基于SSR标记的芡实遗传多样性分析及指纹图谱构建

为进一步明确我国芡实种质资源的遗传背景，采用SSR标记扩增和籽粒品质性状测定，对10份芡实材料进行了遗传多样性分析。基于10对SSR引物对10份芡实材料的扩增及检测结果，共获得29个位点，其中28个具有多态性，多态百分率为96.6%，品系间Nei&Li相似系数平均值为0.580 3，以相异系数0.57为阈值可将所有材料分为4组；基于籽粒品质性状测定结果，品系间欧式遗传距离平均值为4.057 5，以欧氏遗传距离3.50为阈值可将所有材料分为3组。试验结果明确了现有芡实材料之间的遗传距离，构建了芡实种质资源DNA指纹图谱。     

秋甘蓝品种的SSR指纹图谱的构建

 为实现对甘蓝品种进行快速准确鉴定,利用SSR分子标记技术对目前广泛栽培的‘京丰一号’、‘晚丰’、‘中甘8号’、‘中甘18’、‘中甘19’和‘中甘22’等6个秋甘蓝品种及其亲本共18份材料构建指纹图谱。基于先前的甘蓝EST-SSR标记开发研究,选取26对多态性较好的甘蓝EST-SSR引物对其进行扩增分析,通过对这26对EST-SSR引物的电泳检测统计分析,利用BoE974、BoE916、BoE337、BoE316和BoE222等5对引物构建了这6个甘蓝杂交种及其亲本的指纹图谱,实现了这18份材料的分子鉴定。利用引物BoE222对一份‘京丰一号’的商品种子进行纯度鉴定,结果显示90粒种子为真杂种,9粒为假杂交种,种子纯度为90%。     

36 份枣品种SSR 指纹图谱的构建

 利用12 对SSR 引物对36 个枣品种进行分析,采用荧光M13 毛细管电泳技术进行多态检测,共检测到99 个多态位点,每对引物的多态位点数达到8.25,PIC 值变幅为0.62 ~ 0.85,平均为0.75。依据12 对SSR 引物在36 个品种中扩增的特异带型组合,采用引物-带型组合法构建了36 个枣品种的指纹图谱,并对这36 份枣品种做聚类分析,遗传相似系数在0.6667 ~ 0.9444 之间。研究结果为枣树分类、种质鉴定和分子育种提供了重要的工具。     

郑抗系列无籽西瓜品种SSR指纹图谱的构建

为实现无籽西瓜品种的快速、准确鉴定,用23对西瓜核心SSR引物分析了15份无籽西瓜品种的DNA指纹。23对核心引物中有21对具多态性,共扩增出58个基因型,平均2.71个,平均多态性信息量(PIC)为0.36。10对引物在9个品种上具有特征谱带,组合PIC值0.4的8对引物可以将参试的15个无籽西瓜品种一一区分开,并利用这8对引物构建了参试品种的数字指纹图谱。研究表明,西瓜核心SSR引物适合用于构建无籽西瓜品种的DNA指纹,将为无籽西瓜品种真实性鉴定和知识产权保护提供有效的技术依据。     

部分香蕉品种SSR指纹图谱的构建

采用SSR标记技术构建香蕉品种的分子指纹图谱,为香蕉品种鉴定提供依据。以56份香蕉种质为材料,从199对引物中筛选出5对多态性及稳定性较高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物在56个品种中扩增出的多态性带数在11～16个,平均为13.8条;引物的多态信息含量(PIC)在0.8490～0.9022,平均0.8727。依据香蕉SSR带型特征,对每个引物生成的不同带型直接编号,简化香蕉SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA分子指纹图谱,5对引物可将56份供试香蕉材料完全区分开。表明SSR标记技术可用以鉴定香蕉种质。     

利用SSR荧光标记构建92个梨品种指纹图谱

 利用SSR荧光标记技术筛选出的10对SSR荧光标记引物,构建中国建国以后选育的92个梨品种的SSR指纹图谱。10对SSR引物共扩增出132个等位基因,位点的杂合度在0.2421 ~ 0.8632之间。10对引物的扩增带型为8 ~ 44个,平均为29.7个。利用其中5对引物KA16、NH009b、NH013a、CH02b121和CH05d04可区分所有供试品种。92个梨品种10个SSR位点的遗传多样性和多态性信息含量的变化范围分别为0.4886 ~ 0.8810和0.4537 ~ 0.8707,平均值分别为0.7920和0.7732。92个梨品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。     

利用SSR技术对十七份枸杞材料进行遗传多样性分析及标准指纹图谱构建

以17个枸杞资源为试材,采用简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)技术,研究宁夏枸杞系列品种和其它枸杞种/品种及野生类型的遗传多样性和指纹图谱。结果表明:以15对SSR引物对17份枸杞种质扩增获得109个位点,其中91个多态性位点,多态性比例83.4%;17个种质平均多样性指数H为0.1943,Shannon信息指数I为0.3108;10个宁夏枸杞栽培品种的Nei’s多样性指数H为0.0962,Shannon信息指数I为0.1537;7个野生种质的Nei’s多样性指数H为0.2004,Shannon信息指数I为0.3130,说明非栽培枸杞的多样性比栽培品种的多样性更丰富。以其中4对引物构建了17个枸杞种质的DNA指纹图谱。该研究结果为枸杞品种鉴定、遗传图谱构建等奠定了技术基础。     

甜樱桃品种中新多态性SSR的鉴定、指纹图谱构建及聚类分析

【目的】应对迅速增加的甜樱桃品种及其分子鉴定需求,储备一批新多态性SSR,并获得其在甜樱桃品种中的基因型数据。【方法】从甜樱桃基因组测序开发的SSR库中,根据重复单元和重复次数在8条染色体上一共选择了96个SSR。用ABI3730,鉴定出其中9个SSR在4个代表甜樱桃品种中具有多态性。另外从305个李属SSR中又鉴定出9个多态性SSR。用S基因和多态性SSR排除了52个品种122个单株中S基因型不正确和混杂的品种或单株,然后用多态性信息比价高的11个SSR(其中包括8个新SSR)和S基因标记,构建了48个甜樱桃品种的指纹图谱库,并获得了可以区分48个品种的最少标记组合。【结果】聚类分析表明,48个甜樱桃品种组成了短低温组、中国组、北美组和东欧组。聚类分析结果可以和品种间亲缘关系及地域来源互相验证。【结论】鉴定了3个从未报道的甜樱桃品种的S基因型,验证了一种可以有效获得多态性SSR的途径,提供了9个新的多态性SSR及其等位基因大小,用12个分子标记构建了48个甜樱桃品种指纹图谱。本文提供的新SSR及其构建的甜樱桃品种指纹图谱真实可靠。     

中国板栗品种（系）DNA指纹图谱构建及其遗传多样性分析

基于SSR荧光分子标记,对中国342个板栗品种(系)构建了DNA指纹图谱,并解析了各品种群间的亲缘关系和遗传分化特征。结果表明：(1)所有SSR标记多位点匹配后的PI和PIsibs值分别为4.960×10^-20和2.395×10^-8,显示本试验所选用的标记指纹识别潜力强;对342份品种(系)构建指纹图谱,共获得338个有唯一对应关系的指纹信息,其中舒城大红袍与焦扎、双合大红袍与CSB-1两两共享了一个指纹信息,结合主要植物学性状,推测其为同物异名品种;同时发现存在大于10个位点信息差异的19份同名资源,判定其为同名异物品种。(2)两两品种群的F_st平均值为0.0224(F_st <0.05),表明品种群间遗传分化程度较低;对5个品种群进行了基因流(N_m)和AMOVA分析,遗传变异主要存在于个体内,占总变异的84%,各品种群间的平均基因流为6.592,表明资源间存在着广泛的基因交换,制约了各群体间的分化。(3)利用位点数据进行群体结构、主坐标和聚类树分析表明,板栗品种资源主要...     

鲜食番茄品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

选取市场上广泛使用和拟进入市场的75份番茄材料,利用栽培种间多态性丰富的48对InDel标记进行遗传多样性分析,并选取其中24对标记进行指纹图谱构建。结果表明,48对InDel标记中,45对呈现较好的多态性;75份番茄材料的遗传距离为0.16～0.91,平均遗传距离为0.52;聚类分析将75份材料分为5个类群,其中第Ⅰ、Ⅳ和Ⅴ类群以国内品种为主,第Ⅱ和Ⅲ类群主要集中了国外公司的一些品种;选取24对覆盖全基因组的InDel标记进行指纹图谱构建,基本可以将75份番茄材料进行识别。     

基于SSR标记的42份樱花品种的聚类分析及DNA指纹图谱构建

通过14对SSR引物基于UPGMA法对42份樱花品种进行聚类分析，并采用引物和基因型组合法构建DNA指纹图谱。结果表明：14对SSR引物共检测出187个等位基因，每对引物平均13.36个，有效等位基因平均6.10个，观察杂合度平均0.31，期望杂合度平均0.80,Shannon’s信息指数平均2.01，多态信息含量平均0.77；共检测出219个基因型，平均15.64个，平均区分率为22.11%。在Dice遗传相似系数约为0.18处时可分为3组，A组主要是山樱系、豆樱系和江户彼岸樱系的品种，B组是钟花樱系的品种，C组中只有尾叶樱；当Dice遗传相似系数约为0.37时，除八重红枝垂樱外，A组又可以分为6个小组。采用引物和基因型组合法构建了42份樱花品种的DNA指纹图谱，为今后樱花品种资源的分子鉴定提供依据。     

籽用美洲南瓜种质遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建

利用20对SSR引物分析48份籽用美洲南瓜种质的遗传多样性并建立指纹图谱,为籽用美洲南瓜种质的亲本选配、保护和鉴定提供依据。结果显示,这20对引物在48份籽用美洲南瓜种质中扩增出115条具有多态性的等位基因,位点的Shannon信息指数（I）均值为1.36、遗传多样性指数（H）均值为0.69、多态性信息指数（PIC）均值为0.63。聚类分析显示,20对SSR引物可将48份种质从0.659相似系数水平上分成两大类。其中,第Ⅰ类包含46份种质,在遗传相似系数为0.679处又将其分为3个亚类。第一亚类包含来自内蒙古巴彦淖尔市的15份种质和来自甘肃的18份种质,第二亚类包含来自新疆的10份种质,第三亚类包含来自山西的3份种质。第Ⅱ类包含了来自内蒙古呼伦贝尔市的2份种质。综合各项指标筛选出5对SSR核心引物将48份籽用美洲南瓜种质完全区分并构建了指纹图谱。     

川翠3号黄瓜SSR指纹图谱的构建及种子纯度鉴定

为了建立杂交黄瓜品种川翠3号的快速纯度鉴定体系,用164对全基因组覆盖的SSR引物对川翠3号及其亲本进行了多态性筛选及纯度鉴定。其中4对引物表现出稳定的共显性,电泳图谱清晰、易分辨,特异性强,对川翠3号种子鉴定纯度为99.0%,真、假杂种编号与田间鉴定结果一致,可以用来区别其中混杂的母本、父本及其他种子,说明这4对引物组成的指纹图谱能为川翠3号杂交种的真伪鉴定、纯度检测及亲本提纯等提供准确的技术指导。     

西州密系列甜瓜SSR指纹图谱构建及聚类分析

为利用SSR标记技术建立西州密系列甜瓜品种的DNA指纹图谱,实现快速准确地鉴定品种.利用18份西州密系列甜瓜品种(系)对73对甜瓜SSR引物进行筛选,获得9对扩增稳定、呈共显性、条带清晰、多态性好的引物,其中每对引物可检测到3～6个等位变异,平均4.33个;多态性信息含量(PIC)平均值为0.45,变化范围为0.20～...     

甜瓜杂交种SSR指纹图谱的构建

以2个甜瓜杂交品种(系)的种子东方蜜1号和01-31为试材,从63对SSR引物中筛选出10对扩增产物具有稳定多态性的引物,这些引物分布在甜瓜整个基因组,每对引物可以检测到2～4个数目不等的多态性片段(allele),共27个多态性片段,平均为2.7个,片段大小介于85￣270bp之间,并从入选的10对SSR引物中选出7对构建了这2个甜瓜杂交种的指纹图谱。在比较分析各试材图谱的基础上,探讨了品种指纹图谱的统计学方法,并对构建的2个甜瓜杂交种的指纹图谱进行了可信度分析,建立了适于种子检验中使用的标准SSR标记指纹图谱。实验表明,利用SSR技术进行甜瓜杂交种的纯度鉴定是可行的、有效的。     

我国新育成葡萄品种SSR指纹图谱的建立

【目的】建立我国近年来新育成葡萄品种的指纹图谱,明确他们之间的亲缘关系。【方法】收集了国内新育成的24个葡萄品种,采用6对国际通用的SSR荧光标记引物对其进行扩增,通过毛细管电泳进行基因分型。【结果】这6个标记不仅可以明确的区分每一个供试品种,而且能很好鉴定葡萄品种的倍性,同时这些标记也可以用于品种间亲缘关系的鉴定,区分不同亲本、不同种群及不同亚属的葡萄品种。【结论】该SSR指纹图谱的建立可以完善我国葡萄品种数据库,为品种鉴定、植物品种权保护及亲缘关系分析提供很好的参考依据。     

莲藕品种资源InDel指纹图谱的构建

利用自主开发的莲藕高多态性In Del标记,对山东省农业科学院水生生物研究中心莲藕种质资源圃中15个代表性莲藕品种资源进行分子标记分析。结果表明,利用In D38、In D61等7对引物组合即可区分该15个品种资源,并构建了各个品种的In Del指纹图谱,为莲藕品种鉴定和育种研究提供了技术支持。     

38个欧美草莓栽培品种SSR指纹图谱的构建

为了建立草莓品种指纹图谱数据库,从而对不同草莓品种进行分子鉴定,以早光、因都卡、达赛莱克特、森加拉等38个欧美草莓栽培品种为试材,利用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行扩增产物检测。通过对各种影响因素不同浓度梯度的比较,得出优化的SSR扩增反应体系,25μL PCR的反应体系中各成分为：1×Buffer;2.5 mmol...     

利用SSR 标记进行枣树子代苗父本鉴定

 利用SSR标记技术对‘冬枣’自然授粉实生苗1 728株和‘灵宝大枣’自然授粉实生苗530株进行父本鉴定,利用可能的父本材料从376对引物中筛选出8对条带清晰、多态性较高且具有高度区分度的引物。采用荧光M13毛细管电泳技术,用这8对引物在亲本材料中共检测到45个多态等位条带,每对引物的平均多态条带数为5.625,PIC值变幅为0.58 ~ 0.86,平均为0.71。利用Cervus3.0软件对具有8对引物数据的子代进行父本分析,鉴定出‘冬枣’ב木枣’实生苗399株、‘冬枣’ב小芽枣’实生苗390株、‘冬枣’ב映山红’实生苗357株、‘灵宝大枣’ב紫圆枣’（‘紫枣’）实生苗204株、‘灵宝大枣’ב柿饼枣’实生苗126株。     

葡萄种质遗传多样性的SSR分析及指纹库构建

以取自郑州果树研究所的45个葡萄品种为试材,利用SSR标记技术对其进行了遗传多样性分析.结果表明:利用19对基本核心引物对位于不同染色体上的SSR位点进行PCR扩增,共扩增出76条带,其中包括74条多态性条带.每对引物可检测到等位位点数为2～5个,多态率为66.7％～100％.通过聚类分析结果表明,在遗传距离为0.41处,45份葡萄材料可分为三大类群.对供试葡萄品种的不同引物的扩增产物进行检测,得到了每个品种在一组位于不同染色体的SSR位点上的基因型图谱,从而初步建立一个供试葡萄品种的SSR基因型指纹库.这为利用SSR标记鉴定葡萄品种或品系提供了基础数据.