“猪重要经济性状功能基因的分离克隆及应用研究”荣获国家科技进步二等奖

我校动物生物技术国家重点实验室主任黄路生教授主持的“猪重要经济性状功能基因的分离、克隆及应用研究”荣获2005年度国家科技进步二等奖。项目组历时8年,行程47万公里,构建了包括24个省(市、区)68个品种4 100个体12 700份DNA样品的中国地方猪种资源基因组DNA库,并在此基础上     

基于RFLP-PCR的猪肉溯源技术研究

选取杜洛克、大白猪和长白猪等3个品种共330头样品,提取基因组DNA,采用RFLP-PCR方法检测13个基因在3个猪品种群体内15个SNP位点的多态性,以期寻找到多态性信息含量丰富的SNP位点用于猪肉DNA溯源标记。结果表明:ADAMTS、DAZL、FBXO32、FUT1、MC4R、MyoG、NR4A1和PSMB基因的9个SNP位点可以用于杜洛克猪、大白猪和长白猪肉产品检测。根据9个SNP位点基因型对应的9个数字和字母组合形成的DNA条形码可以用于杜洛克猪、大白猪和长白猪肉产品溯源。     

应用特异性引物检测中国不同地区旋毛虫DNA

根据 Jean-Dupouy-Camet 报道1.7 kb 基因序列而设计合成的引物,对中国9个地区(哈尔滨海伦猪株、哈尔演五常犬株、黑龙江孙吴猫株、长春犬株、沈阳猪株、河南南阳猪株、湖南十堰猪株、西安猪株、云南大理猪株)的肌组织旋毛虫 DNA 进行了聚合酶链式反应(PCR).扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分析,可见中国猪源旋毛虫均扩增出特异性的602bp 和230 bp 大小的 DNA 条带,而中国犬源和猫源以及正常对照肌组织 DNA 均未扩增出特异性片段.本法对中国猪源旋毛虫可检测到0.02条旋毛虫 DNA,具有高度的特异性和敏感性.     

4个猪种线粒体DNA D-loop区PCR-RFLP分析

对野猪、民猪、大白猪和杜洛克共4个猪种的线粒体DNA D-loop用25种限制性内切酶进行了PCR-RFLP分析.结果表明:野猪在EcoR I酶切位点存在多态性,民猪和大白猪在Hinf I酶切位点存在多态性,Taq I在猪种间存在多态性.本研究认为猪线粒体DNA D-loop酶切多态性丰富,但尚不能用于猪的品种鉴定.     

识别杜洛克猪个体身份的DNA条形码

为了对杜洛克猪个体身份进行DNA识别,从31对PCR引物中筛选到了8对引物可高效扩增猪基因组片段并获得39个SNP位点,从39个SNP位点中选留杂合度H≥0.1的16个SNP位点,用于编制杜洛克猪个体身份识别的DNA条形码及相应的数字条形码。结果表明,编制的DNA条形码或相应的数字条形码很好地区分了10窝共计68头杜洛克猪个体身份。从这68个样本中,8对引物分离的基因型种类分别是2、10、9、3、3、9、3、3种;理论上这8对引物分离到的这些基因型可有2×10×9×3×3×9×3×3种组合,即可用于131 220头杜洛克猪的个体身份识别。因此,根据筛选的8对引物扩增的16个SNP位点编制的DNA条形码或相应的数字条形码,足以满足规模种猪场杜洛克猪的个体身份识别。     

引入猪种与合作藏猪mtDNA D-loop的遗传多样性

测定并分析了杜洛克猪、长白猪和大白猪3个引入猪种及合作藏猪共178个个体的线粒体DNA D环(mt DNA D-loop)高变区核苷酸序列,研究引入猪种对合作藏猪遗传资源的影响.结果表明:合作藏猪核苷酸多样度和平均核苷酸差异系数均低于杜洛克猪和大白猪,仅高于长白猪,而其单倍型多样度高于3个引入猪种.单倍型分析结果表明:合作藏猪仅分布在亚洲单倍类,杜洛克猪和大白猪同时具有亚洲和欧洲两个单倍类,欧洲起源猪种没有入侵到合作藏猪母系.     

贵州省两个猪种APOA5基因比较分析

根据GenBank中报道的猪载脂蛋白A5 (apoA5)基因序列设计3对引物,通过PCR方法分别对可乐猪和贵州白香猪的apoA5基因进行扩增、测序,将两个猪种apoA5基因序列进行比对,并找出基因变异位点。结果表明：可乐猪apoA5基因DNA长为2474bp,白香猪apoA5基因DNA长为2473bp,分别包含三个外显子,两个内含子。两猪种apoA5基因编码区长皆为1092bp,编码363个氨基酸。白香猪apoA5基因序列与可乐猪相比,存在12个突变位点,其中6个位点为颠换,5个为转换,1个为缺失,两者核苷酸同源性为99.6%。这为进一步研究猪apoA5基因的多态性、生物学活性以及与猪生产性状相关性研究奠定了一定基础。     

采用RAPD技术分析4个猪种的遗传资源多态性

以野猪、杜洛克、东北民猪和杂种猪(杜洛克×野猪)为试验材料,采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术从DNA水平对这4个猪品种的遗传资源多态性进行了研究,计算了4个猪品种之间的遗传相似度。本研究还从133个引物中筛选出10个可以对4个猪品种进行遗传检测的多态性引物,共检测出89条扩增片段,其中多态性片段53条,多态率59.55%。这10个引物在4个品种中共产生品种特异带30条,反映了4个猪品种间的遗传变异,它们可能成为明显区分这4个猪种的稳定的遗传标记。     

西部地区主要猪品种与野猪遗传聚类分析

对八眉猪、内江猪、荣昌猪、汉江黑猪等西部地区地方品种和汉中白猪、长白猪、大白猪、杜洛克猪等8个猪品种以及野猪基因组DNA、混合DNA样进行了RAPD分析。根据8个多态引物的扩增结果计算了遗传距离指数并进行了UPMGA聚类分析。结果表明：长白猪与大白猪亲缘关系最近，八眉猪和汉江黑猪次之，而野猪与长白猪的遗传距离最远。综合考虑现行的分类结果及前人研究结果，认为内江猪、八眉猪和汉江黑猪为一类型，荣昌猪和汉中白猪可划分为同一类型，但对野猪与其他品种的亲缘关系应作进一步分析。     

小梅山猪IGF2基因连锁的微卫星DNA标记与生长性状的关联分析

以IGF2基因作为控制猪生长性状主基因的候选基因,选用小梅山猪及其杂种作为试验猪群体,采用微卫星DNA标记技术,检测猪IGF2基因紧密连锁的3个微卫星DNA标记的多态性,同时对这3个微卫星DNA标记与生长性状进行关联分析。结果表明:SW 256等位基因D对180日龄体重性状有正效应,等位基因B有负效应;SWC9等位基因E对30日龄体重性状有正效应,等位基因F对180日龄体重性状有正效应。     

猪精子黏合分子1（SPAM1）基因新SNPs的鉴别及其在12个中外猪中的遗传变异研究

精子黏合分子1 (SPAM1)是一种在受精过程中起重要作用的精子抗原,以10 个中外猪种的20个无遗传相关公猪个体的基因组DNA为模板,扩增猪SPAM1基因的部分第二外显子和第三内含子2 个DNA片段,经PCR产物直接测序并作序列比较分析后在外显子2和内含子3上分别鉴别到1个新的单核苷酸多态(SNPs)位点,其中外显子2上的T>A碱基颠换(M191T-A)可导致其编码的苯丙氨酸突变为酪氨酸.SMART软件分析显示M191T-A处在SPAM1蛋白糖基水解酶保守域的编码区.建立PCR- TasI -RFLP方法检测了4个西方商业猪种以及8 个中国地方猪种791个个体在M191T-A位点的遗传变异情况,结果在八眉猪、莱芜黑猪、米林藏猪、杭猪、剑河白香猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪中检测到突变型等位基因A;而在二花脸猪、民猪、五指山猪和皮特兰猪中仅存在TT基因型,表现为极端的单态分布.     

香猪PIT-1基因内含子多态性的研究

采用PCR和DNA测序方法,对香猪及对照猪种(上海白猪、大约克夏猪)的PIT-1基因进行了单核苷酸多态性(SNP)分析,并采用RT-PCR方法对3个猪种PIT-1基因的表达水平进行了半定量分析。结果显示:香猪在DNA序列的963位(位于第4内含子)和1429位(位于第5内含子)分别发生G→A突变,而对照猪种在这2个位置未发生突变;香猪PIT-1基因表达水平显著低于上海白猪和大约克夏猪(P<0.05)。结论:香猪第4和第5内含子的两处突变可能会造成PIT-1基因表达量下降,最终可能导致香猪的生长受到影响。     

猪的微卫星DNA的克隆与分析

本研究应用多种DNA限制性内切酶切割基因组DNA从而浓缩微卫星DNA的方法克隆测定了8个不同位点的猪的微卫星序列,统计分析结果表明（1）猪的基因组中大于或等于40bp的微卫星序列约占基因组全部微卫星序列的10％,（2）GTG）n和（GAG）n类型的微卫星序列,在猪的基因组中分别约每250－500kb的片段中就有一个。     

应用猪的微卫星DNA作探针制作牛、鸭和鹌鹑的DNA指纹图

我们曾经得到了猪的8个不同位点的微卫星序列克隆,本以猪的基因组中克隆得到的微卫星序列制作了牛,鸭和鹌鹑的DNA指纹图,结果证明来源于某一物种的微卫星序列可以应用于其他物种的DNA指纹图的制作。     

肉中猪源性成分Real-time PCR定量检测技术

【目的】建立一种快速、准确的肉中猪源性成分定量检测方法。【方法】首先从GenBank数据库中筛选猪特异性的微卫星DNA,根据微卫星DNA核酸序列设计引物,对常见10种动物基因组DNA进行PCR扩增,通过有无扩增产物判断筛选的微卫星DNA对猪源性成分的特异性。然后根据微卫星DNA核酸序列,设计特异性引物和探针,建立猪源性成分Real-time PCR检测方法,采用双标准曲线分别对猪源性成分和总动物源性成分进行定量,计算猪源性成分的百分含量。【结果】筛选到猪特异性微卫星DNA（Accession EF172428）,根据其序列设计的引物SEQ-sus2-F/R只能从猪基因组DNA中扩增出目的条带,其他动物的基因组均无目的条带扩增。建立的Real-time PCR检测方法灵敏度为0.02 ng/25 μL反应体系。该方法能够准确检测出混合DNA样品中猪源性成分和混合肉样品中猪源性成分,百分误差分别约为1.32%和1.06%—7.12%。【结论】本研究利用Real-time PCR技术建立的定量猪源性成分的检测方法可以用来检测猪源性成分在混合样品中的百分含量。     

猪圆环病毒病原生物学研究进展

猪圆环病毒是单链环状DNA病毒,有2种不同的血清型:猪圆环病毒1型和猪圆环病毒2型.现有研究表明PCV1暂无致病性,PCV2则被认为是引起猪圆环病毒病的主要病原.许多国家养猪业的经济效益因此受到重大的影响.对PCV病原生物学的研究进展进行了综述.     

山西瘦肉型猪(SD-Ⅲ系)基因组DNA的遗传分析(英文)

[目的]为评价山西瘦肉型猪(SD-Ⅲ系)的遗传特性提供相关参数,[方法]本文筛选了8条引物进行AFLP-PCR对30头猪进行了基因组DNA的分析。[结果]共获得206个AFLP标记,单引物获得的标记数在3～15个,群体相似系数为0.931(0.888～0.978)。[结论]AFLP适宜于基因组DNA遗传结构检测;SD-Ⅲ系猪纯度较高。     

荣昌猪与新荣昌猪Ⅰ系遗传变异的RAPD标记分析

利用60个随机引物对荣昌猪与新荣昌猪Ⅰ系的基因组DNA进行RAPD分析,其中35个引物可扩增出清晰的RAPD带型,1个引物A1表现出明显的遗传多态性。结果表明：荣昌猪和新荣昌猪Ⅰ系群内平均相似系数分别为0．787,0．80;平均遗传距离为0．213,0．198,两品系间平均相似系数为0．795;平均遗传距离为0．206,两品系内及品系间都存在着DNA分子水平上的差异。     

荣昌猪与新荣昌猪Ⅰ系遗传变异的RAPD标记分析

利用60个随机引物对荣昌猪和新荣昌猪Ⅰ系的基因组DNA进行RAPD分析,其中35个引物可扩增出清晰的RAPD带型,1个引物A表现出明显的遗传多态性.结果表明:荣昌猪和新荣Ⅰ系群内平均相似系数分别为0.787,0.80;平均遗传距离为0.213,0.198.两品系间平均相似系数为0.795;平均遗传距离为0.206.两品系内及品系间都存在着DNA分子水平上的差异.     

从猪毛囊中快速提取基因组DNA的有效方法

采用酚仿抽提法提取猪毛囊中的基因组DNA,并以此为模板进行猪骨形态发生蛋白7基因(BMP7)片段的扩增鉴定,优化建立一种快速、简单提取动物基因组DNA的方法。琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,从猪毛囊中提取的基因组DNA纯度、质量浓度较高,能满足PCR扩增需要。提取DNA所用猪毛囊数量以10根为好。用毛囊提取动物基因组DNA简便、经济,能够在短期内获得群体基因组DNA,且不会对动物造成损伤。