基于POA有向无环图及隐马尔科夫模型的优化PHMM算法

随着基因组计划的实施,大量的基因组数据被测序,如何从海量数据中提取出有用的生物学信息,成为生物信息学研究中的重点。序列比对是生物信息学研究的基本方法和主要手段,目前已经有很多比对算法,但如何提高算法敏感性及准确性,仍旧是一个难题。基于这种情况,本文基于POA有向无环图算法及隐马尔科夫模型,创新性的提出一种新的算法PHMM算法,这种算法打破传统的线性序列比对,采用了一种基于图论的渐进比对算法,对参数选择具有一定先进性。     

新城疫病毒SD强毒株全长cDNA克隆的构建及序列分析

将新城疫病毒SD强毒株的全基因组cDNA序列进行分段扩增,并将各个片段通过In-Fusion技术连于克隆载体pBR322上,获得了SD毒株的全基因组cDNA克隆。通过分段PCR扩增鉴定及全长测序分析,结果表明,SD毒株的全基因组cDNA克隆构建成功,并且成功引入T7启动子序列,全长基因组序列与亲本毒氨基酸序列的一致性为99.9%。单个序列比对发现,全基因组cDNA克隆中有11处碱基突变,其中只有2处引起氨基酸序列发生改变;整个序列未出现基因的缺失、插入变化,因此全长氨基酸的位数未发生任何变化。SD毒株全长cDNA克隆的成功构建和序列分析为后续的反向遗传操作奠定了关键的技术基础。     

木耳emg1基因克隆与生物信息学分析

以毛木耳和皱木耳的cDNA序列为模板设计简并引物并进行扩增,获得1条长度为1075 bp的序列Aa-2；与JGI数据库中皱木耳基因组Blastn比对E值为0；与编码emg1的氨基酸序列Blastx同源性比对的E值高达1.82e-112.与木耳全基因组序列中注释为emg1的核酸序列有775 bp的序列完全一致.经GenBank数据库Blastn同源比对,与玉米丝黑穗菌emg1蛋白cDNA的部分序列相似性达91％.经GenBank中Conserved domains搜索,Aa-2序列与emg1蛋白超家族序列同源比对的E值达2.66e-43,初步判定Aa-2的部分序列为emg1蛋白的编码序列.     

基于序列比对的攻击特征自动提取方法

在对生物信息学序列比对理论研究的基础上,将序列比对算法应用到入侵检测模型中,提出一种序列比对攻击特征自动提取新方法.针对Needleman-Wusch算法缺乏攻击知识积累,设计一种基于知识积累的序列比对算法IASA(Information Accumulation Sequence Alignment).新方法首先调整数据去噪并进行数据聚类,使用IASA进行序列比对,使得序列比对的特征片段趋向于更合理结果,再将比对结果所代表的攻击特征转化为IDS规则.实验结果表明,该方法能提高攻击特征生成质量,降低系统误报率.     

基于多个核基因序列的1株皮伞属菌株的鉴定

提取在北京市房山地区野外环境中采集的1株野生菌子实体的基因组DNA,并以此为模板进行ITS、LSU和SSU片段的扩增、测序及比对分析。结果发现,从菌丝体基因组DNA中扩增获得了700 bp左右的ITS片段、850 bp左右的LSU片段和1 800 bp左右的SSU片段,经序列测定及比对,表明该真菌是Marasmiellus属菌株。建立了一种野生真菌快速、准确的鉴定方法。     

桃果肉近核色素copia-like反转录转座子序列分析及分子标记的建立（英文）

通过对与桃果实近核色素紧密连锁的SRAP标记Me07Em02扩增得到的片段进行了验证、回收、测序和分析,并登录桃基因组Peach v1.0进行比对,获得部分copia-like反转录转座子的部分序列,应用DANMAN和DNASTAR序列分析软件辅助,在桃基因组数据库和GenBank中进行BLASTn比对获得了桃copia-like反转录转座子的全基因组序列,位于Peach v1.0基因组的Scaffold-1的9 939 764～9 944 771 bp位置,全长5 008 bp,其左右两边的长末端重复序列(LTR)完全一致,长度为444 bp,其最大开放阅读框(ORF)位于该序列的487～4 545bp,编码1 535个氨基酸,将该氨基酸序列提交到GenBank中进行Protein BLAST比对,结果显示该序列也具有典型的copia-like反转录转座子的氨基酸序列特征。同时初步建立了桃反转录转座子标记方法,并对桃的遗传多样性进行了分析。     

模拟退火遗传算法在生物多序列比对中的应用

分析了生物多序列比对存在的问题,提出了将遗传算法和模拟退火算法相结合的遗传退火进化思想,设计了运用该思想进行多序列比对的算法过程,与通用的多序列比对软件ClusalX进行对比实验,结果表明,MSA-GAEA提出的算法是行之有效的.     

我国甘薯E病毒全基因组序列特征及荧光定量检测技术的建立

【目的】甘薯E病毒(sweet potato virus E,SPVE)是甘薯上新发现的一种病毒。本研究对我国甘薯E病毒江苏徐州分离物(SPVE-XZ)的全基因组序列进行测定，分析该病毒基因组序列特征，并建立针对SPVE的荧光定量(quantitative PCR,qPCR)检测技术，为监测SPVE发生分布、检测种薯种苗中SPVE带毒情况并及时防控该病毒提供理论依据和技术支持。【方法】采用small RNA深度测序，结合RT-PCR和RACE技术，获得SPVE-XZ的全基因组序列，利用MegAlign、MEGA11等软件对获得的全基因组序列进行序列比对、系统发育关系分析。设计SPVE荧光定量检测引物，并通过对退火温度及引物浓度的优化，建立针对SPVE的qPCR检测方法，测定其特异性和灵敏度，应用于江苏省和山东省田间甘薯样品的检测。【结果】除ploy(A)外，所获得的SPVE-XZ全基因组序列全长为10 919 nt，包含1个长为10 560 nt的开放阅读框(open reading frame,ORF)，编码3 519 aa的多聚蛋白。5′非翻译区(5′untranslated re...     

桑黄基因组DNA提取方法优化及分子鉴定

本研究以桑黄为材料,筛选出一种快速直接提取子实体DNA的方法。利用CTAB法、试剂盒及硅珠DNA纯化技术分别对桑黄子实体基因组DNA进行提取,结果表明,硅珠DNA纯化技术的提取效果最好,试剂盒方法次之。经过PCR扩增和测序得到桑黄的rDNA ITS序列,通过BLAST比对及系统进化树构建,发现所检测的样品为哈尔蒂木层孔菌Phellinus hartigii。     

3种番茄斑萎病毒属病毒多重RT-PCR检测方法的建立

利用LaserGene软件对Genbank数据库中已登陆的番茄斑萎病毒(TSWV)、凤仙花坏死斑病毒(INSV)和鸢尾黄斑病毒(IYSV)全基因组序列进行比对,选择最保守的区域,设计3种病毒的特异性引物,通过逐步调整优化PCR的反应条件,建立了多重RT-PCR检测TSWV、INSV和IYSV的技术体系。结果表明:可从约16μg的带毒烟草叶片中同时检测到3种病毒,具有较高的特异性和准确性。该方法可以同步、快速、特异地检测出受侵染寄主植物中的TSWV、INSV和IYSV。     

猪场空气细菌数量与猪高热综合征的相关性研究

自2001年入夏以来,浙江、上海等许多地区的猪群中流行以持续高热、气喘、皮肤发红为主要特征的猪"高热综合征",给养猪业带来了巨大的损失.但到目前为止,其主要病原依然未被确定.为了研究空气中细菌含量与该病的发生和严重程度之间的关系,我们对浙江省几个不同规模、不同发病情况的猪场的空气细菌含量进行了测试.结果发现:该病的发生及严重程度与猪舍内空气的细菌含量存在着明显的正相关性.     

树冠圆满度对树木生长的影响及作用研究

树冠是树木的重要组成部分,其数量指标———树冠圆满度不仅客观地反映了树木占有生长空间的状况及竞争能力,而且对树木的生长过程和树木的形状都有着非常重要的影响。研究结果表明:在树木直径、树高较小(或年龄小)时,其树干材积也较小,而树冠圆满度较大,随着直径、树高的增加,其树干材积随之增加,但树冠圆满度逐渐变小。所以,树冠圆满度与直径、树高及树干材积之间存在着紧密的相关关系,其相关指数(R)基本上在0 80以上,而形数与树冠圆满度之间呈正相关。     

加强向海水库的管理 大力发展向海旅游产业

吉林省通榆县向海水库为通榆县水利事业发展做出了突出贡献。分析向海水库发展的现状,认为要加强对向海水库的管理,因地制宜,通过向海这一品牌发展旅游经济。     

从经济学的视野看合同法的功能

从经济学角度而言,完备的合同必须具备四方面条件:完全竞争的市场;完全的理性;无外部负效应;零交易成本。但这些条件均不具有现实性。合同法的功能就是纠正合同的非完备性,使之趋于完备。在此分析基础上,对我国《合同法》的立法目的进行了审视。     

影响锤片式粉碎机生产率与能耗的因子分析

本文对影响锤片式粉碎机生产率和能量消耗的诸多因子,如粉碎机的结构优化设计;相关工作参数的合理选择与组合;合理的使用操作技术等方面做了定性分析和综合论述。同时还扼要介绍了“双转子”、“无筛”粉碎机新机型的粉碎机理,和配合饲料加工粉碎新工艺。     

论从犯原因力的判断

从犯的原因力是指成立从犯所必需的因行为人的行为与其他人的犯罪行为之间产生的内在的必然联系。从犯是否成立,要经过一般性判断、具体性判断和排除性判断三个环节。一般性判断主要考虑是否具有成立从犯所要求的主观要件和客观要件,具体性判断涉及事前判断与事后判断、主观判断和客观判断、应然判断与实然判断,排除性判断主要考虑刑法分则的特殊规定和刑法总则中的但书。     

从心理危机干预谈对学生管理的思考

本文就当前大学生存在的心理问题、形成原因以及如何应对这些问题做了个阐述，希望能够对广大教育工作者有所启发。     

优化书库环境加强图书保护

通过分析损害图书的各种自然因素,阐明优化书库环境、加强图书保护的重要性.     

液体表面张力系数与温度和浓度的关系

为了进一步探讨影响液体表面张力系数的主要因素,通过微观分析,从热力学的角度讨论了液体表面张力系数与温度和浓度的关系,并通过试验进行了论证,得出了水及常用表面活性物质肥皂水的表面张力系数随着温度和浓度的增加是递减的,并和温度呈近似线性关系．     

从《飞蛾之死》看生命的脆弱与坚强

弗吉尼亚.伍尔夫是英国著名的“意识流”派作家,《飞蛾之死》是其代表作。在《飞蛾之死》中,作者通过对一只飞蛾的生死瞬间的描述,以一种极度浓缩的意象视觉效果,娴熟的意识流手法,独特的叙述视角展现了一个小生命的脆弱与坚强,令人回味无穷。