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1.
在前期转录组数据的基础上对梅花(Prunus mume)垂枝候选基因PmTAC1(TILLER ANGLE CONTROL1)进行了克隆及相关分析。PmTAC1编码区全长915bp,编码304个氨基酸,且在梅花垂枝和直枝品种中无序列差异。氨基酸序列比对进一步证实Pm TAC1具备IGT家族典型结构域,进化树分析表明PmTAC1与桃(Prunus persica)的PpeTAC1亲缘关系最近,亚细胞定位预测该蛋白定位于细胞核和叶绿体,蛋白疏水性分析显示其具有亲水性。PmTAC1在茎中表达最高,叶和顶芽次之。PmTAC1在垂枝品种的1年生枝条中的表达显著高于直枝品种,且在两种枝型枝条近远轴侧均有差异。垂枝品种PmTAC1的启动子序列长度为1 608 bp,直枝品种启动子序列长度为1 379 bp。启动子顺式元件预测到光响应、赤霉素合成、脱落酸响应顺式元件的数量在两种枝型品种间具有差异。推测PmTAC1在垂枝和直枝梅花品种中的启动子序列及表达量差异可能与垂枝性状形成有关。  相似文献   

2.
以‘巴西酸橙’(Citrus aurantium L.)、‘本地早橘’(C. reticulata Blanco)、‘桂花蒂南丰蜜橘’(C. reticulata Blanco)、‘北碚447锦橙’[C. sinensis(L.)Osbeck]等30份柑橘种质为试材,挖掘与柑橘类黄酮生物合成相关的R2R3-MYB转录因子。通过比较转录组分析发现ERF、MYB以及Dof转录因子家族与果实发育过程中类黄酮的代谢密切相关,其中两个R2R3-MYB转录因子基因CitMYB21(Ciclev10021699m)和CitMYB33(Ciclev10012152m)的表达水平与类黄酮生物合成途径中的关键结构基因CitCHS2的表达量明显负相关。系统发育分析显示,这两个基因分别属于R2R3-MYB中的第2和第1亚族。从‘北碚447锦橙’中克隆得到了CitMYB21编码区的全长序列,共804 bp,编码267个氨基酸。CitMYB21的表达有显著的组织特异性及明显的种质特异性,并与类黄酮的含量呈显著负相关。CitMYB21沉默的柑橘植株叶片中类黄酮含量显著增加,而瞬时过表达的果皮中类黄酮的含量明显降低。...  相似文献   

3.
利用同源克隆和c DNA末端快速扩增(RACE)技术从三倍体枇杷‘Q27’中分离得到1个调控花期的SQUMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN LIKE(SPL)转录因子家族基因EjSPL5。该基因cDNA序列全长为778 bp,其中5′非翻译区(UTR)序列为24 bp,3′UTR序列为214 bp,包含1个长为549bp的开放阅读框(ORF),编码182个氨基酸。蛋白序列比对分析表明,EjSPL5和苹果、拟南芥及金鱼草的SPL蛋白序列具有较高的相似性,均具有保守的SBP结构域和核定位信号(NLS)。分子系统进化分析表明,EjSPL5与苹果MdSPL5具有较高的同源性,聚为同一分支。EjSPL5的亚细胞定位发现,其行使功能区域定位在细胞核。实时荧光定量PCR分析表明,EjSPL5在枇杷萼片和幼果中的表达量较高;二倍体和三倍体枇杷的早、晚花品种中EjSPL5表达量存在显著差异,其表达主要集中在花发育的前6个时期,在花蕾露白期和盛花期的表达量较低。三倍体枇杷EjSPL5表达量在花芽形态分化期最高,二倍体枇杷在花序侧生支轴快速伸长期的表达量最高。早花枇杷品种的EjSPL5相对表达量高于晚花品种。  相似文献   

4.
以梨(Pyrus communis L.)紧凑型矮化砧木‘中矮1号’及其母本‘锦香’新梢韧皮部为试材,根据转录组测序结果设计特异性引物,克隆到1个长1 239 bp的基因序列。该序列在两个品种间不存在差异,均编码412个氨基酸,其氨基酸序列与苹果(np_001280772.1)、梅(xp_008242099.1)、毛果杨(xp_002306421.2)、草莓(xp_00428771.1)的生长素氢转运体基因(AHS)编码的氨基酸序列的相似性在67% ~ 99%之间,命名为PcAHS。qRT-PCR分析发现,‘中矮1号’新梢韧皮部中PcAHS的表达量均低于母本‘锦香’,推测其启动子序列存在差异。‘中矮1号’及其母本‘锦香’PcAHS 基因上游启动子长度分别为828 bp和888 bp,二者相似性89.1%。序列分析发现‘中矮1号’PcAHS基因启动子有一段58 bp(–496 bp ~–553 bp)的缺失;利用植物顺式作用元件数据库PLACE和PLANTCARE分析表明,‘中矮1号’启动子含有一个‘锦香’没有的BPBF转录因子结合元件P-box。推测‘中矮1号’PcAHS基因启动子特有的片段缺失和P-box转录因子结合元件可能是导致其表达量低并通过影响生长素的运输最终引起矮化的原因。  相似文献   

5.
MYB转录因子不仅在植物生长发育中起着重要作用,且在植物抗病反应中承担着重要的调节功能。本研究中以溃疡病感病品种纽荷尔脐橙(Citrus sinensis Osbeck)和抗病品种四季橘(C. madurensis)为材料,基于前期构建的溃疡病诱导柑橘转录组数据库,筛选获得2个受柑橘溃疡病菌Xanthomonas citri subsp. citri(Xcc)显著诱导的MYB基因:CsMYB41(Cs1g06220)和CsMYB63(Cs4g12760)。利用PCR技术克隆了纽荷尔脐橙的CsMYB41和CsMYB63,并对其结构特征及表达特性进行分析。PCR克隆测序分析发现,这2个基因的全长分别为1 304 bp、1 398 bp,开放阅读框(ORF)为1 047 bp、1 170 bp,各编码349、390个氨基酸。蛋白质同源序列比对和结构分析表明,这2个基因属于MYB类转录因子家族中的R2R3-MYB亚家族;进化树分析表明,CsMYB41和CsMYB63蛋白分别与可可、蓖麻等MYB41和MYB63蛋白高度同源。亚细胞定位结果显示,CsMYB41和CsMYB63定位在细胞核中。实时荧...  相似文献   

6.
‘红肉蜜柚’CmMYB330基因的分离与表达分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
【目的】分析‘红肉蜜柚’果实汁胞粒化相关的MYB转录因子基因特征与表达模式,探讨MYB转录因子在蜜柚汁胞木质素代谢过程中的作用机制,为研究蜜柚汁胞粒化发生机制提供借鉴。【方法】以‘红肉蜜柚’果实汁胞为试材,参考甜橙MYB全基因组分析,利用生物信息学分析和PCR技术克隆Cm MYB330的编码区序列及其5’端调控序列,并对序列进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术对Cm MYB330在‘红肉蜜柚’果实汁胞不同发育时期和不同部位的表达情况进行分析。利用农杆菌介导法将Cm MYB330与GFP的融合表达载体注射转化到烟草叶片中进行亚细胞定位分析。利用酵母双杂交系统对Cm MYB330进行转录激活活性分析。【结果】Cm MYB330的编码区序列长度为942 bp,编码313个氨基酸,预测为核定位蛋白,为典型的R2R3 MYB转录因子。Cm MYB330与甜橙Cs1g19400.1、Am MYB330等亲缘关系近,都属于R2R3 MYB第4亚组。Cm MYB330的5’端调控序列为起始密码子上游-1 748 bp序列,预测该序列含有TATA-box、CAAT-box 2个启动子核心元件,3个MBS,1个AC-I,1个5UTR Py-rich stretch,还有大量激素(如赤霉素、乙烯、水杨酸等)响应元件。Cm MYB330表达量在‘红肉蜜柚’果实汁胞发育过程中有起伏,但总体呈现上升趋势,表达量在花后208 d达到最大,之后开始下降。在转化p-super1300-Cm MYB330-GFP的烟草叶片细胞核中检测到绿色荧光信号,与预测结果一致,说明Cm MYB330定位在细胞核中。在Y2H Gold酵母中,Cm MYB330表现为没有转录激活活性。【结论】克隆了‘红肉蜜柚’MYB转录因子Cm MYB330编码区序列及其5’端调控序列,Cm MYB330属于R2R3 MYB第4亚组,与汁胞粒化相关,为核定位蛋白,同时分析了其在‘红肉蜜柚’果实汁胞发育过程中的表达水平,总体呈上升趋势。为进一步研究Cm MYB330与蜜柚汁胞粒化的关系奠定了基础。  相似文献   

7.
通过对‘红阳’猕猴桃基因组鉴定得到277个MYB家族成员并将其分为12个亚家族(S1~S12),其中多数序列属于R2R3-MYB,其次是MYB相关蛋白,仅鉴定到1个4R-MYB。S11和S12亚家族在进化上处于较早的位置,结构较为多样化,而S1和S2在进化上出现较晚。顺式作用元件分析显示,该家族主要含水杨酸、赤霉素和茉莉酸甲酯等相关植物激素元件,还有部分参与昼夜节律、低温、细胞周期等相关元件。密码子偏好性分析显示,猕猴桃MYB家族有3个高频密码子(UUG、AGA和AGG),基因的密码子偏好使用A/T,第3位碱基偏好更强。通过顺式作用元件分析和4个猕猴桃品种越冬期转录组数据分析筛选了9个可能参与低温胁迫响应MYB基因,对其在低温胁迫下的软枣猕猴桃‘龙成2号’中进行检测验证,确认这些基因参与猕猴桃对低温的响应。  相似文献   

8.
苹果赤霉素信号转导因子MdGAMYB的克隆和表达分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
以‘长富2号’苹果为试验材料,从其短枝顶芽中克隆得到1个赤霉素信号转导因子MdGAMYB,对其进行生物信息学和表达分析。结果表明,MdGAMYB的开放阅读框(ORF)长度为1 656bp,编码551个氨基酸,蛋白质分子量为59.741 kD。生物信息学分析表明MdGAMYB编码的蛋白存在多个糖基化位点和磷酸化位点;序列分析表明,Md GAYMB和其他物种的GAMYB蛋白有很高的相似性,均含有保守的R2R3 DNA结合域和GAMYB家族所特有的Box1,Box2和Box3保守区域;系统进化分析表明,Md GAYMB与梨、梅花、草莓、枣和葡萄等的GAMYB蛋白具有较高的同源性。实时荧光定量PCR分析表明,Md GAYMB具有组织表达特异性,在叶片、花和芽中的表达量较高。外源GA3处理抑制了花芽孕育和翌年成花,抑制MdGAMYB的表达。在易成花品种‘烟富6号’中的表达量高于难成花品种‘长富2号’。  相似文献   

9.
柑橘溃疡病是世界柑橘的一种重要病害,对柑橘产业造成严重的经济损失。对柑橘中9–顺式–环氧类胡萝卜素双加氧酶(NCED)基因家族进行注释,并克隆出受柑橘溃疡病菌诱导表达的CsNCED3-2,确定了其表达模式。从柑橘全基因组公共数据库共注释出14个NCED基因家族成员,根据系统发育树和功能结构域将其分为4个亚类;CsNCED3-2其序列全长2 377 bp,开放阅读框1 830 bp,编码609个氨基酸,属于RPE65超家族成员和类胡萝卜素双加氧酶家族成员,是非分泌性蛋白;在‘晚锦橙’和‘金弹’叶片注射溃疡病菌后的各个时间点,‘晚锦橙’叶片中CsNCED3-2的相对表达量总体高于‘金弹’,并且两品种的相对表达变化呈相反趋势;与茎、叶和种子相比,CsNCED3-2在两品种果皮中表达量较高;两品种的CsNCED3-2上游启动子均含有参与植物激素和逆境应答相关的顺式作用元件ABRE(脱落酸响应)、TCA-element(水杨酸响应)、MYC/MYB(干旱响应)等,但数量和类型存在差异。  相似文献   

10.
鉴定银杏花芽分化调控的关键基因,揭示银杏花芽分化调控的主要分子机制,为缩短银杏童期和选育银杏早花品种提供理论指导。本研究中采用高通量测序技术对银杏花芽分化3个时期(花芽未分化期、花芽分化始期、花芽分化盛期)的样品进行转录组测序,并分析数字表达谱,筛选开花调控相关基因并进行荧光定量PCR(RT-qPCR)表达验证。转录组测序共产生27.52 Gb原始数据,注释到8大功能数据库(GO、COG、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG)上的 unigene 总数为35 179个。通过GO分类和KEGG Pathway 富集性分析,将unigene分别归于55个GO类别和126个代谢途径。差异表达基因分析显示,花芽未分化期较花芽分化始期有2 253个基因上调,2 032个基因下调;花芽分化始期较花芽分化盛期有1 770个基因上调,1 901个基因下调;花芽未分化期较花芽分化盛期有1 865 个基因上调,2 042个基因下调。发掘出大量的开花相关的基因涉及5个开花调控途径(光周期途径、春化途径、赤霉素途径、自主途径和年龄途径)。筛选出gene.Gb_17618(GI序列)、gene.Gb_19790(FT/TFL1序列)、gene.Gb_16301(AG序列)、gene.Gb_28337(花发育MADS-box序列)、gene.Gb_01884(SOC1序列)和gene.Gb_41704(CO序列)等6个银杏花芽分化差异表达关键基因序列,荧光定量PCR检测表达水平与转录组结果一致。  相似文献   

11.
【目的】卵形家族蛋白(ovate family proteins,OFPs)在植物生长发育及逆境响应过程中扮演重要角色。前期通过杧果成花基因酵母文库筛选,获得了一个MiOFP1基因,为明确其功能,对MiOFP1的表达模式和转基因功能开展了研究。【方法】在本研究中分析了杧果MiOFP1的启动子序列;通过实时荧光定量PCR技术分析MiOFP1在杧果不同组织器官和不同生长发育期叶片中的表达模式;转化构建好的超量表达载体并侵染拟南芥研究MiOFP1的功能。【结果】四季蜜杧MiOFP1启动子包含激素响应元件:ABA响应元件、GA响应元件、SA响应元件和乙烯响应元件,逆境响应元件:盐响应元件、脱水响应元件、MYC转录因子和MYB转录因子结合位点。组织特异性表达分析显示,MiOFP1在各组织器官中均有表达,且在童期实生树和成年期嫁接树的茎中表达量最高,在成熟果实中表达量最低;嫁接树不同成花发育时期表达分析结果显示,MiOFP1在营养生长期的叶中表达量最高,在成花诱导期和花发育期表达水平较低。转基因功能研究显示,超量表达MiOFP1的拟南芥出现晚花表型,抽薹期叶片中成花抑制基因FLOWERING LO...  相似文献   

12.
赵慧霞  李凤霞  郭瑞  陈禅友 《园艺学报》2020,47(11):2145-2160
生长调节因子(Growth-regulating factor,GRF)是一类植物特异的转录因子,其作用涉及植物的生长发育、胁迫和激素信号响应等各个方面。目前还没有关于辣椒GRF的相关报道。利用BLASTP和隐马科夫模型(HMM)在辣椒属(Capsicum)5个参考基因组数据库鉴定了52个GRF家族成员。通过分析发现辣椒GRF转录因子长度为200 ~ 745 aa,分子量23 ~ 81 kD,理论等电点5.9 ~ 9.5。保守结构域和基序分析发现,大多数辣椒GRF N端具有QLQ和WRC保守结构域,C端至少具有FFD、TQL和GGPL结构域之一;少数GRF N端仅具有WRC结构域,C端缺乏保守序列。系统进化分析发现,辣椒GRF转录因子分为5个群,位于同一群的GRF保守结构域位置、基序组成、基因结构相似,辣椒GRF与番茄GRF具有一一对应的进化关系。转录组数据分析表明,CaGRF8在辣椒果实发育早中期表达量高,CaGRF4在果实发育后期表达量较高;低温、干旱、盐和赤霉素处理后辣椒幼苗CaGRF表达量发生明显变化,CaGRF8受到赤霉素诱导表达量升高,而CaGRF4的表达被赤霉素抑制。  相似文献   

13.
为探究中国南方暖湿地区甜樱桃适栽品种花芽休眠阶段的分子调控机制,以杭州地区种植的2个不同需冷量甜樱桃品种‘布鲁克斯’和‘萨米脱’为材料,分别于休眠前期(S1)、内休眠期(S2)和萌芽前期(S3)采集花芽,通过转录组测序比较2个品种间的基因表达差异。分析表明,S1、S2和S3时期分别获得343、671和1 588个差异表达基因,其中S3的差异基因数最多。GO分析表明,细胞组建、细胞代谢过程、刺激响应以及转运蛋白活性相关的基因在3个时期品种间均表现出显著差异。KEGG分析表明,S3富集的差异基因数及相关代谢途径最多,主要集中在糖代谢和蛋白质合成加工相关途径以及植物—病原互作、植物激素信号转导等途径,表达趋势分析显示部分差异基因可能参与调控甜樱桃花芽休眠状态的转换。通过转录因子预测分析,筛选到包含9个转录因子家族的42个差异表达转录因子,其中AP2/ERF、MYB、WRKY、C2H2、C3H和MADS-box家族的13个转录因子在S2的表达量显著高于S1和S3,表明这些转录因子可能参与了甜樱桃花芽休眠期的调控。  相似文献   

14.
《中国园艺文摘》2011,27(9):198-198
目的:克隆新疆红肉苹果[Malus sieversii f.neiclzwet-zkyana(Dieck)Langenf]MYB10转录因子基因,进行序列分析和原核表达研究,为进一步探索红色发育机理及选育新的栽培红肉苹果奠定理论基础。  相似文献   

15.
【目的】获得香蕉抗逆相关转录因子。【方法】通过随机克隆测序的方法从香蕉根系c DNA文库中获得MYB基因,命名为Ma MYB1。【结果】对扩增获得的c DNA序列进行生物信息学分析,表明Ma MYB1是香蕉MYB基因编码框全长c DNA,包含一个951 bp的最大开放阅读框,编码一个长316个氨基酸的蛋白质。蛋白质序列同源比对发现其含有完整的2个保守的MYB结构域R2和R3,属于典型的R2R3-MYB基因。系统进化树比对分析表明,Ma MYB1与海枣(XP_008808341.1)和油棕(XP_010914123.1)的亲缘关系较近。组织特异性研究表明该基因在叶、根和花中的表达量较高。实时荧光定量PCR分析表明Ma MYB1响应干旱、低温、盐和枯萎病菌的侵染等胁迫处理。【结论】Ma MYB1基因在香蕉响应逆境中扮演重要的调控角色。  相似文献   

16.
以‘海黄’牡丹为材料,采用动态顶空套袋—吸附和GC–MS技术,分析其花挥发性物质成分和相对含量的变化规律。结果共检测出34种挥发性物质,不同花期花挥发性物质的释放量为盛开期>初开期>衰败期>绽口期,在花的不同部位中花瓣相对含量最高,日变化规律为先上升后下降,在14:00—16:00达到峰值,其中芳樟醇、2,6–辛二烯–1–二醇–3,7–二甲基、大根香叶烯D等化合物是挥发性物质主要成分。此外,克隆并鉴定了‘海黄’牡丹大根香叶烯D合成酶基因(GermacreneD synthase,PsGDS,GenBank登录号为MZ513465),其开放阅读框为1 725 bp,编码574个氨基酸。序列相似性分析发现PsGDS与其他物种GDS平均序列相似性为52.6%,系统进化分析表明PsGDS与木本植物的进化关系较近,其中与葡萄的进化关系最近,与草本植物的进化关系较远。PsGDS在‘海黄’中的表达量高于其他几个牡丹品种,其时空表达模式为:在初花期表达量最高,花瓣中表达量最高,日变化中12:00—14:00表达量最高,其表达水平与大根香叶烯D相对释放规律一致,呈显著正相关。亚细胞定位...  相似文献   

17.
日本晚樱花器官特征基因ClAP1的克隆与表达分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
用同源克隆的方法和3′ RACE技术,从日本晚樱(Prunus lannesiana)中克隆得到了1个AP1同源基因ClAP1的cDNA全长。其cDNA全长1 005 bp,包括1个编码238个氨基酸共717 bp的开放阅读框。序列比对和分子系统发生分析表明,ClAP1是拟南芥的AP1同源基因,其蛋白质的C末端具有一个保守的euAP1模体。半定量RT-PCR分析表明,ClAP1在3个日本晚樱品种‘大岛’、‘一叶’和‘普贤像’的萼片、花瓣、雄蕊和雌蕊中均有表达,在叶中不表达,属参与花发育的转录因子,但其表达模式与拟南芥的AP1有一定差别。  相似文献   

18.
建立了应用HPLC–MS/MS快速分离、鉴定草莓花色苷的方法,并对不同果色12个草莓品种的成熟果实进行花色苷定量和定性分析,同时对比分析草莓(Fragaria×ananassa,八倍体)和森林草莓(F.vesca,二倍体)基因组中花色苷合成相关基因的数量和染色体定位,通过RNA-Seq和qRT-PCR分析它们在果实发育过程中的转录水平变化。在草莓中检测到8种花色苷,包括首次检测到的芍药素–3–葡萄糖苷、芍药素–丙二酰葡糖苷和芍药素–3–甲基丙二酰葡糖苷。不同果色草莓果实中总花色苷含量差异较大,均以天竺葵素–3–葡糖苷为主。草莓基因组包含73个花色苷合成相关基因,是森林草莓的3~4倍,均匀分布在4套亚基因组上。RNA-Seq结果显示整体上多拷贝基因在草莓果实中的表达水平没有显著差异,未发生明显的偏向性表达。花色苷合成关键路径基因(PAL1、CHS、CHI、F3H、DFR1、ANS、UFGT),转运基因(GST)和转录因子基因MYB10在草莓果实成熟过程中表达量显著增加,尤其是花色苷积累期,表明这些基因在草莓果实花色苷积累中起关键作用。  相似文献   

19.
以福建野生茶群体中的秃房和茸房种质为试验材料,对其花苞期和开放期花器官进行转录组测序分析,以期探明两种不同类型种质花器官在分子层面的差异。结果表明,两者之间的差异表达基因为2 086~4 733个,这些差异基因主要涉及植物与病原体的相互作用、类黄酮生物合成和谷胱甘肽代谢等途径。通过加权基因共表达网络(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)方法鉴定到18个共表达基因模块,筛选出3个与茶树花器性状相关性最高的模块。通过计算模块内基因的连通性,挖掘网络中的核心基因并进行功能注释。研究结果表明秃房和茸房茶树花器官主要在应对胁迫和次生代谢产物的合成方面存在差异;秃房种质没有子房表皮茸毛,易受病原体入侵和逆境胁迫,通过调控GST(谷胱甘肽–S–转移酶)来提高自身应对胁迫的能力;CsLTP(脂质转运蛋白基因)可能是调控茶树子房茸毛发育起始的关键基因。  相似文献   

20.
以‘资阳’香橙(Citrus junos‘Ziyang’)为材料,利用RT-PCR技术,分离到1个MYB基因,CitMYB22。比对分析发现,CitMYB22含有两个内含子,开放阅读框(ORF)为696 bp,可编码231个氨基酸残基的多肽。氨基酸聚类和结构分析表明,CitMYB22属于MYB类转录因子家族中的R2R3-MYB亚家族。进化树分析表明,CitMYB22与拟南芥参与逆境响应的R2R3-MYB亚家族成员At MYB15的同源性最高。克隆CitMYB22的ATG上游2 500 bp内启动子顺式元件,预测其含有多个与植物逆境和激素应答相关的顺式作用元件,如HSE、SARE和MBS等。亚细胞定位结果显示CitMYB22蛋白定位在细胞核中。实时定量结果表明,CitMYB22在叶、花中的表达量明显高于根和幼果,且在外源脱落酸、水杨酸、甲基茉莉酸、1–氨基环丙烷基羧酸以及高盐、脱水和4℃低温等非生物逆境胁迫下,均被诱导上调表达,推测CitMYB22可能与‘资阳’香橙的抗逆性相关。  相似文献   

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