利用SSR技术对十七份枸杞材料进行遗传多样性分析及标准指纹图谱构建

以17个枸杞资源为试材,采用简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)技术,研究宁夏枸杞系列品种和其它枸杞种/品种及野生类型的遗传多样性和指纹图谱。结果表明:以15对SSR引物对17份枸杞种质扩增获得109个位点,其中91个多态性位点,多态性比例83.4%;17个种质平均多样性指数H为0.1943,Shannon信息指数I为0.3108;10个宁夏枸杞栽培品种的Nei’s多样性指数H为0.0962,Shannon信息指数I为0.1537;7个野生种质的Nei’s多样性指数H为0.2004,Shannon信息指数I为0.3130,说明非栽培枸杞的多样性比栽培品种的多样性更丰富。以其中4对引物构建了17个枸杞种质的DNA指纹图谱。该研究结果为枸杞品种鉴定、遗传图谱构建等奠定了技术基础。     

167份西瓜种质材料的遗传多样性分析

以来自世界各地的167份西瓜种质资源为材料,利用形态学标记和SSR标记,结合多样性分析、聚类分析和主坐标分析等方法,对其遗传多样性进行了系统全面的研究。结果表明,29个表型性状Shannon多样性指数的变化范围是0.54~2.03,平均值为1.50,其中质量性状平均值为1.16,数量性状为1.71;18个数量性状的变异系数变化范围为16.43%~90.73%,平均值为34.12%。不同地区西瓜种质遗传多样性比较结果显示,非洲地区的种质遗传多样性丰富,亚洲、北美洲次之,南美洲和欧洲的遗传多样性相对较低。同时,利用22对SSR标记对西瓜种质进行了遗传多样性分析,平均每对引物扩增4.86个等位基因,平均有效等位基因数(Ne)是2.20,平均Shannon多样性指数(I)为0.94,平均观测杂合度(Ho)为0.27,平均期望杂合度(He)为0.52,平均多态性信息含量(PIC)为0.45。进一步分别利用表型标记和SSR标记对167份西瓜种质材料进行分类,结果显示SSR标记的稳定性强,能够很好的对种质材料进行分类。     

五十五份小白菜自交系的SSR遗传多样性分析

以55份小白菜自交系为试材,采用SSR分子标记技术对其遗传多样性进行分析,以期为育种中杂交组合的选配及种质创新提供参考依据。结果表明:从分布在10条染色体上的110对引物中筛选出44对稳定的多态性引物,得到105个多态性位点,平均每对引物扩增的条带数为2.4,每条染色体上平均多态性位点为10.5个,遗传距离在0.016 9~0.754 4,平均为0.373 0,参试材料间差异较大;聚类分析将55份材料分为四大类群,其中第Ⅰ大类31份材料,第Ⅱ大类8份材料,第Ⅲ大类5份材料,第Ⅳ大类11份材料。在这些材料中,大多数来源相同的聚为一类,少部分个体分布在不同类群中,可能是由于这些材料在人为与自然选择以及栽培环境的影响下发生了变异。     

枸杞种质遗传多样性SCoT分析

以17份枸杞种质为试材,采用SCoT标记法,分析了17份枸杞种质资源的遗传多样性,以期为枸杞种质资源的深度开发与利用提供参考。结果表明:从42条引物中筛选出7条重复性好、条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出32条条带,其中30条条带具有多态性,多态性比率为93.47%;UPGMA聚类分析显示,17份枸杞种质间遗传相似系数在0.30~1.00,平均相似系数为0.80,在遗传相似系数为0.72时,可将17份枸杞资源分成四大类。表明采用SCoT标记法能够揭示枸杞种质间的遗传多样性。     

普通杏品种SSR遗传多样性分析

利用来自杏、桃和扁桃的25对SSR多态性引物对66个普通杏品种进行了PCR扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3～17之间,平均为11.36。通过NTSYS软件计算得到的Dice相似性系数为0.083～0.987,平均值为0.370,表明中国普通杏种质资源的遗传多样性丰富。UPGMA法聚类将66份材料分为5个组。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与根据地理生态类型对杏种质的分类结果基本一致。来自四川和贵州的多数品种独立聚成一组,表现出与其它品种较远的亲缘关系,该地区可能存在特异性较高的种质资源。证实了扁桃基因组SSR引物可用在杏SSR标记的研究中。     

厚皮甜瓜遗传多样性的SSR分析

采用61对SSR特异引物对46份厚皮甜瓜材料进行分析,其中52对扩增出条带,47对引物具有多样性,扩增带分子量在150～1500bp,187条谱带中154条谱带具有多态性,多态率占82.35%,平均每个引物可扩增出3.60条带。同时,对材料网纹、果形、单果质量、有无条带、果皮颜色、果肉颜色、肉质、种子、有无麝香味、裂叶、是否自落和花性型等12个性状进行了田间调查,经过phylip软件和NTSYS软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记和性状2个聚类图。结果显示,46份材料的遗传距离在0.0188～1.2119,而单一性状气味、果皮颜色、果肉颜色和表面网纹的遗传距离都小于0.1,十分接近;2种聚类分析结果存在较大差异,这与供试材料的亲缘关系十分复杂,大部分材料来源相近,具有相同的亲本,和回交亲本存在一定关系。     

基于SSR标记的暗褐网柄牛肝菌遗传多样性分析

以33份暗褐网柄牛肝菌样品为试材,采用SSR标记技术,对其遗传多样性进行研究,以期为暗褐网柄牛肝菌商业菌株鉴定奠定基础。结果表明:15个SSR标记中有5个标记在供试样品中表现出多态性,每个标记检测到2~6个等位基因,平均3.20个,Shannon′s信息指数平均值0.76,多态性信息含量平均值0.43。聚类分析结果显示,在相似系数为0.99时,供试材料可被分为11个类群,对应11种多位点分子表型,与样品的来源有较好的对应关系。根据多位点分子表型构建了供试材料的SSR指纹图谱。     

不同生态类型西瓜种质资源遗传多样性的SSR分析

采用SSR分子标记技术对96份不同生态型西瓜种质资源的遗传多样性进行研究。从398对引物中筛选出38对扩增条带清晰、多态性高的引物分析供试材料,共得到7043条清晰可辨条带,其中多态性条带826条,占11.7%。平均每对引物对96份材料扩增出185.34条带,其中21.74条具有多态性。96份材料间的相似系数为0.42～0.99。聚类分析结果表明,野生西瓜与栽培西瓜的亲缘关系较远。在栽培品种内华北生态型、华南生态型和西北生态型西瓜的亲缘关系较近,说明我国西瓜种质资源同源性较高,遗传基础狭窄,有必要引入更多种质资源以拓宽西瓜育种背景。     

新疆野生啤酒花遗传多样性的形态和SSR比较分析

采用SSR分子标记、结合形态指标对新疆野生啤酒花资源的遗传多样性进行了研究.结果表明:新疆野生啤酒花产量分别与百花重、单蔓果穗数和最长节间长3个性状呈极显著正相关;与单果穗重、主蔓长、果穗长3个性状呈显著正相关;以上6个性状具有相同的变化趋势,是影响新疆野生啤酒花产量的主要因素.根据形态学指标聚类分析,将材料分为三大类.在分子标记中,从7对引物中选出3对反应稳定、具有多态性的引物用于群体遗传多样性检测分析,得出7个居群的平均遗传多样性是A为1.5000,Ne为1.2910,h为0.1741,1为0.2597.7个居群的遗传距离在0.0197～0.3152.利用UPGMA法对7个居群间的遗传关系进行了聚类分析,分为两大类,可见新疆野生啤酒花遗传多态性较为丰富.形态学指标和遗传多样性指标的相关分析表明:全生育期、果穗结实率、叶分裂类型、叶主裂数、叶长、主蔓果穗数与遗传多样性指标具有一定的相关性.     

新疆野牛啤酒花遗传多样性的形态和SSR比较分析

采用SSR分子标记、结合形态指标对新疆野生啤酒花资源的遗传多样性进行了研究。结果表明：新疆野生啤酒花产量分别与百花重、单蔓果穗数和最长节间长3个性状呈极显著正相关;与单果稳重、主蔓长、果穗长3个性状呈显著正相关;以上6个性状具有相同的变化趋势,是影响新疆野生啤酒花产量的主要因素。根据形态学指标聚类分析,将材料分为三大类。在分子标记中,从7对引物中选出3对反应稳定、具有多态性的引物用于群体遗传多样性检测分析,得出7个居群的平均遗传多样性是A为1．5000,Ne为1．2910,h为0．1741,I为0．2597。7个居群的遗传距离在0．0197-0．3152。利用UPGMA法对7个居群间的遗传关系进行了聚类分析,分为两大类,可见新疆野生啤酒花遗传多态性较为丰富。形态学指标和遗传多样性指标的相关分析表明：全生育期、果穗结实率、叶分裂类型、叶主裂数、叶长、主蔓果穗数与遗传多样性指标具有一定的相关性。     

樱桃主栽品种的遗传多样性分析

利用24对SSR引物对30个樱桃主栽品种进行遗传多样性分析, 以了解樱桃产区的资源多样性状况, 为种质资源的开发和利用提供帮助。结果表明: 樱桃产区具有丰富的遗传变异。SSR的遗传多样性指数的分布范围为1.3647～2.9964, Simp son指数分布范围为0.6111～0.9326。30个品种的分子数据聚类结果均呈现一定的地理分布规律。根据系统聚类分析将30个樱桃品种分为两大类: 欧洲甜樱桃和中国樱桃, 与传统分类学的结果相符。同时在两大类内又将品种进行细分, 第Ⅰ类分为3组, 第Ⅱ类分为2组,其结果与地理分布有一定的相关性, 能够反映樱桃的遗传特点及区域特性。     

甜瓜种质资源遗传多样性的SSR 分析

利用SSR 分子标记技术对72 份甜瓜种质资源及育种材料进行DNA 指纹分类及亲缘关系研
究,20 对SSR 引物共扩增产生76 个多态性位点,平均每对引物产生3.8 个多态性位点。聚类结果将72 份
甜瓜种质资源分为7 个类群,其中类群I 包括新疆本地资源及几乎全部自育甜瓜种质资源64 份材料,这
说明本试验所选用的新疆厚皮甜瓜种质资源遗传背景比较狭窄。     

宁夏枸杞果内生真菌多样性及其分布

以枸杞为试材,采用组织匀浆法从不同生长期的枸杞果中分离内生真菌,根据培养性状、菌落、孢子等的形态特征和rDNA-ITS序列分析,对分离菌株进行鉴定;根据枸杞果内生真菌的定殖率、相对频率、物种多样性指数、丰富度指数和相似性系数分析其组成特点。结果表明:从枸杞果中分离得到29株内生真菌,这些菌株分属于链格孢属(Alternaria)、枝顶孢属(Acremonium)、帚枝霉属(Sarocladium)、亚隔孢壳属(Didymella)、派伦霉属(Peyronellaea)、茎点霉属(Phoma)和盘二孢属(Marssonia)7个属;其中链格孢属(Alternaria)、枝顶孢属(Acremonium)和帚枝霉属(Sarocladium)为优势属,分别占总菌株数的31.0%、27.6%和27.6%;成熟期枸杞果内生真菌物种多样性指数最大,幼果期枸杞果内生真菌物种多样性指数最小。枸杞果内含有丰富的内生真菌资源,成熟期枸杞果内生真菌多样性指数和丰富度指数远远高于幼果期和变色期。     

宁夏枸杞内生真菌的分离及多样性分析

以枸杞为试材,采用组织分离法从不同品种、不同部位的枸杞组织中进行内生真菌的分离,根据培养性状、菌落、孢子等的形态特征和rDNA-ITS序列分析对分离菌株进行鉴定;根据枸杞内生真菌的相对频率、物种多样性指数、丰富度指数和相似性系数分析其组成特点。结果表明:21份枸杞样品中共分离得到363株内生真菌,这些菌株分属于链格孢属(Alternaria)、曲霉属(Aspergillus)、双极霉属(Bipolaris)、毛壳菌属(Chaetomium)、枝孢属(Cladosporium)、镰刀菌属(Fusarium)、青霉菌属(Penicillium)、光黑壳属(Preussia)、裂壳菌属(Schizothecium)、粪壳菌属(Sordaria)、戴氏霉属(Taifanglania)、梭孢壳属(Thielavia)、火丝菌属(Tricharina)和炭角菌属(Xylaria)14个属,其中链格孢属(Alternaria)、梭孢壳属(Thielavia)和曲霉属(Aspeirgllus)为优势属,分别占分离菌数的46%、14%和13%。枸杞植株各器官都有内生真菌分布,其中,茎部内生真菌多样性指数最大,为0.86,且果与茎部的相似性系数最大。不同枸杞品种间内生真菌分布存在差异,"宁杞1号""宁杞2号"内生真菌多样性指数和丰富度指数远远高于黄果枸杞和黑果枸杞。内生真菌群落组成的相似性结果表明,部分内生真菌具有一定的宿主和组织偏好性。枸杞体内含有丰富的内生真菌资源,其内生真菌具有很高的宿主特异性,而且其分布受生境影响。     

西双版纳黄瓜群体遗传多样性的SSR分析

 西双版纳黄瓜(Cucumis sativus L.var.xishuangbannanesis Qi et Yuan) 是我国特有的黄瓜变种。以20世纪70年代末收集的30份西双版纳黄瓜种质273个样本为研究对象, 利用SSR技术从群体水平分析其遗传多样性。273个样本的多态位点百分率、Nei's基因多样性指数(H) 和Shannon信息指数(I)分别为92.86%、0.1818和0.2972。比较30份种质的遗传多样性指标, 显示种质间遗传变异54.06% , 种质内遗传变异45.94%。17号种质的遗传多样性最高(H = 0.1376, I = 0.2032, 多态位点百分率37.21% ) 。聚类分析结果显示, 大多数种质的分组与瓜皮色和瓜肉色基本一致。按不同来源地将种质分为5个群体,其中景洪群体的遗传多样性最高, 其多态位点百分率、H值和I值分别为76.19%、0.1562和0.2516。群体间遗传一致度在0.9071～0.9889之间。聚类分析结果显示不同来源地的西双版纳黄瓜在遗传组成上存在差异。群体遗传分化系数和基因流分别为0.2201和1.7718, 表明西双版纳黄瓜群体间基因分化不明显, 基因交流基本顺畅。     

利用nrDNAITS探讨雄性不育“YX-1”与宁夏枸杞的亲缘关系

采用改进CTAB法提取枸杞叶片DNA,利用合成的特异引物对其DNA中nrDNA ITS区进行扩增、克隆,对目的片段测序分析.利用nrDNA ITS(核核糖体DNA基因内转录间隔区)序列,探讨枸杞雄性不育材料"YX-1"与其它7份宁夏枸杞材料的亲缘关系.结果表明:首次测序得到了枸杞雄性不育材料和其它7份枸杞种质的nrDNA ITS区碱基序列,整个ITS序列长度变异范围为559～633 bp,平均为612 bp,初步从基于ITS序列得出的NJ聚类图可以判断枸杞雄性不育"YX-1"在DNA水平与其他7个枸杞品种存在差异,其与四倍体88024亲缘关系较近.基于nrDNA ITS区序列分析可作为探讨枸杞雄性不育材料"YX-1"亲缘关系的一种新方法.     

基于SSR 标记的四川野生中国樱桃遗传多样性和居群遗传结构分析

 采用SSR 分子标记技术对四川野生中国樱桃5 个居群共133 株的遗传多样性水平及居群的 遗传结构进行了研究。结果显示：10 对SSR 引物共检测到78 个等位基因,平均每位点等位基因7.8 个。 Nei’s 基因多样性指数（H）为0.6112 ~ 0.6689,Shannon’s 信息指数（I）为1.1984 ~ 1.3786。基于分子方 差分析（AMOVA）,92.53%的变异来自居群内,7.47%的遗传变异来自于居群间。居群间遗传距离（GD < 0.2416）、遗传一致度（GI > 0.7854）、遗传分化指数（Fst = 0.0844）以及较强的基因流（Nm = 2.7125）均 表明居群间的遗传分化水平较低,居群内存在显著近交现象（Fis = 0.3986）,且居群在大多数位点上偏离 Hardy-Weinberg 平衡。基于上述结果,分析讨论了居群较高遗传多样性和居群间较低遗传分化形成的可能 原因,并提出野生中国樱桃的保护利用策略。