不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构的差异

为分析肠道菌群结构变化对大黄鱼Pseudosciaena crocea生长速度的影响,采用高通量测序的方法,对生长条件相同、生长速度不同的两组大黄鱼肠道菌群结构进行了研究。结果表明:生长缓慢组鱼肠道内菌群OTUs和菌群多样性指数Chao1显著高于生长正常组(P<0.05),但两组间Shannon指数差异不显著(P>0.05);变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、梭杆菌门Fusobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes为大黄鱼肠道内的优势菌群,其中变形菌门在两组鱼肠道内的相对丰度超过50%;两组大黄鱼肠道菌群结构变化主要集中在变形菌门、放线菌门Actinobacteria和蓝细菌门Cyanobacteria;科水平上的细菌相对丰度比较结果显示,变形菌门内的鞘脂单胞菌科Sphingomonadaceae、柄杆菌科Caulobacteraceae、丛毛单胞菌科Comamonadaceae、假单胞菌科Pseudomonadaceae和莫拉氏菌科Moraxellaceae在两组鱼肠道内的相对丰度差异显著(P<0.05),其中莫拉氏菌科在生长缓慢组鱼肠道内的含量显著高于生长正常组(P<0.05)。研究表明,不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构存在差异,生长缓慢组鱼肠道内菌群种类多于生长正常组;变形菌门内菌群变化与大黄鱼生长密切相关,莫拉氏菌科在鱼肠道内含量的变化可能是引起大黄鱼生长变慢的主要原因。     

不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构的差异

为分析肠道菌群结构变化对大黄鱼Pseudosciaena crocea生长速度的影响,采用高通量测序的方法,对生长条件相同、生长速度不同的两组大黄鱼肠道菌群结构进行了研究。结果表明:生长缓慢组鱼肠道内菌群OTUs和菌群多样性指数Chao1显著高于生长正常组(P0.05),但两组间Shannon指数差异不显著(P0.05);变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、梭杆菌门Fusobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes为大黄鱼肠道内的优势菌群,其中变形菌门在两组鱼肠道内的相对丰度超过50%;两组大黄鱼肠道菌群结构变化主要集中在变形菌门、放线菌门Actinobacteria和蓝细菌门Cyanobacteria;科水平上的细菌相对丰度比较结果显示,变形菌门内的鞘脂单胞菌科Sphingomonadaceae、柄杆菌科Caulobacteraceae、丛毛单胞菌科Comamonadaceae、假单胞菌科Pseudomonadaceae和莫拉氏菌科Moraxellaceae在两组鱼肠道内的相对丰度差异显著(P0.05),其中莫拉氏菌科在生长缓慢组鱼肠道内的含量显著高于生长正常组(P0.05)。研究表明,不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构存在差异,生长缓慢组鱼肠道内菌群种类多于生长正常组;变形菌门内菌群变化与大黄鱼生长密切相关,莫拉氏菌科在鱼肠道内含量的变化可能是引起大黄鱼生长变慢的主要原因。     

饲料中添加壳寡糖对刺参肠壁菌群的影响

为研究饲料中添加壳寡糖对刺参Apostichopus japonicus肠壁菌群的影响,在刺参基础饲料中分别添加0.25%(G1)、0.50%(G2)、0.75%(G3)和1.00%(G4)的壳寡糖,另设对照组(G0),养殖50 d后采集各组刺参幼参(5.03 g±0.03 g)肠壁样品,并采用高通量测序技术分析刺参肠壁菌群结构特征。结果表明:壳寡糖添加组刺参肠壁的细菌多样性和丰度均高于对照组;各组样品肠壁优势菌门均为变形菌门和厚壁菌门;壳寡糖对刺参肠壁菌群组成产生了明显影响,对照组优势菌属为希瓦氏菌属Shewanella,而壳寡糖添加组希瓦氏菌属的相对比例均下降,对照组芽孢杆菌属Bacillus的相对比例较低,而壳寡糖添加组芽孢杆菌属的相对比例均较高或成为优势菌属;1.00%壳寡糖组各类菌属相对比例均较低,高浓度壳寡糖出现抑制现象。研究表明,饲料中添加壳寡糖可提高刺参肠壁细菌多样性和丰度,明显改善刺参肠壁菌群结构。     

凝结芽孢杆菌对蛋雏鸡肠道菌群结构的影响

【目的】分析凝结芽孢杆菌蛋雏鸡肠道菌群的变化。【方法】选取1日龄蛋雏鸡288只,分为对照组和凝结芽孢杆菌组,每组72只。饲养28 d后,每组选取6只蛋雏鸡,收集盲肠内容物,提取样品DNA,采用MiSeq PE300高通量测序平台进行测序分析。【结果】共获得121.8万条高质量序列,基于相似度大于97%的原则聚类后共获得1 926个OTU(Operational Taxonomic Unit)。与对照组相比,凝结芽孢杆菌低剂量组、凝结芽孢杆菌中剂量组和凝结芽孢杆菌高剂量组的4种α多样性指数存在差异显著(P<0.05)。在属水平上,添加凝结芽孢杆菌低剂量组、凝结芽孢杆菌中剂量组和凝结芽孢杆菌高剂量组的另枝菌属、毛螺菌属和巴恩斯氏菌属相对丰度均显著高于对照组(P<0.05),而拟杆菌属、布劳特氏菌属、梭菌属和乳杆菌属的相对丰度均显著低于对照组(P<0.05)。凝结芽孢杆菌高剂量组与相应的对照组相比,有1个菌目、6个菌科和18个菌属有显著差异。差异菌群的功能主要集中在氨基酸运输与代谢、碳水化合物运输与代谢及能量的产生和转换等相关基因上。凝结芽孢杆菌高剂量组与对照组相比差异显著...     

饲料中添加壳寡糖对刺参肠壁菌群的影响

为研究饲料中添加壳寡糖对刺参Apostichopus japonicus肠壁菌群的影响,在刺参基础饲料中分别添加0.25%(G1)、0.50%(G2)、0.75%(G3)和1.00%(G4)的壳寡糖,另设对照组(G0),养殖50 d后采集各组刺参幼参(5.03 g±0.03 g)肠壁样品,并采用高通量测序技术分析刺参肠壁菌群结构特征。结果表明:壳寡糖添加组刺参肠壁的细菌多样性和丰度均高于对照组;各组样品肠壁优势菌门均为变形菌门和厚壁菌门;壳寡糖对刺参肠壁菌群组成产生了明显影响,对照组优势菌属为希瓦氏菌属Shewanella,而壳寡糖添加组希瓦氏菌属的相对比例均下降,对照组芽孢杆菌属Bacillus的相对比例较低,而壳寡糖添加组芽孢杆菌属的相对比例均较高或成为优势菌属;1.00%壳寡糖组各类菌属相对比例均较低,高浓度壳寡糖出现抑制现象。研究表明,饲料中添加壳寡糖可提高刺参肠壁细菌多样性和丰度,明显改善刺参肠壁菌群结构。     

高通量测序分析鞣花酸对大鼠肠道菌群的影响

[目的]采用高通量测序技术分析鞣花酸对大鼠肠道菌群组成和多样性的影响。[方法]采集持续灌胃鞣花酸SD大鼠的粪便,运用高通量测序技术对粪便肠道菌群进行分析,通过生物信息学方法分析大鼠肠道菌群的多样性和结构组成。[结果]通过高通量测序发现灌胃鞣花酸使SD大鼠肠道菌群的多样性增加(P<0.05),灌胃期间菌群的组成也发生了明显的波动,在门水平菌群变化中,拟杆菌门丰度增高(P<0.05),变形菌门丰度则降低到较低水平(P<0.01);在属水平菌群变化中,Bacteroidales S24-7 group、Lachnospiraceae NK4A136 group和拟杆菌属所占比例显著升高(P<0.05、0.01)。[结论]鞣花酸对大鼠肠道菌群具有调节作用。     

温度对克氏原螯虾肠道菌群结构的影响

采用高通量测序技术,利用16S rRNA序列信息,研究了不同养殖温度条件下克氏原螯虾肠道菌群的多样性.测序结果显示:15℃、19℃、23℃、27℃、31℃养殖水温下,变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门为肠道主要菌门,丛毛单菌属和鞘脂单胞菌属为主要菌属.养殖水温不同,肠道优势菌群所占比例不同,丛毛单菌属在水温15℃处理组占比最...     

表皮生长因子对21日龄肉鸡肠道菌群多样性的影响

【目的】研究表皮生长因子（EGF）对肉鸡肠道菌群的影响。【方法】将72只1日龄AA肉鸡随机分成对照组（CK）、K组、E组和EK组,每组3个重复,每个重复6只鸡。CK组肉鸡饲喂基础饲粮,K组肉鸡饲喂添加250 mg/kg盐酸金霉素的饲料,E组肉鸡饲喂添加500 mg/kg EGF的饲料,EK组肉鸡饲喂添加500 mg/kg EGF和250 mg/kg盐酸金霉素的饲料。饲喂期21 d。21日龄时采集肉鸡盲肠内容物样本,采用16S rDNA基因分析方法对肉鸡盲肠中的细菌群落进行评价,利用 QIIME等测序分析软件对肉鸡盲肠中的菌群进行分类。【结果】1）菌种组成结果表明,无论是OTUs总数还是独有的OTUs数量,E组的菌种数量较CK组、K组高,而与EK组的数量接近。2）优势菌群分布结果表明,在门水平上,厚壁菌门在E组中含量最高,而K组与CK组中变形菌门水平相当;在种水平上,与CK组相比,E组肉鸡肠道中乳酸菌数量显著升高。3）Alpha 多样性分析表明,E组中观察到的菌种数、菌种多样性指数和菌种丰富度指数高于CK组和K组,但无显著性差异（P>0.05）。4）功能预测结果表明,CK组肠道微生物在遗传信息处理方面的功能较丰富,EK组在有机体系统、代谢作用和细胞工程方面的功能较丰富,E组各类功能较为均衡,而K组除未分类功能外,主要以环境信息处理功能较为丰富。【结论】喂饲500 mg/kg的EGF有助于提高肉鸡肠道内菌群多样性,并能改善肠道菌群结构,提高以乳酸菌为代表的厚壁菌门菌群丰度,降低以大肠杆菌为代表的变形菌门菌群含量。     

武夷岩茶对糖尿病大鼠肠道菌群的调节作用

将用链脲佐菌素(STZ)诱导的糖尿病模型大鼠,连续灌胃高、中、低剂量的武夷岩茶和生理盐水,30 d后,采用高通量测序技术对大鼠的肠道菌群进行分析,探讨武夷岩茶对糖尿病大鼠肠道菌群的影响.结果表明:与正常对照组相比,模型对照组大鼠肠道菌群的多样性明显增多(P0.05),而武夷岩茶可以有效抑制这一趋势,其中以武夷岩茶高剂量组的抑制效果最为显著(P0.05);与正常对照组相比,模型对照组大鼠肠道菌群从门到属均发生显著变化,其中,拟杆菌门的比例显著下降(P0.05),变形菌门的比例显著上升(P0.05).灌胃武夷岩茶后,拟杆菌门的比例上升,变形菌门的比例下降,且调节效果与武夷岩茶的剂量呈正相关.提示武夷岩茶具有改善糖尿病大鼠肠道菌群结构的作用.     

复方植物精油对黄羽肉鸡生产性能和肠道菌群的影响

【目的】探究肉豆蔻和罗勒复方精油对黄羽肉鸡生产性能和肠道菌群的影响,为该复方精油作为饲料添加剂在肉鸡生产中应用提供参考。【方法】试验选用 1 日龄雌性江村黄鸡 3 942 只,随机分为 3 个处理组（复方精油低剂量组、复方精油高剂量组和空白对照组）。试验期为 60 d,在肉鸡 60 日龄时称重,统计存活个体数、死淘数以及饲料消耗等生产数据,计算肉鸡的合格品出栏率、增重和料肉比;各组随机抽取 5 只鸡,断颈处死,分别取空肠和盲肠内容物,提取细菌核酸,进行 16S rDNA V3~V4 可变区高通量测序,分析肉鸡空肠和盲肠的肠道菌群。【结果】肉豆蔻和罗勒复方精油高剂量组和低剂量组的料肉比均为 2.40,极显著低于空白对照组的 2.71（P<0.01）,饲料转化率均提高 11.4%。空肠菌群分析结果表明,门水平上的优势菌为厚壁菌门,其次是放线菌门;属水平上的优势菌为乳酸菌属;复方精油高剂量组与低剂量组空肠的疣微菌门相对丰度均显著低于空白对照组（P<0.05）,复方精油低剂量组空肠假单胞菌属、双歧杆菌属、韦荣氏球菌属的相对丰度均显著高于空白对照组（P<0.05）。盲肠菌群分析结果表明,门水平上的优势菌为厚壁菌门和拟杆菌门;复方精油高、低剂量组的 Clostridia_vadinBB60_group 属和另枝菌属相对丰度均显著低于空白对照组（P<0.05）,复方精油高剂量组Clostridia_UCG-014 属的相对丰度显著低于空白对照组（P<0.05）。复方精油高剂量组拟杆菌属相对丰度显著高于空白对照组和复方精油低剂量组（P<0.05）,复方精油低剂量组瘤胃球菌属（Ruminococcus_torques_group）相对丰度显著高于空白对照组（P<0.05）。【结论】饲喂肉豆蔻和罗勒复方精油能够促进黄羽肉鸡空肠和盲肠的有益菌生长,抑制有害菌增殖,维持菌群平衡,利于肠道健康,明显提高黄羽肉鸡的生产性能。     

鸡肠道乳酸菌的分离及其对肠道菌群的影响

从肉鸡肠黏膜上分离得到6株菌,均为G+菌,生理生化鉴定表明,S2为嗜酸乳杆菌,S4为德氏乳杆菌乳亚种,S6为德氏乳杆菌德氏亚种,S1,S3和S5为粪肠球菌。在肉鸡雏苗中投喂添加由S2,S4,S6制备的微生态制剂和土霉素,检测好氧性异养菌、鸡伤寒沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和乳酸菌的数量。结果表明,在投喂冻干菌粉后,在30 d后乳酸菌数量达到稳定并在肠道内定殖。同时,由于乳酸菌的抑制作用,肠道中的鸡伤寒沙门氏菌数量下降最明显。乳酸菌对鸡肠道的好氧性异养菌没任何影响。乳酸菌对鸡肠道菌群的影响与抗生素具有相近的效果。     

五味子对产蛋期藏鸡肠道微生物菌群的影响

为研究五味子对产蛋期藏鸡肠道微生物的影响,探明中药五味子对家禽肠道微生物作用的机理,以40周龄藏鸡作为试验对象,对照组饲喂全价产蛋期日粮,试验组饲喂添加0.5％五味子的全价日粮,4周后收集藏鸡回肠内容物,对其中微生物的16S rRNA V3～V4可变区进行Illumina高通量测序和生物信息学分析.结果表明,饲料中添加五味子后藏鸡肠道微生物的OTU种类无显著变化,但相似性增加.藏鸡肠道微生物中厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭杆菌门为优势菌群,五味子组与对照组相比拟杆菌门相对丰度上调16.37％,主要是由拟杆菌门下的拟杆菌属和理研杆菌属的相对丰度上升引起,厚壁菌门相对丰度下调19.78％,这主要是由厚壁菌门下的的乳酸杆菌属和罗姆布齐亚菌属的相对丰度下调引起.五味子组氨基酸球菌科、考拉杆菌属的相对丰度与对照组相比上调差异显著(P<0.05).五味子组与对照组相比肠道微生物物种α多样性有所升高,组内不同样本间微生物β多样性的差异性减小,但差异不显著.结果表明,产蛋期藏鸡饲料中添加0.5％五味子使藏鸡肠道微生物多样性增高,而个体间菌群差异性减小,部分有益微生物的生长得到了有效促进,有利于藏鸡肠道健康.     

基于高通量测序技术的冠心病患者肠道菌群多样性研究

为了分析冠心病人群肠道菌群结构和多样性特征,探究冠心病人群与健康人群肠道菌群结构差异。研究共采集50例冠心病患者和35例健康人粪便样本,提取粪便样本总DNA;根据细菌16SrDNA V3~V5区设计引物进行扩增,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序;测序结果经过Reads拼接,OTUs(operational taxonomic units)聚类,物种注释,α多样分析,主成分分析,最终得到样品物种信息。在冠心病组和健康组中,拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)的丰度最高,其中拟杆菌门分别占到46.94%和61.96%,厚壁菌门分别占到41.51%和30.58%;丰度较高的是变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)。此外,两组菌群结构差异性表现为:冠心病组的拟杆菌门明显低于对照组(P=0.0150.05);而冠心病组的厚壁菌门显著高于对照组(P=0.0090.01)。α多样性分析结果显示,两组人群各样本在细菌种群多样性方面没有明显差异。OTUs比对结果表示,Veillonella、Veillonella dispar、Scardovia、Mogibacterium致病菌在冠心病组显著增高,而Bacteroidetes门下Parabacteroides、Bacteroides uniformis、Bacteroides caccae等有益菌则显著降低。主成份分析显示,综合PC1、PC2、PC3因素冠心病组和对照组样本被较好的区分开,表明健康组和冠心病组菌群结构存在显著差异。这些结果表明,冠心病患者与健康人群在肠道菌群多样性方面没有明显差异,但在菌群结构上存在较大差异;同时冠心病人肠道菌群致病菌数量多于健康人群,而拟杆菌类有益菌低于健康人群。     

饲料中添加枯草芽孢杆菌对草鱼消化酶活性和肠道菌群的影响

研究了饲料中添加枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis对草鱼Ctenopharyngodon idellus消化道酶活性和肠道菌群数量的影响。选用体质量为（51．37±0．58）g的健康无病草鱼300尾,随机分为对照组和处理组两组,每组设3个重复,每个重复放50尾鱼,对照组饲喂基础日粮,处理组饲喂含枯草芽孢杆菌（10^8CFU／kg饲料）的基础日粮,日投喂量为鱼体质量的3％,饲养时间为45d。结果表明：处理组肠道内容物中胰蛋白酶、脂肪酶和淀粉酶活性分别比对照组显著提高14．75％（P〈O．01）、13．03％（P〈O．01）和78．95％（P〈0．01）;肝胰脏中脂肪酶和胰蛋白酶活性分别比对照组显著提高17．72％（P〈0．01）和13．81％（P〈0．01）。肠道菌群数量分析显示,与对照组相比,处理组肠道芽孢杆菌和假单胞菌数量极显著提高（P〈0．01）,而致病性弧菌和大肠杆菌数量却极显著降低（P〈0．01）。研究表明,饲料中添加枯草芽孢杆菌能够改善草鱼肠道菌群组成,并提高消化道特定消化酶活性。     

饲料中添加枯草芽孢杆菌对草鱼消化酶活性和肠道菌群的影响

研究了饲料中添加枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis对草鱼Ctenopharyngodon idellus消化道酶活性和肠道菌群数量的影响。选用体质量为(51.37±0.58)g的健康无病草鱼300尾,随机分为对照组和处理组两组,每组设3个重复,每个重复放50尾鱼,对照组饲喂基础日粮,处理组饲喂含枯草芽孢杆菌(108CFU/kg饲料)的基础日粮,日投喂量为鱼体质量的3%,饲养时间为45 d。结果表明:处理组肠道内容物中胰蛋白酶、脂肪酶和淀粉酶活性分别比对照组显著提高14.75%(P<0.01)、13.03%(P<0.01)和78.95%(P<0.01);肝胰脏中脂肪酶和胰蛋白酶活性分别比对照组显著提高17.72%(P<0.01)和13.81%(P<0.01)。肠道菌群数量分析显示,与对照组相比,处理组肠道芽孢杆菌和假单胞菌数量极显著提高(P<0.01),而致病性弧菌和大肠杆菌数量却极显著降低(P<0.01)。研究表明,饲料中添加枯草芽孢杆菌能够改善草鱼肠道菌群组成,并提高消化道特定消化酶活性。     

日粮中添加蓝藻粉对崇仁麻鸡肠道菌群结构的影响

选取了34日龄的崇仁麻鸡为研究对象,以蓝藻粉替代基础日粮中不同比例（分别替代0(CB组)、10%(CL组)、20%(CM组)、50%(CH组)）的豆粕饲喂35 d后,无菌操作每组取10只鸡的盲肠内容物,充分混匀后,采用MiSeq测序技术对盲肠内容物中细菌群落结构组成进行了分析。结果显示,崇仁麻鸡肠道中微生物在门水平上主要以拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,拟杆菌属丰度最大,其次是互养菌属、乳杆菌属。CL组中厚壁菌门细菌数量有所增加,拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例下降,肠道内乳杆菌等有益微生物数量增加,脱硫弧菌等有害微生物数量降低,而CM组和CH组中脱硫弧菌等有害细菌数量却大幅度增加,且CH组中还出现了其特有的Akkermansia属细菌。结果表明,饲粮中添加蓝藻粉会改变崇仁麻鸡肠道菌群的物种多样性,适量（≤10%）的添加对盲肠菌群结构有所改善,可提高厚壁菌门细菌数量,降低拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例,增加肠道内乳杆菌等有益微生物的数量,降低脱硫弧菌等有害微生物的数量;中高剂量的蓝藻粉则导致了某些机会致病菌的出现,增加了肠道菌群相关疾病的诱发机会。