基于高通量测序重茬草莓土壤细菌和真菌多样性分析

研究利用Illumina Miseq高通量测序技术,比较新茬草莓和连作3年草莓根际土壤细菌、真菌群落多样性,旨在了解其微生物群落生态特征,为防治连作障碍奠定基础.结果:重茬3年后土壤中细菌物种多样性及丰富度降低;新茬土壤中丰度最高的鞘氨醇单胞菌被节杆菌属取代,肠杆菌属丰度显著升高.对于真菌来讲,重茬3年后土壤中真菌物种...     

褐环粘盖牛肝菌菌塘研究

通过菌塘的菌丝分布、形态、共生树根系分布的研究，探寻褐环粘盖牛肝菌子实体发生于菌塘的关系。选择不同部位的菌塘挖掘和菌塘菌丝与子实体组织的菌丝和分离培养菌丝显微观察表明不同出菇量菌塘的菌丝分布是不同的。单生菇的菌塘约50cm，而群生菇菌塘的菌丝圈可达80cm。不同出菇量的菌塘松树根数和菌根数是不同的，单生菇的菌塘根较粗量少，菌根较少，群生菇菌塘的菌塘根较细量多，菌根多；菌根数量多。菌塘菌丝与子实体组织的菌丝和分离培养的菌丝形态差别较大。未见有锁状联合，泥土间菌丝膜片是褐环粘盖牛肝菌子实体发生的菌丝态。     

高通量测序技术对猕猴桃叶斑病微生物多样性研究

以叶斑病猕猴桃叶片为试材,采用高通量测序方法,研究了猕猴桃叶斑病患病叶片中微生物群落结构,以期获得猕猴桃叶斑病的致病原因为针对性防治提供参考依据。结果表明:患病叶片中共检测到18 473个高质量细菌序列,包括14个细菌门、77个细菌属;以及43 229个高质量真菌序列,包括3个真菌门、145个真菌属。获得患病叶片的优势细菌假单胞菌属(Pseudomonas)及优势真菌种(Cercospora agavicola)。     

西藏野生鸡腿菇菌塘土壤微生物群落多样性

以西藏野生鸡腿菇(Coprinus comatus)菌塘土壤为材料,利用高通量测序技术,分析菌塘土壤微生物群落组成和多样性.结果表明,鸡腿菇菌塘土壤样品共获得1899个细菌OUTs,871个真菌OUTs.菌塘土壤中RB41为细菌群落相对优势属,谷菌根菌属(Archaeorhizomyces)为真菌群落优势属.通过分析野...     

基于高通量测序的贵州铜仁黑木耳菌棒污染真菌的多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序平台分析贵州铜仁栽培的黑木耳污染菌棒的真菌群落组成、多样性和丰度,并对群落结构和多样性进行了比较分析。结果表明,污染菌棒中所得真菌属共计42种,其中污染真菌相对丰度大于1%的有蜡孔菌属(Ceriporia)、曲霉属(Aspergillus)、木霉属(Trichoderma);FY4的优势菌群为蜡孔菌属(93.49%),CY5的优势菌群为曲霉属(57.06%),CY8的优势菌群为木霉属(30.22%),FY9的优势菌群为蜡孔菌属(99.99%)。研究对黑木耳染菌菌棒真菌的组成和种类从分子水平进行了鉴定,为黑木耳的栽培和杂菌防控提供了理论依据。     

褐环粘盖牛肝菌菌塘复壮及增产技术研究

3个褐环粘盖牛肝菌子实体发生季的增产技术试验结果表明：以催菇剂对褐环粘盖牛肝菌菌塘进行诱导出菇,可以增加褐环粘盖牛肝菌子实体发生数量,但产量提高不明显;而使用菌塘复壮或催菇与菌塘复壮结合处理,可以使褐环粘盖牛肝菌子实体发生时间提早、潮次增加2～3潮、产量明显提高.     

云南省美味牛肝菌的遗传多样性分析

以采自云南省昆明、迪庆、大理、玉溪、曲靖、楚雄、文山等地的美味牛肝菌子实体为试材,采用ITS、LSU保守区段克隆测序和序列同源性比对的方法,将从GenBank中获得的部分牛肝菌属物种ITS和LSU序列与美味牛肝菌通过邻接法进行系统发育分析。结果表明:基于ITS系列构建的系统发育树表明,美味牛肝菌与Boletus reticulatus和Boletus aereus间序列差异较小,亲缘关系较近,以76%的支持率聚为一簇;基于LSU序列构建的系统发育树表明美味牛肝菌独立成为一枝,且除样品DJ外,其余样品以96%的支持率聚为一簇,表明它们有较近的亲缘关系。     

郁金香连作土壤微生物多样性分析

以新疆伊犁昭苏县郁金香种球连作土壤为试验材料,采用高通量测序技术(Illumina Miseq 2x300 bp)和生物信息学分析方法,研究不同连作年限土壤微生物多样性,探究土壤微生物动态变化对郁金香种球连作障碍的影响,以期为有效预防郁金香连作障碍提供参考依据。结果表明：在不同连作年限的15份土样中,细菌共有2 305个OTU分类单元,主要隶属于35门317属,真菌共有831个OTU分类单元,主要隶属于9门231属;土壤微生物多样性会随连作年限呈下降趋势,物种相对丰度也会随连作年限发生显著变化。     

基于高通量测序的猕猴桃根腐病根际土壤真菌群落研究

以猕猴桃根腐病根际土壤真菌群落为研究对象,通过高通量测序,研究猕猴桃根腐病感病植株与未感病植株根际土壤真菌群落结构的分布情况,为猕猴桃根腐病生物防治提供理论依据。结果表明,与未感病植株相比,猕猴桃植株感染根腐病后,其根际土壤真菌的群落结构和相对丰度发生了变化。在门分类水平上,感病植株根际土壤子囊菌门相对丰度较高,而接合菌门和担子菌门较低。在纲分类水平上,感病植株根际土壤粪壳菌纲相对丰度较高,伞菌纲、盘菌纲较低。在目分类水平上,感病植株根际土壤肉座菌目相对丰度较高,而Sordaihales, Trechnsporales、小壳菌目较低。在科分类水平上,感病植株根际土壤赤壳科相对丰度较高,而毛球壳科、囊菌科的较低。在属分类水平上,感病植株根际土壤的赤霉菌属、丛赤壳属相对丰度较高。     

黄河三角洲盐碱地土壤真菌多样性

以黄河三角洲盐碱地(光板地、獐茅地、翅碱蓬地、柽柳地)土壤为研究对象,采用454高通量测序技术,对土壤中真菌群落和多样性进行了研究。结果表明:检测出的土壤真菌类群达5门22纲59目87科157属,其中,子囊菌门在所有样地中相对丰度最高,担子菌门次之。不同采样环境土壤中真菌多样性存在一定差异,光板地中多样性指数最高(2 070),獐茅地中最低(1 490)。子囊菌门和球囊菌门与土壤碱解氮相关性最大,担子菌门和壶菌门与土壤碱解氮和电导率相关性较大,毛霉亚门受速效磷影响最大。土壤速效磷对真菌属的作用最大。     

基于microRNA深度测序的猕猴桃性别分化初探

利用新一代高通量测序技术,对猕猴桃雌花和雄花中表达的小RNA进行了测序,分别得到雌花18 408 610条序列和雄花11 191 469条序列。通过生物信息学分析,共鉴定和预测得到39个保守miRNA家族和400个新的miRNA家族,其中有170个miRNA家族在雌、雄花样品间显著差异表达。对差异表达miRNA进行靶基因的预测及注释,结果显示,靶基因产物具有包含核苷三磷酸水解酶的磷酸环结构域的miRNA数量最多。在猕猴桃25号连锁群（Chr25）上共预测得到3个miRNA,其中novel-ach-miR362的靶基因Achn298021可能与猕猴桃花的性别发育有关。     

灰褐牛肝菌子实体营养成分分析

对灰褐牛肝菌中宏量营养成分、常量及微量元素、氨基酸组成进行了较为全面的分析测定。测定结果表明：灰褐牛肝菌中蛋白质含量30．26％、脂肪2．76％、粗纤维9．46％、多糖3．02％；元素镁的含量较低，为174．13mg／Kg；氨基酸组成中谷氨酸的含量最高为2．74％。     

利用siRNA高通量测序和RT-PCR技术鉴定引起茄子斑驳紫花病的病毒种类

为了明确引起茄子斑驳紫花病的病毒种类,利用小干扰RNA(si RNA)高通量测序技术,结合生物信息学方法寻找茄子样本中的病毒序列,发现存在烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)和番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus,ToMMV)。为了验证该结果,对待测样品中TMGMV和ToMMV的外壳蛋白(coatprotein,CP)全长基因进行RT-PCR扩增和系统进化分析,分别得到500bp的TMGMV-CP和482bp的ToMMV-CP特异性条带,与GenBank中TMGMV和ToMMV序列相似性分别达到98%～100%和100%,说明待测样品中确实存在TMGMV和ToMMV。对采自山东、河南、辽宁、河北等地的23份疑似斑驳紫花病茄子样品,分别采用特异性引物524-F/R和ToMMV-F/R进行检测。结果显示,所有样品中均含有TMGMV,20份样品中含有ToMMV,复合侵染检出率为86.96%。对茄子、番茄和辣椒幼苗的致病性检测显示,接种后茄子花表现出与田间相同的症状,茄子、番茄和辣椒的叶片表现典型的病毒侵染症状,在接种发病组织中检测到病毒ToMMV和TMGMV。结果表明,茄子斑驳紫花病样中鉴定出TMGMV和ToMMV两种病毒。     

四种鲜牛肝菌成分分析

采用原子吸收分光光度法、比色法等方法对美味牛肝菌、华美牛肝菌、美柄牛肝菌和绒柄牛肝菌4种鲜牛肝菌的粗蛋白、粗脂肪、矿质元素、有害元素的含量进行测定.结果表明,4种鲜牛肝菌中,粗蛋白、粗脂肪、总糖和粗纤维的含量范围分别是4.38%～5.42%、2.47%～3.07%、1.26%～3.85%、1.23%～1.56%;矿质元素铁、锌、钙的含量范围分别是19.62～37.96mg/kg、6.53～9.67mg/kg、146.23～298.02mg/kg;总砷含量未检出,有害元素总汞、铅、镉的含量范围分别是0.06～0.73mg/kg、0.4～0.62mg/kg、0.075～0.105mg/kg.结论：这4种野生鲜牛肝菌含有丰富的营养成分,但华美牛肝菌、美柄牛肝菌中总汞含量较高,值得关注.     

小美牛肝菌子实体主要成分的测定

采用原子吸收分光光度法、氨基酸分析等方法对小美牛肝菌(Boletus speciosus)子实体的多糖、粗蛋白、粗脂肪、氨基酸和矿质元素等主要成分及含量进行了测定.结果表明,在测定的18种氨基酸中,8种必须氨基酸含量占氨基酸总量的39.36%;多糖、粗蛋白、粗脂肪、灰分和粗纤维含量分别是6.41%、29.78%、3.36%、5.04%和7.89%.     

简化基因组测序技术在观赏植物中的应用研究进展

简化基因组测序(Reduced-representation Genome Sequencing,RRGS)是在二代高通量测序技术上,通过限制性内切酶对基因组进行打断,对基因组特定区域进行高通量测序,得到大量遗传多态性标签序列,进而展现整个基因组序列特征的技术。该方法建库过程简单,费用较低,能有效降低基因组复杂度。目前简化基因组测序已广泛应用在观赏植物分子标记开发、群体遗传及系统发生学、高密度遗传图谱构建、数量性状定位等研究中。综述了简化基因组测序技术原理及其在观赏植物中的研究进展,并讨论了研究中所存在的问题及对其发展前景进行了展望。     

冻结条件对黑牛肝菌PPO和POD活性的影响

采用喷雾式流态化液氮速冻及缓冻，研究了冻结温度、速度对黑牛肝菌多酚氧化酶（PPO）及过氧化物酶（POD）活性的影响。结果表明：冻结温度、速度对酶的活性有明显的影响，在-100℃、-80℃、-60℃及-35℃（缓冻）下进行冻结，黑牛肝菌的PPO活性分别下降了73．5％、70．6％、65．2％及18．0％，POD活性分别下降了68．4％、62．2％、51．7％及15，8％。     

山茶靛牛肝菌子实体提取物的体外抗肿瘤活性

依次用95％乙醇和蒸馏水提取山茶靛牛肝菌(Boletus pseudoregius)子实体,再用不同有机溶剂萃取95％乙醇提取物,考察山茶靛牛肝菌子实体不同有机溶剂萃取物和水提物的体外抗肿瘤活性.结果表明:石油醚萃取物对白血病细胞K562抑制作用较弱,对人肠癌细胞SW620和人肝肿瘤细胞HepG-2的增殖有较强的抑制作用,IC50分别为95.7和195.4 μg/mL;正丁醇萃取物对K562、SW620和HepG-2的增殖都有较强的抑制作用,IC50分别为24.2、89.0和59.6 μg/mL;石油醚和正丁醇萃取物在实验浓度范围内对人正常前列腺基质永生化细胞WPMY-1的增殖无抑制作用;氯仿和乙酸乙酯萃取物对K562、SW620和HepG-2肿瘤细胞和WPMY-1正常细胞的增殖均有较强抑制作用,其中氯仿萃取物的抑制作用最强;水提物对以上3种肿瘤细胞抑制作用不明显,对正常细胞的增殖无抑制作用.     

基于高通量测序的不同填闲作物对黄瓜连作土壤微生物群落结构的影响

以连作3 a黄瓜的日光温室土壤为研究对象,以黄瓜为主栽作物,分别以大葱、普通白菜和小麦为冬夏季休闲期的填闲作物,采用高通量测序技术分析不同填闲模式对黄瓜连作土壤微生物群落结构的影响。结果表明:3种填闲模式处理的土壤细菌群落和真菌群落中的主要物种基本一致,但是相对丰度存在差异。在细菌属水平上,填闲小麦处理中Flexibacter、Nitrosomonadaceae_uncultured、Anaerolineaceae_unculture的相对丰度显著低于填闲大葱和普通白菜,而Flavobacterium、Clostridium、Peptostreptococcaceae_incertae_sedis的相对丰度显著高于填闲大葱和普通白菜;在真菌属水平上,填闲小麦处理中Ascomycota_unclassified、Hypocreales_unclassified、Humicola的相对丰度显著低于填闲大葱和普通白菜,而Fusarium、Pyrenochaeta、Nectriaceae_unclassified、Preussia的相对丰度显著高于填闲大葱和普通白菜。说明不同填闲作物对土壤微生物群落结构和多样性的影响存在差异。     

小美牛肝菌生物碱抑制运动神经系统原理

通过大鼠急性毒性试验、大鼠脊髓损伤运动功能试验和大鼠脊髓含水量试验,对小美牛肝菌生物碱抑制运动神经系统的原理进行研究。大鼠急性毒性试验结果表明,小美牛肝菌生物碱含有一定的毒性,对机体组织的运动神经系统有一定的影响;大鼠脊髓损伤运动功能试验结果表明,小美牛肝菌所含的生物碱物质能够促进大鼠脊髓损伤恢复,降低大鼠脊髓神经损伤;大鼠脊髓含水量试验结果表明,小美牛肝菌生物碱具有消炎抗氧化作用,能够降低过氧化物对神经细胞的损害。