高通量测序研究甲苯咪唑对黑猩猩肠道菌群的影响

为了探讨甲苯咪唑对黑猩猩肠道菌群结构与多样性的影响,试验收集5只健康成年黑猩猩用药前及用药1 d、3 d、7 d 4组的新鲜粪样,采用高通量测序技术对用药前后肠道菌群结构组成和多样性进行生物信息学分析。结果表明:1)服用甲苯咪唑前后的4个时间点之间,肠道菌群Alpha多样性未发生显著差异(P0.05)。2)在门水平,用药7 d组螺旋体门(Spirochaetes)显著低于用药前组(P0.05),WPS-2门(Wittenberg polluted soil 2)显著低于用药1 d组(P0.05),放线菌门(Actinobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)显著低于用药3 d组(P0.05)。3)在属水平,假单胞菌属(Pseudomonas)、RFN20属、YRC22属、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、罗斯氏菌属(Roseburia)、普式粪杆菌属(Faecalibacterium)、氨基酸杆菌属(Acidaminobacter)、密螺旋体属(Treponema)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)之间差异显著(P0.05)。说明甲苯咪唑驱虫用药不会引起黑猩猩肠道菌群多样性的改变,但对门和属水平上一些菌群的丰度均存在显著影响。     

基于高通量测序研究罗布麻对滩羊肠道菌群的影响

试验旨在探究罗布麻饲料对滩羊肠道菌群的影响。将12只滩羊随机分为4组(A、B、C、D),每组3只,分别饲喂不同比例的罗布麻饲料,60天后取新鲜粪便样本,通过Illumina高通量测序技术测定肠道菌群结构及组成。结果表明:共检测到12个菌门,50个菌科,150个菌属。厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),疣微菌门(Verrucomicrobia)为优势菌;C组OTU最多;且肠道菌群丰富度和多样性均高于其他组;罗布麻饲料促进肠道菌群在多种能量代谢途径中发挥更大的功能。10%的罗布麻饲料提高了滩羊肠道菌群的相对丰度,促进有益菌增殖,为滩羊养殖及饲料开发提供了参考。     

高通量测序分析Nisin对腹泻小鼠肠道菌群的影响

采用高通量测序研究乳酸链球菌素(Nisin)对腹泻小鼠肠道菌群结构的影响。通过腹腔灌注E.coli O1建立腹泻病小鼠模型,通过动物体内保护率试验筛选出最佳药物剂量,将小鼠随机分为空白对照组、阴性对照组、氨苄青霉素、盐酸环丙沙星组和Nisin组。连续灌胃15d,收集盲肠粪便,采用高通量测序对5组样品进行分析。结果表明:1)E.coli O1可使腹泻小鼠十二指肠绒毛断裂;Nisin可增加淋巴细胞百分比,起到增强免疫的目的。2)通过小鼠保护率试验筛选出Nisin最佳剂量(0.002g·mL-1),其保护率为37.5%,低于氨苄青霉素(50%)和盐酸环丙沙星组(50%)。3)通过盲肠菌落计数,Nisin中大肠杆菌和肠球菌的数量显著低于阴性对照组(P0.05),尤其以Nisin组中肠球菌的数量最低;Nisin组中乳酸杆菌的数量显著高于其他各组(P0.05)。4)Nisin组中样品菌群多样性指数(ACE=1 417.25,Chao1=1 378.45,Shannon=7.56)显著高于阴性对照组(ACE=969.54,Chao1=340.29,Shannon=6.63),另外,腹泻小鼠肠道菌群结构存在显著差异。5)在门和属水平上,Nisin组中Bacteroidetes(拟杆菌门)最低,Firmicutes(厚壁杆菌门)、Clostridium(梭状芽胞杆菌)、Akkermansia属和Lactobacillus(乳杆菌属)所占比例最高,且高于其他各组。Nisin可增强腹泻小鼠免疫功能,增加肠道内有益菌的数量,减少有害菌数量;摄入适量的Nisin可以调控肠道内菌群比例。     

发酵饲料对猪肠道菌群的影响

提高猪生产的经济利益,首先需要改善猪体健康,传统方法是在饲料中添加抗生素,随着研究的深入,使用发酵饲料逐步替代抗生素,同时还降低了养殖成本。猪肠道具有复杂的能够维持动物机体健康的微生物菌群,研究表明发酵饲料的使用可以改善肠道健康,通过对发酵饲料的研究,可以减少对抗生素的使用,有利于养殖户更加科学合理地喂养猪群,实现经济的发展。     

辽育白牛胴体产肉量预测模型研究

为了快速且准确的预测辽育白牛胴体产肉量,进而建立完善的胴体分级体系,本试验对60头辽育白牛进行屠宰胴体分割试验,分别测量了胴体重(X₁),第5肋侧厚度(X₂),第5~6肋眼肌宽高乘积(X₃),第5~6肋眼肌面积(X₄),第12肋侧厚度(X₅),第12~13肋眼肌宽高乘积(X₆),第12~13肋眼肌面积(X₇),肾脏油、心脏油和膈肌油之和(X₈),后腿围(X₉)和大腿肌肉厚(X₁₀)等与产肉量、产肉率相关的10项指标,利用SPSS 19.0软件对数据进行相关分析和线性回归分析。结果显示,X₁、X₈与产肉量和产肉率相关性最强,依此推导出2个可信度高、实践中方便应用的产肉量预测方程:①产肉量(眼肌宽高乘积)=0.809X₁+0.158X₆+0.857X₈-13.967 (R²=0.986);②产肉量(眼肌面积)=0.779X₁+0.318X₇+0.933X₈-17.779 (R²=0.990)。     

高通量测序技术分析蓝狐肠道菌群多样性

本试验旨在研究蓝狐肠道菌群组成及其多样性。选取8只健康育成期(5～6月龄)雄性舍饲蓝狐,采集新鲜粪便后采用高通量测序技术对蓝狐肠道菌群组成及多样性进行分析。结果显示:从8只健康蓝狐粪便中共获得569 930条有效序列、操作分类单元(OTU)范围为468～574,分布于16个门的209个属。在门水平上以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Baeteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)为主,其中厚壁菌门所占比例最高,为62.97%,其余依次为22.05%、8.89%、5.15%、0.88%。在属水平上以链球菌属(Streptococcus)所占比例最高,为11.75%,其次为乳杆菌属(Lactobacillus)(9.86%)、普雷沃菌属(Prevotella)(9.28%)、巨型球菌属(Megasphaera)(8.21%)、柯林斯菌属(Collinsella)(7.27%)、Blautia(7.08%)、拟杆菌属(Bacteroides)(5.64%)。通过高通量测序技术发现蓝狐具有复杂的肠道菌群结构,且个体间存在较大差异。     

发酵饲料对断奶仔猪肠道菌群的影响

本试验旨在研究发酵饲料对断奶仔猪肠道菌群的影响。将27头平均体重6.83 kg的28日龄断奶仔猪随机分为3个处理,即试验I组(基础日粮)、试验Ⅱ组(基础日粮+20%的过夜水)、试验Ⅲ组(基础日粮+菌液+20%过夜水)。试验期为15 d。试验结果表明,Ⅲ组十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结肠中乳酸杆菌的数量显著高于Ⅰ组和Ⅱ组(P0.05);Ⅲ组回肠、结肠中的芽孢杆菌数量显著高于Ⅰ组和Ⅱ组(P0.05),其余各组差异不显著(P0.05);Ⅲ组回肠、盲肠和结肠中大肠杆菌数量显著低于Ⅰ组和Ⅱ组(P0.05),其余各组差异不显著(P0.05)。发酵饲料可改善断奶仔猪肠道菌群构成,有助于减少仔猪腹泻和增强仔猪对营养物质的消化吸收能力。     

发酵饲料对猪肠道微生物菌群的影响

<正>目前广泛研究发酵饲料以减少抗生素生长促进剂的使用,同时养猪业想通过使用工业副产品来降低饲料价格。微生物发酵能够降解抗营养因子和一些饲料常量营养素,提供益生菌和代谢物。Canibe和Jensen已充分研究了微生物在相关饲料的应用,以提高饲料的生物利用度,改善猪胃肠功能,预防腹泻,并提高猪的生产性能和健康。发酵饲料具有改善肠道健康和维持猪肠道微生物稳态的巨大潜力,可通过饲喂饲料调节宿主肠道     

玉米秸秆膨化发酵饲料对育肥羊生产性能及肉品质的影响

试验旨在研究玉米秸秆膨化发酵饲料对育肥羊生产性能及肉品质的影响。选取杂交绵羊(南非美利奴×东北细毛羊)16只,随机分为2组,每组8只。试验分别以膨化发酵秸秆和干秸秆为粗饲料来源,以先精后粗的方式进行饲喂。试验期90 d。期间记录采食量及体重变化,试验结束后每组随机选择3只进行屠宰,检测肉品质。结果表明:试验组干物质采食量比对照组高出20%(P0.01);试验组羊肉的剪切力比对照组低3.55%(P=0.04);试验组羊肉中亚麻酸和二十二碳六烯酸分别比对照组高出14.95%(P=0.03)和11.50%(P0.01),但是花生四烯酸含量比对照组少了35.54%(P0.01)。说明玉米秸秆膨化发酵饲料能够提高杂交绵羊生产性能的同时,对羊肉的物理性状和脂肪酸组成都有一定的影响。     

应用Illumina-HiSeq高通量测序技术分析氨气对小鼠肠道菌群的影响

旨在研究不同氨气质量浓度对小鼠肠道微生物多样性的影响。选取平均体质量为(23±2) g的KM小鼠90只,随机分为3个处理组,每组30个重复。分别饲养于3个独立的环境控制舱内,氨气平均质量浓度为0 (对照组)、20 (中质量浓度组)、50 mg/kg (高质量浓度组),于5,15,20 d取10只,颈椎脱臼处死后取肠道食糜,用Illumina-HiSeq高通量测序技术分析微生物群落结构。结果表明:处理组的α、β多样性、Shannon指数较对照组降低,表明不同质量浓度氨气处理对小鼠肠道微生物菌群多样性有一定影响;在门水平,处理组厚壁杆菌丰度增加,结合KEGG代谢途径分析,能量代谢通路可能发生了改变;Lefse分析筛选出氨气影响肠道健康的相关菌群有3种,分别是Blautia菌属、脱硫弧菌(Desulfovibrio,DSV)与慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae);通过KEGG代谢途径的差异分析,第5天时对照组和中质量浓度组与免疫相关的代谢通路存在显著差异。由此可见,氨气处理能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性,且提示氨气致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。     

膨化玉米秸秆发酵饲料对肉羊育肥效果的影响

为研究膨化玉米秸秆发酵饲料对肉羊育肥的效果,选取杂交绵羊(南非美利奴羊×东北细毛羊)16只,随机分为2组,每组8只,每只为一个重复。对照组以干玉米秸秆为粗饲料来源,试验组以膨化玉米秸秆发酵饲料为粗饲料来源,两组精料相同,每天每只1 000 g。日粮均以先精后粗的方式饲喂。试验共计90 d。试验结束后每组随机选择3只羊进行屠宰。结果表明:(1)试验组干物质采食量比对照组提高20%(P<0.05),净增重比对照组提高14.16%(P>0.05);(2)试验组羊血液中总蛋白含量显著高于对照组(P<0.05),而尿素氮含量显著低于对照组(P<0.05),其他血液指标两组间未见显著性差异(P>0.05);(3)试验组瘤胃食靡中的滤纸酶活性和果胶酶活性均显著高于对照组(P<0.05),木聚糖酶活性两组间未见显著性差异(P>0.05)。     

辽育白牛无角性状的分子鉴定

为探究辽育白牛无角性状的形成原因,本研究通过PCR扩增、琼脂糖电泳和扩增产物测序对182头无角和122头有角辽育白牛的P_202ID和P_219ID位点进行了分子鉴定。结果显示,171头无角辽育白牛携带P_202ID位点的插入突变,其中164头携带1个拷贝为杂合突变型,7头携带2个拷贝为纯合突变型;3头无角辽育白牛携带P_219ID位点杂合突变;其余8头无角辽育白牛则未携带P_202ID和P_219ID位点突变。未发现同时携带P_202ID和P_219ID位点突变的无角辽育白牛。122头有角辽育白牛均无P_202ID和P_219ID位点突变。另外对4头无角夏洛莱牛进行了鉴定,发现均携带P_202ID位点杂合突变。本研究所鉴定的无角辽育白牛中93.96%的个体携带有P_202ID位点突变,结合辽育白牛的培育历史,推测该突变很可能源自夏洛莱牛。本研究结果...     

高通量测序研究慢性肾衰竭对宠物犬肠道菌群多样性的影响及基因功能预测分析

旨在通过高通量测序研究慢性肾衰竭（chronic renal failure,CRF）对宠物犬肠道菌群多样性的影响,并预测分析菌群的基因功能。本研究选取30只2岁健康犬,随机等分为慢性肾衰竭模型组（CRF,肾动脉结扎法制备）、假手术对照组（Sham）和健康对照组（HCG）,常规饲养,试验周期56 d。试验过程中,定期检测血肌酐（Scr）、血尿素氮（BUN）和尿蛋白/肌酐比（UP/C）,无菌采集新鲜粪便进行细菌16S rDNA测序,分析慢性肾衰竭对犬肠道菌群结构、多样性与功能的影响,并以CRF组差异菌群为自变量进行主成分Logistic回归分析,构建菌群标志物综合指数（FMI）用于慢性肾衰竭预测。结果显示：1）从试验后第28天开始,CRF组Scr、BUN和UP/C分别显著高于自身试验前、HCG组和Sham组（P<0.05）。2） CRF组不同时间点肠道菌群有显著差异,第56天时的Chao 1指数、Shannon指数均降低,拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形杆菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）的相对丰度增加,厚壁菌门（Firmicutes）数量减少,与0 d和28 d比较差异显著（P<0.05）,与同时间点HCB组及Sham组比较差异显著（P<0.05）。3）组间菌群LEfSe分析发现,CRF组富集了20个物种,主要包括假单胞菌属（Pseudomonas）、埃希氏菌属（Escherichia）和变形杆菌属（Proteus）等,这些物种与肠道其他菌属间多呈负相关关系;差异物种基因主要富集在氨基酸代谢、糖生物合成和代谢以及碳水化合物代谢等代谢途径。用这些差异物种构建的FMI,其ROC曲线AUC为0.788,可作为犬CRF的肠道微生物标志物。以上结果表明,慢性肾衰竭可以使犬肠道菌群多样性降低、菌群结构失调以及菌群功能改变,且CRF患犬肠道中富集的菌群可作为该病的肠道微生物标志物,以FMI预测效果最好。     

基于高通量测序分析健康比格犬肠道菌群结构

为研究健康幼龄比格犬肠道菌群结构,并进一步开展犬的肠道菌群调整试验奠定基础,本试验收集15只3月龄健康比格犬粪便,通过16S rRNA基因组测序分析肠道菌群在门、纲、目、科、属水平上的相对丰度。结果显示,比格犬肠道菌群在门水平上有6个门,相对丰度为厚壁菌门50.63%、梭杆菌门21.23%、拟杆菌门19.88%、放线菌门5.38%、变形菌门2.86%和脱铁杆菌门0.01%;在纲水平上主要有9个纲,相对丰度为梭杆菌纲29.42%、梭菌纲21.23%、拟杆菌纲19.88%、丹毒菌纲16.75%、杆菌纲4.45%、棒状杆菌纲3.89%、β-变形菌纲1.83%、放线菌纲1.49%和γ-变形杆菌纲1.01%;在目水平上主要有9个目,相对丰度为梭菌目29.42%、梭杆菌目21.23%、拟杆菌目19.88%、丹毒丝菌目16.75%、乳杆菌目4.39%、红蝽杆菌目3.89%、伯克氏菌目1.83%、双歧杆菌目1.48%和肠杆菌目0.90%;在科水平上主要有19个科,其中相对丰度前10位的分别是梭杆菌科21.23%、丹毒丝菌科16.75%、瘤胃球菌科11.99%、帕拉普氏菌科8.36%、韦荣氏球菌科7.0...     

发酵饲料对奶牛生产性能及肠道菌群的影响

文章旨在探讨发酵饲料对奶牛生产性能及肠道菌群的影响。试验将体重相近、健康状况良好,平均干乳期40d的200头奶牛随机分为4组,每组5个重复,每个重复10头。对照组饲喂基础日粮,试验组饲喂不同替代比例发酵饲料的日粮,具体添加水平为试验Ⅰ组2.5%,试验Ⅱ组5%,试验Ⅲ组7.5%。预试验10d,正式期3个月。结果发现,饲料发酵显著提高了饲料中粗蛋白质、粗脂肪和粗灰分含量,与未发酵饲料相比,分别提高10.54%、3.77%和3.96%,而粗纤维含量略有降低。与对照组相比,试验Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ组平均日采食量和平均产奶量显著增加（P <0.05）,其中试验Ⅱ和Ⅲ组的平均日采食量和平均产奶量显著高于试验Ⅰ组（P <0.05）,而两组之间无显著性差异（P> 0.05）。除此之外,发酵饲料对奶牛肠道菌群也有极大影响,结果发现,与对照组相比,试验Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ组显著降低了奶牛粪便中大肠杆菌和沙门氏菌数量（P <0.05）,显著增加了粪便中乳酸菌含量（P <0.05）,其中试验Ⅱ和Ⅲ组大肠杆菌和沙门氏菌数量显著高于试验Ⅰ组（P <0.05）,但两组之间无显著性差异（P> 0...     

生物发酵饲料对蛋鸡生产性能、蛋品质及肠道微生物菌群的影响

试验旨在研究生物发酵饲料对蛋鸡生产性能、蛋品质及肠道微生物菌群的影响。选取产蛋率与平均蛋重相近的43周龄健康蛋鸡18 000只,随机分为2组,每组6个重复,对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加5%的生物发酵饲料,试验期60 d。结果如下：(1)与对照组相比,试验组产蛋率升高,料蛋比、破蛋率及死淘率均有所降低。(2)第60天,试验组平均蛋重、蛋白高度、蛋黄颜色、蛋壳重和蛋黄重均极显著高于对照组（P<0.01）,蛋壳厚度显著高于对照组（P<0.05）。(3)与对照组相比,试验组的超氧化物歧化酶（SOD）、谷胱甘肽过氧化物酶（GSH-Px）活性显著升高（P<0.05）,丙二醛（MDA）含量显著降低（P<0.05）,免疫球蛋白G(IgG)含量极显著升高（P<0.01）。(4)与对照组相比,试验组蛋鸡肠道厚壁菌门丰度增加,拟杆菌门丰度减少,肠道厚壁菌门/拟杆菌门（F/B）值升高,且群落多样性升高。由此可见,饲粮中添加生物发酵饲料能提高蛋鸡的生产性能,提高蛋品质,增强蛋鸡的抗氧化能力及免疫力,改善蛋鸡的肠道微生物菌群。因此,利用生物发酵饲料对改善蛋鸡生产性能及肠...     

辽育白牛生产面临的形势及发展对策

近年来,国家从脱贫攻坚和农牧业结构调整的战略高度,提出要大力发展现代草牧业,尤其是肉牛等优势特色产业。辽育白牛是我省畜牧工作者历经四十余年自主培育的全国第三个肉牛新品种,具有遗传稳定、适应能力强、耐粗饲、体型大、增重快和繁殖性能优良等特点。文章通过对辽育白牛主产区的调研,了解我省辽育白牛生产现状、发展潜力以及存在的问题,提出我省辽育白牛乃至肉牛行业下一步发展工作思路与对策,以辽育白牛为突破口推动全省肉牛行业可持续发展。