云南省烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因克隆及序列分析

以从云南省主要烟区烟草上分离到的烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus, TMV）和黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus, CMV）的RNA为模板,采用RT-PCR技术,对TMV云南分离物（TMV-YN）的外壳蛋白（Coat protein,CP）基因及3’端非编码区和CMV云南分离物（CMV-YNa）的CP基因进行了cDNA克隆和序列测定。结果表明,TMV-YN的cDNA全长684个碱基（EMBL登录号为AJ239099）,通过GenBank进行同源性比较发现：其5'端的480个碱基为CP基因,编码159个氨基酸;3'端的204个氨基酸为非编码区;此CP基因与TMV-U1株系和TMV韩国普通株系核苷酸同源性均为100%。CMV-YNa的CP基因全长657个碱基（EMBL登录号为AJ239098）,编码218个氨基酸;此CP基因与CMV亚组 I 的CMV-RB株系、CMV-117F株系和CMV-Y株系的核苷酸同源性分别为96%、93%和92%。     

南京小麦梭条花叶病毒RT—PCR的分子鉴定

采自江苏省南京市郊区的小麦病毒病样品提纯后 ,经SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳 ,结果表明 ,病毒外壳蛋白 (CP)为单一组分 ,相对分子质量为 36 5× 10 3 。经 1 2g·dL-1琼脂糖凝胶电泳检测 ,病毒核酸有两个组分 ,即RNA1和RNA2。根据AnbeSohn发表的小麦梭条花叶病毒RNA 13′端部分核苷梭序列 ,设计一对引物 ,以提纯样品的RNA1为模板 ,经RT PCR扩增出包含CP基因在内的 1 7kb的特异性目的片段 ,据此鉴定所采集的毒原为小麦梭条花叶病毒 (WSSMV)。     

黄瓜花叶病毒西番莲分离物RNA3 的cDNA全长克隆和序列分析

采用RT-PCR方法克隆了黄瓜花叶病毒西番莲致死分离物（CMV-PE）全长RNA3.经核苷酸序列测定，明确PE分离物 RNA3全长2216 nt，含有2个开放阅读框（ORF），其中5'端的ORF（121-963 nt）编码279 aa的3a蛋白，3'端ORF（1260-1916 nt ）编码218 aa的CP蛋白.5'端非编码区（NR）长120 nt,基因间隔区（IR）长296 nt，3'端NR区含301个碱基.PE分离物编码的3a蛋白中最明显的特征是在136-141位有一个独特的VWCLSS区域.将CMV-PE的RNA3的核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列与同属CMV亚组I的其它分离物进行比较，发现症状相似的CMV分离物的非编码区具有很高的序列同源性，说明非编码区序列与症状有关.     

广东省兰花建兰花叶病毒分子鉴定及其外壳蛋白基因序列分析

根据已报道的建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)基因组序列设计PCR引物,采集广东省顺德等地墨兰(Cymbidiumsinense,car．margicoloratum)和文心兰(Oncidium sp．)表现病毒病症状的兰株,抽提病叶组织总RNA,经RT-PCR反应在约70％的样品中获得预期大小的DNA扩增产物,并对其中来自不同品种的3个扩增产物进行克隆和序列分析。结果表明所获得的核苷酸序列与世界各地已报道的CyMV外壳蛋白(CP)基因序列高度同源,据此将RT-PCR反应呈阳性的病样病原鉴定为CyMV。通过对CyMVCP基因序列进行进化树分析,表明CyMV的多样性可能起因于其广泛的地理分布,而不是起因于寄主多样性。     

基于外壳蛋白核酸序列的中国黄瓜绿斑驳花叶病毒分离物起源分析

以直接从中国进口源性葫芦种子中提取的总RNA为模板,经RT-PCR扩增获得种子上携带的黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)的外壳蛋白(CP)基因(LHP,Liaoning cucurbits seed protein ),将其克隆到pMD18-T载体上进行序列测定.结果表明该CP基因(GenBank登陆号:DQ997778)由483个核苷酸组成,编码161个氨基酸.对包括该分离物在内的19个CP基因核苷酸序列进行同源性比较和系统进化树构建,并结合寄主来源及地域来源进行LHP的起源分析,结果表明黄瓜绿斑驳花叶病毒不同分离物的序列分群和进化关系与上述两个因素无明显关系.     

黄瓜花叶病毒辣椒分离物侵染性克隆构建

 【目的】鉴定引起辣椒产生褪绿黄化症状的病原物,构建侵染性克隆。【方法】大田辣椒样品通过ELISA检测,结合病毒外壳蛋白SDS-PAGE及病毒RNA分析,初步确定辣椒中病原物为黄瓜花叶病毒（CMV）Phy株系。以辣椒病毒粒子RNA为模板,采用含T7启动子的不同正向引物通过RT-PCR扩增CMV-Phy全长基因组RNA1、RNA2和RNA3。PCR产物经过双酶切后连接到pUC118载体,并分别比较5种（DH5α、HB101、JM109、LE392和NM522）感受态细胞的转化效率。体外转录CMV-Phy的基因组cDNA克隆（pUC-P1、pUC-P2和pUC-P3）成RNA分子（P1P2P3）,分析其转录效率和侵染活性。P1P2P3与CMV的卫星RNA进行假重组,进一步确定CMV-Phy侵染性克隆的成功构建。【结果】引起辣椒产生褪绿黄化症状病原物为CMV,携带卫星RNA;心叶烟接种辣椒病毒粒子后同样产生褪绿黄化症状。HB101感受态细胞最适合CMV-Phy基因组转化。CMV-Phy基因组及其卫星RNA的大小如下：RNA1为3 356 nt、RNA2为3 048 nt和RNA3为2 220 nt,卫星RNA Pz-satRNA为384 nt（序列登陆号分别为：DQ402477,DQ412731 ,DQ412732 EF363688）。CMV-Phy的cDNA克隆体外转录在5′端添加G有利于提高转录效率,但影响其侵染活性;P1P2P3在苋色藜和心叶烟产生的症状与其病毒粒子产生的症状相一致。除了Pz-satRNA,P1P2P3还能作为T1-satRNA、Rs-satRNA和Tsh-satRNA辅助病毒;T1-satRNA可加重CMV-Phy在心叶烟症状反应,而其它3个卫星RNA则对此起减弱作用。【结论】以病毒粒子RNA为模板,采用touch-up PCR扩增参数在1个反应管中同时获得CMV-Phy基因组RNA1、RNA2和RNA3;CMV-Phy RNA1、RNA2和RNA3的5′端添加1个G最有利于侵染性克隆构建。     

黄瓜花叶病毒M株系全序列测定

在定向克隆和序列分析试验中,白肋烟(Nicotiana tabacumcv.white Burley)为繁殖寄主,根据美国NCBI核酸数据库中CMV基因组RNA1,RNA2和RNA3基因序列,共设计3对特异性引物。对3对特异性引物进行PCR扩增,分别得到3.3 kb的RNA1、3.0 kb的RNA2和2.2 kb的RNA3 PCR扩增产物。M-CMV基因组cDNA经过序列测定,3条链的长度分别为:M-CMVRNA1全长3 361 bp,分子量为111 kDa的1a蛋白;RNA2全长3 037 bp,含有两个分子量为96.7 kDa的2a蛋白和分子量为13.1 kDa的2b蛋白;RNA3全长2 215 bp,分别编码分子量为30.5 kDa的3a蛋白和分子量为24 kDa的外壳蛋白(cp)。这是继国内CMV-CD、CMV-CA全序列报道之后的首次M-CMV全序列分析,为以后采用基因突变、置换方法观察寄主的症状变化做了前期工作。     

Effect of cocksfoot mottle virus defective RNA on accumulation of virus capsid protein in wheat plants

The functional role of defective cocksfoot mottle virus RNA in regulating the expression of the viral genome was investigated for testing the hypothesis of its possible participation in transactivation of the synthesis of subgenomic RNA encoding the virus coat protein gene.     

三种非持久性病毒蚜虫传播专化性研究

选用桃蚜和棉蚜与烟草蚀纹病毒（ＴＥＶ）、西瓜花叶病毒２号（ＷＭＭＶ－２）、黄瓜花叶病毒蚜传株系（Ｔ－ＣＭＶ）及非蚜传株系（ＮＴ－ＣＭＶ）组合进行传毒试验。     

侵染南瓜的小西葫芦黄化花叶病毒的分离与鉴定

1999年秋在杭州一株表现典型黄化花叶的南瓜(Cucuribita moschata)上分离获得一株线状病毒HZ00s1.该病毒分离物在葫芦科作物(Cucuribitaceae)上引起系统症状.经寄主反应测定、病毒形态学和寄主组织病变观察, 初步确定该病毒为小西葫芦黄化花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV).对ZYMV杭州分离物(HZ00s1)的外壳蛋白序列及3 端非编码区进行了克隆及序列测定,并与ZYMV Conneticut分离物、Florida分离物、California分离物以及WMV2 Tonga分离物进行了同源性分析.结果显示:HZ00s1分离物与其它3种ZYMV分离物CP基因核酸序列同源性为93%～94%,而与WMV2 Tonga分离物的同源性仅为67%,来自美国的3种ZYMV分离物之间的同源性高达95%～99%.HZ00s1分离物与其它3个ZYMV分离物CP氨基酸序列同源性在95%～98%之间.因此确定在杭州地区葫芦科作物上有ZYMV的发生.     

基于多重RT-PCR技术检测新疆甜瓜主栽区3种病毒病及其分布

采用同源克隆的方法,从新疆感染病毒病的甜瓜中克隆获得WMV、CMV、ZYMV 3种病毒CP蛋白基因的部分片段。并基于单重RT-PCR扩增条件,采用单因素分析法,优化所获得多重RT-PCR的反应体系,利用多重PT-PCR体系对48份供试样品检测。结果表明,多重RT-PCR的检测结果与单重RT-PCR结果一致,说明构建的多重RT-PCR体系具有一定准确性和稳定性,可以用于WMV、CMV、ZYMV 3种病毒的快速检测、病源鉴定、阳性筛选等研究。通过分析甜瓜主要种植区病毒病的多重RT-PCR检测结果,初步得出新疆甜瓜主栽区3种病毒的分布现状与侵染形式,从而为病毒病的防治工作提供依据,以期对新疆瓜果生产中病毒防治,田间检测,流行病学调查以及抗病毒病甜瓜育种等研究提供相应的理论基础与依据。     

用农杆菌介导将WCMV基因导入白三叶的研究

以白三叶Trifolium repens L.吸胀种子的子叶为转化体,用农杆菌介导将外源的白三叶花叶病毒外壳蛋白基因WCMV转入白三叶,经过筛选、分化和再生,得到了具有卡拉霉素抗性的转基因植株.对这些植株进行PCR、Southern 和Northern分析,结果表明,外源目的基因已经整合到白三叶基因组中并且得到了表达.     

Sindbis virus: an efficient, broad host range vector for gene expression in animal cells

Sindbis virus, an enveloped virus with a single-stranded RNA genome, was engineered to express a bacterial protein, chloramphenicol acetyltransferase (CAT), in cultured insect, avian, and mammalian cells. The vectors were self-replicating and gene expression was efficient and rapid; up to 10(8) CAT polypeptides were produced per infected cell in 16 to 20 hours. CAT expression could be made temperature-sensitive by means of a derivative that incorporated a temperature-sensitive mutation in viral RNA synthesis. Vector genomic RNAs were packaged into infectious particles when Sindbis helper virus was used to supply virion structural proteins. The vector RNAs were stable to at least seven cycles of infection. The expression of CAT increased about 10(3)-fold, despite a 10(15)-fold dilution during the passaging. Sindbis virus vectors should prove useful for expressing large quantities of gene products in a variety of animal cells.     

Identification of virus-encoded microRNAs

RNA silencing processes are guided by small RNAs that are derived from double-stranded RNA. To probe for function of RNA silencing during infection of human cells by a DNA virus, we recorded the small RNA profile of cells infected by Epstein-Barr virus (EBV). We show that EBV expresses several microRNA (miRNA) genes. Given that miRNAs function in RNA silencing pathways either by targeting messenger RNAs for degradation or by repressing translation, we identified viral regulators of host and/or viral gene expression.     

小麦黄花叶病毒编码VPg蛋白N端结构是VPg与核仁蛋白Fibrillarin互作区域

小麦黄花叶病毒（Wheat yellow mosaic virus,WYMV）属于马铃薯Y病毒科大麦黄花叶病毒属成员,其基因组是由两条正义单链RNA组成,共编码10个蛋白。其中,VPg（Viral protein genome\|linked）作为病毒末端结合蛋白,与病毒基因组RNA 5’端共价连接。利用软件分析WYMV VPg蛋白氨基酸序列发现其N端具有核定位信号（NLS）序列,C端具有核输出信号（NES）序列。通过激光共聚焦显微镜观察VPg与GFP融合蛋白在烟草细胞中的表达情况发现,GFP\|VPg主要定位于细胞核中。利用eYFP（n）标记核仁结构蛋白Fibrillarin与VPg进行双分子荧光互补实验发现,VPg与Fibrillarin互作且定位于细胞核中。根据VPg结构特点构建一系列缺失突变体与Fibrillarin的互作实验验证了它们之间的互作区域发生在N端NLS区域。     

黄瓜花叶病毒亚组研究进展

综述了黄瓜花叶病毒（ＣＭＶ）亚组研究的进展．根据寄主反应、血清学关系、病毒外壳蛋白肽链图谱分析、ｄｓＲＮＡ分析、核酸杂交、ＲＴ－ＰＣＲ产物酶解分析及核酸序列分析等方法,可将现有ＣＭＶ株系或分离物区分成２个亚组,尤其是利用单克隆抗体、核酸杂交、ＰＣＲ及核酸序列分析,能准确地将不同亚组的分离物区分开．从已知序列的ＣＭＶ株系分析,不同亚组株系的核苷酸序列同源率各ＲＮＡ组分仅为５８％～７５％,同亚组株系的核苷酸序列同源率则达８６％～１００％．将ＣＭＶ株系或分离物区分成２个亚组反映了它们之间的进化关系．文章最后就我国ＣＭＶ亚组的研究提出看法和建议     

双重RT-PCR同时检测兰花两种主要病毒的研究

以利用Trizol试剂盒提取的蝴蝶兰组培苗叶片总RNA为模板,根据已报道的建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)和齿兰环斑病毒(Odontoglussm ringspot virus,ORSV)外壳蛋白基因(cp)的保守序列设计特异性引物,探索RT-PCR反应条件,建立了可同时检测CyMV和ORSV的双重RT-PCR体系。     

A continuous cell-free translation system capable of producing polypeptides in high yield

A cell-free translation system has been constructed that uses a continuous flow of the feeding buffer [including amino acids, adenosine triphosphate (ATP), and guanosine triphosphate (GTP)] through the reaction mixture and a continuous removal of a polypeptide product. Both prokaryotic (Escherichia coli) and eukaryotic (wheat embryos, Triticum sp.) versions of the system have been tested. In both cases the system has proven active for long times, synthesizing polypeptides at a high constant rate for tens of hours. With the use of MS2 phage RNA or brome mosaic virus RNA 4 as templates, 100 copies of viral coat proteins per RNA were synthesized for 20 hours in the prokaryotic or eukaryotic system, respectively. With synthetic calcitonin messenger RNA, 150 to 300 copies of calcitonin polypeptide were produced per messenger RNA in both types of continuous translation systems for 40 hours.     

侵染萝卜的油菜花叶病毒广东分离物分子特征及其致病性分析

【目的】病毒病是萝卜（Raphanus sativus）生产上的主要病害之一,严重危害萝卜生产安全及产业发展。本研究旨在鉴定侵染广东萝卜的病毒种类,探究侵染萝卜的油菜花叶病毒（youcai mosaic virus,YoMV）分子特征及致病性,为萝卜病毒病的防控提供科学依据。【方法】从广东省惠州市萝卜种植基地采集了3个疑似病毒病侵染的萝卜病样及1个无症状样品,提取样品总RNA,利用小RNA深度测序初步探明病毒种类,然后根据测序结果设计病毒特异引物进行RT-PCR验证。应用分段克隆方法扩增病原病毒YoMV基因组1—3 405 nt片段和3 194—6 304 nt片段,然后通过同源重组克隆到pCB301双元载体上,得到YoMV-GD分离物基因组全长序列,同时构建该病毒分离物的侵染性克隆。利用MEGA7软件对YoMV-GD及其他分离物全长核苷酸序列进行系统进化分析。通过侵染性克隆人工注射接种本生烟和普通烟,检验pCB301-YoMV-GD的侵染性,然后再注射接种萝卜和菜心,测定YoMV-GD分离物的致病性。【结果】侵染广东萝卜的病毒包含萝卜隐状病毒3（Raphanus sativus cryptic virus 3,RsCV3）、萝卜黄病毒1（Raphanus sativus chrysovirus 1,RasCV1）、芜菁花叶病毒（turnip mosaic virus,TuMV）、YoMV 4种;YoMV-GD分离物全长序列为6 304 nt,编码4个蛋白,分别为124.7 kD复制相关蛋白、183 kD复制酶、30 kD运动蛋白MP、17.7 kD外壳蛋白CP,与YoMV英国分离物（GenBank登录号：AY318866）核苷酸相似性最高,为99.18%;YoMV-GD分离物与英国、德国及我国上海、重庆分离物的亲缘关系较近;构建的侵染性克隆pCB301-YoMV-GD可以系统侵染本生烟和普通烟,引起严重的坏死、枯斑等症状,具有较强的侵染性;YoMV-GD可以系统侵染萝卜和菜心,引起轻微的黄化和花叶等症状,致病力较弱。【结论】侵染广东萝卜的病毒包含RsCV3、RasCV1、TuMV和YoMV,且以复合侵染形式存在;YoMV遗传进化并没有明显的地域性;YoMV-GD对烟草致病力较强,而对萝卜和菜心致病力较弱。