柑橘鳞皮病毒3个分离物全基因组序列分析

运用转录组测序和RT-PCR方法克隆测定了柑橘鳞皮病毒（Citrus psorosis virus,CPsV）3个分离物CHN-1、CHN-2和CHN-3的全基因组。序列分析结果表明,CHN-1、CHN-2和CHN-3的基因组全长分别为11 282、11 279和11 278 nt,均包含4个开放阅读框。CHN-1、CHN-2和CHN-3之间的核苷酸相似性为93.48% ~ 95.98%,编码氨基酸相似性为98.18% ~ 98.86%;与6个已知国外CPsV分离物的外壳蛋白基因核苷酸序列相似性为85.83% ~ 95.23%,其对应氨基酸序列相似性为94.09% ~ 99.32%。系统进化分析显示CHN-1、CHN-2和CHN-3与地中海沿岸国家的CPsV分离物聚为一簇,可能具有共同的起源。     

胡葱黄条病毒吉林毛葱分离物全基因组序列测定与分析

使用RT-PCR方法从吉林省疑似感染胡葱黄条病毒(Shallot yellow stripe virus,SYSV)的分蘖洋葱(毛葱)叶片中获得了SYSV吉林毛葱分离物SYSV-JL(MN607702)的全基因组序列。SYSV-JL的全长序列为10?427 nt,与GenBank已登录的3条SYSV全长或近全长序列在多个基因上保持着较高的序列一致性,但在P1基因上核苷酸和氨基酸序列一致性较低,分别为69.5%～84.2%和60.9%～76.9%,进一步通过变异分析发现,P1基因包含369个变异位点,表现出较为明显的高变异特征。系统发育分析显示,不同SYSV分离物具有较为明显的地区差异,SYSV-JL分离物与多个中国分离物系统发育关系较近。     

百合斑驳病毒靖宇分离物全基因组序列测定与进化分析

以采自吉林省白山市靖宇县的野生百合感病叶片为试材,采用小RNA深度测序法检测到1株百合斑驳病毒(Lily mottle virus,LMoV),采用分段克隆方法,对LMoV靖宇分离物(LMoV-JY)的全基因组进行测定并分析,以期对吉林省百合病毒病的检测和防控提供参考依据。结果表明：LMoV-JY基因组大小为9 648个核苷酸(nt)序列(GenBank登录号MT795719),该核苷酸序列在第154～9 444位存在1个大的开放阅读框(ORF),编码1个多聚蛋白(分子量351.46 kD)。LMoV-JY与GenBank中登录的其他LMoV分离物的全基因组核苷酸序列比较,其一致性为82.82%～97.85%,在氨基酸水平上的一致性为92.96%～98.64%,其中与百合斑驳病毒大连分离物LMoV-DL(HM222521)的一致性在该2种水平上均为最高。对比LMoV-JY外壳蛋白与其他54个分离物的氨基酸序列,发现可将LMoV分离物分为2个类群。     

太子参芜菁花叶病毒和蚕豆萎蔫病毒的双重RT-PCR检测

针对不同产地栽培的太子参(Pseudostellaria heterophylla)中主要存在芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,Tu MV)和蚕豆萎蔫病毒(Broad bean wilt virus,BBWV)侵染且为害严重的情况,建立能同时检测这2种病毒的双重RT-PCR快速检测方法。根据Gen Bank数据库中的Tu MV、BBWV外壳蛋白(coat protein,CP)基因核苷酸序列的保守区域分别设计简并引物,在单一RT-PCR检测体系的基础上,建立和优化双重RT-PCR检测体系。双重RT-PCR的优化结果显示,最佳扩增循环数为35,最佳引物浓度为0.4μmol·L~(-1),最佳退火温度为51℃。其灵敏度测定结果显示,2种病毒在样品c DNA稀释至原液的10-4倍后仍能扩增出特异条带。应用该方法对7份栽培太子参样品和4份脱毒苗样品进行了检测,结果表明,建立的双重RT-PCR检测方法可稳定、准确、灵敏地同时检测Tu MV和BBWV。     

葡萄蚕豆萎蔫病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法及应用

建立了葡萄蚕豆萎蔫病毒(Grapevine fabavirus,GFabV)的实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测技术。该技术标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系(扩增效率103.8%,相关系数0.998),灵敏度是常规RT-PCR的1 000倍,并具有特异性。采用RT-qPCR和常规RT-PCR方法对葡萄不同发育时期及不同部位的316个样品进行检测,结果表明RT-qPCR方法对GFabV的检出率(96.8%)明显高于RT-PCR(70.8%)。RT-qPCR对休眠枝条中GFabV的检出率达100%,对其他部位样品的检出率均在92%以上,明显高于RT-PCR(42%～97%)。各个发育时期样品GFabV的RT-qPCR检出率(85%～95%)也普遍高于RT-PCR(70%～90%)。该技术对于田间样品的检测适用范围广。     

苹果茎沟病毒吉林沙果分离物全基因组序列分析

通过RT-PCR结合RACE技术扩增到苹果茎沟病毒（Apple stem grooving virus,ASGV）吉林沙果分离物（ASGV-JLSG）全长基因组（登录号：FM616381）,共含有6 496个核苷酸（nt）,编码两个彼此重叠的开放阅读框（Open reading frame,ORF）。ORF1（37 ~ 6 354 nt）编码1个241 kD的多聚蛋白,含有甲基转移酶（Methyltransferase）、木瓜蛋白酶（Papain-like-protease）、解旋酶（Nucleotide triphosphate-binding helicase）、RNA依赖的RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase）和C端的外壳蛋白（Coat protein,CP）等结构域。ORF2（4 788 ~ 5 750 nt）编码1个36 kD的运动蛋白（Movement protein,MP）。ASGV-JLSG分离物与GenBank公布的29个ASGV分离物全基因核苷酸序列一致性为79.20% ~ 86.60%。系统发育分析结果表明,30个ASGV分离物分成2个组,分离物间没有表现出寄主专一性和地理分布规律。重组分析发现,ASGV-JLSG分离物是苹果茎沟病毒黄花梨分离物（ASGV-HH,JN701424）和柑橘碎叶病毒满头红分离物（CTLV-MTHK,C588948）的重组体。本研究中获得的ASGV-JLSG分离物基因组是来源于中国东北地区的首个ASGV基因组序列。     

草莓病毒1山东分离物全基因组分析

草莓病毒1(strawberry virus 1,StrV-1)属于弹状病毒科(Rhabdoviridae)细胞质弹状病毒属(Cytorhabdovirus),可侵染草莓。利用高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)结合RT-PCR和RACE技术从采自山东省烟台市乳山市草莓种植基地的草莓品种‘全明星’上获得了StrV-1山东分离物(StrV-1-CN)的基因组全长(GenBank登录号:MW795715)。该分离物基因组全长为14 051 nt,3’和5’非编码区序列分别为181和767nt,其负义链含有9个开放阅读框(open reading frame,ORF),从3’到5’端分别编码N、P’、P、P3、M、G、P6、P7和L等9个蛋白。序列分析表明,StrV-1-CN与已报道的StrV-1分离物基因组全长核苷酸序列一致性为77%～88%。系统发育分析结果表明,StrV-1-CN与捷克分离物B和1/2017聚在一个分支,亲缘性最近。     

豇豆轻斑驳病毒海南分离物全基因组序列测定及分子特征

从海南采集疑似感染豇豆轻斑驳病毒（Cowpea mild mottle virus,CpMMV）的豇豆病叶,采用RT-PCR 结合测序获得其全基因组序列,CpMMV 海南分离物（KY420906）基因组全长8 193 bp,与其他CpMMV 分离物的同源性为63.00%～83.22%。系统发育分析结果表明,CpMMV 海南分离物单独聚为一个亚簇;重组分析结果表明,CpMMV 基因组有一个重组事件,断点为3 212～3 592 bp。     

3种辣椒新病毒的发生与血清学鉴定

病毒病一直是世界各国辣椒上的重要病害,给生产造成巨大的经济损失。近年来,田间病毒病症状日趋复杂,病毒种类日趋繁多,为害日趋严重。据国外报道,侵染辣椒的病毒有35种〔1〕。我国报道辣椒病毒病的毒原种类以黄瓜花叶病毒(CMV)和烟草花叶病毒(TMV)为主,其次有番茄花叶病毒(ToM     

草莓白化相关病毒中国分离物全基因组分析

草莓白化相关病毒(strawberry pallidosis-associated virus,SPaV)属于长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus),可引起草莓病害,2017年在中国首次报道.采用高通量测序、RACE和RT-PCR技术获得了SPaV中国分离物(FJ)的基因组全长...     

草莓白化相关病毒中国分离物全基因组分析

草莓白化相关病毒(strawberrypallidosis-associatedvirus,SPa V)属于长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus),可引起草莓病害,2017年在中国首次报道。采用高通量测序、RACE和RT-PCR技术获得了SPa V中国分离物(FJ)的基因组全长。该病毒含有两条正单链基因组RNA1和RNA2。RNA1全长8 048 nt,5′和3′非编码区序列分别为264和197 nt,含有3个开放阅读框(ORF),分别编码ORF 1a/1b融合蛋白和p9蛋白。RNA2全长7 977 nt,5′和3′非编码区序列分别为248和186 nt,含有8个开放阅读框(ORF),分别编码HSP70h、CPh、CP、CPm、p7、p6、p9和p28等8个蛋白。RNA1和RNA2与美国M1分离物分别具有98.5%和99.0%的核苷酸一致性;系统发育分析结果表明,SPa V中国分离物(FJ)单独处在一个分支。对SPa V来源的小RNA的分析表明,来源于SPa V的小RAN长度以21和22 nt为主。     

辣椒PEBP基因家族的全基因组鉴定、比较进化与组织表达分析

植物磷脂酰乙醇胺结合蛋白(Phosphatidyl ethanolamine-binding protein,PEBP)分为MFT、FT和TFL1共3个亚家族,其中FT和TFL1亚家族蛋白构成了植物的成花激素—抗成花激素系统,调控开花时间和株形结构。基于辣椒(Capsicum annuum)全基因组数据,对辣椒PEBP基因家族进行鉴定,并对基因和蛋白结构、比较进化、共线性和组织表达特征等进行了分析。结果表明,辣椒基因组包含9个PEBP成员,并且9个基因均含有4个外显子和3个内含子,定位在6条染色体上,其编码蛋白质定位在细胞质和细胞核中。与番茄PEBP同源基因的比较进化分析表明,辣椒的PEBP基因受纯化选择,其中CaFT2和CaFT4在进化中较稳定,辣椒和番茄之间存在8对共线性基因。qRT-PCR分析表明CaPEBP基因在所检测的组织中明显差异表达,如CaMFT/CaTFL1-1在果实中高表达,CaFT1在叶片中相对表达量最高,Ca FT3在顶端分生组织和花中表达量最高,CaTFL1-4在根中特异表达。     

全基因组关联分析及其在辣椒育种中的应用研究进展

全基因组关联分析（GWAS）是将基因型与可观测的性状（即表型）进行群体水平的统计学分析,通过统计量或P值筛选出可以影响该性状的遗传变异因子,为揭示作物复杂农艺性状的遗传机理提供了研究思路。目前GWAS已广泛应用于作物遗传育种,本文主要综述了GWAS在辣椒农艺性状、品质性状及抗性方面的应用研究进展,并对存在的问题进行探讨及展望,以期为今后利用GWAS进行辣椒农艺及品质性状遗传基础的研究及分子标记辅助育种提供理论依据和参考。     

甜椒抗番茄斑点萎蔫病毒的种质创新

番茄斑点萎蔫病毒病是我国辣椒生产的一种新兴和潜在重大威胁病害。利用引进的中国辣椒(Capsicum chinense Jack.)抗源材料PI152225,通过种间杂交和分子标记辅助回交选育,历时10年,将抗性基因Tsw转育到中椒系列骨干亲本一年生辣椒(Capsicum annuum L.)大果甜椒自交系0516中,创新材料0516(Tsw)的生长势和果实长度超过对照0516,商品性和配合力与骨干亲本0516差异不显著。     

小西葫芦黄花叶病毒山东南瓜和丝瓜分离物全基因组序列分析

在山东泰安采集到两个表现黄花叶症状的丝瓜和南瓜样品中检测到小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV);通过RT-PCR和RACE方法获得了两个分离物的全基因组序列,分别命名为CN:Cm:17(丝瓜分离物)和CN:Lc:17(南瓜分离物)。结果表明,CN:Cm:17和CN:Lc:17基因组除Poly(A)尾巴外,分别含有9 593和9 591个核苷酸(Nucleotides,nt),通过多聚蛋白策略编码一个含3080个氨基酸的多聚蛋白。CN:Cm:17和CN:Lc:17在氨基酸水平上一致率为96.7%;CN:Cm:17与韩国分离物KR:RDA:07的氨基酸一致率最高(97.8%); CN:Lc:17与CN:CJLX30535:14和CN:spider131932:13的一致率最高(98.4%)。重组分析发现,CN:Lc:17具有显著重组事件,为KR:KR-PA:05和CN:Cm:17的重组体。基于多聚蛋白编码序列的系统进化聚类结果显示分组与分离物的地理起源存在密切相关性,所有中国分离物分别聚集在A-Ⅴ和A-Ⅵ亚组。     

辣椒GRAS家族全基因组鉴定与表达分析

基于辣椒全基因组数据信息,利用生物信息学方法对CaGRAS基因家族进行了系统鉴定和进化分析,并通过Real-time PCR方法检测了CaGRAS家族组织表达模式和对PEG6000、盐胁迫的应答。结果表明:在辣椒中存在54个CaGRAS基因,除11号染色体外其余染色体均有分布,外显子数1~3,等电点4.97~9.13;系统进化分析显示CaGRAS基因可分为8个进化群;CaGRAS基因具有不同的表达模式,在根、茎、叶片和茎尖中优势表达的基因分别有34、8、3和8个;多数CaGRAS基因能响应PEG6000和盐胁迫,其中CaGRAS11、CaGRAS30、CaGRAS40、CaGRAS44和CaGRAS50受到PEG6000和盐胁迫的强烈诱导。本研究为深入解析CaGRAS家族基因的功能奠定了一定基础。     

苹果锈果类病毒火焰海棠分离物全基因组克隆及序列分析

【目的】检测从山东青岛采集的有"花脸"症状的火焰海棠(Malus‘Flame’)果实是否带有苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)。【方法】提取带有"花脸"症状的火焰海棠果皮总RNA,设计ASSVd特异性引物,利用RTPCR方法进行检测。设计基因特异性引物扩增ASSVd基因组全长,并进行克隆、测序,利用CLC RNA Workbench4预测其二级结构。用DANMAN软件比对来自中国不同地区、不同寄主的苹果锈果类病毒分离物基因序列。用MEGA-7软件分析山东火焰海棠ASSVd分离物与来自不同国家、不同寄主ASSVd分离物的遗传关系。【结果】从山东青岛采集的表现"花脸"症状的火焰海棠果皮中检测到ASSVd,推测火焰海棠果皮的"花脸"症状可能由ASSVd引起。利用基因特异性引物克隆4条ASSVd基因组全长序列,其长度为333～334 bp,在GenBank的登录号依次为MK102981-MK102984。ASSVd序列比对结果显示,来源于不同寄主的分离物存在差异。系统进化树显示ASSVd不存在明显的地区专化性,进一步对ASSVd二级结构分析发现不同寄主的ASSVd致病区(P)存在明显的差异。【结论】从山东青岛采集的带有"花脸"症状的火焰海棠果实带有ASSVd。本研究从火焰海棠检测到ASSVd,明确其为自然寄主之一,且火焰海棠果实的"花脸"症状形成可能与ASSVd侵染有关。     

侵染白菜的黄瓜花叶病毒分离物基因组的全序列分析

对浙江省杭州地区白菜（Brassica campestris L. ssp. chinensis var. commuis Tsen et Lee.）上获得的CMV分离物（CMV-CTL）进行了全长克隆和基因组序列分析。结果显示：CMV-CTL的RNA1（GenBank序列号：EF213023）全长为3357个核苷酸（nt）,编码993个氨基酸（aa）的1a蛋白;RNA2 （GenBank序列号：EF213024）全长为3047 nt ,编码858 aa的2a蛋白和111 aa的2b蛋白;RNA3 （GenBank序列号：EF213025）全长为2217 nt,编码278 aa的MP蛋白和218 aa的CP蛋白。序列相似性分析表明,CMV-CTL与CMV亚组IB中株系IA相似性最高,RNA 1、RNA 2和RNA3与该株系的相似性分别为91.3%、91.3%和93.6%。CP基因和RNA 3 的5' NTR核酸序列系统发生树分析表明,CMV-CTL与中国大多数CMV分离物一样,属于CMV亚组IB。     

苹果锈果类病毒新疆分离物的克隆和序列分析

利用自行设计的方法分离提取总RNA,通过一对特异引物,扩增出苹果锈果类病毒的全长片段,该片段通过回收、克隆和测序,结果发现该片段全长330bp,与已发表的NC_001340同源性为99.7%,仅在第126有一个碱基差异。由此证明该片段是苹果锈果类病毒的全长序列,进一步证明该反应体系能很好地用于苹果锈果类病毒的RT-PCR检测,为快速鉴定类病毒奠定了良好基础。     

辣椒新品种“托克托辣椒2号”的选育

"托克托辣椒2号"是以自交系L0691131HH为母本,自交系04511H为父本配制杂交选育而成。该品种中早熟,果实灯笼型,红鲜果纵径9.6cm左右,横径3.8cm左右,平均单果质量19.3g,成熟果红色,中辣,抗病毒病和炭疽病能力强,667m^2产鲜红椒2 500kg左右,在内蒙古的大部分地区均可种植。