建兰种质资源遗传多样性分析及核心种质构建

研究记录了311份建兰(Cymbidium ensifolium)种质资源的萼片、花瓣、唇瓣颜色以及叶艺、瓣型和唇瓣斑点等质量性状的表型特征,并对其进行赋值和统计分析;利用22对SSR荧光引物对311份建兰种质资源进行PCR扩增,分析其遗传多样性;利用Structure软件分析建兰种质资源的群体结构,采用主成分分析和聚...     

基于表型性状的甜瓜核心种质构建

【目的】以国家西瓜甜瓜种质资源中期库中的1 200份甜瓜种质为材料,根据19个表型性状的遗传变异,构建甜瓜核心种质。【方法】原始种质按照地理来源分为22组,各组种质根据表型数据分别进行聚类,按照不同比例(10%、15%、20%、25%和30%)取样,构建候选核心种质。通过比较候选样本的遗传多样性指数、表型保留比例、表型频率方差、变异系数等4个检验指标,最终确定甜瓜核心种质,并对其代表性进行评价。【结果】通过比较不同的取样比例,初步获得5个候选样本,其中采用15%的取样比例构建的核心种质包含189份甜瓜种质,其4个检验指标均达到最佳水平,确定为最终的核心种质。此核心种质各性状的特征值和表型频率分布与原始种质基本一致。【结论】研究所构建的甜瓜核心种质具有较好的代表性和遗传多样性,可作为原始种质代表性样本。     

73份草莓种质资源表型性状的遗传多样性分析及在湖北省的综合评价

【目的】全面系统地鉴定草莓种质资源表型变异,明确表型性状的遗传多样性,并基于综合评价指标筛选出优异资源,为草莓品种改良及理论研究奠定材料基础。【方法】对来源于国内、日韩及欧美的73份草莓种质资源的58个植物学、产量及品质性状进行系统评价和分析。【结果】51个表型性状具有不同程度的多态性,包括34个描述型性状和17个数值型性状。描述型性状共检测出115个变异类型,平均遗传多样性指数H‘达到0.85;数量型性状遗传多样性指数H‘的变异范围为1.68～2.92,表明供试草莓资源性状变异丰富,尤其是果实性状,平均遗传多样性指数（1.05）远高于非果实性状（0.61）。PCA分析结果均表明,日韩草莓与中国草莓在表型上较为相似,欧美草莓与亚洲草莓在表型上存在较大差异。进一步通过综合指标评价值D鉴定出7份优等种质,长势和产量均强于和高于其他种质。【结论】初步构建了草莓种质资源在湖北省的综合评价体系,为草莓品种的遗传改良奠定了基础。     

新疆野核桃核心种质的构建

【目的】新疆野核桃(Juglans regia L.)是我国珍稀的野生植物资源,通过构建新疆野核桃核心种质,进一步加强对新疆野核桃资源的保存。【方法】以新疆野核桃群体SRAP遗传多样性信息为基础,采用聚类不分组方案中的优化LDSS法。【结果】最终选择48个样本组成新疆野核桃的核心种质,取样比例是原始种质的1.14%。t测验结果显示,在0.05水平下,试验所取核心种质与原始种质无显著性差异,核心种质的Ne、Nei’s和Shannon信息指数的保留率分别为99.99%、99.92%、99.98%。【结论】构建的野核桃核心种质能够很好地代表原始种质的多态性。研究结果可为这一珍贵野生资源的科学保护和利用打下一定的基础。     

基于SSR标记和表型性状构建苦瓜核心种质的研究

利用苦瓜21个SSR标记和9个表型性状数据,对地理来源多样的184份苦瓜种质资源进行核心种质构建.结合基因型数据的M策略抽样法和表型数据的随机抽样法,共抽取出34份苦瓜种质资源作为核心种质.34份苦瓜核心种质保留了原始种质93.46％的等位基因和大部分地理来源.对核心种质的SSR基因型代表性进行评价,核心种质和原始种质...     

我国辣椒核心种质资源园艺性状多样性的分析和评价

对331份我国辣椒核心种质资源的43个重要农艺性状的多样性进行了初步研究。结果表明,331份辣椒核心种质的性状表现的平均变异系数为41.4%;其中最长侧枝长度、果肉厚、单果质量等性状的变异系数超过了70%。Shannon信息指数范围为0.17~2.41,平均值为1.30,果形的Shannon信息指数最高,其性状表现也最丰富。植物学性状的聚类分析可以将331份辣椒种质材料区分为两大群体,群组之间表型差异明显。     

国家果树种质南京桃资源圃初级核心种质构建

 利用国家果树种质南京桃资源圃中保存的630份资源的60个描述项信息,通过比较分组、逐步聚类和随机3类取样方法,以及取样比例的筛选,进行了初级核心种质构建研究。结果显示：逐步聚类取样方法优于分组取样和完全随机取样方法;逐步聚类取样方法的最适取样比例为15%;不同聚类模型间存在差异,聚类后的取样方法间也存在差异;欧式距离和内平方距离法逐步聚类后优先选取高均偏种质的方法更适宜桃初级核心种质的构建。通过缺失表型添加,构建的初级核心种质包括99份资源,占原始库的15.7%,具100%表型保留比例。经多样性指数、表型方差、变异系数检验,以及数量性状的均值和极差符合率检验,初级核心种质具有良好的代表性。     

基于SSR荧光标记构建睡莲核心种质

采用SSR荧光标记技术对240份睡莲资源进行遗传多样性分析;利用Structure软件分析其群体结构,采用主成分分析和聚类分析进行验证;基于最小距离逐步取样法构建核心种质并进行t筛选验证。结果表明,16对SSR荧光引物共检测到205个等位基因,平均Shannon’s信息指数(I)为0.2036,Nei’s基因多样性指数(H)为0.1168,有效等位基因数(N_e)为1.1697,表明睡莲的遗传多样性丰富。Structure软件分析结果显示最优的群体数K值为3,群体间有少量种质混杂;群体结构分析将240个睡莲品种(种)分为3个类群。采用最小距离逐步取样法,按70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%和10%的比例取样,各个核心子集遗传多样性指数总体上变化不明显;最终确立了15%的取样比例,包含36个睡莲品种(种)核心种质,其中Shannon’s信息指数(I)保留率为117%,Nei’基因多样性指数(H)保留率为118%,有效等位基因数(N_e)保留率为102%。t检验结果表明,构建的包含36个睡莲...     

洛阳市狗牙根种质资源表型遗传多样性研究

利用12个性状对采自河南省洛阳市的28份狗牙根种质资源的遗传变异、性状相关性及主成分进行了分析。结果表明:狗牙根不同种源各性状具有广泛的变异,变异系数最大的是草层高度57.02%;12个性状变异系数由大到小依次为:草层高度营养枝高度生殖枝高度直立茎叶片长度匍匐茎节间长度匍匐茎节间直径花序长度小穗数直立茎叶片宽度穗枝数小穗宽小穗长;各性状间不是相互独立的,而是存在着较广泛的联系,相关系数最高的性状为营养枝高度与草层高度(0.9201);主成分分析将狗牙根12个性状简化为4个主成分,其累积贡献率为82.97%,以高度相关因子的贡献率最高,达到51.84%。     

引进豌豆种质资源遗传多样性分析

以引进的34份豌豆种质资源为试材,采用19个表型性状对其变异性、多样性和主成分分析进行了研究,结合SSR分子标记对其开展遗传多样性分析,以期加速豌豆种子资源研究进程。结果表明:19个性状在不同材料之间存在显著差异,平均变异系数为45.05%,平均遗传多样性指数为0.95;前7个成分占表达信息量的74.807%,其中第1主成分占表达信息量的18.350%,且第1主成分在脐色、粒色、叶面积、茎粗和花色等性状呈现较高的载荷量;表型性状分析将34份材料分成8类;分子标记研究结果显示,118对SSR引物共筛选出25对具有稳定多态性条带,共检测115个差异位点,每对引物平均4.6个,有效等位变异数为1.6944,有效等位变异所占比重为40.17%,Shannon信息指数为0.5941。运用NTSYS软件进行聚类分析,34份材料遗传相似系数(GS)为0.461~0.860,平均0.661,SSR标记分析引进的34份材料也被分为8类,2种分类方法呈现显著正相关(R=0.9013,P=0.1011>0.050)。该研究利用SSR分子标记从分子水平上揭示豌豆种质资源遗传背景和亲缘关系,可为今后豌豆资源的利用提供重要参考依据。     

基于SRAP标记构建野生香菇核心种质库

以95份野生香菇(Lentinula edodes)种质和1份栽培种质为材料,在利用相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)标记开展遗传多样性分析的基础上,采用属性约简启发式算法和逐步聚类位点优先取样法分别构建核心种质。两种方法分别得到35份(Core 1)和29份(Core 2)种质,其核心种质保留比分别为36.5%和30.2%,位点保留比分别为100%和94.7%。基于有效等位基因数,Nei’s基因多样性指数,香农信息指数等四个参数对两组核心种质进行t测验,结果显示两组核心样本均能很好的代表原始种质的遗传多样性,但Core1具有更高的位点保留比例且地理来源更加广泛,确定为代表96个原始菌株的核心种质库。     

基于EST-SSR标记与果实品质性状的贵州野生刺梨核心种质构建

采用10对EST-SSR引物和9个果实品质性状指标对收集的220份野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源的遗传多样性进行分析,结果表明:10对EST-SSR引物共扩增出多态性条带27条,多态百分率为76.67%;9个品质性状中平均单果质量、可滴定酸、固酸比、维生素C和类黄酮含量的变异系数达到20%以上;说明该220份贵州野生刺梨种质资源遗传变异丰富,遗传多样性分布范围较广,适于进行核心种质的构建研究。进一步将9个品质性状指标进行6级分类,并处理为9个品质标记共产生54条多态带,与EST-SSR标记一起,采用Nei’s遗传距离进行UPGMA聚类,同时采用位点优先取样策略进行核心种质构建,以表型保留比例、均值差异百分率、方差差异百分率、极差符合率、变异系数变化率、多态性位点百分率、Nei’s基因多样性指数、Shannon’s信息指数等对核心种质进行评价,并利用主坐标分析法对核心种质进行确认。结果表明:构建的32份核心种质在分子水平,表型水平及地区分布上都能够代表原种质的遗传多样性。     

西瓜种质资源的遗传多样性分析

对88份来源不同的西瓜种质资源,采用37个表型性状和22对SSR分子标记进行遗传多样性分析。结果表明:表型性状变异主要体现在果实形状、品质和叶片等性状上,第1、第2、第3主成分的方差贡献率分别为13.6%、11.8%和9.0%,前3个主成分的累计为34.4%,依据表型性状进行聚类分析,在欧氏距离15.0时,可将材料分成2类,在欧氏距离13.5时,可将材料分为3类;SSR分子标记共扩增出的55个多态性位点,平均多态性信息含量为0.41,利用UPGMA法进行聚类分析,88份西瓜种质可以被分为4个组。第1、第2、第3主坐标的方差贡献率分别为22.8%、10.8%和9.1%,前3个主坐标累计为42.7%。     

中国樱桃地方种质资源表型性状遗传多样性分析

以源自中国樱桃主产区7个群体,80份地方种质资源为试材,采用巢式方差及聚类分析法对其叶片、果实及果核26个表型性状进行多样性分析。结果表明:(1)质量性状之间存在较大的多样性差异,Shannon-Wiener多样性指数范围在0.61~1.64之间,其中果实形状、果皮颜色、叶片及果核剖面形状等表现出较高的遗传多样性。(2)数量性状无论是在群体间还是群体内均表现出极显著差异,14个数量性状的平均变异系数为9.93%,其中果柄长度的变异系数最高(24.80%),果核顶面观指数最低(6.61%)。在7个群体中,云南的种质材料变异系数最大,为12.92%;安徽的最小,为7.42%。(3)对14个数量性状的主成分分析表明,前5个主成分的累积贡献率达80.9434%,能反应数量性状的基本特征。(4)基于Nei’s遗传距离的聚类分析以及主坐标分析将80份材料分为2个大类,分布于山东、河南和安徽群体的种质资源聚为一类,为华北类群,分布于四川、云南、贵州和重庆群体的聚为另一类,为西南类群。研究结果表明不同地理分布群体的中国樱桃表型多样性存在差异,而这种遗传差异可能是由于来自不同的驯化位点而造成的。     

基于SSR荧光标记构建板栗品种（系）核心种质群

【目的】构建中国板栗品种（系）的核心种质。【方法】以342个中国板栗品种（系）为材料,用21对SSR荧光引物进行扩增,基于等位位点数最大原则,采用分层抽样、模拟退火算法、随机搜索算法构建核心种质;对板栗品种的含水量、可溶性糖含量、直链淀粉、支链淀粉、总淀粉含量等19个表型性状进行测量后开展差异显著性分析。【结果】21对SSR引物共检测到212个等位位点,等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）分别为10.095、3.488、0.596、0.658、0.642,表明板栗品种（系）具有丰富的遗传多样性。聚类结果显示,342个板栗品种（系）在分为南北两个群体基础上存在较多混杂,说明南北方品种存在较多基因交流。同时南北方板栗品种（系）的可溶性糖含量、直链淀粉含量、支链淀粉含量、刺苞厚、坚果厚、坚果宽呈显著性差异;总苞质量、苞质量、刺苞宽、刺苞高、苞肉厚、单粒质量呈极显著差异;含水量、总淀粉含量、出实率等其他指标无显著性差异。通过对3种方法所计算的等位位点数比较,确定基于等位基因数的模拟退火算法为最优取样策略,依次构建85份核心种...     

中国部分古银杏资源遗传多样性的AFLP分析及核心种质的构建

利用AFLP技术,对来源于全国20个省(区)的180份银杏古树种质进行遗传多样性分析,在此基础上,利用逐步聚类的方法构建核心种质。结果表明,8对AFLP引物组合共扩增出1 646条谱带,多态条带百分率(PPB)为100%;平均观测等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、平均Nei’s基因多样度(H)和平均Shannon’s信息指数(I)分别为2.0000、1.2575、0.1662和0.2746;各种质间的遗传相似系数在0.6904~0.9115之间,平均值为0.7919。建立的银杏古树核心种质保留了原始种质的35%的样品。t检验结果表明,所构建的核心种质遗传多样性指数与原始种质差异不显著,能够最大程度的代表原始种质资源。     

苹果种质资源部分表型多样性研究

对520份苹果种质资源表型多样性进行分析。结果表明,苹果种质资源具有丰富的表型多样性,野生种质资源与品种种质资源的植物学特征差异不明显;二者生物学特性与果实品质性状差异显著;野生种质资源的多样性水平明显高于品种资源;与果实相关的性状较多;通过主成分分析,能够提取6个表型性状,可以作为苹果种质资源鉴定评价的必选性状。     

菊花种质综合评价体系构建及优异种质筛选

以70份菊花种质为试材,采用Shannon-Weaver信息多样性指数法、隶属函数值法、相关性分析、主成分分析、聚类分析对其19个农艺性状进行综合评价并筛选出优异种质,以期为菊花新品种选育提供亲本材料及参考依据。结果表明：70份菊花种质遗传多样性丰富,遗传多样性指数为1.28～2.20,多样性指数大于2.00的农艺性状分别是第一分枝高度、单株分枝数、舌状花轮数、舌状花数量、管状花直径和管状花瓣数,可作为菊花品种选育和遗传改良的评价指标。19个农艺性状的变异系数为23.23%～83.63%,其中单株花朵数变异系数最大,为83.63%;叶片长度的变异系数最小,为23.23%。花相关性状间大部分呈现出显著相关或极显著相关。主成分分析显示前7个主成分的方差贡献率分别为24.67%、15.43%、12.63%、7.20%、6.19%、5.75%、5.43%,累计方差贡献率达77.31%。聚类分析在欧式距离10.0处可以将70份菊花种质聚为四大类,第1类群属于管状花直径大、舌状花短、花序直径中等的小黄花;第2类群属于小叶型且管状花直径小、舌状花短的小白花;第3类群属于大叶型且管状花直径小、舌状花长...     

基于表型性状及SNP标记的豆瓣菜种质资源遗传多样性分析

对保存在国家种质武汉水生蔬菜资源圃内来自国内外不同地区的19份豆瓣菜种质资源的8个农艺性状进行调查分析,并利用SLAF-seq技术对豆瓣菜种质资源进行简化基因组测序,研究其遗传多样性.结果 表明:质量性状(叶色、茎色、顶端小叶形状)变异不明显;数量性状(顶端小叶长、顶端小叶宽、株高、茎粗、叶柄长)变异系数较低(7.69...