绵羊GH基因的PvuⅡ位点的多态性与其生长性状的关联分析

为探讨GH基因与绵羊的生长发育性能的关系,采用PCR-RFLP的方法分析了GH基因内含子Ⅱ的PvuⅡ位点在5个绵羊群体中的多态性,并与绵羊体质量和体尺等性状进行了关联分析。结果表明:GH基因内含子Ⅱ的PvuⅡ位点在5个绵羊中检测到两种基因型即AB基因型(264 bp/429 bp/693 bp)和BB基因型(264 bp/429 bp)。大尾寒羊、小尾寒羊、豫西脂尾羊、湖羊、杜泊羊的AB基因型频率分别为0.786、0.750、0.424、0.471、0.459,BB基因型频率分别为0.214、0.250、0.576、0.529、0.541。湖羊的GH基因内含子Ⅱ的PvuⅡ位点显著偏离Hardy-Weinbery平衡状态(P0.05),小尾寒羊、豫西脂尾羊、杜泊羊的GH基因内含子Ⅱ的的PvuⅡ位点极显著偏离Hardy-Weinbery平衡状态(P0.01)。关联分析表明,AB基因型绵羊的体质量、体长、胸宽、臀端高、管围、尻高、颈长等指标显著大于BB基因型绵羊(P0.05)。研究表明,GH基因内含子Ⅱ的PvuⅡ位点对绵羊的生长发育性能有一定影响。     

翘嘴鲌生长激素基因侧翼2个微卫星位点与生长性状的关联分析

通过120尾同塘养殖翘嘴鲌体长和体质量的测定,以及生长激素基因(GH)侧翼的2个微卫星位点Cal-GH01和Cal-GH02基因型检测,分析了翘嘴鲌GH基因侧翼的2个微卫星多态性与生长性能的相关性。结果表明:Cal-GH01共检测到3个等位基因(404、407和410 bp)和6种基因型,等位基因407 bp是优势等位基因,407/407 bp是优势基因型;该微卫星位点多态信息含量为0.420,观测杂合度为0.207 2,属中度多态性位点。Cal-GH02共检测到6个等位基因(366、375、378、381、384和387 bp)和11种基因型,等位基因381 bp是优势等位基因,381/381 bp是优势基因型;该微卫星座位多态信息含量为0.450,观测杂合度为0.466 1,属中度多态座位。微卫星位点Cal-GH01的分析结果表明,404/407型个体占样本数的13.3%,其体长最长。407/410型个体占样本数的5%,其体质量最大。Cal-GH01不同基因型个体体长和体质量均有差异,但差异均不显著(P>0.05)。在微卫星位点Cal-GH02中,366/381型个体占样本数的3.3%,其体长和体质量均最大,其体质量显著大于其他基因型个体(P<0.05)。384/387型个体占样本数的2.5%,其体长和体质量均最小,其体长显著小于其他基因型个体(P<0.05)。翘嘴鲌GH基因多态性与生长性状存在关联,推测相关变异位点可作为翘嘴鲌生长的候选辅助标记。     

烟台黑猪SLA-DQB基因外显子2多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

采用PCR-RFLP方法对烟台黑猪DQB基因外显子2的多态性进行研究,并对该位点与仔猪腹泻的关联进行了分析。结果表明,在烟台黑猪DQB基因外显子2上共检测出4种等位基因(A、B、C、D),7种RFLP带型(AA、BB、CC、AB、AC、BC、AD),该位点具有较丰富的多态性。卡方适合性检验显示,烟台黑猪的DQB基因外显子2没有达到Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。最小二乘法分析结果表明,烟台黑猪的性别和DQB外显子2的基因型均对仔猪腹泻无显著影响(P>0.05),而性别与基因型的互作效应对仔猪腹泻具有极显著的影响(P<0.01),在公猪群体中,AD基因型仔猪腹泻评分高于AA基因型个体(P<0.05),在母猪群体中BB、AC、BC、CC基因型仔猪腹泻评分高于其他基因型仔猪(P<0.05)。     

5个绵羊群体的BMPR-IB基因多态性分析

选择骨形态发生蛋白受体IB基因(BMPR-IB)作为一种侯选基因.采用PCR-RFLP方法检测其在杜泊绵羊、湖羊、小尾寒羊及杜湖、杜寒杂交F1代群体中的多态性分布规律.结果显示:在杜泊绵羊中只存在1种基因型,即野生型( );在湖羊和小尾寒羊中检测到两种基因型,纯合突变型(BB)和杂合突变型(B );湖羊中BB、B 基因型频率分别为0.909和0.091,小尾寒羊中BB、B 基因型频率分别为0.563和0.437;在杜湖和杜寒杂交绵羊中发现两种基因型(B 和 ),杜湖羊B 和 基因型频率分别为0.875和0.125;杜寒羊B 和 基因型频率分别为0.786和0.214.BMPR-IB分子标记可作为一种新颖的辅助技术用于评估杜泊绵羊与湖羊或小尾寒羊杂交后代的繁殖力.     

鹌鹑MITF基因多态性与羽色性状的关联性分析

本研究以栗羽朝鲜鹌鹑和北京白羽鹌鹑作为研究对象,选择与羽色性状相关的MITF基因作为候选基因,通过对栗羽朝鲜鹌鹑和北京白羽鹌鹑MITF基因进行DNA测序,在MITF基因上发现3个多态性位点,分别为位于外显子4上的c.589A>G、外显子5上的c.761G>A和3′UTR上的c.2275C>T。位于外显子4上的c.589A>G突变导致赖氨酸转变为谷氨酸。利用不对称PCR-SSCP技术对300只鹌鹑进行基因分型,3个突变位点均发现三种基因型,命名为AA、AB和BB。群体遗传学分析显示,3个突变位点均表现为中度多态（0.25G、c.761G>A和c.2275C>T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。其中,c.589A>G位点和c.2569C>T位点栗羽朝鲜鹌鹑的3种基因型（AA、AB和BB）的频率分布与北京白羽鹌鹑的3种基因型频率分布有极显著差异（P<0.01）,说明这2个位点与鹌鹑羽色性状之间有显著的关联性。     

8个绵山羊群体中肌肉生长抑制素基因DraⅠ酶切多态性分析

为了探明肌肉生长抑制素基因对绵山羊生长性状的影响,采用限制性内切酶Dra Ⅰ对8个绵羊、山羊群体（湖羊、小尾寒羊、陶赛特、特克塞尔、杜泊羊、波尔山羊、长江三角洲白山羊、黄淮山羊）中MSTN基因5’UTR区进行PCR-RFLP分析,筛选多态性位点。结果表明,在所有受检绵羊群体中只检测到BB1种基因型;而在山羊群体中均检测到3种基因型,其中波尔山羊、长江三角洲白山羊以AA居多,AB型次之,BB型很少;黄淮山羊则以AB型居多,BB型次之,AA型较少。该结果为进一步研究MSTN基因对山羊生长性状的影响奠定了基础。     

4个绵羊品种褪黑激素受体1a基因第二外显子PCR-RFLP分析

采用2种限制性内切核酸酶MnlI和只Rsu I，对常年发情的小尾寒羊和湖羊以及季节性发情的多赛特羊和萨福克羊共146只绵羊褪黑激素受体1a(MTNRlA)基因外显子2的824bp扩增产物进行PCR-RFLP分析。结果表明：1)MTNRlA基因外显子2的605位碱基处表现出MnlI酶切多态性。小尾寒羊、萨福克羊和湖羊只出现2种基因型：AB(303bp，236bp／67bp)、1313(236bp／67bp，236bp／67bp)：多赛特羊出现3种基因型：AA(303bp，303bp)、AB(303bp，236bp／67bp)、BB(236bp／67bp，236bp／67bp)。2)MTNR1A基因外显子2的604位碱基处表现出只Rsa I酶切多态性。4个绵羊品种都出现3种基因型：AA(290bp，290bp)、AB(290bp，267bp／23bp)、BB(267bp／23bp，267bp／23bp)。X^2适合性检验结果表明，小尾寒羊和多赛特羊MTNRlA基因第二外显子在M22ZI酶切位点没有达到Hardy-Weinberg平衡状态(0．01＜P＜0．05)，萨福克羊和湖羊MTNRlA基因第二外显子在RsaI酶切位点已经达到Hardy—Weinberg平衡状态(P＞0．05)；4个绵羊品种MTNRlA基因第二外显子在只Rsa I酶切位点都已经达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0．05)。     

绵羊Fsp27基因5'-UTR区碱基突变与 尾脂沉积能力的关联性

[目的]明确绵羊脂肪特异蛋白27基因(Fsp27)5'端非编码区(5'-UTR)g.16767527位点和g.16767779-16767780位点突变与其尾脂沉积能力的关联性,为低脂肪绵羊品种选育提供理想的分子标记,提高低脂肪绵羊品种改良选育效率.[方法]以5个不同尾脂沉积能力的绵羊品种为研究对象,包括脂尾型绵羊品种阿勒泰羊,短脂尾型绵羊品种小尾寒羊和湖羊,长瘦尾型绵羊品种中国美利奴细毛羊和萨福克羊,采用PCR-SSCP结合基因测序对绵羊Fsp27基因5'-UTR区碱基突变情况进行检测,并分析相关突变与绵羊尾脂沉积能力的关联性.[结果]绵羊Fsp27基因5'-UTR区g.16767527位点为C/A突变,在所检测的绵羊群体中均存在3种基因型(CC、CA和AA),但在不同尾脂沉积能力绵羊品种群体中的基因型频率存在明显差异:阿勒泰羊群体中以CC基因型为主,基因型频率为0.869;小尾寒羊和湖羊群体中以CA基因型为主,基因型频率分别为0.698和0.628;中国美利奴细毛羊和萨福克羊群体则以AA基因型为主,基因型频率分别为0.616和0.833.g.16767527位点的基因型分布在阿勒泰羊、小尾寒羊和湖羊群体中极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE<0.01),在萨福克羊群体中显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE<0.05).g.16767779-16767780位点为双碱基突变,对应为GG/GG、GG/TC和TC/TC基因型;在尾脂沉积能力强的阿勒泰羊、小尾寒羊和湖羊群体中,g.16767779-16767780位点以TC为优势等位基因,对应的等位基因频率分别为0.862、0.954和0.927;在尾脂沉积能力差的中国美利奴细毛羊和萨福克羊群体中则以GG等位基因为主,其等位基因频率分别为0.980和0.983.这2个位点的突变均对绵羊Fsp27基因5'-UTR区二级结构产生明显影响.[结论]绵羊Fsp27基因5'-UTR区g.16767527位点的C/A突变和g.16767779-16767780位点的GG/TC突变与其尾脂沉积能力密切相关,可作为分子标记应用于低脂肪绵羊品种的辅助选育.     

三穗鸭PRKCB基因内含子14的变异对蛋壳品质的影响

为探究PRKCB基因对三穗鸭蛋壳品质的遗传效应,采用PCR产物直接测序法、DNAStar软件MegaAlign程序结合Chromas软件对120只三穗鸭(Anas platyrhyncha domestica)PRKCB基因的遗传位点变异进行筛查鉴定,用SPSS 18.0软件分析SNP位点与蛋壳品质的相关性。结果显示:在三穗鸭PRKCB基因第14内含子检测到g.1158465 C>T、g.1158519 G>A和g.1158524 G>A这3个SNPs突变位点,每个突变位点均产生3种基因型,且均为中度多态位点。g.1158519 G>A和g.1158524 G>A突变位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡,g.1158465 C>T位点的基因型分布则显著(P<0.05)偏离Hardy-Weinberg平衡;g.1158519 G>A和g.1158465 C>T位点之间存在强连锁不平衡。3个SNPs共组成5种单倍型和8种双倍型,优势单倍型H5(TGG)的频率为0.492,优势双倍型H2H5频率为0.200。关联分析显示,g.1158519 G>A位点的AG基因型个体蛋壳厚度显著(P<0.05)高于GG基因型个体,双倍型H1H3个体的蛋壳厚度显著(P<0.05)高于H3H5个体的蛋壳厚度。研究结果提示,PRKCB基因的遗传变异可以影响蛋壳品质,其中g.1158519 G>A位点可作为改善三穗鸭蛋壳品质选择的遗传标记。     

朝鲜鹌鹑GNAS基因表达、克隆及其多态性与羽色的相关性

为了研究朝鲜鹌鹑GNAS基因表达和多态性与羽色的相关性,取栗羽和白羽朝鲜鹌鹑不同发育时期胚胎翅尖组织,采用Trizol法提取总RNA,实时荧光定量PCR检测GNAS基因在朝鲜鹌鹑胚胎发育不同阶段和不同羽色鹌鹑胚胎翅组织中mRNA的表达水平;克隆GNAS基因的CDS全序列并进行生物信息学分析;采集孵化至10 d胚胎翅尖组织提取基因组DNA,PCR扩增GNAS基因的特定序列,通过不对称PCR-SSCP方法结合测序确定基因型,分析不同基因型对朝鲜鹌鹑羽色形成的影响。结果表明,胚胎发育8~14 d时,GNAS基因在栗羽鹌鹑胚胎组织中的表达水平极显著(P<0.01)高于白羽鹌鹑胚胎。GNAS基因CDS区开放阅读框长1 140 bp,含有14个外显子,编码含379个氨基酸的稳定性亲水蛋白。在朝鲜鹌鹑GNAS基因中检测到2个SNP位点,分别为外显子12区域的g.119221T>A和3'UTR区域的g.121181A>G。栗羽朝鲜鹌鹑的3种基因型(AA、 AB和BB)的频率分布与白羽朝鲜鹌鹑存在极显著差异(P<0.01)。结论表明,朝鲜鹌鹑组织中GNAS基因的表达量高低与其羽色的形成有一定的关系,GNAS基因3'UTR上的g.121181A>G位点突变与朝鲜鹌鹑羽色性状之间具有显著关联性,可作为研究朝鲜鹌鹑羽色的一个候选基因。     

甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星多态性与生长速度的关联分析

通过220只甘肃高山细毛羊生长性能测定、DNA测序验证、微卫星DNA多态性检测和相关性分析,研究了甘肃高山细毛羊DRB1 基因内含子2微卫星多态性与生长性能的相关性。结果表明,甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星重复单位是由GT/GA组成的复合型微卫星座位。研究共检测到13个等位基因和40种基因型,等位基因201、195和193 bp是优势等位基因,201/201 bp是优势基因型。该微卫星座位多态信息含量为0.830,杂合度为0.847,属高度多态座位。相关性分析表明,183、191、207和197 bp等位基因对应的甘肃高山细毛羊群体出生体质量极显著高于165、219、195、213和203 bp等位基因群体(P<0.01),同时显著高于179、189、193和201 bp等位基因群体(P<0.05),含有179、189、193和201 bp等位基因的群体的出生重显著高于165、219、195、213和203 bp等位基因的群体(P<0.05)。就甘肃高山细毛羊1月龄、2月龄、3月龄和6月龄体质量综合考虑,含有197和207 bp等位基因群体的体质量较高,从甘肃高山细毛羊DRB1基因内含子2微卫星座位选择考虑,在选种时尽量保留含有197和207 bp等位基因的个体作为种用,将可能提高甘肃高山细毛羊的出生体质量和出栏体质量(6月龄体质量)。     

蛋用鹌鹑IGF-1R基因的多态性与体尺性状相关性分析

类胰岛素生长因子1型受体(IGF-1R)基因是类胰岛素生长因子(IGFs)在生物体内发挥作用的主要效应器,对机体生长发育进程中有重要影响。为探讨IGF-1R基因多态性与蛋用鹌鹑体尺性状的相关性,采用PCR产物直接测序方法对中国黄羽鹌鹑、北京白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3种蛋用鹌鹑的IGF-1R基因进行多态性分析,并对IGF-1R基因的多态性与鹌鹑体尺性状进行相关性分析。结果表明,在3个蛋用鹌鹑群体中检测到IGF-1R基因A57G和A72T两个突变位点,A57G位点发生了A/G碱基突变,有AA、AG和GG三种基因型;A72T位点发生了A/T碱基突变,有AA、AT和TT三种基因型。中国黄羽鹌鹑的A57G位点对胫长、胸骨长和胫围有显著影响(P<0.05),A72T位点对体质量和胸骨长有显著影响(P<0.05),组合基因型AGAA对体质量有显著影响(P<0.05),组合基因型AAAA对胫长、胸骨长、胫围有明显影响(P<0.05)。北京白羽鹌鹑的A57G位点对体质量、胫长、体长、胫围有显著影响(P<0.05),A72T位点对胸骨长有显著影响(P<0.05),组合基因型AAAA对体质量和胸骨长有显著影响(P<0.05),组合基因型AAAT、GGAA、GGAT对胫长有显著影响(P<0.05),组合基因型GGAA对胸深有显著影响(P<0.05)。朝鲜鹌鹑的A57G位点对体质量有显著影响(P<0.05),A72T位点对胸骨长和胫围有显著影响(P<0.05),组合基因型AGAA对体质量有显著影响(P<0.05),组合基因型AGAT对胫长和胸宽有显著影响(P<0.05)。因此,IGF-1R基因可以作为候选基因应用于蛋用鹌鹑体尺性状的分子标记辅助选择。     

静原鸡ELOVL5基因遗传多样性研究

为确定静原鸡ELOVL5基因遗传变异位点,探讨其遗传特性,本研究利用单链构象多态性分析(PCR-SSCP)及DNA测序技术对静原鸡ELOVL5基因进行多态性检测。结果表明,静原鸡ELOVL5基因exon2和exon5均无多态性;在intron2扩增片段上共检测到1个SNP位点(g.88620433+1683G>A),其表现为2种基因型(AA、AG)。其中AA为优势基因型,基因型频率为0.84,A为优势等位基因,基因频率为0.92。在248个静原鸡群体中未发现纯合GG型个体。群体遗传学分析表明,该位点纯合度较高(0.84),PIC为0.14(PIC<0.25),呈低度多态。卡方适合性检验结果表明,静原鸡ELOVL5基因intron2突变未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。综上,静原鸡ELOVL5基因intron2多态性较低,exon2和exon5未发生变异。     

鹌鹑ESR1基因的多态性与蛋品质的关联分析

为了探讨雌激素受体(ESR1)基因的多态性及其与鹌鹑蛋品质的关系,采用PCR-RFLP和直接测序法对中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑3个群体的ESR1基因与鹌鹑蛋品质性状进行关联分析。结果表明:鹌鹑ESR1基因外显子1、外显子4、外显子8在北京白羽鹌鹑、中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个群体中都检测到了CC、CT、TT三种基因型。外显子1在3个鹌鹑群体中均表现为CC基因型频率最高;外显子8在3个鹌鹑群体中均表现为TT基因型频率最高;外显子4在中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中TT基因型频率最高,分别为0.409、0.617,而北京白羽鹌鹑以CC基因型频率最高(0.667)。相关性分析结果显示,在3个检测群体中,外显子4的CC基因型和CT基因型的蛋黄高度和蛋黄指数显著高于TT基因型(P<0.05),TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05),CT基因型和TT基因型的蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。外显子8在蛋黄指数上,CC基因型显著高于CT基因型和TT基因型(P<0.05);CT基因型和TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型(P<0.05)。ESR1基因可以作为有价值的候选基因应用于蛋用鹌鹑的分子标记辅助选择。     

猪FTO基因多态性与肉质性状的关联分析

为了探究猪FTO基因多态性与肉质性状的关联性,试验通过限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)的BstuⅠ和TaiⅠ限制性内切酶技术分析了豫西黑猪和长白猪FTO基因第3外显子(c.594C>G)和第4内含子(g.276G>T)的遗传多样性,并将FTO基因的基因型与豫西黑猪背膘厚、pH₁、pH₂₄、滴水损失、肉色和大理石纹等肉质性状进行了关联分析。研究结果表明:FTO基因的c.594C>G位点和g.276G>T位点都具有中度多态性,经检验c.594C>G位点和g.276G>T位点的基因频率均符合χ²检验的Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。在c.594C>G位点上,豫西黑猪和长白猪都存在3种不同的基因型,分别为CC、CG和GG基因型,优势等位基因都为C等位基因,且两者C等位基因的频率分别为0.522 7和0.533 3,在肉色评分上,CG基因型和GG基因型个体显著高于CC基因型(P<0.05)。在g.276G>T位点上,豫西黑猪和长白猪都存在3种不同的基因型,分别为GG、GT和TT基因型,优势等位基因均为T等位基因(0.574 1,1.648 1)。结果表明,FTO基因的c.594C>G位点与豫西黑猪的肉质性状具有显著关联性,这在一定程度上说明了FTO基因可以为豫西黑猪肉质性状的遗传选择提供参考依据。     

绵羊生长激素基因第4外显子的多态性分析

采用PCR-SSCP技术检测包括蒙古羊、小尾寒羊、德国美利奴羊以及德美寒杂交一代在内的绵羊生长激素(GH)基因第4外显子的多态性.结果表明:在1188~1502 bp片段上,德国美利奴羊及杂交后代中,AA型个体占多数,而小尾寒羊则以BB型个体为主.对这个片段的纯合型(AA,BB)分别进行克隆测序发现:1188~1502 bp片段上,AA型在第1406位发生了T→C的突变.实验结果证实绵羊生长激素基因第4外显子存在序列多态性.