犬Elovl2基因片段的克隆和测序分析

利用比较基因组的方法获得犬elongation of very long chain fatty acids(FEN1/Elo2,SUR4/Elo3,yeast)-like 2基因(Elovl2)序列,为后续研究奠定基础.根据人ELOVL2和小鼠的Elovl2基因序列设计PCR引物,对比格犬和本地犬的DNA进行PCR扩增,回收纯化扩增片段,克隆、测序.对本地犬和比格犬的三次克隆测序分别得到长为672bp、671bp和675bp的基因片段,三个基因片段有11个碱基差异.测序结果表明,犬的Elovl2基因与人的ELOVL2基因和小鼠的Elovl2基因无显著相似性.扩增得到的基因片段还需进一步分析.     

棉花功能基因组研究进展

棉花是重要的经济作物。近年来棉花功能基因组研究发展迅速,高通量测序技术应用于棉花研究,二倍体和四倍体棉花基因组测序陆续完成,棉花全基因组重测序及关联分析相继涌现,大量的棉花功能基因被分离鉴定。本文回顾了棉花功能基因组研究的历程,重点介绍了棉花基因组测序和棉花栽培品种全基因组关联分析相关研究成果,并总结了棉花纤维和腺体发育中的关键功能基因及棉花抗旱、抗盐碱等功能基因研究进展,为全面了解棉花重要农艺性状形成的遗传基础和棉花遗传改良提供理论参考。     

水稻基因组研究进展

近10余年来，随着分子生物学的飞速发展，水稻基因组研究取得了重大进展。本文从cDNA分析、分子连锁作图、物理作图、基因定位和克隆等方面，对此作了扼要介绍。     

我国黄瓜基因组研究取得重大突破

由国科学家发起和主导的国际黄瓜基因组计划研究取得重大突破,通过采用新一代测序技术,自主开发了一套全新序列拼接软件,成功的以较低成本绘制出了黄瓜基因组精细图,并在《自然遗传学》（Nature Genetics）杂志上发表了世界第一个蔬菜作物基因组测序和分析的重要论文。     

yuhongsu652@163.ne

 利用比较基因组的方法获得犬elongation of very long chain fatty acids (FEN1/Elo2, SUR4/Elo3, yeast)-like 2基因（Elovl2）序列，为后续研究奠定基础。根据人ELOVL2和小鼠的Elovl2基因序列设计PCR引物，对比格犬和本地犬的DNA进行PCR扩增，回收纯化扩增片段，克隆、测序。对本地犬和比格犬的三次克隆测序分别得到长为672bp、671bp和675bp的基因片段，三个基因片段有11个碱基差异。测序结果表明，犬的Elovl2基因     

多年生黑麦草分子标记应用及基因组研究进展

多年生黑麦草(Lolium perenne L.)是一种重要的栽培牧草,具有多年生、植株繁茂、叶多质嫩、可消化物质产量高等特征,适宜用作饲草及草坪草,具有经济价值和生态效益。本综述总结概括了多年生黑麦草分子标记的开发与应用进展,重点介绍分子标记在多年生黑麦草遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建、QTL定位分析中的应用情况,并简述了多年生黑麦草基因组研究进展。旨在为进一步发掘多年生黑麦草基因组结构和功能特点,选育优良黑麦草品种提供理论依据。     

我国发起的国际黄瓜基因组研究取得重大突破

由我国科学家发起和主导的国际黄瓜基因组计划研究取得重大突破,通过采用新一代测序技术,自主开发了一套全新序列拼接软件．成功的以较低成本绘制出了黄瓜基因组精细图．并在《自然遗传学》杂志上发表了世界第一个蔬菜作物基因组测序和分析的重要论文。     

悬钩子属植物分子标记技术和基因组研究进展

中国有着丰富的悬钩子属植物资源。近几年来,随着国内外分子生物学研究方法的不断提高和完善,国外对悬钩子属的植物深入研究取得了较好的效果。而国内利用分子生物学手段研究该属植物的报道还较少或欠深入。综合有关文献,笔者综述了国内外悬钩子属植物DNA分子标记技术应用情况和主要的研究领域,遗传图谱构建及基因定位的最新研究进展,并对其研究前景进行了讨论。认为既要看到各种分子标记方法在悬钩子属植物生物学许多领域得到了广泛的应用,并取得很好的效果,也要充分估计这些分子标记方法在使用过程中具有局限性。文章指出,根据不同的研究目的以及研究对象,采取不同的分子标记方法是研究取得成功的关键。同时,选择适当的分子生物学手段对悬钩子属植物进行广泛和深入研究,对该属植物不论是在生产上的应用,还是生物多样性的保护方面都有不可估量的作用。     

基因组测序揭示小麦病原体相关线索

普度大学植物病理学家通过研究Mycosphaerellagraminicola,一种全球最具破坏性的小麦病原体的基因组图谱,发现其“在感染寄主前,在遗传学构造上能够躲避寄主的检测”。这种能引起小麦叶斑病的真菌,其编码用于感染寄主的酶的基因更少。     

芸薹属作物基因组研究进展及其在育种中的意义

芸薹属是芸薹科(旧称十字花科)中最为重要的一个属,属内包含许多重要的蔬菜、油料及饲料作物。有鉴于此,几十年来人们对芸薹属栽培种基因组进行了广泛、细致而深入的研究。这些基于普通细胞学、分子细胞遗传学以及比较基因组学的研究结果不仅在宏观和微观水平上初步揭示了芸薹属不同基因组的结构及相互关系,也在芸薹属作物的传统和现代分子育种中得到了广泛应用。可以预见,芸薹属作物基因组的研究,将随着芸薹属作物的基因组测序和芸薹科植物比较基因组项目(BMAP)的开展,以及表观基因组、转录组及蛋白组研究的介入而得到进一步的深化,也必将把芸薹属作物的遗传改良推向一个新台阶。     

Genome Maps, Genetic Diversity and Marker-Assisted Selection for Soybean Improvement

Soybean [Glycine max （L.） Merr.] is a major legume used for human and livestock consumption. It has protein quality and oil contents that closely meet the dietary requirements for both humans and animals （Lusas, 2004）. In addition to serving as a valuable protein and oil source, soybean has numerous industrial uses.     

简化基因组测序技术在植物遗传分析中的应用

简化基因组测序(Reduced-representation Genome Sequencing,RRGS)是在二代测序的基础上发展起来的一种基于酶切手段对特定区域进行测序从而降低基因组复杂度的技术。此方法步骤简单,成本低廉,且不依赖参考基因组,便可获得全基因组水平的分子标记。本文总结了简化基因组测序的发展历程及其主要技术种类,归纳了简化基因组测序技术在植物遗传图谱构建、数量性状位点定位及群体遗传学分析等方面的应用价值。同时,提出了简化基因组目前在群体遗传学等分析中存在的缺陷及不足,以期为植物在遗传进化,性状定位等方面的研究手段提供参考。     

The Valuation of Nutrition Value in Available Amino Acid of Feed-corn on Poultry Feed

以凯氏定氮法测定“9409”饲用玉米的粗蛋白质为91.9g/kg。用Beckman 121型氨基酸分析仪测定其18种氨基酸含量（88.3252g/kg）占粗蛋白质含量的96.11%，13种必需氨基酸含量为4.3731g/kg。以90日龄未取盲肠公鸡测定中的氨基酸真可利用率在84.65%~96.21%。以蛋鸡和肉仔鸡理想蛋白质为模型，计算氨基酸平衡性指数，表明饲用玉米是家禽的良好蛋白源。     

利用基因组简约法开发烟草SNP标记及遗传作图

提出了一种基于基因组简约法开发SNP标记的方法, 即利用特定限制性内切酶酶切降低基因组复杂度, 利用高通量测序平台对酶切位点周围的目标片段进行富集测序, 设计一个生物信息学流程进行序列分析和SNP鉴定。以烤烟DH群体为例, 通过基因组简约法收集烟草基因组代表性片段和高通量测序产生11.4 Gb数据, 经生物信息学分析获得了1015个高质量SNP位点。以SSR标记为骨架, 绘制包括SNP标记在内、标记总数为1307的烤烟遗传连锁图。最后利用该遗传图谱和普通烟草2个祖先种的基因组序列, 分析烟草24个连锁群(染色体)之间的同源关系, 发现了大量染色体之间的重组或交换事件以及部分染色体之间的共线性。     

从基因组学到蛋白质组学：棉花分子生物学研究进展

 花基因组计划正在实施,功能基因组学在棉花研究领域扮演着越来越重要的角色。近年来,国内外的研究者在棉花基因组学及蛋白质组学研究领域内取得了比较大的研究进展,本文从棉花遗传图谱、物理图谱的构建,棉花功能基因组、蛋白质组学技术、棉花蛋白质组学研究等方面入手,就棉花分子生物学研究近况进行概述。     

Progress in mapping agronomic genes in apple (The European Apple Genome Mapping Project)

Summary The progress of the European Apple Genome Mapping Project is described. Populations segregating for a range of agronomic genes have been established in six European countries. The need for robust methods of analysis has been identified, especially with regard to the development of molecular markers. Isozyme systems, RAPDs, RFLPs and amplified genes are being used to construct a reference genetic linkage map. Standardisation and precise definition of both genotypic and phenotypic measurements has been recognised as being essential for future exploitation of genetic markers in apple breeding. Phenotypic measurements are being replicated in different geographical locations over several years. Statistical and genetic analyses are aimed at defining components of genetic variation which account for ‘genes’, as defined by apple breeders. A relational database is being constructed which will combine disparate sources of data relating to the genetics of apple. Comparative mapping has been identified as an efficient means of expanding genetic knowledge within and between Rosaceae genomes.     

大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析

研究大豆核基因密码子的使用模式,探讨影响其密码子组成和编码特点的因素,为运用基因工程技术提高改良大豆提供理论依据。以大豆基因组的46 430个高置信编码基因和2 071条大豆全长转录本序列为数据来源,应用CodonW软件对大豆全基因组密码子组成、同义密码子使用频率和全长转录组编码区密码子使用各项参数的计算和统计分析发现,基因的表达水平与编码区G+C和GC3s含量均呈极显著正相关,且G+C和GC3s含量越高的基因密码子使用偏好性越高,并确定了UCC和GCC为大豆最优密码子。编码区长度分组分析表明,密码子使用偏好性随编码区长度的增加而降低,编码区较长的基因则趋向于随机使用密码子,且在转录组数据范围内,编码区长度介于400~600 bp的基因表达水平最高。大豆叶片和种子中特异表达基因的密码子使用偏好性和基因表达水平较为接近,但种子特异表达基因的G+C和GC3s含量均显著高于叶片特异表达基因,而其芳香族氨基酸含量则极显著低于叶片特异表达基因。     

生物信息学在数字农业中的应用研究进展

生物信息学是近年来逐步发展起来的一门新兴交叉学科,它在利用计算机进行资源处理和分析海量数据方面具有诸多优势。首先对数字农业的起源及其在国内外的发展现状进行了描述,然后具体阐述了生物信息学这门新兴学科在数字农业方面的具体应用和贡献,包括数据库的构建、数据挖掘、比较基因组学、电子克隆和计算机辅助药物设计5个方面。最后,对生物信息学学科的重要性和今后促进其发展的主要途径进行了讨论,并对生物信息学在数字农业发展过程中所起的作用进行了展望。     

Equivalent aspect ratio calculation of MOS field effect transistor with Dog Bone gate

MOS field effect transistor(FET) with Dog Bone shape gate is a symmetric layout structure with hardened radiation-total-dose effect (RTDE). In order to calculate its equivalent aspect ratio, it is divided into a regular MOS FET (host MOS) and two parasitic MOS FETs (edge MOS) in parallel. The model of this device is constructed in Silvaco TCAD software, then a fitted formula of the equivalent aspect ratio is derived based on the simulation of drain current with respect to the width and length of host MOS, and overlap width between polysilicon and active area of edge MOS. The comparison between the fitted formula and measurements of sample transistors taped out in CSMC 0.5 μm DPTM CMOS mixed-signal process indicates the fitted formula for equivalent aspect ratio of Dog Bone Gate MOS FET matches the measurement.