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相似文献
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1.
大豆GmNAC115基因克隆及特征分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
NAC转录因子在植物发育和逆境应答中具有重要的作用。本研究从大豆中克隆了1个NAC基因GmNAC115。该基因c DNA全长1 383 bp,开放阅读框长912 bp,编码303个氨基酸,预测分子量约为34.278 k D,p I8.37。推测的氨基酸序列中含有1个高度保守的NAM结构域。Gm NAC115基因组包含3个外显子和2个内含子。进化树分析发现Gm NAC115和Pv NAC为1个分支。转录活性分析结果表明,Gm NAC115转录因子具有转录激活功能。SDSPAGE电泳分析表明,p ET-28a-Gm NAC115最佳诱导表达条件为在37℃下1.0 mmol·L-1IPTG诱导2 h。组织特异性表达模式分析表明在检测的所有组织中Gm NAC115都有表达,在根中表达量最高,在种子中表达量最低。  相似文献   

2.
△~1-吡咯琳-5-羧酸合成酶是植物脯氨酸合成过程的关键酶.应用同源性克隆结合RACE技术获得甘蔗PSCS基因cDNA全长序列2714bp,其中5'端非编码区为226bp,3'端非编码区340bp,poly(A)上游有1个聚腺苷酸五碱基AATAAA;开放读码框为2 148 bp编码715个氨基酸,含双功能域;其编码的蛋白分子量为77.7 ku,等电点为6.47.序列比对分析结果表明,P5CS基因的4个主要功能区(domain)中亮氨酸功能区(Leucine domain)相对不保守,其它功能区均较为保守.对17个物种的P5CS基因进行聚类分析,结果与公认的生物学分类及进化关系吻合.对甘蔗P5CS在根、茎、叶的表达进行实时PCR分析,结果表明,该基因在茎、叶表达量相近,但在根的表达量极低.  相似文献   

3.
从大豆品种天隆1号的叶片中克隆Gm Nup96基因的c DNA序列,对其编码的氨基酸序列、蛋白质理化性质、一级结构、二级结构、亚细胞定位等进行了生物信息学分析。结果表明:Gm Nup96基因编码1 022个氨基酸,为具有一定亲水能力的酸性蛋白,不具有信号肽,相对分子量为116.199 7 k Da;二级结构预测结果显示,Gm Nup96序列存在α-螺旋(46.87%)、无规则卷曲(26.32%)、延伸链(17.03%)和β-转角(9.78%),并无其它二级结构;系统进化树分析表明,大豆Gm Nup96基因与野生大豆、芸豆、绿豆、红小豆之间的亲缘关系更近。  相似文献   

4.
根据香蕉根系均一化全长cDNA文库筛选出一个香蕉泛素结合酶基因的片段通过RACE技术克隆该基因,命名为mauce2.生物信息学分析表明,该基因全长为929 bp,有一个完整的ORF编码148个氨基酸,蛋白分子量为16 505.1 ku,理论等电点为8.41,是一个碱性氨基酸.与江南卷柏、大豆、苹果、拟南芥的同源性为97.97%、97.30%、96.62%、95.95%.器官特异性表达分析表明,该基因在各器官中均有表达,在花中表达量最高,根次之,叶中表达量最低.  相似文献   

5.
通过同源检索得到大豆橙花叔醇合酶(nerolidol synthase,Gm NES)基因Glyma13g32380,采用RT-PCR方法从经水杨酸(SA)处理的大豆材料中,克隆到c DNA片段,其包括完整的ORF(1 605bp)。共编码534个氨基酸,蛋白分子量约62.338 k D。该蛋白序列与番茄等植物的NES序列同源性较高,包含DDXXD保守结构域。将该ORF构建入p ET28a表达载体,在大肠杆菌BL21(DE3)中表达为可溶性蛋白。通过与法尼基焦磷酸合酶基因在大肠杆菌中进行微生物代谢工程共表达,气质联用检测到橙花叔醇的生成。同时还检测到SA模拟生物胁迫处理诱导大豆叶片产生橙花叔醇,并且在1.0 mmol/L SA处理下,Gm NES基因表达量明显上调。本研究克隆了大豆橙花叔醇合酶基因,并鉴定了其生化功能及其在植物体内的生理相关性,为研究大豆萜类代谢及对病虫害的防御反应和抗性品种选育提供了理论依据。  相似文献   

6.
以茶树叶片为材料,结合同源克隆方法和RACE技术,克隆了1条UFGT基因,命名为CsUFGT。该基因cDNA全长为1526bp,ORF长1380bp,编码459个氨基酸,推测等电点5.96,推测分子量为49.486kDa。该基因编码的蛋白质与葡萄UFGT(P51094.2)的一致性为59%,相似性为75%,其C-端含有植物UGT家族成员特有PSPG基序。荧光实时定量PCR分析表明,该基因在茶树根茎叶中均表达,在第4叶表达量最高,根和茎中表达量较低。  相似文献   

7.
根据栽培大豆(Glycine max)△′-吡咯琳-5-羧酸合成酶基因的全长序列设计引物,通过RT-PCR直接扩增的方法从野生大豆中克隆到了野生大豆(Glycine soja)的同源基因,命名为GsP5CS。GsP5CS最大开放阅读框为2148bp,编码含有716个氨基酸残基、分子量为77.9kDa的蛋白,预测等电点6.21。亲疏水性分析显示,GsP5CS含有连续的亲水片断。序列分析显示,GsP5CS与栽培大豆(Glycine max)、飞蛾豆(Vigna aconitifolia)、蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)、紫花苜蓿(Medicago sativa)、甘蓝型油菜(Brassica napus)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)、普通小麦(Triticum aestivum)等植物的△′-吡咯琳-5-羧酸合成酶基因高度同源,序列相似性分别为94%、87%、87%、86%;75%、74%、72%。根据野生大豆与这8种植物的P5CS基因序列相似性所建立的进化树,显示与传统的分类地位基本一致。  相似文献   

8.
根据栽培大豆(Glycine max)△'-吡咯琳-5-羧酸合成酶基因的全长序列设计引物,通过RT-PCR直接扩增的方法从野生大豆中克隆到了野生大豆(Glycine soja)的同源基因,命名为GsP5CS.GsP5CS最大开放阅读框为2148bp,编码含有716个氨基酸残基、分子量为77.9 kDa的蛋白,预测等电点6.21.亲疏水性分析显示,GsP5CS含有连续的亲水片断.序列分析显示,GsP5CS与栽培大豆(Glycine max)、飞蛾豆(Vigna aconitifolia)、蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)、紫花苜蓿(Medicago sativa)、甘蓝型油菜(Brassica napus)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sati-va)、普通小麦(Triticum aestivum)等植物的△'-吡咯琳-5-羧酸合成酶基因高度同源,序列相似性分别为94%、87%、87%、86%;75%、74%、72%.根据野生大豆与这8种植物的P5CS基因序列相似性所建立的进化树,显示与传统的分类地位基本一致.  相似文献   

9.
AP2/ERF转录因子家族中DREB亚族的A-1亚组基因对植物耐寒性具有显著的调控作用。本研究通过同源克隆的方法在甜菊中获得2个A-1亚组基因,分别命名为SrDREB1A1和SrDREB1A2(NCBI基因登录号分别为MK163640和MK163641)。SrDREB1A1 ORF全长660 bp,编码219个氨基酸残基,预测的蛋白分子量为24.58 kDa,等电点为5.42。SrDREB1A2 ORF全长630 bp,编码209个氨基酸残基,预测的蛋白分子量和等电点分别为23.21 kDa和5.41。进化树分析发现,SrDREB1A1和SrDREB1A2分别与紫茎泽兰的AaCBF及菊花的DgDREB1A亲缘关系最近,序列分析发现二者都具有一个典型的AP2结构域。进一步对蛋白功能研究发现,SrDREB1A1和SrDREB1A2都定位在细胞核并且具有转录激活活性。本研究将通过转基因手段为提高甜菊的耐寒性提供重要的基因资源。  相似文献   

10.
从大豆叶片中分离到Gm Sbh1基因c DNA的完整开放阅读框(ORF)序列,对其编码的氨基酸序列、蛋白质一级、二级结构及互作蛋白等进行了生物信息学分析。结果表明:在Gm Sbh1基因c DNA序列的第156~1 293 bp处有一个完整的ORF,编码379个氨基酸;Gm Sbh1具有同源异型盒(homeoboxbox,HB)基因家族典型的KNOX1、KNOX2、ELK和Homeodomain(HD)结构域;检索到18条与Gm Sbh1核酸序列一致性大于80%的序列;Gm SBH1为亲水性蛋白,不具有信号肽,分子量为42.37 k Da,其中丝氨酸(Ser)、天冬氨酸(Asn)和亮氨酸(Leu)分别为占10%、9.8%和8.4%,可能发生磷酸化的位点分别在Ser(13个)、酪氨酸(Tyr)(2个)和苏氨酸(Thr)(1个)上;二级结构预测结果显示,Gm SBH1序列存在α-螺旋(占39.31%)、β-转角(占5.28%)、延伸链(占8.44%)和无规则卷曲(占46.97%),不存在跨膜螺旋;蛋白互作预测表明,Gm SBH1与拟南芥中的RPL、BEL1、AT4G32980.1-P、BLH2和BLH3等蛋白的互作程度较高,其中与BEL1共表达的几率较高。  相似文献   

11.
从香蕉中克隆了1个乙烯响应因子(ERF)Ma ERF-1。序列分析表明,该基因存在1个完整的开放阅读框(ORF)729 bp,编码243个氨基酸。多序列比对和进化树分析表明,Ma ERF-1所编码的蛋白与其他植物中ERF编码的蛋白具有较高的一致性。其中与马来西亚野生香蕉同源性最高达98%,与油棕、菠萝、海枣、葡萄、荷花、烟草的Ma ERF编码的氨基酸序列的同源性分别为65%、60%、59%、54%、53%、51%。Ma ERF-1编码的蛋白质分子量为26 139.03 u,理论等电点p I为7.81,其亲水性氨基酸均匀分布在整个肽链中,多于疏水性氨基酸。通过PCR和酶切反应鉴定成功构建该基因的表达载体。  相似文献   

12.
通过在大豆基因组数据库中检索拟南芥At ABCG40在大豆中的同源基因,获得了Gm ABCG40基因序列。通过对Gm ABCG40基因编码的氨基酸序列及启动子序列进行生物信息学分析,结果表明:Gm ABCG40基因CDS序列全长4 284 bp,编码1 427个氨基酸。Gm ABCG40编码的蛋白为疏水性蛋白,具有多个N-糖基化位点、激酶磷酸化位点、N-豆蔻酰化位点、2个ATP/GTP结合位点基序A和1个速激肽家族信号。结构域分析表明Gm ABCG40含有2个核苷酸结合域与2个跨膜结构域,形成NBD1-TMD1-NBD2-TMD2结构,属于ABCG亚家族的成员。Gm ABCG40预测的启动子区域含有与激素、胁迫、光应答、胚乳表达和转录因子结合相关的顺式作用元件。系统进化分析表明Gm ABCG40与菜豆、红豆、木豆、百脉根等豆科植物亲缘关系较近。组织特异性表达分析结果显示Gm DABCG40在叶片中表达量最低,在根中表达量最高,推测其可能参与根中ABA的转运过程。  相似文献   

13.
通过对大豆(Glycine max)油体钙蛋白(caleosin)基因GmPM13的克隆及原核表达,为今后利用基因工程方法检测转GmPM13基因提供抗体。运用RT-PCR技术克隆得到大豆油体钙蛋白GmPM13基因,构建原核表达载体,命名为p ET-28a-pm13。并转化到Ecdi和Rosetta中,经异丙基硫代半乳糖苷(IPTG)诱导后,SDS-PAGE分析GmPM13蛋白的表达情况。大豆GmPM13基因全长c DNA序列为738 bp,包括一个720 bp的开放阅读框,编码239个氨基酸,油体钙蛋白的分子量为27.1 k Da,诱导表达产物的大小与预计蛋白大小相符。在28℃,1.5 mol·L~(-1)IPTG浓度下,诱导12 h蛋白的表达量最高,占总蛋白的39.25%。  相似文献   

14.
为了寻找大豆抗病新基因,培育大豆新型抗性品种,利用同源克隆的方法从大豆品种科丰1号中分离出1个新的GmRDR1基因,并对其进行序列分析,组织表达、抗逆境胁迫表达分析及该基因的亚细胞定位研究。结果表明:GmRDR1基因位于大豆基因组的第2号染色体,基因全长为3 956 bp,其中ORF为3 378 bp,编码1 125个氨基酸,相对分子量和等电点分别为279.72×103和4.63;GmRDR1含有RDRs家族的保守序列"DLDGD";该基因在所有被检测组织中均表达,并且在叶中的表达量最高;荧光定量结果发现:在大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)处理下,GmRDR1在抗病材料科丰1号中的表达量显著高于感病材料南农1138-2。盐及干旱胁迫下,48 h之内,该基因的表达量明显升高,SA诱导条件下该基因在6 h出现了早期响应,冷害处理下24 h表达量出现了突然的升高。GmRDR1基因的亚细胞定位结果表明:该基因所编码的蛋白定位在细胞核里。根据以上结果判定GmRDR1基因参与了大豆对SMV的抗性反应,并且能够强烈响应盐和干旱的胁迫,因此该基因在大豆抗逆分子育种中具有较好的应用价值。  相似文献   

15.
CYP303A1基因是细胞色素P450(简称P450)家族成员之一,它在昆虫药物代谢解毒过程中发挥重要作用.本研究通过RT-PCR方法克隆了茶小绿叶蝉Empoasca flavescens CYP303A1基因编码区ORF,并通过生物信息学软件和在线网站对该基因编码蛋白的理化性质、系统进化树、氨基酸多重序列比对、三级结构及功能域进行了分析.结果表明,CYP303A1基因含有1503 bp开放阅读框,编码500个氨基酸,分子量为57.42kDa,理论等电点为8.56.系统进化树分析结果表明,CYP303A1基因与同翅目的烟粉虱Bemisia tabaci亲缘关系最近,与膜翅目的榕小蜂Ceratosolen solmsi亲缘关系最远.氨基酸系列比对结果表明,CYP303A1基因与其他物种昆虫CYP303A1的保守性较差.三级结构及功能域分析结果表明,该蛋白以β折叠为主,功能域由一信号肽和p450蛋白域(Pfam:p450)组成.该研究明确了茶小绿叶蝉CYP303A1的核苷酸序列及编码蛋白特征.  相似文献   

16.
脯氨酸在植物适应逆境胁迫中起重要作用,脯氨酸合成酶(Proline synthetase)是脯氨酸合成代谢的关键酶,深入研究编码该酶的基因,对了解逆境下脯氨酸积累的分子机理、提高其抗逆性意义重大。本研究采用RT-PCR技术从甜菜中克隆了△1-吡咯啉-5-羧酸合成酶(P5CS)基因,利用生物信息学方法对序列进行了比对及其理化特性、结构域分析,该基因ORF为2 151 bp,编码由716个氨基酸组成的蛋白。序列已提交到GENBANK(ID:KY019201)。采用实时荧光定量PCR技术测定不同时间高盐(300 mmol/L NaCl)胁迫下对甜菜幼苗叶片P5CS基因相对表达量的影响,结果表明:随着处理时间的延长,幼苗受胁迫程度加深,P5CS基因的表达上调明显,进一步说明该基因响应逆境胁迫,本研究为今后深入研究提供了依据。  相似文献   

17.
溶血磷脂酸酰基转移酶在植物油脂合成途径中具有重要的作用.本研究通过构建花生种子全长cDNA文库,结合大规模EST测序和RACE克隆等方法,从花生中克隆得到了三个LPAT基因,分别命名为AhLPAT2,AhLPAT4和AhLPAT5.其中AhLPA72全长为1626bp,ORF为1164bp,理论分子量为43.2 kD,理论等电点为9.42;AhLPAT4全长为1618bp,ORF为1152bp,理论分子量为43.9 kD,理论等电点为9.23;AhLPA T5全长为1911bp,ORF为1137bp,理论分子量为43.7 kD,理论等电点为8.99.它们推导的氨基酸序列与拟南芥的同源性依次为78%,65%和65%;与大豆的同源性分别是82%,80%和82%.将这三个基因在GenBank上注册,注册号分别为JN032677,KC160499,KC160500.  相似文献   

18.
从玉米中克隆ZmEDS1基因的cDNA序列,全长2 164 bp,开放阅读框(Open reading frame,ORF)长1 860 bp,编码619个氨基酸。生物信息学分析表明,该基因编码的蛋白等电点为6.05,分子量为68.74 kDa,内部无信号肽结构,N端有一个酯酶结构域。系统进化树分析表明,玉米ZmEDS1蛋白和高粱EDS1L蛋白的亲缘关系最近,同源性高达94%。采用实时荧光定量PCR分析病毒侵染下该基因在感性材料郑58和抗性材料D863F中的表达模式,在两种材料中,ZmEDS1基因均在病毒侵染48 h的表达量最高,分别达到0 h对照组感、抗材料的1.56、3.47倍,在抗病材料D863F中的表达水平高于感病材料郑58。初步判断,ZmEDS1基因应答病毒的侵染过程,且在感病材料和抗病材料中的响应模式存在差异。  相似文献   

19.
利用同源序列克隆方法从标准偏高糖型甜菜二倍体纯系Ty7中获得氮素诱导甜菜硝酸还原酶基因片段,通过RACE技术克隆基因全长序列;该基因ORF长度2718 bp,编码905个氨基酸,分子量大小为102kD(ExPaSy的分子量分析),等电点为6.12,含有147bp的5'UTR和382 bp的3'UTR,Genbank上的...  相似文献   

20.
通过PCR方法克隆丰水梨PPO基因全长,并将其登录Genebank,登录号JQ861265。基因全长1782 bp,无内含子,编码的PPO属于亲水性蛋白质,无跨膜结构,含有593个氨基酸,分子量约为65.8 k Da,理论等电点为8.4。N端含有一段由47个氨基酸组成的转运肽。去除转运肽的成熟PPO分子量为60.8 k Da,理论等电点为6.69。PPO中含有两个铜离子结合区,主要位于PPO二级结构中的α-螺旋区域中。原核诱导目的蛋白在诱导3~6 h后积累量较大。诱导蛋白(PPO前体和成熟PPO)均能氧化儿茶素形成茶黄素。  相似文献   

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