因座位在西农萨能奶山羊群体中的遗传多态性,结果在P1引物所扩增的目的片段发现遗传多态,有2种等位基因A和B,有3种基因型AA型、AB型、BB型;在P2引物所扩增的目的片段未发现遗传多态.对多态片段的测序分析表明:AA型与BB型相比在DNA序列的第506 bp处插入了一个碱基G,在第446 bp处碱基C→T.AB、BB基因型个体的平均产羔数显著高于AA型个体(P<0.05);AB、BB基因型的个体各胎次产奶量均比AA型高,其中在第2、3胎产奶量和前4胎平均产奶量都达到显著水平(P<0.05),AB基因型的前4胎平均产奶量和AA型差异极显著(P<0.01).结果表明INHA基因对奶山羊产羔数和产奶量都有显著影响,因此认为INHA基因的P1位点可作为奶山羊的有效分子标记.     

Correlation Analysis between UCP2 Gene and Growth Traits in Ningxia Hibrid Simmental Cattle

To find genotype with fast growth rates in Ningxia hibrid Simmental cattle,the genetic variation of UCP2 gene were detected by PCR-SSCP method and DNA sequencing,then analyzed UCP2 gene polymorphism related with some growth traits.The results showed that there were three SNPs (T632C,A655G and A689C) in UCP2 gene exon 1,which divided into AA,BB and AB genotypes by PCR-SSCP method.Individuals with different genotypes in different months of age,body weight,body height, chest circumference and body length were AA > AB > BB.AA genotype in different age of body height and chest circumference were significantly different than BB genotype (P < 0.05;P < 0.01),and were no significant difference with AB genotype (P > 0.05).The results demonstrated that T632C locus had significant meaning for improving weight trait breeding of Ningxia hibrid Simmental cattle,AA genotype could be the breeding genotype.     

郏县红牛IGF2基因多态性与生长性状关系研究

本研究利用PCR-SSCP技术首次对郏县红牛母牛IGF2基因多态性及其与生长性状关系进行了研究。结果表明:IGF2基因第2外显子表现多态性,存在AA、AB、BB三种不同基因型。其频率分别为0.235/0.480/0.285;A/B等位基因频率分别为0.474/0.526;该位点纯合度为0.501,杂合度为0.499,位点间有效等位基因数为1.996。该基因位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。通过对郏县红牛IGF2基因第2外显子位点不同基因型与样本体重及其它体尺指标的关联分析表明:不同基因型对胸围(P<0.01)和体重(P<0.05)有显著影响,AB基因型个体的胸围和体重明显大于AA和BB型个体。说明IGF2基因可以作为标记用于郏县红牛的肉用选育。     

拜城油鸡公鸡A-FABP基因多态性及其与生产性能的相关性分析

试验旨在研究拜城油鸡公鸡中脂肪型脂肪酸结合蛋白（adipocyte fatty acid binding protein,A-FABP）基因的多态性及其与生产性能的相关性,寻找可用于拜城油鸡选育的分子遗传标记。随机选取92只6周龄拜城油鸡公鸡,采用PCR-RFLP方法检测A-FABP基因的多态性。每种基因型选取15只体重相近的个体随机分为3组,每组每种基因型个体各5只,分别在12、18、24周龄时屠宰并对生产性能指标进行测定。结果显示,在拜城油鸡公鸡中检测到A-FABP基因有3种基因型：AA、AB、BB,BB为优势基因型,B为优势等位基因,不符合哈代-温伯格平衡定律（P<0.01）。12周龄时,各基因型间各生产性能指标差异均不显著（P>0.05）;18周龄时,BB基因型肌间脂宽显著高于AA基因型（P<0.05）,BB和AB基因型腹脂重极显著高于AA基因型（P<0.01）,腹脂率显著高于AA基因型（P<0.05）;24周龄时,BB基因型体重、肌间脂宽、腹脂重均显著高于AA基因型（P<0.05）。推测A-FABP基因可以作为与拜城油鸡公鸡脂肪性状相关的候选标记之一。     

家兔HSL基因多态性及其与生产性状关联性分析

本实验采用PCR-SSCP方法对齐卡巨型白兔和齐兴肉兔HSL基因外显子1的遗传多态性进行研究,并进一步分析HSL基因对生产性状的遗传效应。结果表明:HSL基因外显子1第784位处发生了碱基突变(A→C),共出现AA、AB和BB 3种基因型,在2个品种兔群体中AA型均为优势基因型,A均为优势等位基因;卡方适合性检验表明,2个品种兔群体均显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.05);在齐卡巨型白兔中,HSL基因AA型和AB型个体的宰前活体重均显著高于BB型个体(P0.05),AA、BB型个体的全净膛屠宰率和半净膛屠宰率均显著低于AB型个体(P0.05);在齐兴肉兔中,HSL基因AA型个体的宰前活体重显著高于AB、BB型个体(P0.05),BB型个体的全净膛屠宰率和半净膛屠宰率均显著低于AA、AB型个体(P0.05);在2个品种兔群体中,不同基因型个体的滴水损失和剪切力差异均不显著(P0.05)。     

猪SLA-DRA基因外显子2多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

为探索SLA-DRA基因作为猪抗病育种分子标记的可能性,本研究采用PCR-SSCP和克隆测序方法对大白、长白和杜洛克共216头猪的SLA-DRA基因外显子2进行了多态性研究,分析了该基因与仔猪腹泻的关联性。结果,在SLA-DRA外显子2上检出了3个等位基因和6种基因型;6种基因型(AA、AB、BB、AC、BC和CC)在大白猪和长白猪中都存在,而在杜洛克猪中只检出4种基因型(AA、BB、AB和BC)。杜洛克猪与大白猪和长白猪间基因型分布均差异极显著(P<0.01);3个品种的基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。最小二乘法分析表明,品种和性别对仔猪腹泻影响不显著(P>0.05),基因型与仔猪腹泻显著相关(P<0.05);AA和BB基因型个体腹泻评分的最小二乘均值均显著高于AC和CC基因型个体(P<0.05)。本研究表明,SLA-DRA基因不同基因型对仔猪腹泻有着重要的影响,可作为猪抗病育种应用中的一个潜在遗传标记。     

雪龙黑牛GH、CAPN1和CAST基因多态性及其与经济性状的相关性研究

本研究以大连雪龙产业集团的F2代商品雪龙黑牛为试验动物,利用PCR-RFLP技术研究生长激素(GH)、钙激活蛋白酶(CAPN1)、钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)基因的遗传多态性,并用最小二乘法拟合线性模型对各标记基因型与肉牛经济性状进行关联分析.结果显示,GH-P3、CAPN1 316和CAST-UoG SNPs位点属于中度多态.GH-P3位点与三角牛腩厚极显著相关(P<0.01),与上脑盖重、脂色等级显著相关(P<0.05),其中AA基因型个体三角牛腩厚分别比AB和BB基因型个体厚0.42、0.60 cm,上脑盖重分别比AB和BB基因型个体重0.52、0.78 kg,脂色等级分别比AB和BB基因型个体高0.95、1.16;CAST-UoG位点与三角牛腩厚和脂肪厚显著相关(P<0.05),其中AA基因型个体三角牛腩厚分别比AB和BB基因型个体厚0.32、0.30 cm,脂肪厚分别比AB和BB基因型个体厚0.80、0.47 cm;CAPN1 316位点与所研究的经济性状无明显的相关性(P>0.05).因此,在雪龙黑牛选育过程中可以把AA基因型作为标记基因型进行品种选育.     

鸭多巴胺受体D1基因CDS区多态性与生长性状的关联性分析简

本研究采用PCR-SSCP法与DNA直接测序技术相结合对兴义鸭和樱桃谷鸭多巴胺受体D1 (dopamine receptor D1,DRD1)基因编码序列(coding sequence,CDS)区130－587 bp区域的多态性进行检测,并分析其多态性对樱桃谷鸭生长性状的影响。结果表明,在樱桃谷鸭和兴义鸭DRD1基因编码区130－587 bp区域内均检测到3种基因型：AA、BB和AB,2个等位基因：A和B;AA基因型均为优势基因型,频率分别为0.7416和0.5643,等位基因A均为优势等位基因,频率分别是0.8539和0.7204;多态信息含量分别为0.2184和0.3217,分别处于低度多态和中度多态位点,樱桃谷鸭群体中该座位基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）,兴义鸭群体则偏离了Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）;序列比对发现2个SNPs位点,其中c.189 T＞C为同义突变,c.507 T＞A为错义突变,导致丝氨酸（S）变成精氨酸（R）。关联分析结果显示,BB基因型樱桃谷鸭个体的8周龄重和12周龄体斜长显著高于AB基因型（P<0.05）,10周龄重、12周龄重和12周龄胸深显著高于AA和AB基因型（P<0.05）。研究结果揭示该多态座位可能是影响鸭生长性状的一个标记辅助选择位点。