固有无序蛋白有序和无序结合区域的序列特征分析

基于DisProt数据库,其将固有无序蛋白按照分子功能分为6大类,选取每一类功能下每条有序与无序区结合位点左右两侧5个氨基酸残基作为研究对象;利用方差分析分别统计6类分子功能中有序与无序区结合位点处20种氨基酸以及6类亲疏水性氨基酸分布的差异。结果表明:不同分子功能的固有无序蛋白在有序与无序结合点处的氨基酸含量及亲疏水特性都存在着较显著差异。在固有无序蛋白6类分子功能中,氨基酸(D、G、H、I、P、S、T、Y)在有序区的分布存在差异;而氨基酸(D、G、V)在无序区的分布存在差异。而在6类亲疏水性氨基酸中,强疏水性氨基酸(L、I、V、A、M、F)和弱疏水性或弱亲水性氨基酸(S、T、Y、W)以及脯氨酸P和甘氨酸G在有序区的分布存在差异;而甘氨酸G在无序区的分布存在差异。本文的研究旨在挖掘固有无序蛋白不同分子功能中有序与无序区结合位点处的序列特征,以便于下一步对固有无序蛋白预测软件的开发和改进。     

珍贵树种无序混种造林技术

分析了人工速生林快速发展造成单一林分对生态的影响和山地单位产值日趋尖锐的矛盾,提出了解决这一矛盾的方法,即珍贵树种无序混种造林技术。     

基于有序与无序的农业经济管理重点研究

文章从有序和无序的辩证关系出发,论证了建立在：＂序＂基础上的管理哲学,并结合我国农业经济发展历程和现状,提出把加强农业微观经济组织创新和推进农业的城镇化和产业化进程作为今后农业经济管理工作的重点。     

有序与无序田间配置对粳型超级稻沈农265产量及群体特征的影响

以粳型超级稻沈农265为试材,采用有序与无序状态下6种不同田间行穴距配置及南北与东西两种行向,探讨北方粳型超级稻有序与无序田间优适配置及其群体特征。结果表明,有序田间配置下宽窄行稀植(40.0 cm+26.6 cm)×13.3 cm东西行向是粳型超级稻沈农265相对优适的田间配置方式。上述田间配置高产原因为有效分蘖率相对较高,叶面积指数较好,相对光照强度较优,物质生产与积累量较多,提高了单位面积穗数、单位面积的总粒数(颖花数、实粒数)、每穗粒数(总粒数、实粒数)和粒重(千粒重),并且具有最大的收获指数,其产量构成因素在6种试验配置中优势最为明显。     

牦牛CYGB基因CDS区克隆与生物信息学分析

【目的】丰富牦牛CYGB基因研究的基础数据,对牦牛CYGB基因的CDS区进行克隆和生物信息学分析。【方法】提取牦牛大脑海马区组织的总RNA并运用RT-PCR技术反转录为cDNA,并根据GenBank中普通牛CYGB基因cDNA序列（GenBank登录号：DV874786.1）,使用Primer3.0在线软件设计特异性引物,运用PCR扩增技术、TA克隆技术和核酸测序技术获得CYGB基因的完整CDS区序列及部分5′端和3′端UTR区,并使用ProtParam、PredictProtein、SWISS-MODEL等在线分析软件与Lasergene7.1软件包分析CYGB的一级结构、二级结构、三级结构与理化性质,并进行同源性分析及构建系统进化树;利用PyMol软件修饰并输出三维结构;使用在线亚细胞定位工具PSORT II Prediction预测蛋白质的亚细胞定位;使用Protfun软件对蛋白质的功能进行预测分析。【结果】克隆获得牦牛CYGB基因650 bp,包括CDS区573 bp(GenBank登录号：KF669898),碱基组成为A 20.59%、T 16.40%、G 33.33%、C 29.67%,编码190个氨基酸残基组成的蛋白质。与普通牛比对,牦牛CYGB基因在CDS区存在4个碱基突变,同源性为99.3%,这个突变未导致氨基酸序列的改变,4个突变均属同义突变。牦牛CYGB基因编码蛋白的分子式为C964H1513N263O278S7,分子量约为21.5 kD,理论等电点（pI）为6.32,消光系数为24075,不稳定系数为48.43,疏水指数为83.63,平均亲水性为-0.301,属不稳定可溶性酸性蛋白质,在哺乳动物网织红细胞内的半衰期为30 h。二级结构以α-螺旋和无规卷曲为主,其中α-螺旋占64.21%,无规卷曲占35.79%,属全α类蛋白质。三级结构是一个呈“three-over-three”三明治夹心型的α-螺旋折叠结构。亚细胞定位CYGB分布在细胞质(65.2%)、细胞核(17.4%)、线粒体(13.0%)、分泌系统的囊泡(4.3%)中,主要在细胞质,推测可能在能量代谢和辅因子的生物合成过程中发挥信号转导和转录因子调控的作用。牦牛CYGB氨基酸序列与普通牛、绵羊、家犬、小鼠、褐家鼠、原鸡、猴、黑猩猩、人的CYGB氨基酸序列的同源性分别为100%、98.9%、97.8%、95.3%、93.7%、78.8%、98.4%、95.8%和96.8%,物种之间同源性较高,系统进化情况与其亲缘关系远近一致,说明CYGB基因编码区在进化过程中比较保守。【结论】通过RT-PCR与TA克隆技术及核酸测序技术获得了牦牛CYGB基因全长573 bp的CDS区,并对其核苷酸序列和编码蛋白氨基酸序列及其蛋白结构和功能进行了分析,得知牦牛的CYGB是一个由190个氨基酸残基构成的可溶酸性蛋白质,在能量代谢和辅因子生物合成过程中发挥重要作用。CYGB基因编码区在长期生物进化过程中具有较强的保守性。该基因的成功克隆及分析为揭示牦牛CYGB基因的遗传特性提供了理论依据。     

河南大别山区悬钩子属野生果树资源研究

通过对河南大别山区悬钩子属种质资源的系统调查和综合分析,结果发现:该区有悬钩子属植物21种和5个变种,果实都可以食用。果实中维生素类(尤其是维生素E)和SOD等生物活性物质的含量非常高,蛋白质、氨基酸和矿质元素含量不同程度地高于栽培水果,具有较高的开发利用价值,该项研究有助于该区悬钩子属植物的开发利用。     

甘肃木本植物区系中特有现象分析

本文在甘肃木本植物区系中国特有植物及甘肃固有特有种系统整理的基础上，探讨了中国特有植物在甘肃木本植物区系中的地位和分布格局；对甘肃固有特有种的形成。规律及发展动态进行了较深入的分析，提出了甘肃木本植物区系中的两大特有中心：即甘南特有中心和陇南特有中心。前者是一个次生演化中心，它的形成生态成因大于历史成因；后者是一个古老残遗中心，该中心的形成历史成因大于生态成因     

14个物种RPSA基因编码区生物信息学分析

采用生物信息学方法比较分析了大熊猫、牛、家犬、马、原鸡、人、猕猴、小家鼠、兔、绵羊、黑猩猩、毛猩猩、褐家鼠和野猪RPSA基因编码区(CDS)的遗传多样性,并对该基因编码的氨基酸序列、蛋白质二级结构和结构功能域进行预测和分析。结果表明,在来自14个物种的84条基因序列中检测到338个多态位点,共发现42种单倍型,物种间及物种内RPSA基因编码区存在较丰富的遗传多样性。RPSA基因编码蛋白质等电点均低于6,呈酸性;蛋白质二级结构的主要结构元件是α-螺旋和无规则卷曲,有一个保守结构域。     

对几种食物混合后蛋白质的氨基酸分的质疑

为了更正食物混合后蛋白质的氨基酸评分表中的数据错误。利用WHO／FAO提供的标准蛋白质中的氨基酸含量与各类食物中的同种氨基酸含量进行重新计算,并对原表中的数据进行比较和校对,提供正确的理论依据。结果标明原表中的数据、结论与实际有很大的出入。如谷类、豆类和奶粉的混合比例应为67％、22％、11％,谷类、豆类和奶粉的氨基分为44、69和83,混合后的第一限制性氨基酸是赖氨酸（而非苏氨酸）,其氨基酸分为75,第二限制性氨基酸为色氨酸,其氨基酸分为83。     

天祝白牦牛KA P1.1 基因的克隆及生物信息学分析

以牦牛的角蛋白关联蛋白1.1（KAP1.1）基因为研究对象,根据GenBank收录的黄牛KAP1.1基因的mRNA序列（登录号:NM₀01105369.1）设计特异性引物,通过反转录PCR、PCR以及克隆方法首次获得牦牛的KAP1.1完整CDS区,将所得序列提交到NCBI,登录号为KJ095199,并对其进行生物信息学分析。结果表明,牦牛KAP1.1基因的CDS区全长为501bp,共编码166个氨基酸;编码的蛋白质属于亲水性蛋白质。二级结构含有α螺旋区、延伸链、β转角和无规卷曲4种。氨基酸序列与黄牛的同源性最高,具有High sulphur keratin-associated protein家族蛋白的完整结构域。     

版纳微型猪近交系FABP4基因编码区序列扩增及生物信息学分析

以GenBank中登载的普通猪FABP4基因为参考序列,设计特异性引物,采用RT-PCR技术从版纳微型猪近交系卵巢组织中扩增FABP4基因的编码区序列,经直接测序后采用生物信息学软件对编码区序列和蛋白质结构进行生物信息学分析和结构预测.结果表明:版纳微型猪近交系(BMI)FABP4基因编码区序列长399bp,编码132个氨基酸;BMI FABP4基因同普通猪比对同源性为100%,未发现碱基突变;生物信息学分析表明不同物种FABP4基因编码区核苷酸序列与氨基酸序列具有较高的保守性;蛋白结构预测显示,FABP4蛋白空间结构为由2个α螺旋和10个反向平行的β折叠围成的桶状结构.     

一种解释非晶半导体中随机输运的新模型

研究在外部驱动力作用下穿过一维无序随机力介质而传播的粒子的运动规律，并求出其直流响应，研究发现：在无序系统演化的初始阶段，直流极化率可验证极化率－频率关系的反常幂次律；发现无序系统的老化现象，伴随此现象显示出动力学特性的高相关特性，本文的结果与以前研究过一维模型相比较，更具普通性。     

乌骨绵羊NR5A2基因编码区序列克隆及特征分析

为了研究NR5A2基因在乌骨绵羊中的序列特征,利用PCR和克隆测序技术获得乌骨绵羊NR5A2基因的外显子序列,用DNAMAN软件和DNAStar软件对序列进行比对和拼接、运用Clustal软件与其他物种相应序列进行同源比对分析,MEGA5.1软件用来构建哺乳动物NR5A2蛋白质系统进化树,用DNA池方法对其编码区序列的SNPs位点进行筛选。结果显示:乌骨绵羊NR5A2基因编码区全长1 488 bp,共编码495个氨基酸;乌骨绵羊的NR5A2基因编码区核苷酸序列与湖羊和牛的同源性分别为99.87%和85.51%;氨基酸序列的一致性分别为99.41%和89.66%。与湖羊相比,乌骨绵羊NR5A2基因编码区共发现3个单碱基突变(C1069A、C1419T和G1485A),其中C1069A位点突变引起了氨基酸的改变,从亮氨酸变为异亮氨酸。在乌骨绵羊的编码区现了一个单核苷酸突变位点G999C。     

盐桥与全基因组微生物耐热性的关系研究

挑选了NCBI COG数据库中具有全基因组的单细胞微生物,选择其中三维结构已知的蛋白质作为研究对象,研究了盐桥数目和类型对古细菌和细菌类蛋白质耐热性的影响作用。结果表明:无论古细菌还是细菌类蛋白质,总盐桥含量和盐桥网络都随耐热性的提高而增加;古细菌类超高温蛋白质形成盐桥时对Asp的利用率比较高;细菌类耐热蛋白质形成盐桥时尽量利用带正电荷的Lys和带负电荷的Glu,而常温蛋白质尽量利用带正电荷的His和带负电荷的Asp;由于耐热蛋白质对带电荷氨基酸的利用率高,即使细菌类耐热蛋白质和常温蛋白质含有等量的带电荷氨基酸,其稳定性也会提高。     

小麦品质性状的灰色关联分析

本文利用灰色关联分析方法对15个小麦品种的蛋白质与若干加工品质性状、沉淀值与粉质仪测定值、不同氨基酸与蛋白质的关系进行了研究。结果表明:在出粉率、湿面筋、沉淀值和白度这几个品质性状中,以出粉率与蛋白质的关联度最大,以沉淀值与蛋白质的关联度最小;6个粉质仪测定值中,以稳定时间、评价值、带宽与沉淀值关联度最大,而面团形成时间与之关联度较小。15种氨基酸与蛋白质的关联度相似,人体必需的8种氨基酸大多与蛋白质关系密切。另外,本文还对灰色关联分析方法在研究作物性状间相互关系的应用问题作了讨论。     

甘南牦牛H-FABP基因CDS区多态性及生物信息学分析

应用PCR产物混合样本DNA池法检测甘南牦牛心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因CDS区多态性,并应用生物信息学方法分析甘南牦牛H-FABP蛋白质特性.结果表明:甘南牦牛H-FABP基因CDS区序列与九龙牦牛相同,而与普通牛对比在第3外显子存在*76G>A的同义突变;甘南牦牛H-FABP氨基酸序列没有明显的疏水性区域,也未形成跨膜螺旋区及信号肽,推测其主要在细胞质中发挥生物学作用;甘南牦牛H-FABP基因编码产物二级结构是以α-螺旋和β-折叠为主的mixed型;氨基酸序列与普通牛、山羊、马、人、小鼠、大鼠、鸡、草雀及绿鸭9个物种间同源性较高,与其实际亲缘关系远近一致.     

赖氨酸水平可引起瘤胃微生物代谢途径变化

正中国农业科学院饲料研究所反刍动物饲料创新团队对犊牛日粮氨基酸需要量和平衡模式进行了系统性研究,发现赖氨酸缺乏对母犊牛瘤胃发酵功能和微生物区系组成具有调控作用,为反刍动物绿色养殖及饲料生产中合理使用氨基酸,降低日粮蛋白质水平提供了理论依据。相关研究成果在线发表于《应用微生物学与生物技术(Applied Microbiology and Biotechnology)》。     

云南气象对稻米营养品质动态影响的试验研究

稻米蛋白质、氨基酸和人体必须氨基酸是表征稻米营养品质的重要指标.选用优质稻品种"云恢290"在云南的蒙自、开远、石屏进行无控制的地理分期播种试验和稻米品质的实验室化验分析结果,采用积分回归方法y=α0+∫Tα(t)x(t)dt研究了云南高原气象条件对稻米蛋白质、氨基酸和人体必须氨基酸形成的动态影响,建立了动态模拟模型,为云南优质稻生产中品种布局、根据生产目的需要合理安排播期提供了科学依据.结果表明,影响蛋白质、氨基酸的主导气象因子有所不同,蛋白质主要受日照时数和最高温度的影响,而氨基酸和人体必需氨基酸主要受日照时数及最低温度的影响.     

云南气象对稻米营养品质动态影响的试验研究

稻米蛋白质、氨基酸和人体必须氨基酸是表征稻米营齐品质的重要指标。选用优质稻品种“云恢290”在云南的蒙自、开远、石屏进行无控制的地理分期播种试验和稻米品质的实验室化验分析结果,采用积分回归方法y=α0＋∫^T α（t）x（t）dt研究了云南高原气象条件对稻米蛋白质、氨基酸和人体必须氨基酸形成的动态影响,建立了动态模拟模型,为云南优质稻生产中品种布局、根据生产目的需要合理安排播期提供了科学依据。结果表明,影响蛋白质、氨基酸的主导气象因子有所不同,蛋白质主要受日照时数和最高温度的影响,而氨基酸和人体必需氨基酸主要受日照时数及最低温度的影响．     

多肽和蛋白质的人工合成评述

多肽和蛋白质的人工合成,就是多个氨基酸在一定的条件下通过肽键形成多肽链。氨基酸是合成多肽和蛋白质的原料。在合成前各个氨基酸都必须经过基团保护、氨基和羧基的活化处理,然后经接肽,去除保护基,最后形成多肽链。本文对目前国内外常用的液相合成法和固相合成法的原理和步骤进行了简要的评述。