野猪分子遗传学与杂交利用研究进程

野猪是具有重要经济价值的动物,是现代家猪的祖先,因而野猪是可用于改良家猪品种的宝贵遗传资源之一。本文从野猪的核内基因、野猪线粒体DNA与家猪的起源进化关系及家野猪杂交利用方面对野猪的遗传学研究概况进行了综述,以期为野猪进一步的遗传学研究和种质资源的保护与开发利用提供参考。     

团头鲂雌核发育群体的肌间骨形态学分析

对86尾雌核发育团头鲂群体肌间骨的数目、形态、分布和长度进行了比较分析。肌间骨数目为100~136,平均数为121。依据肌间骨的数目分四区间,100~109、110~119、120~129和≥130,其中肌间骨数目在100~109的个体数占到雌核发育群体的10.5%,明显多于正常团头鲂群体肌间骨数目为100~109的个体在群体中所占比例(3.3%)。躯干轴下肌的肌间骨数目显著少于其他部位(P0.05),尾部轴上肌和尾部轴下肌的肌间骨数目也存在显著差异性(P0.05)。雌核发育群体100~109组合个体的肌间骨数目减少涉及到躯干部轴上肌和轴下肌以及尾部轴上肌和轴下肌4个部位的减少。雌核发育群体肌间骨数目的减少为团头鲂的良种选育提供了选育方向和基础育种材料。     

斑尾刺虾虎鱼和黄鳍刺虾虎鱼的形态学、遗传学比较

利用传统形态学、耳石形态学和线粒体DNA(mtDNA)部分片段作为标记方法,研究了斑尾刺虾虎鱼和黄鳍刺虾虎鱼的种间差异。结果显示,两种间的第二背鳍鳍棘数、第二背鳍鳍条数、臀鳍鳍棘数、臀鳍鳍条数和脊椎骨数无交叠现象;量度特征的主成分分析的结果显示,第一主成分的贡献率达到52.101%,主要反映了鱼体体型的比例,其中与躯干后部特征的相关性最高;依据判别函数的综合判别准确率为100%;单因素方差分析显示两种虾虎鱼除吻长、上颌长等头前部指标及与尾部长度相关指标之间的差异不显著外,其余各指标均存在显著性差异。耳石傅立叶分析的结果与量度特征分析的结果类似,主成分分析的结果显示,第一主成分贡献率为12.181%,主要反映了耳石背侧和前后缘的形状特征;依据判别函数的群体综合判别准确率为100%。对两种虾虎鱼线粒体DNA的D-loop、COⅠ、16S rRNA和12S rRNA片段序列进行比较分析,基于K-2P模型计算得到两种虾虎鱼种间遗传距离均显著大于种内遗传距离;以六丝钝尾虾虎鱼作为外群,结合GenBank上下载的刺虾虎鱼属其他种类的同源序列构建的系统树均显示两种虾虎鱼分别聚类,遗传差异显著。     

分子群体遗传学方法处理鲤形态学数据的适用性

在鱼类形态学性状的数据处理分析中,主要利用数理统计分析软件进行形态学数据的聚类分析、主成分分析和判别分析,而随着现代分子生物学技术的发展,一系列分子群体遗传学数据分析方法和处理软件应运而生。为研究分子群体遗传学方法对鱼类形态学数据分析的适用性,实验以兴国红鲤、玻璃红鲤、荷包红鲤完全双列杂交产生的9个群体形态学数据为对象,比较了传统形态学方法与分子群体遗传学方法对鱼类形态学性状的分析效果。结果发现,两类方法的聚类分析结果一致;主成分分析的结果表明,传统形态学分析方法能反映个体间的形态差异,而分子群体遗传学方法则能更好地反映群体间的形态差异;判别分析结果显示,两类方法的综合判别率相当;利用STRUCTURE软件进行的遗传聚类分析结果也发现,两类方法所得的结果一致。研究表明,应用传统形态学方法与分子群体遗传学方法分析鲤形态学性状是一致的,分子群体遗传学方法处理鲤科鱼类形态学数据是可行的。     

黄、东海3个黄姑鱼群体和1个鮸鱼群体的形态学比较研究

对采自黄海中部(青岛)、东海北部(舟山)和东海南部(厦门)海域的3个黄姑鱼自然群体(共121尾)和浙江舟山沿海的1个鮸鱼群体(24尾)的6组分节特征和7组量度特征进行了聚类分析、单因子方差分析和主成分分析。结果表明,鮸鱼群体与3个黄姑鱼群体之间在侧线鳞数、第1背鳍数、第2背鳍数、下鳃耙数和脊椎骨数等分节特征(上鳃耙数除外)和体高/体长、头长/体长、尾柄长/体长、吻至背鳍起点/体长、吻至胸鳍起点/体长、吻至臀鳍起点/体长和背鳍起点至臀鳍起点/体长等量度特征上存在着显著差异,而3个黄姑鱼群体之间在这13组形态特征上也存在着一定差异,但与种间差异相比则很小。另外,对于3个黄姑鱼群体来说,与青岛群体相比较,舟山群体与厦门群体之间更加相近。     

中国近海路氏双髻鲨群体线粒体DNA控制区序列比较分析

采用线粒体DNA控制区序列比较分析了路氏双髻鲨日照和霞浦群体的遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为548 bp的mtDNA控制区序列上,34尾路氏双髻鲨个体仅检测到5个单倍型,两群体均呈现出较低的遗传多样性水平,日照群体的单倍型多样度(h)、核苷酸多样度(π)以及两两序列比较的平均碱基差异数(p)(h=0.6000±0.1305;π=0.0046±0.0031;p=2.5333±1.4856)略高于霞浦群体(h=0.5109±0.0955;π=0.0024±0.0017;p=1.2899±0.8373);邻接关系树显示,5个单倍型明显分为两支,净遗传距离为0.016;群体遗传分化指数为Fst=-0.047(P=0.914),表明两群体之间不存在显著差异,确切P检验结果也表明两群体存在随机交配现象(P=0.731);核苷酸不配对分布呈双峰类型,其中一个峰对应类群内序列差异,另外一个峰对应两个类群序列间差异。研究表明,路氏双髻鲨较小的有效群体导致了较低的遗传多样性,其资源状况已不容乐观。     

我国六个地区银鲫种群线粒体DNA多态性的研究

本文用一对引物对我国６个地区银鲫进行ｍｔＤＮＡ－ＮＤ５／６片段的ＰＣＲ扩增,扩增产物用６种限制性内切酶进行限制生片段长度多态性分析。共获得１１种图谱和７种限制性类型。根据各群体间的遗传距离构建了ＵＰＧ聚类关系图。结果表明,６个银鲫种群中,云南群体与贵州群体的关系以及黑龙江与安徽群体之间的关系最近,它们分别归为一个群体;河南群体相对独立,它与黑龙江和安徽群体的遗传关系较近,江西群体与各群体间的亲缘关     

黄、东海3个黄姑鱼群体和1个(鱼免)鱼群体的形态学比较研究

对采自黄海中部(青岛)、东海北部(舟山)和东海南部(厦门)海域的3个黄姑鱼自然群体(共121尾)和浙江舟山沿海的1个(鱼免)鱼群体(24尾)的6组分节特征和7组量度特征进行了聚类分析、单因子方差分析和主成分分析.结果表明,(鱼免)鱼群体与3个黄姑鱼群体之间在侧线鳞数、第1背鳍数、第2背鳍数、下鳃耙数和脊椎骨数等分节特征(上鳃耙数除外)和体高/体长、头长/体长、尾柄长/体长、吻至背鳍起点/体长、吻至胸鳍起点/体长、吻至臀鳍起点/体长和背鳍起点至臀鳍起点/体长等量度特征上存在着显著差异,而3个黄姑鱼群体之间在这13组形态特征上也存在着一定差异,但与种间差异相比则很小.另外,对于3个黄姑鱼群体来说,与青岛群体相比较,舟山群体与厦门群体之间更加相近.     

基于mt COI、Cyt b、D-loop序列的南方多鳞鱚群体遗传结构分析

基于线粒体COI、Cyt b、D-loop基因序列对福建厦门（XM）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）和广西北海（BH）的4个多鳞鱚（Sillago sihama）群体进行遗传结构分析。经PCR扩增和测序获得4个多鳞鱚群体195条线粒体COI + Cyt b + D-loop片段序列。结果表明，单倍型多样性指数（Hd）为0.88266~0.98785，核苷酸多样性指数（π）为0.00098~0.00257，整体Hd与π分别为 0.92784 和 0.00158。遗传分化系数（Fst）和基因流（Nm）分别为0.00075~0.14888和2.85851~333.0833。分子方差分析（AMOVA）结果显示，分组间群体内变异比例分别占93.33%、86.57%和94.49%，主要变异均来自群体内。综上，基于COI、Cyt b和D-loop的分析结果，厦门群体和北海、海口、阳江群体间存在中等程度的遗传分化，可作为两个管理保护单位进行保护。本研究为促进中国南方沿海多鳞鱚资源的可持续利用及遗传多样性保护提供参考依据。     

中国东南沿海刀额新对虾群体形态学比较研究

采用表型参数估计分析、聚类分析、主成分分析和判别分析对刀额新对虾(Metupenaeus ensis)闽东(P.1)、粤东(P.2)、粤西(P.3)、北部湾(P.4)、海南岛(P.5)5个群体的形态学特征进行了比较分析,结果表明刀额新对虾P.1、P.2、P.3、P.5群体聚为一大支,P.4群体单独聚为一支;雌性群体3个主成分的累计贡献率为65.70%,雄性群体2个主成分的累计贡献率为67.24%,雌性群体、雄性群体判别正确率分别为61.48%、71.66%,北部湾群体(P.4)与其他4个群体存在显著的形态差异。     

星康吉鳗形态性状与体重的通径分析及生长曲线拟合

为探明星康吉鳗（Conger myriaster）形态性状和体重的关系,测定了体重（Y）及全长（X₁）、肛长（X₂）、尾长（X₃）、头长（X₄）、吻长（X₅）、眼径（X₆）、眼后头长（X₇）、背鳍前长（X₈）、躯干长（X₉）、头宽（X₁₀）、眼间距（X₁₁）等11个形态性状,通过相关分析、通径分析、回归分析等方法研究了形态性状对体重的影响;通过曲线拟合获得4个形态性状与体重的最佳拟合模型。结果表明,星康吉鳗各形态性状之间以及形态性状与体重之间均呈极显著正相关关系（P< 0.01）。相关分析发现肛长（X₂）与体重的相关系数最大（0.970）;通径分析发现肛长（X₂）对体重的直接作用最大（0.450）,头宽（X₁₀）通过肛长（X₂）对体重的间接作用最大（0.431）;决定系数分析发现,肛长（X₂）对体重的直接决定系数最大（0.203）,肛长（X₂）和头宽（X₁₀）的共同决定系数最大（0.172）。形态性状（X）与体重（Y）的多元回归方程为Y=-113.859+6.481X₂+49.213X₆+11.514X₇+20.145X₁₀（R²=0.954）。星康吉鳗肛长（X₂）、眼后头长（X₇）、头宽（X₁₀）与体重的最佳拟合模型为指数函数,模型方程分别为Y=1.466e^0.287X、Y=1.435e^1.328X、Y=1.970e^1.974X,眼径（X₆）与体重的最佳拟合模型为线性,方程为Y=-77.460+222.093X。结论认为,在星康吉鳗选育时,应以肛长（X₂）和头宽（X₁₀）为主要选择性状,以眼径（X₆）和眼后头长（X₇）为辅助选择性状。     

山东半岛东南部海域星康吉鳗资源密度时空分布及其与环境因子之间关系

为了解山东半岛东南部海域星康吉鳗资源密度时空变化及其与环境因子之间的关系,实验根据2016年10月和2017年1月、5月、8月山东半岛东南部海域4个航次底拖网调查数据,利用广义可加模型(GAM)分析了星康吉鳗资源密度时空分布特征及其与环境因子之间的关系。结果发现,星康吉鳗资源密度及分布具有明显的季节变化。春季,山东近海星康吉鳗资源密度为66.38 kg/h,夏季资源密度达到一年中最大值,为87.31 kg/h,秋季资源密度为79.01 kg/h,冬季资源密度大幅度降低,仅为10.44 kg/h。GAM模型结果显示,水深和海水底层温度对星康吉鳗资源分布影响最大。春季,星康吉鳗资源密度与水深、底温呈正相关关系,其分布范围较广,主要分布在海州湾中部海域(35°N沿线分布最多);夏季,其空间分布受水深影响,主要集中分布在水深20～30 m的山东半岛南部近岸海域;秋季,水深、底温、饵料生物量与星康吉鳗资源密度呈正相关,此时星康吉鳗分布较分散。冬季,星康吉鳗资源密度与水深呈正相关,此时主要分布在受黄海暖流影响的海州湾北部海域以及123.5°E～124°E海域。研究表明,星康吉鳗资源分布与其洄游习性和海域水温等水文特征的季节性变动有关,其分布特征在春季、冬季分别受青岛冷水团与黄海暖流影响显著。本研究有助于了解山东近海星康吉鳗群体的生活习性,为其资源的养护和管理提供依据。     

东、黄海星康吉鳗生长、死亡和单位补充量渔获量

依据2011年、2016年和2017年在东、黄海进行的底拖网调查数据,研究了星康吉鳗的生长参数、死亡系数和单位补充量渔获量(YPR)。星康吉鳗的体长体质量关系和生长方程的拟合结果表明,其条件因子a估计值为4.5×10–4,其异速生长系数b的估计值为3.3。其渐近体长L∞的估计均值为102 cm,生长速率K的均值为0.21/年,理论上体长为零时的年龄t0估计均值为–0.19。通过Pauly经验公式求得星康吉鳗的自然死亡系数(M)为0.33。体长转换的渔获曲线求得总死亡系数为3.36,进而求得现阶段的捕捞死亡系数(F)为3.03,开发率高达90%。此外求得现阶段星康吉鳗的开捕体长为30 cm,对应的开捕年龄为1.47龄,远小于其体质量生长的拐点年龄(3.70龄)和临界年龄(3.39龄)。本研究根据单位补充量渔获量模型,估计其在不同自然死亡系数和开捕体长的情况下随捕捞死亡系数的变化曲线,并估算其生物学参考点。随F增加,YPR先增加到最大值,再逐渐减小。现阶段星康吉鳗的YPR为27.14,而当M为0.33时Fmax估计值为0.38,YPRmax为52.89,即将F降低为1/8,可获得将近2倍的YPR;对应的F0.1为0.255,比Fmax降低了三分之一,YPR0.1(50.38)只比最大值降低了不足5%。M越大,求得的生物学参考点越大,可获得的YPR越小;当开捕体长增加时,F和YPR都会有不同程度的增加。因此,现阶段中国东黄海星康吉鳗的开发率过高,开捕体长过小,处于过度捕捞的状态。为了维持星康吉鳗种群的生态健康、实现该渔业的可持续发展,建议大幅削减其捕捞强度,降低捕捞死亡系数,同时增加开捕体长。     

中华鳖3个地理群体线粒体基因D-loop区遗传多样性分析

采用PCR结合DNA测序技术和SSCP技术,分析了中华鳖3个地理群体线粒体DNA(mtDNA)D-loop区部分序列的变异及遗传多样性。在25个个体中,其碱基组成为A+T的平均含量(65.4%)高于G+C(34.6%),共检测到变异位点7个(约占总位点数的5.7%),转换/颠换值为2.76。核苷酸多样性(π)为0.019 95,平均核苷酸差异数(K)为2.453。25个个体分属6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.707,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.027。6个单倍型构建的UPGMA系统树聚为3个分支。结果表明,中华鳖群体mtDNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,日本鳖的遗传多样性比黄河鳖和黄沙鳖丰富,黄沙鳖与日本鳖、黄河鳖的遗传距离较远。而且PCR-SSCP可以检测到两种类型的电泳图谱,其中Ⅱ型均为日本鳖,该技术可用于78位TT←→AA颠换变异位点的检测。     

基于SSR-seq技术评估中间球海胆多代选育群体和普通养殖群体的遗传多样性

为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构,利用SSR-seq技术和15个微卫星位点,对1个家系选育群体(FP)、1个群体选育群体(IP)和1个未经选育的普通养殖群体(CP)的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,15个微卫星位点共检测出112个等位基因,FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数(N_a)分别为5.077、5.133和6.133个,平均有效等位基因(N_e)分别为2.816、2.873和3.638个,平均观测杂合度(H_o)分别为0.522、0.441和0.501,平均期望杂合度(H_e)分别为0.595、0.599和0.667,平均多态性信息含量(PIC)分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体(FP) H_e与H_o的差值(0.073)低于IP (0.158)和CP (0.166),平均固定指数(F)(0.115)低于IP (0.248)和CP (0.246)。3个群体间遗传分化系数(F_st)介...     

遗传选育对野生和养殖中华绒螯蟹蟹种形态学特征的影响

以野生和养殖蟹种及其选育后代作为研究对象,实验采用单因素方差分析、判别分析、主成分分析和聚类分析等方法对各组形态特征进行分析。结果显示,(1)野生和养殖群体原代(G0)雌雄个体分别有16和15个形态指标差异显著,而选育2代后36个形态学指标均无显著差异;(2)判别分析中野生和养殖G0的判别准确率高达93%~100%,而2群体G1和G2个体判别准确率仅为56.67%~76.67%,且G2判别率低于G1;(3)主成分散点图显示野生群体G0与G1、G2个体分别可以形成较集中的区域,而主成分分析难以区分养殖群体G0、G1和G2个体;(4)聚类分析将6种群蟹种分为2支,其中养殖群体G0、G1和G2与野生群体G1和G2聚为一支,而野生G0单独聚为一支。研究表明,长江野生和池塘养殖蟹种的形态学差异较大,但在选育过程中逐渐消失,最终与养殖群体趋于一致,因此形态学特征不能作为中华绒螯蟹良种选育的可靠指标。     

国内虹鳟代表性养殖群体的高通量SNP芯片检测及遗传分析

本研究旨在对国内虹鳟(Oncorhynchus mykiss)代表性养殖群体开展全基因组水平的遗传评估。利用57K单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片,检测了来自不同地域的6个虹鳟养殖群体样本共计48尾,包括黑龙江虹鳟、黑龙江金鳟、四川虹鳟、四川金鳟、北京虹鳟和北京金鳟,共获得有效SNP位点50201个,在中国虹鳟中的多态比例达到97.7%,表明该芯片虽然基于美国和挪威虹鳟群体设计,但对中国群体同样具有良好的适用性。各群体最小等位基因频率均值为0.240~0.267,与国外主流养殖群体相近,黑龙江虹鳟、四川虹鳟和北京虹鳟群体内遗传多样性丰富,多态位点比例为83.6%~84.9%,与国外主流养殖群体相近,而黑龙江金鳟、四川金鳟和北京金鳟,多态位点比例相对较低,在60.2%~76.9%范围内。应用6个中国虹鳟群体和2个美国虹鳟群体数据开展系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构STRUCTURE分析,结果显示8个群体可分为3个祖源类群,其中3个金鳟群体为遗传联系较紧密的一个类群,黑龙江虹鳟和北京虹鳟为一个类群,而四川虹鳟与2个美国虹鳟群体为一个类群,部分中国养殖群体中有显著离群个体存在,表明群体遗传背景不均一。本研究表明,高密度SNP芯片在我国虹鳟养殖群体遗传分析中具有广泛的应用前景,能够为种质资源评估、本土化良种培育、制种和引种工作提供基因组水平的参考信息。     

香鱼野生群体和养殖群体遗传多样性比较

香鱼是分布于中国、日本和朝鲜的一种珍稀名贵经济鱼类,本实验比较分析了香鱼养殖和野生群体的遗传多样性。研究结果显示,在长度为445 bp的控制区部分序列上,鳌山卫养殖群体的单倍型多样度h(0.198 4±0.092 4)和核苷酸多样度π(0.000 8±0.000 9)显著低于东张水库野生群体(h=0.810 5±0.067;π=0.002 6±0.002 0),两群体产生了较大的遗传分化(F st=0.447,P=0);单倍型邻接关系树的拓扑结构简单,未呈现明显的地理谱系结构,日本香鱼个体与中国香鱼亲缘关系较远;东张群体的历史动态分析结果表明其可能经历过近期的群体扩张事件。无论是养殖群体还是野生群体,中国香鱼群体的遗传多样性现状不容乐观。     

Evidence for genetic differentiation in the european conger eel Conger conger based on mitochondrial DNA analysis

ABSTRACT:   The European conger eel Conger conger is an important marine benthic fish in the North-East Atlantic and represents a valuable fishery resource. However, little is known about its reproductive biology. In an attempt to gain a better understanding of the conger eel population structure, mitochondrial DNA (mtDNA) sequences were examined. A region with 432 bp of the control region of the mtDNA was sequenced from 40 individuals from six different locations around the central and eastern North Atlantic Ocean. Thirty variable positions defined 28 distinct haplotypes. The average sequence difference within samples (1.3–4.2%) was comparable to those between samples (1.4–3.6%). MtDNA sequence-based statistical tests showed significant geographic differentiation between some local population samples, suggesting that the conger eel does not comprise a single panmictic population. However, given our sample sizes, these preliminary results should be interpreted with caution and more individuals from more sites, including the Mediterranean Sea, should be analyzed in detail. The genetic variability detected in this study is an initial step to elucidate the genetic background of the conger eel population structure.     

舟山渔场银鲳和灰鲳繁殖特性的比较

用常规的生物学调查方法对舟山渔场银鲳和灰鲳进行了周年的取样调查分析,并对其性腺做石蜡切片,观察性腺发育情况,对银鲳和灰鲳的繁殖特性进行比较研究。结果表明：银鲳和灰鲳在繁殖季节性比为1∶1;两者的性腺发育和卵母细胞发育没有显著差异（P>0.05）,Ⅴ时相的卵母细胞卵径都为700～870 μm,油球1个,油球径260～400 μm,初级卵膜厚度12～19 μm;都为一个繁殖期内多次产卵类型的鱼类;繁殖期内银鲳、灰鲳雌性生殖群体的平均叉长分别为22.5 cm、29.0 cm,银鲳雄性生殖群体叉长主要集中在14.0～17.0 cm,灰鲳雄性生殖群体叉长为23.0～25.5 cm;银鲳的繁殖季节在每年的4月初至6月初,繁殖高峰在4月中旬到5月中旬,银鲳卵巢成熟系数最高可达25%;而灰鲳的繁殖期在每年的6月初至8月中旬,繁殖高峰在6月下旬到7月下旬,灰鲳的卵巢成熟系数最高只有12.6%。银鲳繁殖期的水温为18～24 ℃,灰鲳为24～28 ℃;其他环境条件差异不大。另外还对银鲳和灰鲳卵母细胞发育的特征、繁殖期内卵巢成熟系数的变动以及繁殖期内环境因子的变动对产卵群体的数量影响进行了讨论。