蒙古马生长激素基因的克隆与序列分析

参考牛(M57764)、羊(AF002110)、猪(M17704)、人(J03071)和鼠(X12630)等哺乳动物GH基因序列,设计1 对特异引物,用PCR方法首次从蒙古马基因组中扩增出一条长约2 kb的DNA片段。PCR产物经pGEM_Teasy载体转化感受态DH5 α株大肠杆菌,获得重组克隆子。DNA测序表明:蒙古马生长激素基因DNA序列长1 923 bp,含完整的5个外显子和4个内含子,与猪、狗、牛、羊的GH的cDNA序列同源性分别为94．47％、92．63％、90．06％和 90．37％。其cDNA所编码氨基酸与猪、狗、牛、羊同源性分别为97．21％、96．74％、88．84％和88．37％,表明该基因在进化过程中是保守的。     

莱芜黑猪肥胖基因的多态性分析

肥胖基因 (ob)发生遗传变异而不能产生正常的蛋白产物———Leptin ,而Leptin的最主要功能是反映脂肪组织含量 ,调节体重 ,使体重维持相对稳定 ,因此突变个体表现为肥胖。本文分析了不同品种猪内ob基因HinfI的多态性分布 ,该多态性是有点突变造成的。结果表明 ,中国地方猪种菜芜猪群体内C基因占优势 ,而长白猪和大约克群体中TT纯合子为 10 0 %。这种多态性分布与莱芜猪属肥胖型品种 ,而长白、约克夏猪属瘦肉型品种相吻合。     

GH基因在5个藏猪群体中的遗传多态性分析

采用PCR-RFLP技术,扩增了5个不同地理类群藏猪群体(工布江达藏猪、米林藏猪、理塘藏猪、迪庆藏猪、合作藏猪)生长激素基因(GH基因)-119bp-+486bp之间的区域,分别用内切酶ApaI及Hin6I检测其多态性。结果表明:(1)从ApaI酶切产生的多态型来看,除理塘藏猪之外,A等位基因在其它4个藏猪群体中频率高于B等位基因;(2)从Hin6I酶切产生的多态型来看,在5个藏猪群体中C4频率较高、C1频率极低,而C3除在工布江达藏猪之外的其它猪种中的频率也很低,其基因型主要表现为C4C4、C2C4、C2C2;(3)利用Hin6I对扩增出的GH基因片段进行酶切电泳,在工布江达、迪庆、合作藏猪中发现一种特异酶切带型,初步判定GH基因在这些个体中可能为多拷贝基因。     

山羊生长激素基因部分序列的PCR-SSCP分析

以鲁北白山羊、波尔山羊和波尔山羊与鲁北白山羊的杂交一代、回交一代共计 2 74个个体为研究材料 ,对山羊生长激素基因 5′调控区 - 4 0 6～ - 1 93片段进行PCR扩增 ,扩增产物经SSCP分析发现存在多态性。结果表明发现波尔山羊及杂交后代以AA型占多数 ,而鲁北白山羊则BB型个体较多 ,基因型频率在品种间存在显著差异 (P <0 .0 5 )。对该片段的两种纯合型克隆测序发现 :AA型在第 6 0位发生了C→T的突变 ,第 2 1 1位发生碱基C的丢失     

藏猪全同胞和半同胞亲缘关系鉴定

本实验采用PCR结合荧光半自动检测技术 ,对采集的 15头藏猪耳组织样本 ,用 12个微卫星标记座位作亲缘关系鉴定。测定结果与系谱记录完全一致 ,本次实验的准确率为 10 0 % ,说明测定方法和测定技术都十分可靠 ,值得在畜禽和其他动物中推广     

藏猪生长激素(GH)基因HaeⅡ多态性分析

用PCR-RFLP方法检测了94个藏猪个体的生长激素(GH)基因的HaeⅡ多态性。结果发现了5个HaeⅡ酶切位点,3种等位基因(A、B、C),3种基因型(AA、BB、BC)。A、B、C3种等位基因的频率分别为14.5%、74.5%、11.0%,经T检验,发现3种基因频率之间差异达到极显著水平(P<0.01)。     

自贡黑山羊MHC-DRB_3基因的多态性研究

本实验研究了自贡黑山羊、金堂黑山羊、乐至黑山羊和成都麻羊MHC-DRB3基因的多态性。MHC-DRB3第2外显子的PCR扩增产物分别经限制性核酸内切酶TaqⅠ、PstⅠ、HaeⅢ消化,结果在第122、154、168、220、241位碱基显示出多态性;4个山羊群体分别检测到9、10、7个和8个等位基因;聚类分析表明:金堂黑山羊和成都麻羊亲缘关系最近,首先聚为一类,再与乐至黑山羊聚为一类,最后自贡黑山羊与其他3个山羊品种聚为一类。     

藏猪黑素皮质激素受体-4基因TaqI多态性分析

藏猪是我国青藏高原特有的小型原始地方猪种,文中采用PCR-RFLP技术分析了藏猪黑素皮质激素受体-4(MC4R)基因TaqI酶切位点多态性。结果表明:藏猪MC4R基因TaqI酶切位点优势基因型为11,基因型频率达93.56%,与国内梅山猪、二花脸猪、民猪和金华猪等较接近,与汉普夏、大白、杜洛克等外种猪差别较大。     

藏猪肥胖基因多态性研究

藏猪为中国高原特色的瘦肉型猪种,本研究采用PCR-RFLP技术检测藏猪肥胖基因（ob）外显子2内Hinf I酶切多态性。结果显示,藏猪群体内出现TT、CT和CC 3种基因型,其中突变型CC频率最高,为50.00%;TT基因型频率最低,为6.25%;等位基因T和C频率分别为28.12%和71.88%。其频率分布处于瘦肉型外种猪和脂肪性地方猪之间,但更接近脂肪性猪,说明从该位点看藏猪并不属于瘦肉型猪种,其瘦肉率较高可能与营养和饲养环境等有关。     

三江白猪氟烷基因的基因频率分析

本试验随机抽取216头30日龄左右的三江白猪,从外周血液中提取基因组DNA,经纯化后应用所设计的引物进行PCR扩增,酶切鉴定后分析三江白猪氟烷基因(RYR1)的基因与基因型频率。结果表明:PCR反应条件优化后,扩增出659 bp的特异性基因片段,经HhaⅠ和HgiAⅠ两种内切酶消化后,发现三江白猪T/T(Haln/Haln)基因型频率为4.16%;C/C(HalN/HalN)型为88.43%;C/T(HalN/Haln)型为7.41%。HalN基因频率为92.13%,Haln基因频率为7.87%。此结果表明,三江白猪中氟烷敏感基因频率和基因型频率均较低,可以通过标记辅助选择方法很快予以剔除。     

金华猪生长激素基因的多态性及其对经济性状的影响

采用PCR-RFLP-ApaⅠ方法检测金华猪Ⅰ系(154头)、Ⅱ系(41头)和Ⅲ系(53头)GH基因-119～+486bp片段的多态性,发现2个等位基因:A(449bp)和B(316+133bp)。其中A基因频率在Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ系中分别为0.60、0.14和0.44;B分别为0.40、0.86和0.56。用线性模型分析各基因型对金华猪部分经济性状的影响。结果表明:GH基因ApaⅠ酶切位点多态性对金华猪经产胎次的总产仔数、产活仔数和初生窝重影响极显著(P<0.01)。     

牦牛生长激素基因的测序和多态性研究

采用PCR产物直接测序法获得牦牛生产激素基因（GH基因）891bp序列。通过GenBank中的Blastn软件进行序列比较分析表明，牦牛GH基因与普通牛GH基因的同源性为98%，与水牛，山羊，绵羊同源性分别为96%，94%，93%：NJ法构建的分子系统树显示，牦牛与普通牛亲缘关系最近，其次为水牛，而与山羊，绵羊的亲缘关系较远，此外，采用PCR-RFLP方法研究了30头牦牛GH基因891bpDNA片段，未发现MspⅠ/HpaⅡ酶切位点多态性，表明牦牛GH基因的多态性比较贫乏。     

鹅生长激素基因内含子2单核苷酸多态性与体重性状的相关研究

本文以莱茵鹅为实验材料,根据鹅生长激素(GH)基因CDS序列设计引物进行PCR扩增,获得了鹅GH基因内含子2序列,并对扩增产物进行SSCP分析。结果表明:第441位碱基发生了C-A突变;第449位碱基发生了T-C突变。经最小二乘分析,这两个多态性位点所产生的6种基因型的个体间体重差异极显著(P<0.01),BB基因型个体体重显著高于其他基因型个体。这提示我们可以利用该多态位点对鹅体重性状进行标记辅助选择。     

蕨麻猪生长激素基因的同源性和多态性分析

为了探索蕨麻猪的遗传多样性,对蕨麻猪生长激素基因序列的多态性进行研究,并选择GenBank中14条序列作为比较研究对象;首次成功克隆了7条蕨麻猪生长激素基因,测出5条蕨麻猪生长激素基因DNA序列,其多态性是内含子1有1个转换和1个颠换;内含子2有2个转换。说明蕨麻猪之间的差异可能与内含子的控制有关。蕨麻猪与其他14种猪之间在编码区和非编码区共检测到核苷酸的变异为155个,内含子有119个,外显子有28个,5′端有8个。其中,颠换104个,转换14个,缺失23个,插入14个。出现碱基取代的位点中,大多数是颠换型突变,颠换与转换之比为7.43∶1,存在颠换偏倚现象。对蕨麻猪生长激素基因同源性百分数和趋异数分析,结果发现,蕨麻猪与小型猪相比同源性较近,蕨麻猪与大型猪同源性较远。蕨麻猪等15 种猪生长激素基因序列树状图分析,结果表明,蕨麻猪与Vize猪有较远的亲缘关系;蕨麻猪与贵州榕江香猪亲缘关系最近。     

乌蒙凤鸡生长激素基因多态性及生物信息分析

试验旨在对乌蒙凤鸡生长激素（growth hormone,GH）基因多态性进行研究,并开展生物信息学分析。以乌蒙凤鸡为研究对象,构建DNA池,PCR扩增GH基因所有外显子和部分内含子,采用直接测序法检测GH基因多态性,利用生物信息学软件对GH蛋白二级结构、三级结构及基本性质（理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、卷曲螺旋区及保守结构域）进行分析。结果显示,乌蒙凤鸡GH基因存在8个SNPs,分别是T1453C、A1489G、A1512G、G2152A、G3206A、G3347A、C3452A和C3453G,其中G2152A、C3452A和C3453G只发生在无凤头乌蒙凤鸡中;C3452A、C3453G位于非编码区,T1453C、A1489G、A1512G、G2152A和G3206A位于内含子上,G3347A位于外显子5。突变后GH基因mRNA结构发生变化,自由能提高,稳定性降低。生物信息学分析表明,GH蛋白为分泌蛋白,含有信号肽序列,有1个典型的卷曲螺旋结构和疏水区,保守结构域在10~214位氨基酸之间,为非跨膜蛋白,且不稳定。结果表明,乌蒙凤鸡GH基因具有较高的遗传多样性,可为乌蒙凤鸡的保种选育提供参考。     

鸭生长激素(GH)基因编码区及调控区多态性分析

根据鸭生长激素基因编码区及调控区的序列设计8对引物,利用PCR-SSCP方法对北京鸭、西湖野鸭、樱桃谷鸭、金定鸭、山麻鸭、荆江鸭、绍兴鸭、缙云麻鸭等8个鸭种进行单核苷酸多态性分析。结果共发现3个突变位点,分别为230处（C→G）、244处（C→A）和3 701处（C→T）。前两处突变位于5′调控区,3 701处突变位于编码区第4外显子,但该编码区的突变是沉默突变,3′调控区表现了高度的保守性。统计结果发现：⑴在5′调控区基因座上,金定鸭的等位基因B频率显著高于其他品种;⑵在外显子4基因座上,基因型频率的分布与品种有关,且肉用型鸭的CC基因型频率显著高于蛋用型。可以推测,本研究所检测到的基因座可能与生产性能相关。     

鹅生长激素基因内含子2多态性分析

利用PCR-SSCP方法对籽鹅、皖西白鹅、浙东白鹅和狮头鹅4个地方鹅种进行了单核苷酸多态性分析,共检测到4个突变位,最,即360处A／G、474处C／G、551处T／C和554处C／T,产生EE、EF和FFS三种基因型。Х^2检验结果表明：4个鹅种均处于Hardy—Wenberg平衡状态（P〉0．05）,籽鹅基因型频率的分布与浙东白鹅差异显著（P〈0．05）,与狮头鹅差异极显著（P〈0．01）,皖西白鹅基因型频率的分布与狮头鹅差异显著（P〈0．05）。     

鸭生长激素基因5’-UTR和3’-UTR多态性分析

作者根据生长激素基因5’-UTR和3’-UTR的序列设计5对引物,用PCR-SSCP的方法对北京鸭、西湖野鸭、樱桃谷鸭、金定鸭、山麻鸭、荆江鸭、绍兴鸭、缙云麻鸭等8个品种共436个样本进行了单核苷酸多态性分析,并在第1对引物中检测到了多态性。对2种类型的片段纯化测序,结果发现在5’-UTR第230位和244位碱基发生了突变,分别由C突变为G、由C突变为A。但只在金定鸭、荆江鸭、绍兴鸭中发现多态，统计分析结果显示金定鸭的AB基因型频率显著高于荆江鸭和绍兴鸭，且金定鸭A等位基因的频率也显著高于荆江鸭和绍兴鸭。     

长白猪prepro-orexin基因多态性及其与采食和生长性状的关联分析

为揭示食欲素前体（prepro-orexin）基因对长白猪采食和生长性状的影响,试验采用PCR产物直接测序法对132头长白猪prepro-orexin基因的C62T和G426A位点多态性进行检测,并对各位点与30~100 kg阶段的采食及生长性状进行关联分析。结果表明,长白猪prepro-orexin基因C62T和G426A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态,等位基因频率表现为野生型（C、G）高于突变型（T、A）;两个位点的4种单倍型和7种单倍型组合中,CG、TA为主要单倍型,CG/CG、TA/CG和TA/TA为主要单倍型组合。C62T位点的CC基因型、G426A位点的GG基因型及CG/CG单倍型组合均可显著减少日采食次数、延长每次采食时间和提高每次采食量（P < 0.05）;其中CG/CG组合的日采食次数、每次采食时间、每次采食量分别较TA/CG组合显著减少1.22次、延长0.79 min和提高32.18 g（P < 0.05）,而与TA/TA组合的差异未达到显著水平（P > 0.05）。C62T位点的TT基因型、G426A位点的AA基因型及TA/TA单倍型组合可显著或极显著缩短达100 kg体重日龄、提高30~100 kg平均日增重（P < 0.05;P < 0.01）;TA/TA组合达100 kg体重日龄分别较CG/CG、TA/CG组合分别显著缩短6.23和6.69 d（P < 0.05）,平均日增重分别极显著提高47.91和50.04 g/d（P < 0.01）。结果表明,prepro-orexin基因C62T和G426A位点对长白猪采食和生长性状的影响具有明显的协同效应。     

绵羊心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性分析

试验旨在探讨心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid-binding protein,H-FABP）基因在绵羊中的遗传多态性,并寻找可用于辅助选择的分子标记。本研究以滩羊（250只）及滩羊×湖羊杂交F1代（174只）为试验动物,利用SNaPshot分型技术对H-FABP基因（GenBank登录号：AY157617）的多态位点进行单核苷酸多态性（SNP）分析,统计基因频率和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（Ne）等遗传多态指标,分析候选基因不同基因型与体重、体长、体高、胸围、胸深、胸宽和管围等生长性状的关联性。结果显示：①检测到9个多态位点：939[A/G]、980[G/A]、1018[T/C]、2878[C/T]、2956[C/T]、3017[G/A]、3341[G/C]、3394[T/A]、1056[-/G],其中有6处转换、2处颠换、1处单碱基插入。②939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]和1018[T/C]的He为0.3200~0.4666,PIC为0.2688~0.3577;2878[C/T]、3017[G/A]位点的He为0.0283~0.1272,PIC为0.0279~0.1191,为低度多态;1056[-/G]位点的He在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0120和0,PIC在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中分别为0.0119和0;9个多态位点在滩羊、滩羊×湖羊杂交F1代群体中均符合Hardy-Weinberg平衡定律。③5个多态位点：939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]处于紧密连锁（D'>0.99）,将H-FABP基因分为3个单倍型：AA、AB和BB。④在41只滩羊×湖羊杂交F1代羊中,BB单倍型在各生产性状上具有最大值,但各单倍型间差异不显著（P>0.05）。结果表明,绵羊H-FABP基因具有丰富的遗传多态性,939[A/G]、980[G/A]、2956[C/T]、3341[G/C]、3394[T/A]5个位点紧密连锁,BB单倍型可能是与绵羊生产性状相关的优势单倍型。