陕西地区荷斯坦牛Mx1基因外显子多态性分析

牛Mx1基因位于1号染色体上,含有14个外显子,编码648个氨基酸。研究以346头陕西地区荷斯坦牛为研究对象,根据GenBank所提供的牛Mx1基因序列,设计15对引物,采用混合DNA池扩增测序和PCR-RFLP的方法对牛Mx1基因的14个外显子进行多态性分析。结果表明,4个SNPs,分别位于外显子3（g.843330T〉C,g.843411A〉G）、外显子4（g.844048C〉T）和外显子7（g.851325T〉C）。其中,外显子4（g.844048C〉T）为同义突变;外显子3（g.843330T〉C,g.843411A〉G）两个位点的突变分别导致了异亮氨酸（Ile）向苏氨酸（Thr）、谷氨酸（Glu）向精氨酸（Arg）的突变;外显子7（g.851325T〉C）位点的突变导致亮氨酸（Leu）变为脯氨酸（Pro）。4个SNPs位点都存在三种基因型,但纯合子的突变频率较低。4个SNPs位点共构建了11种单倍型,其中以H6为最主要的单倍型。结果显示,陕西地区荷斯坦牛Mx1基因存在较丰富的多态性,这将为Mx1基因结构和功能的研究以及将来在育种实践中的应用提供基础资料。     

宁夏地区荷斯坦牛Nramp1基因多态性分析

天然抗性相关巨噬蛋白(Nramp)和多种细胞内菌体的抗性感染相关联。通过对荷斯坦牛Nramp1基因第11外显子多态性进行PCR-SSCP检测结果显示,该区域存在A、B两种等位基因和AA、BB、AB三种基因型,其中等位基因A的频率为0.2692,等位基因B的频率为0.7308,基因型AA的频率为0.0833,基因型BB的频率为0.5449,B为优势等位基因,基因型BB为优势基因型。经过卡方适合性检验,荷斯坦牛Nramp1基因所测区域处于中度多态,未偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。测序结果表明,引物扩增片段在200bp处发生G→C错义突变,从而导致氨基酸由半胱氨酸(Cys)变为丝氨酸(Ser)。     

荷斯坦牛BoLA-DRA基因外显子1生物信息学分析

本研究通过DNA混合池扩增测序方法对荷斯坦牛BoLA-DRA基因外显子1突变位点进行分析,并对其结构功能进行生物信息学预测。结果发现在荷斯坦牛BoLA-DRA基因外显子1在第1位和第2位之间有碱基T的插入,生物信息学预测结果表明DRA外显子1的mRNA二级结构突变前后自由能没有发生变化,蛋白质二级结构中β-折叠占比例最高,蛋白质功能预测结果显示该基因荷尔蒙和免疫应答的几率较高,表明DRA外显子1在荷斯坦牛性激素和免疫应答过程可能发挥重要作用,本研究结果为进一步研究BoLA-DRA基因抗病选育提供理论基础。     

中国荷斯坦牛κ-酪蛋白基因外显子1的多态性研究

本试验以64头中国荷斯坦牛为研究对象,采用PCR-SSCP方法对κ-酪蛋白基因外显子1的多态性进行研究,结果显示外显子1在群体中存在多态性,此结果为荷斯坦牛标记辅助选择提供了理论依据。     

荷斯坦牛TLR6基因多态性分析

为研究中国荷斯坦牛TLR6基因的多态性,确定其等位基因数以及核苷酸变异位点,探讨其遗传特性,采用PCR-SSCP技术对303头荷斯坦牛的TLR6基因进行了遗传多态性检测。结果表明:TLR6基因在扩增区域的209 bp处发生G→A的错义突变,导致TLR6蛋白中第70位天冬氨酸(Asp)变为天冬酰胺(Asn),并产生AA、BB、AB三种基因型,基因型频率分别为0.214 5、0.122 1和0.663 4,经χ~2适合性检验,荷斯坦牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。说明中国荷斯坦牛TLR6基因多态性丰富,该位点可以作为荷斯坦牛抗病育种的分子标记位点。     

荷斯坦母牛AHCY基因PCR-SSCP分析

根据已发表的牛AHCY基因序列设计13对引物,采用PCR-SSCP方法在210头荷斯坦母牛中检测S-腺苷高半胱氨酸水解酶（S-adenosylhomocysteine hydrolase,AHCY）基因全部10个外显子的单核苷酸多态性,同时分析该基因对荷斯坦母牛乳房炎抗性的影响。结果表明,AHCY基因的10个外显子在检测的荷斯坦母牛中都不存在多态性,AHCY基因外显子区域可能不存在影响乳房炎抗性的遗传标记。     

荷斯坦母牛TLR10基因PCR-SSCP分析

设计15对引物,采用PCR-SSCP技术检测Toll样受体10(Toll-like receptor 10,TLR10)基因在210头荷斯坦母牛中的多态性,分析该基因对荷斯坦母牛乳房炎抗性的影响。结果显示,TLR10基因在检测的荷斯坦母牛中都不存在多态性,该基因区域可能不存在影响乳房炎抗性的遗传标记。     

荷斯坦牛Leptin基因外显子2多态性与繁殖力性状的相关性研究

以94头荷斯坦牛为试验材料,应用PCR-SSCP技术研究Leptin基因外显子2多态性与繁殖力的相关性。在Leptin基因外显子2的E2FB区上,经分析存在影响奶牛繁殖的多态位点,测序首次发现102nt处T突变为C。在平均产犊间隔上,AA与AT差异极显著（P〈0.01）;AT与TT差异极显著（P〈0.01）;A为优势等位基因,可作为荷斯坦牛育种中繁殖力的分子辅助标记。     

新疆褐牛，中国荷斯坦POUIF1基因第六外显子多态性与产奶量关联分析

[目的]为了研究POUIF1基因第六外显子多态性与产奶量的关系。[方法]以新疆褐牛,中国荷斯坦为研究对象,利用PCR—RFLP对POU1F1基因第六外显子的多态性及其与产奶量的相关性进行了分析。[结果]表明：新疆褐牛,中国荷斯坦牛的群体在该位点分别检测到2种等位基因A／B,频率分别为：0．4a／0．57,0．aa／0．67,B等位基因是优势等位基因。[结论]在新疆褐牛群体中,BB型个体的产奶量显著高于AA型,在荷斯坦奶牛中BB型比AA,AB型的产奶量高,但差异不显著。     

中国荷斯坦牛GlyCAM1基因遗传多态性的研究

以273头中国荷斯坦牛为研究对象,利用CRS—PCR、PCR—SSCP及DNA测序技术检测了GlyCAM1基因外显子3、内含子3的遗传多态性。结果表明：GlyCAM1基因分别在外显子3和内含子3的第2081（A／C）、2417（C／T）位存在突变,2个位点的等位基因频率A／B分别为0．7525,0．2475和0．9046,0．0954;经菇。适合性检验,中国荷斯坦牛内含子3的突变达到Hardy—Weinberg平衡状态（P〉0．05）,但其外显子3的突变未达到Hardy—Weinberg平衡状态（P〈0．05）。     

新疆褐牛和中国荷斯坦牛POU1F1基因第六外显子多态性与产奶量的关联分析

以新疆褐牛和中国荷斯坦牛为研究对象.应用PCR-RFLP方法对POU1F1基因第6外显子的多态性及其与产奶量的相关性进行了分析.结果表明,新疆褐牛和中国荷斯坦牛的群体在该位点分别有2种等位基因(A/B),频率分别为0.43/0.57和0.33/0.67.B等位基因是优势等位基因.在新疆褐牛群体中,BB型个体的产奶量显著高于AA型(P<0.05).     

新疆褐牛,中国荷斯坦POU1F1基因第六外显子多态性与产奶量关联分析

[目的]为了研究POU1F1基因第六外显子多态性与产奶量的关系.[方法]以新疆褐牛,中国荷斯坦为研究对象,利用PCR-RFLP对POU1F1基因第六外显子的多态性及其与产奶量的相关性进行了分析.[结果]表明: 新疆褐牛,中国荷斯坦牛的群体在该位点分别检测到2种等位基因A/B,频率分别为:0.43/0.57,0.33/0.67,B等位基因是优势等位基因 .[结论]在新疆褐牛群体中,BB型个体的产奶量显著高于AA型,在荷斯坦奶牛中BB型比AA,AB型的产奶量高,但差异不显著.     

中国荷斯坦奶牛ABCG2基因外显子9多态性研究

本研究旨在寻找ABCG2基因上与产乳性状相关的多态位点,为提高产乳性状提供理论依据。本研究采用PCR-SSCP技术分析了ABCG2基因exon9的多态性。使用SAS9.0对多态性与产乳性状之间的相关性进行方差分析。研究结果表明,在exon9中存在A→G突变,导致氨基酸由酪氨酸突变为半胱氨酸。A、B 2个等位基因的频率分别为0.86和0.14;存在3种基因型:AA、AB和BB型,基因型频率分别为:0.73、0.26、0.01;多态信息含量为0.22。方差分析结果显示,3种基因型间5种产乳性能的差异不显著。Y367C与产乳性状的相关性不明显,由于突变前后氨基酸性质发生了改变,可能会对蛋白质的结构产生一定的影响。     

荷斯坦牛LF基因5’UTR区多态性分析

本研究采用PCR-SSCP技术对303头奶牛的乳铁蛋白基因5’UTR区进行遗传多态性检测,以确定其等位基因数以及核苷酸变异位点,探讨其遗传特性结果表明,LF基因在扩增区域的64bp处发生G→C的突变,形成AA、AB、BB三种基因型,其基因型频率分别为0.2541、0.4455和0.3004,等位基因A和B的频率分别为0.4796和0.5231。群体遗传学分析发现荷斯坦牛LF基因的有效等位基因数(Ne)、遗传杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别是0.4989、0.4455和0.3745。经卡方适合性检验表明该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。中国荷斯坦牛LF基因5’UTR区的多态性相对较高,遗传变异相对较大,提示该位点有望作为荷斯坦牛乳腺炎抗病育种的标记位点之一。     

POU1 F1基因多态性与南方荷斯坦牛产奶量的相关性分析

采用PCR-RFLP技术研究了364头荷斯坦牛POU1 F1基因第二外显子的TaqⅠ酶切位点(e2-TaqⅠ)和第六外显子的HinfⅠ酶切位点(e6-HinfⅠ)多态性,并分析了两个位点多态性与泌乳量的关系。结果表明,实验群体中这两个多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态,e2-TaqⅠ位点等位基因G/A的频率为0.2706/0.7294,e6-HinfⅠ位点等位基因G/A频率为0.3228/0.6772。性状关联结果表明,两个位点的基因型与第一、二胎泌乳量相关性不明显。     

徐州荷斯坦牛NRAMP1基因多态性与乳房炎通径分析

奶牛的NRAMP1基因编码的蛋白是与天然抗病性相关的巨噬磷酸糖蛋白,在网状内皮细胞器官的巨噬细胞中表达。NRAMP1蛋白抗菌专一性强,主要在巨噬细胞活化通路中发挥重要免疫功能,可以抵抗多种胞内病原微生物,在遗传免疫研究中具有重要意义。NRAMP1基因可以编码具有完整膜的蛋白,具     

中国荷斯坦牛SCD1基因多态性与泌乳性状的关联分析

本研究旨在探索中国荷斯坦牛SCD1基因多态性与产奶性状的相关性.以上海某奶牛场610头中国荷斯坦牛为试验材料,采用PCR-SSCP法对SCD1基因A293V位点遗传多态性进行分析,利用一般线性模型分析SCD1基因A293V位点突变对测定日产奶量、乳脂率、乳蛋白率、305天校正产奶量、乳脂量、乳蛋白量及体细胞评分7个泌乳性状的影响.共检测到AA、AV和VV 3种基因型,频率分别为0.634、0.323和0.043,等位基因A和V的频率分别为0.796和0.204.该位点突变对乳脂率、乳蛋白率的影响达到显著水平(P＜0.05),对测定日产奶量、305天校正产奶量、305天乳蛋白量和305天乳脂量以及体细胞评分影响不显著(P＞0.05).多重比较表明,VV基因型个体的乳蛋白率、乳脂率极显著高于AA、AV型个体(P＜0.01).SCD1基因A293V位点突变对中国荷斯坦牛泌乳性状的遗传效应有一定程度的影响,但影响机理需要进一步的研究.     

中国荷斯坦牛BoLA-DRA,DQB基因外显子2多态性及其与乳房炎的关联分析

主要组织相容性复合物(体)(MHC)牛的BoLA (Bovine Lymphocyte Antigen,BoLA),又称白细胞抗原,根据其结构和功能的不同,将编码的BoLA分为Ⅰ类、Ⅱ类和Ⅲ类基因。DRA,DQB分别编码Ⅱ类抗原分子的α链和β链,其中DRA,DQB基因外显子2 (exon2)编码的抗原结合区在呈递抗原中发挥着非常重要的作用。     

中国荷斯坦牛CXCR1基因第二外显子新SNPs与乳腺炎的关联分析

通过研究中国荷斯坦牛趋化因子受体1(Chemokine(C-X-C motif)receptor1,CXCR1)基因多态性与乳腺炎间的相关性,找到对乳腺炎性状有显著影响的基因型和单倍型组合,为从遗传角度上解决奶牛乳腺炎问题提供参考。采用巢氏PCR、DNA测序和CRS-PCR-RFLP方法,对中国荷斯坦牛的CXCR1外显子2进行遗传多态性研究,分别利用SHEsis软件和PHASE软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。结果表明,找到了4个新SNPs,分别为291(C/T)、333(C/T)、337(A/G)和365(C/T)。各SNPs与中国荷斯坦牛体细胞评分(SCS)和产奶量的关联分析表明:337(A/G)和365(C/T)位点的等位基因G、C均为低SCS、高产奶量的优秀等位基因;另外,H3 H7(CCCTGGCC)单倍型杂合个体为低SCS、高产奶量的优秀单倍型组合。CXCR1基因的单倍型H3 H7(CCCTGGCC)在SCS和产奶量方面是优良的单倍型,可作为选择抗乳腺炎的分子标记。