云纹石斑鱼和赤点石斑鱼杂交子一代线粒体相关基因的母性遗传特征分析

对云纹石斑鱼和赤点石斑鱼及其正反杂交子代的3种线粒体基因(COⅠ、16S rDNA、Cyt b)和核基因Tmo-4c4进行序列分析,其中16S rDNA序列中有明显的插入缺失位点,而其他3个基因序列无插入缺失变异。在12个分析样本中,COⅠ同源序列(387 bp)中共检测到41个核苷酸多态性位点,16S rDNA(529 bp)中有21个核苷酸多态位点,Cyt b(383bp)中有49个核苷酸多态位点。Tmo-4c4(467 bp)有8个核苷酸多态位点。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,正反杂交子一代的3个线粒体基因序列与母本基因序列的同源性都为100%,与父本的基因序列同源性分别为COⅠ:90%和89.4%;16S rDNA:96%和96%;Cyt b:87%和87.2%。核基因Tmo-4c4正反交子一代与母本的序列同源性为98.9%~99.6%之间,与父本的同源性为98.7%~99.4%之间,没有明显的遗传差异。以上结果表明了云纹石斑鱼和赤点石斑鱼杂交子一代在3种线粒体基因上严格按照母性遗传的规律,而核基因Tmo-4c4没有明显的遗传偏向性。     

杜氏赖草(Leymus duthiei)及杜氏赖草长芒变种(Leymus duthiei var. longearistatus)的nrDNA ITS序列分析

本研究对杜氏赖草(Leymus duthiei)及杜氏赖草长芒变种(Leymus duthiei var.longearistatus)的nrDNA ITS进行多克隆测序,探讨ITS序列在其个体内的多样性和个体间的遗传分化。序列多态性、基因谱系和rRNA基因二级结构分析表明:①由于致同进化作用,ITS序列在L. duthiei和L.duthiei var. longearistatus中可能朝Ns基因组一方发生偏向;③致同进化的驱动力可能促使不同的ITS拷贝序列在L.duthiei var. longearistatus中比在L. duthiei中更趋于一致;③ITS序列在L.duthiei和L. duthiei var. longearistatus中的遗传分化可能与它们的地理隔离有关。     

Genomic and genetic definition of a functional human centromere

The definition of centromeres of human chromosomes requires a complete genomic understanding of these regions. Toward this end, we report integration of physical mapping, genetic, and functional approaches, together with sequencing of selected regions, to define the centromere of the human X chromosome and to explore the evolution of sequences responsible for chromosome segregation. The transitional region between expressed sequences on the short arm of the X and the chromosome-specific alpha satellite array DXZ1 spans about 450 kilobases and is satellite-rich. At the junction between this satellite region and canonical DXZ1 repeats, diverged repeat units provide direct evidence of unequal crossover as the homogenizing force of these arrays. Results from deletion analysis of mitotically stable chromosome rearrangements and from a human artificial chromosome assay demonstrate that DXZ1 DNA is sufficient for centromere function. Evolutionary studies indicate that, while alpha satellite DNA present throughout the pericentromeric region of the X chromosome appears to be a descendant of an ancestral primate centromere, the current functional centromere based on DXZ1 sequences is the product of the much more recent concerted evolution of this satellite DNA.     

Very low gene duplication rate in the yeast genome

The gene duplication rate in the yeast genome is estimated without assuming the molecular clock model to be approximately 0.01 to 0.06 per gene per billion years; this rate is two orders of magnitude lower than a previous estimate based on the molecular clock model. This difference is explained by extensive concerted evolution via gene conversion between duplicated genes, which violates the assumption of the molecular clock in the analyses of duplicated genes. The average length of the period of concerted evolution and the gene conversion rate are estimated to be approximately 25 million years and approximately 28 times the mutation rate, respectively.     

罗非鱼海豚链球菌的分离鉴定及药敏试验

为明确广东佛山某罗非鱼鱼场暴发疑似链球菌病的病原情况,应用脑心浸液培养基、胰蛋白大豆琼脂 培养基对患病罗非鱼的肝、胆组织进行细菌分离,对获得的革兰氏阳性链球菌应用16S rDNA 引物进行基因序列鉴 定,并对被确定的链球菌进行基因进化分析,同时进行阿奇霉素、链霉素、阿米卡星等10 种抗生素的药敏试验。结果 表明,分离获得革兰氏阳性链球菌1 株,经16S rDNA 基因扩增鉴定为海豚链球菌;基因进化分析显示,该菌与海豚 链球菌和禽的副乳链球菌亲缘关系最近;药敏试验结果显示,该菌对阿奇霉素和头孢噻肟中度敏感,对其他抗生素 不敏感。     

荧光定量PCR技术检测红壤稻田土壤厌氧氨氧化细菌

利用厌氧氨氧化细菌16S rDNA基因特异引物对红壤稻田土壤总DNA进行扩增、PCR产物纯化、克隆和测序,得到属浮霉菌(Planctomycetes)的厌氧氨氧化细菌的部分16S rDNA序列(长度为502 bp)。以含该序列的重组质粒作为荧光定量PCR的标准品,对水稻不同生育期红壤稻田土壤中的厌氧氨氧化细菌数量进行检测。结果表明水稻各生育期内稻田表层和根层土壤中均存在一定数量的厌氧氨氧化细菌,且其数量随水稻生长有所变化。表土中的数量随水稻生长呈逐渐增加的趋势,根层土的数量在水稻生长前期变化不大,孕穗期后明显增加。红壤稻田土壤中存在的厌氧氨氧化细菌对稻田土壤的硝化作用可能具有一定贡献。     

一株甘蔗黑穗病菌的分离与系统发育分析

甘蔗黑穗病是由黑粉菌(Ustilago scitaminea Syd.)引起的一种世界性病害,严重危害甘蔗的生产,对该病病原菌的研究有助于甘蔗抗黑穗病育种。由于rDNA序列兼具保守区域和进化水平不同所致可变区,因此,rDNA序列分析是研究真菌系统发育、分类鉴定和分子检测非常有效的手段。笔者采用单孢分离方法,从高抗品种NCo376的病株上分离单孢,培养菌丝体,提取基因组DNA,分析其rD-NA序列,以期丰富该真菌的遗传多样性研究。用真菌rDNA序列分析的通用引物ITS1和ITS4,通过ITS-PCR得到目的片段,克隆在pMD18-T载体上后进行测序,结果显示该片段的长度为692bp,与Genebank中已报道的真菌序列进行Blast和系统发育树分析,表明所获得的序列与Sporisorium属真菌具有更高的亲缘关系,而与Ustilago属真菌的亲缘关系较远,这与一直沿用的甘蔗黑穗病菌的命名似乎并不吻合,有待进行更多的研究以证实。     

甜蛋白thaumatin基因高效植物表达载体的构建

根据thaumatin氨基酸序列及植物蛋白质表达密码子的偏爱性,设计了thaumatinⅠ的全基因序列引物,采用重叠延伸PCR法,人工合成了thaumatinⅠ全长基因,克隆至载体pMD19-T上,序列测序表明,克隆的DNA序列与原设计序列完全相同,利用表达载体pRI101-ON,构建了高效植物表达载体pRI101-thaumatin。     

红麻雄性不育系的选育和不育基因的ISSR分子标记

 红麻不育系的选育为红麻杂种优势的利用提供了新的途径。红麻雄性不育基因的分子标记，可用于优良不育系或保持系的选择。采用单株选择回交的方法进行不育系的选择，用BSA法进行ISSR引物的筛选。利用中国农业科学院麻类研究所红麻育种课题组在海南三亚发现的红麻不育株AT-1做母本分别与15-4，04K1做杂交，再用父本回交4次，选育出2个高度不育的不育系。用CTAB法提取红麻单株DNA，利用BSA法构建近等基因池—不育池和可育池，以近等基因池DNA为模板，进行ISSR引物的筛选，筛选出一条能在不育池和可育池间产生稳定差异带的ISSR引物U859。对不育系鉴定表明，不育系为质核互作型雄性不育，且不育性稳定。通过不育和可育单株对ISSR引物的鉴定表明，U859是与雄性不育基因连锁的ISSR分子标记。     

核糖体RNA基因在酵母分类鉴定中的应用

核糖体DNA在酵母分类鉴定中发挥着重要作用。本文介绍了核糖体的构成,核糖体RNA基因26S rDNA D1/D2区域、18S rDNA、ITS-5.8S rDNA和IGS rDNA片段作为分子标记的原理方法、在酵母菌种鉴定和分子系统发育中的应用,同时对rDNA各个序列片段在国内外酵母分类鉴定应用中的问题和前景进行探讨。     

核rDNA ITS分子标记在兰科植物研究中的应用

在植物基因组中核rDNA是高度重复的串联序列,其中18S rDNA与5.8S、26S rDNA共同构成一个转录单位。ITS(基因内转录间隔区)分布在18S-5.8S-26S区域,该区域包括3个部分:ITS1和ITS2以及位于它们之间高度保守的5.8S rDNA外显子区。兰科(Or-chidaceae)是单子叶植物中的第一大科,进化程度较高。文中介绍了ITS序列的结构特点,重点对ITS序列在兰科植物近缘种亲缘关系鉴定、系统进化及分子系统地理学研究中的应用及前景进行了综述。     

暗紫红毛菜ITS序列的测定与分析

[目的]对暗紫红毛菜rDNA内转录间隔区（ITS区）进行序列测定,为其系统发育研究提供新资料。[方法]以产于山西娘子关泉的一株暗紫红毛菜为材料,提取DNA,设计引物,进行PCR扩增,进而测定其ITS区基因序列。[结果]暗紫红毛菜与同科的少精紫菜ITS区同源性为75%,与条斑紫菜ITS区同源性为79%。[结论]ITS区序列进化速率相对较快,种类和地理分布的差异是其序列差异产生的原因。     

1株小鼠肠道酵母菌的分离与鉴定

为研制新型微生态制剂,从试验小鼠中分离出1株肠道酵母菌,采用形态学、生理生化、基因测序和系统发育树分析等方法对其进行鉴定。结果显示,该菌菌落呈白色、圆形,在显微镜下细胞呈椭圆形,出芽生殖;该菌能发酵葡萄糖、蔗糖和D–甘露醇,能够同化蛋白胨和硝酸钾,不能耐受高浓度乙醇,脲酶试验结果为阴性。序列分析结果表明,该菌株18SrDNA(登录号为KC534843)与汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)18SrDNA(登录号为AB013567)的同源性达99%,26SrDNA(登录号为KC534842)与汉逊德巴利酵母(Debaryomyces hansenii)26SrDNA(登录号为EU131182)的同源性达99%。系统发育树分析结果显示,该菌株18SrDNA与Debaryomyces hansenii(登录号为AB013590)的亲缘关系最近,26SrDNA与Debaryomyces hansenii(登录号为EU131182)的亲缘关系最近。由以上结果可推断该菌为汉逊德巴利酵母。     

紫花苜蓿耐盐分子标记的初步鉴定

 以耐盐苜蓿与敏盐苜蓿相互杂交的F2群体为试验材料，利用改良的BSA 法和RAPD技术筛选出一个与苜蓿耐盐基因相连锁的分子标记。将该标记的PCR产物进行了DNA序列测序，在GenBank中对该片段与其它相关基因进行比对分析表明，苜蓿耐盐标记的核苷酸序列与截形苜蓿（Medicago truncatula）的mth2-6e18基因的一个片段（347 bp）的序列有93%的同源性。mth2-6e18基因是植物干旱、盐诱导半胱氨酸蛋白酶（CysPr1）基因的标记基因，推测该片段与植物干旱、盐诱导的CysPr1基因具有较大的相关性。     

基于免培养技术的食用菌病害微生物rDNA测序及初步分析

采用CTAB结合DNA凝胶回收试剂盒法提取四种主要食用菌病害组织样品的宏基因组DNA,用16S rDNA和18S rDNA通用引物分别对样品的基因组DNA进行PCR扩增、连接、转化并进行单克隆测序。每对引物随机挑取20个阳性克隆的rDNA序列进行比对,并对病害微生物的亲缘关系进行了初步分析,结果表明四种病害样品中两种为细菌性病害,两种为真菌性病害。     

肠艾美耳球虫河北株18S rDNA部分序列测定及系统发育分析

从河北某兔场单卵囊分离肠艾美耳球虫并接种无球虫兔进行增殖,CTAB法提取肠艾美耳球虫卵囊基因组DNA.利用艾美耳属球虫18S rDNA保守引物,PCR扩增肠艾美耳球虫18S rDNA片段,产物纯化后测序.测得的序列用DNAstar软件分析并与GenBank公布的11种兔球虫(EF694007-EF694017)的相应序列进行同源性分析,并绘制系统进化树.结果表明,扩增出的18S rDNA片段大小为1 521 bp.序列分析显示,肠艾美耳球虫河北株18S rDNA与GenBank公布的11种兔球虫相应序列同源性为92.6%～99.9%,肠艾美耳球虫河北株与国外肠艾美耳球虫(EF694012)18S rDNA相似性达99.9%.系统发育进化树显示,肠艾美耳球虫河北株与肠艾美耳球虫(EF694012)亲缘关系最近.     

外源基因转化在小麦育种中的应用

远缘杂交是创造生物新物种和新种质以及转移遗传物质的有效途径 ,在理论和实践上都有重要意义。外源DNA导入技术以DNA片断杂交技术假说为理论依据 ,直接将带有目的性状的供体遗传物质 (总DNA)或目的基因导入受体植物 ,创造大量的变异材料 ,通过筛选获得具有目的性状的后代 ,达到改良品种的目的。笔者综述了近年来外源基因导入小麦的研究概况 ,阐述了外源基因导入的技术以及检测方法 ,分析了外源基因转化在小麦育种中的发展前景。     

一株高产脂肪酶产生菌16S rDNA的序列分析

[目的]对分离获得的高产脂肪酶菌株进行鉴定,为其改造和更好利用奠定基础.[方法]对从食堂下水道中分离获得的一株高效产脂肪酶细菌(JLΠ-4)进行培养,提取其基因组DNA.设计16S rDNA通用引物,扩增16S rDNA基因片段,并连接到pUC19-T载体上,转化大肠杆菌DH5X,经PCR鉴定的阳性克隆摇菌培养后测序.[结果]提取获得较高质量的基因组DNA,扩增获得新分离菌株16S rDNA基因片段,长度为1528 bp,BLAST相似性比对分析结果表明,其与伯克霍尔德氏菌16S rDNA序列相似性达97%,是一株与伯克霍尔德氏菌最近的革兰氏阴性菌.[结论]初步将高产脂肪酶细菌JTΠ-4鉴定为唐菖蒲伯克霍尔德菌.