雄黄连木遗传多样性

选取雄黄连木(Pistacia chinensis Bunge)为研究材料,利用10对扩增片段长度多态性(AFLP)引物对来自河南省的6个不同种群总计136份雄黄连木个体进行遗传多样性分析,从不同层次揭示其变异规律以及为后期黄连木雌雄鉴定和合理利用提供理论依据。结果表明,物种水平上,Shannon信息指数Ⅰ(0.49)和基因多样性指数(0.33)均反映出雄黄连木种群具有中等遗传多样性水平。分子方差分析(AMOVA)结果表明,雄黄连木种群内的遗传变异占93.35%,种群间的变异占6.65%,二者都说明该地区黄连木的遗传变异主要发生在种群内部。6个黄连木群体间的遗传距离范围在0.035 3～0.149 5之间,遗传相似性的范围在0.861 1～0.965 3之间,基因流N_m为2.612 6,说明黄连木不同群体间相似程度较高,遗传分化较低,基因交流较充分。     

陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性SSR分析

 【目的】甘肃陇南地区是小麦条锈菌最主要和最大的越夏区,本研究的目的是分析该地区的小麦条锈菌自然群体的遗传结构,探索其分子遗传变异规律。【方法】采用TP-M13-SSR 荧光标记技术,对甘肃省陇南地区8个种群409个小麦条锈菌分离株基因组DNA进行SSR标记分析。【结果】陇南地区小麦条锈菌的观察等位基因数（Na）为1.95,有效等位基因数目（Ne）为1.43,Nei's (1973)基因多样性指数（H）为0.27,Shannon 信息指数(I)为0.41。武都、文县和秦城种群遗传多样性较高,徽县、成县和西和种群相对较低。AMOVA分析结果表明,小麦条锈菌群体间和群体内都存在着一定的遗传分化,群体间的遗传变异占总变异的12.5%,群体内遗传变异占87.5%。地区间的基因流Nm =1.83。【结论】陇南地区小麦条锈菌群体遗传多样性很丰富,但地区之间有一定的差异;群体遗传变异主要存在于群体内部,不同地区间存在基因的交流和病原菌的移动。     

基于微卫星标记的拟鲤遗传多样性及群体遗传结构分析

利用16对多态性微卫星标记对新疆额尔齐斯河干流北湾河段、支流哈巴河以及乌伦古湖拟鲤(Rutilus rutilus)3个地理群体的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,16个微卫星位点的平均多态信息含量PIC、期望杂合度He和等位基因数AN分别为0.902 9、0.916 8和18.937 5,遗传参数均反映出3个群体较高的遗传多样性水平。乌伦古湖群体的遗传多样性水平略低于哈巴河和北湾群体。主成分分析表明,影响乌伦古湖群体与哈巴河和北湾群体间遗传多样性差异的主要因素可能为盐度。遗传分化指数和UPGMA聚类分析显示3个群体间均未发生种群遗传分化。分子变异分析(AMOVA)显示个体间的变异贡献率为88.47%,仅少部分变异来源于群体间(1.83%),表明拟鲤3个群体间的遗传变异水平较低。     

达氏鲌不同地理种群线粒体COⅠ基因 遗传多态性的研究

采用线粒体COⅠ基因序列对我国长江中下游达氏鲌天然种群的遗传变异进行研究。结果表明,达氏鲌不同自然种群的遗传变异程度较低,基因多态性为0.412 3,核苷酸多态性为0.001 1。各群体间特有单倍型较少,多数个体分布于共享单倍型中。分子变异分析(AMOVA)表明,达氏鲌野生群体间具有明显的遗传分化,群体间的变异为33.09%,丹江口种群解释了群体间该遗传变异组成的71.47%,其余的达氏鲌群体间无明显分化,种群间存在一定的基因流动。达氏鲌自然种群的遗传组成可能与不同群体所处的地理位置有关,水系间的相互连通,不同地理种群间存在基因交流,可能减弱了由地理距离产生的种群间的遗传差异。     

云杉现有天然林的遗传分化和种源区划分

在全分布区现存云杉(picea asperata)天然林资源和表型多样性调查的基础上,分层抽取10个群 体,每群体30个个体,同步进行表型和同工酶两水平遗传多样性研究,并利用方差分析、多重比较、相关分析和聚 类分析对17个表型性状进行了统计。结果表明,云杉种内表型变异丰富,群体间和群体内的遗传变异分别占30％ 和70％左右,群体间的变异主要呈纬度为主的梯度变异;同工酶变异的群体遗传学参数表明,云杉群体间的变异占 总变异的31．78％,群体间的分化大,群体间的遗传距离与地理距离无显著相关关系(P=0．106>0．05)。依据天然 群体表型、同工酶水平遗传分化和聚类分析,并结合天然群体地理生态因子的聚类分析,可将现有云杉天然群体分 为3个种源区和5个亚区。     

新疆亚洲玉米螟不同地理种群遗传多样性的研究

为评估新疆亚洲玉米螟(Ostrinia furnacalis)不同地理种群的遗传多样性和遗传分化水平,利用6对微卫星引物对新疆伽师县、拜城县、昌吉三平农场、哈密市和伊宁县等5个区域的亚洲玉米螟种群进行遗传多样性分析。在6个位点获得133个等位基因,各位点平均等位基因数为5.666个,各种群的等位基因数在(A)25～30,平均多态信息含量(PIC)为0.523 0,平均期望杂合度(He)为0.411 5～0.735 2,平均观测杂合度(Ho)为0.414 8～0.527 8。Fst值为0.033 8～0.219 1,整体存在较高的遗传分化。分子方差分析(AMOVA检验)结果显示,群体遗传变异中,种群间的变异占11%,种群内个体的变异占22%,个体内的变异占67%。结果表明,新疆地区亚洲玉米螟种群的遗传多样性较高,种群间存在明显的遗传分化现象,其中伊宁群体遗传多样性最丰富,与其他种群的遗传差异较大。     

云南澜沧江上游短尾高原鳅遗传多样性分析

通过线粒体D-loop控制区全序列分析澜沧江上游表村(BC)、叶枝(YZ)、里底(LD)以及乌弄龙(WNL)等4个群体,共计77尾短尾高原鳅的遗传多样性,为澜沧江上游短尾高原鳅的遗传多样性现状与种质资源保护提供相关实验数据。结果表明:在921 bp的D-loop控制区序列中,共发现变异位点22个,其中,单一变异位点8个,简约变异位点14个,定义单倍型21个;澜沧江上游短尾高原鳅群体单倍型多样性指数(H_d)为0.837~0.942,核酸多样性指数(π)为0.005 16~0.005 72;里底群体单倍型多样性最高,表村群体最低,且各群体呈现出"高H_d低π"遗传多样性模式。分子方差分析(AMOVA)结果表明:短尾高原鳅遗传差异主要来自于群体内部(97.91%),2.09%遗传变异来自于群体之间;各群体之间不存在遗传分化(F_st=-0.021 3,P=0.805);表村和里底群体间遗传距离最远(0.005 67),叶枝和乌弄龙群体遗传距离最近(0.005 11);核酸中性检测结果均不显著(Tajima’s D=0.624,P=0.737;Fu’s F_s=-0.669,P=0.377),核酸错配未呈"泊松"单峰分布均表明澜沧江上游短尾高原鳅近期未经历过种群扩张事件。澜沧江上游短尾高原鳅遗传多样性较为丰富,群体间遗传分化程度较低。     

濒危植物珙桐种群遗传多样性分析

采用ISSR分子标记技术,对珙桐6个种群和光叶珙桐1个种群共117份样品进行遗传多样性分析.结果表明:用12条引物对117份样品进行扩增,共检测扩增位点199个,其中多态性位点177个.在物种水平上,多态性位点百分率(PPL)为88.94%,Neis基因多样性(H)为0.278 4,shannon信息指数(I)为0.418 7.种群水平的多态性相对较低,多态百分率在35.18%~48.74%之间,Neis基因多样性(H)为0.126 0~0.179 5,shannon信息指数(I)为0.188 1~0.265 1.基于Neis遗传多样性分析得出的种群间遗传分化系数(Gst)为0.474 5,表明有47.45%的遗传变异存在于种群间,而种群内的遗传变异占总变异的52.55%,种群间基因流(Nm)为0.553 7.Mantel检测显示,种群间的遗传距离和地理距离之间不存在显著的相关性.     

基于线粒体控制区部分序列的大青鲨种群遗传结构研究

基于线粒体DNA ( mtDNA)控制区部分序列对采集自太平洋、大西洋、印度洋的5个大青鲨Prion-ace glauca群体165尾成鱼样本进行遗传多样性与遗传结构分析。结果表明：165尾大青鲨的mtDNA控制区片段长为694 bp,共得到110个变异位点,定义了145个单倍型,碱基组成中A为33.46%, T为36.40%, C为18.61%, G为11.53%, G+C含量为30.14%;单倍型多样性指数( Hd )在各个采样点都较高,平均值为0.9973±0.0014,核苷酸多样性指数(π)为0.01510±0.00091,这表明大青鲨群体的遗传多样性水平很高,遗传资源丰富;分子方差分析表明,99.28%的遗传变异出现在种群内,0.72%的遗传变异来自于种群间;采用邻接法构建的系统发育树表明,5个群体间未形成显著的遗传结构,群体间的高基因交流值( Nm )和低遗传分化指数( Fst )揭示了三大洋的大青鲨群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

红松种子园优良无性系的遗传多样性

以红松种子中胚乳DNA为材料,利用ISSR分子标记技术,以露水河天然红松群体为对照,对露水河种子园内所选育的红松优良无性系的遗传多样性和遗传分化进行了研究。结果表明:种子园无性系的遗传多样性和天然群体十分接近,遗传变异主要来自群体内部。由此可知,种子园不会由于群体数量有限而导致遗传多样性较天然种群低,而且种子园无性系生产的种子(即其子代)的遗传结构应与所分析的亲代的遗传结构相似,可以保持这样的多样性。     

利用RAPD-PCR与ISSR-PCR标记技术分析长江口刀鲚的群体遗传结构

利用RAPD-PCR及ISSR-PCR两种分子标记技术对长江出海口两年3个群体的52条刀鲚（Goiliaectenes）进行群体遗传结构的分析。在3个群体中，利用RAPD-PCR标记技术，15个10bp随机引物共检测到110条带，多态性为0．490～0．657，Shannon多样性指数为18．63～22．38，Nei平均遗传距离为0．1195～0．1454；而利用11个ISSR引物所获得的相应结果分别为67、0．576～0．682、11．56～13．66以及0．117～0．147。相关性分析表明这两种技术所获得的上述数据呈正相关（r=0．95，P〈0．05）。AMOVA结果显示，3个群体按采集时间划分成的两年之间的遗传变异不超过总变异的1．1％，同一年内群体间的遗传变异也分别只占总变异的6．99％（RAPD）和2．75％（ISSR-PCR），群体内各个体之间的遗传变异占总变异的96％（P〈0．0001），说明两年内所采集的3个群体之间基本上没有产生遗传分化。基于样品之间的Nei遗传距离所构建的Neighborjohing聚类图也清楚地显示出没有按采样的时间产生群体的遗传分化。对各样品之间的Nei遗传距离及Neighbor-joining聚类图分别经Mantel检测及支序分析，发现ISSR-PCR技术所获得的结果与RAPD-PCR技术的结果不存在明显的正相关，但ISSR-PCR标记技术具有在待测样品中能检测到高多态性等优点。     

利用RAPD-PCR与ISSR-PCR标记技术分析长江口刀鲚的群体遗传结构

利用RAPD-PCR及ISSR-PCR两种分子标记技术对长江出海口两年3个群体的52条刀鲚（Goiliaectenes）进行群体遗传结构的分析。在3个群体中，利用RAPD-PCR标记技术，15个10bp随机引物共检测到110条带，多态性为0．490～0．657，Shannon多样性指数为18．63～22．38，Nei平均遗传距离为0．1195～0．1454；而利用11个ISSR引物所获得的相应结果分别为67、0．576～0．682、11．56～13．66以及0．117～0．147。相关性分析表明这两种技术所获得的上述数据呈正相关（r=0．95，P〈0．05）。AMOVA结果显示，3个群体按采集时间划分成的两年之间的遗传变异不超过总变异的1．1％，同一年内群体间的遗传变异也分别只占总变异的6．99％（RAPD）和2．75％（ISSR-PCR），群体内各个体之间的遗传变异占总变异的96％（P〈0．0001），说明两年内所采集的3个群体之间基本上没有产生遗传分化。基于样品之间的Nei遗传距离所构建的Neighborjohing聚类图也清楚地显示出没有按采样的时间产生群体的遗传分化。对各样品之间的Nei遗传距离及Neighbor-joining聚类图分别经Mantel检测及支序分析，发现ISSR-PCR技术所获得的结果与RAPD-PCR技术的结果不存在明显的正相关，但ISSR-PCR标记技术具有在待测样品中能检测到高多态性等优点。     

福建野生蕉(Musa spp.,AB Group)3个自然居群遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记技术对福建野生蕉3个自然居群(福州市闽侯十八重溪野生蕉—居群1,三明市尤溪野生蕉—居群2,福州市闽侯三叠井国家森林公园野生蕉—居群3,)共85个个体进行遗传多样性和聚类分析.结果表明:13条随机引物共扩增出194条清晰且重复性较好的条带,其中多态性条带155条,3个群体的多态性位点比率为48.53%、57.53%、66.88%;有效等位基因数分别为1.1291±0.2705、1.2218±0.3284、1.2176±0.3239;Nei's基因多样指数分别为0.0782±0.1533、0.1337±0.1811、0.1318±0.2025;Shannon's信息指数分别为0.1199±0.2250、0.1795±0.2626、0.2051±0.2608.3个居群间总的有效等位基因数为1.4499,Nei's基因多样指数为0.1904,Shannon's信息指数为0.2628,居群间的基因分化系数Gst为0.5635,说明3个居群均具有较高的遗传多样性和基因分化系数.58.72%的遗传变异来源于种群间,41.28%的遗传变异来源于种群内.Nei's遗传距离聚类表明,居群1和居群3先聚在一起,然后和居群2聚在一起.     

蜡梅天然群体的表型多样性研究

[目的]报道蜡梅野生群体的叶子与种子的表型多样性。[方法]以蜡梅的5个天然群体为试材,对7个表型性状进行表型多样性分析。[结果]蜡梅表型性状在群体间和群体内均存在极其丰富的变异,7个性状在群体内的F值为6.612~102.148,果长、种宽在群体间达到显著差异,种长达到极显著差异;平均表型分化系数29.57,群体内变异70.43%,大于群体间变异29.57%,说明群体内变异是蜡梅的主要变异来源。叶长、叶宽、千粒重与纬度,种宽与年均气温呈显著负相关,其他性状和地理生态因子的相关性均不显著。利用Dist平均分类距离系数进行的UPGMA聚类分析显示群体间的遗传距离与群体的地理距离关系一致。[结论]蜡梅的表型变异极其丰富;蜡梅的分布与表型性状呈多样性变异。     

小叶锦鸡儿天然居群形态学性状遗传多样性分析

对内蒙古中部地区的7个小叶锦鸡儿(Caragana microphylla Lam.)天然居群共207个植株进行了形态学性状测量分析.结果表明,小叶锦鸡儿在形态学上具有丰富的遗传多样性(H'=2.129 6).在遗传多样性分布上,居群间存在一定程度的遗传变异,为16.3%,但主要集中在居群内部.为83.7%,是小叶锦鸡儿形态变异的主要来源;小叶锦鸡儿各个居群遗传多样性程度不同.依次为西乌旗居群(H'=1.8442)＞正镶白旗居群(H'=1.828 5)＞四子王旗居群(H'=1.801 9)＞察哈尔右翼后旗居群(H'=1.7911)＞镶黄旗居群(H'=1.763 1)＞化德居群(H'=1.725 0)＞多伦居群(H'=1.723 6);将多样性指数与遗传丰富度权衡比较,能够较好地衡量小叶锦鸡儿的遗传变异状况;同时提出了小叶锦鸡儿的保护措施,以期为北方生态环境建设和畜牧业发展提供理论基础.     

基于SRAP分子标记的流苏树天然群体遗传多样性研究

  目的  揭示我国不同地区流苏树（Chionanthus retusus）天然群体的遗传多样性,更好地为合理保护和开发利用提供科学依据。  方法  采用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记技术对不同地区的7个流苏树天然群体的62份样品进行了遗传多样性和群体遗传结构研究。  结果  （1）7个流苏树天然群体具有较高的遗传多样性,8对SRAP引物共扩增出1 728条清晰条带,其中1 649条具有多态性,PPB（多态性条带比例）为95.43%;群体间的有效等位基因数为 1.213 7,Nei’s基因多样性指数为 0.153 7,Shannon’s信息多样性指数为0.268 0。（2）流苏树天然群体存在较高水平的种群内遗传变异和较低水平的群体间遗传变异（Gst = 0.133 6）,7个流苏树天然群体间存在较高水平的基因交流（Nm = 3.243 7）。（3）流苏树群体间的遗传相似系数介于0.898 0 ~ 0.973 6之间,平均值为0.934 4,经Mantel检验（r = 0.288,P = 0.205）及群体间的聚类证明群体间的遗传距离与地理距离之间无明显相关性;62份流苏树初级种质聚类结果表明大部分种质表现为同一群体的多数个体聚在一起,部分种质存在不同群体间的个体聚在一起的现象,表现出群体间遗传变异相对稳定而种群内的遗传变异水平相对较高的特点,与基因多样性分析结果一致。  结论  综合多因素分析推测,太行山地区可能是我国流苏树种质资源的主要产区。      

Morphological and ISSR molecular markers reveal genetic diversity of wild hawthorns(Crataegus songorica K.Koch.) in Xinjiang,China

The wild hawthorn species,Crataegus songorica K.Koch.,is an important wild germplasm resource in Xinjiang,China that has been endangered in recent years.The genetic diversity of C.songorica K.Koch.germplasm in five populations from Daxigou,Xinjiang,China were evaluated based on phenotypic traits and ISSR molecular markers to provide basic information on resource protection,rational utilization and genetic improvement.The F-value for the phenotypic differentiation coefficient of the 33 traits measured ranged from 0.266 to 15.128,and mean value was 13.85%.The variation among populations was found to be lower than that within population.A total of 303 loci were detected within the five populations by 12 primers.Within 298 polymorphic loci,the polymorphism was 98.35%,showing a high genetic diversity in C.songorica K.Koch.The gene diversity within population,total population genetic diversity,genetic differentiation coefficient and gene flow were 0.2779,0.3235,0.1408,and 3.0511,respectively.Our results showed that C.songorica K.Koch.from Xinjiang has a high level of genetic diversity at both the phenotypic and molecular levels.Significant genetic differentiation existed within population and the differentiation trend showed a regional association.And in this study,in situ and ex situ conservation approaches were raised for wild hawthorn protection utilization.     

垂枝杉种质资源的RAPD鉴定及遗传多样性研究

利用RAPD标记对垂枝杉种质资源进行了遗传多样性分析，并与杉木其它类型作对照，对其进行鉴定。结果表明：垂枝杉群体具有较高的遗传多样性，群体间变异占总变异的15．6％；3个垂枝杉群体遗传相似度高，与其它杉木类型的遗传相似度低；垂枝杉具有稳定的遗传性和一致的表现型。从分析结果可以得出垂枝杉是杉木的一个自然变异类型。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区的野生与养殖小黄鱼群体遗传多样性

为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629～635 bp, A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(H_d>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和A...     

生姜种质遗传多样性和亲缘关系的SRAP分析

【目的】生姜为无性繁殖作物,千百年来,在经历气候变迁、自然选择和人工选择过程中,其生物学性状呈现出多方面变异,造就了许多地方品种。因此,研究生姜种质资源的遗传多样性及亲缘关系,对生姜资源进行科学分类,为生姜种质的收集、保护和创新利用提供理论依据。【方法】采用CTAB法提取生姜幼叶基因组DNA,利用SRAP（相关序列扩增多态性,sequence-related amplified polymorphism）分子标记技术,对来源于世界不同地区的51份生姜种质的基因组DNA进行多态性扩增,PCR产物采用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,采用银染法显色。根据电泳结果得到“0,1”矩阵,利用POPGENE version1.32软件计算每对引物的多态性位点数、多态性位点百分率,以及有效等位基因数Ne、Nei’s遗传相似系数（GS）、遗传距离（GD）、Nei’s遗传多样性指数、Shannon信息指数等指标,并采用NTSYS version2.10e软件进行种质间的UPGMA（非加权组平均法,unweighted pair-group method）聚类分析和基于Nei’s遗传距离的组群间的聚类分析,对生姜资源进行分类;同时,根据不同生态区之间生姜种质资源的遗传多样性和亲缘关系,结合植物起源中心相关特性及历史记载,探讨生姜的起源与传播。【结果】筛选出的15对引物共扩增出305条带,其中188条为多态性条带,多态性比率为61.68%,平均每对引物扩增出20.33个位点和12.53个多态性位点,说明生姜的遗传变异较为广泛。51份生姜种质的Nei’s遗传多样性指数、Shannon信息指数平均值分别为0.3689、0.5510,据此可将生姜种质分为3个大类、9个亚类,分析比较发现,每一类的生姜多来源于相同或相近区域。进一步研究表明,7个不同地理来源群体的Shannon信息指数范围是0.2901-0.4807,在遗传相似系数为0.9时,可将7个群体分为4类,华北群体、非洲群体各为一类,东南亚群体与日韩群体为一类,东南沿海群体、西南高原群体、华中群体为一类。【结论】品种间基于Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数的分析表明,生姜虽为无性繁殖作物,但其遗传多样性较为丰富;根据遗传相似系数的UPGMA聚类分析结果,生姜种质资源的遗传多样性受地理来源影响较大;群体间遗传多样性分析表明,中国国内群体的遗传多样性高于国外群体,尤其华北群体与其他群体的遗传距离较远,且其栽培历史悠久,可以判定中国华北地区是生姜的次生起源地;而鉴于非洲群体的遗传多样性指数较高,与其他群体的遗传距离较远,且空间分布距中心位置较近,又有野生种存在,据此推断非洲可能是除东南亚之外的另一生姜原生起源地。