苹果实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选

【目的】为筛选苹果实时荧光定量PCR实验中最适内参基因,【方法】应用实时荧光定量PCR技术,分析5个传统内参基因18SrRNA、ACTB、GAPDH、UBQ、TUB在苹果不同基因型、不同组织、果实不同发育时期的mRNA表达差异情况。供试的6个不同基因型苹果分别为:新疆野生苹果、八棱海棠、丽江山荆子、‘津轻’、‘国庆’、‘金冠’;6种不同组织为果皮、果肉、叶片、愈伤组织、花瓣、种子;5个果实发育不同时期为花后28、50、74、95、115 d。【结果】经geNorm程序分析发现5种内参基因的表达稳定性各异,UBQ在果实不同基因型和不同发育时期的基因表达分析中最稳定;ACTB和UBQ在6种不同组织中表达均稳定。【结论】UBQ在参试样品中表达均比较稳定,是研究苹果基因表达分析中理想的内参基因。     

莲雾实时荧光定量PCR内参基因的筛选和验证

【目的】莲雾果实品质不稳定和冬季低温寒害是生产上的两大问题,筛选稳定可靠的内参基因,以便开展莲雾品质形成和低温胁迫响应分子机制研究。【方法】以‘紫红’‘黑珍珠’‘翡翠’3个莲雾品种为材料,利用qRT-PCR检测7个候选内参基因ACT-7、GAPDH、UBQ、α-TUB、CYP20-1、EF-2和APRT-5在果实发育和低温胁迫时的表达水平,通过geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件进行基因稳定性评价。【结果】不同软件分析结果不同,geNorm、NormFinder和RefFinder结果相似,果肉发育过程、果皮发育过程、低温胁迫下表达最稳定的内参基因分别是ACT-7、α-TUB和CYP20-1,BestKeeper则显示UBQ为表达最稳定的基因。用筛选的内参基因α-TUB和UBQ分析莲雾花青苷合成途径中F3H基因的表达,2者表达规律较一致。【结论】莲雾果肉发育过程、果皮发育过程、低温胁迫下最适的内参基因数分别为4个(ACT-7、GAPDH、UBQ、α-TUB)、2个(α-TUB、UBQ)和2个(CYP20-1、UBQ)。     

山核桃实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选与验证

[目的]筛选出山核桃中的最佳内参基因.[方法]以山核桃的根、茎、叶、柱头、果皮、胚、不同处理下的叶片及嫁接后的砧木和接穗为试验材料,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder4种软件对10个管家基因家族(ARF、ACT1、ACT7、MPS、UBC9、CYP、60SRP、EF-1α、...     

葡萄实时定量PCR中稳定内参基因的筛选

【目的】通过ge Norm软件筛选实时荧光定量PCR稳定内参基因,基于多内参基因评价体系进行目的基因相对表达量的计算。【方法】获得不同葡萄品种叶片和果皮中6个候选内参基因的循环阈值(Ct),利用ge Norm软件计算内参基因平均表达稳定性数值M和基因配对差异值V,从而判断内参基因最适组合。【结果】发现候选内参基因表达稳定性由高到低的排列顺序为Vv EF1r=Vv EF1-αVv GAPDHVv ACTINVv ACT1Vv UBQ,不同组织分别分析均发现Vv EF1-α和Vv EF1r的稳定性最高,且基因配对差异值V2/3为0.104,所以内参基因的最适组合为Vv EF1-α和Vv EF1r。利用ge Norm软件计算得到的多内参基因评价体系的标准化因子可应用于目的基因的相对表达量分析。【结论】ge Norm软件筛选实时荧光定量PCR稳定内参基因的方法可以应用到多条件和多组织的不同植物样本中,并用于目的基因表达谱的研究,具有重要的广泛应用价值。     

番茄实时定量PCR内参基因选择的研究进展

实时定量PCR具有灵敏、准确、高通量等优点,已广泛应用于基因表达分析。常规的实时定量PCR关键步骤是选择合适的内参基因进行校正。该文总结了模式植物番茄传统内参基因类型的研究现状,提出了新的内参基因挖掘方法,以期为番茄实时定量PCR标准化提供了重要的理论依据。     

桦褐孔菌实时荧光定量PCR内参基因的筛选

笔者采用软件GeNorm分析7个内参基因在桦褐孔菌(Inonotus obliquus)中表达的稳定性.结果表明,在不同pH培养基处理下,最适内参基因数为2,act和gapdh为最适内参基因;高温刺激下,最适内参基因数为2,act和gapdh为适宜内参基因;在菌核发育阶段,最适内参基因数为2,gapdh和cyp为最适内参基因;在菌丝体发育阶段,最适内参基因数为3,act,tub和ubq为适宜内参基因;在整体试验样本中,最适内参基因数为2,act和gapdh为最稳定的内参基因.     

石蒜属植物实时荧光定量PCR内参基因的选择

以石蒜属植物换锦花（Lycoris sprengeri）、石蒜（Lycoris radiata）和中国石蒜（Lycoris chinensis Traub）不同组织器官、不同花发育时期以及不同杂交种的幼小鳞茎为研究材料,利用qRT-PCR技术检测Actin、EF-1α、GAPDH、5S rRNA、Ubiquitin和β-Tubulin等6个内参基因的mRNA表达情况,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和Reffinder软件综合评价6个内参基因的表达稳定性。结果表明,石蒜属植物种间和种内内参基因表达差异明显,在分析换锦花不同组织基因表达时可选用β-Tubulin、Actin和GAPDH作为内参基因,分析不同花期的基因表达时宜选用5S rRNA、EF-1α、Actin和β-Tubulin作内参基因。中国石蒜不同组织最合适的内参基因是5S rRNA、Ubiquitin、EF-1α和β-Tubulin,而不同花期最合适的内参基因则是Ubiquitin、β-Tubulin。分析石蒜不同组织间基因表达的适宜内参基因是β-Tubulin和5S rRNA,不同花期为Ubiquitin、β-Tubulin以及5S rRNA。不同杂交种鳞茎适宜内参基因为β-Tubulin和Actin。     

喀西茄内参基因实时荧光定量PCR表达稳定性评价

为了筛选在喀西茄（Solanum aculeatissimum）中表达稳定的内参基因,选取7个常用内参基因GAPDH、ACTIN、18sRNA、UBQ、TUA、EF1和CYP,利用实时荧光定量PCR技术,结合GeNorm、NormFinder和RefFinder软件对其在喀西茄不同组织、不同植物生长调节剂处理、非生物和生物胁迫下的表达稳定性进行评价。结果表明,TUA和18sRNA在喀西茄不同组织中的表达稳定性最好,18sRNA和ACTIN在不同植物生长调节剂处理条件下表达水平最稳定,EF1和GAPDH在干旱和盐条件下表达稳定性最好,TUA和EF1在所有喀西茄测试样品组中（包括不同组织、不同植物生长调节剂处理、非生物及生物胁迫）的表达稳定性最高,而CYP和ACTIN在喀西茄不同试验条件下的表达稳定性较差。     

朱顶红实时荧光定量PCR中不同组织器官内参基因的筛选

以朱顶红（Hippeastrum vittatum）不同组织器官为试验材料,通过实时荧光定量PCR技术检测肌动蛋白基因（ACT）、亲环蛋白基因（CYP）、转录延伸因子基因（EF-1α）、甘油醛–3–磷酸脱氢酶基因（GAPDH、GAPDH2）、α微管蛋白基因（TUA）和β微管蛋白基因（TUB）这7个常用的看家基因的表达水平,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper综合评价其表达稳定性。结果表明,EF-1α和GAPDH2的表达水平较高,而且相对稳定;其次为TUB、TUA和GAPDH。geNorm和NormFinder软件分析结果显示,在不同组织器官中CYP和GAPDH2的表达稳定性最高,其次是EF-1α;进一步分析表明,CYP的表达稳定性虽然较高,但是其表达丰度较低,故不适合作为内参基因。BestKeeper分析表明,EF-1α和GAPDH2在不同组织器官中的表达稳定性较好。综合分析表明,EF-1α和GAPDH2在所有样品中表达量较高,稳定性较好。以筛选出来的EF-1α、GAPDH2以及EF-1α + GAPDH2作为内参基因检测朱顶红花器官调控基因PI的表达水平,结果表明,以上述两个基因及其组合为内参基因得到的PI表达模式相同,而且在花器官中的表达高于茎盘和根,基本符合PI调控花模型的机理。因此,EF-1α、GAPDH2或EF-1α + GAPDH2可作为朱顶红的内参基因进行相关基因的表达调控研究。     

‘琯溪蜜柚’荧光定量PCR内参基因的筛选

【目的】为了克隆‘琯溪蜜柚’的管家基因,并筛选合适的管家基因作为内参,【方法】以‘琯溪蜜柚’盛花期后5个不同时期的果实汁胞,以及根﹑茎﹑叶为材料,采用实时荧光定量PCR技术,分析actin1﹑β-tubulin﹑18S rRNA﹑EF1-α和Ubiquitin 5个管家基因在不同材料中的表达情况,并结合geNorm、NormFinder﹑comparative Delta-CT和BestKeeper 4种评估方法进行稳定性分析。【结果】结果表明,actin1和β-tubulin是‘琯溪蜜柚’果实发育进程中较为稳定的内参基因,而EF1-α和β-tubulin则是研究不同组织特定靶基因表达中稳定的内参基因。【结论】筛选出了‘琯溪蜜柚’最佳的内参基因β-tubulin,为今后目的基因的表达分析奠定了基础。     

红将军苹果离体叶片高频再生体系研究

以中熟红富士品种红将军组培苗的叶片为试材,研究了离体叶片诱导再生不定芽过程中不同激素种类与组合、暗处理时间、取叶部位等因素对再生率的影响。结果表明,试管苗继代培养3～4代,当代培养25～30d,取顶部嫩叶3～4枚,剪除叶片边缘,将剪切的叶片中部以近轴面接触在最佳诱导分化培养基上:MS+TDZ1.0mg/L+IAA0.5mg/L+蔗糖30g/L,培养基pH值5.8,黑暗培养10d后,转入光照培养条件下,再生频率达100%,再生芽数平均4.6个。叶片再生不定芽分化后15～20d转接到苹果继代培养基MS+BA0.5mg/L+IBA0.1mg/L上,当不定芽长度约2cm时再转接到1/2MS+IBA0.5mg/L+NAA0.5mg/L+Ac0.5g/L+蔗糖2%的生根培养基上,光培养15d后,生根率可达86.0%。     

新疆野苹果与栽培苹果香气成分的比较

 以中国新疆伊犁地区巩留县莫合镇的新疆野苹果4个实生株系及国光、红星、富士、金冠等苹果品种的成熟果实为试材, 采用顶空固相微萃取和气相色谱—质谱联用技术, 分析果实香气成分, 旨在为新疆野苹果资源保护与利用提供基本资料。结果表明, ①新疆野苹果含醇类等10类89种香气成分, 这些化合物单株间在种类和含量上均存在显著差异; 新疆野苹果与栽培苹果品种主要香气的种类和成分基本一致; ②但乙醛等12种香气成分在新疆野苹果中没有检测到, 其中7种为栽培苹果特有的特征香气成分;③缩醛类和内酯类化合物在栽培苹果品种中没有检测到, 同时检测到1 - 丁醇、丁酸乙酯、辛酸乙酯和大马酮等4种化合物为新疆野苹果特有的特征香气成分。     

''''宫藤''''富士苹果叶片离体再生体系的建立

以'宫藤'富士苹果组培苗为试材,对叶片离体再生体系进行了研究.不同激素种类、浓度配比及叶片放置方式的试验结果表明:以MS为基本培养基添加5.0 mg/L 6-BA、1.0mg/LNAA叶片远轴面接触培养基(叶片反放)可得到最高的再生效率,为73.3%,6-BA对叶片再生效果要好于TD2,且提高NAA浓度并不能提高TDZ对再生频率和再生叶片平均再生芽数的影响.再生植株在生根诱导培养基(1/2 MS 1.0 mg/L IBA)、生根培养基(1/2 MS)上进行培养后移入营养土成活率可达100%.     

‘砀山酥梨’实时荧光定量PCR内参基因的筛选

对'砀山酥梨'不同组织器官及不同非生物胁迫条件下叶片中可以稳定表达的内参基因进行筛选,为后续荧光定量PCR试验提供参考基因。分别对生长45 d的'砀山酥梨'嫁接苗进行低温、高温和盐胁迫处理,采集不同处理时间的叶片;还分别采集'砀山酥梨'4个果实发育时期的果肉(分别为花后32、65、99、143d)、叶片、成熟果皮、花粉、花柱共26个样品。利用实时荧光定量PCR技术对4个传统内参基因:β微管蛋白基因(TUB)、多聚泛素酶基因(UBQ)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)和转录延伸因子基因(EF1α),以及通过转录组数据筛选出来的3个新内参基因Cytochrome b561(CyB)、WD-repeat protein(WDP)和mRNA capping enzyme(mRCE),共计7个内参基因在26个样品中的表达差异情况进行测定。结果表明:通过geNorm、NormFinder和Bestkeeper 3个软件对其表达稳定性进行分析,最终筛选出在不同组织及非生物胁迫条件下稳定表达的最优内参基因。UBQ在高温和盐胁迫处理的'砀山酥梨'叶片中表达最稳定,可作为优选内参基因;在低温胁迫处理下,TUB和WDP在'砀山酥梨'叶片中表达较稳定,可作优选内参基因;WDP在'砀山酥梨'不同组织器官中表达最稳定。不同内参基因在同一物种不同组织及胁迫处理条件下表达稳定性具有较大差异,在进行荧光定量PCR试验时,应根据具体的试验材料和方法选择最优内参基因。     

苹果实生树阶段转变特异蛋白质的SDS-PAGE分析

 利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术（SDS-PAGE）分析了6株苹果实生树（‘红玉’ב金冠’）叶片中蛋白质随节位升高的动态变化。结果表明,随节位升高蛋白质带发生变化,共发现了3条阶段转变特异蛋白质带,分子量分别为55 kD、19 kD和17 kD。其中55 kD蛋白质表现为定性变化,有5株实生树在36～75节出现,到101～126节消失;19 kD蛋白质在实生树低节位含量高,在86～100节之后含量突然降低;17 kD蛋白质在实生树低节位含量低,随着植株的发育蛋白质在36～50节含量突然增加并保持稳定,到91～105节后含量突然下降。认为这3种蛋白质是苹果实生树阶段转变的特异蛋白质。     

Genome-wide analysis of antioxidant enzyme gene families involved in drought and low-temperature responses in Apple (Malus domestica)

Antioxidant enzymes were well-known for reactive oxygen scavenging and protecting cells from oxidative damage in multiple biotic and abiotic stresses. Aimed to overview of antioxidant enzyme gene families and screen for drought and low-temperature response members, the whole apple antioxidant enzyme genes in apple genome were studied. Out of 73candidates in seven antioxidant enzyme gene families among the entire apple genome, a total of 49 genes were identified, showed more antioxidant enzyme gene members than those in other plant species. A phylogenetic tree based on predicted functional domains and motifs of apple and Arabidopsis antioxidant enzymes revealed 19 putative drought or low-temperature response genes, and 9 out 19 genes belong to five families responded to both drought and low-temperature stresses. Subsequently, cis-elements in those nine antioxidant enzyme gene promoters were examined and abundant elements involved in multiple hormone regulation and abiotic stresses response, including drought and low-temperature were found. The tissue expression specificity for those nine members in eight kinds of tissues was also examined. Screening and identifying both drought and low-temperature response genes provide useful information to understand gene functions and promote application of antioxidant enzyme genes in apple abiotic resistance breeding.