猪SLA-DQA基因外显子4多态性分析

采用PCR-SSCP及克隆测序技术对大白、长白、杜洛克共210头仔猪SLA-DQA基因第4外显子进行多态性检测,以探讨猪SLA-DQA基因的遗传特性。结果显示:共获得4种等位基因(A、B、C、D),6种基因型(AA、AB、CC、CD、BB、BC)。6种基因型在杜洛克猪中都被检测到,而在大白猪中只检测到AA、AB、CC 3种基因型,在长白猪中未检测到BC基因型。A等位基因和AA基因型的频率在3个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现3个核苷酸突变位点(5 126 bp A→G,5 158 bp A→T,5 233 bp G→A),其中,5126 bp处A→G导致氨基酸由异亮氨酸变为缬氨酸。经χ2适合性检验,3个猪品种在此位点上都偏离了Hardy-Wein-berg平衡状态(P<0.05)。群体遗传学分析发现:长白猪、大白猪多态信息含量(PIC)分别为0.3233,0.4548,属于中度多态(0.250.5);各基因型在三品种中的分布差异显著。研究结果证实,猪SLA-DQA基因第4外显子具有丰富的遗传多态性。     

牦牛CAPN4基因启动子区突变对胴体及肉质性状的影响

为检测CAPN4基因在牦牛群体中的多态性,分析CAPN4基因启动子区突变对甘南牦牛胴体及肉质性状的影响,寻找与牦牛此类性状相关的分子遗传标记。采用PCR-SSCP技术检测830头甘南牦牛、大通牦牛和天祝白牦牛CAPN4基因启动子区突变并分析其多态性,运用SPSS 19.0软件中的GLM模型分析基因突变对甘南牦牛胴体及肉质性状的影响。牦牛CAPN4基因启动子区存在a.-1222GA的单碱基突变,检测到AA、AB和BB 3种基因型。相关性分析结果表明,a.-1222GA的突变对不同年龄甘南牦牛胴体和肉质性状有一定影响,其中4,6岁牦牛BB型个体熟肉率显著高于AA型或AB型(P0.05);3,6岁牦牛AB型个体失水率显著高于BB型或AA型(P0.05),而5岁牦牛BB型个体肌肉失水率显著高于AA型(P0.05);3,5岁牦牛BB型个体的眼肌面积显著高于AA和AB型(P0.05)。等位基因A对4,6岁牦牛熟肉率、各龄牦牛肌肉保水性和眼肌面积均存在不利影响;除5岁牦牛携带等位基因A个体的胴体重显著低于未携带者外,该突变对其他年龄段牦牛胴体重及全部牦牛个体的肌肉嫩度无显著影响。CAPN4基因启动子区a.-1222GA突变影响不同年龄段甘南牦牛部分胴体及肉质性状,可作为甘南牦牛此类性状的遗传标记。     

灵昆鸡VLDLR和CTSD基因多态性与产蛋性状的相关性研究

为了研究极低密度脂蛋白受体(VLDLR)和溶酶体组织蛋白酶(CTSD)的单核苷酸多态性(SNPs),寻找与灵昆鸡产蛋性状相关的候选分子标记,以276只灵昆鸡母鸡为研究对象,采用直接测序法,检测VLDLR和CTSD基因在灵昆鸡中的SNPs,并分析各多态位点不同基因型与11个产蛋性状的相关性。结果表明:VLDLR基因存在1个突变位点C13444T,该位点不同基因型与哈氏单位、蛋黄重及蛋黄比例呈显著相关(P0.05),在哈氏单位性状中,ZTW型为优势基因型,在蛋黄重及蛋黄比例性状中,ZCW型为优势基因型;CTSD基因有5个突变位点,其中,T2614C对蛋白高度和哈氏单位有显著影响(P0.05),C9445T、C9475T对500日龄产蛋量和蛋重显著相关(P0.05),C9457T对蛋重有显著影响(P0.05),T11028C位点对蛋白高度有显著影响(P0.05)。C13444T、C9457T、T11028C位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),其他9个位点均处Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。结果提示:VLDLR和CTSD基因多态性可能与产蛋性状有关,可尝试作为灵昆鸡产蛋性状分子标记的候选基因,为以后的选育工作提供理论依据。     

牦牛 Agouti 基因的克隆及编码区多态性研究

以Agouti基因作为牦牛毛色调控的候选基因,探索Agouti基因编码区序列多态性,以期为阐明Agouti与毛色形成的相关性及毛色形成机理奠定基础。根据GenBank已发表序列（ NM_206843）设计1对引物,以天祝白牦牛和黑色被毛甘南牦牛皮肤总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增,成功获得了牦牛Agouti基因编码区序列。采用生物信息学方法预测分析Agouti基因及其编码蛋白的基本理化性质、信号肽、疏水性、二级结构等;采用DNA混合池测序法和直接测序法,检测牦牛Agouti基因编码区的序列变异。结果表明,扩增得到的Agouti基因的编码区是一条长为593 bp的DNA序列。黑色甘南牦牛和天祝白牦牛皮肤的Agouti基因序列相同,并与黄牛基本一致。将牦牛的Agouti基因序列命名为YAK ASIP,并且在NCBI数据库中注册该基因的登录号为KJ630463。该基因含有一个长度为402 bp的开放性阅读框,编码133个氨基酸。 Agouti基因编码蛋白属于亲水性蛋白,有一个明显的信号肽,含有多个磷酸化位点。其二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主。 Agouti基因编码产物氨基酸邻接系统树表明,牦牛Agouti与黄牛、绵羊等物种的Agouti氨基酸具有高度相似性,并且牦牛Agouti基因编码区中无多态性位点。     

牦牛脂肪型脂肪酸结合蛋白基因(A-FABP)多态性分析

脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)属脂肪酸结合蛋白家族(FABPs)成员,参与调节哺乳动物细胞内脂肪浓度,进而影响肌肉内脂肪含量(IMF),因此A-FABP可作为影响IMF的候选基因。本研究采用PCR-SSCP技术检测甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛(Bos grunniens)A-FABP基因部分第3内含子、第4外显子及部分3’-UTR区单核苷酸多态性(SNPs),分析检测区域分子遗传特征。结果表明,3类群牦牛引物扩增区域发现5种等位基因A-E;同普通牛A-FABP基因序列比对发现6处SNPs,其中第4外显子区存在c.4222A>G的同义突变;3’-UTR区c.*94T>A只存在于牦牛群体,是其区别于普通牛的遗传特征之一。各等位基因在群体间分布差异较大,其中天祝白牦牛只发现3种等位基因,而青海牦牛发现4种等位基因,这可能与牦牛类群的地域分布及选育程度有关。3类群牦牛A-FABP基因检测位点表现为中度多态(PIC为0.29～0.36),有效等位基因数较高,可作为潜在的牦牛肉质性状分子标记位点。     

绵羊PRKAG3基因SNPs与肉质性状的相关性分析

为从分子水平研究甘肃境内典型养殖模式下甘肃高山细毛羊、小尾寒羊、藏羊、蒙古羊和滩羊5个绵羊品种的PRKAG3基因多态性与屠宰性能和肉品质的相关性,探讨以PRKAG3为候选基因,提高绵羊屠宰性能和肉品质的可能性。采用PCR-SSCP技术对5个绵羊品种的PRKAG3基因外显子4,5和内含子4多态性进行检测,并就PRKAG3基因多态性与9月龄屠宰性能和肉品质进行相关性分析。结果表明,在PRKAG3基因2 689 bp处发生了AG的突变,位于第4内含子第23 bp处,表现出3种基因型,AA、AB和BB。纯合度(Ho)分别为0.67,0.69,0.76,0.69,0.59,杂合度(He)分别为0.333 3,0.306 1,0.244 9,0.307 7,0.408 2,有效等位基因(Ne)分别为1.62,1.66,1.69,1.48,1.79,多态信息含量(PIC)分别为0.31,0.32,0.33,0.27,0.34。除藏羊外其他4个绵羊品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析表明,5个绵羊品种PRKAG3基因此变异位点的3个基因型间失水率性状差异显著(P0.05);BB基因型个体的胴体重显著高于AA型(P0.05),滩羊为极显著(P0.01),BB基因型个体的眼肌面积显著大于AA型(P0.05)(藏羊除外)。因此说明PRKAG3基因可作为候选基因用于绵羊产肉性能和肉品质的分子标记辅助选择。     

牦牛MSTN基因内含子Ⅱ遗传多样性研究

利用PCR-SSCP技术研究了5个牦牛群体共计401头个体的MSTN基因第2内含子的多态性.结果表明:牦牛MSTN基因第2内含子存在多态性,测序发现该片段第192 bp处有一个A 到G的单碱基突变.所检测的5个牦牛群体中,除新疆巴州牦牛群体未检测到AA基因型,其他4个群体中均发现AA、AB和BB 3种基因型,大通牦牛、甘南牦牛、青海高原牦牛群体中均以BB型为优势基因型,而天祝白牦牛和新疆巴州牦牛则以AB为优势基因型.不同牦牛群体中均检测到A,B两个等位基因,并且B基因频率均高于A基因频率,B等位基因为各牦牛群体中的优势等位基因.各群体经过χ~2检验,在该基因座上,甘南牦牛、天祝白牦牛、青海高原牦牛3个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),大通牦牛、新疆巴州牦牛两个群体处于不平衡状态(P＜0.05).分析了5个牦牛群体的遗传结构,发现大通牦牛的基因杂合度、有效等位基因数、多态信息含量等均最低,分别为:0.171,1.207,0.157;而天祝白牦牛的基因杂合度,有效等位基因数、多态信息含量等均最高,分别为:0.490,1.961,0.370;新疆巴州牦牛的基因杂合度、有效等位基因数、多态信息含量等均略低于天祝白牦牛.     

渤海黑牛MSTN基因多态性位点与体尺性状的关联性分析

为了研究渤海黑牛MSTN基因多态性与体尺性状的关系,采用PCR-SSCP的方法对578头渤海黑牛的MSTN基因的编码区进行分析,结果显示:外显子1和外显子2处没有发现多态性位点,外显子3处发现两个多态性位点,并且两个多态性位点所导致的基因型只有一种,所扩增的产物经过聚丙烯凝胶电泳发现后,有3种基因型.测序结果表明:外显...     

GnIH基因多态性与鹅产蛋和体组成性状的关联分析

为研究促性腺激素抑制激素基因(GnIH)的系列特征,以及其SNP多态性位点对四川白鹅产蛋和体组成等性状的影响,克隆了GnIH基因DNA序列,并与哺乳动物和其他禽类进行生物信息学分析;该基因DNA序列比对到鹅参考基因组序列筛选SNP位点,随后采用Sanger方法直接测序PCR产物的方法,检测四川白鹅群体(208个体)中该基因序列,该序列包含3个外显子和2个内含子,CDS区长522 bp, 173个氨基酸的前体蛋白GnIH氨基酸序。通过多重比对分析后,统计该基因在四川白鹅群体中SNP位点的基因型及其频率,进而与鹅产蛋和体组成等11个重要经济性状进行关联分析。获得了3 735 bp的GnIH基因DNA序列,遗传进化分析显示,四川白鹅GnIH基因与绿头鸭的序列相似度最高(99%);序列比对到鹅参考基因组序列发现该基存在26个SNP位点;SNP位点基因型频率与性状关联分析结果表明:该基因11个SNP位点(g.811TC、g.1892TC、g.1320GA、g.1809GT、g.2164CG、g.1708AG、g.2164CG、g.1809GT、g.1892TC、g.1929CA和g.2164CG)与初产蛋质量、体斜长、颈长、胸宽和胫围等性状显著或极显著相关(P0.05或P0.01),所有SNP位点而与48周产蛋数、64周产蛋数、出生质量、半潜水长、龙骨长、骨盆宽等无显著相关(P0.05)。四川白鹅GnIH基因序列与绿头鸭亲缘关系最相近;本研究克隆的3 735 bp的DNA序列中存在26个SNP位点,其中11个SNP位点可作为四川白鹅初产蛋质量、体斜长、颈长、胸宽和胫围等经济性状的潜在的分子标记之一。     

基因多态性与牛疾病相关性的研究进展

基因多态性是指基因组序列上的变异,它是决定家畜对疾病易感性与抵抗力、疾病临床表现多样性以及不同个体对药物反应性的重要因素。研究基因多态性有利于鉴定和定位致病基因和疾病易感基因,使得从遗传学的角度控制疾病成为可能,从而达到减少家畜疾病防治的成本,改良家畜品种,为人类提供健康的动物产品的目的。本文主要从抗病育种的角度综述了近年来基因多态性与牛疾病易感性和抗性的相关研究,并结合遗传信息学和表观遗传学,阐述家畜疾病控制的新进展。     

蒙古羊BMP15基因外显子1位点多态性与产羔性能关系分析

采用PCR-SSCP技术对蒙古羊BMP15基因外显子1位点的单核苷酸多态性(SNP)进行了检测,并对其与产羔性能关系进行了分析.结果表明,在所检测的116个蒙古羊个体中,BMP15 基因在该位点均呈现多态性,具有 、A 和AA 3种基因型.测序分析表明,该段DNA序列中存在3个碱基的缺失,即编码区第28,29,30位碱基缺失,这个突变使野生型( )氨基酸序列上相应的10号氨基酸残基亮氨酸(L)缺失,变成了突变基因型(AA),形成B1突变体;群体遗传学分析表明,B1突变在双羔系中的发生频率高于单羔系中发生的频率,χ2适合性检验结果表明,两品系在该位点具有中度多态性并处于Hardy-Weinberg平衡状态(p＞0.05);与产羔性能关系分析表明B1突变对蒙古羊产羔数无显著影响(p＞0.05).     

小麦TaPK7基因单核苷酸多态性与抗旱性的关系

以抗旱性不同的45份六倍体小麦和5份小麦的二倍体近缘种为材料, 通过测序检测TaPK7基因的单核苷酸多态性, 研究了TaPK7基因多态性与抗旱性的关系, 旨在为发掘利用小麦抗旱基因资源奠定基础。50份材料TaPK7序列总长220 448 bp, 其中有64个SNP和9个InDel, 二者的频率分别为1 SNP/3 445 bp和1 InDel/24 494 bp。编码区的核苷酸多样性π值小于非编码区, 可能是由于编码区承受的选择压力较大。同义突变(Ka)与非同义突变(Ks)比值是0.415, 表明该基因受负向选择影响, 属于相对保守基因。在编码区检测到16个单核苷酸突变, 多存在于抗旱材料中。共检测到21种单倍型, 其中5种为强抗旱材料单倍型, 2种为干旱极敏感材料单倍型, 11种中等抗旱材料单倍型, 另外3种单倍型中同时包括抗旱材料和干旱敏感材料, 初步揭示了TaPK7基因的单核苷酸多态性与抗旱性相关。     

牛Myostatin基因单核苷酸多态性分析

Myostatin基因即肌肉生长抑制素，是一种肌肉生长的负调控因子。应运PCR-SSCP和测序的方法对中国秦川牛、南阳牛以及国外引入品种皮埃蒙特牛双肌基因的第三外显子进行了多态性分析。结果表明：第三外显子938处G→A的单核苷酸的突变造成了南阳牛、皮埃蒙特牛第三外显子扩增片段多态性,秦川牛则不然。     

猪CACNA2D1基因3''''UTR单核苷酸多态性与肉质性状的效应研究

CACNA2D1基因定位在猪的第9号染色体上,其位置与影响肉质性状的QTL重叠,可作为肉质性状的候选基因.采用PCR-SSCP技术,对160头金华×皮特兰资源家系F2猪CACNA2D1基因3'端非翻译区片段进行扩增分型,共产生2种等位基因,3种基因型.通过测序发现,在CACNA2D1基因3'端非翻译区(序列DQ981407)有一单核苷酸替换(C→A).对不同标记基因型与肉质性状的最小二乘分析表明,AA基因型猪大腿肌肉的pH45值、大腿肌肉导电率和肌内脂肪含量的最小二乘均数比BB基因型分别高0.169,0.26和0.021,差异显著(P＜0.05);A等位基因的加性效应分别为0.084 5,0.133 5和0.010 5.     

牦牛血红蛋白β链基因多态性分析

研究采用PCR-SSCP技术对110 头牦牛血红蛋白β基因第2 外显子序列进行多态性分析,并对不同的等位基因进行测序,开展等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点分析。结果表明,110 头牦牛血红蛋白β基因第2 外显子共发现2 个等位基因,其中A为优势等位基因,A等位基因与B等位基因仅在外显子2 第58 位点存在A-T的变异,导致了丝氨酸（Ser）到苏氨酸（Thr）的变异,可能影响血红蛋白与氧的亲合力,是牦牛运氧能力较黄牛佳的原因。与黄牛血红蛋白β基因序列对比发现,牦牛的血红蛋白β链基因序列与黄牛血红蛋β链基因序列的同源性较高,高达98.94%。     

棉花单核苷酸多态性标记研究进展

单核苷酸多态性标记已在农作物研究中得到广泛应用并取得重大进展。为了便利棉花SNP(Single nucleotide polymorphism)标记的研究和应用,介绍了利用基因芯片、简化基因组测序、重测序等在棉花中开发SNP标记的方法 ,综述了SNP标记在棉花遗传图谱构建、数量位点的定位和分子标记辅助育种、基因组测序以及系统进化等研究中的应用。并对异源四倍体棉花中SNP标记开发时,同源序列位点和部分同源序列位点上的SNP标记辨别问题进行了系统探讨,对其快捷的开发、检测方式和在数量基因定位中的应用前景进行了展望。     

植物功能基因单核苷酸多态性的研究进展

单核苷酸多态性(SNP)的挖掘和检测目前是一个被广泛关注的研究热点。为能够明晰功能基因SNP和中药材生理活性物质的形成及药材产地之间关系的研究思路,本研究简要归纳了次生代谢功能基因、抗逆性功能基因和农艺性状功能基因等SNP的研究及应用,并对功能基因SNP与植物地理分布关系的研究进行了总结分析。同时,认为借鉴遗传背景清晰的物种挖掘和开发SNP信息用来对其他药用植物开展研究、参照有效成分生源途径较明确的物种对其他药用植物进行相关代谢关键酶基因的探究性研究,是解决数量浩瀚而遗传背景有限的药用植物基因研究的不错的路径,此外提出优良农艺性状或特殊生理现象基因应该成为药用植物功能基因研究的关注点。     

猪TLR6基因Msp I多态性与生长性状相关性研究

本研究旨在阐明猪TLR6基因片段多态性及其与生长性状之间的关系,利用PCR-RFLPs技术检测405头猪TLR6基因片段Msp I酶切位点的多态性,结果表明：该位点具有两种等位基因T\C, 在大围子猪、沙子岭猪、宁乡猪和黔邵花猪各群体中的频率分别为0.136/0.864、0.189/0.811、0.186/0.814、0.281/0.719。C等位基因是群体中的优势等位基因,该基因座处于Hardy-Weinberg平衡状态。利用最小二乘分析研究了该多态位点对初生体质量、45日龄体质量、60日龄体质量、4月龄体质量、6月龄体质量、6月龄体高、6月龄体长、6月龄胸围等生长性状的影响。结果显示：TT基因型个体对4月龄体质量性状影响达极显著水平（P<0.01）;TT基因型4月龄体质量比CC型高25.92%;对45日龄体质量、6月龄体质量、体长和胸围性状影响达显著水平（P<0.05）,TT基因型45日龄体质量比CC型高12.46%、6月龄体质量高7.20%、6月龄体长高7.62%、6月龄胸围高7.24%。由此可知,猪TLR6基因不同基因型对生长性状有着重要的影响,是猪育种应用中的一个潜在遗传标记。     

基于高分辨率熔解曲线技术快速筛选黄瓜SNP1

为筛选用以黄瓜纯度检验和品种鉴定的SNP位点,以17个黄瓜杂交品种及其34份亲本为SNP筛选群体,利用高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)技术筛选SNP位点.本研究通过HRM分析和焦磷酸测序确认,获得CLA0(TT/--)、CLA1(C/T)和CLA6(A/G)三个SNP位点,群体...