文心兰种质遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记分析文心兰部分种质资源的遗传多样性,采用30对引物组合对33份文心兰种质进行扩增,从中筛选出19个多态性较高的引物组合,共产生277条多态性条带,平均每个引物组合产生14．6个多态性条带,相似系数在0．280-0．927。通过聚类分析发现,在值为0．37时,可将33份文心兰种质划分为4大类群。第1类厚叶大花品种,第1I类为厚叶小花品种,第III、第Ⅳ类均为薄叶品种。结果表明,文心兰种质的聚类与其遗传背景有很大的关系。     

小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析

利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。     

长白山地区主要槭属植物遗传亲缘关系研究

[目的]为槭属植物的分类与利用提供科学依据。[方法]利用ISSR标记对长白山地区9种主要槭属植物进行遗传多样性分析。[结果]从58条引物中筛选出37条,用于东北地区槭属植物的ISSR分析,共扩增出632条带,其中多态性带604条,多态性为95.57%。将9份材料分为4类：第1类包括白牛槭、拧筋槭;第2类包括花楷槭、簇毛槭;第3类包括糖槭、色木槭、元宝槭;第4类包括茶条槭、假色槭。[结论]长白山地区主要槭属植物ISSR标记结果与叶片形态学有一定的相似性,但多数试材的亲缘关系与形态特征关系不大。     

基于SRAP 标记的白鹤芋属资源鉴定与亲缘关系分析

利用SRAP标记对白鹤芋属23份样品进行遗传多样性分析,30个引物组合共扩增出343个位点,其中多态性位点为214个,多态性比率达62%。通过NTSYS软件计算得到的样品间遗传相似系数介于0.36~0.98,显示白鹤芋属资源间存在一定的遗传差异;根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法构建树状聚类图,聚类结果将23份样品分为3组。从分子水平分析白鹤芋属种质的遗传多样性和亲缘关系,为白鹤芋属种质资源的有效利用和开发提供依据。     

生姜种质遗传多样性和亲缘关系的SRAP分析

【目的】生姜为无性繁殖作物,千百年来,在经历气候变迁、自然选择和人工选择过程中,其生物学性状呈现出多方面变异,造就了许多地方品种。因此,研究生姜种质资源的遗传多样性及亲缘关系,对生姜资源进行科学分类,为生姜种质的收集、保护和创新利用提供理论依据。【方法】采用CTAB法提取生姜幼叶基因组DNA,利用SRAP（相关序列扩增多态性,sequence-related amplified polymorphism）分子标记技术,对来源于世界不同地区的51份生姜种质的基因组DNA进行多态性扩增,PCR产物采用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,采用银染法显色。根据电泳结果得到“0,1”矩阵,利用POPGENE version1.32软件计算每对引物的多态性位点数、多态性位点百分率,以及有效等位基因数Ne、Nei’s遗传相似系数（GS）、遗传距离（GD）、Nei’s遗传多样性指数、Shannon信息指数等指标,并采用NTSYS version2.10e软件进行种质间的UPGMA（非加权组平均法,unweighted pair-group method）聚类分析和基于Nei’s遗传距离的组群间的聚类分析,对生姜资源进行分类;同时,根据不同生态区之间生姜种质资源的遗传多样性和亲缘关系,结合植物起源中心相关特性及历史记载,探讨生姜的起源与传播。【结果】筛选出的15对引物共扩增出305条带,其中188条为多态性条带,多态性比率为61.68%,平均每对引物扩增出20.33个位点和12.53个多态性位点,说明生姜的遗传变异较为广泛。51份生姜种质的Nei’s遗传多样性指数、Shannon信息指数平均值分别为0.3689、0.5510,据此可将生姜种质分为3个大类、9个亚类,分析比较发现,每一类的生姜多来源于相同或相近区域。进一步研究表明,7个不同地理来源群体的Shannon信息指数范围是0.2901-0.4807,在遗传相似系数为0.9时,可将7个群体分为4类,华北群体、非洲群体各为一类,东南亚群体与日韩群体为一类,东南沿海群体、西南高原群体、华中群体为一类。【结论】品种间基于Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数的分析表明,生姜虽为无性繁殖作物,但其遗传多样性较为丰富;根据遗传相似系数的UPGMA聚类分析结果,生姜种质资源的遗传多样性受地理来源影响较大;群体间遗传多样性分析表明,中国国内群体的遗传多样性高于国外群体,尤其华北群体与其他群体的遗传距离较远,且其栽培历史悠久,可以判定中国华北地区是生姜的次生起源地;而鉴于非洲群体的遗传多样性指数较高,与其他群体的遗传距离较远,且空间分布距中心位置较近,又有野生种存在,据此推断非洲可能是除东南亚之外的另一生姜原生起源地。     

基于SRAP分子标记的贵州5种忍冬属药用植物遗传多样性分析

[目的]分析贵州5种忍冬属药用植物的遗传多样性,为忍冬属药用植物鉴定、良种筛选及开发利用提供理论依据.[方法]采集贵州6份忍冬属药用植物材料的嫩芽为试验材料,采用SRAP分子标记研究其遗传多样性,并利用NTSYS-pc2.1计算各材料间的遗传相似系数,利用UPGMA进行聚类分析.[结果]从154对SRAP引物组合中筛选出15对重复性好、条带清晰、多态性丰富,且扩增条带(100~1000 bp)数目≥5的引物组合.15对SRAP引物共扩增出197条带,其中178条为多态性条带,多态性条带比率为90.36%,平均每对引物扩增11.87条多态性条带.引物组合Me8-Em10扩增的多态性条带数最多(16条);引物组合Me2-Em2扩增的多态性条带最少(8条);引物组合Me4-Em2扩增条带数为15条,均为多态性条带,但从5种忍冬属药用植物的扩增条带数不同.聚类分析结果显示,6份忍冬属药用植物材料间遗传相似系数为0.4213~0.8477,平均0.5672;其中,野生忍冬与栽培忍冬间遗传相似系数最大(0.8477),二者亲缘关系最近,灰毡毛忍冬与野生忍冬遗传相似系数最小(0.4213),二者亲缘关系最远.在遗传相似系数0.4873处,6份忍冬属药用植物分为两大类,第Ⅰ类包括灰毡毛忍冬、红腺忍冬和黄褐毛忍冬,均为山银花的基源植物;第Ⅱ类包括野生忍冬、栽培忍冬和红白忍冬,均为金银花的基源植物.[结论]贵州5种忍冬属药用植物具有丰富的遗传多样性,SRAP分子标记能有效分析其遗传多样性及亲缘关系,其引物组合Me4-Em2可用于鉴别5种忍冬属药用植物.     

杂交兰种质资源遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP技术对24份杂交兰种质资源的遗传多样性进行分析。筛选出的11对引物组合共扩增出119条谱带,其中102条为多态带,多态性比率86.1%,平均每对引物组合产生9.3个多态性位点。各种质之间的相似系数变化范围为0.43~0.98,平均为0.67。UPGMA聚类分析表明:在遗传相似系数0.69处将24份供试材料划分为5个类群,较好地揭示了杂交兰种质间的遗传多样性与亲缘关系,可为杂交兰种质资源利用、杂交育种亲本选择及杂种后代鉴定提供科学依据。     

30份四川茶树种质资源遗传多样性与亲缘关系的SRAP分析

为给四川省茶树种质资源评价与鉴定、核心种质资源筛选、遗传改良、资源保护与利用等提供参考,利用SRAP标记对30份四川茶树种质资源进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果显示:11对SRAP引物共扩增出2744条带,其中,2474条为多态性条带,占90.16%;多态性信息指数为0.22～0.36,平均0.30;基因多样性指数为0.342 1～0.5455,平均0.422 7;Shannon信息指数为0.204 3～0.371 0,平均0.271 1。表明,30份茶树资源的遗传多样性程度较高。聚类分析表明,供试材料遗传差异较大,遗传相似系数为0.583～0.919;在遗传相似系数为0.66时,可将30份茶树资源划分为A、B两大类。     

利用SRAP技术分析茭白种质资源遗传多样性

采用简化的SRAP分析方法,用47对SRAP引物对35份茭白材料进行遗传多样性分析,共获得153个扩增位点,其中多态性位点11个,平均多态水平为7.2%,扩增产物的片段大小范围在50～400 bp。利用UPGMA法进行聚类分析,以遗传相似系数0.51为阈值,将35个茭白品系分为2个类群。单双季茭间遗传距离大于各类型内部差异,来源地相同的材料具有更高的遗传相似性。     

基于SRAP分析怀地黄种质的遗传多样性

为准确鉴定怀地黄药材,克服传统鉴定方法不易区分品种的不足,为其新品种选育和育种提供分子依据,采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记对23种不同怀地黄种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:1)有13对引物全部扩增出多态性条带,多态性引物比率达91.71%,共获得310个多态性位点,平均每对引物产生23.8个多态性位点。Jaccard遗传相似系数在0.335～0.703。2)将23个品种划分为4个类群。3个北京系列和野生1号、9104、9302、串地龙、金状元、85-5、武陟1号、农家、小黑英聚为一类,野生2号独自为一类,武陟系列中除武陟1号外其余8个武陟品种和生津1号聚为一类,金皇后单独为一类。3)主成分分析结果与聚类结果一致。     

相关序列扩增多态性(SRAP)一种新的分子标记技术

SRAP是一种新的DNA分子标记,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择条带序列的特点。SRAP是一种基于PCR技术的新的分子标记技术,其利用独特的引物设计对ORFs进行扩增,上游引物长17bp,对外显子进行特异扩增,下游引物长18bp,对内含子区域、启动子区域进行特异扩增,因个体不同以及物种的内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性。扩增产物用变性的聚丙烯酰胺凝胶分离,然后用放射自显影检测。本文在阐述SRAP的原理和流程后,详细论述了SRAP标记目前在植物遗传图谱构建、遗传多样性、基因定位、比较基因组学、杂种优势预测等方面的研究进展及应用前景。     

野生狗牙根种质资源SRAP与SSR的遗传多样性

【目的】为指导种质资源的引进和利用及选育优质狗牙根新品种提供科学依据。【方法】采用SRAP和SSR两种分子标记方法相结合,对52份野生狗牙根材料进行遗传多样性分析。【结果】①利用4个表型差异显著的野生狗牙根对SRAP的150对引物组合及SSR的200对引物组合进行扩增,分别筛选出有效引物组合各18对,SRAP和SSR扩增总条带分别为236和346条,多态性条带206和255条,平均每对引物扩增出多态性条带各11.4和14.17条,多态性位点百分率分别为87.29%和73.70%;②两种标记结合进行聚类分析,当GS=0.68时,可将所有供试材料分成5个组群;当GS=0.78时,可将第V个组群分成6个小组,大部分来自相同或相似生态地理环境的材料聚为一类;③基于聚类分析,可将供试材料分为8个生态地理类群,据各类群间的Nei氏遗传一致度和遗传距离的无偏估计值表明,生态地理环境相似的地理类群遗传距离较小;④SRAP和SSR标记之间具有显著的相关性,且相关性较高。【结论】野生狗牙根有丰富的遗传多样性,其聚类和生态地理环境有一定的相关性。     

利用SSR标记分析小豆种质资源的遗传多样性

 【目的】分析小豆起源国中国丰富的小豆种质资源的遗传多样性及群体结构,提高这些种质在育种中的利用效率。【方法】选用51对SSR引物对国内外145份小豆种质进行多样性评价,并分析了中国小豆种质资源间的遗传关系和遗传结构。【结果】共检测出222个等位变异,每SSR位点的等位变异数为2～13不等,平均为4.35个,其中分布频率低于5%的等位变异数占35.9%。多态性信息含量（PIC值）为0.014～0.838,平均为0.472。不同种质间遗传相似性系数为0.227～0.951,平均为0.482。比较分析发现,湖北、陕西等省小豆资源的遗传变异最丰富,且遗传背景与中国主产区小豆存在较大差异。基于NTSYS的聚类可以将145份小豆种质划分为5组,根据组内种质的地理来源,可分别命名为东北组、华北Ⅰ组、华北Ⅱ组、华东组和混合组,其中混合组主要由湖北、陕西及国外种质组成。利用STRUCTURE对小豆种质资源的遗传结构分析与NTSYS聚类结果基本一致,即种质的遗传背景与地理来源有关。【结论】中国小豆种质资源遗传变异丰富,不同地理来源小豆间存在遗传分化,可以作为小豆生态区划的重要参考依据。     

应用SRAP标记研究木薯种质资源的遗传多样性

采用31对SRAP引物对80份木薯种质,包括本所从南美、泰国和非洲引进的76份木薯种质,以及华南系列的4个木薯品种,进行遗传多样性分析,获得207个扩增位点,其中多态性位点201个,平均多态性水平为97.1%,每对引物检测等位基因3～11个,平均为6.7个,扩增产物的片段大小范围在250～1 750 bp之间。根据品系间的遗传相似系数,利用UPGMA法进行聚类分析,以遗传相似系数0.635为阈值,将80个木薯品系分为4类群,分别包含38,6,33和3个品系。群体的基因杂合度为0.3 201,遗传多样性指数为0.4 766;群体内的平均多样性指数为0.2762,遗传分化系数为0.2181,基因流系数为1.7 921。实验结果表明,引进的国外资源丰富了我国木薯种质库,拓宽了中国木薯遗传育种的物质基础。     

利用SRAP分析岷江下游荔枝资源的遗传多样性与亲缘关系

以岷江下游的41份荔枝古树、3份合江荔枝包括合江大红袍、合江糯米糍和楠木叶为试材,选用32对SRAP(Sequence-re-lated Amplified Polymorphism)引物进行PCR扩增.共检测出222条清晰条带,其中产生182条多态性条带,平均每对引物组合5.6条,多态率为81.9％.32对引物组合遗传多样性在0.0329(me18/em26)～0.4990(me21/em18)之间,平均为0.2915,利用NT-SYS-PC(version 2.10s)软件系统进行UPGMA(Unweighted pair group method arithmetic average)聚类分析.结果表明,岷江下游44份材料之间亲缘关系较近,44材料相似系数在0.5586～0.9279,平均相似系数为0.7913.在遗传相似系数0.67处可分成4大类,其中3个引进品种与当地荔枝古树资源明显分开.由此可看出,岷江下游荔枝古树资源是荔枝育种和生物多样性保护的特殊资源.     

红麻种质资源SRAP指纹图谱构建及遗传多样性分析

利用SRAP标记构建51份红麻种质资源的指纹图谱。12对SRAP引物共扩增出167条清晰的谱带,其中165条具有多态性,多态性比率(PPB)为98.8%。51份材料间Nei’s基因多态性(Gene diversity)为0.616 6,平均多态性信息量(PIC)达0.584 2。材料间遗传多样性高,遗传距离较远,亲缘关系较远。SRAP聚类分析结果表明,51份红麻种质资源被聚为5个类群。亲缘关系树状图在分子水平上清晰揭示了红麻种质资源间的亲缘关系,为红麻育种和杂交亲本的选育提供了理论依据,为红麻品种鉴定、遗传改良和分子标记辅助育种奠定了分子生物学基础。     

相关序列扩增多态性分子标记及其在植物研究中的应用

在阐述相关序列扩增多态性（SRAP）的原理和流程后,详细论述了SRAP标记目前在植物遗传多样性分析、遗传图谱构建、绘制基因组转录图谱、重要性状基因标记、标记测序与基因克隆等方面的研究进展及应用前景。     

世界蚕豆种质资源遗传多样性和相似性的ISSR分析

【目的】分析国内外蚕豆种质资源的遗传多样性,探索其遗传相似性和遗传结构,为世界蚕豆资源的综合评价和优良种质资源的发掘利用提供依据。【方法】利用ISSR标记技术,对来自世界35个国家的383份蚕豆资源的遗传相似性进行分析。【结果】筛选出的11条ISSR引物共扩增出229条条带,其中多态性条带212条(占93%)。不同地理来源蚕豆资源群的基因多样性指数在0.16—0.28,平均为0.22;遗传丰富度变化范围为104—193,平均为158.5。中国春播区蚕豆资源群遗传多样性最高(H=0.28,NA=193),最低的是美洲资源群体(H=0.16,NA=104)。非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类结果表明,中国春播区和秋播区蚕豆资源明显不同;中国蚕豆资源群体与国外资源群间的遗传相似性较远,明显与国外资源相分离;北非和欧洲的蚕豆资源遗传相似性较近。亚洲、欧洲、非洲及中国的蚕豆资源群之间具有明显的地域分布规律。【结论】中国春播区蚕豆资源遗传变异丰富,遗传多样性较高;美洲蚕豆资源遗传基础相对狭窄。蚕豆资源群体遗传多样性差异和遗传相似性与其地理来源、生长习性和生态分布密切相关。     

用SRAP标记分析中国甘蓝型油菜品种的遗传多样性和遗传基础

 【目的】探讨中国甘蓝型油菜遗传多样性和遗传基础。【方法】采用SRAP（sequence-related amplified polymorphism）标记对建国以来不同时期选育的130个品种进行分析。【结果】25个SRAP引物组合共扩增到509个谱带、123个多态性带；多态性带的比例为24%。每对引物组合的谱带数和多态性带数分别为20.4个和4.9个。在遗传距离为0.12处，将130个甘蓝型油菜品种（系）分为A、B、C、D 4个类群，其中78.5%的品种归入C类。C类又可在遗传距离0.10处分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5个亚群，又有58.5%的品种归入Ⅲ亚群。说明我国近60%的甘蓝型油菜品种遗传多样性较匮乏。遗传基础分析结果表明，20世纪80年代前育成的甘蓝型油菜品种的遗传基础最窄，80年代最宽，90年代略有下降。进入21世纪，品种间的遗传基础进一步下降。差异显著性测验结果表明，1991~2000年间与2000年以后育成的品种间的平均遗传距离差异不显著，80年代前育成品种与80年代育成的品种平均遗传距离间差异达到0.01显著水平，80年代与90年代育成的品种间遗传距离差异达到0.05的显著水平。我国育成的品种间的遗传距离与引进品种间的遗传距离差异达到0.01的极显著水平。【结论】SRAP标记是一种经济、有效和可靠的分子标记手段。     

利用AFLP标记鉴定小豆栽培型种质遗传多样性

利用11对AFLP引物,对94份来自我国的小豆栽培型种质基因组DNA进行扩增,得到689条清晰的谱带,其中324(47.0%)条呈多态性,平均每对AFLP引物得到29.5条多态性带;平均遗传距离0.285,变异幅度为0.009～0.836。利用AFLP多态性数据进行NeiandLi遗传相似系数聚类分析,可将94份种质相互区分开,并划分为4个明显不同的组群,表明我国栽培型小豆种质存在较丰富的遗传多样性。4个组群的遗传多样性表现出明显的生育特性和生长习性趋同性,也表现出一定的地域相关性。