SRAP分子标记及其应用

相关序列多态性(SRAP)是近年来发展起来的一种新型分子标记系统,具有简便、稳定、中等产率、高共显性、易于测序等优点.它利用独特的引物设计对ORFs进行扩增,正、反引物分别与外显子和内含子(或启动子)区域配对,因不同物种、不同个体的内含子、启动子与间隔区长度不等而产生多态性.SRAP-PCR扩增程序采用复性变温法,前5个循环复性温度为35℃,后35个循环为50℃.目前SRAP已在植物图谱构建、遗传多样性评价、基因定位和比较基因组学等方面成功应用.     

甘薯蔓割病抗性相关SRAP标记的获得

以高抗甘薯蔓割病品种金山57和高感蔓割病甘薯品种新种花为亲本进行杂交,获得F1分离群体,对F1群体进行蔓割病抗性鉴定,从中选出7个高抗和7个高感蔓割病株系构建抗、感池。以抗、感池基因组DNA为模板,用276对SRAP引物组合对其扩增,从中筛选出98对具有多态性的引物组合,再以抗感亲本加抗感池基因组DNA为模板筛选,从98份SRAP引物组合中筛选出33对多态性较好的引物组合。后通过用一组小群体(6个高抗株系和6个高感株系)进一步筛选,最终获得一对与甘薯抗蔓割病连锁的SRAP引物组合a12b8,经过抗感亲本及F1代的进一步验证,认为该标记与甘薯抗蔓割病基因相关。     

SRAP分子标记及其在蔬菜作物上的应用

 SRAP(Sequence-Related Amplified Polymorphism)是一种基于PCR技术的新型分子标记,具有简便、产率中等、稳定、测序方便等优点。它利用独特的引物设计对ORFs（open reading frames）进行扩增,其上游引物长17bp,下游引物长18bp,分别对外显子和内含子进行扩增,因个体不同及内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性。该文在介绍SRAP标记技术和特点的同时,还对其在蔬菜作物遗传图谱构建、遗传多样性分析、比较基因组学、分子标记与基因定位等方面的应用进行了综述。     

利用SRAP分子标记划分玉米自交系类群初探

以河南省20世纪80年代以来常用的29个玉米自交系为材料,利用SRAP分子标记技术对河南省玉米种质遗传多样性及杂种优势群进行划分,对主要的审定品种亲本间遗传距离及杂种优势模式进行分析.结果表明,29个玉米自交系可分为四大类群,第Ⅱ大类又可分为2个亚群,第Ⅲ大类群又可以分为3个亚群,29个玉米自交系可分为7个亚群,分析结果与系谱来源基本一致.分类后类间平均遗传相似系数均小于类内平均遗传相似系数,同时生产上推广组合的亲本大多来自不同的大类或亚类,SRAP标记的聚类结果是比较合理的,对于玉米杂种优势群的划分具有参考价值.     

北沙参SRAP分子标记体系的建立与优化

为北沙参的遗传多样性分析提供一种科学的途径。采用SRAP标记技术,以北沙参基因组DNA为模板,优化了SRAP反应体系的各主要参数。建立了稳定可靠的SRAP-PCR反应体系;20μL反应体系中,DNA的量为80ng、Mg2+ 2.5mmol/L、dNTPs 0.25mmol/L、TaqDNA聚合酶为1U、正反向Primer浓度均为0.1μmol/L。该体系适合北沙参遗传多样性分析、遗传图谱构建等研究。     

基于PCR的新型分子标记——SRAP研究进展

阐述了SRAP标记的基本原理和特点,就其在多种作物种质资源的鉴定评价、遗传图谱构建、重要性状标记和基因分离克隆等方面的应用进行论述,并对其应用前景做了展望。     

应用SRAP分子标记构建茄子遗传图谱初探

利用SRAP(Sequence-related Amplified Polymorphism)分子标记技术构建茄子分子遗传连锁图,作图群体为255-4-4 (Solanum melongena L.subsp.ovigerum Salis )与巴-3 ( S.melongena L.subsp.melongena ) 杂交产生的118个F2单株.从88对引物中筛选多态性较好的33对引物组合进行群体检测,多态性频率为37.5 %,共检测到40个多态性位点,平均每个引物组合产生1.21个多态性条带.对40个标记用Mapmanager构建连锁群,将24个SRAP标记位点进入4个连锁群,总长度为381.3 cM,标记位点间的平均距离为19.1 cM.     

不同粒型水稻品种遗传差异的SRAP分子标记分析

研究利用SRAP标记方法对13种长粒水稻和9种短粒水稻材料进行遗传差异分析,以探讨不同粒型水稻品种的遗传差异。结果表明:共扩增了Me1~Me15和Em1~Em20两两配对形成的300对引物,其中带型清晰、有4条带以上的引物161对;161对引物组合共产生1 512条扩增带,1 244条呈多态性,多态性条带比率平均为81.9%,说明品种间存在着较丰富的遗传多态性。聚类分析结果显示,在遗传距离0.66处,可将供试材料分为3大类群。     

沙田柚与枸橼CO5杂交后代的形态学与SRAP标记鉴定

以沙田柚为母本,枸橼CO5为父本进行杂交,采用形态学与SRAP分子标记方法对杂交后代2年生幼苗进行早期鉴定。结果表明,形态学鉴定可将286株F1代幼苗分为偏父本型51株、偏母本型23株和中间型212株,SRAP标记鉴定可将F1代幼苗分为偏母本型23株和中间型263株。286株杂交幼苗中有235株的SRAP标记鉴定与形态学鉴定的分组结果一致。     

基于SRAP分子标记的贵州5种忍冬属药用植物遗传多样性分析

[目的]分析贵州5种忍冬属药用植物的遗传多样性,为忍冬属药用植物鉴定、良种筛选及开发利用提供理论依据.[方法]采集贵州6份忍冬属药用植物材料的嫩芽为试验材料,采用SRAP分子标记研究其遗传多样性,并利用NTSYS-pc2.1计算各材料间的遗传相似系数,利用UPGMA进行聚类分析.[结果]从154对SRAP引物组合中筛选出15对重复性好、条带清晰、多态性丰富,且扩增条带(100~1000 bp)数目≥5的引物组合.15对SRAP引物共扩增出197条带,其中178条为多态性条带,多态性条带比率为90.36%,平均每对引物扩增11.87条多态性条带.引物组合Me8-Em10扩增的多态性条带数最多(16条);引物组合Me2-Em2扩增的多态性条带最少(8条);引物组合Me4-Em2扩增条带数为15条,均为多态性条带,但从5种忍冬属药用植物的扩增条带数不同.聚类分析结果显示,6份忍冬属药用植物材料间遗传相似系数为0.4213~0.8477,平均0.5672;其中,野生忍冬与栽培忍冬间遗传相似系数最大(0.8477),二者亲缘关系最近,灰毡毛忍冬与野生忍冬遗传相似系数最小(0.4213),二者亲缘关系最远.在遗传相似系数0.4873处,6份忍冬属药用植物分为两大类,第Ⅰ类包括灰毡毛忍冬、红腺忍冬和黄褐毛忍冬,均为山银花的基源植物;第Ⅱ类包括野生忍冬、栽培忍冬和红白忍冬,均为金银花的基源植物.[结论]贵州5种忍冬属药用植物具有丰富的遗传多样性,SRAP分子标记能有效分析其遗传多样性及亲缘关系,其引物组合Me4-Em2可用于鉴别5种忍冬属药用植物.     

SRAP分子标记对10个马铃薯品种种薯的亲缘关系分析

为了解马铃薯品种种薯的亲缘关系,利用SRAP分子标记技术对贵州省生产种植的10个马铃薯品种32份种薯材料的遗传多样性及纯度进行了分析.结果表明,13对引物扩增出的148条带中33条呈多态,多态性比率为22.2%.在遗传相似系数0.742处分为3个类群,同一品种间等级不同种薯的遗传背景很近,趋向于聚在一起.     

基于SRAP标记的不同产区黄精的遗传多样性

【目的】研究不同产区黄精Polygonatum spp.的遗传多样性,为其资源保护及品种选育提供更多理论依据。【方法】使用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,分析来自华东(浙江、福建、安徽、江西)、西北(河北、陕西)、华中(湖南)、西南(四川、贵州、云南)等4个居群的47份黄精种质资源的遗传多样性。【结果】对88对SRAP引物进行筛选,有7对可用于黄精种质资源的SRAP-PCR分析,共得到159条扩增条带,其中多态性条带140条。物种水平上,多态性比率为88.05%,有效等位基因数(Ne)为1.600 6,Nei’s基因多样性指数(H)为0.204 1,Shannon信息指数(I)为0.308 0;居群水平上,多态性比率为42.14%～86.16%,H和I分别为0.188 1～0.259 1和0.238 2～0.399 4;4个居群的基因分化系数(Gst)为0.194 1,表明有80.59%的遗传变异在种群内进行,基因流(Nm)为2.075 4,表明居群间存在一定的基因流动;从非加权组平均法(UPGMA)聚类结果可知：当相似系数为0.66时,47份样品分成4组,Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ类的均...     

海巴戟DNA提取方法及SRAP分子标记聚类分析

应用SRAP分子标记技术开展海巴戟(Morinda citrifolia Linn,又名Noni)种质资源遗传多样性研究。结果表明,采用改良DNA提取方法能获得质量好,纯度高的海巴戟DNA。应用12对引物对78份海巴戟种质的SRAP分子标记扩增,共获得11 154条带,其中多态性条带有3 792条,多态性为33.99%,种质间具有很好的多态性。聚类分析结果表明,遗传距离为0.66时,78份海巴戟种质可归为2类,即海南本地种和西沙群岛种聚为一类,其余种质则聚为另一类;以0.86为阈值,78份海巴戟种质材料可聚为6类,从上至下依次是:万维2号种、新加坡种、大溪地种、万维1号种、海南本地种、西沙群岛种。其中,大溪地种和万维1号种的相似度较高,可以推断这2个种质亲缘关系较近,新加坡种与万维2号种的亲缘关系次之。     

SRAP分子标记在棉花遗传育种中的应用

SRAP(Sequence-related Amplified Polymorphism)是1项基于PCR技术的新型分子标记技术,具有操作简便、稳定、高效、高共显性、便于测序目标片断等特点。介绍了SRAP分子标记技术的原理和特点,并综述其在棉花遗传连锁图谱的构建、遗传多样性分析、基因定位等方面的研究进展和应用前景。     

基于形态标记与SRAP标记的莱豆种质资源遗传多样性分析

【目的】探明莱豆种质资源遗传多样性和亲缘关系,为莱豆种质资源优良基因深度发掘和新品种选育提供科学依据。【方法】利用形态标记和SRAP分子标记两种方法对22份莱豆资源的26个数量性状和18个质量性状进行测定、分析。【结果】筛选出的28对SRAP引物扩增多态性条带158条,平均多态性比率为77.75%。两种标记方法聚类结果显示,根据莱豆荚果大小可以将22份莱豆资源分为三大类群体。其中,“上横山10-2-6”和“下横山10-3-3”亲缘关系较近,推测可能存在频繁的基因交流。【结论】22份莱豆资源遗传多样性丰富,形态标记和SRAP分子标记两种聚类方法基本支持根据荚果大小划分莱豆资源,为莱豆种质资源的创新利用奠定基础。     

相关序列扩增多态性(SRAP)一种新的分子标记技术

SRAP是一种新的DNA分子标记,具有简便、稳定、中等产率和容易得到选择条带序列的特点。SRAP是一种基于PCR技术的新的分子标记技术,其利用独特的引物设计对ORFs进行扩增,上游引物长17bp,对外显子进行特异扩增,下游引物长18bp,对内含子区域、启动子区域进行特异扩增,因个体不同以及物种的内含子、启动子与间隔长度不等而产生多态性。扩增产物用变性的聚丙烯酰胺凝胶分离,然后用放射自显影检测。本文在阐述SRAP的原理和流程后,详细论述了SRAP标记目前在植物遗传图谱构建、遗传多样性、基因定位、比较基因组学、杂种优势预测等方面的研究进展及应用前景。     

运用SRAP分子标记对胡麻杂交种纯度的鉴定研究

以胡麻杂交种陇杂1号、陇杂2号及其父母本自交系为试材,从9对引物中筛选出2对M10/E3和M2/E5分别进行SRAP分析。结果表明,在陇杂1号母本1S和父本873中均能扩增出至少1条特征带。陇杂1号与父母本相比均有差异带,陇杂2号中产生双亲互补带型。这2对引物均可应用于陇杂1号和陇杂2号的纯度鉴定。     

利用AFLP和SRAP标记分析19株毛木耳的遗传多样性

利用AFLP和SRAP标记对19株毛木耳进行遗传多样性分析。12对AFLP引物扩增得到624条片段,14对SRAP引物扩增得到459条片段,采用聚类分析都供试材料被分为4个群。结果表明,AFLP和SRAP标记均适合毛木耳遗传多样性分析,而SRAP标记较AFLP标记简便,更适于大规模的遗传多样性分析。     

基于SRAP分子标记的春大豆杂交种核心亲本杂种优势群划分

为明确杂交大豆核心亲本的遗传多样性特点及群体结构特征,以来源中国东北和国外的100份杂交大豆核心亲本为材料,通过SRAP分子标记多态性分析和UPGMA聚类分析等方法进行聚类分析。结果表明:1)SRAP标记共扩增出2 135条条带,其中多态性条带2 130条,多态性位点占比99.76%,每对引物组合扩增出的多态性谱带数为137~204条,平均为178条,引物的多态性信息含量范围在0.074 0~0.153 7,平均值为0.125 7;2)根据遗传相似系数于0.450 0处划分为2个类群,在遗传相似系数0.460 0处将类群Ⅰ划分2个亚群,又在遗传相似系数0.480 0处将类群Ⅱ划分2个亚群,并将主要来源于中国东北的保持系材料划分为类群Ⅰ,主要来源于美国的恢复系材料划分为类群Ⅱ;3)通过对10个已审定强优势杂交种的13个亲本进行分析发现,杂交种亲本间的遗传相似性多分布在0.329 2~0.637 6;4)通过遗传多样性分析发现,类群I与类群Ⅱ内遗传多样性相似,4个亚群中的亚群Ⅰ-1和Ⅱ-2遗传多样性均大于亚群Ⅰ-2和Ⅱ-1;通过主坐标分析,亲本同样被划分为2个类群,验证了聚类分析的结果。综上,基于SRAP分子标记成功将100份春大豆杂交种核心亲本划分为两大类群;其中,类群Ⅰ的中国东北材料与类群Ⅱ的国外材料之间杂交配制组合存在较强的杂种优势。