番茄枯萎病菌RT-PCR检测技术的建立与应用

根据番茄枯萎病病原菌尖孢镰刀菌番茄专化型(Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici,FOL)蛋白激酶基因序列,设计1对番茄枯萎病特异性引物209F/361R,构建番茄枯萎病菌的RT-PCR(real-time PCR)检测体系,并利用该体系定量检测盆栽番茄茎基部病原菌。RT-PCR结果表明该引物只对番茄枯萎病菌有唯一产物吸收峰,对其他供试菌株都未检到荧光信号。利用该引物建立的RT-PCR检测体系线性关系良好,灵敏度为5.76×10³ copies·μL^-1,是普通PCR的10倍。人工接种番茄枯萎病菌定植后7 d即可在茎基部检测到病原菌;田间采集的24个自然发病样本中有16个能够检测到番茄枯萎病菌。基于RT-PCR技术构建的番茄枯萎病菌快速检测方法检测速度快、灵敏度高、特异性强、重现性好,能够为该病的早期诊断和流行监测提供理论依据。     

番茄细菌性斑点病菌、溃疡病菌、青枯病菌和疮痂病菌的四重PCR检测方法

针对引起番茄细菌性病害的细菌性斑点病菌（Pseudomonas syringae pv. tomato,Pst）、溃疡病菌（Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis,Cmm）、青枯病菌（Ralstonia solanacearum,Rs）以及疮痂病菌（Xanthomonas campestris pv. vesicatoria,Xcv）,建立了四重PCR检测技术,为病害的快速、准确诊断提供技术支持。根据gap1基因设计Pst特异性引物BW-F/BW-R,经PCR条件优化,扩增出了375 bp的特异性片段。将设计的引物与已报道的3种细菌特异性引物组合,通过设定不同的退火温度、引物浓度、循环次数以及延伸时间,探索影响四重PCR扩增的因素,优化了其反应体系。四重PCR反应体系中的引物对BW-F/BW-R、Fan1/Fan2、RS-1-F/RS-3-R和XCVF/XCVR可分别扩增出细菌性斑点病菌、溃疡病菌、青枯病菌和疮痂病菌长度为375、146、716和517 bp的特异性目的片段,反应体系退火温度为57.1 ℃,4对引物的终浓度分别为0.24、0.16、0.16和0.08 μmol ? L-1,延伸时间45 s,35个循环。该四重PCR反应体系可快速检测田间番茄发病植株中的细菌性斑点病菌、溃疡病菌、青枯病菌和疮痂病菌,灵敏度达到10-1 ng ? μL-1。     

猕猴桃溃疡病菌实时荧光定量PCR检测方法的建立和应用

为建立猕猴桃溃疡病PSA病原菌的实时荧光定量PCR方法,根据hrpW基因设计一对引物P3F/P5R,扩增片段大小为247bp,构建该片段的阳性质粒用于荧光定量PCR标准曲线的制作;评价引物的灵敏度、特异性,并验证其实际应用效果。结果表明,该方法能特异性地检测出PSA病原菌,灵敏度为100fg/μL。以采集的无病症和有病症猕猴桃枝条为样品,本方法可检测到无病症枝条中最低浓度为8.45×10-5 ng/μL的PSA病原菌。本实验建立的实时荧光定量PCR检测猕猴桃溃疡病菌方法可用于猕猴桃溃疡病感病样品的早期诊断,对该病原菌的预防诊治具有重要意义。     

番茄细菌性斑点病菌实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

以番茄细菌性斑点病病原菌丁香假单胞菌番茄致病变种(Pseudomonas syringae pv. tomato,Pst)的致病相关基因HrpZ为靶序列,设计了特异性引物Pst3F/Pst3R,能从Pst基因组DNA中特异性扩增出大小为161 bp的目的片段。建立的Pst实时荧光定量PCR检测技术体系的检测灵敏度比普通PCR高1 000倍。利用实时荧光定量PCR检测体系,检测模拟带菌种子中Pst的带菌量,检测下限为4.21 cfu·g^-1;检测人工接种叶片组织中Pst的带菌量,检测到1级发病叶片带菌量为4.15×102 cfu·g^-1。对田间采集的63个番茄细菌性斑点病明显症状和疑似症状样本,分别进行了实时荧光定量PCR、普通PCR和病原菌分离检测,检测到54个样本中含有Pst,3种方法检测结果一致。结果表明,建立的Pst实时荧光定量PCR检测体系具有特异性强、灵敏度高的特点,可以快速准确地定量检测番茄种子和发病组织中Pst的含量,为番茄细菌性斑点病的早期预防和流行监测提供了有效的技术手段。     

基于重组酶聚合酶扩增技术（RPA）的柑橘溃疡病菌检测方法

根据柑橘溃疡病菌(Xanthomonas citri ssp. citri,Xcc)基因组的保守序列设计特异引物,通过对引物浓度、反应温度和反应时间条件优化,建立了柑橘溃疡病菌重组酶聚合酶扩增(Recombinase polymerase amplification,RPA)检测方法。该方法无需PCR仪等复杂设备,在39℃恒温反应30 min即可完成检测过程,快速简便。该检测方法与其他柑橘病原无交叉反应,特异性强;检测灵敏度是普通PCR的100倍,与实时荧光定量PCR基本一致。对71个柑橘样品进行检测,RPA检测出溃疡病阳性样品22个,与PCR、实时荧光定量PCR检测结果一致。     

甘肃地区番茄细菌性斑点病菌的鉴定与检测

从番茄病果上分离纯化的细菌菌株,经致病性测定、形态特征、培养特性观察及16S rDNA
序列测定,鉴定为番茄细菌性斑点病菌Pseudomonas syringae pv. tomato（Okabe）Young,Dye et Wilkie。
利用特异性引物对已鉴定菌株及番茄发病组织进行PCR 扩增,均扩增出530 bp 左右的特异性片段,印证
了可利用特异性引物MM5F/MM5R 对分离菌株或番茄发病组织进行PCR 扩增以检测番茄细菌性斑点病菌。     

柑桔黄龙病菌的重组酶聚合酶扩增(RPA)检测

为了建立黄龙病菌的重组酶聚合酶扩增(Recombinase Polymerase Amplification, RPA)快速检测体系,丰富柑桔黄龙病的高效简便检测方法,以黄龙病菌株psy62全基因组中的单拷贝tufB-secE-nusG-rplKAJL-rpoB基因簇序列和5拷贝核糖核苷酸还原酶β亚基基因(nrdB)序列设计并筛选特异性引物,经灵敏度比较和检测特异性验证,建立该病的RPA检测体系,并经PCR、RPA和实时荧光PCR对87份柑桔样品的黄龙病菌进行对比检测,验证RPA检测体系的适用性。结果表明,建立的黄龙病菌RPA检测方法能特异性检测柑桔黄龙病;灵敏度与实时荧光PCR相当,是PCR的100倍;扩增过程只需20 min,大幅提高检测效率;对田间疑似柑桔黄龙病的送检样品检测结果与实时荧光PCR一致,比PCR的检出率高。     

葡萄根癌病菌的快速检测技术

根据葡萄根癌病菌核糖体基因间隔片段(16S-23S Ribosomal DNA Intergenic Spacer,ITS)特异区域设计,合成了一对引物,建立了快速检测葡萄根癌病菌的PCR方法,并对反应条件进行优化,组装成快速检测试剂盒。结果表明:只有葡萄根癌病菌能扩增出大小为758 bp的特异性条带,而非葡萄根癌病菌均未能扩增出任何条带。检测灵敏度达10个细菌/μL左右,且稳定性好,经多次反复冻融,扩增条带未发现有明显变化。通过对田间病样进行检测,证实该试剂盒具有操作简便、快速(4 h左右完成检测)、灵敏度高、特异性强、重复性和稳定性好等优点。     

杜鹃花枯萎病菌TaqMan MGB探针实时荧光快速检测方法

根据杜鹃花枯萎病菌(Ovulinia azaleae)及其近似种ITS基因序列差异,设计合成1对特异性引物和1条Taq Man-MGB探针,建立了杜鹃花枯萎病菌的实时荧光PCR检测方法。特异性试验结果表明,该检测方法能特异性检测杜鹃花枯萎病菌;灵敏度试验结果表明,最低检测限量为10μL反应体系中总DNA含量0.25 pg;实际样品检测结果表明,该方法可用于疑似携带杜鹃花枯萎病菌样品的检测与初筛。此方法快速、灵敏,整个反应过程约1 h,检测过程完全闭管,无需PCR后处理,为杜鹃花枯萎病菌早期诊断检测提供了重要参考。     

应用PCR技术快速检测柑桔溃疡病的研究

应用PCR检测柑桔溃疡病，所用引物为5′TTGGTG TCGTCGCTTGTAT 3′和5′CACGGGTGCAAAAAATCT 3′。从病样的叶片、果皮和枝皮抽提溃疡病菌核酸进行PCR扩增，其产物经琼脂糖凝胶电泳，产生大约220bp的特征条带，与纯培养溃疡病菌的PCR产物一致。试验比较两种核酸抽提方法，微量快速抽提法的灵敏度明显高于高盐抽提法。有症状病样品的不同部位均能检测到溃疡病；病株的无症状叶片、果皮、枝皮有部分检测到病菌。病果园健康植株大多数检测不到病菌，少数植株PCR产物电泳条带较弱。取样量以10～20mg为宜。该PCR技术可用于快速检测柑桔溃疡病。