从江香猪SIM1基因SNPs筛查及生物信息学分析

本研究以从江香猪为研究对象,二元杂交猪(从江香猪×野猪)、外三元杂交猪(杜×长×大)为对照,采用DNA池和直接测序技术对3个群体的SIM1基因7个外显子、部分内含子以及3'非翻译区序列进行多态性检测;利用生物信息学软件预测多态位点对SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构的影响。结果表明,在3个群体的SIM1基因中筛查到12个SNPs,C77T位于第5外显子,T29186C、A29195C位于第9内含子,C63T、C225T位于第10外显子,C107T、A426G、T583C、A586C、A605C、A615C位于第11外显子,G267T位于3'非翻译区。其中C77T、T29186C、A29195C、C63T、C225T、C107T、G267T为同义突变,A426G、T583C、A586C、A605C、A615C为错义突变;5个错义突变分别导致异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val)、亮氨酸(Leu)变为脯氨酸(Pro)、谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala)、谷氨酸(Glu)变为天冬氨酸(Asp)、天冬酰胺(Asn)变为组氨酸(His);根据在线软件预测,突变前后的SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构均会发生改变。     

从江香猪MC4R基因SNP位点遗传性状及关联性分析

试验研究MC4R基因多态性与从江香猪胴体性状的关联性,寻找影响从江香猪胴体性状的数量性状基因座(QTL),为分子标记辅助选择提供依据;利用DNA直接测序技术,对从江香猪MC4R基因的G1577A、G1699A、T1702A位点进行基因分型,采用SHEsis在线软件构建单倍型。在受试群体中,发现MC4R基因的3个SNP位点均有3种基因型,构建4种单倍型,其中H3、H4、H1为主要单倍型,频率分别为42.3%、29.0%、25.7%;最小二乘分析发现,3个SNP位点与肌内脂肪、眼肌面积、背膘厚、皮厚差异性均不显著(P0.05)。在G1577A位点上,GA基因型的肌内脂肪、背膘厚、皮厚指标依次高于GG基因型和AA基因型;而眼肌面积为:GG基因型依次高于GA基因型和AA基因型。对于G1699A位点和T1702A位点,肌内脂肪为:EF基因型EE基因型FF基因型,MN基因型MM基因型NN基因型;眼肌面积、背膘厚、皮厚为:EE基因型EF基因型FF基因型,MM基因型MN基因型NN基因型。可以考虑将GA、EF、MN基因型作为影响从江香猪肌内脂肪的有利基因型,将GG、EE、MM基因型作为影响眼肌面积的有利基因型,将AA、FF、NN基因型作为影响背膘厚和皮厚有利基因型。     

猪CCKAR基因两SNP位点的遗传多态性分析

试验以9个猪品种/品系（5个地方品种：宁乡猪、大围子猪、沙子岭猪、桃源猪、五指山猪;3个外来品种：大白猪、长白猪、杜洛克猪;1个杜长大杂交品系）共计687头猪为研究对象,通过PCR-RFLP方法分析了CCKAR基因+179A/G Hpy8I酶切位点和+471C/G SatI酶切位点的基因频率和基因型频率,并进行了Hardy-Weinberg平衡检验。在所有猪种群体中,CCKAR基因+179A/G Hpy8 I酶切位点和+471C/G Sat I酶切位点均存在较丰富的遗传多态性。在+179A/G Hpy8 I酶切位点中除宁乡猪中没检测到AA基因型个体外,其他品种中都检测到AA、AG、GG 3种基因型个体的分布;而CCKAR基因+471C/G Sat I酶切位点都检测到了CC、CG、GG基因型个体的分布。     

从江香猪

香猪是70年代末期,在贵州都柳江上游与广西壮族自治区接壤地带山区中新发现的一种小型地方猪种,中心产区在贵州从江县的宰便和加鸠两地。产区地处偏僻,交通闭塞,饲料贫乏,饲养管理粗放,当地少数民族有食乳猪的习惯,香猪就是在这种特定的环境条件下,经过长期近交和选育形成了具有“一小二香”和“基因纯化”的特色。     

从江香猪

从江香猪产于贵州省从江县 ,是我国稀有的优良地方微型猪种。 1 982年编入《中国猪种》第二集 ,1 993年被农业部列为二级保护畜种 ,1 999年荣获“99中国国际农业博览会名特优产品”称号 ,2 0 0 0年农业部 1 3 0号公告将其列入《国家级畜禽品种资源保护名录》。它以其体型矮小、肉质细嫩、基因纯合、纯净无污染等独特的优点而著称 ,并具有适应性好、抗病力强、饲养管理粗放等优点。它是在独特的自然生态条件和地理环境中通过当地少数民族群众特殊的饲养管理方式 ,经过长期的选种、选育而逐渐形成的优良地方微型猪种。1　自然生态概况及品种形…     

MC4R基因、SIM1基因在从江香猪不同组织中的mRNA表达规律研究

研究MC4R基因、SIM1基因在从江香猪不同组织中mRNA差异表达规律,探寻影响从江香猪能量代谢和脂肪沉积的数量性状基因座(QTL),为分子标记辅助选择提供依据。研究以从江香猪为试验材料,应用实时荧光定量PCR技术,检测MC4R基因、SIM1基因在从江香猪不同组织的mRNA相对表达量。结果显示,MC4R基因、SIM1基因在从江香猪各组织中均有表达,不同组织之间的相对表达量存在差异,MC4R基因相对表达量依次为:脾脏小肠脂肪肝脏肺胃心脏肾脏背肌,SIM1基因相对表达量依次为:脾脏肾脏脂肪肝脏小肠胃肺心脏背肌。     

猪TLR4基因SNP位点筛选及生物信息学分析

通过构建基因组DNA混合池对猪TLR4基因进行扩增和测序,并对其编码区的SNP位点进行筛选,运用生物信息学分析软件对猪TLR4基因的理化特性和编码蛋白质的二、三级结构进行预测。结果发现,在扩增的TLR4基因上没有发现SNP位点,猪TLR4基因片段一共编码118个氨基酸,其中缬氨酸(Val)最多,甲硫氨酸(Met)最少,编码产物不稳定指数大于40,说明编码产物具有不稳定性。编码蛋白质片段的亲水性平均值为0.385,说明该基因编码的蛋白质呈现疏水性,猪TLR4基因编码的蛋白质是一种不溶性蛋白质。研究结果为猪TLR4基因深入研究提供理论基础。     

深县猪群体遗传多样性分析及SNP特征位点挖掘

深县猪是河北优质地方猪种之一,为探究其群体遗传多样性情况,本研究利用39头深县猪的全基因组重测序数据分析了深县猪群体全基因SNP变异情况及特征,并进一步利用检出的SNP探究了其有效群体大小、近交状况和个体间亲缘关系等。结果表明深县猪有效群体大小为5.83头,相比于大白猪（42.47）、北京黑猪（10.27）和民猪（8.38）较小,略高于蓝塘猪（3.52）,但遗传多样性保持良好。基于ROH的分析表明群体平均近交系数为（0.054±0.01）,通过IBS距离分析则发现部分个体间亲缘关系略近。为了更好地鉴定和区分深县猪,本研究综合运用最大分类能力方法及机器学习方法,最终确定了10个SNP作为深县猪群体特征位点。本研究结果有助于了解深县猪群体的保种现状并为其后续保种措施的制定提供一定参考,同时也为深入挖掘深县猪重要性状形成的分子机制提供新的素材,此外本研究中所挖掘的深县猪SNP特征位点可用于对深县猪进行快速鉴定,从而推动深县猪在地方猪育种中更广泛地应用。     

从江香猪CAST基因的组织时序表达规律分析

为探究钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)基因在从江香猪组织中的时序表达规律,实验采用实时荧光定量PCR技术检测1、3、6、9、12月龄从江香猪心肌、肝脏、骨骼肌、背最长肌和脂肪5个组织中CAST基因mRNA的表达情况,并采用RT-PCR方法对贵州从江香猪CAST编码区基因进行克隆.结果表明:CAST基因在不同年龄阶段从江香猪...     

梅山猪与从江香猪杂交后代的FSH-β基因遗传变异分析

为探究FSH-β基因遗传变异对MX猪的影响,实验以从江香猪(♂)×梅山猪(♀)杂交后代为研究对象,利用PCR扩增技术结合直接测序,对FSH-β基因SNPs位点进行筛选。结果:FSH-β基因135 bp和231 bp处分别发生了单核苷酸突变135 G/T、231A/G,遗传学分析显示这2个突变位点所对应的纯合子基因型频率均为0.884 6,杂合子基因频率均为0.115 4,多态信息含量(PIC)为0.112 1,属于低度多态,遗传多样性并不丰富;经χ2适合性检验表明,2个位点均不处于Hardy Weinberg平衡状态(P0.05)。     

从江香猪ApoA1基因的克隆及亚细胞定位研究

试验旨在克隆从江香猪载脂蛋白A1（apolipoprotein A1,ApoA1）基因,研究ApoA1基因在真核细胞中的亚细胞定位情况。通过提取从江香猪总RNA,采用RT-PCR、目的基因的连接、转化等方法构建携带有绿色荧光蛋白的pEGFP-C1-ApoA1重组质粒,并经菌落PCR、双酶切及测序鉴定正确后,转染HEK-293T细胞,36 h后观察荧光,分析ApoA1蛋白在真核细胞中的亚细胞定位情况。结果表明,从江香猪ApoA1基因与GenBank上公布的野猪序列相比,有6处发生了碱基突变,其中5处为有义突变,分别导致180位氨基酸由丙氨酸变为谷氨酸、185位氨基酸由组氨酸变为谷氨酰胺、186位氨基酸由缬氨酸变为亮氨酰胺、209位氨基酸由天冬氨酸变为甘氨酸;PSORT Ⅱ Prediction和荧光共定位试验结果均表明,ApoA1蛋白的表达主要集中在细胞外基质,约占总表达量的77.8%。本试验成功克隆了从江香猪ApoA1基因CDS区,且ApoA1蛋白的表达主要集中在细胞外基质中,为进一步构建ApoA1基因转基因动物模型、开展ApoA1基因与人类因肥胖引起的相关疾病关系的研究奠定基础。     

从江香猪IFN-β基因的序列分析及原核表达

试验旨在探明从江香猪β-干扰素（interferon-beta,IFN-β）基因编码区分子序列及原核表达产物特征。以从江香猪为研究对象,提取肝脏总RNA并反转录为cDNA,设计特异性引物扩增IFN-β基因编码区,将目的基因片段克隆至原核表达质粒pET-28a上,获得重组质粒pET28a-CJpoIFN-β,并利用生物学软件对江香猪IFN-β基因编码区进行序列分析;将鉴定正确的重组质粒pET28a-CJpoIFN-β转化大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞,经IPTG诱导表达、SDS-PAGE与Western blotting分析原核表达蛋白。结果表明,从江香猪IFN-β基因编码区长为561 bp,编码186个氨基酸;该蛋白为分泌性蛋白,前21个氨基酸为信号肽序列;二级结构主要以α-螺旋（77.42%）和无规则卷曲（17.74%）为主。从江香猪与其他猪源IFN-β基因核苷酸序列同源性为99.5%~100.0%,与禽的同源性最低（35.2%）;从江香猪与巴马猪、梅山猪IFN-β氨基酸同源性均为100.0%,但与贵州白香猪IFN-β同源性为99.5%,存在E43Q、K73R和C161R 3处氨基酸的差异。Western blotting结果显示,带His标签的重组表达蛋白能被His单抗识别,条带大小约为24 ku。本试验结果为进一步研究IFN-β基因生物学活性及加快从江香猪这一品种资源的有效利用提供参考依据。     

从江香猪MYL2基因CDS区克隆及序列分析

为了克隆贵州从江香猪MYL2基因CDS区,并进行序列分析,为后续MYL2基因功能研究奠定基础,试验采集从江香猪背最长肌组织,进行RNA的提取和c DNA合成,对MYL2基因的CDS区进行克隆、构建重组载体,并进行生物信息学分析。结果表明:从江香猪MYL2基因的CDS区全长510 bp,编码166个氨基酸,为稳定蛋白,属于亲水性蛋白,无跨膜螺旋区域,不存在信号肽;MYL2蛋白亚细胞有8.7%存在于细胞核内,56.5%存在于细胞质中,21.7%存在于细胞骨架中。     

从江香猪IFN-β基因的序列分析及原核表达

试验旨在探明从江香猪β-干扰素(interferon-beta,IFN-β)基因编码区分子序列及原核表达产物特征。以从江香猪为研究对象,提取肝脏总RNA并反转录为cDNA,设计特异性引物扩增IFN-β基因编码区,将目的基因片段克隆至原核表达质粒pET-28a上,获得重组质粒pET28a-CJpoIFN-β,并利用生物学软件对江香猪IFN-β基因编码区进行序列分析;将鉴定正确的重组质粒pET28a-CJpoIFN-β转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,经IPTG诱导表达、SDS-PAGE与Western blotting分析原核表达蛋白。结果表明,从江香猪IFN-β基因编码区长为561bp,编码186个氨基酸;该蛋白为分泌性蛋白,前21个氨基酸为信号肽序列;二级结构主要以α-螺旋(77.42%)和无规则卷曲(17.74%)为主。从江香猪与其他猪源IFN-β基因核苷酸序列同源性为99.5%～100.0%,与禽的同源性最低(35.2%);从江香猪与巴马猪、梅山猪IFN-β氨基酸同源性均为100.0%,但与贵州白香猪IFN-β同源性为99.5%,存在E43Q、K73R和C161R3处氨基酸的差异。Western blotting结果显示,带His标签的重组表达蛋白能被His单抗识别,条带大小约为24ku。本试验结果为进一步研究IFN-β基因生物学活性及加快从江香猪这一品种资源的有效利用提供参考依据。     

从江香猪提纯复壮技术措施

香猪是从江县的地方特色猪种,以形体矮小、肉质香嫩、基因纯合、纯净无污染等独特的优点而闻名全国。饲养香猪是从江县西部贫困山区农民的传统习惯和主要经济来源。由于户均饲养规模较小以及品种、饲料、饲养管理等多方面的原因,经济效益相对较低,为了提高农民饲养香猪的经济效益,增加农民收入,使之真正成为从江县西部贫困山区农民脱贫致富的支柱产业,特提出下列从江香猪提纯复壮技术措施。1加强香猪本品种选育,保证品种优良要提高从江香猪的生产性能,必须加大香猪本品种选育的力度,确保品种优良。从江香猪分大、小两个类型,大型香猪除具有…     

苏太猪SLA-DQA基因SNP检测及其对部分经济性状的遗传效应分析

实验对苏太猪SLA-DQA基因的第4外显子进行多态性分析,并初步探讨DQA基因作为影响苏太猪经济性状候选基因的可能性。PCR-SSCP分析共检测到CC、CD和DD 3种基因型;在第4外显子检测到G5233A突变,导致了氨基酸Thr到Ala的改变。结果表明:苏太猪3种基因型个体的初生重、35日龄断奶体重、4月龄体重、6月龄体重以及60 kg体尺和背膘厚等生长发育指标差异不显著(P0.05);DD基因型第3胎次总产仔数、产活仔数、初生窝重均高于CC和CD基因型的个体,尤其是断奶仔猪数和断奶窝重显著高于CC和CD基因型的个体(P0.05),但CC和CD基因型个体间繁殖性能差异不显著(P0.05)。     

从江香猪育肥比较试验

2~3月龄从江香猪在每千克饲料含消化能11.56、11.92、12.28 MJ,粗蛋白12.76%、13.41%、14.01%的3种不同的日粮营养水平下,育肥5个月时间进行比较,平均增重最快的Ⅲ组(40.48±6.76 kg),与Ⅰ组、Ⅱ组及前2个月使用Ⅲ组日粮、后3个月使用Ⅰ组日粮的Ⅳ组比较差异显著(P0.05),其余3组之间差异不显著;各组日增重在第3个月达到高峰,最高的Ⅲ组为340 g,第4个月开始下降,第5个月降到平均日增重以下;营养水平最高的Ⅲ组降幅最低,每头盈利最多的也是Ⅲ组,为257.07元,前2个月使用Ⅲ组日粮、后3个月使用Ⅰ组日粮的Ⅳ组比Ⅰ组每头多盈利33.14元,比Ⅱ组多盈利6.69元。     

从江香猪气喘病血清学调查

为了解从江香猪气喘病(支原体)感染情况,2014年9月至2015年8月分别从江县和榕江县采集香猪血清共640份.用ELISA的方法对全部样品进行检测,结果显示,抗体阳性总数为526份,阳性率为82.19%.表明在从江县和榕江县香猪普遍存在猪支原体感染,因此,采取相应的防控措施,保证从江香猪的健康发展.     

苏太猪FUT1基因M307位点多态性及其对部分免疫指标的遗传效应分析

本研究旨在分析苏太猪抗F18大肠杆菌病育种基础群FUT1基因M307位点对部分免疫指标的遗传效应,为下一步苏太猪抗病育种工作提供一定的理论依据。采用PCR-RFLP方法对苏太猪抗F18大肠杆菌病育种基础群FUT1基因M307多态性进行分析,并探讨其与部分免疫指标的关系。结果表明,基础群中576个个体FUT1基因M307位点经Hin6Ⅰ酶切后,产生AA、AG和GG3种基因型,基因型频率分别为0.235、0.609和0.156,抗性基因A为优势等位基因,频率为0.540;群体显著偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。AA基因型个体的血红蛋白(HGB)和白细胞计数(WTBC)显著高于AG和GG型个体(P0.05),AG和GG型个体间差异不显著(P0.05);AA基因型个体的异嗜性粒细胞与淋巴细胞比率(H/L值)显著低于AG和GG型个体(P0.05),AG和GG型个体间差异不显著(P0.05);AA基因型个体与AG和GG型个体间SRBC抗体滴度差异不显著(P0.05)。本试验结果初步说明苏太猪F18抗性型群体具有抗逆性强的优良特性,AA基因型不仅对仔猪断奶后水肿病和腹泻病具有抗性,而且具有较高的一般抗病力。     

香猪(从江香猪)的保护和利用

1从江香猪原种繁殖场发展概况贵州省从江县香猪原种繁殖场位于从江县丙妹镇辖区,隶属贵州省从江县农业局,该场始建于1979年,承担从江香猪遗传资源保护、选育等工作。该场占地面积30亩,其中饲料地20亩,场址地现位置较好,地势平缓开阔,坐北朝南,通风向阳;环境绿化良好,安静优美,距公路干线400米;水、电、路、通信等设施齐全,该场于2002年1