基于ISSR标记的铁线莲园艺品种遗传多样性分析和指纹图谱构建

为进一步明确铁线莲属16个园艺品种之间的亲缘关系和遗传多样性,利用12条ISSR引物对16份材料进行PCR扩增,共获得117条清晰的条带,多态性条带占比为97.44%。利用引物UBC815和UBC817构建16个铁线莲品种的指纹图谱,可以有效地对铁线莲进行区分和鉴定。利用NTSYS软件计算出铁线莲品种间的遗传相似系数为0.20～0.73,平均相似系数为0.51。通过UPGMA法进行聚类分析,在相似系数为0.53时,可将16份材料划分为4大类。结果表明,铁线莲品种之间的遗传关系较为复杂,利用ISSR分子标记技术可以从分子水平揭示16份材料的遗传多样性水平和亲缘关系。     

基于SSR标记的茶树新品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用EST-SSR标记对14个茶树新品种进行了遗传多样性分析和分子指纹鉴定。结果表明:10个SSR标记在14个品种中共检测到29个等位基因,平均每个标记2.9个,PIC和遗传多样性指数平均值分别为0.387和0.756,参试品种中多态性适中。不同等位基因的出现频率有较大差异,其变异范围在3.57%~89.29%。参试品种的Nei′s遗传距离(D)在0.036~0.472之间,当D=0.12时,可将14个茶树品种聚为三类。利用4个核心标记即可区分全部14个品种,并根据获得的等位基因带型,构建了各个品种的分子指纹图谱。     

基于SSR标记的东北杏遗传多样性分析及指纹图谱构建

东北杏(Armeniaca mandshurica)是东北地区极具经济开发前景的树种,具有重要的生态、经济、社会价值,应用SSR分子标记技术,采用101对扩增条带清晰、多态性高的引物,对61份东北杏野生种质进行PCR扩增,以分析东北杏的遗传多样性,并采用引物组合法构建东北杏的SSR指纹图谱,旨在为东北杏种质资源的鉴定评价、保育研究及合理开发利用提供科学依据。结果表明:101个位点的平均观测等位基因(Na)和有效等位基因所占比值分别为9.6436和55.13%;平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)分别为0.2155和0.7711;Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为1.7533和0.7316,表明东北杏种质资源具有丰富的遗传多样性。10个种源的遗传多样性差异显著,其中,辽宁省沈阳市的遗传多样性最高,而辽宁省丹东市的遗传多样性最低。聚类结果表明,在遗传相似系数0.842处可以将东北杏种质分为4类(A类、B类、C类、D类);在遗传距离0.250处可以将东北杏的不同种源分为3类(P1类、P2类、P3类),均反映了地理种源对东北杏的分类结果占据主导地位。地理距离...     

丽穗凤梨ISSR遗传多样性分析与指纹图谱构建

【目的】探讨丽穗凤梨品种遗传多样性和亲缘关系,并建立其分子指纹图谱,为今后丽穗凤梨杂交育种和品种鉴定提供依据。【方法】利用ISSR分子标记技术研究41个丽穗凤梨品种的遗传多样性水平,并构建DNA指纹图谱。【结果】12条ISSR引物共扩增出132个清晰可辩位点,其中多态性位点125个,多态位点百分率达94.70%。41个丽穗凤梨品种平均有效等位基因数为1.5311,平均 Nei’s 基因多样性指数为0.3101,平均 Shannon信息指数为0.4668,品种间的相似系数介于0.3561～0.9394之间;基于ISSR分子标记数据建立的UPGMA亲缘关系聚类图,41个丽穗凤梨品种在相似系数0.601处被划分为两大类群;同时利用4条多态性ISSR引物构建了41个丽穗凤梨品种的分子指纹图谱。【结论】供试41个丽穗凤梨品种遗传多样性丰富,其亲缘关系与叶片横纹的有无具有一定的相关性。ISSR分子标记技术可以有效地用于丽穗凤梨品种资源评价和指纹图谱构建。     

基于EST-SSR标记的蓝莓品种指纹图谱构建及遗传多样性

为给蓝莓品种鉴别、优良杂交组合选配提供分子水平依据,从40对EST-SSR引物中筛选多态性良好的引物组合,选取其中引物CA231构建北高丛蓝莓栽培种的DNA指纹图谱、数字指纹图谱,利用非加权类平均法进行遗传多样性分析。结果表明:10个引物对组合共扩增出206个位点,其中多态性位点203个,占98.12%。每条引物的多态性位点数为9~48个,平均每条引物扩增出20.6个位点,平均多态性位点为20.3个。引物CA231扩增位点数最多,多态性比率为100%,且可以鉴别所有试验材料。构建30个北高丛蓝莓栽培品种的指纹图谱,并对其亲缘关系分析表明,在遗传相似系数为0.52时,30个品种聚为一类,当遗传相似系数为0.63时,77.7%的品种仍聚为一类。     

新疆早熟陆地棉SSR标记遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用SSR分子标记对41份北疆地区早熟陆地棉品种进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。最终100对引物筛选出8对多态性较好引物,共检测50条带,其中多态性33条,多态性比率66%,每对引物平均扩增到6.25条条带。多态信息含量(PIC)为0.568 0~0.784 6,平均值为0.646 2。聚类分析表明,供试材料在遗传距离为0.42时可划分为3类,第3大类又可以划分为2大亚类,多数品种属于第3大类。利用其中7个特异性标记引物获得的数据构建供试材料的分子指纹图谱。新陆早系列在选育过程中亲本的来源较为广泛,遗传背景较复杂,获得的SSR分子指纹图谱能够用于新疆早熟陆地棉品种及相关材料的鉴定。     

基于ISSR分子标记的冬种马铃薯品种遗传多样性分析

以引进的冬种马铃薯品种为研究对象,通过ISSR-PCR分子标记技术对36个马铃薯品种进行分子标记鉴定,分析其遗传多样性,用DNA提取试剂盒提取马铃薯总DNA,筛选合适的引物,建立PCR扩增体系.结果表明:提取的总DNA质量较好,利用筛选出的9个引物经过PCR扩增后共得到81条清晰的条带,平均多态性条带比率达80.25％;聚类分析结果表明,36个马铃薯品种之间的遗传相似系数为0.78～0.91,以遗传相似系数0.80为阈值可以把36个马铃薯品种分为4大类,为冬种马铃薯的选育提供理论依据.     

28份余甘子品种遗传多样性的ISSR分析及指纹图谱构建

【目的】利用ISSR分子标记技术对28份余甘子种质资源进行遗传多样性分析,并构建其指纹图谱。【方法】从96条ISSR引物中筛选得到9条核心引物,用作广东省农业科学院收集的华南地区28份余甘子品种分子标记,利用UPGMA聚类分析余甘子种质资源遗传多样性,以核心引物UBC809和UBC886组合构建余甘子DNA指纹图谱。【结果】9条ISSR核心引物对28份余甘子样品扩增共得到686条条带,其中多态性条带667条,多态率为97.23%。通过聚类分析将28份余甘子样品聚为4类,其中大果油甘和甜油甘5号遗传分化较大,各单独聚为一类,珍珠油甘、甜油甘2号和甜油甘4号聚为一类,其余23个品种聚为一类。利用核心引物UBC809和UBC886组合,成功构建了余甘子DNA指纹图谱,供试28份余甘子品种(系)每个都有一套唯一的指纹图谱编码。【结论】成功构建了28份余甘子种质的指纹图谱,可用于余甘子种质资源的分类与鉴定,同时可用于余甘子杂交新品种选育。     

肾茶种质资源遗传多样性的ISSR分析

为了探讨中国肾茶种质资源的遗传多样性,本研究采用100条ISSR引物对87份肾茶种质资源进行试验分析,发现20条引物能扩增出清晰条带。在87份供试材料中,20个ISSR引物共产生144条扩增条带,其中多态性条带120条,多态率83.3%,平均每个ISSR标记能产生6.0条多态性片段。87份材料间的遗传相似系数变化范围为0.48~0.98,但6份栽培品种间遗传相似系数为0.88~0.98,显示出栽培种的遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,供试材料可聚为2类,其中栽培品种单独聚成1类,野生材料聚为1类。结果显示,中国野生肾茶种质资源遗传多样性丰富,具有较高的开发利用价值。     

19份苜蓿种质遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对19份国内外苜蓿种质的遗传多样性进行检测分析。12对ISSR引物在供试苜蓿材料中共获得有效扩增位点71个,其中多态性位点69个,多态性位点百分率为96.25%。引物的有效等位基因数、Nei′s基因多样性指数、Shannon′s信息指数和多态性信息含量平均分别为1.50、0.30、0.46和0.33。供试苜蓿材料的遗传相似系数介于0.296~0.887,平均为0.617,表明被研究苜蓿材料遗传异质性较好。聚类分析结果显示,供试材料在遗传相似系数0.522处可被划分为两大类,第1类群包括的苜蓿种质数达到17个,占到所有供试苜蓿种质总数的89.47%,第2类群包含的苜蓿种质数只有2个。主成分分析获得了与聚类分析基本一致的结论。     

洋葱种质资源遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记对32份洋葱种质资源的遗传多样性进行了分析。从31个ISSR引物中筛选出4条扩增产物条带清晰、多态性高的引物,在32份资源样品中共扩增出39条带,其中31条带为多态性位点,平均每个引物扩增的多态带数为7.75条,多态性条带比率(PPB)为79.48%。资源间的遗传相似系数在0.552～0.960之间,具有较为丰富的遗传多样性。ISSR聚类分析表明,在L取值为D=0.68时,可将32份洋葱资源分成5类:第一类包括18份种质资源,主要以Yellow Sweet Spanish系统为主;第二类包括1份种质资源,为Bejo Daytona;第三类包括3份种质资源,为Yellow Globe系统;第四类包括9份种质资源,为Yellow globe danvers系统;第五类包括1份种质资源,为Yellow Danverssystem系统。较好地揭示了洋葱种质资源间的遗传多样性与亲缘关系,可为洋葱遗传育种和杂交亲本选择提供科学依据。     

中国湖桑地方品种遗传多样性分析

[目的]探讨中国湖桑地方品种的遗传多样性。[方法]采用ISSR分子标记技术,对141个湖桑品种的遗传多样性进行分析,并根据ISSR标记遗传相似系数,按UPGMA法对141份湖桑地方品种进行聚类分析。[结果]共扩增出90个条带,其中多态性条带57条,多态性比率63.33%。141份湖桑的遗传相似系数变异范围为0.633 3~1.000 0,平均遗传相似系数为0.483 4,表明不同湖桑品种间的遗传多样性存在差异。但聚类分析结果与传统的形态学和农艺学性状的分类结果不完全一致。[结论]4个亚类清楚地代表了141份湖桑的遗传关系,并为桑树品种的优化和种质资源的保护提供了理论依据。     

云南特有茶组植物遗传多样性的ISSR研究*

 以云南茶组植物为材料,利用ISSR技术对云南茶组植物进行了遗传多样性分析。从所筛选出的12个引物对25份供试材料进行ISSR扩增反应后,共产生141条谱带,其中多态性谱带为139条,其多态条带比率(PPB)高达98.5%,表明25份材料具有丰富的多态性。并根据遗传距离利用UPGMA构建了云南茶组植物亲缘关系树状聚类图。25个材料可分为6个类群(取值水平GD=0.378 ),20个茶组植物分为2个类群。从DNA分子水平探讨了云南茶组植物的遗传多样性,突出了种间的遗传差异,种间的遗传距离为0.151~0.580,表明25份材料间遗传基础较宽。PCA分析与聚类分析结果基本一致。结果显示,ISSR作为一种信息量高、重演性好的分子标记,应用于茶树品种鉴别和亲缘关系分析是非常有效的。     

菜用甘薯遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记分析了10个菜用甘薯材料的遗传多样性和亲缘关系.结果表明:11个ISSR引物在供试材料中扩增出83个清晰条带,其中76个具有多态性,多态性比率为91.57%,各扩增条带的多态性信息指数(PIC)平均为0.247.种质间遗传相似系数变化范围为0.578～0.904,平均值为0.645,显示菜用甘薯材料的遗传差异较大.通过聚类分析将10份菜用甘薯种质分为三个类群,其中两份广东材料与台农71聚为一类,且遗传相似性较高,福建的两份材料与徐州的两份材料及广东的一份材料聚为一类,而河南的商薯19与广东的另一份材料聚为独立的一类,他们与其他两类的亲缘关系较远.本研究的结果为菜用甘薯杂交育种的亲本选配提供了理论依据.     

世界蚕豆种质资源遗传多样性和相似性的ISSR分析

【目的】分析国内外蚕豆种质资源的遗传多样性,探索其遗传相似性和遗传结构,为世界蚕豆资源的综合评价和优良种质资源的发掘利用提供依据。【方法】利用ISSR标记技术,对来自世界35个国家的383份蚕豆资源的遗传相似性进行分析。【结果】筛选出的11条ISSR引物共扩增出229条条带,其中多态性条带212条(占93%)。不同地理来源蚕豆资源群的基因多样性指数在0.16—0.28,平均为0.22;遗传丰富度变化范围为104—193,平均为158.5。中国春播区蚕豆资源群遗传多样性最高(H=0.28,NA=193),最低的是美洲资源群体(H=0.16,NA=104)。非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类结果表明,中国春播区和秋播区蚕豆资源明显不同;中国蚕豆资源群体与国外资源群间的遗传相似性较远,明显与国外资源相分离;北非和欧洲的蚕豆资源遗传相似性较近。亚洲、欧洲、非洲及中国的蚕豆资源群之间具有明显的地域分布规律。【结论】中国春播区蚕豆资源遗传变异丰富,遗传多样性较高;美洲蚕豆资源遗传基础相对狭窄。蚕豆资源群体遗传多样性差异和遗传相似性与其地理来源、生长习性和生态分布密切相关。     

九节茶种质遗传多样性ISSR分析

为进一步研究九节茶的遗传特性,为育种工作提供理论指导,利用ISSR分子标记试验方法研究了37个九节茶种源的遗传多样性,从100条引物中筛选出17条引物,分别利用POPGENE1.32软件及NTSYS软件对九节茶种源进行了基于ISSR的遗传多样性分析及种源聚类分析。结果表明:17条引物共扩增出105个位点,其中多态性位点87个,多态性位点百分率65.71%;37个种源间遗传多样性较低,福建、广东、江西、浙江和广西5个种群之间的遗传多样性为0.1770,种内遗传多样性为0.0990,基因分化系数为0.4405,即种群间遗传变异占种群遗传变异的44.05%,55.95%的遗传变异在种内进行。由种群间的遗传分化系数计算的基因流Nm=0.6350。遗传相似系数为0.7048～0.9143,平均0.8096。聚类分析表明,在遗传相似系数为0.81处,37个种源可以分为5类,聚类结果并不能完全反映出种源的地理分布,但可以部分反映地理分布的特点,为种质资源的鉴定打下良好基础。     

Genetic Diversity Analysis of Faba Bean （Vicia faba L.） Based on EST-SSR Markers

Faba bean (Viciafaba L.), one of the most important legumes in the world, evolved different types of cultivars due to its partial cross-pollination. The development of simple sequence repeat (SSR) markers from expressed sequence tags (EST) provided a useful tool for investigation of its genetic diversity. The purpose of the present study was to investigate the genetic diversity of faba bean from China and Europe using EST-SSR markers. 5 031 faba bean ESTs from the NCBI database were downloaded and assembled into 1148 unigenes. A total of 107 microsatellites in 96 unigenes were identified, indicating that merely 8.36% of sequences contained SSRs. The most abundant SSR within faba bean was tri-nucleotide repeat motif, and among all the tri-nucleotide repeats, the motif AAG/CTT was the most abundant type. Based on these results, 11 EST-SSR markers were used to assess the genetic diversity of 29 faba bean cultivars from China and Europe with two to three alleles per locus. The polymorphism information content value ranged from 0.0644 to 0.4278 with an average of 0.2919. Principal coordinate analysis (PCA) and phylogenetic clustering based on these 11 EST-SSR markers distinguished these cultivars into different groups. The results indicated that faba bean in China had a narrow genetic basis, and the additional sources of genetic cultivars/accessions should be introduced to enhance the genetic variability. The results of this study proved that the EST-SSR marker is very effective in evaluation of faba bean germplasm.