中国红鲤四群体线粒体DNA遗传多样性、起源及分化

用13种限制性内切酶对兴国红鲤、玻璃红鲤、荷包红鲤及瓯江彩鲤4种红鲤的线粒体DNA(mtDNA)进行RFLP分析。共产生17种限制性态型,其中5种酶为限制性片段长度多态性(RFLPs),归结为5种单倍型;兴国红鲤、玻璃红鲤、荷包红鲤和瓯江彩鲤的核苷酸多样性(Ⅱ)分别为0．0087、0．0059、0．0094、0．0286,瓯江彩鲤的遗传多样性最为丰富;瓯江彩鲤起源于单倍型Ⅱ为主的母系祖先,推算分化时间分别约在11．5万年、9．5万年前;玻璃红鲤和荷包红鲤起源于单倍型I为主的母系祖先,推算分化时间分别约为5～5．6万年、2万年前。     

结合线粒体D-loop序列和SSR标记对宝石鲈养殖群体遗传多样性的分析

采用线粒体D-loop序列及SSR标记分析广东4个宝石鲈(Scortum barcoo)养殖群体的遗传多样性。D-loop序列分析显示,长度为598bp的D-loop片段上有14个多态性位点,共定义8个单倍型。4个群体单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数分别为0.0000~0.5435、0.00000~0.00176,表明4个群体遗传多样性水平均较低。利用11个SSR位点分析显示,4个群体期望杂合度(He)=0.396~0.516、PIC=0.320~0.420,说明各群体遗传多样性处于中低水平。虽然二种方法获得的遗传分化指数FST上存在差异,分别为0.4035(D-loop)和0.0445(SSR),但二种分析结果均显示4个广东群体的遗传多样性较低、亲缘关系较近,因此有必要引进原种以丰富国内养殖群体的遗传多样性。     

红镜鲤6个微卫星座位的遗传多样性初探

利用6个多态性微卫星标记对红镜鲤(Cyprinus carpio red var．mirror)进行了群体遗传多样性评估。结果显示,6个座位的平均等位基因数为4．3个;每个座位包含的平均多态信息含量为0.6522;平均每个座位的观测杂合度和预期杂合度分别为0．7792和0.7111,有2个座位具有极高的观测杂合度(1．00);除MFW1外,其余各座位均偏离了哈代—温伯格平衡(P＜0．01)。这表明红镜鲤群体仍具有较高的变异水平,但遗传漂变和人工选择已对群体产生了较大影响。     

散鳞镜鲤两个保种群体的遗传多样性

利用20个微卫星标记分析国内仅存的两个散鳞镜鲤（Cyprinus carpio）保种群体（SP、CJ）的遗传多样性。结果表明：共检测到147个等位基因,平均值为7.35,有效等位基因数（Ae）、期望杂合度（He）以及多态信息含量（PIC）的平均值分别为2.7828、0.6041和0.5386。SP群体的Ae、He以及PIC值分别为3.1126、0.6479和0.5948,大于CJ群体（2.4529、0.5602和0.4823）。在两个群体中,群体特有等位基因共53个,其中9个为低频等位基因。对20个引物在两个群体中等位基因的显著性分析表明：其中有16个引物可以作为区分两个群体的特异性分子标记。瓶颈效应分析结果显示：2个群体均经历了瓶颈效应。同胞率检测结果（SP 97.5%;CJ 96.7%）偏高说明群体内近交压力较大。哈迪-温伯格平衡检测表明：两个群体大部分位点偏离平衡并处于杂合子过剩状态。两个群体间的遗传距离（D）为0.5625,SP和CJ群体的个体均各聚为一支。群体间的遗传分化指数（Fst）为0.1138,Nm值为1.9462。该研究表明：散鳞镜鲤群体遗传多样性水平较高,其中SP群体的遗传多样性水平高于CJ群体,两群体处于中度遗传分化。     

江西三种红鲤起源与遗传多样性研究的进展

遗传多样性 (ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙ)是生物多样性的重要组成部分。广义的遗传多样性是指地球上所有生物携带的遗传信息的总和。这里指的遗传多样性主要是指种内不同群体之间或一个群体内不同个体之间的遗传变异的总和 ,这或许可称是遗传多样性狭义的定义[1] 。产于江西省婺源县的荷包红鲤 (Ｃｙｐｒｉｎｕｓｃａｒｐｉｏｖａｒ.ｗｕｙｕａｎｅｎｓｉｓ)、兴国县的兴国红鲤 (Ｃｙｐｒｉｎｕｓｃａｒｐｉｅｖａｒ.ｘｉｎｇｇｕｏｎｅｎｓｉｓ)和万安县的玻璃红鲤 (Ｃｙｐｒｉｎｕｓｃａｒｐｉｏｖａｒ.ｗａｎａｎｅｎｓｉｓ)是我…     

东山湾青石斑鱼线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

为研究青石斑鱼种群遗传结构以实现资源保护和可持续利用,实验采用PCR技术对东山湾水域53尾青石斑鱼种群的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区全序列进行扩增并测序,序列长度为956~1 230 bp,变异很大,这可能是由于5'端含有数目不等的重复序列单元(repeat sequence unit,RSU)或者由于碱基的插入和缺失造成的。按照RSU数目的不同,把53个青石斑鱼样本分为3大类:2RSU类(占11.3%)、3RSU类(占77.4%)、4RSU类(占11.3%)。采用MEGA(version 3.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析,结果显示,53条序列的T、C、A和G碱基平均含量分别为33.4%、17.3%、35.4%和13.9%,共发现53种单倍型,包括179个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.019 7,单倍型多态性(Hd)为1.000,核苷酸多态性(π)值为0.017 2。研究表明,东山湾青石斑鱼种群的遗传多样性处于中等水平。     

基于线粒体COI基因序列的5种鲤养殖品种遗传多样性研究

本研究通过对5个鲤养殖品种即高寒鲤(Cyprinus carpio Frigid carp)、松浦鲤(Cyprinus carpio Songpu carp)、蓝鳞鲤(Cyprinus carpio blue var)、松浦镜鲤(Cyprinus carpio Songpu mirror carp)和红镜鲤(Cyprinus carpio Red mirror carp)的线粒体COI基因部分序列的测定, 比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。在5个鲤品种共100个样本的线粒体COI序列中检测到8种单倍型, 其中5个单倍型(H1、H2、H4、H5、H6)涵盖样本较多, 占总样本数的94.06%。蓝鳞鲤的单倍型数最少, 仅有1个, 红镜鲤单倍型数为2个, 其余3个品种的单倍型数均为5个。5个品种单倍型多样性(H_d)在0.160±0.070~0.811±0.055, 其中, 遗传多样性最高的为高寒鲤。AMOVA结果表明, 品种间变异(50.28%)略高于品种内变异(49.72%), 各品种间的F_ST值在0.711 4~0.831 2, 其中蓝鳞鲤与其他群体之间差异最大。用MEGA4.0软件构建的基于遗传距离的进化树表明, 5个养殖品种中, 高寒鲤和红镜鲤的遗传距离最近(D=0.31), 聚为一支; 松浦镜鲤和松浦鲤的遗传距离较近(D=0.33), 聚为一支; 蓝鳞鲤与其他品种存在较大遗传差异, 单独形成一个分支。除蓝鳞鲤外, 其余4个养殖品种间均存在共享的单倍型(H2、H4、H5、H6), 可能是由于其在选育过程中亲本的遗传背景存在交叉, 同时也证明DNA条码在分析种内品种间遗传关系时具有可行性但具有一定的局限性。

     

一个镜鲤家系的遗传多样性及经济性状的遗传连锁分析

本试验在一个镜鲤家系中,随机选取68尾作为实验鱼,在测量体重、体长、全长等数量性状的同时,利用15个微卫星分子标记对其进行遗传检测,共检测到40个等位基因,每个基因座的等位基因数为1～4个不等,平均等位基因2.66个,片段长度在132-551之间,有效等位基因数（Ne）为1.3721～3.8278,平均观察杂合度（Ho）为0.3235～1.0000,平均期望杂合度（He）为0.3464～0.7442,平均多态信息含量（PIC）为0.4754。结果表明：该镜鲤家系的遗传多样性处于中等水平,但在较大的选择压力下已严重偏离Hardy-Wenberg平衡。利用SPSS程序下的GLM过程对15个微卫星位点与主要经济性状的相关性进行分析,结果发现：HLJ021、HLJ354、HLJ551共3个微卫星位点对镜鲤体重显著影响（p〈0.05）,其中,位点HLJ021、HLJ044、HLJ551、HLJ1330还对体高存在显著影响（p〈0.05）,HLJ354对体长、体厚、全长存在显著影响（p〈0.05）。本研究所鉴定的与生长性状相关的标记可为德国镜鲤分子标记辅助育种提供重要信息。     

一个镜鲤家系的遗传多样性及经济性状的遗传连锁分析

本试验在一个镜鲤家系中,随机选取68尾作为实验鱼,在测量体重、体长、全长等数量性状的同时,利用15个微卫星分子标记对其进行遗传检测,共检测到40个等位基因,每个基因座的等位基因数为1～4个不等,平均等位基因2.66个,片段长度在132-551之间,有效等位基因数(Ne)为1.3721～3.8278,平均观察杂合度(Ho...     

西江流域卷口鱼线粒体D-loop序列的遗传多样性分析

为研究西江流域广西境内卷口鱼(Ptychidio jordani)种群的遗传变异情况,自广西境内6个江段采集了139尾样本,采用PCR与DNA测序技术分析其线粒体D-loop序列的遗传多样性及群体历史动态;139条D-loop序列长度均为725 bp,碱基组成A+T (65.7%)远远高于C+G (34.3%),共检测到变异位点25个,转颠换比R值为11.5。139尾样本共定义23个单倍型。单倍型的NJ系统树以及网络结构图显示,23个单倍型间有2个明显分支,不同地理群体来源的单倍型混杂分布在2个分支中,未能观察到明显的地理聚群。6个群体遗传多样性较好,单倍型多样性Hd=0.71585~0.92063,核苷酸多样性Pi=0.00173~0.00668,遗传分化极其显著(遗传分化系数Fst=0.36737,P<0.001)。AMOVA分析表明,群体内变异占63.26%,群体间为36.74%。中性检验(Tajima’s D= –0.50322,P=0.34600;Fu’s Fs= –5.05210,P=0.08800)与核苷酸错配分布表明,西江流域卷口鱼种群近期内未经历过种群扩张。综上所述,西江流域广西境内的卷口鱼遗传多样性表现为高单倍型、低核苷酸多样性的特征,群体间不同程度的遗传分化表明水坝阻隔及捕捞因素可能促进其发生,而水利梯级开发可能是促进卷口鱼群体遗传分化的首要原因。     

南四湖泥鳅 mtDNA 控制区遗传多样性分析

利用PCR-测序技术,对采自南四湖和淮河的12个泥鳅个体的mtDNA 控制区5’端416 bp序列进行了测序,共发现86个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为0.206。这些核苷酸的变异位点中55个为插入缺失,31个为碱基替代,变异位点的分布主要集中在6～36,110～158,366～384核苷酸区段中,其余核苷酸区域相对保守。南阳湖、微山湖与淮河三个泥鳅种群间的遗传距离在0.071～0.080之间,表现出高的遗传变异率。     

州河鲤、建鲤和框鳞镜鲤的mtDNA D-loop的RFLP分析

应用PCR技术扩增了州河鲤、建鲤以及框鳞镜鲤mtDNA的D-loop区段,并用13种限制性内切酶对扩增到的片段进行了分析。结果显示:在3种鱼分别扩增到的约1.6kb的DNA片段上,13种限制性内切酶中有8种(AluⅠ、DraⅠ、EcoRⅠ、HaeⅢ、HapⅡ、HinfⅠ、TaqⅠ和XspⅠ)有酶切位点,4种(DraⅠ、HaeⅢ、TaqⅠ和XspⅠ)个体间存在变异。不同酶切结果组合后,共得到6种单倍型。州河鲤中以单倍型Ⅲ为主,达91.37%,建鲤以单倍型Ⅵ为主,达81.25%;框鳞镜鲤中单倍型Ⅱ占39.47%,单倍型Ⅲ占47.37%;州河鲤、建鲤以及框鳞镜鲤群体内的单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.1603、0.3327,0.6287、0.003042,0.004838、0.007163。州河鲤与框鳞镜鲤间的Rogers遗传距最小,为0.4080;州河鲤与建鲤间的为0.8440;框鳞镜鲤与建鲤间的为0.6469。     

鲮原种群体的D-loop序列分析

设计了1对可从鲮总DNA中扩增出线粒体D-loop区的引物,获得了937bp的鲮D-loop全序列。应用该对引物对鲮原种群体（子群体h11个样本,子群体q10个样本）进行PCR扩增,测序获得了5′端750bp的有效序列。21个个体共检测到15种单倍型,29个变异位点（4%）。遗传多样性分析发现,原种群体的序列差异为1.0%,子群体h与子群体q各自的序列差异为1.2%和0.9%。UPGMA分子系统树显示,用于研究的21个样本相互混杂,子群体h与子群体q并未出现独立的分支,表明该批鲮原种的子群体h和子群体q并非2个相互独立的母系来源。     

黑龙江水产研究所鲤育种概要

本文主要概述黑龙江水产研究所鲤Cyprinus carpio育种工作历史,介绍杂交选育亲本的来源与生物学特点以及育成品种的选育方法、技术路线和优良性状。通过引入国内外名优鲤,采用常规杂交选育、多性状遗传分析和分子辅助育种等方法,本土化培育出多个适合北方寒冷地区养殖的鲤新品种。采用的亲本包括黑龙江鲤C.C.amurensis、荷包红鲤C.C.var.wuyuanensis、散鳞镜鲤C.C.var.specularis amurensis、德国镜鲤C.C.var.S.germanensis和大头鲤C.pellegrini。育成品种包括荷包红鲤抗寒品系、松浦鲤C.C.'Songpu'、松荷鲤C.C.'Songhe、松浦红镜鲤C.C.'Songpu red mirror'、德国镜鲤选育系F_4、松浦镜鲤C.C.var.S.'Songpu'和易捕鲤。这些品种都具有抗寒、抗逆、易捕和快速生长等特性,适合北方以及全国各地养殖,其中松荷鲤、松浦镜鲤占有很大的市场份额,为我国的渔业发展做出了巨大的贡献。     

黄鳍棘鲷线粒体D-loop序列的遗传结构

为探明分布于我国华南沿海的黄鳍棘鲷群体的遗传多样性与遗传分化状况,实验采用线粒体控制区(D-loop)基因序列分析华南沿海的厦门、汕尾、阳江、海口、三亚、北海、钦州和防城港8个地理位置的黄鳍棘鲷群体的遗传多样性及群体遗传结构.结果 显示,黄鳍棘鲷8个群体320条D-loop序列全长为947～958bp.共检测到29个插...     

基于线粒体DNA D-loop的都柳江鲇形目两种经济鱼类种群遗传多样性研究

以采自贵州都柳江的鲇鱼、斑鳠各39尾个体为样品,采用PCR和DNA测序技术,研究了这两种鱼类线粒体DNA D-loop的结构和种群遗传多样性。获得了鲇鱼、斑鳠D-loop 5′端长度分别为544~545bp、546~547bp的DNA序列,并分别检测到58、15个变异位点。同时,识别了该2种鱼类D-loop终止序列区和中央保守区的核心序列,在中央保守区之后均有一个Poly-T结构。都柳江鲇鱼、斑鳠种群D-loop序列中,分别有51、12个多态位点,并分别定义了11、8种单倍型。都柳江鲇鱼、斑鳠种群单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.772、0.02301、12.451和0.331、0.00131、0.714。目前,都柳江鲇鱼种群遗传多样性较为丰富,具有良好的种质价值和保护前景;斑鳠种群遗传多样性贫乏,保护和恢复该种群的数量和遗传多样性刻不容缓。     

用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏(鲮)3个群体的遗传结构和遗传分化

用线粒体DNA的D-loop和Cytb基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏鱼岁Phoxinus lagowskii Dybowsky的遗传多样性.经PCR扩增和测序,获得了783～785bp D-loop和818bpCyt b的同源序列.两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cyt b)个变异位点,分别检测出15 (D-loop)和1l(Cyt b)个单倍型,总群体单倍型(Hd)分别为0.8966 (D-loop)和0.8990(Cyt b),核苷酸多样性指数(Px)分别为0.0246(D-loop)和0.0498 (Cyt b),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cytb).分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02％(D-loop)和81.69％(Cyt b)变异来自群体间,20.98％(D-loop)和18.31％(Cyt b)来自群体内.单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主.拉氏(鲮)的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显.该结果可为拉氏(鲮)的种质资源保护提供参考.     

两种鲤鲫杂交回交子代染色体核型分析及比较

采用PHA和秋水仙素体内注射制备两种鲤鲫杂交回交子代鱼（鲤鲫杂交♀×德国镜鲤♂;鲤鲫杂交♀×鲤♂）的染色体。结果表明：两种鲤鲫杂交回交子代染色体组由150条染色体组成,按着丝粒位置染色体组型可分为四组,每个染色体小组均由三条同源染色体组成。其中鲤鲫杂交♀×鲤♂回交的染色体数目为3n=150,染色体臂数NF=234,其核型公式为：3n=60m＋24sin＋36st＋30t;鲤鲫杂交♀×德国镜鲤♂回交染色体数目为3n=150,染色体臂数NF=258,其核型公式为：3n=63m＋45sin＋12st＋30t。