大麦SSR标记遗传多样性及群体遗传结构分析

为了确定大麦亲本材料间的亲缘关系,为后期关联分析奠定基础,本研究利用71个SSR标记对不同来源的99份大麦材料进行了遗传多样性及群体遗传结构分析。结果表明,71个SSR标记共检测到184个等位变异,变幅为2-5个,平均每个标记有2.6个。Shannon指数变幅为0.0565~1.2241,平均值为0.6086。标记多态性信息含量(PIC)的变幅介于0.0200~0.6633之间,平均值为0.3729。聚类结果表明,试验品种的遗传相似系数(GS)的变异范围为0.5109~0.9511,平均值为0.7202。GS值在0.7100水平上分为5大类,分别包括5、4、3、6和79份材料;主坐标分析将材料分为5个亚群,分别包括5、10、12、24和26份材料。群体遗传结构分析将材料分为5个亚群,分别包含24、18、6、22、29份材料。     

利用SSR标记分析藜麦品种的遗传多样性

为了解藜麦种质资源的多样性,本研究利用SSR引物对所搜集的41个藜麦种质的多态性及其亲缘关系进行了分析。结果表明,从54对SSR引物中筛选出了16对能明显扩增出稳定的多态性条带的引物,共检测出139个等位基因条带,每一对引物的等位基因个数为3~13,平均为8.7;16对引物的多态信息含量(PIC)变幅为0.208~0.432,平均为0.366。UPGMA聚类分析显示,41份材料的遗传相似系数(GS)在0.374~0.906之间,平均相似系数为0.626。在阀值(GS)约为0.665时,41份材料可分为4大类。其中614929与B.B.Quinoa浙Ⅰ间的遗传相似系数最小,为0.374,表明来源于不同地区的遗传距离较远,遗传基础较广泛。藜麦品种资源间的亲缘关系的揭示为藜麦资源保存和新品种选育提供了理论依据。     

基于SSR标记的鸢尾杂交和诱变育种材料遗传多样性分析

为加快路易斯安那鸢尾育种的进程,以5个路易斯安那鸢尾品种为试验材料,开展杂交和60Co-γ辐射诱变育种.基于短茎鸢尾和暗黄鸢尾的基于表达序列(EST)开发的微卫星标记(SSR)标记,选择其中14对SSR标记用于路易斯安那鸢尾品种、杂交后代和诱变材料共40份材料的遗传多样性分析.结果表明,5个路易斯安那鸢尾品种的杂交后代...     

利用SSR标记分析柑橘雄性不育及低育资源的遗传多样性

采用SSR标记分析了43份柑橘(Citrus)不育、低育、含不育胞质及13份可育材料的遗传多样性。结果表明,8对SSR引物扩增得到35个等位基因,平均每个位点有4.4个等位基因。利用NTSYSpc2.10统计分析软件,UPGMA法聚类分析表明,56份柑橘资源可分为3组。宽皮柑橘类品种为第一组,甜橙、葡萄柚、椪柑及杂柑类品种为第二组,包含不育胞质的澳洲指橘为第三组。SSR聚类分析还表明本地广橘与温州蜜柑有着紧密的亲缘关系,而与早橘、槾橘、本地早等的亲缘关系较远?涕?不育与低育资源的遗传多样性分析将为此类资源的收集保存及应用提供依据。     

基于SSR标记的梨资源遗传多样性分析

本研究利用SSR标记技术对56份梨资源进行了遗传多样性分析。利用筛选出的6对SSR引物共扩增40条谱带,其中多态性位点38个,多态性位点比例为95%,每对引物产生有效等位基因6.3个。各位点期望杂合度H值在0.0354～0.491,平均为0.1964;有效等位基因Ne值在1.0367～1.9648,平均值为1.2958;香农指数I值平均值为0.3256,说明了供试梨材料的遗传多样性较低。利用SSR标记可将44个栽培品种区分开,但无法区分芽变和原种。根据SSR标记揭示的多态性,采用NTSYS-pc软件,以UPGMA法进行聚类分析,结果显示所检测的56份梨材料在相似系数0.71处可分为4组,其中中国的白梨、秋子梨和砂梨相互交错在一起,没有独自各自成组。     

大麦SSR标记遗传多样性及连锁不平衡分析

为确定不同青稞亲本材料间的遗传差异及连锁不平衡水平,以56个SSR分子标记对88份大麦进行多态性扫描。结果表明,88份材料中共检测出160个等位变异,平均每个标记2.857个,变幅为2~7。供试材料间的遗传相似系数为0.497~0.970,平均为0.761。基于多态性较好、基因多样性值较高的53个SSR标记分析结果,88份材料被分成2个类别。主坐标分析将青稞材料分成2类,分别包含39和47份材料,2份西藏品种ZDM5200和ZDM5457所属类别不明确。群体遗传结构分析将88份材料也分成2个亚群,分别包含40份和48份材料,与聚类分析和主坐标分析的结果较一致。1 378个SSR位点成对组合中,不论共线性组合还是非共线性组合,都存在一定程度的连锁不平衡(LD)。D'统计概率(P0.01)支持的LD成对位点179个,占全部位点组合的12.99%,D'平均值为0.56,较高水平的LD成对位点(D0.5)主要集中于除1H外的其余6个连锁群上。本研究结果为今后青稞杂交组合配置、有利基因发掘和标记辅助育种提供了理论依据。     

SSR标记的彩色马铃薯遗传多样性分析及指纹图谱构建

彩色马铃薯(指块茎的皮或肉为红、蓝、紫、橙色等)近年来日益为育种工作者所关注,很多彩色马铃薯品种(系)从形态学上难以鉴定是否为同一基因型,给育种工作带来诸多不便。本研究利用SSR标记对50份彩色马铃薯(Solanum tuberosumL.)材料进行了遗传多样性分析及指纹图谱构建。研究筛选出56对马铃薯SSR引物,对50份材料的基因组DNA进行PCR扩增,共检测出236个等位位点,其中多态性位点230个,多态性比率达97.46%。分析显示,基因型间遗传相似性系数在0.50~1.00之间。UPGMA聚类分析表明,在相似系数0.63处可将全部材料分为3大类。利用5对核心引物构建了50份供试材料的指纹图谱,并证明其属于44个基因型的,为彩色马铃薯资源鉴定和利用提供了依据。     

利用RAPD和SSR标记分析陆地棉种质资源的遗传多样性*

遗传多样性的量化与分类是收集和利用种质资源的重要前提。利用随机扩增多态性（RAPD）和简单重复序列(SSR)两种分子标记对31份陆地棉(Gossypium hirsutum L.)种质资源进行了遗传多样性分析,其中14份材料最近从美国和伊朗引进。研究的目标是对这些陆地棉种质资源进行遗传聚类分析,为制定引进资源的利用策略提供参考。从有多态性的21个RAPD引物和18对SSR引物中共获得117个多态性位点。利用NTSYS-pc2．10统计分析软件,采用Jaccard′s相似系数UPGMA法进行聚类。结果表明,中国的17份材料部分聚为一类,国外的14份材料大部分聚为另一类,其它材料相间排列。分别对31份材料的相似系数与中国的17份材料的相似系数进行了比较分析,中国材料相对于新引进的国外材料的遗传多样性水平稍高,与国外材料之间的遗传差异较大。这说明扩大不同地区间种质资源的交流和引进种质资源可以丰富本地材料的遗传多样性。     

我国部分地区小麦叶锈菌遗传多样性的SSR分析

小麦叶锈菌(Puccinia triticina)引起的小麦叶锈病是小麦上的重要病害。为了解小麦叶锈菌遗传多样性及其亲缘关系,本研究利用简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记技术对2009年采自河北、河南、山东、四川4省的小麦叶锈菌株进行SSR分析。小麦叶锈菌的观察等位基因数(Na)为1.75,有效等位基因数(Ne)为1.40,Shannon信息指数(I)为0.35,Nei’s基因多样性指数(H)为0.23,多态性百分率为75.29%,其中河北、河南和山东的叶锈菌群体遗传多样性水平高于四川群体。聚类分析表明,在相似系数0.96处4个群体聚为2组,河南、山东及四川群体聚为一组,河北群体自成一组,其中河南和山东群体亲缘关系最近。小麦叶锈菌具有一定的遗传变异,群体间遗传变异占总变异的8.93%,群体内遗传变异占总变异的91.07%。小麦叶锈菌群体间每代迁移数Nm为6.10。小麦叶锈菌遗传多样性丰富,群体间遗传相似性较高,亲缘关系与地理分布具有一定相关性。群体内遗传变异是群体遗传变异的主要来源。本研究说明群体间存在广泛的菌源交流,为明确小麦叶锈病流行区系和叶锈菌传播路线提供了基础资料。     

SSR分子标记在作物遗传育种中的应用

SSR（simple sequence repeat）是建立在PCR技术上的一种广泛应用的分子标记,具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。本文简要介绍了SSR分子标记技术的原理和特点,重点介绍了SSR分子标记技术在作物遗传育种中的应用,主要在作物遗传多样性、基因定位、分子辅助标记、遗传图谱构建、品种鉴定和纯度鉴定等方面进行阐述。     

利用SSR标记分析部分粳稻品种的遗传多样性

以我国16个粳稻品种为材料,包括水稻雄性不育系、恢复系、杂交种以及少量常规稻,从分布在水稻基因组的12条染色体上300对SSR引物中筛选出14对多态性丰富、重复性高的引物,这些引物在16份材料间共扩增出61个多态性片段,平均每对SSR引物可检测到4.36个等位基因。聚类分析表明:品种间遗传相似系数在0.57~0.97之间。生产中应用的BT型水稻雄性不育系与恢复系分别聚类于不同的类群,遗传关系较远。     

黑龙江省春小麦品种遗传多样性的SSR分析

本研究利用微卫星标记(SSR)技术对黑龙江省小麦品种的遗传多样性进行了分析。12对具有多态性的SSR引物在114份小麦品种中共检测到46个等位位点,每对引物检测到的等位位点数为3~8个,平均为3.8个,平均遗传距离为0.7331。不同育种单位的小麦平均遗传距离有较大差异,最大差距为1.30倍。在对不同年代小麦品种的遗传距离分析时发现,随年代的增加,遗传距离逐渐减小,且衰减速度呈加快趋势。聚类分析将114个春小麦品种大致分为3个类群,9个亚类群,较好地反映了品种之间的亲缘关系。     

14份小麦种质资源抗麦长管蚜遗传多样性的SSR分析

利用SSR分子标记在分子水平探讨小麦种质资源抗麦长管蚜的遗传多样性,为高效节本型和环境友好型的抗蚜育种的研究和利用提供理论依据和技术支持。结果表明：在小麦的A、B和D 3组同源染色体组上的175对SSR分子标记鉴定出了有多态性的32对引物,其中在D同源组中小麦抗蚜性的遗传多样性较高,同时在21对染色体中7D染色体上遗传...     

浙江省南部地方梨品种的SSR和AFLP遗传多样性研究

为了解浙江省南部地方梨品种的遗传多样性,采用10对苹果和3对梨上的SSR引物以及6对AFLP引物对来自温岭和丽水的18个地方梨品种或类型进行了鉴定分析。结果表明10对苹果引物在梨上扩增出62条条带。13对SSR引物的观察杂和度(He)为0.056～0.944,平均值为0.57,而香农指数(I)的范围0.340～2.013,平均值为1.22。6对AFLP引物组合共扩增出364条带,平均每对引物扩增60.67条,平均多态性比例为73.35%。采用UPGMA聚类分析法构建的SSR和AFLP系统树中,云和梨、云和粗花雪梨与云和细花雪梨在2个系统树中聚在一起,虽然相互间有较高的遗传相似度,但属于不同的品种;3个同名为老雪梨的品种(老雪梨1、老雪梨2和老雪梨3)分散在不同的组中,可能为异物同名。SSR和AFLP聚类结果基本吻合,但AFLP的结果更符合品种的地域分布情况。     

EST-SSR分析云南茶树资源的遗传多样性和亲缘关系

利用EST-SSR标记对云南134份茶树资源遗传多样性和亲缘关系进行了分析。30对引物共检测到等位位点127个,平均每对引物产生423个;共检测到263个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有88个;遗传多态性信息含量平均达0501,高于其它地区的相关研究结果,表明云南茶树资源具有丰富的遗传多样性。资源间的平均遗传距离和相似系数分别为0413和0597,说明资源间的遗传差异比较大,遗传基础较宽。聚类可将134份资源划分为4大组。8个种群间的遗传相似系数变异范围为0753～0981,平均遗传相似系数为0891,表明不同种群间的遗传差异比较小。云南茶树资源间亲缘关系的揭示为今后茶树资源保存和新品种选育提供了一定理论依据。     

利用SRAP和ISSR标记分析广东茶树种质资源的遗传多样性

利用EST-SSR标记对云南134份茶树资源遗传多样性和亲缘关系进行了分析。30对引物共检测到等位位点127个,平均每对引物产生423个;共检测到263个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有88个;遗传多态性信息含量平均达0501,高于其它地区的相关研究结果,表明云南茶树资源具有丰富的遗传多样性。资源间的平均遗传距离和相似系数分别为0413和0597,说明资源间的遗传差异比较大,遗传基础较宽。聚类可将134份资源划分为4大组。8个种群间的遗传相似系数变异范围为0753～0981,平均遗传相似系数为0891,表明不同种群间的遗传差异比较小。云南茶树资源间亲缘关系的揭示为今后茶树资源保存和新品种选育提供了一定理论依据。     

玉米诱变系的SSR遗传变异分析

从97对SSR引物中筛选出52对扩增产物具有稳定多态性的引物,对基础材料玉米自交系"082"及其48个诱变系进行检测,共检测到170个等位基因变异,每对引物检测出2~6个等位基因,平均为3.27个;每个位点的多态性信息量(PIC)变化于0.039~0.715之间,平均为0.327;49个材料之间的遗传相似系数变化范围在0.377~1.000,平均为0.823。UPGMA聚类分析将49个材料分成6类,表明材料间存在着广泛的遗传差异。这些遗传变异与材料的品质性状、农艺性状相关。     

EST-SSR和RAPD标记检测油菜(Brassica napus)遗传多样性

亲本选配是杂种优势利用中强优势组合配制的关键环节,遗传距离决定优势强弱。本文采用EST-SSR和RAPD两种分子标记技术检测甘蓝型油菜4份不育系、3份保持系1、0份恢复系和11份常规品种共35个材料的遗传多样性及与杂种优势的关系。结果共检测到399个等位位点,其中130个等位变异,占总检测位点的32.57%。NTSYS软件聚类分析结果表明:35份材料遗传距离范围为0.0280~0.2801,在遗传距离(GD)0.1401下分为6类,3个不育系Ogu、Polima和陕2A聚在第V类,Xin1 CMS(新1号不育系)遗传距离较远;不育系之间的遗传差异比不育系与保持系、恢复系及常规品种之间小,基本反映了品种(系)的遗传基础和系谱来源。     

玉米自交系48-2和R08辐照后代M_3株系遗传变异的SSR分析

为研究玉米自交系辐射诱变后代的性状遗传变异规律,促进突变体的高效选择和利用,本研究用3种剂量梯度的60Coγ射线对玉米自交系48-2和R08的种子进行辐射诱变处理,用32个多态性SSR分子标记对48-2和R08及其辐射诱变后代M3株系等103份材料进行了遗传变异分析。结果表明：48-2和R08 M3株系位点多态信息量（...     

东北地区水稻品种与日本引进品种遗传多样性比较

利用20个表型性状和40个SSR标记,对我国东北18份水稻选育品种和13份日本引进品种的遗传多样性,共检测到82个表型变异和108个SSR等位基因,其中中国东北水稻品种表型变异数和SSR等位基因数分别为72和103个（平均2.54个）,日本引进品种表型变异数和等位基因数分别为63和94个（平均2.32个）。遗传变异主要...