紫苏SNP分子标记开发及遗传多样性分析

紫苏(Perillofrutescens(L.))是一种药食兼用型的植物,具有丰富的营养价值和药用价值,本研究利用特异性位点扩增片段测序技术(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)对30份紫苏种质资源进行了分子标记开发,以'日本晴'(水稻)为对照,测...     

木荷SNP标记开发及遗传多样性分析

为了开发木荷(Schima superba)基因组的SNP位点，并基于SNP分子标记技术，从DNA分子水平上揭示木荷种质资源遗传多样性和变异规律。本研究选取广东、福建和江西三省的15个群体(种源)、共179个木荷单株为研究材料，采用限制性酶切位点关联DNA测序(RAD-seq)技术，最终获得SNP多态性位点1 6383个，并利用软件分析其遗传多样性和遗传结构。对179个木荷单株进行分析，观察杂合度(Ho)平均值为0.074 1；期望杂合度(He)平均值为0.293。对15个木荷群体进行分析，观察杂合度(Ho)平均值为0.074；期望杂合度(He)平均值为0.247；群体间遗传距离(d)分布在0.298～0.396，平均值为0.350；平均多态性位点百分比(PPL)为57.93%；各群体的多态信息含量(PIC)分布范围在0.301～0.364，平均值为0.335,15个木荷群体均表现为中度多态性。通过对15个木荷群体进行遗传结构分析、主成分分析和聚类分析，将15个木荷种源大致分为四类。木荷基因组中SNP位点丰富，多态性呈中等偏上，具有较为丰富的遗传多样性，SNP分子标记在木荷的良种选育、...     

棉属种间杂交基因渐渗系SSR标记及其表型性状的聚类分析

利用37对多态性SSR引物和15个表型性状对155份棉属种间杂交基因渐渗系及其10份陆地棉亲本进行了聚类分析。用37对SSR引物共扩增出108条带,多态性条带占85.2％。种质间成对相似系数平均值为0.6791,范围为0.4762~1.000。建立了165个陆地棉材料的SSR聚类图,共聚为4个类群,分别为法国种质群、美国AcalaSJ系列种质群、美国PD种     

基于SLAF-seq技术连翘SNP分子标记开发及遗传多样性分析

连翘(Forsythia suspensa (Thunb.) Vahl)是一种极具开发价值的药用植物,本研究利用特异性位点扩增片段测序技术对39份连翘种质资源进行了分子标记开发,通过测序共获得112.28 Mb reads数据,各样本reads数据在1 324 860～5 911 565之间,样本平均测序质量值Q30为96.29%;平均GC含量为36.97%。通过生物信息学分析,本研究获得535 357个SLAF标签,样本的平均测序深度为16.20倍,其中多态性的SLAF标签共有262 297个,开发获得1 809 741个SNP标记。利用开发的SNP分子标记将39份连翘种质资源分为4组,连翘SNP分子标记的研究可为连翘种质资源鉴定和遗传多样性分析提供理论基础。     

甘蓝型油菜隐性核不育系20118A的育性遗传及分子标记辅助选择

以20118A不育系和临保系与22个油菜品种(系)杂交测交后代为材料, 采用经典遗传学和分子标记辅助选择方法, 验证该不育系统遗传控制体系及等位基因分布频率; 探索利用连锁共显性标记筛选两型系和临保系基因型的高效性和准确率。研究表明, 6个品种(系)与20118A测交产生的F₂世代, 所有组合可育株∶不育株均符合3∶1或13∶3分离规律, 而与20118A-TAM杂交产生的6个F₂中1个呈13∶3分离, 其余均为全可育, 育性符合1对隐性不育基因和1对隐性上位抑制基因互作控制的遗传模式; 进而采取反向验证方法, 从1 059个F₂分离单株中, 用新发展的Bnms₃/Bnrf连锁共显性标记跟踪选择, 直接获得临保系(ms₃ms₃rfrf)、纯合不育株(ms₃ms₃RfRf)和两型系可育株(Ms₃ms₃RfRf) 70、69和135株, 经测交或互交验证, 准确率均达95%以上; 根据20个测交品种的后代分离, BnRf位点上只出现Rf和rf两个等位基因, 推测第3个等位基因存在的频率很低, 基本可以根据两基因各2等位基因互作原理开展分子标记辅助育种。