不同分子指标鉴定四川雅江鸡蛋菌的差异

以采自四川雅江的一株野生鸡蛋菌作为研究材料,利用CTAB法提取基因组DNA,然后利用PCR技术分别扩增ITS、LSU、RPB2、β-tubulin和EFI-α等DNA序列相应区段,并连接到T载体上进行DNA测序;利用GenBank核酸数据库对测序得到的不同序列进行同源比对,并从GenBank检索获取相似序列,与测序得到的不同序列分别构建系统发育树。结果揭示,以ITS和LSU序列分析鉴定该野生菌为肉桂鹅膏菌(Amanita cinnamomescens),而以RPB2、β-tubulin和EFI-α序列分析鉴定结果为红黄鹅膏黄褐变种(Amanita hemibapha var.ochracea);最后综合ITS、LSU、RPB2、β-tubulin和EFI-α序列分析和结合形态学观察,将四川雅江鸡蛋菌鉴定为红黄鹅膏黄褐变种(Amanita hemibapha var. ochracea)。在鸡蛋菌的分类鉴定中应考虑更多的分子指标,不能以单一的ITS和LSU序列作为单一的标准。     

濒危药用植物盘龙参rDNA ITS序列分析

采用改良CTAB法提取2份江西省盘龙参总DNA,利用通用引物对rDNA ITS序列进行PCR扩增,克隆后测序,应用MEGA 5.2软件进行序列分析和构建系统发育树,以研究盘龙参ITS片段遗传多样性,分析该片段在盘龙参DNA分子鉴别和绶草属植物系统学研究中的意义。结果表明,盘龙参样本的rDNA ITS长度为766~767 bp;该样本与GenBank中绶草属的rDNA ITS对比分析,ITS1、ITS2长度分别为214~245、256~367 bp,变异位点分别为16.17%、3.50%,ITS总变异位点为9.27%;基于ITS序列,用p-distances法计算遗传距离和NJ法建立系统发育树,2段序列在绶草属种内保守,中间有较大变异,可作为盘龙参分子鉴定标记,而绶草属的系统发生关系尚须进一步研究。     

10株镰刀菌rDNA内转录间隔区(ITS)序列分析

[目的]探索镰刀菌菌株间的系统发育关系。[方法]采用氯化苄法从分离的10株镰刀菌菌株中提取基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用Blast方法将测序结果在GenBank中进行同源搜索,采用邻接法构建其与相关菌株的ITS序列系统发育树。[结果]供试菌株分别位于系统发育树的3个分支上,7株与腐皮镰刀菌为一个分支,序列相似性为98.61%~100%。菌株F94与尖孢镰刀菌为另一个分支,序列相似性为100%。菌株F83和F97与Fusarium incarnatum为另一个分支。各分枝内序列相似性均较高,为97.61%~100%,而不同分枝间菌株序列相似性较低。[结论]ITS序列系统发育分析可为镰刀菌属种的鉴定提供参考依据。     

传统中药材麦冬的DNA条形码鉴定

该文分析了DNA条形码序列(ITS、psb A-trnH、matK、rbcL和trn L-F)对采自10个不同产区的麦冬进行PCR扩增及测序。结果表明,ITS序列变异位点为11 bp且较稳定。叶绿体序列的变异位点较低。本研究构建了ITS及联合叶绿体片段与ITS的系统发育树,4个叶绿体片段各自构建的系统发育树结果不理想,以ITS构建的系统发育树为主。广西桂林、贵州贵定与浙江余杭聚为一支;四川什都、四川珙县与广东肇庆聚为一支;云南麻栗坡与云南石林聚为一支;江西庐山与湖南桑植聚为另一分支,位于发育树基部;以上分支均得到G+C含量和遗传距离的支持,种内具有较近的亲缘关系。ITS序列具有稳定的变异位点和鉴定位点,能够准确的鉴定不同产地的麦冬,基于ITS构建的系统发育树能够较好的区分其亲缘关系。     

福建正红菇遗传多样性分析

以采自福建省山区的正红菇Russula griseocarnosa为研究材料,进行ITS(internal transcribed spacer)、RPB2(the second largest subunit of the nuclear RNA polymerase enzyme II)保守区段克隆测序和序列同源性比对。将从GenBank中获得的部分红菇属物种ITS和RPB2序列与正红菇序列通过最大简约法进行系统发育分析。基于ITS序列构建的系统发育树表明,福建正红菇与云南大红菌Russula griseocarnosa X.H.Wang,Zhu L.Yang&Knudsen,sp.nov.间序列差异较小,亲缘关系较近,以99%的支持率聚为一簇。福建正红菇与欧洲红菇Russula vinosa及玫瑰红菇Russula rosea间序列差异较大,亲缘关系较远,在系统发育树上聚为不同分枝。基于RPB2序列构建的系统发育树也表明福建正红菇与云南大红菌聚为一簇(支持率94%),而与玫瑰红菇聚为不同分支。     

对4个不同产地松乳菇子实体的分子鉴定

提取4个不同产地松乳菇子实体的基因组DNA,扩增其ITS序列,测序后通过和GenBank中相似度较高的序列比对,构建系统发育树,经分析,鉴定出所采集到的子实体均为松乳菇的子实体。     

基于ITS的贵州省30个树种的DNA条形码研究

本文对贵州省19科26属30种林木树种植物ITS序列进行PCR扩增及测序,用MEGA 5. 0软件对序列进行比对分析序列信息,用最近距离法计算种内及种间遗传距离,通过邻接法构建系统发育树。结果表明,供试树种的DNA总长度为506～684 bp,其中平均G+C含量为64%,种内平均遗传距离为0. 013,种间平均遗传距离为0. 236;基于ITS序列构建的聚类树显示,对30种林木树种的鉴定成功率为83%,因此,推荐ITS序列作为林木树种DNA条形码的候选序列。     

基于nrDNA ITS对23种兜兰属植物的分子系统学分析

采用PCR直接测序法,测定23种兜兰属植物的内部转录间隔区(ITS)序列,并结合GenBank中所查到的德氏兜兰(AJ564372)、波瓣兜兰(AY530916)及麻栗坡兜兰(AJ564357)的核糖体DNA(nrDNA)ITS区序列进行比对,确定23种兜兰的ITS1、5.8S及ITS2的界限。结果表明:23种兜兰植物的nrDNA ITS序列长度为717～787 bp;G+C含量为48.6%～51.5%,其中ITS1和ITS2长度分别为393～451 bp及155～180 bp,包括211个变异位点;109个信息位点。基于贝叶斯法和最大简约法构建系统聚类树,结果表明,2种方法构建的树基本一致,整个树分为2个分支3个亚组,表明基于nrDNA ITS序列能够鉴定分析兜兰属植物种间的亲缘关系。     

基于多个核基因序列的1株皮伞属菌株的鉴定

提取在北京市房山地区野外环境中采集的1株野生菌子实体的基因组DNA,并以此为模板进行ITS、LSU和SSU片段的扩增、测序及比对分析。结果发现,从菌丝体基因组DNA中扩增获得了700 bp左右的ITS片段、850 bp左右的LSU片段和1 800 bp左右的SSU片段,经序列测定及比对,表明该真菌是Marasmiellus属菌株。建立了一种野生真菌快速、准确的鉴定方法。     

竹材木质素选择性降解菌株的分子鉴定

鉴定1株从腐竹中筛选的高效选择性降解竹材木质素的优良菌株ZNLD-18,为生物法提取可纺性竹原纤维奠定基础。利用真菌通用引物ITS1和ITS4扩增并测定菌株的rDNA ITS区序列,序列总长541bp。把所得序列在GenBank中进行B1ast搜索得到同源性较高的同属不同种菌株序列。比较这些序列的遗传距离,显示菌株ZNL D～18与Trametes versicolor的ITS区序列同源性为99％以上。利用PAUP软件构建分子系统发育树,通过对该树的分析并综合菌株的形态特征,鉴定菌株ZNLD-18为白腐菌Trametes versicolor。     

核桃种质资源rDNA-ITS序列分析

本研究以9份核桃属种质资源为材料,利用设计引物对其ITS区段进行PCR扩增和测序。利用Dnasp 5.0和MEGA 6.0软件分析ITS序列特征,寻找差异位点,并构建系统发育树。结果显示,9份材料的ITS区段在644~647 bp之间,存在48个变异位点,转换和颠换的比值为1.75。系统发育树结果表明,野核桃和核桃楸亲缘关系最近,最先聚在一起,再与麻核桃聚为核桃楸组,与传统分类学一致。本研究为发掘和利用核桃属种质资源奠定了理论基础。     

1 株拟盘多毛孢菌的培养·纯化及其ITS区的克隆测序

[目的]为拟盘多毛孢菌分离、纯化及ITS区克隆测序相关研究提供依据。[方法]对鸡枞菌内生拟盘多毛孢菌进行分离、纯化,并通过形态学及分子生物学的方法进行鉴定,对其ITS区进行PCR扩增和克隆测序分析。[结果]形态学鉴定结果显示没有已报道的拟盘多毛孢菌与其相似,系统发育树结果也表明其属于一单独分支中。[结论]建立拟盘多毛孢菌的ITS序列数据库是十分必要的。     

1株拟盘多毛孢菌的培养·纯化及其ITS区的克隆测序

[目的]为拟盘多毛孢菌分离、纯化及ITS区克隆测序相关研究提供依据。[方法]对鸡枞菌内生拟盘多毛孢菌进行分离、纯化,并通过形态学及分子生物学的方法进行鉴定,对其ITS区进行PCR扩增和克隆测序分析。[结果]形态学鉴定结果显示没有已报道的拟盘多毛孢菌与其相似,系统发育树结果也表明其属于一单独分支中。[结论]建立拟盘多毛孢菌的ITS序列数据库是十分必要的。     

一株昆虫病原性真菌莱氏野村菌的分离与鉴定

利用PDA培养基,对收集自广东化州的家蚕病原真菌(编号为Ma1菌株)进行分离培养.首先对菌落特征、菌丝、分生孢子梗及分生孢子形态特征进行观察.再利用真菌核糖体基因ITS区域设计合成的引物对Ma1菌株进行PCR扩增得到558 bp大小的目的条带.目的条带采用Blast方法将测序结果在GenBank中进行同源搜索,依据邻接法构建获得与其相关菌株的ITS序列系统发育树.通过形态学和ITS基因序列分析,最终判定来自家蚕的病原真菌Ma1菌株为莱氏野村菌(Nomuraea rileyi).     

基于ITS2序列的秤星树等冬青属8种药用植物的分子鉴别

[目的]建立ITS2区段的秤星树及其同属几种药用植物的分子鉴别方法。[方法]以秤星树等几种药用植物为材料,采用离心柱型试剂盒提取总DNA,采用一对通用引物对ITS2区段进行PCR扩增和测序;HMMer法对测序结果进行注释得到ITS2序列;MEGA软件分析,寻找差异位点,构建系统发生树。[结果]测序后注释得到的秤星树等8种冬青属药用植物ITS2比对序列为254 bp,种间存在85个差异位点。[结论]ITS2区可用于鉴别秤星树与同属几种药用植物。     

基于ITS序列对桔梗及其伪品的鉴别

用ITS序列作为DNA条形码对桔梗及其伪品的基源植物进行分子鉴定。研究通过测序和在NCBI中下载两种方法共获得了23条桔梗及其混伪品霞草和沙参的ITS序列,所得序列用Bio Edit查看和比对、MEGA6.0等软件进行遗传距离和构建系统发育树。最后获得桔梗及其伪品的ITS基因序列长度为560bp,基于K-2-P方法构建的NJ聚类树表明不同来源的桔梗样品能聚成一个单系,表明该序列可以作为DNA条形码很好地区分桔梗及其常见伪品。     

胡枝子属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对10种胡枝子属植物和1个外类群的ITS序列进行了测定.结果表明,10种胡枝子ITS序列全长在612～622 bp之间,其中ITS1长度在243～228 bp之间,变异较大,ITS2长度在215～220 bp,5.8S的长度均为165 bp,比较保守.序列比对结果发现有76个变异位点,占比对序列长度的11.93%.构建了胡枝子属植物ITS序列的系统发育树,并探讨了参试胡枝子种质的亲缘关系.     

斑石鲷卵鞭虫病病原的分子鉴定与系统发育分析

[目的]对严重危害斑石鲷鱼苗的卵鞭虫病病原——渤海分离株(Bohai-1407 isolate)进行分子生物学鉴定和系统发育分析。[方法]设计4对特异性引物,应用PCR方法克隆并测定渤海分离株的核糖体DNA(rDNA)序列;应用Blast比对分析渤海分离株rDNA的结构;依据rDNA序列,分别构建10种胚沟科鞭毛虫和19株眼点淀粉卵涡鞭虫分离株/克隆的系统发育树,分析渤海分离株的系统分类地位。[结果]扩增出了渤海分离株的4个DNA片段,拼接出长度为6 530 bp的r DNA操纵子序列;该操纵子由74 bp的部分外转录间隔区(ETS)、1 813 bp的小亚基(SSU)、352 bp的内转录间隔区1(ITS1)、159 bp的5.8S、698 bp的内转录间隔区2(ITS2)和3 388 bp的大亚基(LSU)串联而成,3'端还有46 bp的部分非转录间隔区(NTS);渤海分离株与眼点淀粉卵涡鞭虫宁德株(Ningde1412)的rDNA序列相似性高达99.5%;依据SSU序列建立了包含10种胚沟科鞭毛虫的系统发育树,渤海分离株与世界各地分离到的眼点淀粉卵涡鞭虫聚类在一起,将其鉴定为眼点淀粉卵涡鞭虫;依据ITS1和ITS2序列建立了包含19株眼点淀粉卵涡鞭虫的2个系统发育树,渤海分离株与从美国弗罗里达盐水池塘中分离到的墨西哥湾分离株FL_21(DQ490260.1)总是聚类在一起。[结论]斑石鲷卵鞭虫病的病原——渤海分离株可以鉴定为眼点淀粉卵涡鞭虫,该分离株与墨西哥湾分离株FL_21的亲缘关系最近。     

油茶白朽病菌ITS基因的克隆及序列分析

分离油茶白朽病的病原菌,并对该菌的ITS基因进行克隆和测序 将所得序列在Genbank中经B lastn搜索,构建分子系统发育树。结果表明：病原菌ITS序列与Genbank数据库中已有的序列同源性较低,最高仅为94%,系统发育树也显示该菌不与其他菌株聚类而是单独聚为1支。由于Genbank数据库有限,难以根据同源性来确定其属种关系。     

基于I TS序列对紫薇的分子鉴定

对紫薇属植物细胞核核糖体DNA转录间隔区（nrDNA ITS）序列进行分析,为紫薇植物的鉴定提供分子依据。通过提取紫薇幼苗总DNA,对nrDNA ITS序列进行PCR扩增测序,应用软件BioEdit、DNAMAN 进行序列分析, MEGA计算遗传距离,构建基于K2P模型的NJ系统发育树。测序得到2条nrDNA ITS序列,长度均为615 bp。序列分析结果显示,序列1与紫薇ITS序列相似性达99．03％,遗传距离为0．003,聚类分析归为一支;序列2与毛紫薇ITS序列相似性达98．55％,遗传距离0．007,聚类分析归为一支。试验结果说明,基于nrDNA ITS序列分析法,能够对紫薇属植物进行准确的分子鉴定,从而为紫薇属的种类鉴定和种间亲缘关系提供分子生物学理论依据。