新疆地方梨品种S基因型的鉴定

【目的】鉴定与研究9个新疆地方梨品种S基因型,为库尔勒香梨授粉品种的筛选及其遗传改良提供理论依据。【方法】设计特异性引物对9 个新疆地方梨品种的基因组DNA 进行PCR扩增,片段回收、克隆、测序,使用生物信息学软件对各序列进行分析。【结果】褐色句句梨、轮台句句梨、霍城冬黄梨、八月梨、库尔勒黄酸梨、句句梨、奎克阿木特1号等7个品种的S基因型分别是:S28S4、S28S4、S28S1、S28S4、S22S35、S28S4、S36S34S22;可特阿木特和棋盘梨各鉴定出一条基因,S基因型分别是 S8Sx和 S28Sx。【结论】确定了7个新疆地方梨品种S基因型,可特阿木特和棋盘梨中各有 1条 S 基因没有被鉴别出。丰富了我国梨资源的S基因型信息,为库尔勒香梨的丰产栽培和遗传改良提供了依据。     

猪流行性腹泻病毒的鉴定及其S基因的序列分析

为确诊河南某猪场仔猪腹泻的病原,进一步了解该猪场PEDV流行毒株S基因的变异情况,对临床采集疑似PED的病料进行检测,并对检测结果为PEDV阳性的毒株进行S基因序列分析。结果显示,采集的病料均为PEDV阳性,S基因的进化分析显示,该猪场PEDVS基因推导的氨基酸序列之间的同源性高达99%,与国内其他毒株均位于G2-b进化分支,研究结果为进一步掌握该地PEDV的流行毒株及毒力变异情况提供理论依据。     

基于序列分析的13个中国梨品种S基因型鉴定(英文)

    为鉴定中国梨S-RNase基因及其S基因型,根据日本梨S-RNase基因保守区设计引物,对13个中国梨品种进行基因组PCR特异扩增,并对PCR产物克隆、测序、序列分析.结果鉴定出13个S等位基因,其中11个S基因与GenBank中已知的S1, S7, S12, S15, S16, S18, S19, S22, S27, S29, S34-RNases相同,另外2个则为新的S-RNase基因,命名为S37-RNase和S38-RNase,GenBank接受号分别为DQ839238、DQ839239.13个S等位基因中,在推导氨基酸水平上,S18与S27相似性最低,为58%,S7与S27,S12与S19,S15与S37及S15与S38间相似性最高,为94%.经分析,S19为中国梨中出现频率最高的等位基因,对其DNA序列进行限制性酶切位点分析,建立了一种快速、经济鉴定S19的方法,该方法无需测序而仅使用特异的限制性内切酶AflⅡ对PCR产物进行酶切消化.根据分子鉴定结果,13个中国梨品种S基因型被确定为:'冰糖'(S16S19), '六棱' (S16S19), '锦香'(S34S37), '鹅酥' (S15S38), '蜜梨'(S19S29), '甜橙子'(S7S12), '大青皮'(S19S34), '秋白' (S19S34), '紫酥' (S19S34), '花长把'(S19S22), '灌阳雪梨'(S18S27), '早蜜'(S19S29),'青面'(S1S18).     

梨小食心虫actin基因全长cDNA克隆与序列分析

为梨小食心虫其他基因表达调控研究提供内参基因以及actin基因的研究,运用RT-PCR和RACE技术,克隆获得梨小食心虫actin基因全长cDNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,该基因cDNA序列全长为1 451bp,其中包括67bp的5′非编码区、253bp的3′非编码区和1 131bp的开放性阅读框,编码376个氨基酸。该蛋白预测分子质量为41.776 8ku,等电点为5.22,氨基酸序列中有6类功能位点,具有actin家族典型特征,与其他昆虫actin氨基酸序列高度同源,达97%~99%。成功克隆梨小食心虫actin基因全长cDNA,该序列已提交GenBank,登录号为KF022227。     

中国白梨S基因研究——Ⅱ9个主栽品种S基因型的确定及S29-RNase新基因的分离鉴定

以中国白梨9个品种为实验材料．在分子水平上对其基因组DNA进行了PCR—RFLP系统检测、DNA序列测定及生物信息学分析．鉴定了6个品种的S基因型和3个品种的一个S等位基因．并从天生伏和蜜梨中分离鉴定了一个新的S等位基因,命名为梨Szg-RNase基因．该基因与S13的DNA序列最接近，推导氨基酸序列与S13仅有2个氨基酸序列的差异．     

苹果自交不亲和基因型(S基因)研究进展

 苹果是蔷薇科一个典型的配子体自交不亲和果树树种。本文详细介绍了苹果S等位基因研究现状,系统介绍了基于PCR技术的苹果S 基因型鉴定的理论基础和主要方法,列出了迄今国内外应用这些方法鉴定出的500多个苹果品种的S 基因型。本文对于苹果品种授粉树的合理配置和杂交育种亲和性亲本选择具有重要的指导意义。     

ASIP基因编辑细毛羊自然突变和编辑基因型的遗传研究

为了探究控制毛色的多拷贝基因（ASIP）编辑细毛羊自然突变（D₉、D₅）和编辑突变的遗传特征和规律,分别将深棕色毛色表型的F₀代基因编辑中国美利奴细毛羊公羊与白色表型野生型母羊,有深色斑点表型的F₀代基因编辑母羊与野生型公羊交配,获得白色表型和深棕色及斑点状毛色表型F₁代个体23只。通过分析F₀、F₁代基因编辑羊ASIP基因的自然突变和编辑突变基因型,掌握编辑基因型的遗传规律和特征,以及自然突变、编辑突变与毛色表型的相关性。结果表明：F₀代基因编辑个体的4种主要编辑基因型（4 bp碱基缺失、5 bp,12 bp碱基插入、27 bp碱基缺失伴随1 bp碱基插入及2 bp碱基缺失）均在17只F₁代基因编辑羊得到遗传（另6只为野生型）。基因突变与毛色表型的相关性分析结果表明,D₉或D₅自然突变、ASIP基因编辑突变和拷贝数共同影响或决定基因编辑中国美利奴羊毛色图案的形成。     

中国白梨S基因研究——I 7个品种S基因型的确定和2个新S基因的鉴定

梨S基因型的确定对授粉品种的选择具有指导作用．采用PCR—RFLP检测、DNA序列分析和田间杂交试验，鉴定了两个新S-RNase基因．分别为S17-RNase和S21-RNase．同时确定了7个白梨品种的S基因型．S17-RNase和S22—RNase基因的内含子大小分别为142bp和139bp．HV区长度分别为16个和15个氨基酸．信号肽-P2的推导氨基酸长度分别为99个和98个氨基酸．信号肽大小均为27个氨基酸．C1大小均为11个氨基酸，C2大小均为12个氨基酸．白梨品种海棠酥、六瓣、恩梨、鸭梨、大核白、香椿、青梨等品种的S基因型分别为S1S12S19、S17S19、S1S19、S1S21、S16S19、S3S19、S19S19．该研究可为梨遗传改良和丰产栽培提供重要的理论依据．     

中国梨品种自交不亲和新基因的分离鉴定

采用分子生物学技术、田间杂交试验和生物信息学方法研究了中国梨自交不亲和基因和品种的S基因型．从中国白梨和沙梨品种中分离鉴定了15个梨自交不亲和新基因；分析了新S基因的序列特征；确定了中国白梨中至少存在17个S等位基因，中国沙梨中至少存在10个S等位基因；鉴别了34个梨品种的S基因型．这些新S基因的发现和品种S基因型的确定为中国梨品种的优化配置、丰产栽培和遗传改良提供了科学依据。     

菠萝R2R3-MYB基因家族S20亚族的鉴定

【目的】鉴定菠萝R2R3-MYB基因家族S20亚族成员,分析其进化、结构与表达模式,为菠萝S20亚族的生物学功能研究奠定基础。【方法】以菠萝基因组数据库为基础,利用生物信息学方法对菠萝S20亚族基因进行鉴定,并对其系统进化、结构、保守基序和表达模式进行系统分析。同时,克隆并原核表达代表性基因AcMYB108a,利用Western blot进行杂交验证。【结果】在菠萝基因组上共鉴定到5个S20亚族基因,分布于5条染色体上。系统进化与保守基序分析发现,不同植物的S20蛋白具有较高的保守性且均具有motif3保守基序。顺式作用元件分析表明,菠萝S20亚族基因与植物逆境胁迫响应过程有关,且受乙烯诱导。基因表达分析结果显示,S20亚族基因的表达存在组织特异性,其中AcMYB108a在果实中的表达水平最高。利用pET原核表达系统成功表达了AcMYB108a重组蛋白,并通过了Western杂交验证。【结论】菠萝S20亚族基因与逆境胁迫响应相关,且受到乙烯诱导。     

梨树CDPK基因家族进化和表达分析

钙依赖蛋白激酶(CDPK或CPK)在植物生长和发育、逆境信号刺激及其对病原物的防御反应过程中发挥着非常重要的作用。本研究利用梨树全基因组数据,采用生物信息学的方法,在全基因组水平上对梨树CDPK基因家族进行系谱进化关系、基因结构、共线性关系及表达情况等分析。结果表明,梨树基因组中共存在31个CDPK基因,命名为PbCDPK1~PbCDPK31。系谱分析结果表明,这些CDPK基因归属于4个亚家族。共线性分析检测到12对CDKP基因间存在显著的共线性关系,其中10对由最近一次发生的全基因组复制事件形成。非同义/同义置换率的比率(dN/dS)说明CDPK基因在功能上进化得非常保守。荧光定量PCR结果发现,5个梨树CDPK基因对干旱逆境有响应。试验结果可为进一步开展梨树CDPK基因家族的功能鉴定和分子进化机制的研究提供参考。     

Comparative Studies of Substrate and Inhibitor Specificity of Glutathione S-Transferases in Six Tissues of Oxya chinensis （Thunberg） （Orthoptera： Acrididae）

Specific activity, substrate specificity, and kinetic parameters （Km and Vmax） of glutathione S-transferases （GSTs） towards three substrates, 1-chloro-2,4-dinitrobenzene （CDNB）, 1,2-dichloro-4-nitrobenzene （DCNB）, and p-nitrobenzene chloride （pNBC） were investigated in six tissues （foregut, midgut, hindgut, fat body, hemolymph, and muscle） of Oxya chinensis. In addition, the inhibition in vitro （ethacrynic acid, and Cibacron Blue 3GA） of Oxya chinensis in the six tissues was also investigated. Glutathione S-transferase activity was detected in all the six tissues examined. The rank order of GST activities towards CDNB was fat body 〉 midgut 〉 hindgut 〉 muscle 〉 foregut 〉 hemolymph both in females and males. Glutathione S-transferase activities in the fat body in females and males were 1.3- to 10.4-fold and 1.1- to 10.0- fold higher than those in the other tissues. The rank order of GST activities towards the other substrates changed slightly. From these results, it was inferred that GSTs in the fat body and midgut played important roles in detoxifying xenobiotics including insecticides and plant allelochemicals in O. chinensis. In the three substrates examined, CDNB seemed to be the best substrate, followed by pNBC and DCNB. The kinetic parameters of GSTs were different among the six tissues. This suggested that GSTs in different tissues have various affinities and catalytic efficiency to substrates. In vitro inhibition study showed that the median inhibition concentration （IC50） values of the two inhibitors to GSTs from the six tissues were different. The results suggested that the two inhibitors have different inhibition potency to GSTs from the different tissues. The observed changes in kinetic parameters and inhibition in vitro among the six tissues of the insect might suggest that the number and structure of isoenzymes and their rate of expression varied for the different tissues.     

陕西省猪流行性腹泻病毒S基因克隆与生物学信息分析

【目的】分析2014-2021年陕西省猪群猪流行性腹泻病毒（PEDV）主要毒力基因的生物学信息特征,揭示陕西省PEDV流行毒株基因变异情况,为防控猪流行性腹泻提供理论参考。【方法】参考PEDV全基因序列设计4对引物,采用RT-PCR方法分段扩增10株陕西省PEDV流行毒株S基因。利用生物信息分析软件,将获得的PEDV流行毒株S基因与GenBank中公开的57株PEDV序列进行比对分析。【结果】获得了10株陕西省PEDV流行毒株S基因全序列,长度为4 149～4 167 bp。将序列上传GenBank,获得相应的登录号为OL855978～OL855987。系统进化树分析显示,67个PEDV毒株分为G1a、G1b、G2a和G2b 4个亚群,10株PEDV流行毒株均属于G2b亚群,且遗传距离较近,与我国多个省区近年流行毒株亲缘关系较近。同源性分析结果表明,10株流行毒株之间S基因核苷酸序列同源性为95.4%～98.3%,氨基酸同源性为91.0%～98.1%;10株流行毒株与疫苗毒株S基因核苷酸序列同源性为91.7%～98.5%,氨基酸同源性为87.8%～98.5%。与G1a亚群的SD-M、CV777疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较低,而与G2b亚群的AJ1102、LNCT2、LW/L、XJ-DB2疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较高。与CV777 S蛋白相比较,共有88个氨基酸位点出现变异,变异位点占总位点数的6.36%（88/1 383）,其中在59～62位氨基酸有7株毒株出现了QGVN插入,在140位氨基酸有8株毒株出现N插入,在160～161位氨基酸有7株毒株出现DG缺失。S蛋白主要的中和表位、抗原表位和单抗识别表位出现多个变异位点。二级结构预测发现,与CV777相比较,多数流行毒株S蛋白的α螺旋、无规则卷曲占比稍有增加,β转角、延伸占比有所下降。S蛋白糖基化位点预测结果表明,与CV777株相比,流行毒株有多个引入或缺失的糖基化位点。【结论】陕西省PEDV流行毒株S蛋白抗原性发生了较大变化,推测疫苗免疫保护效果下降与此密切相关。     

梨F1代枝干轮纹病抗性分析

对8个梨品种及其杂交F1代的1 652个单株进行枝干轮纹病的抗性调查和遗传分析,结果显示,梨枝干轮纹病病原菌为葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea),各杂交组合中F1代发病率为8.31％～42.89％,抗病单株比例均在80％以上,F1代的抗感比为5.31 ∶1～173.5∶ 1,双亲为感病品种时,...     

梨木虱化学防治试验

本试验对３种新型高效杀虫剂防治梨木虱进行试验研究。试验结果表明,百磷３号、甲基异柳磷和水胺硫磷对梨木虱均有较好的防治效果,施药后 １５ ｄ的防效分别为 ９３．３％、９２．４ ％和 ８９．４％。     

梨锈病对树体生长及果实品质的影响

田间感病情况下,研究梨锈病对华酥叶片光合作用、丰产性、果实品质及树体生长势的影响,结果表明：随着叶片病情指数增高,净光合速率逐渐降低,到9级时,净光合速率出现负值;树体感病程度越重,生长势越弱,果实越小,果实可溶性固形物和还原糖含量降低,可滴定酸含量增加。     

白僵菌属分类研究进展

白僵菌对农业有害昆虫的致病力强,并可在其寄主间引起大范围流行。因此,被作为最重要的昆虫病原真菌之一广泛应用于生物防治中。自1912年建立白僵菌属以来,已有100多年的分类历史。在这期间,白僵菌属的命名和分类一直处于不断革新的状态。由于白僵菌属内缺乏特征性的形态学识别特征,传统的形态学分类方法明显地制约白僵菌生物多样性的研究;同时,也制约白僵菌在生物防治中的应用。随着分子时代的到来和DNA条码技术的发展,白僵菌属的分类也迎来曙光,为其广泛应用提供了有力支撑。现就白僵菌属的分类历史和现状进行阐述,并重点介绍当前白僵菌属分类的主要方法——多基因位点联合分析法。     

新疆部分地区环形泰勒虫Tams1基因型及遗传多样性分析

为了对新疆部分地区环形泰勒虫Tams1基因型及遗传多样性进行分析,本研究对新疆托克逊、艾丁湖、青河和伊吾地区奶牛血液DNA进行检测,采用PCR方法对Tams1基因扩增、克隆和测序,并进行序列比对。通过MEGA、DNAsp、NetNGlyc等软件及在线软件分析Tams1基因及其蛋白序列。结果显示：1)新疆地区23条环形泰勒虫序列除伊吾地区2号样品序列被归为G3型,其余均属于G1型;此外,新疆地区Tams1基因序列在核苷酸与氨基酸水平上分别具有90.1%～100%和83.9%～100%的相似性。2)Tams1序列在核苷酸的168～217和479～528位置之间可检测到广泛序列变异。通过Hd=0.994±0.006、π=0.071±0.002、S=178、h=38及k=52.32均显示Tams1序列较高的遗传多样性;中性指数结果显示当地环形泰勒虫Tams1基因单倍型数大于多态位点个数,遗传多样性呈平衡选择。3)Tams1蛋白的N末端显示出较大的序列变异性,在3个区域(氨基酸位置27～52、138～175和180～196)存在广泛变异。经B细胞抗原表位预测及3D结构同源建模,发现Tams1蛋白...     

梨属矮化砧木研究

Old Home×Farmingdale(OHF)无性系51、97,冬香×久保83-2-34、83-2-38、83-2-56,身不知×久保83-4-23及久保做矮化中间砧,以杜梨(Pyrus betulaefolia,Bge)、矮冠杜梨16-25、11-29、豆梨(Pyrus caleryana,Decne)做基砧,嫁接酥梨.结果表明,梨属矮化砧木做中间砧,多数组合表现出树体干径细,高度低,发育枝短,但冠径较大.比杜梨直接嫁接酥梨花枝、花序显着多;产量效益显着高;果实可溶性固形物及总糖含量显着高,果味浓甜.由此认为,OHF51、97,身不知×久保83-4-23是比较优良的梨属矮化中间砧材料.     

鱼源维氏气单胞菌的研究进展

维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)是一种可感染包括鱼类、人类在内的多种动物的革兰阴性菌,尤以水生变温动物为甚。此病原菌中的某些菌株致病性较强,可以导致感染该菌的鱼类表现出多种病症,如败血症等,严重时会导致死亡。该菌当前已在全球包括我国在内的部分地区对水产养殖造成了较大经济损失。综述了维氏气单胞菌的研究进展和新进报道,旨在报道维氏气单胞菌的分类地位、毒力因子、耐药性等特征,为水产养殖中防治此类细菌病提供新思路,并勘正当前对维氏气单胞菌部分毒力因子的同物异名现象。