山羊5个组织的全长转录组构建与分析

【目的】构建山羊（Capra hircus）全长转录组,旨在改进参考基因组的功能注释。【方法】利用PacBio长读段测序技术对南江黄羊肝、脾、肾周脂肪、背最长肌和睾丸5个组织的混合样本进行高通量测序;对原始数据进行校正、聚类去冗余,最后用KEGG数据库对预测转录本序列进行功能注释。【结果】质控后获得28 432条高质量一致性全长序列,其中99.49%的序列被成功比对到山羊基因组;得到源自9 879个基因的19 115个转录本。进一步分析得到表达基因总数的41.39%发生了可变剪接;其中起始外显子可变剪接占比最高（36.47%）,外显子互斥占比最低（1.78%）。另外,144条序列未被比对到参考基因组上,这些序列的平均GC含量高达56.50%;利用KEGG数据库对其进行功能注释,揭示28个转录本与免疫系统相关。【结论】获得的测序数据全面涵盖混合样本中表达的转录本,证明了山羊基因组转录的复杂性。研究结果总体上提高了每个基因平均表达的转录本数量,证明可变剪接的广泛存在;未成功比对的转录本序列GC含量较高且许多转录本来自免疫基因的表达。     

基于RNA-seq数据分析玉米抗虫响应基因的可变剪接事件

采用Illumina Hiseq~(TM)分别对黏虫取食的玉米叶片及对照组材料进行转录组测序,鉴定和分析响应黏虫取食基因的可变剪接事件。结果表明,对照组中鉴定出15 701个基因对应79 363个可变剪接事件,黏虫取食组中鉴定到11 791个基因的39 385个可变剪接事件。2组玉米基因组在不同的可变剪接类型中,均是以第1个外显子可变剪切、最后1个外显子可变剪切、单内含子滞留和可变5′或3′端剪切4种类型为主。对2组发生可变剪接事件的基因进行比对发现,黏虫处理组新增加了1 121个可变剪接基因,差异表达分析鉴定出177个表达显著差异的可变剪接基因。GO功能富集分析表明,发生可变剪接的差异基因主要富集于氧化还原酶活性、转移酶活性、DNA结合、ATP结合、代谢过程、以DNA为模板的转录及调控相关的功能,表明这些可变剪接差异表达基因参与了玉米的抗虫响应过程。     

基于全长转录组测序的牛脂肪组织可变剪接事件分析

为探究可变剪接影响下更为复杂的脂肪沉积调控网络,明晰可变剪接事件的发生对脂肪沉积调控机制的影响,本研究基于PacBio测序平台的第三代测序技术,对夷陵黄牛腹腔脂肪、皮下脂肪、肌间脂肪进行全长转录组测序分析。共发现15 445个基因检测到50 520个可变剪接,占牛全部基因的33.4%。对这些基因进行富集分析发现,83个GO条目显著富集,这些显著富集的通路可能参与脂肪沉积网络的调控,其中16个与脂质合成及代谢相关,27条KEGG通路显著富集,其中15条与脂质合成及代谢相关。使用KOG、KEGG、NR、Swiss Prot、GO数据库对测序序列进行注释,80 756条序列共注释到69 259个基因,94 458条CDS序列及对应的pep序列。其中GO分析中15 039条序列富集到507个生物学过程条目,7 907条序列富集到214个细胞组分条目,30 672条序列富集到559个分子功能条目。KEGG数据分析富集到34条通路共49 710条序列,其中7 002条序列参与信号转导途径。以上结果表明,牛脂肪组织存在大量可变剪接事件,并且这些发生可变剪接事件的基因对脂肪沉积的调控发挥重要作用,这可...     

高脂饲喂对肉鸡腹脂和肝脏组织RNA 可变剪接的影响

【目的】腹脂过度沉积会降低肉鸡抗病力和屠宰率。RNA可变剪接是影响基因功能的重要调控方式,对肉鸡腹脂沉积过程的RNA可变剪接事件进行系统分析,有助于进一步了解肉鸡腹脂沉积的分子调控机理。【方法】利用高脂饲喂肉鸡和普通饲喂肉鸡肝脏组织和腹脂组织的转录组测序结果,鉴定高脂饲喂过程中肉鸡腹脂和肝脏组织的差异表达和差异剪接基因。采用GO功能注释、KEGG通路富集分析和Metascape富集分析对显著差异剪接基因进行分析,并对显著差异剪接事件进行可视化处理,以及分析调控这些差异剪接事件的剪接因子。【结果】对高脂饲喂肉鸡与普通饲喂肉鸡的腹脂和肝脏组织进行转录组测序,在腹脂组织中发现233个显著差异表达基因和349个显著差异剪接基因,对显著差异剪接基因进行富集分析,发现显著差异剪接基因主要富集于细胞分裂、细胞生长等细胞增殖相关生物学进程,还富集于甘油磷脂代谢和胰岛素信号通路等脂肪生成相关通路。在肝脏组织中发现276个显著差异表达基因和224个显著差异剪接基因,对显著差异剪接基因进行富集分析,发现显著差异剪接基因主要富集于蛋白质乙酰化、蛋白质内部氨基酸乙酰化和m RNA加工等细胞代谢相关生物进程,还富...     

基于RNA-seq技术对不同品种猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

【目的】筛选皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因。【方法】采集皖南花猪和大约克猪背最长肌(各3头),测定其肉质性状指标,并提取其RNA,采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术进行测序,对所获序列进行GO和Pathway显著性富集分析。【结果】测序后皖南花猪3个样本得到的总序列数分别为65 584 126,64 327 738和59 244 502,其中有效序列达到94.4%,94.3%和94.2%;大约克猪3个样本得到的总序列数分别为57 969 134,68 254 168和72 298 142,其中有效序列达到93.8%,93.7%和93.8%。测序饱和度良好,证明测序数据真实可靠。差异表达分析结果显示,共筛选到347个差异表达基因,其中包含94个上调基因,253个下调基因。GO功能显著性富集和Pathway显著性富集分析发现,差异表达基因富集在与糖酵解代谢和肌肉发育相关的生物学过程中以及与脂肪酸代谢和生长性状、胴体性状相关的信号通路上。【结论】获得了猪背最长肌组织基因表达谱,筛选出了一些与肉质性状和生长性状有关的候选基因。     

山羊TNNT3基因可变剪切及其对骨骼肌细胞分化的作用

【目的】快速骨骼肌肌钙蛋白T（fast skeletal troponin T3,TNNT3）作为肌钙蛋白(troponin, Tn)家族成员,调节横纹肌收缩、参与骨骼肌的生长发育并影响家畜肉质性状。通过获得山羊TNNT3基因的可变剪切体,分析山羊TNNT3基因可变剪切的表达模式及其在肌细胞分化中的作用,深入解析TNNT3基因在山羊骨骼肌生长发育过程中的作用机制。【方法】基于NCBI已公布山羊TNNT3基因（NM_001314210.1）和牛TNNT3基因（XM_010821200）mRNA序列,使用软件Primer Premier 6.0设计引物,以简州大耳羊胚胎期和出生后7个阶段骨骼肌为试验材料,克隆测序获得山羊TNNT3基因的CDS区可变剪切体,利用软件ORF Finder、EditSeq、DNAMAN、ClustalW和MEGA_X_10.1.8等对序列进行生物信息学分析;进一步设计实时荧光定量（real-time PCR,RT-qPCR）及半定量引物,研究TNNT3基因剪切体在7个不同组织（背最长肌（longissimus dorsi muscle,LD）、半膜肌（semimembranosus muscle,SM）、心、肝、脾、肺、肾）和7个发育阶段（胚胎期E75、E90、E105和出生后B3、B45、B150、B300）肌肉组织（背最长肌和半膜肌）中表达模式;此外,对转录本TNNT3_3进行体外编码能力检测确定其具有编码蛋白的能力,并在山羊骨骼肌卫星细胞（skeletal muscle satellite cells,MuSCs）中过表达,观察细胞形态变化以及检测标志基因的表达变化,研究其对山羊MuSCs分化的作用。【结果】①TNNT3（NM_001314210.1）CDS区全序列主要含有18个外显子,其中外显子16/17相互排斥,转录后单一表达。克隆发现山羊TNNT3基因 5个新转录本（TNNT3_1—5）,其外显子数分别是15、15、20、16、14。②生物信息学分析结果显示山羊TNNT3基因核苷酸序列和氨基酸序列与绵羊、牛、猪等哺乳动物具有很高的一致性,而与鱼类和爬行类动物的一致性较低,说明TNNT3基因序列在哺乳动物高度保守。③TNNT3 mRNA在背最长肌、半膜肌、心、肝、脾、肺、肾7个组织中都有表达,其中在骨骼肌中高度富集(P < 0.01),心脏及肺次之,其余组织中较低;TNNT3 mRNA在背最长肌和半膜肌中的表达始终处于一个动态变化中,胚胎期TNNT3在半膜肌的表达量高于背最长肌（P<0.05）;出生后则背最长肌中高于半膜肌（P<0.05）。④山羊TNNT3基因转录本TNNT3_3重复出现保守的外显子9—11（138bp）,体外翻译实验显示其可编码蛋白且蛋白大小与预期基本相符（37 kD）;相较于对照组,在山羊MuSCs中过表达该转录本使肌分化标志基因Myomaker、MyoG和MyH4 mRNA极显著升高(P < 0.01)。【结论】获得了山羊TNNT3基因具有完整CDS区5个新可变剪切体,TNNT3主要在肌肉组织（背最长肌和半膜肌）中高表达,在哺乳动物中高度保守且促进成肌分化。初步表明TNNT3基因在动物肌肉生长发育中具有重要的生物学功能。     

猪MYL2基因多态性及其在肌肉组织中的差异表达

肌球蛋白轻链-2(myosin light chain 2,MYL2)是哺乳动物横纹肌中的一种主要肌小节蛋白,对动物正常生长发育起重要调控作用,为探究猪MYL2基因的多态性及其在横纹肌中mRNA表达规律,以藏猪(TP)和大约克猪(YY)作为试验动物,采用Sanger测序法对MYL2基因5′非翻译区(5′UTR)进行单核苷酸多态性(SNP)的筛选与基因分型,并预测分析MYL2基因SNPs位点突变前后转录因子功能特性;同时,采用RT-qPCR技术检测MYL2基因在30、90、180日龄时TP和YY的心肌和背最长肌组织中的mRNA相对表达量。结果显示,MYL2基因启动子区域存在2个SNPs且2个品种间基因频率差异极显著(P<0.01),产生4个新增转录因子结合位点,这些位点调控横纹肌的收缩、肌纤维类型的维持、肌肉细胞的增殖分化等过程;MYL2基因的mRNA水平随日龄增长而升高,且3个日龄TP心肌和背最长肌组织中的表达量均极显著高于YY(P<0.01)。综上表明,猪MYL2基因SNPs位点与心肌和背最长肌mRNA的差异表达相关,研究结果可为研究藏猪生长发育的分子调控机制提供一定的理...     

牛Rybp基因的表达特性分析

【目的】研究牛Rybp基因时空表达图谱,为Rybp基因的功能研究奠定基础。【方法】利用实时定量PCR方法,检测Rybp基因在秦川牛16种组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、睾丸、腹膜脂肪、心包脂肪、背最长肌、里脊、大肠、小肠、瘤胃、网胃、皱胃和瓣胃)、5个不同发育阶段(6,12,18,24和60月龄)肌肉、脂肪组织以及不同分化阶段(第0,2,4,6,8和10天)牛成肌细胞中的表达特性。【结果】Rybp基因在成年秦川牛睾丸组织中的表达量远远高于其他组织,是背最长肌的365倍,而在背最长肌、里脊、心脏等组织中的表达量相对较低。Rybp基因在60月龄肌肉组织中表达量是6月龄的7倍,在6,12,18,24月龄表达量呈微弱上升趋势,但差异不显著;Rybp基因在6,12,18,24月龄脂肪组织中的表达量分别是60月龄的8.5,6.5,5.6和2.1倍,差异达显著水平;Rybp基因在成肌细胞分化第2,4,6,8,10天的表达量分别是第0天的3.6,5.0,9.9,7.0和4.3倍。【结论】随着秦川牛年龄的增加,Rybp基因在肌肉组织中的表达水平逐渐升高,在脂肪组织中的表达水平显著下降;在不同分化阶段成肌细胞中,随着成肌细胞分化进程的推进,Rybp基因表达水平逐渐升高,而当分化减速后,Rybp基因表达水平逐渐降低。牛Rybp基因可能对牛肌细胞分化起抑制作用。     

绵羊MUSTN1基因的克隆、序列分析及其组织表达

为了探讨绵羊(Ovis aires)MUSTN1基因特征及其在不同发育阶段的背最长肌与股二头肌组织中的表达规律,选取0、2、6、12和24月龄健康绵羊15只,每组3只,采取背最长肌和股二头肌组织,应用分子生物学等方法,对MUSTN1基因CDS区进行克隆,对其进行生物信息学和组织表达分析。结果表明,MUSTN1基因CDS区全序列为248 bp,编码82个氨基酸,其分子量为8.89 ku,等电点为9.93,GC含量大于AT含量,含有5个磷酸化位点、5个N-糖基化位点、1个O-糖基化位点、0个跨膜结构、疏水性蛋白,二级结构主要以无规卷曲为主;与山羊(Capra hircus)该基因核苷酸以及编码氨基酸序列的同源性最高,分别为99.2%、100%,其次为牛(Bos taurus),分别为97.2%、100%。MUSTN1基因在绵羊不同发育阶段(0、2、6、12和24月龄)的背最长肌与股二头肌中均有表达,在背最长肌中,24月龄MUSTN1表达量最高,极显著高于其他月龄(P0.01),0月龄MUSTN1表达量最低,极显著低于2、12月龄(P0.01),显著低于6月龄(P0.05);而在6月龄绵羊股二头肌中MUSTN1表达量最高且极显著高于其他月龄(P0.01),24月龄表达量次之且极显著高于12月龄(P0.01),显著高于0月龄(P0.05)。结论为绵羊MUSTN1基因的编码区序列在物种间具有保守性,且在不同发育阶段的背最长肌和股二头肌组织中均表达,其表达量的高低可能与骨骼肌肉的生长快慢相关。     

意大利蜜蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫的可变剪接基因分析

为探讨可变剪接基因在宿主响应球囊菌(Ascosphaera apis)胁迫过程中的作用,基于前期已获得的意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)幼虫肠道转录组数据进行可变剪接基因分析。在正常的意蜂4日龄幼虫肠道(AmCK),球囊菌胁迫的意蜂4、5和6日龄幼虫肠道(AmT1、AmT2、AmT3)中共鉴定出55 895个可变剪接事件,以外显子跨越和可变3′端剪接为主。各样品的共有可变剪接基因数为8 157个,AmT1、AmT2、AmT3的特有可变剪接基因数分别为207、334和542个。GO分类结果显示共有可变剪接基因分布在50个GO条目。KEGG代谢通路富集分析结果显示,共有可变剪接基因富集在290个pathway,基因富集数最多的是内质网蛋白加工、RNA运输和碳代谢。上述分析结果揭示了可变剪接基因在意蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫过程中的重要作用,为深入研究可变剪接基因的功能打下了基础。     

玉米ZmcpSRP54基因可变剪接分析

cpSRP54基因在植物叶绿体发育中发挥重要作用。本研究用生物信息学方法对玉米ZmcpSRP54蛋白进行了进化分析,利用RT-PCR方法对玉米ZmcpSRP54基因全长cDNA进行了克隆,进而对其进行可变剪接分析。结果表明,玉米ZmcpSRP54蛋白与其它7个物种的cpSRP54蛋白有很高的相似性。鉴定到玉米ZmcpSRP54基因25个不同转录本,1个为标准剪接转录本,其它24个为可变剪接转录本。24个可变剪接转录本共使用了17种非标准剪接位点,4种可变剪接方式,主要以可变的3′端位点、可变的5′端位点和外显子跳跃3种可变剪接方式为主。预测出18种不同长度的ORF,编码18种不同长度的多肽。11个多肽其保守结构域氨基酸序列发生部分缺失,6个多肽其保守结构域氨基酸序列发生全部缺失,1个编码全新的多肽。这些结果将为玉米ZmcpSRP54基因的功能研究提供重要信息。     

槐猪和杜洛克猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释

为了筛选槐猪和杜洛克猪背最长肌中的差异表达基因,对槐猪和杜洛克猪背最长肌进行转录组测序,并进行生物信息学分析.结果表明,槐猪和杜洛克猪分别获得36 177 844和34 496 450条可用读段,且与猪参考基因组的比对率分别为78.71%和80.09%.槐猪和杜洛克猪间共有953个差异表达基因,以杜洛克猪为对照组,槐猪与之相比,有589个上调基因和364个下调基因.槐猪和杜洛克猪的差异表达基因共分类到48个基因本体(GO)条目中,其中,细胞组分13个、分子功能12个和生物学过程23个.显著富集的KEGG通路共计6个,其中,PPAR信号通路是与调节脂类代谢显著相关的通路.     

中华蜜蜂酚氧化酶和丝氨酸蛋白酶相关基因 及其全长转录本发掘与分析

为深入开展中华蜜蜂相关研究提供参考信息和基础,利用已获得的纳米孔(Nanopore)测序数据对中华蜜蜂Apis cerana cerana的酚氧化酶(phenoloxidase, PO)和丝氨酸蛋白酶(serine protease, SP)相关基因和全长转录本进行发掘和分析。通过Blast工具将中华蜜蜂所有全长转录本比对KEGG和Nr数据库以筛选出PO和SP相关基因和全长转录本。采用gffcompare软件将PO和SP相关全长转录本与东方蜜蜂参考基因组(ACSNU-2. 0)已注释基因进行比较以优化结构。使用Astalavista软件鉴定PO和SP相关基因的可变剪接(alternative splicing, AS)事件,再利用IGV浏览器进行结构可视化。通过PCR验证AS事件的真实性。利用TAPIS pipeline预测和分析可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation, APA)位点,并通过TBtool软件鉴定APA位点上游的基序(motif)。鉴定到中华蜜蜂PO和SP相关的42个基因与146条转录本。优化了16个参考基因组已注释PO和SP相关基因的结构,其中5′端延长和3′端延长的基因均有7个,5′端和3′端同时延长的基因有2个。鉴定到PO和SP相关的10个基因的389次AS事件,其中最丰富的AS类型是5′端可变剪接。PCR结果证实了2次AS事件的真实性。共鉴定到34个PO和SP相关基因含有1个及以上的APA位点,其中含有3个APA位点的基因数量最多;在APA位点上游鉴定到多个motif,一致性序列为：GGHKSYWSHHTRATWTCNBHDMRRYWYRTNYTVACNGCKGCDCAYTGYR。鉴定到中华蜜蜂PO和SP相关的42个基因和146条全长转录本,优化了东方蜜蜂参考基因组已注释的PO和SP相关基因结构,并发掘出PO和SP相关基因的389次AS事件和237个APA位点。     

重度冷应激下民猪背最长肌应答分子调控网络分析

为解析家猪在重度冷应激下骨骼肌应答反应的分子机制,本研究利用民猪的重度冷应激模型结合RNA-seq测序技术,对遭受重度冷应激后民猪背最长肌的基因和lncRNA的表达变化、功能注释以及两者间的调控关系进行了分析。结果表明：1）民猪在遭受3d的重度冷应激（-17℃～-26℃）后,背最长肌的53个基因发生了显著上调表达,35个基因发生了显著下调表达;53个lncRNA发生了显著上调,38个lncRNA发生了显著下调。差异表达基因中有多个与炎症反应相关的基因,如AREG、HAS1、MMP25和SLC11A1等基因发生了显著上调表达;与低温胁迫相关的TREH和与应激反应相关的TRIB3、与碳水化合物、葡萄糖和脂质代谢相关的HGFAC等基因也发生了显著上调表达。2）差异表达基因所参与的生物过程主要集中在胶原代谢、伤口愈合表皮细胞扩散和肌肉肥大调节过程等,且多位于细胞外区间;差异表达基因显著富集的生物学通路仅1个MAPK通路。3）存在显著表达差异的91个lncRNA顺式调控129个基因,反式调控750个基因,lncRNA与靶基因间的互作关系复杂。预测到的靶基因显著富集到MAPK和TNF 2个生物学通...     

卵巢摘除对山羊组织IGF-Ⅱ和IGF-ⅡR基因表达量的影响

【目的】研究卵巢摘除对布尔山羊杂种母山羊羔肝脏、背最长肌、股二头肌中胰岛素样生长因子Ⅱ(IGF-Ⅱ)及其受体(IGF-ⅡR)基因表达量的变化,从分子水平探讨卵巢摘除对这些组织中IGF-Ⅱ和IGF-ⅡR基因表达量的影响,探讨去卵巢是否可以促进羔羊生长发育。【方法】将体质量相近的5月龄布尔山羊杂种母山羊羔作为研究对象,随机分为处理组和对照组。试验初期摘除处理组母山羊羔卵巢,对照组不摘除。饲养60d后,取肝脏、背最长肌、股二头肌组织样,运用实时荧光定量PCR法(RT-qPCR)检测其中IGF-Ⅱ和IGF-ⅡR基因mRNA相对表达量。【结果】卵巢摘除后,母山羊羔背最长肌、股二头肌中IGF-Ⅱ基因和肝脏中IGF-ⅡR基因mRNA相对表达量极显著高于对照组(P0.01),而背最长肌中IGF-ⅡR基因mRNA表达量显著低于对照组(P0.05),肝脏中IGF-Ⅱ基因和股二头肌中IGF-ⅡR基因mRNA相对表达量低于对照组,但差异不显著(P0.05)。【结论】摘除卵巢可上调背最长肌和股二头肌中IGF-Ⅱ基因以及肝脏中IGF-ⅡR基因的表达,但下调背最长肌和股二头肌中IGF-ⅡR基因以及肝脏中IGF-Ⅱ基因的表达,表明摘除卵巢有利于母山羊羔肌肉发育和肉质的改进与提高。     

富硒地区山羊组织中的硒沉积量及其对PHGPx表达的影响

【目的】检测富硒地区山羊部分组织中的硒沉积量,分析组织硒沉积量对磷脂氢谷胱甘肽过氧化物酶(Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase,PHGPx)基因表达的影响。【方法】将年龄相仿、体质量相近,分别来自富硒地区陕西紫阳县双安镇(试验Ⅰ组)、高滩镇(试验Ⅱ组)的山羊作为研究对象,以硒水平正常的宝鸡市陈仓区的山羊作为对照,采集各组山羊血液,分离血清,然后采用切断颈动脉放血法屠宰,随后立即采集心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、股二头肌以及羊毛组织样,利用氢化物发生-原子荧光光谱法测定样品中的硒含量;运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、股二头肌组织中PHGPx基因mRNA的表达量,分析硒沉积量对PHGPx基因mRNA表达的影响。【结果】Ⅰ组山羊,除肾脏中的硒含量显著高于对照组(P0.05)外,其他组织均极显著高于对照组(P0.01);Ⅱ组山羊,心脏、肝脏、脾脏、羊毛和血清中硒含量极显著高于对照组(P0.01),背最长肌和股二头肌中的硒含量显著高于对照组(P0.05),肺脏、肾脏与对照组差异不显著(P0.05)。PHGPx基因mRNA在Ⅰ组山羊各组织中的表达量由高到低依次为肺脏股二头肌脾脏肾脏心脏背最长肌肝脏;在Ⅱ组为肺脏股二头肌脾脏肝脏肾脏心脏背最长肌。与对照组相比,Ⅰ组山羊心脏中PHGPx基因mRNA的表达量显著升高(P0.05),肺脏极显著升高(P0.01);试验Ⅱ组山羊肝脏中PHGPx基因mRNA的表达量显著高于试验Ⅰ组和对照组(P0.05)。试验Ⅰ组、Ⅱ组、对照组山羊脾脏、肾脏、背最长肌和股二头肌中PHGPx基因mRNA的表达量差异不明显。【结论】富硒地区山羊各组织中硒沉积量和PHGPx基因mRNA表达水平总体上高于宝鸡市陈仓地区山羊,而且山羊心脏、肝脏、肺脏中PHGPx基因mRNA的表达量受到其硒元素沉积量的影响,这表明硒在转录水平上可调控PHGPx基因的表达,但是具有组织差异性。     

中华蜜蜂细胞吞噬与包囊作用相关基因全长转录本鉴定及分析

【目的】系统鉴定和分析中华蜜蜂(Apis cerana cerana)吞噬与包囊作用相关基因和全长转录本,为深入开展相关基因和剪接体的功能研究奠定基础。【方法】基于前期已获得的高质量中华蜜蜂纳米孔长读段测序数据,通过Blast工具将全长转录本比对Nr数据库筛选出吞噬与包囊作用相关基因和全长转录本。利用gffcompare软件将全长转录本与东方蜜蜂(Apis cerana)参考基因组上注释的转录本进行比较,鉴定未注释的新基因和新转录本。利用TAPIS pipeline预测和分析吞噬与包囊作用相关基因的可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)位点,并通过TBtools软件鉴定APA位点上游的基序(motif)。使用Astalavista软件鉴定可变剪接(alternative splicing,AS)事件,并通过IGV浏览器进行结构可视化。通过RT-PCR验证AS事件的真实性。【结果】共鉴定到中华蜜蜂吞噬与包囊作用相关的基因66个和全长转录本395条,发掘出东方蜜蜂参考基因组未注释的2个新基因和303条新转录本。对参考基因组已注释的34个基因进行了结构优化,分别延伸了18个基因的5′端和12个基因的3′端,同时延长了4个基因的5′端和3′端。共鉴定到含有1个及以上APA位点的吞噬与包囊作用相关基因47个,其中多于5个APA位点的基因最多,为32个。在APA位点上游鉴定到多个基序,一致性序列为：GRBGCNKSDAACAAYTRBGCBMRNGGBYAYTAYWCNVWNGG。共鉴定到吞噬与包囊作用相关基因的AS事件296次,其中包括131次可变3′端剪接(alternative 3′splice site,A3SS)、85次内含子保留(intron retention,IR)、70次可变5′端剪接(alternative 5′splice site,A5SS)和10次外显子跳跃(exon skipping, ES)。RT-PCR结果显示,扩增的目的片段大小符合预期,证实了随机选择的2次AS事件的真实性。【结论】系统鉴定了中华蜜蜂吞噬与包囊作用相关基因和全长转录本以及AS事件和APA位点,优化了东方蜜蜂参考基因组注释的吞噬与包囊作用相关基因的结构。     

山羊PID1基因组织表达谱及其与肌内脂肪含量的相关性

为探索调控山羊脂肪沉积的关键基因表达规律,筛选影响山羊育肥性状的候选基因,选取0月龄、6月龄和12月龄安徽白山羊,屠宰后取背最长肌、腿肌和胸肌检测肌内脂肪含量,用荧光定量RT-PCR分析磷酸酪氨酸互作结构域1基因(PID1)在安徽白山羊的心、肝、脾、肺、肾、小肠、脂肪、腿肌、背最长肌和胸肌等组织中mRNA的发育性变化。随着月龄的增加,肌内脂肪含量持续上升;同月龄背最长肌肌内脂肪含量显著高于腿肌和胸肌(P0.05)。PID1基因在心、肝、脾、肺、肾、小肠、脂肪、腿肌、背最长肌和胸肌中均有不同程度的表达,12月龄脂肪组织中的表达水平大于6月龄脂肪组织中的表达水平,且PIDI基因表达水平与背最长肌肌内脂肪含量呈显著相关(r=0.968,P0.05)。说明PID1基因与脂肪沉积性状显著相关,是影响肉羊育肥性状的候选基因。